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Young Chan committed Jul 24, 2019
1 parent 0a0457f commit b512bfb
Showing 1 changed file with 31 additions and 3 deletions.
34 changes: 31 additions & 3 deletions ChangeLog
Original file line number Diff line number Diff line change
Expand Up @@ -110,7 +110,7 @@ SOAPnuke Change Log
* 修复了Adapter过滤的bug
* 添加了污染物过滤功能

2018-8-17 <chenyuxin@genomics.cn>
2018-8-17 <gongchun@genomics.cn>
* 版本升级为2.0 beta
* 保留了之前的filter,filterMeta和filtersRNA模块,删除了filterDGE模块,如有需求,后续添加。
* 统一了模块间的运行逻辑,除了adapter检测部分的算法差异,其它类似。主要步骤包括统计原始数据,过滤原始数据,统计过滤后的原始数据。
Expand All @@ -121,13 +121,41 @@ SOAPnuke Change Log
* 去除了rmdup去重复功能
* 当增加线程数时,运行效率得到显著提升。1.3G reads(PE50)在非ssd模式16线程下运行时间为70min左右

2018-12-1 <chenyuxin@genomics.cn>
2018-12-1 <gongchun@genomics.cn>
* 版本升级为2.0.1
* 修正了若干Bug
* 修改了过滤后fastq文件的split模块
* 放宽了adapter检测条件

2018-12-26 <chenyuxin@genomics.cn>
2018-12-26 <gongchun@genomics.cn>
* 版本升级为2.0.2
* 保证了多线程输出结果的顺序一致
* 降低内存和提升速度

2019-1-10 <[email protected]>
* 版本升级为2.0.3
* SE trimming 和 fov 过滤部分的debug

2019-2-1 <[email protected]>
* 版本升级为2.0.5
* 增加对过滤后数据提取的功能
* 修复程序在读取数据被打断或读取过多内容时引发的bug

2019-3-31 <[email protected]>
* 版本升级为2.0.6
* 修复了不稳定输出的bug
* 优化了全局污染物匹配算法

2019-5-17 <[email protected]>
* 版本升级为2.0.7
* 修复了在MaxOS上运行引发的bug,以及其他bug

2019-6-28 <[email protected]>
* 版本升级为2.0.8
* 升级了README的内容,以顺应2.X的版本
* 优化了fov的匹配算法

2019-7-24 <[email protected]>
* 版本升级为2.1.0
* 将输出顺序改为输入文件中的reads顺序,显著提升了split功能速度
* 增强了随机提取reads数目的随机性

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