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数据科学家的 Docker 教程

原文:www.kdnuggets.com/2023/07/docker-tutorial-data-scientists.html

数据科学家的 Docker 教程

图片来源:作者

Python 和一系列 Python 数据分析和机器学习库,如 pandas 和 scikit-learn,帮助你轻松开发数据科学应用程序。然而,Python 的依赖管理是一个挑战。在进行数据科学项目时,你需要花费大量时间安装各种库,并跟踪你所使用的库的版本等。


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如果其他开发者想要运行你的代码并为项目做贡献呢?其他希望复制你的数据科学应用程序的开发者首先需要设置他们机器上的项目环境——然后才能运行代码。即使是小的差异,如库版本不同,也可能引入破坏性更改。Docker 来拯救你。Docker 简化了开发过程并促进了无缝的协作。

本指南将向你介绍 Docker 的基础知识,并教你如何使用 Docker 对数据科学应用程序进行容器化。

什么是 Docker?

数据科学家的 Docker 教程

图片来源:作者

Docker 是一个容器化工具,让你可以将应用程序构建和分享为称为镜像的可移植工件。

除了源代码外,你的应用程序还会有一组依赖项、所需的配置、系统工具等。例如,在数据科学项目中,你会在开发环境中安装所有必要的库(最好是在虚拟环境中)。你还会确保使用库所支持的最新版本的 Python。

然而,当你尝试在另一台机器上运行你的应用程序时,仍然可能会遇到问题。这些问题通常源于两台机器之间开发环境中的配置和库版本不匹配。

使用 Docker,你可以打包你的应用程序——连同依赖项和配置一起。这样,你可以定义一个隔离、可重现且一致的环境,适用于各种主机机器上的应用程序。

Docker 基础知识:镜像、容器和注册表

我们来回顾一些概念/术语:

Docker 镜像

Docker 镜像是你应用程序的便携式工件。

Docker 容器

当你运行一个镜像时,你实际上是在容器环境中运行应用程序。因此,镜像的运行实例就是容器。

Docker 注册表

Docker 注册表是一个存储分发 Docker 镜像的系统。在将应用程序容器化为 Docker 镜像后,你可以通过将其推送到镜像注册表来使其对开发者社区可用。 DockerHub 是最大的公共注册表,所有镜像默认都从 DockerHub 拉取。

Docker 如何简化开发?

由于容器为你的应用程序提供了隔离的环境,因此其他开发人员现在只需在他们的机器上设置 Docker。他们可以拉取 Docker 镜像并使用单个命令启动容器——无需担心复杂的安装——在远程机器上。

在开发应用程序时,常常需要构建和测试多个版本的相同应用程序。如果使用 Docker,你可以在同一环境中运行多个相同应用程序的不同版本——没有任何冲突。

除了简化开发,Docker 还简化了部署,并帮助开发和运维团队有效协作。在服务器端,运维团队不必花时间解决复杂的版本和依赖冲突。他们只需要设置一个 docker 运行时环境。

基本 Docker 命令

让我们快速回顾一些基本的 Docker 命令,其中大多数将在本教程中使用。有关更详细的概述,请阅读:12 个每个数据科学家都应该知道的 Docker 命令。

命令 功能
docker ps 列出所有正在运行的容器
docker pull image-name 默认从 DockerHub 拉取 image-name
docker images 列出所有可用的镜像
docker run image-name 从镜像启动容器
docker start container-id 重新启动已停止的容器
docker stop container-id 停止正在运行的容器
docker build path 使用 Dockerfile 中的指令在指定路径构建镜像

注意:如果你没有创建docker组,则需要在所有命令前加上sudo

如何使用 Docker 容器化数据科学应用程序

我们已经了解了 Docker 的基础知识,现在是应用所学的知识的时候了。在这一部分,我们将使用 Docker 容器化一个简单的数据科学应用程序。

房价预测模型

让我们以以下线性回归模型为例,该模型根据输入特征预测目标值:中位数房价。该模型是使用 加州住房数据集 构建的:

# house_price_prediction.py
from sklearn.datasets import fetch_california_housing
from sklearn.model_selection import train_test_split
from sklearn.preprocessing import StandardScaler
from sklearn.linear_model import LinearRegression
from sklearn.metrics import mean_squared_error, r2_score

# Load the California Housing dataset
data = fetch_california_housing(as_frame=True)
X = data.data
y = data.target

# Split the dataset into training and test sets
X_train, X_test, y_train, y_test = train_test_split(X, y, test_size=0.2, random_state=42)

# Standardize features
scaler = StandardScaler()
X_train = scaler.fit_transform(X_train)
X_test = scaler.transform(X_test)

# Train the model
model = LinearRegression()
model.fit(X_train, y_train)

# Make predictions on the test set
y_pred = model.predict(X_test)

# Evaluate the model
mse = mean_squared_error(y_test, y_pred)
r2 = r2_score(y_test, y_pred)

print(f"Mean Squared Error: {mse:.2f}")
print(f"R-squared Score: {r2:.2f}")

我们知道 scikit-learn 是一个必需的依赖项。如果你查看代码,我们在加载数据集时将 as_frame 设置为 True。因此,我们还需要 pandas。requirements.txt 文件看起来是这样的:

pandas==2.0
scikit-learn==1.2.2

数据科学家的 Docker 教程

作者提供的图片

创建 Dockerfile

到目前为止,我们有源代码文件 house_price_prediction.pyrequirements.txt 文件。现在我们应该定义 如何 从我们的应用程序构建镜像。Dockerfile 用于创建这种从应用程序源代码文件构建镜像的定义。

那么 Dockerfile 是什么?它是一个包含逐步指令以构建 Docker 镜像的文本文件。

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作者提供的图片

这是我们示例的 Dockerfile:

# Use the official Python image as the base image
FROM python:3.9-slim

# Set the working directory in the container
WORKDIR /app

# Copy the requirements.txt file to the container
COPY requirements.txt .

# Install the dependencies
RUN pip install --no-cache-dir -r requirements.txt

# Copy the script file to the container
COPY house_price_prediction.py .

# Set the command to run your Python script
CMD ["python", "house_price_prediction.py"]

让我们详细分析一下 Dockerfile 的内容:

  • 所有 Dockerfile 都以 FROM 指令开始,指定基础镜像。基础镜像是你的镜像所基于的镜像。在这里,我们使用一个可用的 Python 3.9 镜像。FROM 指令告诉 Docker 从指定的基础镜像构建当前镜像。

  • WORKDIR 命令用于为所有后续命令设置工作目录(在这个例子中是 app)。

  • 然后,我们将 requirements.txt 文件复制到容器的文件系统中。

  • RUN 指令在容器内的 shell 中执行指定的命令。在这里,我们使用 pip 安装所有必需的依赖项。

  • 然后,我们将源代码文件——Python 脚本 house_price_prediction.py——复制到容器的文件系统中。

  • 最后,CMD 指令指的是在容器启动时要执行的指令。这里我们需要运行 house_price_prediction.py 脚本。Dockerfile 应该只包含一个 CMD 指令。

构建镜像

现在我们已经定义了 Dockerfile,可以通过运行 docker build 来构建 Docker 镜像:

docker build -t ml-app .

选项 -t 允许我们为镜像指定名称和标签,格式为 name:tag。默认标签是 latest

构建过程需要几分钟:

Sending build context to Docker daemon  4.608kB
Step 1/6 : FROM python:3.9-slim
3.9-slim: Pulling from library/python
5b5fe70539cd: Pull complete 
f4b0e4004dc0: Pull complete 
ec1650096fae: Pull complete 
2ee3c5a347ae: Pull complete 
d854e82593a7: Pull complete 
Digest: sha256:0074c6241f2ff175532c72fb0fb37264e8a1ac68f9790f9ee6da7e9fdfb67a0e
Status: Downloaded newer image for python:3.9-slim
 ---> 326a3a036ed2
Step 2/6 : WORKDIR /app
...
...
...
Step 6/6 : CMD ["python", "house_price_prediction.py"]
 ---> Running in 7fcef6a2ab2c
Removing intermediate container 7fcef6a2ab2c
 ---> 2607aa43c61a
Successfully built 2607aa43c61a
Successfully tagged ml-app:latest

Docker 镜像构建完成后,运行 docker images 命令。你也应该看到 ml-app 镜像被列出。

docker images

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你可以使用 docker run 命令运行 Docker 镜像 ml-app

docker run ml-app

数据科学家的 Docker 教程

恭喜!你刚刚将你的第一个数据科学应用程序容器化。通过创建 DockerHub 账户,你可以将镜像推送到 DockerHub(或推送到组织内的私有仓库)。

结论

希望你觉得这个入门级的 Docker 教程对你有帮助。你可以在 这个 GitHub 仓库 中找到本教程使用的代码。下一步,设置 Docker 并尝试这个示例,或者将你选择的应用进行容器化。

在你的机器上安装 Docker 的最简单方法是使用 Docker Desktop: 你将同时获得 Docker CLI 客户端以及一个用于轻松管理容器的 GUI。快来设置 Docker,立刻开始编码吧!

Bala Priya C 是来自印度的开发者和技术作家。她喜欢在数学、编程、数据科学和内容创作的交汇处工作。她的兴趣和专长领域包括 DevOps、数据科学和自然语言处理。她喜欢阅读、写作、编码和咖啡!目前,她正致力于通过撰写教程、操作指南、观点文章等与开发者社区分享她的知识。

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