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diff --git a/2022/09/29/linux-common-cmd-Rmd/index.html b/2022/09/29/linux-common-cmd-Rmd/index.html index 45973644..6b012fb5 100644 --- a/2022/09/29/linux-common-cmd-Rmd/index.html +++ b/2022/09/29/linux-common-cmd-Rmd/index.html @@ -411,7 +411,7 @@
tr -d '\r' ## 删除 \r
sed
sed 's/^M$//g' filename > tmp_filename
-使用sed 工具:需要注意打^M时应输入Ctrl+v+m,长按Ctrl依次点击v和m键,而不是数字6上的^符号。
reference
使用sed 工具:需要注意打^M时应输入Ctrl+v+m,长按Ctrl依次点击v和m键 (或者输入Ctrl+V,然后输入Ctrl+M),而不是数字6上的^符号。
reference
dos2unix (if installed)
在研究一个基因时,常常会需要了解这个基因的(核苷酸或氨基酸)序列在物种间的保守性。下面提供一种查询基因同源情况、序列比对及可视化的方法。以基因 SF3B1 为例:
+如果是well-known的基因,保守性大概了解,可以自行判断是使用核苷酸序列(非常保守时使用)还是氨基酸序列(不怎么保守时使用)。
+如果未知,可以通过以下途径知晓:
+如果你想显示有哪些物种,可以使用TimeTree绘制指定物种间的进化树。
+确定要比较的物种,获取这些物种SF3B1的序列,用 snapGene 进行多序列比对。
多比对的结果 export为fasta格式。
!!!如果比对结果中,个别地方有碱基的错位,可手动编辑fasta文件,进行修改。
+下面提供一个在线的简单可视化工具:碱基顺序比对工具
+将比对结果fasta文件输入后,submit,出现的结果,可点击鼠标右键,直接打印输出为PDF文件。或者复制存储为其他类型文件。
+待更新…
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