repeatMasquer.Rmd

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title: "Masquer les éléments répétés"
author: "CHARRIAT Florian"
date: "22 mars 2018"
output:
  html_document:
    fig_caption: yes
    highlight: zenburn
    theme: cerulean
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```{r knitr setup, include=FALSE,  eval=TRUE, echo=FALSE, warning=FALSE}
# knitr::opts_chunk$set(echo=TRUE, eval=TRUE, cache=TRUE, message=FALSE, warning=FALSE, comment="")

library(knitr)
options(width=300)
knitr::opts_chunk$set(
  fig.width = 10, 
  fig.height = 5, 
  fig.align = "center", 
  size = "tiny", 
  echo = TRUE, eval=TRUE, 
  warning = FALSE, message = FALSE, 
  results = TRUE, comment = "")
# knitr::asis_output("\\footnotesize")

```

<p style="text-align:justify";>Dans le but de masquer les éléments répétés tels que les éléments transposables, l'outil repeatMasker <a href='biblio.html#annotation1'>[5]</a> a été utilisé. Le script <a href="https://floriancha.github.io/Script/index.html" target="_blank">repeatMasker_build</a> a été réalisé dans le but de lancer tous les assemblages sélectionnés avec l'outil repeatMasker.</p>


```{r Package, echo=FALSE}
if(!require("knitr"))
  {
  install.packages('knitr')
}
if(!require("DT"))
  {
  install.packages('DT')
  }
library('knitr')
library('DT')
```

&nbsp;

#Statistique de l'outil repeatMasker

Ce tableau présente les statistiques données par repeatMasker de chaque souche.

&nbsp;

```{r Importation des données, echo = FALSE}
dataQuality <-c()
WD <- 'StatQuality'
file.quality <- file.path(WD,'stat_repeatMasker')
data <- read.table(file=file.quality, sep="\t", header=TRUE)
rownames(data) <- data[,1]
data <- data[,2:ncol(data)]
datatable(data,colnames = c('Id.souche', colnames(data)),extensions = 'Buttons', options = list(dom = 'Blfrtip',buttons = c('copy', 'csv', 'excel', 'pdf', 'print'))) 
```