糖基化问题

[liyigerry]

不好意思，在这里提问。

最近在做糖基化蛋白的模拟，糖是从实验pdb结构中拿到的，但是gromacs默认不识别这些原子。

看了你的帖子。仍然很麻烦。

好像glycam的工具可以处理，但是生成了一堆文件，不知道怎么用，求大神指点，谢谢。

源文件 我传到这里了github

[Jerkwin]

如果你的糖基化蛋白能够用amber创建出来, 只是构型不一样, 那你只要将amber创建的构型修改到和实验pdb一样就好了. 这是最简单的处理方法, 当然仍然需要你自己手动或使用程序调整原子顺序.

另一种方法是对照得到amber pdb, 对实验pdb中的每个原子修改其名称, 只要antechamber就可以正确识别, 然后按常规操作.

此外, acpype新版好像支持glycam, 但我没有试过, 不知道可行不可行.

[liyigerry]

谢谢回复！

我其实已经从实验结构中拿到含有多糖的pdb文件，现在的问题是，gromacs并不识别多糖，是不是应该按照你的帖子，先把含有多糖的pdb文件输入ambertool，再输出gromacs能够识别的文件？

[Jerkwin]

是的. 肯定要借助ambertool, 自己手动写拓扑不现实.

[liyigerry]

好的，我先试试.
能加个qq吗？我的917757768