comparaison_assemblage.Rmd

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title: "Choix des meilleurs Assemblages"
author: "CHARRIAT Florian"
date: "29 mars 2018"
output:
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    toc_depth: 5
    toc_float: yes
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```{r knitr setup, include=FALSE,  eval=TRUE, echo=FALSE, warning=FALSE}
# knitr::opts_chunk$set(echo=TRUE, eval=TRUE, cache=TRUE, message=FALSE, warning=FALSE, comment="")

library(knitr)
options(width=300)
knitr::opts_chunk$set(
  fig.width = 10, 
  fig.height = 5, 
  fig.align = "center", 
  size = "tiny", 
  echo = TRUE, eval=TRUE, 
  warning = FALSE, message = FALSE, 
  results = TRUE, comment = "")
# knitr::asis_output("\\footnotesize")

```

```{r Package , echo=FALSE}
if(!require("knitr"))
  {
  install.packages('knitr')
}
if(!require("DT"))
  {
  install.packages('DT')
  }
library('knitr')
library('DT')
```

#Comparaison des assemblages

<p style="text-align:justify";>Dans cette partie les statistiques des assemblages réalisés lors de ce stage avec l'outil ABYSS sont comparées avec les statistiques des assemblages effectués par Sebastien. Le tableau ci-dessous montre les statistiques entre les deux assemblages.</p>

```{r Comparaison}
dataABYSS <- read.table('data/dataABYSS.txt',header = TRUE)
dataSEB <- read.table('data/dataSeb.txt',header = TRUE)
colnames(dataABYSS) <- c('Id','Num','N50','L50')
rownames(dataABYSS) <- dataABYSS$Id
rownames(dataSEB) <- dataSEB$Id

dataABYSS = dataABYSS[order(dataABYSS[,1],decreasing=F), ]
dataSEB = dataSEB[order(dataSEB[,1],decreasing=F), ]
data <- data.frame(dataABYSS,dataSEB[,2:4])

##### Tableau #########
colnames = htmltools::withTags(table(
  class = 'display',
  thead(
    tr(
      th(rowspan = 2, 'Souche'),
      th(colspan = 3, 'ABYSS'),
      th(colspan = 3, 'SEB')
    ),
    tr(
      lapply(rep(c('Num', 'N50','L50'), 2), th)
    )
  )
))


datatable(data,  container = colnames , rownames = FALSE,extensions = 'Buttons', options = list(dom = 'Blfrtip',buttons = c('copy', 'csv', 'excel', 'pdf', 'print')))
```

&nbsp;

#Choix de l'assemblage

<p style="text-align:justify";>Le choix de l'assemblage a été réalisé en se basant sur le N50. L'assemblage avec le N50 les plus élevés est sélectionné. Le tableau ci-dessous donne les assemblages sélectionnés.</p>

```{r Selection}
choix <- c()

for (i in 1:nrow(dataABYSS))
{
  if (dataABYSS$N50[i] > dataSEB$N50[i])
  {
    choix <- c(choix,'ABYSS')
    
  }
  else 
  {
    choix <- c(choix,'SEB')
  }
}

data_choix <- data.frame(data$Id,choix)
datatable(data_choix,  colnames = c('id','origine') , rownames = FALSE,extensions = 'Buttons', options = list(dom = 'Blfrtip',buttons = c('copy', 'csv', 'excel', 'pdf', 'print')))
```