diff --git a/examples/testAsc.xml b/examples/testAsc.xml
index 0e49a0a..1f0dce3 100644
--- a/examples/testAsc.xml
+++ b/examples/testAsc.xml
@@ -65,7 +65,7 @@ u=v=1.0 alpha=2, beta=0.2 lambda=10
 	    <operator spec='operators.MutationMover' window='0.1' weight='0.25' u='@u' v='@v'/>
 
 <!-- estimate ascertainment counts -->
-        <operator spec='operators.ConstantSitesSampler' weight='0.001' ascSiteCount='@ascSiteCount' treelikelihood="@treeLikelihood"/>
+        <operator spec='operators.ConstantSitesSampler' weight='0.1' ascSiteCount='@ascSiteCount' treelikelihood="@treeLikelihood"/>
 
         <logger logEvery="1000">
             <!--log idref="u"/>
diff --git a/examples/testMCMCMC.xml b/examples/testMCMCMC.xml
index 364e6b3..0a6983d 100644
--- a/examples/testMCMCMC.xml
+++ b/examples/testMCMCMC.xml
@@ -18,19 +18,21 @@ name="rawdata">
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             <taxa id="snap.aflp_25" spec="snap.Data" dataType="integerdata">
@@ -66,10 +68,15 @@ name="rawdata">
                     <taxon id="cro_2" spec="Taxon"/>
                     <taxon id="cro_3" spec="Taxon"/>
                 </taxonset>
+                <taxonset id="gla" spec="TaxonSet">
+                    <taxon id="gla_1" spec="Taxon"/>
+                    <taxon id="gla_2" spec="Taxon"/>
+                </taxonset>
                 <taxonset id="mcccal" spec="TaxonSet">
                     <taxon id="mcccal_1" spec="Taxon"/>
                     <taxon id="mcccal_2" spec="Taxon"/>
                 </taxonset>
+                <!--
                 <taxonset id="mccmcc" spec="TaxonSet">
                     <taxon id="mccmcc_1" spec="Taxon"/>
                     <taxon id="mccmcc_2" spec="Taxon"/>
@@ -82,11 +89,6 @@ name="rawdata">
                     <taxon id="rem_1" spec="Taxon"/>
                     <taxon id="rem_2" spec="Taxon"/>
                 </taxonset>
-                <taxonset id="gla" spec="TaxonSet">
-                    <taxon id="gla_1" spec="Taxon"/>
-                    <taxon id="gla_2" spec="Taxon"/>
-                </taxonset>
-                <!--
                 <taxonset id="sesses" spec="TaxonSet">
                     <taxon id="sesses_1" spec="Taxon"/>
                     <taxon id="sesses_2" spec="Taxon"/>
diff --git a/src/snap/SNAPPHeatedMCMC.java b/src/snap/SNAPPHeatedMCMC.java
index aaca1f0..225baea 100644
--- a/src/snap/SNAPPHeatedMCMC.java
+++ b/src/snap/SNAPPHeatedMCMC.java
@@ -34,7 +34,7 @@ public void setChainNr(int i, int resampleEvery) throws Exception {
 			SubSampledData subSample = new SubSampledData();
 			try {
 				subSample.initByName("data", data, 
-						"proportion", 4.0 / (i + 4.0),
+						"proportion", 1.0, //3.0 / (i + 3.0),
 						"taxonset", data.m_taxonsets.get());
 			} catch (Exception e) {
 				e.printStackTrace();
@@ -49,6 +49,7 @@ public void setChainNr(int i, int resampleEvery) throws Exception {
 		this.resampleEvery = resampleEvery;
 		
 		this.chainNr = i;
+		temperature = 1 + i * 1.0;
 	} // setChainNr
 
 	@Override
diff --git a/src/snap/likelihood/SnAPTreeLikelihood.java b/src/snap/likelihood/SnAPTreeLikelihood.java
index 2b2a989..f7a674f 100644
--- a/src/snap/likelihood/SnAPTreeLikelihood.java
+++ b/src/snap/likelihood/SnAPTreeLikelihood.java
@@ -384,6 +384,7 @@ public double getNewProbVariableSites() {
 			try {
 			NodeData root = (NodeData) treeInput.get().getRoot();
 	    	Double [] coalescenceRate = m_substitutionmodel.m_pCoalescenceRate.get().getValues();
+	    	Double [] scaledCoalescenceRates = new Double[coalescenceRate.length]; 
 	    	double u = m_substitutionmodel.m_pU.get().getValue();
 	    	double v  = m_substitutionmodel.m_pV.get().getValue();
 			boolean useCache = true;
@@ -400,13 +401,16 @@ public double getNewProbVariableSites() {
 
 			// calculate pattern probabilities for all categories
 			for (int iCategory = 0; iCategory < nCategories; iCategory++) {
+				for (int i = 0; i < scaledCoalescenceRates.length; i++) {
+					scaledCoalescenceRates[i] = coalescenceRate[i] / fCategoryRates[iCategory];
+				}
 				patternProbs[iCategory] = m_core.computeConstantSitesLogLikelihood(root, 
 						u, 
 						v,
 						fCategoryRates[iCategory], 
 		    			m_nSampleSizes, 
 		    			m_data2,
-		    			coalescenceRate,
+		    			scaledCoalescenceRates,
 		    			m_bMutationOnlyAtRoot,
 						m_bHasDominantMarkers,											  
 		    			useCache,