Naudojome 297 archyvus, kuriuos isskleidus gavosi 163GB RAW duomenu is NCBI
Seku istraukimas is RAW duomenu uztrunka apie valanda laiko. (single core)
1-genas.csv
Valymas, blastinimas uztrunka apie 5minutes
Tiek transkriptaze tiek integraze turi apie 1000 seku su J raidem, kurios reiskia I arba L, tos sekos padubliuojamos, tai yra is vienos sekos gaunasi 2 sekos, viena su I, kita su L raide
Isvalius sekas lieka apie 17k seku
2-genas.csv
Alignmentas su muscle5 trunka apie 10 minuciu (single core)
3-genas.csv
Filogenetinio medzio sudarymas su RAXML uztrunka apie 60 valandu (96 core)
TRANSCRIPTASE Overall execution time for full ML analysis: 195008.792553 secs or 54.169109 hours or 2.257046 days
raxml/RAxML_bestTree-4-genas.tre
Atstumu skaiciavimas ir binarinio medzio sudarymas apie 14 valandu (96core)
distances.csv tree.dot
Poru sudarymas 1 min