input_handling.py

import pydicom
import numpy as np
from tkinter import filedialog
from tkinter import *
import sys

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def exitProgram():
    sys.exit(1)

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def EvaluateCorrectInputData(DATA):
    warnings = 0

    if DATA["MLC_model"] == 'generic diverging mlc' or DATA["MLC_model"] == 'generic':
        DATA["MLC_model"] = "generic"
    if DATA["MLC_model"] == 'generic hd diverging mlc' or DATA["MLC_model"] == 'generichd':
        DATA["MLC_model"] = "generichd"
    elif DATA["MLC_model"] == 'varian 120 millenium (extension required)' or DATA["MLC_model"] == 'varian':
        DATA["MLC_model"] = "VarianMillenium"
    elif DATA["MLC_model"] == 'varian 120 millenium hd (extension required)' or DATA["MLC_model"] == 'varianhd':
        DATA["MLC_model"] = "VarianMilleniumHD"
    else:
        print("--- WARNING: No valid MLC model selected (%s) - generic divergent MLC used by default" %DATA["MLC_model"])
        DATA["MLC_model"] = "generic"
        warnings +=1
    if type(DATA["multipleUse"]) != 'int':
        try:
            DATA["multipleUse"] = int(DATA["multipleUse"])
        except:
            print("--- WARNING: Geometrical particle splitting factor is not an integer - value 1 used")
            DATA["multipleUse"] = 1
            warnings +=1

    if DATA["scoring_quantity"] == 'dosetowater':
        DATA["scoring_quantity"] = "DoseToWater"
    elif DATA["scoring_quantity"] == 'dosetomedium':
        DATA["scoring_quantity"] = "DoseToMedium"
    else:
        print("--- WARNING: No valid scoring quantity selected (%s) - DoseToMedium used by default" %DATA["scoring_quantity"])
        DATA["scoring_quantity"] = "DoseToMedium"
        warnings +=1
    
    if DATA["output_format"] != "binary" and DATA["output_format"] != "csv" and DATA["output_format"] != "dicom" and DATA["output_format"] != "root" and DATA["output_format"] != "xml":
        print("--- WARNING: No valid Output Format selected (%s) - binary format used by default" %DATA["output_format"])
        DATA["output_format"] = "binary"
        warnings +=1
    
    if DATA["phsp_filename"].endswith('phsp'):
        DATA["phsp_filename"] = DATA["phsp_filename"][:-5]
    if DATA["phsp_filename"].endswith('header'):
        DATA["phsp_filename"] = DATA["phsp_filename"][:-7]

    print("Input information:")
    print("     (1) Project name:           %s" % DATA["project_name"])
    print("     (2) DICOM directory:        %s" % DATA["dicom_dirname"])
    print("     (3) DICOM-structure file:   %s" % DATA["RS_filename"])
    print("     (4) DICOM-dose file:        %s" % DATA["RD_filename"])
    print("     (5) DICOM-RT plan file:     %s" % DATA["RP_filename"])
    print("     (6) Phase space file name:  %s" % DATA["phsp_filename"])
    print("     (7) MLC model:              %s" % DATA["MLC_model"])
    print("     (8) Geometrical particle splitting factor: %s" % DATA["multipleUse"])
    print("     (9) Scoring quantity:       %s" % DATA["scoring_quantity"])
    print("    (10) Output file name:       %s" % DATA["output_file"])
    print("    (11) Output format:          %s" % DATA["output_format"])

    return DATA

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def InputDataInputFileMode(inputFile):
    inputInfo = open(inputFile,'r').read().split('\n')
    inputInfo = list(filter(None, inputInfo)) # filter empty lines
    if len(inputInfo) != 11:
        print("######")
        print('ERROR! %s arguments found in input file. %s arguments required' %(len(inputInfo),11))
        print("######")
        printHelp()
        exit(0)
    
    DATA = {}
    project_name_temp = inputInfo[0]
    DATA["project_name"]        = project_name_temp.replace(" ", "_")
    DATA["dicom_dirname"]       = inputInfo[1]
    DATA["RS_filename"]         = inputInfo[2] 
    DATA["RD_filename"]         = inputInfo[3]
    DATA["RP_filename"]         = inputInfo[4]
    DATA["phsp_filename"]       = inputInfo[5]
    DATA["MLC_model"]           = inputInfo[6].lower()
    DATA["multipleUse"]         = inputInfo[7]
    DATA["scoring_quantity"]    = inputInfo[8].lower()
    output_file_temp = inputInfo[9]
    DATA["output_file"]         = output_file_temp.replace(" ", "_")
    DATA["output_format"]    = inputInfo[10].lower()

    return EvaluateCorrectInputData(DATA)

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def _quit():
    root.quit()
    root.destroy() 

def InputDataInputGUIMode():

    ### functions to handle the GUI
    global dicomDirectoryName
    def browse_dicom_button():
        global dicomDirectoryName 
        filename = filedialog.askdirectory()
        dicomDirectoryName.set(filename)
    
    global dicomStructureFileName
    def browse_dicom_structure_button():
        global dicomStructureFileName 
        filename = filedialog.askopenfilename() 
        dicomStructureFileName.set(filename)
    
    global dicomDoseFileName
    def browse_dicom_dose_button():
        global dicomDoseFileName 
        filename = filedialog.askopenfilename() 
        dicomDoseFileName.set(filename)
    
    global dicomRTplanFileName
    def browse_dicom_RTplan_button():
        global dicomRTplanFileName 
        filename = filedialog.askopenfilename() 
        dicomRTplanFileName.set(filename)
    
    global phspFileName
    def browse_phsp_button():
        global phspFileName 
        filename = filedialog.askopenfilename() 
        phspFileName.set(filename)
    
    global root; root = Tk()
    root.title("TPS2TOPAS Interface")
    ################
    i = 1
    label0=StringVar()
    label0.set('Project name:')
    lbl0 = Label(master=root, textvariable=label0)
    lbl0.grid(row=i, column=1)
    
    projectName = StringVar()
    projectName.set('Project_1')
    projectEntry = Entry(master=root, textvariable=projectName)
    projectEntry.grid(row=i, column=2)
    ################
    ################
    i += 1
    label1=StringVar()
    label1.set('DICOM directory')
    lbl1 = Label(master=root, textvariable=label1) 
    lbl1.grid(row=i, column=1)
    button1 = Button(text="Browse", command=browse_dicom_button)
    button1.grid(row=i, column=2)
    
    dicomDirectoryName = StringVar()
    dicomDirectoryName.set('')
    lbl1 = Label(master=root, textvariable=dicomDirectoryName)
    lbl1.grid(row=i+1, column=1)
    ################    
    ################
    i += 2
    label2=StringVar()
    label2.set('DICOM-structure file')
    lbl2 = Label(master=root, textvariable=label2) 
    lbl2.grid(row=i, column=1)
    button2 = Button(text="Browse", command=browse_dicom_structure_button)
    button2.grid(row=i, column=2)
    
    dicomStructureFileName = StringVar()
    dicomStructureFileName.set('')
    lbl2 = Label(master=root, textvariable=dicomStructureFileName)
    lbl2.grid(row=i+1, column=1)
    ################ 
    ################
    i += 2
    label3=StringVar()
    label3.set('DICOM-dose file')
    lbl3 = Label(master=root, textvariable=label3) 
    lbl3.grid(row=i, column=1)
    button3 = Button(text="Browse", command=browse_dicom_dose_button)
    button3.grid(row=i, column=2)
    
    dicomDoseFileName = StringVar()
    dicomDoseFileName.set('')
    lbl3 = Label(master=root, textvariable=dicomDoseFileName)
    lbl3.grid(row=i+1, column=1)
    ################
    ################
    i += 2
    label4=StringVar()
    label4.set('DICOM-RT plan file')
    lbl4 = Label(master=root, textvariable=label4) 
    lbl4.grid(row=i, column=1)
    button4 = Button(text="Browse", command=browse_dicom_RTplan_button)
    button4.grid(row=i, column=2)
    
    dicomRTplanFileName = StringVar()
    dicomRTplanFileName.set('')
    lbl4 = Label(master=root, textvariable=dicomRTplanFileName)
    lbl4.grid(row=i+1, column=1)
    ################
    ################ 
    i += 2
    label5=StringVar()
    label5.set('Phase space file name:')
    lbl5 = Label(master=root, textvariable=label5)
    lbl5.grid(row=i, column=1)
    button5 = Button(text="Browse", command=browse_phsp_button)
    button5.grid(row=i, column=2)
    
    phspFileName = StringVar()
    phspFileName.set('')
    lbl5 = Label(master=root, textvariable=phspFileName)
    lbl5.grid(row=i+1, column=1)
    ################
    ################
    i += 2
    label6=StringVar()
    label6.set("MLC model")
    lbl6 = Label(master=root, textvariable=label6)
    lbl6.grid(row=i, column=1)
    MLCmodel = StringVar()
    MLCmodel.set('select')
    options = ["generic diverging MLC","generic HD diverging MLC", "Varian 120 Millenium (extension required)", "Varian 120 Millenium HD (extension required)"]
    MLCentry = OptionMenu(root , MLCmodel , *options)
    MLCentry.grid(row=i, column=2)

    lbl6 = Label()
    lbl6.grid(row=i+1, column=1)
    ################
    ################
    i += 2
    label7=StringVar()
    label7.set('Geometrical particle splitting factor:')
    lbl7 = Label(master=root, textvariable=label7)
    lbl7.grid(row=i, column=1)
    multipleUse = IntVar()
    multipleUse.set(1)
    multEntry = Entry(master=root, textvariable=multipleUse)
    multEntry.grid(row=i, column=2)

    lbl7 = Label()
    lbl7.grid(row=i+1, column=1)
    ################
    ################
    i += 2
    label8=StringVar()
    label8.set("Scoring quantity")
    lbl8 = Label(master=root, textvariable=label8)
    lbl8.grid(row=i, column=1)
    Scoring = StringVar()
    Scoring.set('select')
    options = ["DoseToWater", "DoseToMedium"]
    scoringentry = OptionMenu(root , Scoring , *options)
    scoringentry.grid(row=i, column=2)

    lbl8 = Label()
    lbl8.grid(row=i+1, column=1)
    ################    
    ################
    i += 2
    label9=StringVar()
    label9.set('Output file name:')
    lbl9 = Label(master=root, textvariable=label9)
    lbl9.grid(row=i, column=1)
    outFileName = StringVar()
    outFileName.set('output')
    outEntry = Entry(master=root, textvariable=outFileName)
    outEntry.grid(row=i, column=2)

    lbl9 = Label()
    lbl9.grid(row=i+1, column=1)
    ################   
    ################
    i += 2
    label10=StringVar()
    label10.set("Output format")
    lbl10 = Label(master=root, textvariable=label10)
    lbl10.grid(row=i, column=1)
    outputFormat = StringVar()
    outputFormat.set('select')
    options = ["binary", "DICOM", "csv", "root", "xml"]
    Outpytentry = OptionMenu(root , outputFormat , *options)
    Outpytentry.grid(row=i, column=2)

    lbl10 = Label()
    lbl10.grid(row=i+1, column=1)
    ################
    ################
    i += 2
    exitButton = Button(text="Generate TOPAS files", command=_quit)
    exitButton.grid(row=i, column=1)
    lbl11 = Label()
    lbl11.grid(row=i+1, column=1)
    ################
    ################
    i += 0
    abortButton = Button(text="Exit", command=exitProgram)
    abortButton.grid(row=i, column=2)
    lbl12 = Label()
    lbl12.grid(row=i+1, column=2)
    ################
    mainloop()
     
    DATA = {}
    project_name_temp = projectName.get()
    DATA["project_name"]        = project_name_temp.replace(" ", "_")
    DATA["dicom_dirname"]       = dicomDirectoryName.get()
    DATA["RS_filename"]         = dicomStructureFileName.get()
    DATA["RD_filename"]         = dicomDoseFileName.get()
    DATA["RP_filename"]         = dicomRTplanFileName.get()
    DATA["phsp_filename"]       = phspFileName.get()
    DATA["MLC_model"]           = MLCmodel.get().lower()
    DATA["multipleUse"]         = multipleUse.get()
    DATA["scoring_quantity"]    = Scoring.get().lower()
    output_file_temp = outFileName.get()
    DATA["output_file"]         = output_file_temp.replace(" ", "_")
    DATA["output_format"]    = outputFormat.get().lower()

    return EvaluateCorrectInputData(DATA)