Skip to content

Commit

Permalink
feat(data): update to CPIC version v1.35 and PharmGKB version 2023-12-19
Browse files Browse the repository at this point in the history
  • Loading branch information
whaleyr authored and markwoon committed Dec 30, 2023
1 parent 25a65b6 commit 8d372eb
Show file tree
Hide file tree
Showing 196 changed files with 947,977 additions and 11,443 deletions.
1 change: 0 additions & 1 deletion .idea/modules/PharmCAT.iml

Some generated files are not rendered by default. Learn more about how customized files appear on GitHub.

2 changes: 1 addition & 1 deletion docs/Phenotypes-List.md
Original file line number Diff line number Diff line change
Expand Up @@ -233,7 +233,7 @@ If you are using [outside calls](/using/Outside-Call-Format), you can see how we
<th style="text-align: left">CPIC Phenotypes</th>
</tr>
<tr>
<td style="vertical-align: top"><ul style="padding-left: 1rem"><li>Reference</li><li>c.103T>C</li><li>c.130C>T</li><li>c.487C>T</li><li>c.488G>T</li><li>c.742G>A</li><li>c.742G>C</li><li>c.982C>T</li><li>c.1021G>A</li><li>c.1021G>C</li><li>c.1201C>T</li><li>c.1209C>G</li><li>c.1565A>C</li><li>c.1589G>A</li><li>c.1597C>T</li><li>c.1598G>A</li><li>c.1654C>T</li><li>c.1840C>T</li><li>c.1841G>T</li><li>c.6487C>T</li><li>c.6488G>A</li><li>c.6502G>A</li><li>c.6617C>G</li><li>c.6617C>T</li><li>c.7007G>A</li><li>c.7042_7044delGAG</li><li>c.7048G>A</li><li>c.7063C>T</li><li>c.7124G>C</li><li>c.7282G>A</li><li>c.7300G>A</li><li>c.7304G>A</li><li>c.7354C>T</li><li>c.7360C>T</li><li>c.7361G>A</li><li>c.7372C>T</li><li>c.7373G>A</li><li>c.7522C>G</li><li>c.7522C>T</li><li>c.7523G>A</li><li>c.9310G>A</li><li>c.11969G>T</li><li>c.14387A>G</li><li>c.14477C>T</li><li>c.14497C>T</li><li>c.14512C>G</li><li>c.14545G>A</li><li>c.14582G>A</li><li>c.14693T>C</li></ul></td>
<td style="vertical-align: top"><ul style="padding-left: 1rem"><li>Reference</li><li>c.38T>G</li><li>c.51_53del</li><li>c.97A>G</li><li>c.103T>C</li><li>c.119G>C</li><li>c.130C>T</li><li>c.131G>A</li><li>c.152C>A</li><li>c.178G>A</li><li>c.178G>T</li><li>c.190T>C</li><li>c.212C>A</li><li>c.251C>T</li><li>c.418G>A</li><li>c.455C>A</li><li>c.463C>A</li><li>c.467G>A</li><li>c.479A>G</li><li>c.487C>T</li><li>c.488G>A</li><li>c.488G>T</li><li>c.493G>A</li><li>c.496G>A</li><li>c.497A>G</li><li>c.526G>A</li><li>c.528G>T</li><li>c.529C>T</li><li>c.533A>C</li><li>c.533A>G</li><li>c.625G>A</li><li>c.641C>T</li><li>c.652G>A</li><li>c.677T>A</li><li>c.680A>T</li><li>c.742G>A</li><li>c.742G>C</li><li>c.946C>T</li><li>c.947G>T</li><li>c.982C>T</li><li>c.992_994dup</li><li>c.1021G>A</li><li>c.1021G>C</li><li>c.1024G>A</li><li>c.1100G>A</li><li>c.1100G>T</li><li>c.1144C>A</li><li>c.1201C>A</li><li>c.1201C>G</li><li>c.1201C>T</li><li>c.1202G>A</li><li>c.1202G>T</li><li>c.1209C>G</li><li>c.1411C>T</li><li>c.1422G>T</li><li>c.1453A>G</li><li>c.1459C>G</li><li>c.1460T>C</li><li>c.1475G>A</li><li>c.1553T>C</li><li>c.1565A>C</li><li>c.1565A>G</li><li>c.1589G>A</li><li>c.1597C>A</li><li>c.1597C>T</li><li>c.1598G>A</li><li>c.1615T>C</li><li>c.1615T>G</li><li>c.1630G>T</li><li>c.1654C>T</li><li>c.1834G>C</li><li>c.1840C>T</li><li>c.1841G>T</li><li>c.2050G>C</li><li>c.2122G>A</li><li>c.2447C>T</li><li>c.2537C>T</li><li>c.2654G>A</li><li>c.2797G>A</li><li>c.2924G>A</li><li>c.2996G>A</li><li>c.3095G>A</li><li>c.3127C>T</li><li>c.3166G>A</li><li>c.3166G>C</li><li>c.3172G>A</li><li>c.3224G>A</li><li>c.3418C>T</li><li>c.3527C>T</li><li>c.3656A>C</li><li>c.3667G>A</li><li>c.4024A>G</li><li>c.4178A>G</li><li>c.4400A>G</li><li>c.4711A>G</li><li>c.4747C>T</li><li>c.4763C>T</li><li>c.4775C>T</li><li>c.5024T>C</li><li>c.5033A>G</li><li>c.5036G>A</li><li>c.5132A>G</li><li>c.5183C>T</li><li>c.5186T>G</li><li>c.5317C>T</li><li>c.5341T>C</li><li>c.5360C>T</li><li>c.5440A>G</li><li>c.5441T>A</li><li>c.5890C>T</li><li>c.6037A>C</li><li>c.6178G>T</li><li>c.6302T>A</li><li>c.6304G>C</li><li>c.6349G>C</li><li>c.6377G>A</li><li>c.6387C>G</li><li>c.6388G>A</li><li>c.6478G>A</li><li>c.6487C>T</li><li>c.6488G>A</li><li>c.6488G>C</li><li>c.6488G>T</li><li>c.6502G>A</li><li>c.6544A>T</li><li>c.6548G>A</li><li>c.6599C>T</li><li>c.6612C>G</li><li>c.6617C>G</li><li>c.6617C>T</li><li>c.6628G>T</li><li>c.6635T>A</li><li>c.6640G>A</li><li>c.6670C>T</li><li>c.6671G>A</li><li>c.6710G>A</li><li>c.6742C>T</li><li>c.6743G>A</li><li>c.6757C>T</li><li>c.6838G>A</li><li>c.6847A>C</li><li>c.6961A>G</li><li>c.7007G>A</li><li>c.7018T>C</li><li>c.7025A>G</li><li>c.7032G>C</li><li>c.7035C>A</li><li>c.7036G>A</li><li>c.7042_7044delGAG</li><li>c.7043A>G</li><li>c.7048G>A</li><li>c.7060G>A</li><li>c.7063C>T</li><li>c.7073T>A</li><li>c.7075C>T</li><li>c.7076G>A</li><li>c.7084G>A</li><li>c.7085A>G</li><li>c.7089C>G</li><li>c.7090T>G</li><li>c.7097C>G</li><li>c.7099G>A</li><li>c.7112A>G</li><li>c.7123G>A</li><li>c.7124G>C</li><li>c.7199A>G</li><li>c.7210G>A</li><li>c.7282G>A</li><li>c.7291G>A</li><li>c.7291G>T</li><li>c.7292A>T</li><li>c.7300G>A</li><li>c.7304G>A</li><li>c.7304G>T</li><li>c.7307G>A</li><li>c.7310C>T</li><li>c.7317G>C</li><li>c.7354C>T</li><li>c.7355G>A</li><li>c.7355G>C</li><li>c.7358T>C</li><li>c.7360C>T</li><li>c.7361G>A</li><li>c.7372C>T</li><li>c.7373G>A</li><li>c.7373G>T</li><li>c.7385C>T</li><li>c.7487C>T</li><li>c.7522C>G</li><li>c.7522C>T</li><li>c.7523G>A</li><li>c.7528T>C</li><li>c.7760A>G</li><li>c.7771C>G</li><li>c.7771C>T</li><li>c.7777C>G</li><li>c.7778G>A</li><li>c.7787C>T</li><li>c.7816T>A</li><li>c.7879G>A</li><li>c.7879G>C</li><li>c.8005G>A</li><li>c.8026C>T</li><li>c.8054C>T</li><li>c.8188G>C</li><li>c.8189A>G</li><li>c.8198G>A</li><li>c.8290G>A</li><li>c.8327C>T</li><li>c.8360C>G</li><li>c.8518C>T</li><li>c.8527T>C</li><li>c.8600T>A</li><li>c.8638G>A</li><li>c.8654C>G</li><li>c.8729C>T</li><li>c.8926C>T</li><li>c.9152G>A</li><li>c.9268G>A</li><li>c.9310G>A</li><li>c.9356G>A</li><li>c.9499C>T</li><li>c.9635A>G</li><li>c.9649T>C</li><li>c.9652G>A</li><li>c.9676G>C</li><li>c.9758T>C</li><li>c.9797T>C</li><li>c.9848G>A</li><li>c.9850T>A</li><li>c.9868G>A</li><li>c.10042C>T</li><li>c.10043G>A</li><li>c.10097G>A</li><li>c.10100A>G</li><li>c.10229C>A</li><li>c.10237A>T</li><li>c.10252A>G</li><li>c.10556C>T</li><li>c.10616G>A</li><li>c.10747G>C</li><li>c.10750G>C</li><li>c.10891G>T</li><li>c.11086G>C</li><li>c.11120G>T</li><li>c.11126C>T</li><li>c.11132C>T</li><li>c.11266C>G</li><li>c.11314C>T</li><li>c.11315G>A</li><li>c.11416G>A</li><li>c.11518G>A</li><li>c.11708G>A</li><li>c.11723A>T</li><li>c.11748T>G</li><li>c.11798A>G</li><li>c.11813G>A</li><li>c.11947C>T</li><li>c.11953T>C</li><li>c.11958C>G</li><li>c.11969G>T</li><li>c.12028G>A</li><li>c.12064A>G</li><li>c.12115A>T</li><li>c.12121C>T</li><li>c.12149C>A</li><li>c.12242C>T</li><li>c.12310G>C</li><li>c.12355A>T</li><li>c.12383C>T</li><li>c.12398A>G</li><li>c.12406C>A</li><li>c.12413T>C</li><li>c.12532G>A</li><li>c.12533G>T</li><li>c.12553G>A</li><li>c.12689T>G</li><li>c.12700G>C</li><li>c.12700G>T</li><li>c.12848A>T</li><li>c.12881C>T</li><li>c.12884C>T</li><li>c.13505A>G</li><li>c.13513G>C</li><li>c.13672C>T</li><li>c.13673G>A</li><li>c.13702C>G</li><li>c.13760C>T</li><li>c.13913G>A</li><li>c.13918A>G</li><li>c.13934G>A</li><li>c.13990T>C</li><li>c.13994_13995delTCinsCT</li><li>c.14002C>T</li><li>c.14051T>C</li><li>c.14126C>T</li><li>c.14168G>A</li><li>c.14186A>C</li><li>c.14197T>G</li><li>c.14201G>A</li><li>c.14209C>T</li><li>c.14210G>A</li><li>c.14270G>A</li><li>c.14364+1G>T</li><li>c.14387A>G</li><li>c.14422_14423delinsAA</li><li>c.14424C>A</li><li>c.14449A>T</li><li>c.14458G>A</li><li>c.14458G>T</li><li>c.14471T>C</li><li>c.14477C>T</li><li>c.14497C>T</li><li>c.14509C>G</li><li>c.14512C>G</li><li>c.14524G>A</li><li>c.14539G>C</li><li>c.14545G>A</li><li>c.14558C>T</li><li>c.14567C>G</li><li>c.14581C>T</li><li>c.14582G>A</li><li>c.14627A>G</li><li>c.14639T>C</li><li>c.14678G>A</li><li>c.14680G>A</li><li>c.14693T>C</li><li>c.14782A>G</li><li>c.14803G>A</li><li>c.14813T>C</li><li>c.14814C>G</li><li>c.14817C>A</li><li>c.14818G>A</li><li>c.14825G>T</li><li>c.14879T>A</li><li>c.14918C>T</li><li>c.14968A>G</li><li>c.15059G>C</li><li>c.15060G>C</li></ul></td>
<td style="vertical-align: top"><ul style="padding-left: 1rem"><li>Malignant Hyperthermia Susceptibility</li><li>Uncertain Susceptibility</li></ul></td>
</tr>
</table>
Expand Down
Loading

0 comments on commit 8d372eb

Please sign in to comment.