Missing dependencies in DESCRIPTION file

[TanguyBarthelemy]

Certains packages utilisés ne sont pas en dépendance de projet.

all_dependencies <- renv::dependencies("utilitR")
#> Finding R package dependencies ... 
#> Done!

description_dependencies <- c(
  "xfun", "rmarkdown", "bookdown", "pagedown", "data.table", "readr", 
  "openxlsx", "import", "FactoMineR", "factoextra", "corrplot", "tmap", 
  "ggplot2", "cartography", "import", "htmltools", "doremifasolData", 
  "readODS", "kableExtra", "fontawesome", "magick", "magrittr", "sass", 
  "bslib", "downlit", "utilitr", "usethis", "renv", "remotes", "targets", 
  "lintr", "parsedate", "lubridate", "zoo", "dygraphs"
)
missing_dep <- setdiff(all_dependencies$Package |> unique(), description_dependencies)
missing_dep
#>  [1] "base"        "yaml"        "knitr"       "desc"        "dplyr"      
#>  [6] "MASS"        "httr"        "jsonlite"    "arrow"       "parallel"   
#> [11] "tools"       "stringr"     "sf"          "units"       "rex"        
#> [16] "scales"      "viridis"     "readxl"      "tibble"      "tidyr"      
#> [21] "doremifasol" "utils"       "shiny"

missing_dep_files <- all_dependencies |> subset(Package %in% missing_dep)
missing_dep_files
#>                                                         Source     Package
#> 1                                                    .Rprofile        base
#> 3                                                    .Rprofile        yaml
#> 29                       01_R_Insee/Fiche_utiliser_utilitR.qmd       knitr
#> 31                       01_R_Insee/Fiche_utiliser_utilitR.qmd       knitr
#> 33                         01_R_Insee/presentation_utilitr.qmd        desc
#> 38                     02_Bonnes_pratiques/01-qualite-code.qmd       dplyr
#> 39                     02_Bonnes_pratiques/01-qualite-code.qmd        MASS
#> 44                           02_Bonnes_pratiques/05-regles.qmd       dplyr
#> 45                           02_Bonnes_pratiques/05-regles.qmd        MASS
#> 46                           02_Bonnes_pratiques/05-regles.qmd       dplyr
#> 47                           02_Bonnes_pratiques/05-regles.qmd        MASS
#> 48                           02_Bonnes_pratiques/05-regles.qmd       dplyr
#> 50                           02_Bonnes_pratiques/06-outils.qmd       knitr
#> 57                         03_Fiches_thematiques/Fiche_api.qmd       knitr
#> 59                         03_Fiches_thematiques/Fiche_api.qmd        httr
#> 60                         03_Fiches_thematiques/Fiche_api.qmd    jsonlite
#> 62                       03_Fiches_thematiques/Fiche_arrow.qmd       arrow
#> 63                       03_Fiches_thematiques/Fiche_arrow.qmd       dplyr
#> 64                       03_Fiches_thematiques/Fiche_arrow.qmd    parallel
#> 67  03_Fiches_thematiques/Fiche_comment_choisir_un_package.qmd       tools
#> 69              03_Fiches_thematiques/Fiche_configurer_git.qmd       knitr
#> 87                   03_Fiches_thematiques/Fiche_datatable.qmd     stringr
#> 90           03_Fiches_thematiques/Fiche_donnees_spatiales.qmd          sf
#> 91           03_Fiches_thematiques/Fiche_donnees_spatiales.qmd       dplyr
#> 92           03_Fiches_thematiques/Fiche_donnees_spatiales.qmd       dplyr
#> 93           03_Fiches_thematiques/Fiche_donnees_spatiales.qmd       dplyr
#> 94           03_Fiches_thematiques/Fiche_donnees_spatiales.qmd          sf
#> 95           03_Fiches_thematiques/Fiche_donnees_spatiales.qmd       units
#> 96           03_Fiches_thematiques/Fiche_donnees_spatiales.qmd          sf
#> 97           03_Fiches_thematiques/Fiche_donnees_spatiales.qmd          sf
#> 99         03_Fiches_thematiques/Fiche_donnees_temporelles.qmd        base
#> 100        03_Fiches_thematiques/Fiche_donnees_temporelles.qmd        base
#> 103        03_Fiches_thematiques/Fiche_donnees_temporelles.qmd        base
#> 105        03_Fiches_thematiques/Fiche_donnees_temporelles.qmd        base
#> 110         03_Fiches_thematiques/Fiche_donnees_textuelles.qmd     stringr
#> 112         03_Fiches_thematiques/Fiche_donnees_textuelles.qmd         rex
#> 116            03_Fiches_thematiques/Fiche_git_utilisation.qmd        yaml
#> 117            03_Fiches_thematiques/Fiche_git_utilisation.qmd       knitr
#> 118            03_Fiches_thematiques/Fiche_git_utilisation.qmd       knitr
#> 151                 03_Fiches_thematiques/Fiche_graphiques.qmd      scales
#> 152                 03_Fiches_thematiques/Fiche_graphiques.qmd     viridis
#> 153                 03_Fiches_thematiques/Fiche_graphiques.qmd      scales
#> 155    03_Fiches_thematiques/Fiche_import_fichiers_parquet.qmd       knitr
#> 156    03_Fiches_thematiques/Fiche_import_fichiers_parquet.qmd       knitr
#> 161            03_Fiches_thematiques/Fiche_import_tableurs.qmd       knitr
#> 168            03_Fiches_thematiques/Fiche_import_tableurs.qmd      readxl
#> 169            03_Fiches_thematiques/Fiche_import_tableurs.qmd      readxl
#> 170            03_Fiches_thematiques/Fiche_import_tableurs.qmd      readxl
#> 171            03_Fiches_thematiques/Fiche_import_tableurs.qmd      readxl
#> 172            03_Fiches_thematiques/Fiche_import_tableurs.qmd      readxl
#> 173            03_Fiches_thematiques/Fiche_import_tableurs.qmd      readxl
#> 174            03_Fiches_thematiques/Fiche_import_tableurs.qmd      readxl
#> 175            03_Fiches_thematiques/Fiche_import_tableurs.qmd      readxl
#> 184            03_Fiches_thematiques/Fiche_joindre_donnees.qmd        base
#> 185            03_Fiches_thematiques/Fiche_joindre_donnees.qmd       dplyr
#> 206                  03_Fiches_thematiques/Fiche_rmarkdown.qmd     stringr
#> 207                  03_Fiches_thematiques/Fiche_rmarkdown.qmd       knitr
#> 209     03_Fiches_thematiques/Fiche_rmarkdown_param_report.qmd       knitr
#> 225                    03_Fiches_thematiques/Fiche_targets.qmd       knitr
#> 228                  03_Fiches_thematiques/Fiche_tidyverse.qmd       dplyr
#> 229                  03_Fiches_thematiques/Fiche_tidyverse.qmd      tibble
#> 230                  03_Fiches_thematiques/Fiche_tidyverse.qmd       tidyr
#> 234                  03_Fiches_thematiques/Fiche_tidyverse.qmd       dplyr
#> 238                                     04_misc/githistory.qmd       knitr
#> 275      resources/fichiers_plats/script_init_fichiers_plats.R doremifasol
#> 277      resources/fichiers_plats/script_init_fichiers_plats.R       utils
#> 279               resources/rapportsparam/rapportParametre.Rmd       shiny
#> 280               resources/rapportsparam/rapportParametre.Rmd       knitr
#> 285                         resources/rmarkdown/basic_file.Rmd       knitr
#> 287                              resources/rmarkdown/setup.Rmd       knitr
#> 290                          resources/targets/_targets_mod2.R       dplyr

^{Created on 2024-05-22 with reprex v2.1.0}

Faut-il les rajouter au projet ?

[oliviermeslin]

Merci @TanguyBarthelemy!

Tu peux en effet les rajouter dans le fichier Description.

[TanguyBarthelemy]

Ok j'ai créé une PR ici #529