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title: "Visualisation"
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```{r OCCS_init, include = F}
# packages & data
library(knitr)
source("scr/data_n_figures_visual.r")
# ----------------------------
# --- last SPI - distribution
# ----------------------------
last_spi_occ <- sspi_df_occ[sspi_df_occ$YEAR == 2023, ]
last_spi_occ$SPI2 <- round(last_spi_occ$SPI, digits = 3)
# colors
col_pal <- c("#440154FF", "#39568CFF", "#1F968BFF", "#73D055FF")
```
## **Augmentation de la protection de toutes les espèces ciblées au cours des 61 dernières années**
```{r OCCS_SPI_species, echo=F, warnings=F}
#| label: fig-spi_occur
#| fig-cap: "Valeur moyenne et par espèce de l'indice de protection des espèces à partir des données d'occurrence des espèces (n = 503). La courbe bleue représente le SPI moyen, les courbes verte et pourpre représentent les espèces la moins et la plus protégée, respectivement."
#| warning: false
h <- plot_ly(
type = "scatter",
x = sspi_df_occ$YEAR[sspi_df_occ$GROUPE == "mean"],
y = sspi_df_occ$SPI[sspi_df_occ$GROUPE == "mean"],
text = sspi_df_occ$POPINFOS[sspi_df_occ$GROUPE == "mean"],
hoverinfo = "text",
mode = "lines")
for (i in unique(sspi_df_occ$SPECIES[sspi_df_occ$GROUPE == "other"])) {
h <- add_lines(h,
x = sspi_df_occ$YEAR[sspi_df_occ$SPECIES == i],
y = sspi_df_occ$SPI[sspi_df_occ$SPECIES == i],
text = sspi_df_occ$POPINFOS[sspi_df_occ$SPECIES == i],
color = I(rgb(190, 190, 190, alpha = 100, maxColorValue = 255)),
name = "Autres")
}
for (i in unique(sspi_df_occ$SPECIES[sspi_df_occ$GROUPE == "max"])) {
h <- add_lines(h,
x = sspi_df_occ$YEAR[sspi_df_occ$SPECIES == i],
y = sspi_df_occ$SPI[sspi_df_occ$SPECIES == i],
text = sspi_df_occ$POPINFOS[sspi_df_occ$SPECIES == i],
color = I(rgb(64, 71, 136, alpha = 100, maxColorValue = 255)),
name = "Maximum")
}
for (i in unique(sspi_df_occ$SPECIES[sspi_df_occ$GROUPE == "min"])) {
h <- add_lines(h,
x = sspi_df_occ$YEAR[sspi_df_occ$SPECIES == i],
y = sspi_df_occ$SPI[sspi_df_occ$SPECIES == i],
text = sspi_df_occ$POPINFOS[sspi_df_occ$SPECIES == i],
color = I(rgb(184, 222, 41, alpha = 100, maxColorValue = 255)),
name = "Minimum")
}
h <- add_lines(h,
x = sspi_df_occ$YEAR[sspi_df_occ$GROUPE == "mean"],
y = sspi_df_occ$SPI[sspi_df_occ$GROUPE == "mean"],
text = sspi_df_occ$POPINFOS[sspi_df_occ$GROUPE == "mean"],
color = I("#238A8DFF"),
name = "Moyenne")
h |> layout(
showlegend = F,
yaxis = list(zeroline = FALSE, title = "SPI"),
xaxis = list(zeroline = FALSE, title = "Année")
)
h <- h %>% toWebGL()
print(h)
```
## **Valeurs des indices de protection des espèces en 2023**
```{r OCCS_SPI_2023, echo=F, warning = FALSE}
#| label: fig-spi_occ_2023
#| fig-cap: "Valeur de l'indice de protection des espèces en 2023, à partir des données d'occurrences (n = 503)."
#| warning: false
# conversion from species characters to ordered levels of factor for keeping increasing SPI
last_spi_occ$SPECIES2 <- factor(last_spi_occ$SPECIES, levels = last_spi_occ$SPECIES[order(last_spi_occ$SPI, decreasing = FALSE)])
fig <- plot_ly() |>
add_trace(
data = last_spi_occ,
x = ~SPI2,
y = ~SPECIES2,
name = "", # remove the "trace 0 " in the popup
type = "bar",
orientation = "h",
color = I(col_pal[4]),
marker = list(
line = list(color = "white",
width = 0.2)),
hovertemplate = paste(
"<b>%{y}</b><br>",
"<b>SPI</b> = %{x}"
)
) |>
layout(
yaxis = list(zeroline = FALSE, title = "Espèce", showticklabels = FALSE),
xaxis = list(zeroline = FALSE, title = "Indice de protection des espèces"),
shapes = list(vline(0.17, color = "black"))
)
fig <- fig %>% toWebGL()
fig
```
## **Etat de la protection des occurrences d'espèce situées au nord vs. au Sud en 2023**
Les espèces dont les occurrences sont présentent exclusivement dans le Nord (n = `r dim(last_socc_N)[1]`) présentent un SPI moyen de `r round(mean(last_socc_N$SPI_NORTH)*100, digit = 2)`% (sd = `r round(sd(last_socc_N$SPI_NORTH)*100, digit = 2)`%).
Les espèces dont les occurrences sont présentent uniquement dans le Sud (n = `r dim(last_socc_S)[1]`) présentent un SPI moyen `r round(mean(last_socc_S$SPI_SOUTH)*100, digit=2)`% (sd = `r round(sd(last_socc_S$SPI_SOUTH)*100, digit = 2)`%).
:::{.panel-tabset}
## Nord
```{r OCC_SPI_2023_N, echo=F, warning = FALSE}
#| label: fig-spi_2023_Nord
#| fig-cap: "Valeur de l'indice de protection des espèces en 2023, à partir des données d'occurrences (n = 503), pour les occurrences d'espèce retrouvées exclusivement dans le nord."
#| warning: false
# conversion from species characters to ordered levels of factor for keeping increasing SPI
last_socc_N$vernacular_fr <- last_socc_N$SPECIES
last_socc_N$group_fr <- "Nord"
last_socc_N$vernacular_fr2 <- factor(last_socc_N$vernacular_fr, levels = last_socc_N$vernacular_fr[order(last_socc_N$SPI_NORTH, decreasing = FALSE)])
fig <- plot_ly() |>
add_bars(
data = last_socc_N,
x = ~SPI_NORTH,
y = ~vernacular_fr2,
type = "bar",
orientation = "h",
color = ~group_fr,
colors = col_pal[2],
hovertemplate = paste(
"<b>%{y}</b><br>",
"<b>SPI</b> = %{x}"
)
) |>
layout(
showlegend = F,
yaxis = list(zeroline = FALSE, title = "Espèce", showticklabels = FALSE),
xaxis = list(zeroline = FALSE, title = "Indice de protection des espèces"),
shapes = list(vline(0.17, color = "black"))
)
fig <- fig %>% toWebGL()
fig
```
## Sud
```{r OCC_SPI_2023_S, echo=F, warning = FALSE}
#| label: fig-spi_2023_Sud
#| fig-cap: "Valeur de l'indice de protection des espèces en 2023, à partir des données d'occurrences (n = 503), dont les occurrences d'espèce sont retrouvées exclusivement dans le sud."
#| warning: false
# conversion from species characters to ordered levels of factor for keeping increasing SPI
last_socc_S$vernacular_fr <- last_socc_S$SPECIES
last_socc_S$group_fr <- "Sud"
last_socc_S$vernacular_fr2 <- factor(last_socc_S$vernacular_fr, levels = last_socc_S$vernacular_fr[order(last_socc_S$SPI_SOUTH, decreasing = FALSE)])
fig <- plot_ly() |>
add_bars(
data = last_socc_S,
x = ~SPI_SOUTH,
y = ~vernacular_fr2,
type = "bar",
orientation = "h",
color = ~group_fr,
colors = col_pal[3],
hovertemplate = paste(
"<b>%{y}</b><br>",
"<b>SPI</b> = %{x}"
)
) |>
layout(
showlegend = F,
yaxis = list(zeroline = FALSE, title = "Espèce", showticklabels = FALSE),
xaxis = list(zeroline = FALSE, title = "Indice de protection des espèces"),
shapes = list(vline(0.17, color = "black"))
)
fig <- fig %>% toWebGL()
fig
```
## Nord-Sud
```{r RANGES_SPI_2023_NS, echo=F, warning = FALSE}
#| label: fig-spi_2023_NordSud
#| fig-cap: "Valeur de l'indice de protection des espèces en 2023, à partir des données d'occurrences (n = 503), dont les occurrences d'espèce sont retrouvées dans le nord et le sud simultanément."
#| warning: false
# conversion from species characters to ordered levels of factor for keeping increasing SPI
last_socc_NS$vernacular_fr <- last_socc_NS$SPECIES
nord <- last_socc_NS[last_socc_NS$LOC == "Nord",]
nord$vernacular_fr2 <- factor(nord$vernacular_fr, levels = nord$vernacular_fr[order(nord$SPI, decreasing = FALSE)])
sud <- last_socc_NS[last_socc_NS$LOC == "Sud",]
sud$vernacular_fr2 <- factor(sud$vernacular_fr, levels = sud$vernacular_fr[order(sud$SPI, decreasing = FALSE)])
fig_N <- plot_ly() |>
add_bars(
data = nord,
x = ~SPI,
y = ~vernacular_fr2,
type = "bar",
orientation = "h",
color = ~LOC,
colors = col_pal[2],
hovertemplate = paste(
"<b>%{y}</b><br>",
"<b>SPI</b> = %{x}"
)
) %>%
layout(
yaxis = list(zeroline = FALSE, title = "Espèce", showticklabels = FALSE),
xaxis = list(zeroline = FALSE, title = "Indice de protection des espèces"),
shapes = list(vline(0.17, color = "black"))
)
fig_S <- plot_ly() |>
add_bars(
data = sud,
x = ~SPI,
y = ~vernacular_fr2,
type = "bar",
orientation = "h",
color = ~LOC,
colors = col_pal[3],
hovertemplate = paste(
"<b>%{y}</b><br>",
"<b>SPI</b> = %{x}"
)
) %>%
layout(
yaxis = list(zeroline = FALSE, title = "Espèce", showticklabels = FALSE),
xaxis = list(zeroline = FALSE),
shapes = list(vline(0.17, color = "black"))
)
fig <- subplot(fig_N, fig_S)
fig <- fig %>% toWebGL()
fig
```
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