From ba475f1a6513fe95fe1ec883b382af4ded4ba606 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Andre Schoengraf Date: Mon, 6 Nov 2023 20:16:09 +0100 Subject: [PATCH 01/26] Feature Reader Bruker with extended precursor info --- .../Bruker/SpectrumList_Bruker.cpp | 6 ++ .../utility/vendor_api/Bruker/CompassData.hpp | 3 + .../utility/vendor_api/Bruker/TimsData.cpp | 77 ++++++++++++++----- .../utility/vendor_api/Bruker/TimsData.hpp | 3 + .../vendor_api/Bruker/timsdata_cpp_pwiz.h | 7 ++ 5 files changed, 78 insertions(+), 18 deletions(-) diff --git a/pwiz/data/vendor_readers/Bruker/SpectrumList_Bruker.cpp b/pwiz/data/vendor_readers/Bruker/SpectrumList_Bruker.cpp index 5cacdfde30..4444bec43b 100644 --- a/pwiz/data/vendor_readers/Bruker/SpectrumList_Bruker.cpp +++ b/pwiz/data/vendor_readers/Bruker/SpectrumList_Bruker.cpp @@ -305,6 +305,12 @@ PWIZ_API_DECL SpectrumPtr SpectrumList_Bruker::spectrum(size_t index, DetailLeve if (charge > 0) selectedIon.set(MS_charge_state, charge); + if(isolationInfo[i].inverseReducedIonMobility>0) + selectedIon.set(MS_inverse_reduced_ion_mobility, isolationInfo[i].inverseReducedIonMobility, MS_volt_second_per_square_centimeter); + + if(isolationInfo[i].intensity>0) + selectedIon.set(MS_peak_intensity, isolationInfo[i].intensity, MS_number_of_detector_counts); + switch (fragModes[i]) { case FragmentationMode_CID: diff --git a/pwiz_aux/msrc/utility/vendor_api/Bruker/CompassData.hpp b/pwiz_aux/msrc/utility/vendor_api/Bruker/CompassData.hpp index 17423267e2..1be861e4d5 100644 --- a/pwiz_aux/msrc/utility/vendor_api/Bruker/CompassData.hpp +++ b/pwiz_aux/msrc/utility/vendor_api/Bruker/CompassData.hpp @@ -146,6 +146,9 @@ struct PWIZ_API_DECL IsolationInfo double isolationMz; IsolationMode isolationMode; double collisionEnergy; + double inverseReducedIonMobility; + double collisionalCrossSectionalArea; + double intensity; }; struct PWIZ_API_DECL MSSpectrumParameter diff --git a/pwiz_aux/msrc/utility/vendor_api/Bruker/TimsData.cpp b/pwiz_aux/msrc/utility/vendor_api/Bruker/TimsData.cpp index f88175eb6f..90d48e6890 100644 --- a/pwiz_aux/msrc/utility/vendor_api/Bruker/TimsData.cpp +++ b/pwiz_aux/msrc/utility/vendor_api/Bruker/TimsData.cpp @@ -285,6 +285,7 @@ TimsDataImpl::TimsDataImpl(const string& rawpath, bool combineIonMobilitySpectra vector scanNumbers(maxNumScans+1); for (int i = 0; i <= maxNumScans; ++i) scanNumbers[i] = i; + for (size_t i = 0; i < oneOverK0ByScanNumberByCalibration_.size(); ++i) { vector& oneOverK0 = oneOverK0ByScanNumberByCalibration_[i]; @@ -319,7 +320,7 @@ TimsDataImpl::TimsDataImpl(const string& rawpath, bool combineIonMobilitySpectra { if (isDdaPasef) { - string querySql = "SELECT Frame, ScanNumBegin, ScanNumEnd, IsolationMz, IsolationWidth, CollisionEnergy, MonoisotopicMz, Charge, ScanNumber, Intensity, Parent " + string querySql = "SELECT Frame, ScanNumBegin, ScanNumEnd, IsolationMz, IsolationWidth, CollisionEnergy, LargestPeakMz, MonoisotopicMz, Charge, ScanNumber, Intensity, Parent " "FROM PasefFrameMsMsInfo f " "JOIN Precursors p ON p.id=f.precursor " + pasefIsolationMzFilter + @@ -337,6 +338,7 @@ TimsDataImpl::TimsDataImpl(const string& rawpath, bool combineIonMobilitySpectra auto& frame = findItr->second; frame->pasef_precursor_info_.emplace_back(new PasefPrecursorInfo); + PasefPrecursorInfo& info = *frame->pasef_precursor_info_.back(); info.scanBegin = row.get(++idx); @@ -345,10 +347,23 @@ TimsDataImpl::TimsDataImpl(const string& rawpath, bool combineIonMobilitySpectra info.isolationMz = row.get(++idx); info.isolationWidth = row.get(++idx); info.collisionEnergy = row.get(++idx); + double largestPeakMz = row.get(++idx); info.monoisotopicMz = row.get(++idx); info.charge = row.get(++idx); info.avgScanNumber = row.get(++idx); info.intensity = row.get(++idx); + + const map& scanNumberByOneOverK0 = scanNumberByOneOverK0ByCalibrationIndex[frame->calibrationIndex_]; + + for (auto it = scanNumberByOneOverK0.begin(); it != scanNumberByOneOverK0.end(); ++it) + { + if (it->second == round((info.scanEnd - info.scanBegin) / 2.0 + info.scanBegin)) + { + info.inverseReducedIonMobility = it->first; + info.collisionalCrossSectionalArea = tdfStorage_.timesOneOverK0toCCSMz(it->first, info.charge, largestPeakMz); + break; + } + } } } else if (isDiaPasef) @@ -384,6 +399,8 @@ TimsDataImpl::TimsDataImpl(const string& rawpath, bool combineIonMobilitySpectra // NB: some data has ScanNumEnd > NumScans, which should not happen because ScanNumEnd is supposed to be an exclusive 0-based index, so clamp it here info.numScans = min(frame->numScans(), 1 + scanEnd) - scanBegin; + const map& scanNumberByOneOverK0 = scanNumberByOneOverK0ByCalibrationIndex[frame->calibrationIndex_]; + if (!isolationMzFilter_.empty()) { // swap values for min/max below @@ -408,8 +425,6 @@ TimsDataImpl::TimsDataImpl(const string& rawpath, bool combineIonMobilitySpectra break; } - const map& scanNumberByOneOverK0 = scanNumberByOneOverK0ByCalibrationIndex[frame->calibrationIndex_]; - // 1/k0 is inverse to scan number (lowest scan number is highest 1/k0) auto scanNumLowerBoundItr = scanNumberByOneOverK0.upper_bound(mzMobilityWindow.mobilityBounds.get().second); --scanNumLowerBoundItr; auto scanNumUpperBoundItr = scanNumberByOneOverK0.upper_bound(mzMobilityWindow.mobilityBounds.get().first); if (scanNumUpperBoundItr != scanNumberByOneOverK0.begin()) --scanNumUpperBoundItr; @@ -429,6 +444,15 @@ TimsDataImpl::TimsDataImpl(const string& rawpath, bool combineIonMobilitySpectra info.numScans = 1 + scanEnd - scanBegin; } + for (auto it = scanNumberByOneOverK0.begin(); it != scanNumberByOneOverK0.end(); ++it) + { + if (it->second == round((scanEnd - scanBegin) / 2.0) + scanBegin) + { + info.inverseReducedIonMobility = it->first; + break; + } + } + frame->windowGroup_ = windowGroup; frame->diaPasefIsolationInfoByScanNumber_[scanBegin] = info; } @@ -465,6 +489,17 @@ TimsDataImpl::TimsDataImpl(const string& rawpath, bool combineIonMobilitySpectra info.charge = row.get(++idx); info.avgScanNumber = 0; info.intensity = 0; + + const map& scanNumberByOneOverK0 = scanNumberByOneOverK0ByCalibrationIndex[frame->calibrationIndex_]; + for (auto it = scanNumberByOneOverK0.begin(); it != scanNumberByOneOverK0.end(); ++it) + { + if (it->second == round((info.scanEnd - info.scanBegin) / 2.0) + info.scanBegin) + { + info.inverseReducedIonMobility = it->first; + info.collisionalCrossSectionalArea = tdfStorage_.timesOneOverK0toCCSMz(it->first, info.charge, info.isolationMz); + break; + } + } } } } @@ -538,22 +573,22 @@ TimsDataImpl::TimsDataImpl(const string& rawpath, bool combineIonMobilitySpectra { const auto& precursor = frame->pasef_precursor_info_[p]; - // add MS2s that don't have PASEF info (between last precursor's scanEnd and this precursor's scanBegin) - if (p > 0) + // add MS2s that don't have PASEF info (between last precursor's scanEnd and this precursor's scanBegin) + if (p > 0) + { + const auto& lastPrecursor = frame->pasef_precursor_info_[p - 1]; + for (int i = lastPrecursor->scanEnd + 1; i < precursor->scanBegin; ++i, ++scanIndex) { - const auto& lastPrecursor = frame->pasef_precursor_info_[p - 1]; - for (int i = lastPrecursor->scanEnd + 1; i < precursor->scanBegin; ++i, ++scanIndex) - { - spectra_.emplace_back(boost::make_shared(frame, i, TimsSpectrum::empty_)); - } + spectra_.emplace_back(boost::make_shared(frame, i, TimsSpectrum::empty_)); } - else + } + else + { + for (int i = 0; i < precursor->scanBegin; ++i, ++scanIndex) { - for (int i = 0; i < precursor->scanBegin; ++i, ++scanIndex) - { - spectra_.emplace_back(boost::make_shared(frame, i, TimsSpectrum::empty_)); - } + spectra_.emplace_back(boost::make_shared(frame, i, TimsSpectrum::empty_)); } + } // add MS2s for this precursor for (int i = precursor->scanBegin; i <= precursor->scanEnd; ++i, ++scanIndex) @@ -854,16 +889,22 @@ void TimsSpectrum::getIsolationData(std::vector& isolationInfo) c if (HasPasefPrecursorInfo()) { const auto& info = GetPasefPrecursorInfo(); - isolationInfo.resize(1, IsolationInfo{ info.isolationMz, IsolationMode_On, info.collisionEnergy }); + isolationInfo.resize(1, IsolationInfo{ + info.isolationMz, IsolationMode_On, info.collisionEnergy, + info.inverseReducedIonMobility, info.collisionalCrossSectionalArea, info.intensity + }); } else if (!frame_.diaPasefIsolationInfoByScanNumber_.empty()) { const auto& info = getDiaPasefIsolationInfo(); - isolationInfo.resize(1, IsolationInfo{ info.isolationMz, IsolationMode_On, info.collisionEnergy }); + isolationInfo.resize(1, IsolationInfo{ + info.isolationMz, IsolationMode_On, info.collisionEnergy, + info.inverseReducedIonMobility, 0, 0 + }); } else if (frame_.precursorMz_.is_initialized()) { - isolationInfo.resize(1, IsolationInfo{ frame_.precursorMz_.get(), IsolationMode_On, 0 }); + isolationInfo.resize(1, IsolationInfo{ frame_.precursorMz_.get(), IsolationMode_On, 0, 0, 0, 0 }); } } diff --git a/pwiz_aux/msrc/utility/vendor_api/Bruker/TimsData.hpp b/pwiz_aux/msrc/utility/vendor_api/Bruker/TimsData.hpp index b540434f4a..5cfa501125 100644 --- a/pwiz_aux/msrc/utility/vendor_api/Bruker/TimsData.hpp +++ b/pwiz_aux/msrc/utility/vendor_api/Bruker/TimsData.hpp @@ -54,6 +54,8 @@ struct PasefPrecursorInfo double monoisotopicMz; int charge; double intensity; + double inverseReducedIonMobility; + double collisionalCrossSectionalArea; }; typedef boost::shared_ptr PasefPrecursorInfoPtr; @@ -63,6 +65,7 @@ struct DiaPasefIsolationInfo double isolationWidth; double collisionEnergy; int numScans; + double inverseReducedIonMobility; }; struct PWIZ_API_DECL TimsFrame diff --git a/pwiz_aux/msrc/utility/vendor_api/Bruker/timsdata_cpp_pwiz.h b/pwiz_aux/msrc/utility/vendor_api/Bruker/timsdata_cpp_pwiz.h index f24476eca3..c862ee2027 100644 --- a/pwiz_aux/msrc/utility/vendor_api/Bruker/timsdata_cpp_pwiz.h +++ b/pwiz_aux/msrc/utility/vendor_api/Bruker/timsdata_cpp_pwiz.h @@ -260,6 +260,13 @@ namespace timsdata tims_scannum_to_oneoverk0(handle, frame_id, &in[0], &out[0], uint32_t(in.size())); } + double timesOneOverK0toCCSMz(const double ook0, + const int charge, + const double mz) + { + return tims_oneoverk0_to_ccs_for_mz(ook0, charge, mz); + } + private: void ctor_complete() { From c9f071ebd4a83db7d28ff37f20ea994f146a27b2 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Andre Schoengraf Date: Wed, 4 Sep 2024 16:49:53 +0200 Subject: [PATCH 02/26] Collisional Cross Sectional Area added --- pwiz/data/vendor_readers/Bruker/SpectrumList_Bruker.cpp | 3 +++ 1 file changed, 3 insertions(+) diff --git a/pwiz/data/vendor_readers/Bruker/SpectrumList_Bruker.cpp b/pwiz/data/vendor_readers/Bruker/SpectrumList_Bruker.cpp index 4444bec43b..8327234c09 100644 --- a/pwiz/data/vendor_readers/Bruker/SpectrumList_Bruker.cpp +++ b/pwiz/data/vendor_readers/Bruker/SpectrumList_Bruker.cpp @@ -311,6 +311,9 @@ PWIZ_API_DECL SpectrumPtr SpectrumList_Bruker::spectrum(size_t index, DetailLeve if(isolationInfo[i].intensity>0) selectedIon.set(MS_peak_intensity, isolationInfo[i].intensity, MS_number_of_detector_counts); + if (isolationInfo[i].collisionalCrossSectionalArea > 0) + selectedIon.set(MS_collisional_cross_sectional_area, isolationInfo[i].collisionalCrossSectionalArea, UO_square_angstrom); + switch (fragModes[i]) { case FragmentationMode_CID: From 5c7e77a85b463c30d88b43a662f12f376ce9a262 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Andre Schoengraf Date: Mon, 20 Nov 2023 00:00:57 +0100 Subject: [PATCH 03/26] mzXML and MGF Reader/Writer externded --- pwiz/data/msdata/Serializer_MGF.cpp | 10 ++++++++++ pwiz/data/msdata/Serializer_mzXML.cpp | 12 ++++++++++-- pwiz/data/msdata/SpectrumList_MGF.cpp | 10 ++++++++++ pwiz/data/msdata/SpectrumList_mzXML.cpp | 10 +++++++++- 4 files changed, 39 insertions(+), 3 deletions(-) diff --git a/pwiz/data/msdata/Serializer_MGF.cpp b/pwiz/data/msdata/Serializer_MGF.cpp index a3982cefa8..fe06378b39 100644 --- a/pwiz/data/msdata/Serializer_MGF.cpp +++ b/pwiz/data/msdata/Serializer_MGF.cpp @@ -132,6 +132,16 @@ void Serializer_MGF::Impl::write(ostream& os, const MSData& msd, os << " " << intensityParam.valueFixedNotation(); os << '\n'; + CVParam inverseReduceIonMobility = si.cvParam(MS_inverse_reduced_ion_mobility); + if (!inverseReduceIonMobility.empty()) + os << "INVREION=" << inverseReduceIonMobility.valueFixedNotation(); + os << '\n'; + + CVParam collisionalCrossSectionalArea = si.cvParam(MS_collisional_cross_sectional_area); + if (!collisionalCrossSectionalArea.empty()) + os << "COLLCROSSSA=" << collisionalCrossSectionalArea.valueFixedNotation(); + os << '\n'; + if (chargeParam.empty()) { vector charges; diff --git a/pwiz/data/msdata/Serializer_mzXML.cpp b/pwiz/data/msdata/Serializer_mzXML.cpp index a215052e7c..44efc9f7f7 100644 --- a/pwiz/data/msdata/Serializer_mzXML.cpp +++ b/pwiz/data/msdata/Serializer_mzXML.cpp @@ -441,11 +441,13 @@ struct PrecursorInfo string collisionEnergy; string activation; double windowWideness; + string crossSectionalArea; + string inverseReducedIonMobility; bool empty() const { return scanNum.empty() && mz.empty() && intensity.empty() && - charge.empty() && collisionEnergy.empty() && activation.empty() && windowWideness == 0; + charge.empty() && collisionEnergy.empty() && activation.empty() && crossSectionalArea.empty() && inverseReducedIonMobility.empty() && windowWideness == 0; } }; @@ -471,6 +473,8 @@ vector getPrecursorInfo(const Spectrum& spectrum, info.mz = it->selectedIons[0].cvParam(MS_selected_ion_m_z).value; info.intensity = it->selectedIons[0].cvParam(MS_peak_intensity).value; info.charge = it->selectedIons[0].cvParam(MS_charge_state).value; + info.inverseReducedIonMobility = it->selectedIons[0].cvParam(MS_inverse_reduced_ion_mobility).value; + info.crossSectionalArea = it->selectedIons[0].cvParam(MS_collisional_cross_sectional_area).value; } if (!it->activation.empty()) @@ -535,7 +539,11 @@ void write_precursors(XMLWriter& xmlWriter, const vector& precurs attributes.add("activationMethod", it->activation); if (it->windowWideness != 0) attributes.add("windowWideness", it->windowWideness); - + if (!it->inverseReducedIonMobility.empty()) + attributes.add("inverseReducedIonMobility", it->inverseReducedIonMobility); + if (!it->crossSectionalArea.empty()) + attributes.add("crossSectionalArea", it->crossSectionalArea); + xmlWriter.startElement("precursorMz", attributes); xmlWriter.characters(it->mz, false); xmlWriter.endElement(); diff --git a/pwiz/data/msdata/SpectrumList_MGF.cpp b/pwiz/data/msdata/SpectrumList_MGF.cpp index 60230c28e2..77cbfcc38c 100644 --- a/pwiz/data/msdata/SpectrumList_MGF.cpp +++ b/pwiz/data/msdata/SpectrumList_MGF.cpp @@ -235,6 +235,16 @@ class SpectrumList_MGFImpl : public SpectrumList_MGF else selectedIon.set(MS_selected_ion_m_z, value, MS_m_z); } + else if (name == "INVREION") + { + bal::trim(value); + selectedIon.set(MS_inverse_reduced_ion_mobility, value, MS_volt_second_per_square_centimeter); + } + else if (name == "COLLCROSSSA") + { + bal::trim(value); + selectedIon.set(MS_collisional_cross_sectional_area, value, UO_square_angstrom); + } else if (name == "CHARGE") { bal::trim_if(value, bal::is_any_of(" \t\r")); diff --git a/pwiz/data/msdata/SpectrumList_mzXML.cpp b/pwiz/data/msdata/SpectrumList_mzXML.cpp index e0d5034f08..a114c295bf 100644 --- a/pwiz/data/msdata/SpectrumList_mzXML.cpp +++ b/pwiz/data/msdata/SpectrumList_mzXML.cpp @@ -135,7 +135,7 @@ struct HandlerPrecursor : public SAXParser::Handler if (name == "precursorMz") { - string precursorScanNum, precursorIntensity, precursorCharge, possibleCharges, activationMethod, windowWideness, driftTime, collisionalCrossSection, invK0; + string precursorScanNum, precursorIntensity, precursorCharge, possibleCharges, activationMethod, windowWideness, driftTime, collisionalCrossSection, invK0, inverseReducedIonMobility, crossSectionalArea; getAttribute(attributes, "precursorScanNum", precursorScanNum); getAttribute(attributes, "precursorIntensity", precursorIntensity); getAttribute(attributes, "precursorCharge", precursorCharge); @@ -145,6 +145,8 @@ struct HandlerPrecursor : public SAXParser::Handler getAttribute(attributes, "DT", driftTime); getAttribute(attributes, "CCS", collisionalCrossSection); getAttribute(attributes, "invK0", invK0); + getAttribute(attributes, "inverseReducedIonMobility", inverseReducedIonMobility); + getAttribute(attributes, "crossSectionalArea", crossSectionalArea); if (!precursorScanNum.empty()) // precursorScanNum is an optional element precursor->spectrumID = id::translateScanNumberToNativeID(nativeIdFormat, precursorScanNum); @@ -157,6 +159,12 @@ struct HandlerPrecursor : public SAXParser::Handler if (!precursorCharge.empty()) precursor->selectedIons.back().set(MS_charge_state, precursorCharge); + if(!inverseReducedIonMobility.empty()) + precursor->selectedIons.back().set(MS_inverse_reduced_ion_mobility, inverseReducedIonMobility, MS_volt_second_per_square_centimeter); + + if (!crossSectionalArea.empty()) + precursor->selectedIons.back().set(MS_collisional_cross_sectional_area, crossSectionalArea, UO_square_angstrom); + if (!possibleCharges.empty()) { vector strCharges; From e8e5c5ea5f3cde6c3507af01e8c3d0cfec4f8868 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Andre Schoengraf Date: Sat, 25 Nov 2023 17:02:47 +0100 Subject: [PATCH 04/26] Bugfix Typo --- pwiz_aux/msrc/utility/vendor_api/Bruker/timsdata_cpp_pwiz.h | 4 ++-- 1 file changed, 2 insertions(+), 2 deletions(-) diff --git a/pwiz_aux/msrc/utility/vendor_api/Bruker/timsdata_cpp_pwiz.h b/pwiz_aux/msrc/utility/vendor_api/Bruker/timsdata_cpp_pwiz.h index c862ee2027..ec7897cd4f 100644 --- a/pwiz_aux/msrc/utility/vendor_api/Bruker/timsdata_cpp_pwiz.h +++ b/pwiz_aux/msrc/utility/vendor_api/Bruker/timsdata_cpp_pwiz.h @@ -260,11 +260,11 @@ namespace timsdata tims_scannum_to_oneoverk0(handle, frame_id, &in[0], &out[0], uint32_t(in.size())); } - double timesOneOverK0toCCSMz(const double ook0, + double timesOneOverK0toCCSMz(const double ooK0, const int charge, const double mz) { - return tims_oneoverk0_to_ccs_for_mz(ook0, charge, mz); + return tims_oneoverk0_to_ccs_for_mz(ooK0, charge, mz); } private: From 112bf17036f5dc6c9713e80282b3f5393383f9d6 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Andre Schoengraf Date: Wed, 4 Sep 2024 21:24:20 +0200 Subject: [PATCH 05/26] Changes after review --- pwiz/data/msdata/Serializer_MGF.cpp | 52 +++++++++---------- pwiz/data/msdata/Serializer_mzXML.cpp | 12 +---- pwiz/data/msdata/SpectrumList_MGF.cpp | 4 +- pwiz/data/msdata/SpectrumList_mzXML.cpp | 11 +--- .../Bruker/SpectrumList_Bruker.cpp | 3 ++ .../utility/vendor_api/Bruker/CompassData.hpp | 4 +- .../utility/vendor_api/Bruker/TimsData.cpp | 46 ++++------------ .../utility/vendor_api/Bruker/TimsData.hpp | 7 +-- .../vendor_api/Bruker/timsdata_cpp_pwiz.h | 4 +- 9 files changed, 50 insertions(+), 93 deletions(-) diff --git a/pwiz/data/msdata/Serializer_MGF.cpp b/pwiz/data/msdata/Serializer_MGF.cpp index fe06378b39..c2bc8589b7 100644 --- a/pwiz/data/msdata/Serializer_MGF.cpp +++ b/pwiz/data/msdata/Serializer_MGF.cpp @@ -52,13 +52,13 @@ class Serializer_MGF::Impl void read(shared_ptr is, MSData& msd) const; }; -template -struct nosci10_policy : boost::spirit::karma::real_policies -{ - // we want to generate up to 10 fractional digits - static unsigned int precision(T) { return 10; } - // we want the numbers always to be in fixed format - static int floatfield(T) { return boost::spirit::karma::real_policies::fmtflags::fixed; } +template +struct nosci10_policy : boost::spirit::karma::real_policies +{ + // we want to generate up to 10 fractional digits + static unsigned int precision(T) { return 10; } + // we want the numbers always to be in fixed format + static int floatfield(T) { return boost::spirit::karma::real_policies::fmtflags::fixed; } }; @@ -78,22 +78,22 @@ void Serializer_MGF::Impl::write(ostream& os, const MSData& msd, SpectrumList& sl = *msd.run.spectrumListPtr; SpectrumWorkerThreads spectrumWorkers(sl, useWorkerThreads, continueOnError); for (size_t i=0, end=sl.size(); i < end; ++i) - { - SpectrumPtr s; - try - { - // s = sl->spectrum(i, true); - s = spectrumWorkers.processBatch(i); - } - catch (std::exception& e) - { - if (continueOnError) - { + { + SpectrumPtr s; + try + { + // s = sl->spectrum(i, true); + s = spectrumWorkers.processBatch(i); + } + catch (std::exception& e) + { + if (continueOnError) + { cerr << "Skipping spectrum " << i << " \"" << (s ? s->id : sl.spectrumIdentity(i).id) << "\": " << e.what() << endl; continue; - } - else - throw; + } + else + throw; } Scan* scan = !s->scanList.empty() ? &s->scanList.scans[0] : 0; @@ -132,12 +132,12 @@ void Serializer_MGF::Impl::write(ostream& os, const MSData& msd, os << " " << intensityParam.valueFixedNotation(); os << '\n'; - CVParam inverseReduceIonMobility = si.cvParam(MS_inverse_reduced_ion_mobility); + CVParam inverseReduceIonMobility = scan->cvParam(MS_inverse_reduced_ion_mobility); if (!inverseReduceIonMobility.empty()) os << "INVREION=" << inverseReduceIonMobility.valueFixedNotation(); os << '\n'; - CVParam collisionalCrossSectionalArea = si.cvParam(MS_collisional_cross_sectional_area); + CVParam collisionalCrossSectionalArea = scan->cvParam(MS_collisional_cross_sectional_area); if (!collisionalCrossSectionalArea.empty()) os << "COLLCROSSSA=" << collisionalCrossSectionalArea.valueFixedNotation(); os << '\n'; @@ -158,9 +158,9 @@ void Serializer_MGF::Impl::write(ostream& os, const MSData& msd, const BinaryDataArray& mzArray = *s->getMZArray(); const BinaryDataArray& intensityArray = *s->getIntensityArray(); - using namespace boost::spirit::karma; - typedef real_generator > nosci10_type; - static const nosci10_type nosci10 = nosci10_type(); + using namespace boost::spirit::karma; + typedef real_generator > nosci10_type; + static const nosci10_type nosci10 = nosci10_type(); char buffer[256]; for (size_t p=0; p < s->defaultArrayLength; ++p) { diff --git a/pwiz/data/msdata/Serializer_mzXML.cpp b/pwiz/data/msdata/Serializer_mzXML.cpp index 44efc9f7f7..b049159de1 100644 --- a/pwiz/data/msdata/Serializer_mzXML.cpp +++ b/pwiz/data/msdata/Serializer_mzXML.cpp @@ -441,13 +441,12 @@ struct PrecursorInfo string collisionEnergy; string activation; double windowWideness; - string crossSectionalArea; - string inverseReducedIonMobility; + bool empty() const { return scanNum.empty() && mz.empty() && intensity.empty() && - charge.empty() && collisionEnergy.empty() && activation.empty() && crossSectionalArea.empty() && inverseReducedIonMobility.empty() && windowWideness == 0; + charge.empty() && collisionEnergy.empty() && activation.empty() && windowWideness == 0; } }; @@ -473,8 +472,6 @@ vector getPrecursorInfo(const Spectrum& spectrum, info.mz = it->selectedIons[0].cvParam(MS_selected_ion_m_z).value; info.intensity = it->selectedIons[0].cvParam(MS_peak_intensity).value; info.charge = it->selectedIons[0].cvParam(MS_charge_state).value; - info.inverseReducedIonMobility = it->selectedIons[0].cvParam(MS_inverse_reduced_ion_mobility).value; - info.crossSectionalArea = it->selectedIons[0].cvParam(MS_collisional_cross_sectional_area).value; } if (!it->activation.empty()) @@ -518,7 +515,6 @@ vector getPrecursorInfo(const Spectrum& spectrum, return result; } - void write_precursors(XMLWriter& xmlWriter, const vector& precursorInfo) { xmlWriter.pushStyle(XMLWriter::StyleFlag_InlineInner); @@ -539,10 +535,6 @@ void write_precursors(XMLWriter& xmlWriter, const vector& precurs attributes.add("activationMethod", it->activation); if (it->windowWideness != 0) attributes.add("windowWideness", it->windowWideness); - if (!it->inverseReducedIonMobility.empty()) - attributes.add("inverseReducedIonMobility", it->inverseReducedIonMobility); - if (!it->crossSectionalArea.empty()) - attributes.add("crossSectionalArea", it->crossSectionalArea); xmlWriter.startElement("precursorMz", attributes); xmlWriter.characters(it->mz, false); diff --git a/pwiz/data/msdata/SpectrumList_MGF.cpp b/pwiz/data/msdata/SpectrumList_MGF.cpp index 77cbfcc38c..d939ae975a 100644 --- a/pwiz/data/msdata/SpectrumList_MGF.cpp +++ b/pwiz/data/msdata/SpectrumList_MGF.cpp @@ -238,12 +238,12 @@ class SpectrumList_MGFImpl : public SpectrumList_MGF else if (name == "INVREION") { bal::trim(value); - selectedIon.set(MS_inverse_reduced_ion_mobility, value, MS_volt_second_per_square_centimeter); + scan.cvParams.push_back(CVParam(MS_inverse_reduced_ion_mobility, value, MS_volt_second_per_square_centimeter)); } else if (name == "COLLCROSSSA") { bal::trim(value); - selectedIon.set(MS_collisional_cross_sectional_area, value, UO_square_angstrom); + scan.cvParams.push_back(CVParam(MS_collisional_cross_sectional_area, value, UO_square_angstrom)); } else if (name == "CHARGE") { diff --git a/pwiz/data/msdata/SpectrumList_mzXML.cpp b/pwiz/data/msdata/SpectrumList_mzXML.cpp index a114c295bf..41218580a4 100644 --- a/pwiz/data/msdata/SpectrumList_mzXML.cpp +++ b/pwiz/data/msdata/SpectrumList_mzXML.cpp @@ -135,7 +135,7 @@ struct HandlerPrecursor : public SAXParser::Handler if (name == "precursorMz") { - string precursorScanNum, precursorIntensity, precursorCharge, possibleCharges, activationMethod, windowWideness, driftTime, collisionalCrossSection, invK0, inverseReducedIonMobility, crossSectionalArea; + string precursorScanNum, precursorIntensity, precursorCharge, possibleCharges, activationMethod, windowWideness, driftTime, collisionalCrossSection, invK0; getAttribute(attributes, "precursorScanNum", precursorScanNum); getAttribute(attributes, "precursorIntensity", precursorIntensity); getAttribute(attributes, "precursorCharge", precursorCharge); @@ -145,8 +145,6 @@ struct HandlerPrecursor : public SAXParser::Handler getAttribute(attributes, "DT", driftTime); getAttribute(attributes, "CCS", collisionalCrossSection); getAttribute(attributes, "invK0", invK0); - getAttribute(attributes, "inverseReducedIonMobility", inverseReducedIonMobility); - getAttribute(attributes, "crossSectionalArea", crossSectionalArea); if (!precursorScanNum.empty()) // precursorScanNum is an optional element precursor->spectrumID = id::translateScanNumberToNativeID(nativeIdFormat, precursorScanNum); @@ -159,12 +157,6 @@ struct HandlerPrecursor : public SAXParser::Handler if (!precursorCharge.empty()) precursor->selectedIons.back().set(MS_charge_state, precursorCharge); - if(!inverseReducedIonMobility.empty()) - precursor->selectedIons.back().set(MS_inverse_reduced_ion_mobility, inverseReducedIonMobility, MS_volt_second_per_square_centimeter); - - if (!crossSectionalArea.empty()) - precursor->selectedIons.back().set(MS_collisional_cross_sectional_area, crossSectionalArea, UO_square_angstrom); - if (!possibleCharges.empty()) { vector strCharges; @@ -574,7 +566,6 @@ class HandlerScan : public SAXParser::Handler bool getBinaryData_; string scanNumber_; string collisionEnergy_; - string activationMethod_; HandlerPeaks handlerPeaks_; HandlerPrecursor handlerPrecursor_; CVID nativeIdFormat_; diff --git a/pwiz/data/vendor_readers/Bruker/SpectrumList_Bruker.cpp b/pwiz/data/vendor_readers/Bruker/SpectrumList_Bruker.cpp index 8327234c09..88cde73487 100644 --- a/pwiz/data/vendor_readers/Bruker/SpectrumList_Bruker.cpp +++ b/pwiz/data/vendor_readers/Bruker/SpectrumList_Bruker.cpp @@ -314,6 +314,9 @@ PWIZ_API_DECL SpectrumPtr SpectrumList_Bruker::spectrum(size_t index, DetailLeve if (isolationInfo[i].collisionalCrossSectionalArea > 0) selectedIon.set(MS_collisional_cross_sectional_area, isolationInfo[i].collisionalCrossSectionalArea, UO_square_angstrom); + if (isolationInfo[i].intensity > 0) + selectedIon.set(MS_peak_intensity, isolationInfo[i].intensity, MS_number_of_detector_counts); + switch (fragModes[i]) { case FragmentationMode_CID: diff --git a/pwiz_aux/msrc/utility/vendor_api/Bruker/CompassData.hpp b/pwiz_aux/msrc/utility/vendor_api/Bruker/CompassData.hpp index 1be861e4d5..0bc5921faf 100644 --- a/pwiz_aux/msrc/utility/vendor_api/Bruker/CompassData.hpp +++ b/pwiz_aux/msrc/utility/vendor_api/Bruker/CompassData.hpp @@ -146,8 +146,6 @@ struct PWIZ_API_DECL IsolationInfo double isolationMz; IsolationMode isolationMode; double collisionEnergy; - double inverseReducedIonMobility; - double collisionalCrossSectionalArea; double intensity; }; @@ -308,6 +306,8 @@ struct PWIZ_API_DECL CompassData virtual bool canConvertOneOverK0AndCCS() const { return false; } virtual double oneOverK0ToCCS(double oneOverK0, double mz, int charge) const { return 0; } + + virtual double oneOverK0ToCCS(double oneOverK0, int charge) const { return 0; } virtual double ccsToOneOverK0(double ccs, double mz, int charge) const { return 0; } /// returns the number of spectra available from the MS source diff --git a/pwiz_aux/msrc/utility/vendor_api/Bruker/TimsData.cpp b/pwiz_aux/msrc/utility/vendor_api/Bruker/TimsData.cpp index 90d48e6890..3a90f5aba9 100644 --- a/pwiz_aux/msrc/utility/vendor_api/Bruker/TimsData.cpp +++ b/pwiz_aux/msrc/utility/vendor_api/Bruker/TimsData.cpp @@ -347,23 +347,11 @@ TimsDataImpl::TimsDataImpl(const string& rawpath, bool combineIonMobilitySpectra info.isolationMz = row.get(++idx); info.isolationWidth = row.get(++idx); info.collisionEnergy = row.get(++idx); - double largestPeakMz = row.get(++idx); + largestPeakMz = row.get(++idx); info.monoisotopicMz = row.get(++idx); info.charge = row.get(++idx); info.avgScanNumber = row.get(++idx); info.intensity = row.get(++idx); - - const map& scanNumberByOneOverK0 = scanNumberByOneOverK0ByCalibrationIndex[frame->calibrationIndex_]; - - for (auto it = scanNumberByOneOverK0.begin(); it != scanNumberByOneOverK0.end(); ++it) - { - if (it->second == round((info.scanEnd - info.scanBegin) / 2.0 + info.scanBegin)) - { - info.inverseReducedIonMobility = it->first; - info.collisionalCrossSectionalArea = tdfStorage_.timesOneOverK0toCCSMz(it->first, info.charge, largestPeakMz); - break; - } - } } } else if (isDiaPasef) @@ -444,15 +432,6 @@ TimsDataImpl::TimsDataImpl(const string& rawpath, bool combineIonMobilitySpectra info.numScans = 1 + scanEnd - scanBegin; } - for (auto it = scanNumberByOneOverK0.begin(); it != scanNumberByOneOverK0.end(); ++it) - { - if (it->second == round((scanEnd - scanBegin) / 2.0) + scanBegin) - { - info.inverseReducedIonMobility = it->first; - break; - } - } - frame->windowGroup_ = windowGroup; frame->diaPasefIsolationInfoByScanNumber_[scanBegin] = info; } @@ -489,17 +468,6 @@ TimsDataImpl::TimsDataImpl(const string& rawpath, bool combineIonMobilitySpectra info.charge = row.get(++idx); info.avgScanNumber = 0; info.intensity = 0; - - const map& scanNumberByOneOverK0 = scanNumberByOneOverK0ByCalibrationIndex[frame->calibrationIndex_]; - for (auto it = scanNumberByOneOverK0.begin(); it != scanNumberByOneOverK0.end(); ++it) - { - if (it->second == round((info.scanEnd - info.scanBegin) / 2.0) + info.scanBegin) - { - info.inverseReducedIonMobility = it->first; - info.collisionalCrossSectionalArea = tdfStorage_.timesOneOverK0toCCSMz(it->first, info.charge, info.isolationMz); - break; - } - } } } } @@ -636,6 +604,11 @@ double TimsDataImpl::oneOverK0ToCCS(double oneOverK0, double mz, int charge) con return tims_oneoverk0_to_ccs_for_mz(oneOverK0, charge, mz); } +double TimsDataImpl::oneOverK0ToCCS(double oneOverK0, int charge) const +{ + return oneOverK0ToCCS(oneOverK0, largestPeakMz, charge); +} + double TimsDataImpl::ccsToOneOverK0(double ccs, double mz, int charge) const { return tims_ccs_to_oneoverk0_for_mz(ccs, charge, mz); @@ -891,20 +864,19 @@ void TimsSpectrum::getIsolationData(std::vector& isolationInfo) c const auto& info = GetPasefPrecursorInfo(); isolationInfo.resize(1, IsolationInfo{ info.isolationMz, IsolationMode_On, info.collisionEnergy, - info.inverseReducedIonMobility, info.collisionalCrossSectionalArea, info.intensity + info.intensity }); } else if (!frame_.diaPasefIsolationInfoByScanNumber_.empty()) { const auto& info = getDiaPasefIsolationInfo(); isolationInfo.resize(1, IsolationInfo{ - info.isolationMz, IsolationMode_On, info.collisionEnergy, - info.inverseReducedIonMobility, 0, 0 + info.isolationMz, IsolationMode_On, info.collisionEnergy, 0 }); } else if (frame_.precursorMz_.is_initialized()) { - isolationInfo.resize(1, IsolationInfo{ frame_.precursorMz_.get(), IsolationMode_On, 0, 0, 0, 0 }); + isolationInfo.resize(1, IsolationInfo{ frame_.precursorMz_.get(), IsolationMode_On, 0 }); } } diff --git a/pwiz_aux/msrc/utility/vendor_api/Bruker/TimsData.hpp b/pwiz_aux/msrc/utility/vendor_api/Bruker/TimsData.hpp index 5cfa501125..80a4581f4a 100644 --- a/pwiz_aux/msrc/utility/vendor_api/Bruker/TimsData.hpp +++ b/pwiz_aux/msrc/utility/vendor_api/Bruker/TimsData.hpp @@ -54,8 +54,6 @@ struct PasefPrecursorInfo double monoisotopicMz; int charge; double intensity; - double inverseReducedIonMobility; - double collisionalCrossSectionalArea; }; typedef boost::shared_ptr PasefPrecursorInfoPtr; @@ -65,7 +63,6 @@ struct DiaPasefIsolationInfo double isolationWidth; double collisionEnergy; int numScans; - double inverseReducedIonMobility; }; struct PWIZ_API_DECL TimsFrame @@ -252,6 +249,8 @@ struct PWIZ_API_DECL TimsDataImpl : public CompassData virtual double oneOverK0ToCCS(double oneOverK0, double mz, int charge) const; + virtual double oneOverK0ToCCS(double oneOverK0, int charge) const; + virtual double ccsToOneOverK0(double ccs, double mz, int charge) const; /// returns the number of spectra available from the MS source @@ -322,6 +321,8 @@ struct PWIZ_API_DECL TimsDataImpl : public CompassData TimsBinaryDataPtr tdfStoragePtr_; TimsBinaryData& tdfStorage_; + double largestPeakMz; + /// /// cache entire frames while dealing with single spectrum access /// diff --git a/pwiz_aux/msrc/utility/vendor_api/Bruker/timsdata_cpp_pwiz.h b/pwiz_aux/msrc/utility/vendor_api/Bruker/timsdata_cpp_pwiz.h index ec7897cd4f..b361a66e29 100644 --- a/pwiz_aux/msrc/utility/vendor_api/Bruker/timsdata_cpp_pwiz.h +++ b/pwiz_aux/msrc/utility/vendor_api/Bruker/timsdata_cpp_pwiz.h @@ -260,9 +260,7 @@ namespace timsdata tims_scannum_to_oneoverk0(handle, frame_id, &in[0], &out[0], uint32_t(in.size())); } - double timesOneOverK0toCCSMz(const double ooK0, - const int charge, - const double mz) + double timesOneOverK0toCCSMz(const double ooK0, const int charge, const double mz) { return tims_oneoverk0_to_ccs_for_mz(ooK0, charge, mz); } From 0b8ffc4170fbe8b5fced74502c0803d998a1d7a5 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Andre Schoengraf Date: Wed, 4 Sep 2024 22:47:12 +0200 Subject: [PATCH 06/26] Bugfix merges --- pwiz/data/vendor_readers/Bruker/SpectrumList_Bruker.cpp | 9 --------- 1 file changed, 9 deletions(-) diff --git a/pwiz/data/vendor_readers/Bruker/SpectrumList_Bruker.cpp b/pwiz/data/vendor_readers/Bruker/SpectrumList_Bruker.cpp index 88cde73487..7081391491 100644 --- a/pwiz/data/vendor_readers/Bruker/SpectrumList_Bruker.cpp +++ b/pwiz/data/vendor_readers/Bruker/SpectrumList_Bruker.cpp @@ -305,18 +305,9 @@ PWIZ_API_DECL SpectrumPtr SpectrumList_Bruker::spectrum(size_t index, DetailLeve if (charge > 0) selectedIon.set(MS_charge_state, charge); - if(isolationInfo[i].inverseReducedIonMobility>0) - selectedIon.set(MS_inverse_reduced_ion_mobility, isolationInfo[i].inverseReducedIonMobility, MS_volt_second_per_square_centimeter); - if(isolationInfo[i].intensity>0) selectedIon.set(MS_peak_intensity, isolationInfo[i].intensity, MS_number_of_detector_counts); - if (isolationInfo[i].collisionalCrossSectionalArea > 0) - selectedIon.set(MS_collisional_cross_sectional_area, isolationInfo[i].collisionalCrossSectionalArea, UO_square_angstrom); - - if (isolationInfo[i].intensity > 0) - selectedIon.set(MS_peak_intensity, isolationInfo[i].intensity, MS_number_of_detector_counts); - switch (fragModes[i]) { case FragmentationMode_CID: From ee17fef30085c1c548011c633db956ea2e12397f Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Andre Schoengraf Date: Sat, 7 Sep 2024 23:07:16 +0200 Subject: [PATCH 07/26] Test files changed --- ...t1-first-6-frames-combineIMS-centroid.mzML | 14 + ...irst-6-frames-combineIMS-ms2-centroid.mzML | 14 + ...SEF_Slot1-first-6-frames-ms2-centroid.mzML | 350 ++++++++++++++++++ ...s-ms2-noMsMsWithoutPrecursor-centroid.mzML | 350 ++++++++++++++++++ .../Hela_QC_PASEF_Slot1-first-6-frames.mzML | 350 ++++++++++++++++++ 5 files changed, 1078 insertions(+) diff --git a/pwiz/data/vendor_readers/Bruker/Reader_Bruker_Test.data/Hela_QC_PASEF_Slot1-first-6-frames-combineIMS-centroid.mzML b/pwiz/data/vendor_readers/Bruker/Reader_Bruker_Test.data/Hela_QC_PASEF_Slot1-first-6-frames-combineIMS-centroid.mzML index 0f5f947d83..d2dfa3f40c 100644 --- a/pwiz/data/vendor_readers/Bruker/Reader_Bruker_Test.data/Hela_QC_PASEF_Slot1-first-6-frames-combineIMS-centroid.mzML +++ b/pwiz/data/vendor_readers/Bruker/Reader_Bruker_Test.data/Hela_QC_PASEF_Slot1-first-6-frames-combineIMS-centroid.mzML @@ -158,6 +158,7 @@ + @@ -268,6 +269,7 @@ + @@ -377,6 +379,7 @@ + @@ -487,6 +490,7 @@ + @@ -597,6 +601,7 @@ + @@ -706,6 +711,7 @@ + @@ -816,6 +822,7 @@ + @@ -926,6 +933,7 @@ + @@ -1035,6 +1043,7 @@ + @@ -1145,6 +1154,7 @@ + @@ -1255,6 +1265,7 @@ + @@ -1364,6 +1375,7 @@ + @@ -1474,6 +1486,7 @@ + @@ -1584,6 +1597,7 @@ + diff --git a/pwiz/data/vendor_readers/Bruker/Reader_Bruker_Test.data/Hela_QC_PASEF_Slot1-first-6-frames-combineIMS-ms2-centroid.mzML b/pwiz/data/vendor_readers/Bruker/Reader_Bruker_Test.data/Hela_QC_PASEF_Slot1-first-6-frames-combineIMS-ms2-centroid.mzML index 3c71619185..da1d0c2d8e 100644 --- a/pwiz/data/vendor_readers/Bruker/Reader_Bruker_Test.data/Hela_QC_PASEF_Slot1-first-6-frames-combineIMS-ms2-centroid.mzML +++ b/pwiz/data/vendor_readers/Bruker/Reader_Bruker_Test.data/Hela_QC_PASEF_Slot1-first-6-frames-combineIMS-ms2-centroid.mzML @@ -157,6 +157,7 @@ + @@ -267,6 +268,7 @@ + @@ -376,6 +378,7 @@ + @@ -486,6 +489,7 @@ + @@ -596,6 +600,7 @@ + @@ -705,6 +710,7 @@ + @@ -815,6 +821,7 @@ + @@ -925,6 +932,7 @@ + @@ -1034,6 +1042,7 @@ + @@ -1144,6 +1153,7 @@ + @@ -1254,6 +1264,7 @@ + @@ -1363,6 +1374,7 @@ + @@ -1473,6 +1485,7 @@ + @@ -1583,6 +1596,7 @@ + diff --git a/pwiz/data/vendor_readers/Bruker/Reader_Bruker_Test.data/Hela_QC_PASEF_Slot1-first-6-frames-ms2-centroid.mzML b/pwiz/data/vendor_readers/Bruker/Reader_Bruker_Test.data/Hela_QC_PASEF_Slot1-first-6-frames-ms2-centroid.mzML index 708f9c07a3..a261146d00 100644 --- a/pwiz/data/vendor_readers/Bruker/Reader_Bruker_Test.data/Hela_QC_PASEF_Slot1-first-6-frames-ms2-centroid.mzML +++ b/pwiz/data/vendor_readers/Bruker/Reader_Bruker_Test.data/Hela_QC_PASEF_Slot1-first-6-frames-ms2-centroid.mzML @@ -8122,6 +8122,7 @@ + @@ -8176,6 +8177,7 @@ + @@ -8230,6 +8232,7 @@ + @@ -8284,6 +8287,7 @@ + @@ -8338,6 +8342,7 @@ + @@ -8392,6 +8397,7 @@ + @@ -8446,6 +8452,7 @@ + @@ -8500,6 +8507,7 @@ + @@ -8554,6 +8562,7 @@ + @@ -8608,6 +8617,7 @@ + @@ -8662,6 +8672,7 @@ + @@ -8716,6 +8727,7 @@ + @@ -8770,6 +8782,7 @@ + @@ -8824,6 +8837,7 @@ + @@ -8878,6 +8892,7 @@ + @@ -8932,6 +8947,7 @@ + @@ -8986,6 +9002,7 @@ + @@ -9040,6 +9057,7 @@ + @@ -9094,6 +9112,7 @@ + @@ -9148,6 +9167,7 @@ + @@ -9202,6 +9222,7 @@ + @@ -9256,6 +9277,7 @@ + @@ -9310,6 +9332,7 @@ + @@ -9364,6 +9387,7 @@ + @@ -9418,6 +9442,7 @@ + @@ -10977,6 +11002,7 @@ + @@ -11031,6 +11057,7 @@ + @@ -11085,6 +11112,7 @@ + @@ -11139,6 +11167,7 @@ + @@ -11193,6 +11222,7 @@ + @@ -11247,6 +11277,7 @@ + @@ -11301,6 +11332,7 @@ + @@ -11355,6 +11387,7 @@ + @@ -11409,6 +11442,7 @@ + @@ -11463,6 +11497,7 @@ + @@ -11517,6 +11552,7 @@ + @@ -11571,6 +11607,7 @@ + @@ -11625,6 +11662,7 @@ + @@ -11679,6 +11717,7 @@ + @@ -11733,6 +11772,7 @@ + @@ -11787,6 +11827,7 @@ + @@ -11841,6 +11882,7 @@ + @@ -11895,6 +11937,7 @@ + @@ -11949,6 +11992,7 @@ + @@ -12003,6 +12047,7 @@ + @@ -12057,6 +12102,7 @@ + @@ -12111,6 +12157,7 @@ + @@ -12165,6 +12212,7 @@ + @@ -12219,6 +12267,7 @@ + @@ -12273,6 +12322,7 @@ + @@ -20656,6 +20706,7 @@ + @@ -20709,6 +20760,7 @@ + @@ -20762,6 +20814,7 @@ + @@ -20815,6 +20868,7 @@ + @@ -20868,6 +20922,7 @@ + @@ -20921,6 +20976,7 @@ + @@ -20974,6 +21030,7 @@ + @@ -21027,6 +21084,7 @@ + @@ -21080,6 +21138,7 @@ + @@ -21133,6 +21192,7 @@ + @@ -21186,6 +21246,7 @@ + @@ -21239,6 +21300,7 @@ + @@ -21292,6 +21354,7 @@ + @@ -21345,6 +21408,7 @@ + @@ -21398,6 +21462,7 @@ + @@ -21451,6 +21516,7 @@ + @@ -21504,6 +21570,7 @@ + @@ -21557,6 +21624,7 @@ + @@ -21610,6 +21678,7 @@ + @@ -21663,6 +21732,7 @@ + @@ -21716,6 +21786,7 @@ + @@ -21769,6 +21840,7 @@ + @@ -21822,6 +21894,7 @@ + @@ -21875,6 +21948,7 @@ + @@ -21928,6 +22002,7 @@ + @@ -22542,6 +22617,7 @@ + @@ -22596,6 +22672,7 @@ + @@ -22650,6 +22727,7 @@ + @@ -22704,6 +22782,7 @@ + @@ -22758,6 +22837,7 @@ + @@ -22812,6 +22892,7 @@ + @@ -22866,6 +22947,7 @@ + @@ -22920,6 +23002,7 @@ + @@ -22974,6 +23057,7 @@ + @@ -23028,6 +23112,7 @@ + @@ -23082,6 +23167,7 @@ + @@ -23136,6 +23222,7 @@ + @@ -23190,6 +23277,7 @@ + @@ -23244,6 +23332,7 @@ + @@ -23298,6 +23387,7 @@ + @@ -23352,6 +23442,7 @@ + @@ -23406,6 +23497,7 @@ + @@ -23460,6 +23552,7 @@ + @@ -23514,6 +23607,7 @@ + @@ -23568,6 +23662,7 @@ + @@ -23622,6 +23717,7 @@ + @@ -23676,6 +23772,7 @@ + @@ -23730,6 +23827,7 @@ + @@ -23784,6 +23882,7 @@ + @@ -23838,6 +23937,7 @@ + @@ -24627,6 +24727,7 @@ + @@ -24681,6 +24782,7 @@ + @@ -24735,6 +24837,7 @@ + @@ -24789,6 +24892,7 @@ + @@ -24843,6 +24947,7 @@ + @@ -24897,6 +25002,7 @@ + @@ -24951,6 +25057,7 @@ + @@ -25005,6 +25112,7 @@ + @@ -25059,6 +25167,7 @@ + @@ -25113,6 +25222,7 @@ + @@ -25167,6 +25277,7 @@ + @@ -25221,6 +25332,7 @@ + @@ -25275,6 +25387,7 @@ + @@ -25329,6 +25442,7 @@ + @@ -25383,6 +25497,7 @@ + @@ -25437,6 +25552,7 @@ + @@ -25491,6 +25607,7 @@ + @@ -25545,6 +25662,7 @@ + @@ -25599,6 +25717,7 @@ + @@ -25653,6 +25772,7 @@ + @@ -25707,6 +25827,7 @@ + @@ -25761,6 +25882,7 @@ + @@ -25815,6 +25937,7 @@ + @@ -25869,6 +25992,7 @@ + @@ -25923,6 +26047,7 @@ + @@ -34306,6 +34431,7 @@ + @@ -34359,6 +34485,7 @@ + @@ -34412,6 +34539,7 @@ + @@ -34465,6 +34593,7 @@ + @@ -34518,6 +34647,7 @@ + @@ -34571,6 +34701,7 @@ + @@ -34624,6 +34755,7 @@ + @@ -34677,6 +34809,7 @@ + @@ -34730,6 +34863,7 @@ + @@ -34783,6 +34917,7 @@ + @@ -34836,6 +34971,7 @@ + @@ -34889,6 +35025,7 @@ + @@ -34942,6 +35079,7 @@ + @@ -34995,6 +35133,7 @@ + @@ -35048,6 +35187,7 @@ + @@ -35101,6 +35241,7 @@ + @@ -35154,6 +35295,7 @@ + @@ -35207,6 +35349,7 @@ + @@ -35260,6 +35403,7 @@ + @@ -35313,6 +35457,7 @@ + @@ -35366,6 +35511,7 @@ + @@ -35419,6 +35565,7 @@ + @@ -35472,6 +35619,7 @@ + @@ -35525,6 +35673,7 @@ + @@ -35578,6 +35727,7 @@ + @@ -36192,6 +36342,7 @@ + @@ -36246,6 +36397,7 @@ + @@ -36300,6 +36452,7 @@ + @@ -36354,6 +36507,7 @@ + @@ -36408,6 +36562,7 @@ + @@ -36462,6 +36617,7 @@ + @@ -36516,6 +36672,7 @@ + @@ -36570,6 +36727,7 @@ + @@ -36624,6 +36782,7 @@ + @@ -36678,6 +36837,7 @@ + @@ -36732,6 +36892,7 @@ + @@ -36786,6 +36947,7 @@ + @@ -36840,6 +37002,7 @@ + @@ -36894,6 +37057,7 @@ + @@ -36948,6 +37112,7 @@ + @@ -37002,6 +37167,7 @@ + @@ -37056,6 +37222,7 @@ + @@ -37110,6 +37277,7 @@ + @@ -37164,6 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b/pwiz/data/vendor_readers/Bruker/Reader_Bruker_Test.data/Hela_QC_PASEF_Slot1-first-6-frames-ms2-noMsMsWithoutPrecursor-centroid.mzML index 890f5e5bc5..306f77ee71 100644 --- a/pwiz/data/vendor_readers/Bruker/Reader_Bruker_Test.data/Hela_QC_PASEF_Slot1-first-6-frames-ms2-noMsMsWithoutPrecursor-centroid.mzML +++ b/pwiz/data/vendor_readers/Bruker/Reader_Bruker_Test.data/Hela_QC_PASEF_Slot1-first-6-frames-ms2-noMsMsWithoutPrecursor-centroid.mzML @@ -107,6 +107,7 @@ + @@ -161,6 +162,7 @@ + @@ -215,6 +217,7 @@ + @@ -269,6 +272,7 @@ + @@ -323,6 +327,7 @@ + @@ -377,6 +382,7 @@ + @@ -431,6 +437,7 @@ + @@ -485,6 +492,7 @@ + @@ -539,6 +547,7 @@ + @@ -593,6 +602,7 @@ + @@ -647,6 +657,7 @@ + @@ -701,6 +712,7 @@ + @@ -755,6 +767,7 @@ + @@ -809,6 +822,7 @@ + @@ -863,6 +877,7 @@ + @@ -917,6 +932,7 @@ + @@ -971,6 +987,7 @@ + @@ -1025,6 +1042,7 @@ + @@ -1079,6 +1097,7 @@ + @@ -1133,6 +1152,7 @@ + @@ -1187,6 +1207,7 @@ + @@ -1241,6 +1262,7 @@ + @@ -1295,6 +1317,7 @@ + @@ -1349,6 +1372,7 @@ + @@ -1403,6 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-3654,6 +3720,7 @@ + @@ -3707,6 +3774,7 @@ + @@ -3760,6 +3828,7 @@ + @@ -3813,6 +3882,7 @@ + @@ -3866,6 +3936,7 @@ + @@ -3919,6 +3990,7 @@ + @@ -3972,6 +4044,7 @@ + @@ -4025,6 +4098,7 @@ + @@ -4078,6 +4152,7 @@ + @@ -4132,6 +4207,7 @@ + @@ -4186,6 +4262,7 @@ + @@ -4240,6 +4317,7 @@ + @@ -4294,6 +4372,7 @@ + @@ -4348,6 +4427,7 @@ + @@ -4402,6 +4482,7 @@ + @@ -4456,6 +4537,7 @@ + @@ -4510,6 +4592,7 @@ + @@ -4564,6 +4647,7 @@ + @@ -4618,6 +4702,7 @@ + @@ -4672,6 +4757,7 @@ + @@ -4726,6 +4812,7 @@ + @@ -4780,6 +4867,7 @@ + @@ -4834,6 +4922,7 @@ + @@ -4888,6 +4977,7 @@ + @@ -4942,6 +5032,7 @@ + @@ -4996,6 +5087,7 @@ + @@ -5050,6 +5142,7 @@ + @@ -5104,6 +5197,7 @@ + @@ -5158,6 +5252,7 @@ + @@ -5212,6 +5307,7 @@ + @@ -5266,6 +5362,7 @@ + @@ -5320,6 +5417,7 @@ + @@ -5374,6 +5472,7 @@ + @@ -5428,6 +5527,7 @@ + @@ -5482,6 +5582,7 @@ + @@ -5536,6 +5637,7 @@ + @@ -5590,6 +5692,7 @@ + @@ -5644,6 +5747,7 @@ + @@ -5698,6 +5802,7 @@ + @@ -5752,6 +5857,7 @@ + @@ -5806,6 +5912,7 @@ + @@ -5860,6 +5967,7 @@ + @@ -5914,6 +6022,7 @@ + @@ -5968,6 +6077,7 @@ + @@ -6022,6 +6132,7 @@ + @@ -6076,6 +6187,7 @@ + @@ -6130,6 +6242,7 @@ + @@ -6184,6 +6297,7 @@ + @@ -6238,6 +6352,7 @@ + @@ -6292,6 +6407,7 @@ + @@ -6346,6 +6462,7 @@ + @@ -6400,6 +6517,7 @@ + @@ -6454,6 +6572,7 @@ + @@ -6508,6 +6627,7 @@ + @@ -6562,6 +6682,7 @@ + @@ -6616,6 +6737,7 @@ + @@ -6670,6 +6792,7 @@ + @@ -6724,6 +6847,7 @@ + @@ -6778,6 +6902,7 @@ + @@ -6831,6 +6956,7 @@ + @@ -6884,6 +7010,7 @@ + @@ -6937,6 +7064,7 @@ + @@ -6990,6 +7118,7 @@ + @@ -7043,6 +7172,7 @@ + @@ -7096,6 +7226,7 @@ + @@ -7149,6 +7280,7 @@ + @@ -7202,6 +7334,7 @@ + @@ -7255,6 +7388,7 @@ + @@ -7308,6 +7442,7 @@ + @@ -7361,6 +7496,7 @@ + @@ -7414,6 +7550,7 @@ + @@ -7467,6 +7604,7 @@ + @@ -7520,6 +7658,7 @@ + @@ -7573,6 +7712,7 @@ + @@ -7626,6 +7766,7 @@ + @@ -7679,6 +7820,7 @@ + @@ -7732,6 +7874,7 @@ + @@ -7785,6 +7928,7 @@ + @@ -7838,6 +7982,7 @@ + @@ -7891,6 +8036,7 @@ + @@ -7944,6 +8090,7 @@ + @@ -7997,6 +8144,7 @@ + @@ -8050,6 +8198,7 @@ + @@ -8103,6 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+ @@ -12398,6 +12627,7 @@ + @@ -12452,6 +12682,7 @@ + @@ -12506,6 +12737,7 @@ + @@ -12560,6 +12792,7 @@ + @@ -12614,6 +12847,7 @@ + @@ -12668,6 +12902,7 @@ + @@ -12722,6 +12957,7 @@ + @@ -12776,6 +13012,7 @@ + @@ -12830,6 +13067,7 @@ + @@ -12884,6 +13122,7 @@ + @@ -12938,6 +13177,7 @@ + @@ -12992,6 +13232,7 @@ + @@ -13046,6 +13287,7 @@ + @@ -13100,6 +13342,7 @@ + @@ -13154,6 +13397,7 @@ + @@ -13208,6 +13452,7 @@ + @@ -13262,6 +13507,7 @@ + @@ -13316,6 +13562,7 @@ + @@ -13370,6 +13617,7 @@ + @@ -13424,6 +13672,7 @@ + @@ -13478,6 +13727,7 @@ + @@ -13532,6 +13782,7 @@ + @@ -13586,6 +13837,7 @@ + @@ -13640,6 +13892,7 @@ + @@ -13694,6 +13947,7 @@ + @@ -13748,6 +14002,7 @@ + @@ -13802,6 +14057,7 @@ + @@ -13856,6 +14112,7 @@ + @@ -13910,6 +14167,7 @@ + @@ -13964,6 +14222,7 @@ + @@ -14018,6 +14277,7 @@ + @@ -14072,6 +14332,7 @@ + @@ -14126,6 +14387,7 @@ + @@ -14180,6 +14442,7 @@ + @@ -14234,6 +14497,7 @@ + @@ -14288,6 +14552,7 @@ + @@ -14342,6 +14607,7 @@ + @@ -14396,6 +14662,7 @@ + @@ -14450,6 +14717,7 @@ + @@ -14504,6 +14772,7 @@ + @@ -14558,6 +14827,7 @@ + @@ -14612,6 +14882,7 @@ + @@ -14666,6 +14937,7 @@ + @@ -14720,6 +14992,7 @@ + @@ -14774,6 +15047,7 @@ + @@ -14828,6 +15102,7 @@ + @@ -14881,6 +15156,7 @@ + @@ -14934,6 +15210,7 @@ + @@ -14987,6 +15264,7 @@ + @@ -15040,6 +15318,7 @@ + @@ -15093,6 +15372,7 @@ + @@ -15146,6 +15426,7 @@ + @@ -15199,6 +15480,7 @@ + @@ -15252,6 +15534,7 @@ + @@ -15305,6 +15588,7 @@ + @@ -15358,6 +15642,7 @@ + @@ -15411,6 +15696,7 @@ + @@ -15464,6 +15750,7 @@ + @@ -15517,6 +15804,7 @@ + @@ -15570,6 +15858,7 @@ + @@ -15623,6 +15912,7 @@ + @@ -15676,6 +15966,7 @@ + @@ -15729,6 +16020,7 @@ + @@ -15782,6 +16074,7 @@ + @@ -15835,6 +16128,7 @@ + @@ -15888,6 +16182,7 @@ + @@ -15941,6 +16236,7 @@ + @@ -15994,6 +16290,7 @@ + @@ -16047,6 +16344,7 @@ + @@ -16100,6 +16398,7 @@ + @@ -16153,6 +16452,7 @@ + @@ -16207,6 +16507,7 @@ + @@ -16261,6 +16562,7 @@ + @@ -16315,6 +16617,7 @@ + @@ -16369,6 +16672,7 @@ + @@ -16423,6 +16727,7 @@ + @@ -16477,6 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-82,6 +82,8 @@ + + diff --git a/pwiz/data/vendor_readers/Bruker/Reader_Bruker_Test.data/20percLaser_100fold_1_0_H6_MS.mzML b/pwiz/data/vendor_readers/Bruker/Reader_Bruker_Test.data/20percLaser_100fold_1_0_H6_MS.mzML index 0f34292489..57fd5dd43b 100644 --- a/pwiz/data/vendor_readers/Bruker/Reader_Bruker_Test.data/20percLaser_100fold_1_0_H6_MS.mzML +++ b/pwiz/data/vendor_readers/Bruker/Reader_Bruker_Test.data/20percLaser_100fold_1_0_H6_MS.mzML @@ -78,6 +78,8 @@ + + diff --git a/pwiz/data/vendor_readers/Bruker/Reader_Bruker_Test.data/CsI_Pos_0_G1_000003.mzML b/pwiz/data/vendor_readers/Bruker/Reader_Bruker_Test.data/CsI_Pos_0_G1_000003.mzML index 5f834de2f5..705e15565a 100644 --- a/pwiz/data/vendor_readers/Bruker/Reader_Bruker_Test.data/CsI_Pos_0_G1_000003.mzML +++ b/pwiz/data/vendor_readers/Bruker/Reader_Bruker_Test.data/CsI_Pos_0_G1_000003.mzML @@ -68,6 +68,8 @@ + + diff --git a/pwiz/data/vendor_readers/Bruker/Reader_Bruker_Test.data/Hela_QC_PASEF_Slot1-first-6-frames-combineIMS-centroid.mzML b/pwiz/data/vendor_readers/Bruker/Reader_Bruker_Test.data/Hela_QC_PASEF_Slot1-first-6-frames-combineIMS-centroid.mzML index d2dfa3f40c..4c7b46cb23 100644 --- a/pwiz/data/vendor_readers/Bruker/Reader_Bruker_Test.data/Hela_QC_PASEF_Slot1-first-6-frames-combineIMS-centroid.mzML +++ b/pwiz/data/vendor_readers/Bruker/Reader_Bruker_Test.data/Hela_QC_PASEF_Slot1-first-6-frames-combineIMS-centroid.mzML @@ -84,6 +84,8 @@ + + @@ -195,6 +197,8 @@ + + @@ -306,6 +310,8 @@ + + @@ -416,6 +422,8 @@ + + @@ -527,6 +535,8 @@ + + @@ -638,6 +648,8 @@ + + @@ -748,6 +760,8 @@ + + @@ -859,6 +873,8 @@ + + @@ -970,6 +986,8 @@ + + @@ -1080,6 +1098,8 @@ + + @@ -1191,6 +1211,8 @@ + + @@ -1302,6 +1324,8 @@ + + @@ -1412,6 +1436,8 @@ + + @@ -1523,6 +1549,8 @@ + + @@ -1634,6 +1662,8 @@ + + diff --git a/pwiz/data/vendor_readers/Bruker/Reader_Bruker_Test.data/Hela_QC_PASEF_Slot1-first-6-frames-combineIMS-ms1-centroid.mzML b/pwiz/data/vendor_readers/Bruker/Reader_Bruker_Test.data/Hela_QC_PASEF_Slot1-first-6-frames-combineIMS-ms1-centroid.mzML index 5f00c7e271..ff4aec58b8 100644 --- a/pwiz/data/vendor_readers/Bruker/Reader_Bruker_Test.data/Hela_QC_PASEF_Slot1-first-6-frames-combineIMS-ms1-centroid.mzML +++ b/pwiz/data/vendor_readers/Bruker/Reader_Bruker_Test.data/Hela_QC_PASEF_Slot1-first-6-frames-combineIMS-ms1-centroid.mzML @@ -83,6 +83,8 @@ + + diff --git a/pwiz/data/vendor_readers/Bruker/Reader_Bruker_Test.data/Hela_QC_PASEF_Slot1-first-6-frames-combineIMS-ms2-centroid.mzML b/pwiz/data/vendor_readers/Bruker/Reader_Bruker_Test.data/Hela_QC_PASEF_Slot1-first-6-frames-combineIMS-ms2-centroid.mzML index da1d0c2d8e..e16c64ad3f 100644 --- a/pwiz/data/vendor_readers/Bruker/Reader_Bruker_Test.data/Hela_QC_PASEF_Slot1-first-6-frames-combineIMS-ms2-centroid.mzML +++ b/pwiz/data/vendor_readers/Bruker/Reader_Bruker_Test.data/Hela_QC_PASEF_Slot1-first-6-frames-combineIMS-ms2-centroid.mzML @@ -83,6 +83,8 @@ + + @@ -194,6 +196,8 @@ + + @@ -305,6 +309,8 @@ + + @@ -415,6 +421,8 @@ + + @@ -526,6 +534,8 @@ + + @@ -637,6 +647,8 @@ + + @@ -747,6 +759,8 @@ + + @@ -858,6 +872,8 @@ + + @@ -969,6 +985,8 @@ + + @@ -1079,6 +1097,8 @@ + + @@ -1190,6 +1210,8 @@ + + @@ -1301,6 +1323,8 @@ + + @@ -1411,6 +1435,8 @@ + + @@ -1522,6 +1548,8 @@ + + diff --git a/pwiz/data/vendor_readers/Bruker/Reader_Bruker_Test.data/Hela_QC_PASEF_Slot1-first-6-frames-ms1-centroid.mzML b/pwiz/data/vendor_readers/Bruker/Reader_Bruker_Test.data/Hela_QC_PASEF_Slot1-first-6-frames-ms1-centroid.mzML index 30a24c0b17..0313150f34 100644 --- a/pwiz/data/vendor_readers/Bruker/Reader_Bruker_Test.data/Hela_QC_PASEF_Slot1-first-6-frames-ms1-centroid.mzML +++ b/pwiz/data/vendor_readers/Bruker/Reader_Bruker_Test.data/Hela_QC_PASEF_Slot1-first-6-frames-ms1-centroid.mzML @@ -1413,6 +1413,8 @@ + + @@ -1518,6 +1520,8 @@ + + @@ -1658,6 +1662,8 @@ + + @@ -1693,6 +1699,8 @@ + + @@ -1728,6 +1736,8 @@ + + @@ -1763,6 +1773,8 @@ + + @@ -1798,6 +1810,8 @@ + + @@ -1833,6 +1847,8 @@ + + @@ -1868,6 +1884,8 @@ + + @@ -1903,6 +1921,8 @@ + + @@ -1938,6 +1958,8 @@ + + @@ -1973,6 +1995,8 @@ + + @@ -2008,6 +2032,8 @@ + + @@ -2043,6 +2069,8 @@ + + @@ -2078,6 +2106,8 @@ + + @@ -2113,6 +2143,8 @@ + + @@ -2148,6 +2180,8 @@ + + @@ -2183,6 +2217,8 @@ + + @@ -2218,6 +2254,8 @@ + + @@ -2253,6 +2291,8 @@ + + @@ -2288,6 +2328,8 @@ + + @@ -2323,6 +2365,8 @@ + + @@ -2358,6 +2402,8 @@ + + @@ -2393,6 +2439,8 @@ + + @@ -2428,6 +2476,8 @@ + + @@ -2463,6 +2513,8 @@ + + @@ -2498,6 +2550,8 @@ + + @@ -2533,6 +2587,8 @@ + + @@ -2568,6 +2624,8 @@ + + @@ -2603,6 +2661,8 @@ + + @@ -2638,6 +2698,8 @@ + + @@ -2673,6 +2735,8 @@ + + @@ -2708,6 +2772,8 @@ + + @@ -2743,6 +2809,8 @@ + + @@ -2778,6 +2846,8 @@ + + @@ -2813,6 +2883,8 @@ + + @@ -2848,6 +2920,8 @@ + + @@ -2883,6 +2957,8 @@ + + @@ -2918,6 +2994,8 @@ + + @@ -2953,6 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-9253,6 +9333,8 @@ + + @@ -9308,6 +9390,8 @@ + + @@ -9363,6 +9447,8 @@ + + @@ -9418,6 +9504,8 @@ + + @@ -9473,6 +9561,8 @@ + + @@ -9508,6 +9598,8 @@ + + @@ -9543,6 +9635,8 @@ + + @@ -9578,6 +9672,8 @@ + + @@ -9613,6 +9709,8 @@ + + @@ -9648,6 +9746,8 @@ + + @@ -9788,6 +9888,8 @@ + + @@ -9823,6 +9925,8 @@ + + @@ -10313,6 +10417,8 @@ + + @@ -10733,6 +10839,8 @@ + + @@ -10873,6 +10981,8 @@ + + @@ -10908,6 +11018,8 @@ + + @@ -10943,6 +11055,8 @@ + + @@ -10978,6 +11092,8 @@ + + @@ -11143,6 +11259,8 @@ + + @@ -11198,6 +11316,8 @@ + + @@ -11253,6 +11373,8 @@ + + @@ -11308,6 +11430,8 @@ + + @@ -11363,6 +11487,8 @@ + + @@ -11418,6 +11544,8 @@ + + @@ -11473,6 +11601,8 @@ + + @@ -11528,6 +11658,8 @@ + + @@ -11583,6 +11715,8 @@ + + @@ -11638,6 +11772,8 @@ + + @@ -11693,6 +11829,8 @@ + + @@ -11748,6 +11886,8 @@ + + @@ -11803,6 +11943,8 @@ + + @@ -11858,6 +12000,8 @@ + + @@ -11913,6 +12057,8 @@ + + @@ -11968,6 +12114,8 @@ + + @@ -12023,6 +12171,8 @@ + + @@ -12133,6 +12283,8 @@ + + @@ -12188,6 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+ + @@ -33568,6 +33864,8 @@ + + @@ -35056,6 +35354,8 @@ + + @@ -35110,6 +35410,8 @@ + + @@ -35272,6 +35574,8 @@ + + @@ -35326,6 +35630,8 @@ + + @@ -35434,6 +35740,8 @@ + + @@ -35542,6 +35850,8 @@ + + @@ -35704,6 +36014,8 @@ + + @@ -35758,6 +36070,8 @@ + + @@ -35828,6 +36142,8 @@ + + @@ -36868,6 +37184,8 @@ + + @@ -37253,6 +37571,8 @@ + + @@ -37418,6 +37738,8 @@ + + @@ -37833,6 +38155,8 @@ + + @@ -38043,6 +38367,8 @@ + + @@ -38078,6 +38404,8 @@ + + @@ -38218,6 +38546,8 @@ + + @@ -38703,6 +39033,8 @@ + + @@ -38758,6 +39090,8 @@ + + @@ -38813,6 +39147,8 @@ + + @@ -38868,6 +39204,8 @@ + + @@ -38923,6 +39261,8 @@ + + @@ -38978,6 +39318,8 @@ + + @@ -39033,6 +39375,8 @@ + + @@ -39088,6 +39432,8 @@ + + @@ -39143,6 +39489,8 @@ + + @@ -39198,6 +39546,8 @@ + + @@ -39253,6 +39603,8 @@ + + @@ -39308,6 +39660,8 @@ + + @@ -39363,6 +39717,8 @@ + + @@ -39418,6 +39774,8 @@ + + @@ -39473,6 +39831,8 @@ + + @@ -39528,6 +39888,8 @@ + + @@ -39583,6 +39945,8 @@ + + @@ -39638,6 +40002,8 @@ + + @@ -39693,6 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-50978,6 +51416,8 @@ + + @@ -51088,6 +51528,8 @@ + + @@ -51308,6 +51750,8 @@ + + @@ -51453,6 +51897,8 @@ + + @@ -51488,6 +51934,8 @@ + + @@ -51803,6 +52251,8 @@ + + @@ -51873,6 +52323,8 @@ + + @@ -52208,6 +52660,8 @@ + + @@ -52318,6 +52772,8 @@ + + @@ -52428,6 +52884,8 @@ + + @@ -52538,6 +52996,8 @@ + + @@ -52593,6 +53053,8 @@ + + @@ -52648,6 +53110,8 @@ + + @@ -52703,6 +53167,8 @@ + + @@ -52758,6 +53224,8 @@ + + @@ -52813,6 +53281,8 @@ + + @@ -52868,6 +53338,8 @@ + + @@ -52923,6 +53395,8 @@ + + @@ -52978,6 +53452,8 @@ + + @@ -53033,6 +53509,8 @@ + + @@ -53088,6 +53566,8 @@ + + @@ -53143,6 +53623,8 @@ + + @@ -53198,6 +53680,8 @@ + + @@ -53253,6 +53737,8 @@ + + @@ -53308,6 +53794,8 @@ + + @@ -53363,6 +53851,8 @@ + + @@ -53418,6 +53908,8 @@ + + @@ -53473,6 +53965,8 @@ + + @@ -53528,6 +54022,8 @@ + + @@ -53563,6 +54059,8 @@ + + @@ -53598,6 +54096,8 @@ + + @@ -53633,6 +54133,8 @@ + + @@ -53668,6 +54170,8 @@ + + @@ -53738,6 +54242,8 @@ + + @@ -54368,6 +54874,8 @@ + + @@ -54438,6 +54946,8 @@ + + @@ -55908,6 +56418,8 @@ + + @@ -60493,6 +61005,8 @@ + + @@ -60668,6 +61182,8 @@ + + @@ -60913,6 +61429,8 @@ + + @@ -60948,6 +61466,8 @@ + + @@ -61263,6 +61783,8 @@ + + @@ -62290,6 +62812,8 @@ + + @@ -62344,6 +62868,8 @@ + + @@ -62398,6 +62924,8 @@ + + @@ -62506,6 +63034,8 @@ + + @@ -62560,6 +63090,8 @@ + + @@ -62614,6 +63146,8 @@ + + @@ -62722,6 +63256,8 @@ + + @@ -62830,6 +63366,8 @@ + + @@ -63154,6 +63692,8 @@ + + @@ -63278,6 +63818,8 @@ + + @@ -63733,6 +64275,8 @@ + + @@ -64318,6 +64862,8 @@ + + @@ -64483,6 +65029,8 @@ + + @@ -64538,6 +65086,8 @@ + + @@ -64593,6 +65143,8 @@ + + @@ -64978,6 +65530,8 @@ + + @@ -65088,6 +65642,8 @@ + + @@ -65143,6 +65699,8 @@ + + @@ -65213,6 +65771,8 @@ + + @@ -65248,6 +65808,8 @@ + + @@ -65283,6 +65845,8 @@ + + @@ -65388,6 +65952,8 @@ + + @@ -65493,6 +66059,8 @@ + + @@ -66043,6 +66611,8 @@ + + @@ -66153,6 +66723,8 @@ + + @@ -66263,6 +66835,8 @@ + + @@ -66318,6 +66892,8 @@ + + @@ -66428,6 +67004,8 @@ + + @@ -66483,6 +67061,8 @@ + + @@ -66538,6 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b/pwiz/data/vendor_readers/Bruker/Reader_Bruker_Test.data/Hela_QC_PASEF_Slot1-first-6-frames-ms2-noMsMsWithoutPrecursor-centroid.mzML @@ -83,6 +83,8 @@ + + @@ -138,6 +140,8 @@ + + @@ -193,6 +197,8 @@ + + @@ -248,6 +254,8 @@ + + @@ -303,6 +311,8 @@ + + @@ -358,6 +368,8 @@ + + @@ -413,6 +425,8 @@ + + @@ -468,6 +482,8 @@ + + @@ -523,6 +539,8 @@ + + @@ -578,6 +596,8 @@ + + @@ -633,6 +653,8 @@ + + @@ -688,6 +710,8 @@ + + @@ -743,6 +767,8 @@ + + @@ -798,6 +824,8 @@ + + @@ -853,6 +881,8 @@ + + @@ -908,6 +938,8 @@ + + @@ -963,6 +995,8 @@ + + @@ -1018,6 +1052,8 @@ + + @@ -1073,6 +1109,8 @@ + + @@ -1128,6 +1166,8 @@ + + @@ -1183,6 +1223,8 @@ + + @@ -1238,6 +1280,8 @@ + + @@ -1293,6 +1337,8 @@ + + @@ -1348,6 +1394,8 @@ + + @@ -1403,6 +1451,8 @@ + + @@ -1458,6 +1508,8 @@ + + @@ -1623,6 +1675,8 @@ + + @@ -1678,6 +1732,8 @@ + + @@ -1733,6 +1789,8 @@ + + @@ -1788,6 +1846,8 @@ + + @@ -1843,6 +1903,8 @@ + + @@ -1898,6 +1960,8 @@ + + @@ -1953,6 +2017,8 @@ + + @@ -2008,6 +2074,8 @@ + + @@ -2063,6 +2131,8 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-10923,6 +11143,8 @@ + + @@ -10978,6 +11200,8 @@ + + @@ -11195,6 +11419,8 @@ + + @@ -11519,6 +11745,8 @@ + + @@ -11627,6 +11855,8 @@ + + @@ -11681,6 +11911,8 @@ + + @@ -11735,6 +11967,8 @@ + + @@ -11789,6 +12023,8 @@ + + @@ -11951,6 +12187,8 @@ + + @@ -12005,6 +12243,8 @@ + + @@ -12059,6 +12299,8 @@ + + @@ -12113,6 +12355,8 @@ + + @@ -12275,6 +12519,8 @@ + + @@ -12768,6 +13014,8 @@ + + @@ -12878,6 +13126,8 @@ + + @@ -12933,6 +13183,8 @@ + + @@ -13208,6 +13460,8 @@ + + @@ -13318,6 +13572,8 @@ + + @@ -13428,6 +13684,8 @@ + + @@ -13648,6 +13906,8 @@ + + @@ -13813,6 +14073,8 @@ + + @@ -13923,6 +14185,8 @@ + + @@ -14033,6 +14297,8 @@ + + @@ -14143,6 +14409,8 @@ + + @@ -14198,6 +14466,8 @@ + + @@ -14253,6 +14523,8 @@ + + @@ -14308,6 +14580,8 @@ + + @@ -14363,6 +14637,8 @@ + + @@ -14418,6 +14694,8 @@ + + @@ -14473,6 +14751,8 @@ + + @@ -14528,6 +14808,8 @@ + + @@ -14583,6 +14865,8 @@ + + @@ -14638,6 +14922,8 @@ + + @@ -14693,6 +14979,8 @@ + + @@ -14748,6 +15036,8 @@ + + @@ -14803,6 +15093,8 @@ + + @@ -14858,6 +15150,8 @@ + + @@ -14913,6 +15207,8 @@ + + @@ -14968,6 +15264,8 @@ + + @@ -15023,6 +15321,8 @@ + + @@ -15078,6 +15378,8 @@ + + @@ -15565,6 +15867,8 @@ + + @@ -15619,6 +15923,8 @@ + + @@ -15673,6 +15979,8 @@ + + @@ -15781,6 +16089,8 @@ + + @@ -15835,6 +16145,8 @@ + + @@ -15889,6 +16201,8 @@ + + @@ -15997,6 +16311,8 @@ + + @@ -16105,6 +16421,8 @@ + + @@ -16429,6 +16747,8 @@ + + @@ -17033,6 +17353,8 @@ + + @@ -17198,6 +17520,8 @@ + + @@ -17253,6 +17577,8 @@ + + @@ -17308,6 +17634,8 @@ + + @@ -17693,6 +18021,8 @@ + + @@ -17803,6 +18133,8 @@ + + @@ -18023,6 +18355,8 @@ + + @@ -18133,6 +18467,8 @@ + + @@ -18243,6 +18579,8 @@ + + @@ -18298,6 +18636,8 @@ + + @@ -18408,6 +18748,8 @@ + + @@ -18463,6 +18805,8 @@ + + @@ -18518,6 +18862,8 @@ + + @@ -18573,6 +18919,8 @@ + + @@ -18628,6 +18976,8 @@ + + @@ -18683,6 +19033,8 @@ + + @@ -18793,6 +19145,8 @@ + + @@ -18848,6 +19202,8 @@ + + @@ -18903,6 +19259,8 @@ + + @@ -18958,6 +19316,8 @@ + + @@ -19013,6 +19373,8 @@ + + @@ -19068,6 +19430,8 @@ + + @@ -19123,6 +19487,8 @@ + + @@ -19178,6 +19544,8 @@ + + diff --git a/pwiz/data/vendor_readers/Bruker/Reader_Bruker_Test.data/Hela_QC_PASEF_Slot1-first-6-frames.mzML b/pwiz/data/vendor_readers/Bruker/Reader_Bruker_Test.data/Hela_QC_PASEF_Slot1-first-6-frames.mzML index deea2e43ed..1239ebdacd 100644 --- a/pwiz/data/vendor_readers/Bruker/Reader_Bruker_Test.data/Hela_QC_PASEF_Slot1-first-6-frames.mzML +++ b/pwiz/data/vendor_readers/Bruker/Reader_Bruker_Test.data/Hela_QC_PASEF_Slot1-first-6-frames.mzML @@ -1375,6 +1375,8 @@ + + @@ -1620,6 +1622,8 @@ + + @@ -2495,6 +2499,8 @@ + + @@ -2635,6 +2641,8 @@ + + @@ -2775,6 +2783,8 @@ + + @@ -4945,6 +4955,8 @@ + + @@ -5120,6 +5132,8 @@ + + @@ -6170,6 +6184,8 @@ + + @@ -7675,6 +7691,8 @@ + + @@ -7745,6 +7763,8 @@ + + @@ -7780,6 +7800,8 @@ + + @@ -7815,6 +7837,8 @@ + + @@ -7850,6 +7874,8 @@ + + @@ -7885,6 +7911,8 @@ + + @@ -7920,6 +7948,8 @@ + + @@ -7955,6 +7985,8 @@ + + @@ -7990,6 +8022,8 @@ + + @@ -8025,6 +8059,8 @@ + + @@ -8060,6 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-20505,6 +20689,8 @@ + + @@ -20575,6 +20761,8 @@ + + @@ -20645,6 +20833,8 @@ + + @@ -21112,6 +21302,8 @@ + + @@ -21382,6 +21574,8 @@ + + @@ -21598,6 +21792,8 @@ + + @@ -21706,6 +21902,8 @@ + + @@ -21760,6 +21958,8 @@ + + @@ -21868,6 +22068,8 @@ + + @@ -21922,6 +22124,8 @@ + + @@ -22030,6 +22234,8 @@ + + @@ -22645,6 +22851,8 @@ + + @@ -22920,6 +23128,8 @@ + + @@ -23030,6 +23240,8 @@ + + @@ -23140,6 +23352,8 @@ + + @@ -23360,6 +23574,8 @@ + + @@ -23415,6 +23631,8 @@ + + @@ -23470,6 +23688,8 @@ + + @@ -23745,6 +23965,8 @@ + + @@ -23965,6 +24187,8 @@ + + @@ -24000,6 +24224,8 @@ + + @@ -24665,6 +24891,8 @@ + + @@ -24810,6 +25038,8 @@ + + @@ -24865,6 +25095,8 @@ + + @@ -25030,6 +25262,8 @@ + + @@ -25085,6 +25319,8 @@ + + @@ -25140,6 +25376,8 @@ + + @@ -25195,6 +25433,8 @@ + + @@ -25250,6 +25490,8 @@ + + @@ -25305,6 +25547,8 @@ + + @@ -25360,6 +25604,8 @@ + + @@ -25415,6 +25661,8 @@ + + @@ -25470,6 +25718,8 @@ + + @@ -25525,6 +25775,8 @@ + + @@ -25580,6 +25832,8 @@ + + @@ -25635,6 +25889,8 @@ 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+ + @@ -52865,6 +53335,8 @@ + + @@ -52920,6 +53392,8 @@ + + @@ -52975,6 +53449,8 @@ + + @@ -53030,6 +53506,8 @@ + + @@ -53085,6 +53563,8 @@ + + @@ -53140,6 +53620,8 @@ + + @@ -53195,6 +53677,8 @@ + + @@ -53250,6 +53734,8 @@ + + @@ -53305,6 +53791,8 @@ + + @@ -53360,6 +53848,8 @@ + + @@ -53415,6 +53905,8 @@ + + @@ -53470,6 +53962,8 @@ + + @@ -53525,6 +54019,8 @@ + + @@ -53560,6 +54056,8 @@ + + @@ -53595,6 +54093,8 @@ + + @@ -53630,6 +54130,8 @@ + + @@ -53665,6 +54167,8 @@ + + @@ -53735,6 +54239,8 @@ + + @@ -54365,6 +54871,8 @@ + + @@ -54435,6 +54943,8 @@ + + @@ -55905,6 +56415,8 @@ + + @@ -60490,6 +61002,8 @@ + + @@ -60665,6 +61179,8 @@ + + @@ -60910,6 +61426,8 @@ + + @@ -60945,6 +61463,8 @@ + + @@ -61260,6 +61780,8 @@ + + @@ -62287,6 +62809,8 @@ + + @@ -62341,6 +62865,8 @@ + + @@ -62395,6 +62921,8 @@ + + @@ -62503,6 +63031,8 @@ + + @@ -62557,6 +63087,8 @@ + + @@ -62611,6 +63143,8 @@ + + @@ -62719,6 +63253,8 @@ + + @@ -62827,6 +63363,8 @@ + + @@ -63151,6 +63689,8 @@ + + @@ -63275,6 +63815,8 @@ + + @@ -63730,6 +64272,8 @@ + + @@ -64315,6 +64859,8 @@ + + @@ -64480,6 +65026,8 @@ + + @@ -64535,6 +65083,8 @@ + + @@ -64590,6 +65140,8 @@ + + @@ -64975,6 +65527,8 @@ + + @@ -65085,6 +65639,8 @@ + + @@ -65140,6 +65696,8 @@ + + @@ -65210,6 +65768,8 @@ + + @@ -65245,6 +65805,8 @@ + + @@ -65280,6 +65842,8 @@ + + @@ -65385,6 +65949,8 @@ + + @@ -65490,6 +66056,8 @@ + + @@ -66040,6 +66608,8 @@ + + @@ -66150,6 +66720,8 @@ + + @@ -66260,6 +66832,8 @@ + + @@ -66315,6 +66889,8 @@ + + @@ -66425,6 +67001,8 @@ + + @@ -66480,6 +67058,8 @@ + + @@ -66535,6 +67115,8 @@ + + @@ -66590,6 +67172,8 @@ + + @@ -66645,6 +67229,8 @@ + + @@ -66700,6 +67286,8 @@ + + @@ -66810,6 +67398,8 @@ + + @@ -66865,6 +67455,8 @@ + + @@ -66920,6 +67512,8 @@ + + @@ -66975,6 +67569,8 @@ + + @@ -67030,6 +67626,8 @@ + + @@ -67085,6 +67683,8 @@ + + @@ -67140,6 +67740,8 @@ + + @@ -67195,6 +67797,8 @@ + + @@ -67250,6 +67854,8 @@ + + @@ -67285,6 +67891,8 @@ + + @@ -67320,6 +67928,8 @@ + + @@ -67355,6 +67965,8 @@ + + @@ -67390,6 +68002,8 @@ + + @@ -67425,6 +68039,8 @@ + + @@ -68160,6 +68776,8 @@ + + @@ -69560,6 +70178,8 @@ + + @@ -69665,6 +70285,8 @@ + + @@ -69805,6 +70427,8 @@ + + @@ -69840,6 +70464,8 @@ + + @@ -69875,6 +70501,8 @@ + + @@ -69910,6 +70538,8 @@ + + @@ -69945,6 +70575,8 @@ + + @@ -69980,6 +70612,8 @@ + + @@ -70015,6 +70649,8 @@ + + @@ -70050,6 +70686,8 @@ + + @@ -70085,6 +70723,8 @@ + + @@ -70120,6 +70760,8 @@ + + @@ -70155,6 +70797,8 @@ + + @@ -70190,6 +70834,8 @@ + + @@ -70225,6 +70871,8 @@ + + @@ -70260,6 +70908,8 @@ + + @@ -70295,6 +70945,8 @@ + + @@ -70330,6 +70982,8 @@ + + @@ -70365,6 +71019,8 @@ + + @@ -70400,6 +71056,8 @@ + + @@ -70435,6 +71093,8 @@ + + @@ -70470,6 +71130,8 @@ + + @@ -70505,6 +71167,8 @@ + + @@ -70540,6 +71204,8 @@ + + @@ -70575,6 +71241,8 @@ + + @@ -70610,6 +71278,8 @@ + + @@ -70645,6 +71315,8 @@ + + @@ -70680,6 +71352,8 @@ + + @@ -70715,6 +71389,8 @@ + + @@ -70750,6 +71426,8 @@ + + @@ -70785,6 +71463,8 @@ + + @@ -70820,6 +71500,8 @@ + + @@ -70855,6 +71537,8 @@ + + @@ -70890,6 +71574,8 @@ + + @@ -70925,6 +71611,8 @@ + + @@ -70960,6 +71648,8 @@ + + @@ -70995,6 +71685,8 @@ + + @@ -71030,6 +71722,8 @@ + + @@ -71065,6 +71759,8 @@ + + @@ -71100,6 +71796,8 @@ + + @@ -71135,6 +71833,8 @@ + + @@ -71170,6 +71870,8 @@ + + @@ -71205,6 +71907,8 @@ + + @@ -71240,6 +71944,8 @@ + + @@ -71275,6 +71981,8 @@ + + @@ -71310,6 +72018,8 @@ + + @@ -71345,6 +72055,8 @@ + + @@ -71380,6 +72092,8 @@ + + @@ -71415,6 +72129,8 @@ + + @@ -71450,6 +72166,8 @@ + + @@ -71485,6 +72203,8 @@ + + @@ -71520,6 +72240,8 @@ + + @@ -71555,6 +72277,8 @@ + + @@ -71590,6 +72314,8 @@ + + @@ -71625,6 +72351,8 @@ + + @@ -71660,6 +72388,8 @@ + + @@ -71695,6 +72425,8 @@ + + diff --git a/pwiz/data/vendor_readers/Bruker/Reader_Bruker_Test.data/Sample_1-A,1_01_985.mzML b/pwiz/data/vendor_readers/Bruker/Reader_Bruker_Test.data/Sample_1-A,1_01_985.mzML index 34d09ca49d..d6171bb951 100644 --- a/pwiz/data/vendor_readers/Bruker/Reader_Bruker_Test.data/Sample_1-A,1_01_985.mzML +++ b/pwiz/data/vendor_readers/Bruker/Reader_Bruker_Test.data/Sample_1-A,1_01_985.mzML @@ -66,6 +66,8 @@ + + @@ -98,6 +100,8 @@ + + @@ -145,6 +149,8 @@ + + @@ -192,6 +198,8 @@ + + @@ -239,6 +247,8 @@ + + @@ -286,6 +296,8 @@ + + @@ -333,6 +345,8 @@ + + @@ -365,6 +379,8 @@ + + @@ -412,6 +428,8 @@ + + @@ -459,6 +477,8 @@ + + @@ -506,6 +526,8 @@ + + @@ -553,6 +575,8 @@ + + @@ -600,6 +624,8 @@ + + @@ -632,6 +658,8 @@ + + @@ -679,6 +707,8 @@ + + @@ -726,6 +756,8 @@ + + @@ -773,6 +805,8 @@ + + @@ -820,6 +854,8 @@ + + @@ -867,6 +903,8 @@ + + @@ -899,6 +937,8 @@ + + @@ -946,6 +986,8 @@ + + @@ -993,6 +1035,8 @@ + + @@ -1040,6 +1084,8 @@ + + @@ -1087,6 +1133,8 @@ + + @@ -1134,6 +1182,8 @@ + + @@ -1166,6 +1216,8 @@ + + @@ -1213,6 +1265,8 @@ + + @@ -1260,6 +1314,8 @@ + + @@ -1307,6 +1363,8 @@ + + @@ -1354,6 +1412,8 @@ + + @@ -1401,6 +1461,8 @@ + + @@ -1433,6 +1495,8 @@ + + @@ -1480,6 +1544,8 @@ + + @@ -1527,6 +1593,8 @@ + + @@ -1574,6 +1642,8 @@ + + @@ -1621,6 +1691,8 @@ + + @@ -1668,6 +1740,8 @@ + + @@ -1700,6 +1774,8 @@ + + @@ -1747,6 +1823,8 @@ + + @@ -1794,6 +1872,8 @@ + + @@ -1841,6 +1921,8 @@ + + @@ -1888,6 +1970,8 @@ + + @@ -1935,6 +2019,8 @@ + + @@ -1967,6 +2053,8 @@ + + @@ -2014,6 +2102,8 @@ + + @@ -2061,6 +2151,8 @@ + + @@ -2108,6 +2200,8 @@ + + @@ -2155,6 +2249,8 @@ + + @@ -2202,6 +2298,8 @@ + + @@ -2234,6 +2332,8 @@ + + @@ -2281,6 +2381,8 @@ + + @@ -2328,6 +2430,8 @@ + + @@ -2375,6 +2479,8 @@ + + @@ -2422,6 +2528,8 @@ + + @@ -2469,6 +2577,8 @@ + + @@ -2501,6 +2611,8 @@ + + @@ -2548,6 +2660,8 @@ + + @@ -2595,6 +2709,8 @@ + + @@ -2642,6 +2758,8 @@ + + @@ -2689,6 +2807,8 @@ + + @@ -2736,6 +2856,8 @@ + + @@ -2768,6 +2890,8 @@ + + diff --git a/pwiz/data/vendor_readers/Bruker/Reader_Bruker_Test.data/ThyroglobMRM000003-combineIMS-centroid.mzML b/pwiz/data/vendor_readers/Bruker/Reader_Bruker_Test.data/ThyroglobMRM000003-combineIMS-centroid.mzML index e3130782a1..dc16826d22 100644 --- a/pwiz/data/vendor_readers/Bruker/Reader_Bruker_Test.data/ThyroglobMRM000003-combineIMS-centroid.mzML +++ b/pwiz/data/vendor_readers/Bruker/Reader_Bruker_Test.data/ThyroglobMRM000003-combineIMS-centroid.mzML @@ -83,6 +83,8 @@ + + @@ -143,6 +145,8 @@ + + diff --git a/pwiz/data/vendor_readers/Bruker/Reader_Bruker_Test.data/ThyroglobMRM000003-combineIMS-ms2-centroid.mzML b/pwiz/data/vendor_readers/Bruker/Reader_Bruker_Test.data/ThyroglobMRM000003-combineIMS-ms2-centroid.mzML index e3130782a1..dc16826d22 100644 --- a/pwiz/data/vendor_readers/Bruker/Reader_Bruker_Test.data/ThyroglobMRM000003-combineIMS-ms2-centroid.mzML +++ b/pwiz/data/vendor_readers/Bruker/Reader_Bruker_Test.data/ThyroglobMRM000003-combineIMS-ms2-centroid.mzML @@ -83,6 +83,8 @@ + + @@ -143,6 +145,8 @@ + + diff --git a/pwiz/data/vendor_readers/Bruker/Reader_Bruker_Test.data/ThyroglobMRM000003-ms2-centroid.mzML b/pwiz/data/vendor_readers/Bruker/Reader_Bruker_Test.data/ThyroglobMRM000003-ms2-centroid.mzML index 83a9380884..49e8ad6612 100644 --- a/pwiz/data/vendor_readers/Bruker/Reader_Bruker_Test.data/ThyroglobMRM000003-ms2-centroid.mzML +++ b/pwiz/data/vendor_readers/Bruker/Reader_Bruker_Test.data/ThyroglobMRM000003-ms2-centroid.mzML @@ -343,6 +343,8 @@ + + @@ -811,6 +813,8 @@ + + @@ -1071,6 +1075,8 @@ + + @@ -1175,6 +1181,8 @@ + + @@ -1539,6 +1547,8 @@ + + @@ -1591,6 +1601,8 @@ + + @@ -1643,6 +1655,8 @@ + + @@ -1955,6 +1969,8 @@ + + @@ -2059,6 +2075,8 @@ + + @@ -2163,6 +2181,8 @@ + + @@ -2579,6 +2599,8 @@ + + @@ -3047,6 +3069,8 @@ + + @@ -3359,6 +3383,8 @@ + + @@ -3411,6 +3437,8 @@ + + @@ -3463,6 +3491,8 @@ + + @@ -3671,6 +3701,8 @@ + + @@ -3879,6 +3911,8 @@ + + @@ -4503,6 +4537,8 @@ + + @@ -5543,6 +5579,8 @@ + + @@ -5647,6 +5685,8 @@ + + @@ -5751,6 +5791,8 @@ + + @@ -5907,6 +5949,8 @@ + + @@ -6115,6 +6159,8 @@ + + @@ -6167,6 +6213,8 @@ + + @@ -6271,6 +6319,8 @@ + + @@ -6427,6 +6477,8 @@ + + @@ -6843,6 +6895,8 @@ + + @@ -7675,6 +7729,8 @@ + + @@ -7727,6 +7783,8 @@ + + @@ -7779,6 +7837,8 @@ + + @@ -7935,6 +7995,8 @@ + + @@ -8559,6 +8621,8 @@ + + @@ -8715,6 +8779,8 @@ + + @@ -8767,6 +8833,8 @@ + + @@ -9339,6 +9407,8 @@ + + @@ -9495,6 +9565,8 @@ + + @@ -9859,6 +9931,8 @@ + + @@ -9963,6 +10037,8 @@ + + @@ -10535,6 +10611,8 @@ + + @@ -10743,6 +10821,8 @@ + + @@ -10795,6 +10875,8 @@ + + @@ -10847,6 +10929,8 @@ + + @@ -11159,6 +11243,8 @@ + + @@ -11315,6 +11401,8 @@ + + @@ -11419,6 +11507,8 @@ + + @@ -11523,6 +11613,8 @@ + + @@ -11627,6 +11719,8 @@ + + @@ -11835,6 +11929,8 @@ + + @@ -12407,6 +12503,8 @@ + + @@ -12927,6 +13025,8 @@ + + @@ -13083,6 +13183,8 @@ + + @@ -13239,6 +13341,8 @@ + + @@ -14175,6 +14279,8 @@ + + @@ -14279,6 +14385,8 @@ + + @@ -14331,6 +14439,8 @@ + + @@ -14435,6 +14545,8 @@ + + @@ -14799,6 +14911,8 @@ + + @@ -14903,6 +15017,8 @@ + + @@ -15059,6 +15175,8 @@ + + @@ -15163,6 +15281,8 @@ + + @@ -15215,6 +15335,8 @@ + + @@ -15267,6 +15389,8 @@ + + @@ -15319,6 +15443,8 @@ + + @@ -15371,6 +15497,8 @@ + + @@ -15423,6 +15551,8 @@ + + @@ -15475,6 +15605,8 @@ + + @@ -15527,6 +15659,8 @@ + + @@ -15579,6 +15713,8 @@ + + @@ -15631,6 +15767,8 @@ + + @@ -15683,6 +15821,8 @@ + + @@ -15735,6 +15875,8 @@ + + @@ -15787,6 +15929,8 @@ + + @@ -15839,6 +15983,8 @@ + + @@ -15891,6 +16037,8 @@ + + @@ -15943,6 +16091,8 @@ + + @@ -15995,6 +16145,8 @@ + + @@ -16047,6 +16199,8 @@ + + @@ -16099,6 +16253,8 @@ + + @@ -16151,6 +16307,8 @@ + + @@ -16203,6 +16361,8 @@ + + @@ -16255,6 +16415,8 @@ + + @@ -16307,6 +16469,8 @@ + + @@ -16359,6 +16523,8 @@ + + @@ -16411,6 +16577,8 @@ + + @@ -16463,6 +16631,8 @@ + + @@ -16515,6 +16685,8 @@ + + @@ -16567,6 +16739,8 @@ + + @@ -16619,6 +16793,8 @@ + + @@ -16671,6 +16847,8 @@ + + @@ -16723,6 +16901,8 @@ + + @@ -16775,6 +16955,8 @@ + + @@ -16827,6 +17009,8 @@ + + @@ -16879,6 +17063,8 @@ + + @@ -16931,6 +17117,8 @@ + + @@ -16983,6 +17171,8 @@ + + @@ -17035,6 +17225,8 @@ + + @@ -17087,6 +17279,8 @@ + + @@ -17139,6 +17333,8 @@ + + @@ -17191,6 +17387,8 @@ + + @@ -17243,6 +17441,8 @@ + + @@ -17295,6 +17495,8 @@ + + @@ -17347,6 +17549,8 @@ + + @@ -17399,6 +17603,8 @@ + + @@ -17451,6 +17657,8 @@ + + @@ -17503,6 +17711,8 @@ + + @@ -17555,6 +17765,8 @@ + + @@ -17607,6 +17819,8 @@ + + @@ -17659,6 +17873,8 @@ + + @@ -17711,6 +17927,8 @@ + + @@ -17763,6 +17981,8 @@ + + @@ -17815,6 +18035,8 @@ + + @@ -17867,6 +18089,8 @@ + + @@ -17919,6 +18143,8 @@ + + @@ -17971,6 +18197,8 @@ + + @@ -18023,6 +18251,8 @@ + + @@ -18075,6 +18305,8 @@ + + @@ -18127,6 +18359,8 @@ + + @@ -18179,6 +18413,8 @@ + + @@ -18231,6 +18467,8 @@ + + @@ -18283,6 +18521,8 @@ + + @@ -18335,6 +18575,8 @@ + + @@ -18387,6 +18629,8 @@ + + @@ -18439,6 +18683,8 @@ + + @@ -18491,6 +18737,8 @@ + + @@ -18543,6 +18791,8 @@ + + @@ -18595,6 +18845,8 @@ + + @@ -18647,6 +18899,8 @@ + + @@ -18699,6 +18953,8 @@ + + @@ -18751,6 +19007,8 @@ + + @@ -18803,6 +19061,8 @@ + + @@ -18855,6 +19115,8 @@ + + @@ -18907,6 +19169,8 @@ + + @@ -18959,6 +19223,8 @@ + + @@ -19011,6 +19277,8 @@ + + @@ -19063,6 +19331,8 @@ + + @@ -19115,6 +19385,8 @@ + + @@ -19167,6 +19439,8 @@ + + @@ -19219,6 +19493,8 @@ + + @@ -19271,6 +19547,8 @@ + + @@ -19323,6 +19601,8 @@ + + @@ -19375,6 +19655,8 @@ + + @@ -19427,6 +19709,8 @@ + + @@ -19479,6 +19763,8 @@ + + @@ -19531,6 +19817,8 @@ + + @@ -19583,6 +19871,8 @@ + + @@ -19635,6 +19925,8 @@ + + @@ -19687,6 +19979,8 @@ + + @@ -19739,6 +20033,8 @@ + + @@ -19791,6 +20087,8 @@ + + @@ -19843,6 +20141,8 @@ + + @@ -19895,6 +20195,8 @@ + + @@ -19947,6 +20249,8 @@ + + @@ -19999,6 +20303,8 @@ + + @@ -20051,6 +20357,8 @@ + + @@ -20103,6 +20411,8 @@ + + @@ -20155,6 +20465,8 @@ + + @@ -20207,6 +20519,8 @@ + + @@ -20259,6 +20573,8 @@ + + @@ -20311,6 +20627,8 @@ + + @@ -20363,6 +20681,8 @@ + + @@ -20415,6 +20735,8 @@ + + @@ -20467,6 +20789,8 @@ + + @@ -20519,6 +20843,8 @@ + + @@ -20571,6 +20897,8 @@ + + @@ -20623,6 +20951,8 @@ + + @@ -20675,6 +21005,8 @@ + + @@ -20727,6 +21059,8 @@ + + @@ -20779,6 +21113,8 @@ + + @@ -20831,6 +21167,8 @@ + + @@ -20883,6 +21221,8 @@ + + @@ -20935,6 +21275,8 @@ + + @@ -20987,6 +21329,8 @@ + + @@ -21039,6 +21383,8 @@ + + @@ -21091,6 +21437,8 @@ + + @@ -21143,6 +21491,8 @@ + + @@ -21195,6 +21545,8 @@ + + @@ -21247,6 +21599,8 @@ + + @@ -21299,6 +21653,8 @@ + + @@ -21351,6 +21707,8 @@ + + @@ -21403,6 +21761,8 @@ + + @@ -21455,6 +21815,8 @@ + + @@ -21507,6 +21869,8 @@ + + @@ -21559,6 +21923,8 @@ + + @@ -21611,6 +21977,8 @@ + + @@ -21663,6 +22031,8 @@ + + @@ -21715,6 +22085,8 @@ + + @@ -21767,6 +22139,8 @@ + + @@ -21819,6 +22193,8 @@ + + @@ -21871,6 +22247,8 @@ + + @@ -21923,6 +22301,8 @@ + + @@ -21975,6 +22355,8 @@ + + @@ -22027,6 +22409,8 @@ + + @@ -22079,6 +22463,8 @@ + + @@ -22131,6 +22517,8 @@ + + @@ -22183,6 +22571,8 @@ + + @@ -22235,6 +22625,8 @@ + + @@ -22287,6 +22679,8 @@ + + @@ -22339,6 +22733,8 @@ + + @@ -22391,6 +22787,8 @@ + + @@ -22443,6 +22841,8 @@ + + @@ -22495,6 +22895,8 @@ + + @@ -22547,6 +22949,8 @@ + + @@ -22599,6 +23003,8 @@ + + @@ -22651,6 +23057,8 @@ + + @@ -22703,6 +23111,8 @@ + + @@ -22755,6 +23165,8 @@ + + @@ -22807,6 +23219,8 @@ + + @@ -22859,6 +23273,8 @@ + + @@ -22911,6 +23327,8 @@ + + @@ -22963,6 +23381,8 @@ + + @@ -23015,6 +23435,8 @@ + + @@ -23067,6 +23489,8 @@ + + @@ -23119,6 +23543,8 @@ + + @@ -23171,6 +23597,8 @@ + + @@ -23223,6 +23651,8 @@ + + @@ -23275,6 +23705,8 @@ + + @@ -23327,6 +23759,8 @@ + + @@ -23379,6 +23813,8 @@ + + @@ -23431,6 +23867,8 @@ + + @@ -23483,6 +23921,8 @@ + + @@ -23535,6 +23975,8 @@ + + @@ -23587,6 +24029,8 @@ + + @@ -23639,6 +24083,8 @@ + + @@ -23691,6 +24137,8 @@ + + @@ -23743,6 +24191,8 @@ + + @@ -23795,6 +24245,8 @@ + + @@ -23847,6 +24299,8 @@ + + @@ -23899,6 +24353,8 @@ + + @@ -23951,6 +24407,8 @@ + + @@ -24003,6 +24461,8 @@ + + @@ -24055,6 +24515,8 @@ + + @@ -24107,6 +24569,8 @@ + + @@ -24159,6 +24623,8 @@ + + @@ -24211,6 +24677,8 @@ + + @@ -24263,6 +24731,8 @@ + + @@ -24315,6 +24785,8 @@ + + @@ -24367,6 +24839,8 @@ + + @@ -24419,6 +24893,8 @@ + + @@ -24471,6 +24947,8 @@ + + @@ -24523,6 +25001,8 @@ + + @@ -24575,6 +25055,8 @@ + + @@ -24627,6 +25109,8 @@ + + @@ -24679,6 +25163,8 @@ + + @@ -24731,6 +25217,8 @@ + + @@ -24783,6 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+ + @@ -28527,6 +29159,8 @@ + + diff --git a/pwiz/data/vendor_readers/Bruker/Reader_Bruker_Test.data/ThyroglobMRM000003.mzML b/pwiz/data/vendor_readers/Bruker/Reader_Bruker_Test.data/ThyroglobMRM000003.mzML index 30b76bde18..7f97e0fda5 100644 --- a/pwiz/data/vendor_readers/Bruker/Reader_Bruker_Test.data/ThyroglobMRM000003.mzML +++ b/pwiz/data/vendor_readers/Bruker/Reader_Bruker_Test.data/ThyroglobMRM000003.mzML @@ -339,6 +339,8 @@ + + @@ -807,6 +809,8 @@ + + @@ -1067,6 +1071,8 @@ + + @@ -1171,6 +1177,8 @@ + + @@ -1535,6 +1543,8 @@ + + @@ -1587,6 +1597,8 @@ + + @@ -1639,6 +1651,8 @@ + + @@ -1951,6 +1965,8 @@ + + @@ -2055,6 +2071,8 @@ + + @@ -2159,6 +2177,8 @@ + + @@ -2575,6 +2595,8 @@ + + @@ -3043,6 +3065,8 @@ + + @@ -3355,6 +3379,8 @@ + + @@ -3407,6 +3433,8 @@ + + @@ -3459,6 +3487,8 @@ + + @@ -3667,6 +3697,8 @@ + + @@ -3875,6 +3907,8 @@ + + @@ -4499,6 +4533,8 @@ + + @@ -5539,6 +5575,8 @@ + + @@ -5643,6 +5681,8 @@ + + @@ -5747,6 +5787,8 @@ + + @@ -5903,6 +5945,8 @@ + + @@ -6111,6 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-15159,6 +15277,8 @@ + + @@ -15211,6 +15331,8 @@ + + @@ -15263,6 +15385,8 @@ + + @@ -15315,6 +15439,8 @@ + + @@ -15367,6 +15493,8 @@ + + @@ -15419,6 +15547,8 @@ + + @@ -15471,6 +15601,8 @@ + + @@ -15523,6 +15655,8 @@ + + @@ -15575,6 +15709,8 @@ + + @@ -15627,6 +15763,8 @@ + + @@ -15679,6 +15817,8 @@ + + @@ -15731,6 +15871,8 @@ + + @@ -15783,6 +15925,8 @@ + + @@ -15835,6 +15979,8 @@ + + @@ -15887,6 +16033,8 @@ + + @@ -15939,6 +16087,8 @@ + + @@ -15991,6 +16141,8 @@ + + @@ -16043,6 +16195,8 @@ + + @@ -16095,6 +16249,8 @@ + + @@ -16147,6 +16303,8 @@ + + @@ -16199,6 +16357,8 @@ + + @@ -16251,6 +16411,8 @@ + + @@ -16303,6 +16465,8 @@ + + @@ -16355,6 +16519,8 @@ + + @@ -16407,6 +16573,8 @@ + + @@ -16459,6 +16627,8 @@ + + @@ -16511,6 +16681,8 @@ + + @@ -16563,6 +16735,8 @@ + + @@ -16615,6 +16789,8 @@ + + @@ -16667,6 +16843,8 @@ + + @@ -16719,6 +16897,8 @@ + + @@ -16771,6 +16951,8 @@ + + @@ -16823,6 +17005,8 @@ + + @@ -16875,6 +17059,8 @@ + + @@ -16927,6 +17113,8 @@ + + @@ -16979,6 +17167,8 @@ 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-20723,6 +21055,8 @@ + + @@ -20775,6 +21109,8 @@ + + @@ -20827,6 +21163,8 @@ + + @@ -20879,6 +21217,8 @@ + + @@ -20931,6 +21271,8 @@ + + @@ -20983,6 +21325,8 @@ + + @@ -21035,6 +21379,8 @@ + + @@ -21087,6 +21433,8 @@ + + @@ -21139,6 +21487,8 @@ + + @@ -21191,6 +21541,8 @@ + + @@ -21243,6 +21595,8 @@ + + @@ -21295,6 +21649,8 @@ + + @@ -21347,6 +21703,8 @@ + + @@ -21399,6 +21757,8 @@ + + @@ -21451,6 +21811,8 @@ + + @@ -21503,6 +21865,8 @@ + + @@ -21555,6 +21919,8 @@ + + @@ -21607,6 +21973,8 @@ + + @@ -21659,6 +22027,8 @@ + + @@ -21711,6 +22081,8 @@ + + @@ -21763,6 +22135,8 @@ + + @@ -21815,6 +22189,8 @@ + + @@ -21867,6 +22243,8 @@ + + @@ -21919,6 +22297,8 @@ + + @@ -21971,6 +22351,8 @@ + + @@ -22023,6 +22405,8 @@ + + @@ -22075,6 +22459,8 @@ + + @@ -22127,6 +22513,8 @@ + + @@ -22179,6 +22567,8 @@ + + @@ -22231,6 +22621,8 @@ + + @@ -22283,6 +22675,8 @@ + + @@ -22335,6 +22729,8 @@ + + @@ -22387,6 +22783,8 @@ + + @@ -22439,6 +22837,8 @@ + + @@ -22491,6 +22891,8 @@ + + @@ -22543,6 +22945,8 @@ 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-569,6 +587,8 @@ + + @@ -623,6 +643,8 @@ + + @@ -677,6 +699,8 @@ + + @@ -731,6 +755,8 @@ + + @@ -785,6 +811,8 @@ + + @@ -839,6 +867,8 @@ + + @@ -893,6 +923,8 @@ + + @@ -947,6 +979,8 @@ + + @@ -1001,6 +1035,8 @@ + + @@ -1055,6 +1091,8 @@ + + @@ -1109,6 +1147,8 @@ + + @@ -1163,6 +1203,8 @@ + + @@ -1217,6 +1259,8 @@ + + @@ -1271,6 +1315,8 @@ + + @@ -1325,6 +1371,8 @@ + + @@ -1379,6 +1427,8 @@ + + @@ -1433,6 +1483,8 @@ + + @@ -1487,6 +1539,8 @@ + + @@ -1541,6 +1595,8 @@ + + @@ -1595,6 +1651,8 @@ + + @@ -1649,6 +1707,8 @@ + + @@ -1703,6 +1763,8 @@ + + @@ -1757,6 +1819,8 @@ + + @@ -1811,6 +1875,8 @@ + + @@ -1865,6 +1931,8 @@ + + @@ -1919,6 +1987,8 @@ + + @@ -1973,6 +2043,8 @@ + + @@ -2027,6 +2099,8 @@ + + @@ -2081,6 +2155,8 @@ + + @@ -2135,6 +2211,8 @@ + + @@ -2189,6 +2267,8 @@ + + @@ -2243,6 +2323,8 @@ + + @@ -2297,6 +2379,8 @@ + + @@ -2351,6 +2435,8 @@ + + @@ -2405,6 +2491,8 @@ + + @@ -2459,6 +2547,8 @@ + + @@ -2513,6 +2603,8 @@ + + @@ -2567,6 +2659,8 @@ + + @@ -2621,6 +2715,8 @@ + + @@ 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@@ -355,6 +371,8 @@ + + @@ -389,6 +407,8 @@ + + @@ -423,6 +443,8 @@ + + @@ -457,6 +479,8 @@ + + @@ -491,6 +515,8 @@ + + @@ -525,6 +551,8 @@ + + @@ -559,6 +587,8 @@ + + @@ -593,6 +623,8 @@ + + @@ -627,6 +659,8 @@ + + @@ -661,6 +695,8 @@ + + @@ -695,6 +731,8 @@ + + @@ -729,6 +767,8 @@ + + diff --git a/pwiz/data/vendor_readers/Bruker/Reader_Bruker_Test.data/timsTOF_autoMSMS_Urine_50s_neg-ms2-centroid.mzML b/pwiz/data/vendor_readers/Bruker/Reader_Bruker_Test.data/timsTOF_autoMSMS_Urine_50s_neg-ms2-centroid.mzML index ed9aaae189..dbb253a30c 100644 --- a/pwiz/data/vendor_readers/Bruker/Reader_Bruker_Test.data/timsTOF_autoMSMS_Urine_50s_neg-ms2-centroid.mzML +++ b/pwiz/data/vendor_readers/Bruker/Reader_Bruker_Test.data/timsTOF_autoMSMS_Urine_50s_neg-ms2-centroid.mzML @@ -83,6 +83,8 @@ + + @@ -134,6 +136,8 @@ + + @@ -185,6 +189,8 @@ + + @@ -236,6 +242,8 @@ + + @@ -287,6 +295,8 @@ + + @@ -338,6 +348,8 @@ + + @@ -389,6 +401,8 @@ + + @@ -440,6 +454,8 @@ + + @@ -491,6 +507,8 @@ + + @@ -542,6 +560,8 @@ + + @@ -593,6 +613,8 @@ + + @@ -644,6 +666,8 @@ + + @@ -695,6 +719,8 @@ + + @@ -746,6 +772,8 @@ + + @@ -797,6 +825,8 @@ + + @@ -848,6 +878,8 @@ + + @@ -899,6 +931,8 @@ + + @@ -950,6 +984,8 @@ + + @@ -1001,6 +1037,8 @@ + + @@ -1052,6 +1090,8 @@ + + @@ -1103,6 +1143,8 @@ + + @@ -1155,6 +1197,8 @@ + + @@ -1206,6 +1250,8 @@ + + @@ -1257,6 +1303,8 @@ + + @@ -1308,6 +1356,8 @@ + + @@ -1359,6 +1409,8 @@ + + @@ -1410,6 +1462,8 @@ + + @@ -1461,6 +1515,8 @@ + + @@ -1512,6 +1568,8 @@ + + @@ -1563,6 +1621,8 @@ + + diff --git a/pwiz/data/vendor_readers/Bruker/Reader_Bruker_Test.data/timsTOF_autoMSMS_Urine_50s_neg.mzML b/pwiz/data/vendor_readers/Bruker/Reader_Bruker_Test.data/timsTOF_autoMSMS_Urine_50s_neg.mzML index 1e781b7034..26ca657b52 100644 --- a/pwiz/data/vendor_readers/Bruker/Reader_Bruker_Test.data/timsTOF_autoMSMS_Urine_50s_neg.mzML +++ b/pwiz/data/vendor_readers/Bruker/Reader_Bruker_Test.data/timsTOF_autoMSMS_Urine_50s_neg.mzML @@ -80,6 +80,8 @@ + + @@ -114,6 +116,8 @@ + + @@ -148,6 +152,8 @@ + + @@ -182,6 +188,8 @@ + + @@ -216,6 +224,8 @@ + + @@ -250,6 +260,8 @@ + + @@ -284,6 +296,8 @@ + + @@ -318,6 +332,8 @@ + + @@ -352,6 +368,8 @@ + + @@ -386,6 +404,8 @@ + + @@ -420,6 +440,8 @@ + + @@ -471,6 +493,8 @@ + + @@ -522,6 +546,8 @@ + + @@ -573,6 +599,8 @@ + + @@ -607,6 +635,8 @@ + + @@ -658,6 +688,8 @@ + + @@ -709,6 +741,8 @@ + + @@ -760,6 +794,8 @@ + + @@ -794,6 +830,8 @@ + + @@ -845,6 +883,8 @@ + + @@ -896,6 +936,8 @@ + + @@ -947,6 +989,8 @@ + + @@ -981,6 +1025,8 @@ + + @@ -1032,6 +1078,8 @@ + + @@ -1083,6 +1131,8 @@ + + @@ -1134,6 +1184,8 @@ + + @@ -1168,6 +1220,8 @@ + + @@ -1219,6 +1273,8 @@ + + @@ -1270,6 +1326,8 @@ + + @@ -1321,6 +1379,8 @@ + + @@ -1355,6 +1415,8 @@ + + @@ -1406,6 +1468,8 @@ + + @@ -1457,6 +1521,8 @@ + + @@ -1508,6 +1574,8 @@ + + @@ -1542,6 +1610,8 @@ + + @@ -1593,6 +1663,8 @@ + + @@ -1644,6 +1716,8 @@ + + @@ -1696,6 +1770,8 @@ + + @@ -1730,6 +1806,8 @@ + + @@ -1781,6 +1859,8 @@ + + @@ -1832,6 +1912,8 @@ + + @@ -1883,6 +1965,8 @@ + + @@ -1917,6 +2001,8 @@ + + @@ -1968,6 +2054,8 @@ + + @@ -2019,6 +2107,8 @@ + + @@ -2070,6 +2160,8 @@ + + @@ -2104,6 +2196,8 @@ + + @@ -2155,6 +2249,8 @@ + + @@ -2206,6 +2302,8 @@ + + @@ -2257,6 +2355,8 @@ + + diff --git a/pwiz/data/vendor_readers/Bruker/SpectrumList_Bruker.cpp b/pwiz/data/vendor_readers/Bruker/SpectrumList_Bruker.cpp index 7081391491..88a42b83a4 100644 --- a/pwiz/data/vendor_readers/Bruker/SpectrumList_Bruker.cpp +++ b/pwiz/data/vendor_readers/Bruker/SpectrumList_Bruker.cpp @@ -24,6 +24,8 @@ #include "SpectrumList_Bruker.hpp" + +#include "pwiz/data/vendor_readers/Thermo/ChromatogramList_Thermo.hpp" #include "pwiz/utility/chemistry/Chemistry.hpp" @@ -488,6 +490,23 @@ PWIZ_API_DECL SpectrumPtr SpectrumList_Bruker::spectrum(size_t index, DetailLeve } } } + + if (result->getMZArray() != nullptr) + { + auto mz = result->getMZArray()->data; + + auto it = std::min_element(mz.begin(), mz.end()); + std::size_t index1 = std::distance(mz.begin(), it); + + it = std::max_element(mz.begin(), mz.end()); + std::size_t index2 = std::distance(mz.begin(), it); + + if(mz.size()>index1) + result->set(MS_lowest_observed_m_z, mz[index1], MS_m_z); + + if (mz.size() > index2) + result->set(MS_highest_observed_m_z, mz[index2], MS_m_z); + } /*} catch (_com_error& e) // not caught by either std::exception or '...' { From 0f3b1a353bbca4c84c41a6ed0e105e1bf5ac3791 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Andre Schoengraf Date: Mon, 30 Sep 2024 01:26:04 +0200 Subject: [PATCH 09/26] small cleanup --- pwiz_aux/msrc/utility/vendor_api/Bruker/TimsData.cpp | 12 +++++------- 1 file changed, 5 insertions(+), 7 deletions(-) diff --git a/pwiz_aux/msrc/utility/vendor_api/Bruker/TimsData.cpp b/pwiz_aux/msrc/utility/vendor_api/Bruker/TimsData.cpp index 3a90f5aba9..e61264a124 100644 --- a/pwiz_aux/msrc/utility/vendor_api/Bruker/TimsData.cpp +++ b/pwiz_aux/msrc/utility/vendor_api/Bruker/TimsData.cpp @@ -916,20 +916,18 @@ int TimsSpectrum::getChargeState() const { if (HasPasefPrecursorInfo()) return GetPasefPrecursorInfo().charge; - else - return frame_.chargeState_.get_value_or(0); + return frame_.chargeState_.get_value_or(0); } double TimsSpectrum::getIsolationWidth() const { if (HasPasefPrecursorInfo()) return GetPasefPrecursorInfo().isolationWidth; - else if (!frame_.diaPasefIsolationInfoByScanNumber_.empty()) - { + + if (!frame_.diaPasefIsolationInfoByScanNumber_.empty()) return getDiaPasefIsolationInfo().isolationWidth; - } - else - return frame_.isolationWidth_.get_value_or(0); + + return frame_.isolationWidth_.get_value_or(0); } int TimsSpectrum::getWindowGroup() const From 3ab4cffc5110cd1087a6e77ba4b00eb63237bb6b Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Andre Schoengraf Date: Fri, 11 Oct 2024 01:16:32 +0200 Subject: [PATCH 10/26] Bugfix --- .../Bruker/SpectrumList_Bruker.cpp | 19 +++++++++++-------- 1 file changed, 11 insertions(+), 8 deletions(-) diff --git a/pwiz/data/vendor_readers/Bruker/SpectrumList_Bruker.cpp b/pwiz/data/vendor_readers/Bruker/SpectrumList_Bruker.cpp index 88a42b83a4..d33264f081 100644 --- a/pwiz/data/vendor_readers/Bruker/SpectrumList_Bruker.cpp +++ b/pwiz/data/vendor_readers/Bruker/SpectrumList_Bruker.cpp @@ -495,17 +495,20 @@ PWIZ_API_DECL SpectrumPtr SpectrumList_Bruker::spectrum(size_t index, DetailLeve { auto mz = result->getMZArray()->data; - auto it = std::min_element(mz.begin(), mz.end()); - std::size_t index1 = std::distance(mz.begin(), it); + if (mz.size() > 0) + { + auto it = std::min_element(mz.begin(), mz.end()); + std::size_t index1 = std::distance(mz.begin(), it); - it = std::max_element(mz.begin(), mz.end()); - std::size_t index2 = std::distance(mz.begin(), it); + it = std::max_element(mz.begin(), mz.end()); + std::size_t index2 = std::distance(mz.begin(), it); - if(mz.size()>index1) - result->set(MS_lowest_observed_m_z, mz[index1], MS_m_z); + if (mz.size() > index1) + result->set(MS_lowest_observed_m_z, mz[index1], MS_m_z); - if (mz.size() > index2) - result->set(MS_highest_observed_m_z, mz[index2], MS_m_z); + if (mz.size() > index2) + result->set(MS_highest_observed_m_z, mz[index2], MS_m_z); + } } /*} catch (_com_error& e) // not caught by either std::exception or '...' From 912c3c6c2428c309b3c83e5abe20c7a515d5fc2c Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Andre Schoengraf Date: Fri, 11 Oct 2024 20:42:09 +0200 Subject: [PATCH 11/26] Fix Build exception --- pwiz/data/msdata/Serializer_MGF.cpp | 12 ++++++------ 1 file changed, 6 insertions(+), 6 deletions(-) diff --git a/pwiz/data/msdata/Serializer_MGF.cpp b/pwiz/data/msdata/Serializer_MGF.cpp index c2bc8589b7..90dfdb67c9 100644 --- a/pwiz/data/msdata/Serializer_MGF.cpp +++ b/pwiz/data/msdata/Serializer_MGF.cpp @@ -96,7 +96,7 @@ void Serializer_MGF::Impl::write(ostream& os, const MSData& msd, throw; } - Scan* scan = !s->scanList.empty() ? &s->scanList.scans[0] : 0; + const Scan& scan = !s->scanList.empty() ? s->scanList.scans[0] : Scan(); if (s->cvParam(MS_ms_level).valueAs() > 1 && !s->precursors.empty() && @@ -105,7 +105,7 @@ void Serializer_MGF::Impl::write(ostream& os, const MSData& msd, os << "BEGIN IONS\n"; const SelectedIon& si = s->precursors[0].selectedIons[0]; - CVParam scanTimeParam = scan ? scan->cvParam(MS_scan_start_time) : CVParam(); + CVParam scanTimeParam = scan.cvParam(MS_scan_start_time); CVParam chargeParam = si.cvParam(MS_charge_state); CVParam spectrumTitle = s->cvParam(MS_spectrum_title); @@ -113,8 +113,8 @@ void Serializer_MGF::Impl::write(ostream& os, const MSData& msd, os << "TITLE=" << spectrumTitle.value << '\n'; else if (titleIsThermoDTA) { - string scan = id::value(s->id, "scan"); - os << "TITLE=" << thermoBasename << '.' << scan << '.' << scan << '.' << chargeParam.value << '\n'; + string scan_string = id::value(s->id, "scan"); + os << "TITLE=" << thermoBasename << '.' << scan_string << '.' << scan_string << '.' << chargeParam.value << '\n'; } else os << "TITLE=" << s->id << '\n'; @@ -132,12 +132,12 @@ void Serializer_MGF::Impl::write(ostream& os, const MSData& msd, os << " " << intensityParam.valueFixedNotation(); os << '\n'; - CVParam inverseReduceIonMobility = scan->cvParam(MS_inverse_reduced_ion_mobility); + CVParam inverseReduceIonMobility = scan.cvParam(MS_inverse_reduced_ion_mobility); if (!inverseReduceIonMobility.empty()) os << "INVREION=" << inverseReduceIonMobility.valueFixedNotation(); os << '\n'; - CVParam collisionalCrossSectionalArea = scan->cvParam(MS_collisional_cross_sectional_area); + CVParam collisionalCrossSectionalArea = scan.cvParam(MS_collisional_cross_sectional_area); if (!collisionalCrossSectionalArea.empty()) os << "COLLCROSSSA=" << collisionalCrossSectionalArea.valueFixedNotation(); os << '\n'; From 56949cf77cfe66bcaa32a1c08acc1122efe8ddc6 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Andre Schoengraf Date: Fri, 11 Oct 2024 22:37:42 +0200 Subject: [PATCH 12/26] Bugfix unused header --- pwiz/data/vendor_readers/Bruker/SpectrumList_Bruker.cpp | 1 - 1 file changed, 1 deletion(-) diff --git a/pwiz/data/vendor_readers/Bruker/SpectrumList_Bruker.cpp b/pwiz/data/vendor_readers/Bruker/SpectrumList_Bruker.cpp index d33264f081..a4543d524d 100644 --- a/pwiz/data/vendor_readers/Bruker/SpectrumList_Bruker.cpp +++ b/pwiz/data/vendor_readers/Bruker/SpectrumList_Bruker.cpp @@ -25,7 +25,6 @@ #include "SpectrumList_Bruker.hpp" -#include "pwiz/data/vendor_readers/Thermo/ChromatogramList_Thermo.hpp" #include "pwiz/utility/chemistry/Chemistry.hpp" From e7bf0d5ed2540bc1d32bc3b53c3ae9381ed17b82 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Andre Schoengraf Date: Fri, 11 Oct 2024 23:06:06 +0200 Subject: [PATCH 13/26] Revert changes after review --- .../utility/vendor_api/Bruker/TimsData.cpp | 61 ++++++++----------- .../utility/vendor_api/Bruker/TimsData.hpp | 4 -- 2 files changed, 25 insertions(+), 40 deletions(-) diff --git a/pwiz_aux/msrc/utility/vendor_api/Bruker/TimsData.cpp b/pwiz_aux/msrc/utility/vendor_api/Bruker/TimsData.cpp index e61264a124..f88175eb6f 100644 --- a/pwiz_aux/msrc/utility/vendor_api/Bruker/TimsData.cpp +++ b/pwiz_aux/msrc/utility/vendor_api/Bruker/TimsData.cpp @@ -285,7 +285,6 @@ TimsDataImpl::TimsDataImpl(const string& rawpath, bool combineIonMobilitySpectra vector scanNumbers(maxNumScans+1); for (int i = 0; i <= maxNumScans; ++i) scanNumbers[i] = i; - for (size_t i = 0; i < oneOverK0ByScanNumberByCalibration_.size(); ++i) { vector& oneOverK0 = oneOverK0ByScanNumberByCalibration_[i]; @@ -320,7 +319,7 @@ TimsDataImpl::TimsDataImpl(const string& rawpath, bool combineIonMobilitySpectra { if (isDdaPasef) { - string querySql = "SELECT Frame, ScanNumBegin, ScanNumEnd, IsolationMz, IsolationWidth, CollisionEnergy, LargestPeakMz, MonoisotopicMz, Charge, ScanNumber, Intensity, Parent " + string querySql = "SELECT Frame, ScanNumBegin, ScanNumEnd, IsolationMz, IsolationWidth, CollisionEnergy, MonoisotopicMz, Charge, ScanNumber, Intensity, Parent " "FROM PasefFrameMsMsInfo f " "JOIN Precursors p ON p.id=f.precursor " + pasefIsolationMzFilter + @@ -338,7 +337,6 @@ TimsDataImpl::TimsDataImpl(const string& rawpath, bool combineIonMobilitySpectra auto& frame = findItr->second; frame->pasef_precursor_info_.emplace_back(new PasefPrecursorInfo); - PasefPrecursorInfo& info = *frame->pasef_precursor_info_.back(); info.scanBegin = row.get(++idx); @@ -347,7 +345,6 @@ TimsDataImpl::TimsDataImpl(const string& rawpath, bool combineIonMobilitySpectra info.isolationMz = row.get(++idx); info.isolationWidth = row.get(++idx); info.collisionEnergy = row.get(++idx); - largestPeakMz = row.get(++idx); info.monoisotopicMz = row.get(++idx); info.charge = row.get(++idx); info.avgScanNumber = row.get(++idx); @@ -387,8 +384,6 @@ TimsDataImpl::TimsDataImpl(const string& rawpath, bool combineIonMobilitySpectra // NB: some data has ScanNumEnd > NumScans, which should not happen because ScanNumEnd is supposed to be an exclusive 0-based index, so clamp it here info.numScans = min(frame->numScans(), 1 + scanEnd) - scanBegin; - const map& scanNumberByOneOverK0 = scanNumberByOneOverK0ByCalibrationIndex[frame->calibrationIndex_]; - if (!isolationMzFilter_.empty()) { // swap values for min/max below @@ -413,6 +408,8 @@ TimsDataImpl::TimsDataImpl(const string& rawpath, bool combineIonMobilitySpectra break; } + const map& scanNumberByOneOverK0 = scanNumberByOneOverK0ByCalibrationIndex[frame->calibrationIndex_]; + // 1/k0 is inverse to scan number (lowest scan number is highest 1/k0) auto scanNumLowerBoundItr = scanNumberByOneOverK0.upper_bound(mzMobilityWindow.mobilityBounds.get().second); --scanNumLowerBoundItr; auto scanNumUpperBoundItr = scanNumberByOneOverK0.upper_bound(mzMobilityWindow.mobilityBounds.get().first); if (scanNumUpperBoundItr != scanNumberByOneOverK0.begin()) --scanNumUpperBoundItr; @@ -541,22 +538,22 @@ TimsDataImpl::TimsDataImpl(const string& rawpath, bool combineIonMobilitySpectra { const auto& precursor = frame->pasef_precursor_info_[p]; - // add MS2s that don't have PASEF info (between last precursor's scanEnd and this precursor's scanBegin) - if (p > 0) - { - const auto& lastPrecursor = frame->pasef_precursor_info_[p - 1]; - for (int i = lastPrecursor->scanEnd + 1; i < precursor->scanBegin; ++i, ++scanIndex) + // add MS2s that don't have PASEF info (between last precursor's scanEnd and this precursor's scanBegin) + if (p > 0) { - spectra_.emplace_back(boost::make_shared(frame, i, TimsSpectrum::empty_)); + const auto& lastPrecursor = frame->pasef_precursor_info_[p - 1]; + for (int i = lastPrecursor->scanEnd + 1; i < precursor->scanBegin; ++i, ++scanIndex) + { + spectra_.emplace_back(boost::make_shared(frame, i, TimsSpectrum::empty_)); + } } - } - else - { - for (int i = 0; i < precursor->scanBegin; ++i, ++scanIndex) + else { - spectra_.emplace_back(boost::make_shared(frame, i, TimsSpectrum::empty_)); + for (int i = 0; i < precursor->scanBegin; ++i, ++scanIndex) + { + spectra_.emplace_back(boost::make_shared(frame, i, TimsSpectrum::empty_)); + } } - } // add MS2s for this precursor for (int i = precursor->scanBegin; i <= precursor->scanEnd; ++i, ++scanIndex) @@ -604,11 +601,6 @@ double TimsDataImpl::oneOverK0ToCCS(double oneOverK0, double mz, int charge) con return tims_oneoverk0_to_ccs_for_mz(oneOverK0, charge, mz); } -double TimsDataImpl::oneOverK0ToCCS(double oneOverK0, int charge) const -{ - return oneOverK0ToCCS(oneOverK0, largestPeakMz, charge); -} - double TimsDataImpl::ccsToOneOverK0(double ccs, double mz, int charge) const { return tims_ccs_to_oneoverk0_for_mz(ccs, charge, mz); @@ -862,21 +854,16 @@ void TimsSpectrum::getIsolationData(std::vector& isolationInfo) c if (HasPasefPrecursorInfo()) { const auto& info = GetPasefPrecursorInfo(); - isolationInfo.resize(1, IsolationInfo{ - info.isolationMz, IsolationMode_On, info.collisionEnergy, - info.intensity - }); + isolationInfo.resize(1, IsolationInfo{ info.isolationMz, IsolationMode_On, info.collisionEnergy }); } else if (!frame_.diaPasefIsolationInfoByScanNumber_.empty()) { const auto& info = getDiaPasefIsolationInfo(); - isolationInfo.resize(1, IsolationInfo{ - info.isolationMz, IsolationMode_On, info.collisionEnergy, 0 - }); + isolationInfo.resize(1, IsolationInfo{ info.isolationMz, IsolationMode_On, info.collisionEnergy }); } else if (frame_.precursorMz_.is_initialized()) { - isolationInfo.resize(1, IsolationInfo{ frame_.precursorMz_.get(), IsolationMode_On, 0 }); + isolationInfo.resize(1, IsolationInfo{ frame_.precursorMz_.get(), IsolationMode_On, 0 }); } } @@ -916,18 +903,20 @@ int TimsSpectrum::getChargeState() const { if (HasPasefPrecursorInfo()) return GetPasefPrecursorInfo().charge; - return frame_.chargeState_.get_value_or(0); + else + return frame_.chargeState_.get_value_or(0); } double TimsSpectrum::getIsolationWidth() const { if (HasPasefPrecursorInfo()) return GetPasefPrecursorInfo().isolationWidth; - - if (!frame_.diaPasefIsolationInfoByScanNumber_.empty()) + else if (!frame_.diaPasefIsolationInfoByScanNumber_.empty()) + { return getDiaPasefIsolationInfo().isolationWidth; - - return frame_.isolationWidth_.get_value_or(0); + } + else + return frame_.isolationWidth_.get_value_or(0); } int TimsSpectrum::getWindowGroup() const diff --git a/pwiz_aux/msrc/utility/vendor_api/Bruker/TimsData.hpp b/pwiz_aux/msrc/utility/vendor_api/Bruker/TimsData.hpp index 80a4581f4a..b540434f4a 100644 --- a/pwiz_aux/msrc/utility/vendor_api/Bruker/TimsData.hpp +++ b/pwiz_aux/msrc/utility/vendor_api/Bruker/TimsData.hpp @@ -249,8 +249,6 @@ struct PWIZ_API_DECL TimsDataImpl : public CompassData virtual double oneOverK0ToCCS(double oneOverK0, double mz, int charge) const; - virtual double oneOverK0ToCCS(double oneOverK0, int charge) const; - virtual double ccsToOneOverK0(double ccs, double mz, int charge) const; /// returns the number of spectra available from the MS source @@ -321,8 +319,6 @@ struct PWIZ_API_DECL TimsDataImpl : public CompassData TimsBinaryDataPtr tdfStoragePtr_; TimsBinaryData& tdfStorage_; - double largestPeakMz; - /// /// cache entire frames while dealing with single spectrum access /// From 3e7fd9689d6071d8fcb57ffc089f75493d9dee67 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Andre Schoengraf Date: Fri, 11 Oct 2024 23:16:49 +0200 Subject: [PATCH 14/26] Remove unnecessary code --- .../Bruker/SpectrumList_Bruker.cpp | 21 ------------------- 1 file changed, 21 deletions(-) diff --git a/pwiz/data/vendor_readers/Bruker/SpectrumList_Bruker.cpp b/pwiz/data/vendor_readers/Bruker/SpectrumList_Bruker.cpp index a4543d524d..7081391491 100644 --- a/pwiz/data/vendor_readers/Bruker/SpectrumList_Bruker.cpp +++ b/pwiz/data/vendor_readers/Bruker/SpectrumList_Bruker.cpp @@ -24,7 +24,6 @@ #include "SpectrumList_Bruker.hpp" - #include "pwiz/utility/chemistry/Chemistry.hpp" @@ -489,26 +488,6 @@ PWIZ_API_DECL SpectrumPtr SpectrumList_Bruker::spectrum(size_t index, DetailLeve } } } - - if (result->getMZArray() != nullptr) - { - auto mz = result->getMZArray()->data; - - if (mz.size() > 0) - { - auto it = std::min_element(mz.begin(), mz.end()); - std::size_t index1 = std::distance(mz.begin(), it); - - it = std::max_element(mz.begin(), mz.end()); - std::size_t index2 = std::distance(mz.begin(), it); - - if (mz.size() > index1) - result->set(MS_lowest_observed_m_z, mz[index1], MS_m_z); - - if (mz.size() > index2) - result->set(MS_highest_observed_m_z, mz[index2], MS_m_z); - } - } /*} catch (_com_error& e) // not caught by either std::exception or '...' { From 5f5a9741e1dd5ae55e459496f7169c53852aa68c Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Andre Schoengraf Date: Fri, 11 Oct 2024 23:20:39 +0200 Subject: [PATCH 15/26] Remove unused function --- pwiz_aux/msrc/utility/vendor_api/Bruker/CompassData.hpp | 1 - 1 file changed, 1 deletion(-) diff --git a/pwiz_aux/msrc/utility/vendor_api/Bruker/CompassData.hpp b/pwiz_aux/msrc/utility/vendor_api/Bruker/CompassData.hpp index 0bc5921faf..f68c63d96c 100644 --- a/pwiz_aux/msrc/utility/vendor_api/Bruker/CompassData.hpp +++ b/pwiz_aux/msrc/utility/vendor_api/Bruker/CompassData.hpp @@ -307,7 +307,6 @@ struct PWIZ_API_DECL CompassData virtual bool canConvertOneOverK0AndCCS() const { return false; } virtual double oneOverK0ToCCS(double oneOverK0, double mz, int charge) const { return 0; } - virtual double oneOverK0ToCCS(double oneOverK0, int charge) const { return 0; } virtual double ccsToOneOverK0(double ccs, double mz, int charge) const { return 0; } /// returns the number of spectra available from the MS source From ef4e5d4b7a44b613d157d2323242951dda806fa1 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Andre Schoengraf Date: Fri, 11 Oct 2024 23:21:46 +0200 Subject: [PATCH 16/26] cleanup --- pwiz_aux/msrc/utility/vendor_api/Bruker/CompassData.hpp | 1 - 1 file changed, 1 deletion(-) diff --git a/pwiz_aux/msrc/utility/vendor_api/Bruker/CompassData.hpp b/pwiz_aux/msrc/utility/vendor_api/Bruker/CompassData.hpp index f68c63d96c..cb21bf162a 100644 --- a/pwiz_aux/msrc/utility/vendor_api/Bruker/CompassData.hpp +++ b/pwiz_aux/msrc/utility/vendor_api/Bruker/CompassData.hpp @@ -306,7 +306,6 @@ struct PWIZ_API_DECL CompassData virtual bool canConvertOneOverK0AndCCS() const { return false; } virtual double oneOverK0ToCCS(double oneOverK0, double mz, int charge) const { return 0; } - virtual double ccsToOneOverK0(double ccs, double mz, int charge) const { return 0; } /// returns the number of spectra available from the MS source From e2e6ea21d1ebea1e8ce00356c44a267d2b53fb9c Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Andre Schoengraf Date: Fri, 11 Oct 2024 23:36:37 +0200 Subject: [PATCH 17/26] Revert "lowest and highest observed mz" This reverts commit 8aeecd08f473a9199031b43f8755ac594524426b. --- .../Reader_Bruker_Test.data/100 fmol BSA.mzML | 10 - ...cLaser_100fold_1_0_H6_MS-ms1-centroid.mzML | 2 - .../20percLaser_100fold_1_0_H6_MS.mzML | 2 - .../CsI_Pos_0_G1_000003.mzML | 2 - ...t1-first-6-frames-combineIMS-centroid.mzML | 30 - ...irst-6-frames-combineIMS-ms1-centroid.mzML | 2 - ...irst-6-frames-combineIMS-ms2-centroid.mzML | 28 - ...SEF_Slot1-first-6-frames-ms1-centroid.mzML | 114 --- ...SEF_Slot1-first-6-frames-ms2-centroid.mzML | 618 --------------- ...s-ms2-noMsMsWithoutPrecursor-centroid.mzML | 368 --------- .../Hela_QC_PASEF_Slot1-first-6-frames.mzML | 732 ------------------ .../Sample_1-A,1_01_985.mzML | 124 --- ...hyroglobMRM000003-combineIMS-centroid.mzML | 4 - ...globMRM000003-combineIMS-ms2-centroid.mzML | 4 - .../ThyroglobMRM000003-ms2-centroid.mzML | 634 --------------- .../ThyroglobMRM000003.mzML | 634 --------------- ...utPrecursor-centroid-mzMobilityFilter.mzML | 198 ----- ...F_autoMSMS_Urine_50s_neg-ms1-centroid.mzML | 40 - ...F_autoMSMS_Urine_50s_neg-ms2-centroid.mzML | 60 -- .../timsTOF_autoMSMS_Urine_50s_neg.mzML | 100 --- 20 files changed, 3706 deletions(-) diff --git a/pwiz/data/vendor_readers/Bruker/Reader_Bruker_Test.data/100 fmol BSA.mzML b/pwiz/data/vendor_readers/Bruker/Reader_Bruker_Test.data/100 fmol BSA.mzML index 2123866d63..a5dcb9daa8 100644 --- a/pwiz/data/vendor_readers/Bruker/Reader_Bruker_Test.data/100 fmol BSA.mzML +++ b/pwiz/data/vendor_readers/Bruker/Reader_Bruker_Test.data/100 fmol BSA.mzML @@ -88,8 +88,6 @@ - - @@ -115,8 +113,6 @@ - - @@ -157,8 +153,6 @@ - - @@ -199,8 +193,6 @@ - - @@ -226,8 +218,6 @@ - - diff --git a/pwiz/data/vendor_readers/Bruker/Reader_Bruker_Test.data/20percLaser_100fold_1_0_H6_MS-ms1-centroid.mzML b/pwiz/data/vendor_readers/Bruker/Reader_Bruker_Test.data/20percLaser_100fold_1_0_H6_MS-ms1-centroid.mzML index df27a7f694..b84aa7be9a 100644 --- a/pwiz/data/vendor_readers/Bruker/Reader_Bruker_Test.data/20percLaser_100fold_1_0_H6_MS-ms1-centroid.mzML +++ b/pwiz/data/vendor_readers/Bruker/Reader_Bruker_Test.data/20percLaser_100fold_1_0_H6_MS-ms1-centroid.mzML @@ -82,8 +82,6 @@ - - diff --git a/pwiz/data/vendor_readers/Bruker/Reader_Bruker_Test.data/20percLaser_100fold_1_0_H6_MS.mzML b/pwiz/data/vendor_readers/Bruker/Reader_Bruker_Test.data/20percLaser_100fold_1_0_H6_MS.mzML index 57fd5dd43b..0f34292489 100644 --- a/pwiz/data/vendor_readers/Bruker/Reader_Bruker_Test.data/20percLaser_100fold_1_0_H6_MS.mzML +++ b/pwiz/data/vendor_readers/Bruker/Reader_Bruker_Test.data/20percLaser_100fold_1_0_H6_MS.mzML @@ -78,8 +78,6 @@ - - diff --git a/pwiz/data/vendor_readers/Bruker/Reader_Bruker_Test.data/CsI_Pos_0_G1_000003.mzML b/pwiz/data/vendor_readers/Bruker/Reader_Bruker_Test.data/CsI_Pos_0_G1_000003.mzML index 705e15565a..5f834de2f5 100644 --- a/pwiz/data/vendor_readers/Bruker/Reader_Bruker_Test.data/CsI_Pos_0_G1_000003.mzML +++ b/pwiz/data/vendor_readers/Bruker/Reader_Bruker_Test.data/CsI_Pos_0_G1_000003.mzML @@ -68,8 +68,6 @@ - - diff --git a/pwiz/data/vendor_readers/Bruker/Reader_Bruker_Test.data/Hela_QC_PASEF_Slot1-first-6-frames-combineIMS-centroid.mzML b/pwiz/data/vendor_readers/Bruker/Reader_Bruker_Test.data/Hela_QC_PASEF_Slot1-first-6-frames-combineIMS-centroid.mzML index 4c7b46cb23..d2dfa3f40c 100644 --- a/pwiz/data/vendor_readers/Bruker/Reader_Bruker_Test.data/Hela_QC_PASEF_Slot1-first-6-frames-combineIMS-centroid.mzML +++ b/pwiz/data/vendor_readers/Bruker/Reader_Bruker_Test.data/Hela_QC_PASEF_Slot1-first-6-frames-combineIMS-centroid.mzML @@ -84,8 +84,6 @@ - - @@ -197,8 +195,6 @@ - - @@ -310,8 +306,6 @@ - - @@ -422,8 +416,6 @@ - - @@ -535,8 +527,6 @@ - - @@ -648,8 +638,6 @@ - - @@ -760,8 +748,6 @@ - - @@ -873,8 +859,6 @@ - - @@ -986,8 +970,6 @@ - - @@ -1098,8 +1080,6 @@ - - @@ -1211,8 +1191,6 @@ - - @@ -1324,8 +1302,6 @@ - - @@ -1436,8 +1412,6 @@ - - @@ -1549,8 +1523,6 @@ - - @@ -1662,8 +1634,6 @@ - - diff --git a/pwiz/data/vendor_readers/Bruker/Reader_Bruker_Test.data/Hela_QC_PASEF_Slot1-first-6-frames-combineIMS-ms1-centroid.mzML b/pwiz/data/vendor_readers/Bruker/Reader_Bruker_Test.data/Hela_QC_PASEF_Slot1-first-6-frames-combineIMS-ms1-centroid.mzML index ff4aec58b8..5f00c7e271 100644 --- a/pwiz/data/vendor_readers/Bruker/Reader_Bruker_Test.data/Hela_QC_PASEF_Slot1-first-6-frames-combineIMS-ms1-centroid.mzML +++ b/pwiz/data/vendor_readers/Bruker/Reader_Bruker_Test.data/Hela_QC_PASEF_Slot1-first-6-frames-combineIMS-ms1-centroid.mzML @@ -83,8 +83,6 @@ - - diff --git a/pwiz/data/vendor_readers/Bruker/Reader_Bruker_Test.data/Hela_QC_PASEF_Slot1-first-6-frames-combineIMS-ms2-centroid.mzML b/pwiz/data/vendor_readers/Bruker/Reader_Bruker_Test.data/Hela_QC_PASEF_Slot1-first-6-frames-combineIMS-ms2-centroid.mzML index e16c64ad3f..da1d0c2d8e 100644 --- a/pwiz/data/vendor_readers/Bruker/Reader_Bruker_Test.data/Hela_QC_PASEF_Slot1-first-6-frames-combineIMS-ms2-centroid.mzML +++ b/pwiz/data/vendor_readers/Bruker/Reader_Bruker_Test.data/Hela_QC_PASEF_Slot1-first-6-frames-combineIMS-ms2-centroid.mzML @@ -83,8 +83,6 @@ - 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- @@ -9709,8 +9613,6 @@ - - @@ -9746,8 +9648,6 @@ - - @@ -9888,8 +9788,6 @@ - - @@ -9925,8 +9823,6 @@ - - @@ -10417,8 +10313,6 @@ - - @@ -10839,8 +10733,6 @@ - - @@ -10981,8 +10873,6 @@ - - @@ -11018,8 +10908,6 @@ - - @@ -11055,8 +10943,6 @@ - - @@ -11092,8 +10978,6 @@ - - @@ -11259,8 +11143,6 @@ - - @@ -11316,8 +11198,6 @@ - - @@ -11373,8 +11253,6 @@ - - @@ -11430,8 +11308,6 @@ - - @@ -11487,8 +11363,6 @@ - - @@ -11544,8 +11418,6 @@ - - @@ -11601,8 +11473,6 @@ - - @@ -11658,8 +11528,6 @@ - - @@ -11715,8 +11583,6 @@ - - @@ -11772,8 +11638,6 @@ - - @@ -11829,8 +11693,6 @@ - - @@ -11886,8 +11748,6 @@ - - @@ -11943,8 +11803,6 @@ - - @@ -12000,8 +11858,6 @@ - - @@ -12057,8 +11913,6 @@ - - @@ -12114,8 +11968,6 @@ - - @@ -12171,8 +12023,6 @@ - - @@ -12283,8 +12133,6 @@ - - @@ -12340,8 +12188,6 @@ - - @@ -12397,8 +12243,6 @@ - - @@ -12454,8 +12298,6 @@ - - @@ -12511,8 +12353,6 @@ - - @@ -12548,8 +12388,6 @@ - - @@ -12655,8 +12493,6 @@ - - @@ -12972,8 +12808,6 @@ - - @@ -13184,8 +13018,6 @@ - - @@ -16406,8 +16238,6 @@ - - @@ -17493,8 +17323,6 @@ - - @@ -18825,8 +18653,6 @@ - - @@ -19142,8 +18968,6 @@ - - @@ -19354,8 +19178,6 @@ - - @@ -19426,8 +19248,6 @@ - - @@ -20093,8 +19913,6 @@ - - @@ -20340,8 +20158,6 @@ - - @@ -20692,8 +20508,6 @@ - - @@ -20764,8 +20578,6 @@ - - @@ -20836,8 +20648,6 @@ - - @@ -21305,8 +21115,6 @@ - - @@ -21577,8 +21385,6 @@ - - @@ -21795,8 +21601,6 @@ - - @@ -21905,8 +21709,6 @@ - - @@ -21961,8 +21763,6 @@ - - @@ -22071,8 +21871,6 @@ - - @@ -22127,8 +21925,6 @@ - - @@ -22237,8 +22033,6 @@ - - @@ -22854,8 +22648,6 @@ - - @@ -23131,8 +22923,6 @@ - - @@ -23243,8 +23033,6 @@ - - @@ -23355,8 +23143,6 @@ - - @@ -23577,8 +23363,6 @@ - - @@ -23634,8 +23418,6 @@ - - @@ -23691,8 +23473,6 @@ - - @@ -23968,8 +23748,6 @@ - - @@ -24190,8 +23968,6 @@ - - @@ -24227,8 +24003,6 @@ - - @@ -24894,8 +24668,6 @@ - - @@ -25041,8 +24813,6 @@ - - @@ -25098,8 +24868,6 @@ - - @@ -25265,8 +25033,6 @@ - - @@ -25322,8 +25088,6 @@ - - @@ -25379,8 +25143,6 @@ - - @@ -25436,8 +25198,6 @@ - - @@ -25493,8 +25253,6 @@ - - @@ -25550,8 +25308,6 @@ - - @@ -25607,8 +25363,6 @@ - - @@ -25664,8 +25418,6 @@ - - @@ -25721,8 +25473,6 @@ - - @@ -25778,8 +25528,6 @@ - - @@ -25835,8 +25583,6 @@ - - @@ -25892,8 +25638,6 @@ - - @@ -25949,8 +25693,6 @@ - - @@ -26006,8 +25748,6 @@ - - @@ -26063,8 +25803,6 @@ - - @@ -26120,8 +25858,6 @@ - - @@ -26232,8 +25968,6 @@ - - @@ -26289,8 +26023,6 @@ - - @@ -26381,8 +26113,6 @@ - - @@ -26418,8 +26148,6 @@ - - @@ -26490,8 +26218,6 @@ - - @@ -26632,8 +26358,6 @@ - - @@ -26669,8 +26393,6 @@ - - @@ -26706,8 +26428,6 @@ - - @@ -28703,8 +28423,6 @@ - - @@ -30280,8 +29998,6 @@ - - @@ -31752,8 +31468,6 @@ - - @@ -32349,8 +32063,6 @@ - - @@ -33086,8 +32798,6 @@ - - @@ -33613,8 +33323,6 @@ - - @@ -33720,8 +33428,6 @@ - - @@ -33792,8 +33498,6 @@ - - @@ -33864,8 +33568,6 @@ - - @@ -35354,8 +35056,6 @@ - - @@ -35410,8 +35110,6 @@ - - @@ -35574,8 +35272,6 @@ - - @@ -35630,8 +35326,6 @@ - - @@ -35740,8 +35434,6 @@ - - @@ -35850,8 +35542,6 @@ - - @@ -36014,8 +35704,6 @@ - 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- @@ -40467,8 +40083,6 @@ - - @@ -40679,8 +40293,6 @@ - - @@ -44811,8 +44423,6 @@ - - @@ -45023,8 +44633,6 @@ - - @@ -45165,8 +44773,6 @@ - - @@ -46812,8 +46418,6 @@ - - @@ -47164,8 +46768,6 @@ - - @@ -47271,8 +46873,6 @@ - - @@ -48148,8 +47748,6 @@ - - @@ -48290,8 +47888,6 @@ - - @@ -48699,8 +48295,6 @@ - - @@ -49025,8 +48619,6 @@ - - @@ -49135,8 +48727,6 @@ - - @@ -49191,8 +48781,6 @@ - - @@ -49247,8 +48835,6 @@ - - @@ -49303,8 +48889,6 @@ - - @@ -49467,8 +49051,6 @@ - - @@ -49523,8 +49105,6 @@ - - @@ -49579,8 +49159,6 @@ - - @@ -49635,8 +49213,6 @@ - - @@ -49799,8 +49375,6 @@ - - @@ -50049,8 +49623,6 @@ - - @@ -50261,8 +49833,6 @@ - - @@ -50858,8 +50428,6 @@ - - @@ -50970,8 +50538,6 @@ - - @@ -51027,8 +50593,6 @@ - - @@ -51304,8 +50868,6 @@ - - @@ -51416,8 +50978,6 @@ - - @@ -51528,8 +51088,6 @@ - - @@ -51750,8 +51308,6 @@ - - @@ -51897,8 +51453,6 @@ - - @@ -51934,8 +51488,6 @@ - - @@ -52251,8 +51803,6 @@ - - @@ -52323,8 +51873,6 @@ - - @@ -52660,8 +52208,6 @@ - - @@ -52772,8 +52318,6 @@ - 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- @@ -63034,8 +62506,6 @@ - - @@ -63090,8 +62560,6 @@ - - @@ -63146,8 +62614,6 @@ - - @@ -63256,8 +62722,6 @@ - - @@ -63366,8 +62830,6 @@ - - @@ -63692,8 +63154,6 @@ - - @@ -63818,8 +63278,6 @@ - - @@ -64275,8 +63733,6 @@ - - @@ -64862,8 +64318,6 @@ - - @@ -65029,8 +64483,6 @@ - - @@ -65086,8 +64538,6 @@ - - @@ -65143,8 +64593,6 @@ - - @@ -65530,8 +64978,6 @@ - - @@ -65642,8 +65088,6 @@ - - @@ -65699,8 +65143,6 @@ - - @@ -65771,8 +65213,6 @@ - - @@ -65808,8 +65248,6 @@ - - @@ -65845,8 +65283,6 @@ - - @@ -65952,8 +65388,6 @@ - - @@ -66059,8 +65493,6 @@ - - @@ -66611,8 +66043,6 @@ - - @@ -66723,8 +66153,6 @@ - - @@ -66835,8 +66263,6 @@ - - @@ -66892,8 +66318,6 @@ - - @@ -67004,8 +66428,6 @@ - - @@ -67061,8 +66483,6 @@ - - @@ -67118,8 +66538,6 @@ - - @@ -67175,8 +66593,6 @@ - - @@ -67232,8 +66648,6 @@ - - @@ -67289,8 +66703,6 @@ - - @@ -67401,8 +66813,6 @@ - - @@ -67458,8 +66868,6 @@ - - @@ -67515,8 +66923,6 @@ - - @@ -67572,8 +66978,6 @@ - - @@ -67629,8 +67033,6 @@ - - @@ -67686,8 +67088,6 @@ - - @@ -67743,8 +67143,6 @@ - - @@ -67800,8 +67198,6 @@ - - @@ -67857,8 +67253,6 @@ - - @@ -67894,8 +67288,6 @@ - - @@ -67931,8 +67323,6 @@ - - @@ -67968,8 +67358,6 @@ - - @@ -68005,8 +67393,6 @@ - - @@ -68042,8 +67428,6 @@ - - @@ -68779,8 +68163,6 @@ - - diff --git a/pwiz/data/vendor_readers/Bruker/Reader_Bruker_Test.data/Hela_QC_PASEF_Slot1-first-6-frames-ms2-noMsMsWithoutPrecursor-centroid.mzML b/pwiz/data/vendor_readers/Bruker/Reader_Bruker_Test.data/Hela_QC_PASEF_Slot1-first-6-frames-ms2-noMsMsWithoutPrecursor-centroid.mzML index b6920d9d81..306f77ee71 100644 --- a/pwiz/data/vendor_readers/Bruker/Reader_Bruker_Test.data/Hela_QC_PASEF_Slot1-first-6-frames-ms2-noMsMsWithoutPrecursor-centroid.mzML +++ b/pwiz/data/vendor_readers/Bruker/Reader_Bruker_Test.data/Hela_QC_PASEF_Slot1-first-6-frames-ms2-noMsMsWithoutPrecursor-centroid.mzML @@ -83,8 +83,6 @@ - - @@ -140,8 +138,6 @@ - - @@ -197,8 +193,6 @@ - - @@ -254,8 +248,6 @@ - - @@ -311,8 +303,6 @@ - - @@ -368,8 +358,6 @@ - - @@ -425,8 +413,6 @@ - - @@ -482,8 +468,6 @@ - - @@ -539,8 +523,6 @@ - - @@ -596,8 +578,6 @@ - - @@ -653,8 +633,6 @@ - - @@ -710,8 +688,6 @@ - - @@ -767,8 +743,6 @@ - - @@ -824,8 +798,6 @@ - - @@ -881,8 +853,6 @@ - - @@ -938,8 +908,6 @@ - - @@ -995,8 +963,6 @@ - - @@ -1052,8 +1018,6 @@ - - @@ -1109,8 +1073,6 @@ - - @@ -1166,8 +1128,6 @@ - - @@ -1223,8 +1183,6 @@ - - @@ -1280,8 +1238,6 @@ - - @@ -1337,8 +1293,6 @@ - - @@ -1394,8 +1348,6 @@ - - @@ -1451,8 +1403,6 @@ - - @@ -1508,8 +1458,6 @@ - - @@ -1675,8 +1623,6 @@ - - @@ -1732,8 +1678,6 @@ - - @@ -1789,8 +1733,6 @@ - - @@ -1846,8 +1788,6 @@ - - @@ -1903,8 +1843,6 @@ - - @@ -1960,8 +1898,6 @@ - - @@ -2017,8 +1953,6 @@ - - @@ -2074,8 +2008,6 @@ - - @@ -2131,8 +2063,6 @@ - - @@ -2188,8 +2118,6 @@ - - @@ -2245,8 +2173,6 @@ - - @@ -2302,8 +2228,6 @@ - - @@ -2359,8 +2283,6 @@ - - @@ -2416,8 +2338,6 @@ - - @@ -2473,8 +2393,6 @@ - - @@ -2530,8 +2448,6 @@ - - @@ -2587,8 +2503,6 @@ - - @@ -2699,8 +2613,6 @@ - - @@ -2756,8 +2668,6 @@ - - @@ -2813,8 +2723,6 @@ - - @@ -2870,8 +2778,6 @@ - - @@ -3359,8 +3265,6 @@ - - @@ -3631,8 +3535,6 @@ - - @@ -3849,8 +3751,6 @@ - - @@ -3959,8 +3859,6 @@ - - @@ -4015,8 +3913,6 @@ - - @@ -4125,8 +4021,6 @@ - - @@ -4181,8 +4075,6 @@ - - @@ -4346,8 +4238,6 @@ - - @@ -4623,8 +4513,6 @@ - - @@ -4735,8 +4623,6 @@ - - @@ -4847,8 +4733,6 @@ - - @@ -5069,8 +4953,6 @@ - - @@ -5126,8 +5008,6 @@ - - @@ -5183,8 +5063,6 @@ - - @@ -5460,8 +5338,6 @@ - - @@ -5792,8 +5668,6 @@ - - @@ -5849,8 +5723,6 @@ - - @@ -6016,8 +5888,6 @@ - - @@ -6073,8 +5943,6 @@ - - @@ -6130,8 +5998,6 @@ - - @@ -6187,8 +6053,6 @@ - - @@ -6244,8 +6108,6 @@ - - @@ -6301,8 +6163,6 @@ - - @@ -6358,8 +6218,6 @@ - - @@ -6415,8 +6273,6 @@ - - @@ -6472,8 +6328,6 @@ - - @@ -6529,8 +6383,6 @@ - - @@ -6586,8 +6438,6 @@ - - @@ -6643,8 +6493,6 @@ - - @@ -6700,8 +6548,6 @@ - - @@ -6757,8 +6603,6 @@ - - @@ -6814,8 +6658,6 @@ - - @@ -6871,8 +6713,6 @@ - - @@ -6983,8 +6823,6 @@ - - @@ -7040,8 +6878,6 @@ - - @@ -7745,8 +7581,6 @@ - - @@ -7801,8 +7635,6 @@ - - @@ -7965,8 +7797,6 @@ - - @@ -8021,8 +7851,6 @@ - - @@ -8131,8 +7959,6 @@ - - @@ -8241,8 +8067,6 @@ - - @@ -8405,8 +8229,6 @@ - - @@ -9011,8 +8833,6 @@ - - @@ -9398,8 +9218,6 @@ - - @@ -9565,8 +9383,6 @@ - - @@ -10117,8 +9933,6 @@ - - @@ -10174,8 +9988,6 @@ - - @@ -10231,8 +10043,6 @@ - - @@ -10288,8 +10098,6 @@ - - @@ -10345,8 +10153,6 @@ - - @@ -10402,8 +10208,6 @@ - - @@ -10459,8 +10263,6 @@ - - @@ -10516,8 +10318,6 @@ - - @@ -10573,8 +10373,6 @@ - - @@ -10630,8 +10428,6 @@ - - @@ -10687,8 +10483,6 @@ - - @@ -10744,8 +10538,6 @@ - - @@ -10801,8 +10593,6 @@ - - @@ -10858,8 +10648,6 @@ - - @@ -10915,8 +10703,6 @@ - - @@ -10972,8 +10758,6 @@ - - @@ -11029,8 +10813,6 @@ - - @@ -11086,8 +10868,6 @@ - - @@ -11143,8 +10923,6 @@ - - @@ -11200,8 +10978,6 @@ - - @@ -11419,8 +11195,6 @@ - - @@ -11745,8 +11519,6 @@ - - @@ -11855,8 +11627,6 @@ - - @@ -11911,8 +11681,6 @@ - - @@ -11967,8 +11735,6 @@ - - @@ -12023,8 +11789,6 @@ - - @@ -12187,8 +11951,6 @@ - - @@ -12243,8 +12005,6 @@ - - @@ -12299,8 +12059,6 @@ - - @@ -12355,8 +12113,6 @@ - - @@ -12519,8 +12275,6 @@ - - @@ -13014,8 +12768,6 @@ - - @@ -13126,8 +12878,6 @@ - - @@ -13183,8 +12933,6 @@ - - @@ -13460,8 +13208,6 @@ - - @@ -13572,8 +13318,6 @@ - - @@ -13684,8 +13428,6 @@ - - @@ -13906,8 +13648,6 @@ - - @@ -14073,8 +13813,6 @@ - - @@ -14185,8 +13923,6 @@ - - @@ -14297,8 +14033,6 @@ - - @@ -14409,8 +14143,6 @@ - - @@ -14466,8 +14198,6 @@ - - @@ -14523,8 +14253,6 @@ - - @@ -14580,8 +14308,6 @@ - - @@ -14637,8 +14363,6 @@ - - @@ -14694,8 +14418,6 @@ - - @@ -14751,8 +14473,6 @@ - - @@ -14808,8 +14528,6 @@ - - @@ -14865,8 +14583,6 @@ - - @@ -14922,8 +14638,6 @@ - - @@ -14979,8 +14693,6 @@ - - @@ -15036,8 +14748,6 @@ - - @@ -15093,8 +14803,6 @@ - - @@ -15150,8 +14858,6 @@ - - @@ -15207,8 +14913,6 @@ - - @@ -15264,8 +14968,6 @@ - - @@ -15321,8 +15023,6 @@ - - @@ -15378,8 +15078,6 @@ - - @@ -15867,8 +15565,6 @@ - - @@ -15923,8 +15619,6 @@ - - @@ -15979,8 +15673,6 @@ - - @@ -16089,8 +15781,6 @@ - - @@ -16145,8 +15835,6 @@ - - @@ -16201,8 +15889,6 @@ - - @@ -16311,8 +15997,6 @@ - - @@ -16421,8 +16105,6 @@ - - @@ -16747,8 +16429,6 @@ - - @@ -17353,8 +17033,6 @@ - - @@ -17520,8 +17198,6 @@ - - @@ -17577,8 +17253,6 @@ - - @@ -17634,8 +17308,6 @@ - - @@ -18021,8 +17693,6 @@ - - @@ -18133,8 +17803,6 @@ - - @@ -18355,8 +18023,6 @@ - - @@ -18467,8 +18133,6 @@ - - @@ -18579,8 +18243,6 @@ - - @@ -18636,8 +18298,6 @@ - - @@ -18748,8 +18408,6 @@ - - @@ -18805,8 +18463,6 @@ - - @@ -18862,8 +18518,6 @@ - - @@ -18919,8 +18573,6 @@ - - @@ -18976,8 +18628,6 @@ - - @@ -19033,8 +18683,6 @@ - - @@ -19145,8 +18793,6 @@ - - @@ -19202,8 +18848,6 @@ - - @@ -19259,8 +18903,6 @@ - - @@ -19316,8 +18958,6 @@ - - @@ -19373,8 +19013,6 @@ - - @@ -19430,8 +19068,6 @@ - - @@ -19487,8 +19123,6 @@ - - @@ -19544,8 +19178,6 @@ - - diff --git a/pwiz/data/vendor_readers/Bruker/Reader_Bruker_Test.data/Hela_QC_PASEF_Slot1-first-6-frames.mzML b/pwiz/data/vendor_readers/Bruker/Reader_Bruker_Test.data/Hela_QC_PASEF_Slot1-first-6-frames.mzML index 1239ebdacd..deea2e43ed 100644 --- a/pwiz/data/vendor_readers/Bruker/Reader_Bruker_Test.data/Hela_QC_PASEF_Slot1-first-6-frames.mzML +++ b/pwiz/data/vendor_readers/Bruker/Reader_Bruker_Test.data/Hela_QC_PASEF_Slot1-first-6-frames.mzML @@ -1375,8 +1375,6 @@ - - @@ -1622,8 +1620,6 @@ - - @@ -2499,8 +2495,6 @@ - - @@ -2641,8 +2635,6 @@ - - @@ -2783,8 +2775,6 @@ - - @@ -4955,8 +4945,6 @@ - - @@ -5132,8 +5120,6 @@ - - @@ -6184,8 +6170,6 @@ - - @@ -7691,8 +7675,6 @@ - - @@ -7763,8 +7745,6 @@ - - @@ -7800,8 +7780,6 @@ - - @@ -7837,8 +7815,6 @@ - - @@ -7874,8 +7850,6 @@ - - @@ -7911,8 +7885,6 @@ - - @@ -7948,8 +7920,6 @@ - - @@ -7985,8 +7955,6 @@ - - @@ -8022,8 +7990,6 @@ - - @@ -8059,8 +8025,6 @@ - - @@ -8096,8 +8060,6 @@ - - @@ -8133,8 +8095,6 @@ - - @@ -8190,8 +8150,6 @@ - - @@ -8247,8 +8205,6 @@ - - @@ -8304,8 +8260,6 @@ - - @@ -8361,8 +8315,6 @@ - - @@ -8418,8 +8370,6 @@ - - @@ -8475,8 +8425,6 @@ - - @@ -8532,8 +8480,6 @@ - - @@ -8589,8 +8535,6 @@ - - @@ -8646,8 +8590,6 @@ - - @@ -8703,8 +8645,6 @@ - - @@ -8760,8 +8700,6 @@ - - @@ -8817,8 +8755,6 @@ - - @@ -8874,8 +8810,6 @@ - - @@ -8931,8 +8865,6 @@ - - @@ -8988,8 +8920,6 @@ - - @@ -9045,8 +8975,6 @@ - - @@ -9102,8 +9030,6 @@ - - @@ -9159,8 +9085,6 @@ - - @@ -9216,8 +9140,6 @@ - - @@ -9273,8 +9195,6 @@ - - @@ -9330,8 +9250,6 @@ - - @@ -9387,8 +9305,6 @@ - - @@ -9444,8 +9360,6 @@ - - @@ -9501,8 +9415,6 @@ - - @@ -9558,8 +9470,6 @@ - - @@ -9595,8 +9505,6 @@ - - @@ -9632,8 +9540,6 @@ - - @@ -9669,8 +9575,6 @@ - - @@ -9706,8 +9610,6 @@ - - @@ -9743,8 +9645,6 @@ - - @@ -9885,8 +9785,6 @@ - - @@ -9922,8 +9820,6 @@ - - @@ -10414,8 +10310,6 @@ - - @@ -10836,8 +10730,6 @@ - - @@ -10978,8 +10870,6 @@ - - @@ -11015,8 +10905,6 @@ - - @@ -11052,8 +10940,6 @@ - - @@ -11089,8 +10975,6 @@ - - @@ -11256,8 +11140,6 @@ - - @@ -11313,8 +11195,6 @@ - - @@ -11370,8 +11250,6 @@ - - @@ -11427,8 +11305,6 @@ - - @@ -11484,8 +11360,6 @@ - - @@ -11541,8 +11415,6 @@ - - @@ -11598,8 +11470,6 @@ - - @@ -11655,8 +11525,6 @@ - - @@ -11712,8 +11580,6 @@ - - @@ -11769,8 +11635,6 @@ - - @@ -11826,8 +11690,6 @@ - - @@ -11883,8 +11745,6 @@ - - @@ -11940,8 +11800,6 @@ - - @@ -11997,8 +11855,6 @@ - - @@ -12054,8 +11910,6 @@ - - @@ -12111,8 +11965,6 @@ - - @@ -12168,8 +12020,6 @@ - - @@ -12280,8 +12130,6 @@ - - @@ -12337,8 +12185,6 @@ - - @@ -12394,8 +12240,6 @@ - - @@ -12451,8 +12295,6 @@ - - @@ -12508,8 +12350,6 @@ - - @@ -12545,8 +12385,6 @@ - - @@ -12652,8 +12490,6 @@ - - @@ -12969,8 +12805,6 @@ - - @@ -13181,8 +13015,6 @@ - - @@ -16403,8 +16235,6 @@ - - @@ -17490,8 +17320,6 @@ - - @@ -18822,8 +18650,6 @@ - - @@ -19139,8 +18965,6 @@ - - @@ -19351,8 +19175,6 @@ - - @@ -19423,8 +19245,6 @@ - - @@ -20090,8 +19910,6 @@ - - @@ -20337,8 +20155,6 @@ - - @@ -20689,8 +20505,6 @@ - - @@ -20761,8 +20575,6 @@ - - @@ -20833,8 +20645,6 @@ - - @@ -21302,8 +21112,6 @@ - - @@ -21574,8 +21382,6 @@ - - @@ -21792,8 +21598,6 @@ - - @@ -21902,8 +21706,6 @@ - - @@ -21958,8 +21760,6 @@ - - @@ -22068,8 +21868,6 @@ - - @@ -22124,8 +21922,6 @@ - - @@ -22234,8 +22030,6 @@ - - @@ -22851,8 +22645,6 @@ - - @@ -23128,8 +22920,6 @@ - - @@ -23240,8 +23030,6 @@ - - @@ -23352,8 +23140,6 @@ - - @@ -23574,8 +23360,6 @@ - - @@ -23631,8 +23415,6 @@ - - @@ -23688,8 +23470,6 @@ - - @@ -23965,8 +23745,6 @@ - - @@ -24187,8 +23965,6 @@ - - @@ -24224,8 +24000,6 @@ - - @@ -24891,8 +24665,6 @@ - - @@ -25038,8 +24810,6 @@ - - @@ -25095,8 +24865,6 @@ - - @@ -25262,8 +25030,6 @@ - - @@ -25319,8 +25085,6 @@ - - @@ -25376,8 +25140,6 @@ - - @@ -25433,8 +25195,6 @@ - - @@ -25490,8 +25250,6 @@ - - @@ -25547,8 +25305,6 @@ - - @@ -25604,8 +25360,6 @@ - - @@ -25661,8 +25415,6 @@ - - @@ -25718,8 +25470,6 @@ - - @@ -25775,8 +25525,6 @@ - - @@ -25832,8 +25580,6 @@ - - @@ -25889,8 +25635,6 @@ - - @@ -25946,8 +25690,6 @@ - - @@ -26003,8 +25745,6 @@ - - @@ -26060,8 +25800,6 @@ - - @@ -26117,8 +25855,6 @@ - - @@ -26229,8 +25965,6 @@ - - @@ -26286,8 +26020,6 @@ - - @@ -26378,8 +26110,6 @@ - - @@ -26415,8 +26145,6 @@ - - @@ -26487,8 +26215,6 @@ - - @@ -26629,8 +26355,6 @@ - - @@ -26666,8 +26390,6 @@ - - @@ -26703,8 +26425,6 @@ - - @@ -28700,8 +28420,6 @@ - - @@ -30277,8 +29995,6 @@ - - @@ -31749,8 +31465,6 @@ - - @@ -32346,8 +32060,6 @@ - - @@ -33083,8 +32795,6 @@ - - @@ -33610,8 +33320,6 @@ - - @@ -33717,8 +33425,6 @@ - - @@ -33789,8 +33495,6 @@ - - @@ -33861,8 +33565,6 @@ - - @@ -35351,8 +35053,6 @@ - - @@ -35407,8 +35107,6 @@ - - @@ -35571,8 +35269,6 @@ - - @@ -35627,8 +35323,6 @@ - - @@ -35737,8 +35431,6 @@ - - @@ -35847,8 +35539,6 @@ - - @@ -36011,8 +35701,6 @@ - - @@ -36067,8 +35755,6 @@ - - @@ -36139,8 +35825,6 @@ - - @@ -37181,8 +36865,6 @@ - - @@ -37568,8 +37250,6 @@ - - @@ -37735,8 +37415,6 @@ - - @@ -38152,8 +37830,6 @@ - - @@ -38364,8 +38040,6 @@ - - @@ -38401,8 +38075,6 @@ - - @@ -38543,8 +38215,6 @@ - - @@ -39030,8 +38700,6 @@ - - @@ -39087,8 +38755,6 @@ - - @@ -39144,8 +38810,6 @@ - - @@ -39201,8 +38865,6 @@ - - @@ -39258,8 +38920,6 @@ - - @@ -39315,8 +38975,6 @@ - - @@ -39372,8 +39030,6 @@ - - @@ -39429,8 +39085,6 @@ - - @@ -39486,8 +39140,6 @@ - - @@ -39543,8 +39195,6 @@ - - @@ -39600,8 +39250,6 @@ - - @@ -39657,8 +39305,6 @@ - - @@ -39714,8 +39360,6 @@ - - @@ -39771,8 +39415,6 @@ - - @@ -39828,8 +39470,6 @@ - - @@ -39885,8 +39525,6 @@ - - @@ -39942,8 +39580,6 @@ - - @@ -39999,8 +39635,6 @@ - - @@ -40056,8 +39690,6 @@ - - @@ -40113,8 +39745,6 @@ - - @@ -40170,8 +39800,6 @@ - - @@ -40207,8 +39835,6 @@ - - @@ -40244,8 +39870,6 @@ - - @@ -40281,8 +39905,6 @@ - - @@ -40318,8 +39940,6 @@ - - @@ -40355,8 +39975,6 @@ - - @@ -40392,8 +40010,6 @@ - - @@ -40464,8 +40080,6 @@ - - @@ -40676,8 +40290,6 @@ - - @@ -44808,8 +44420,6 @@ - - @@ -45020,8 +44630,6 @@ - - @@ -45162,8 +44770,6 @@ - - @@ -46809,8 +46415,6 @@ - - @@ -47161,8 +46765,6 @@ - - @@ -47268,8 +46870,6 @@ - - @@ -48145,8 +47745,6 @@ - - @@ -48287,8 +47885,6 @@ - - @@ -48696,8 +48292,6 @@ - - @@ -49022,8 +48616,6 @@ - - @@ -49132,8 +48724,6 @@ - - @@ -49188,8 +48778,6 @@ - - @@ -49244,8 +48832,6 @@ - - @@ -49300,8 +48886,6 @@ - - @@ -49464,8 +49048,6 @@ - - @@ -49520,8 +49102,6 @@ - - @@ -49576,8 +49156,6 @@ - - @@ -49632,8 +49210,6 @@ - - @@ -49796,8 +49372,6 @@ - - @@ -50046,8 +49620,6 @@ - - @@ -50258,8 +49830,6 @@ - - @@ -50855,8 +50425,6 @@ - - @@ -50967,8 +50535,6 @@ - - @@ -51024,8 +50590,6 @@ - - @@ -51301,8 +50865,6 @@ - - @@ -51413,8 +50975,6 @@ - - @@ -51525,8 +51085,6 @@ - - @@ -51747,8 +51305,6 @@ - - @@ -51894,8 +51450,6 @@ - - @@ -51931,8 +51485,6 @@ - - @@ -52248,8 +51800,6 @@ - - @@ -52320,8 +51870,6 @@ - - @@ -52657,8 +52205,6 @@ - - @@ -52769,8 +52315,6 @@ - - @@ -52881,8 +52425,6 @@ - - @@ -52993,8 +52535,6 @@ - - @@ -53050,8 +52590,6 @@ - - @@ -53107,8 +52645,6 @@ - - @@ -53164,8 +52700,6 @@ - - @@ -53221,8 +52755,6 @@ - - @@ -53278,8 +52810,6 @@ - - @@ -53335,8 +52865,6 @@ - - @@ -53392,8 +52920,6 @@ - - @@ -53449,8 +52975,6 @@ - - @@ -53506,8 +53030,6 @@ - - @@ -53563,8 +53085,6 @@ - - @@ -53620,8 +53140,6 @@ - - @@ -53677,8 +53195,6 @@ - - @@ -53734,8 +53250,6 @@ - - @@ -53791,8 +53305,6 @@ - - @@ -53848,8 +53360,6 @@ - - @@ -53905,8 +53415,6 @@ - - @@ -53962,8 +53470,6 @@ - - @@ -54019,8 +53525,6 @@ - - @@ -54056,8 +53560,6 @@ - - @@ -54093,8 +53595,6 @@ - - @@ -54130,8 +53630,6 @@ - - @@ -54167,8 +53665,6 @@ - - @@ -54239,8 +53735,6 @@ - - @@ -54871,8 +54365,6 @@ - - @@ -54943,8 +54435,6 @@ - - @@ -56415,8 +55905,6 @@ - - @@ -61002,8 +60490,6 @@ - - @@ -61179,8 +60665,6 @@ - - @@ -61426,8 +60910,6 @@ - - @@ -61463,8 +60945,6 @@ - - @@ -61780,8 +61260,6 @@ - - @@ -62809,8 +62287,6 @@ - - @@ -62865,8 +62341,6 @@ - - @@ -62921,8 +62395,6 @@ - - @@ -63031,8 +62503,6 @@ - - @@ -63087,8 +62557,6 @@ - - @@ -63143,8 +62611,6 @@ - - @@ -63253,8 +62719,6 @@ - - @@ -63363,8 +62827,6 @@ - - @@ -63689,8 +63151,6 @@ - - @@ -63815,8 +63275,6 @@ - - @@ -64272,8 +63730,6 @@ - - @@ -64859,8 +64315,6 @@ - - @@ -65026,8 +64480,6 @@ - - @@ -65083,8 +64535,6 @@ - - @@ -65140,8 +64590,6 @@ - - @@ -65527,8 +64975,6 @@ - - @@ -65639,8 +65085,6 @@ - - @@ -65696,8 +65140,6 @@ - - @@ -65768,8 +65210,6 @@ - - @@ -65805,8 +65245,6 @@ - - @@ -65842,8 +65280,6 @@ - - @@ -65949,8 +65385,6 @@ - - @@ -66056,8 +65490,6 @@ - - @@ -66608,8 +66040,6 @@ - - @@ -66720,8 +66150,6 @@ - - @@ -66832,8 +66260,6 @@ - - @@ -66889,8 +66315,6 @@ - - @@ -67001,8 +66425,6 @@ - - @@ -67058,8 +66480,6 @@ - - @@ -67115,8 +66535,6 @@ - - @@ -67172,8 +66590,6 @@ - - @@ -67229,8 +66645,6 @@ - - @@ -67286,8 +66700,6 @@ - - @@ -67398,8 +66810,6 @@ - - @@ -67455,8 +66865,6 @@ - - @@ -67512,8 +66920,6 @@ - - @@ -67569,8 +66975,6 @@ - - @@ -67626,8 +67030,6 @@ - - @@ -67683,8 +67085,6 @@ - - @@ -67740,8 +67140,6 @@ - - @@ -67797,8 +67195,6 @@ - - @@ -67854,8 +67250,6 @@ - - @@ -67891,8 +67285,6 @@ - - @@ -67928,8 +67320,6 @@ - - @@ -67965,8 +67355,6 @@ - - @@ -68002,8 +67390,6 @@ - - @@ -68039,8 +67425,6 @@ - - @@ -68776,8 +68160,6 @@ - - @@ -70178,8 +69560,6 @@ - - @@ -70285,8 +69665,6 @@ - - @@ -70427,8 +69805,6 @@ - - @@ -70464,8 +69840,6 @@ - - @@ -70501,8 +69875,6 @@ - - @@ -70538,8 +69910,6 @@ - - @@ -70575,8 +69945,6 @@ - - @@ -70612,8 +69980,6 @@ - - @@ -70649,8 +70015,6 @@ - - @@ -70686,8 +70050,6 @@ - - @@ -70723,8 +70085,6 @@ - - @@ -70760,8 +70120,6 @@ - - @@ -70797,8 +70155,6 @@ - - @@ -70834,8 +70190,6 @@ - - @@ -70871,8 +70225,6 @@ - - @@ -70908,8 +70260,6 @@ - - @@ -70945,8 +70295,6 @@ - - @@ -70982,8 +70330,6 @@ - - @@ -71019,8 +70365,6 @@ - - @@ -71056,8 +70400,6 @@ - - @@ -71093,8 +70435,6 @@ - - @@ -71130,8 +70470,6 @@ - - @@ -71167,8 +70505,6 @@ - - @@ -71204,8 +70540,6 @@ - - @@ -71241,8 +70575,6 @@ - - @@ -71278,8 +70610,6 @@ - - @@ -71315,8 +70645,6 @@ - - @@ -71352,8 +70680,6 @@ - - @@ -71389,8 +70715,6 @@ - - @@ -71426,8 +70750,6 @@ - - @@ -71463,8 +70785,6 @@ - - @@ -71500,8 +70820,6 @@ - - @@ -71537,8 +70855,6 @@ - - @@ -71574,8 +70890,6 @@ - - @@ -71611,8 +70925,6 @@ - - @@ -71648,8 +70960,6 @@ - - @@ -71685,8 +70995,6 @@ - - @@ -71722,8 +71030,6 @@ - - @@ -71759,8 +71065,6 @@ - - @@ -71796,8 +71100,6 @@ - - @@ -71833,8 +71135,6 @@ - - @@ -71870,8 +71170,6 @@ - - @@ -71907,8 +71205,6 @@ - - @@ -71944,8 +71240,6 @@ - - @@ -71981,8 +71275,6 @@ - - @@ -72018,8 +71310,6 @@ - - @@ -72055,8 +71345,6 @@ - - @@ -72092,8 +71380,6 @@ - - @@ -72129,8 +71415,6 @@ - - @@ -72166,8 +71450,6 @@ - - @@ -72203,8 +71485,6 @@ - - @@ -72240,8 +71520,6 @@ - - @@ -72277,8 +71555,6 @@ - - @@ -72314,8 +71590,6 @@ - - @@ -72351,8 +71625,6 @@ - - @@ -72388,8 +71660,6 @@ - - @@ -72425,8 +71695,6 @@ - - diff --git a/pwiz/data/vendor_readers/Bruker/Reader_Bruker_Test.data/Sample_1-A,1_01_985.mzML b/pwiz/data/vendor_readers/Bruker/Reader_Bruker_Test.data/Sample_1-A,1_01_985.mzML index d6171bb951..34d09ca49d 100644 --- a/pwiz/data/vendor_readers/Bruker/Reader_Bruker_Test.data/Sample_1-A,1_01_985.mzML +++ b/pwiz/data/vendor_readers/Bruker/Reader_Bruker_Test.data/Sample_1-A,1_01_985.mzML @@ -66,8 +66,6 @@ - - @@ -100,8 +98,6 @@ - - @@ -149,8 +145,6 @@ - - @@ -198,8 +192,6 @@ - - @@ -247,8 +239,6 @@ - - @@ -296,8 +286,6 @@ - - @@ -345,8 +333,6 @@ - - @@ -379,8 +365,6 @@ - - @@ -428,8 +412,6 @@ - - @@ -477,8 +459,6 @@ - - @@ -526,8 +506,6 @@ - - @@ -575,8 +553,6 @@ - - @@ -624,8 +600,6 @@ - - @@ -658,8 +632,6 @@ - - @@ -707,8 +679,6 @@ - - @@ -756,8 +726,6 @@ - - @@ -805,8 +773,6 @@ - - @@ -854,8 +820,6 @@ - - @@ -903,8 +867,6 @@ - - @@ -937,8 +899,6 @@ - - @@ -986,8 +946,6 @@ - - @@ -1035,8 +993,6 @@ - - @@ -1084,8 +1040,6 @@ - - @@ -1133,8 +1087,6 @@ - - @@ -1182,8 +1134,6 @@ - - @@ -1216,8 +1166,6 @@ - - @@ -1265,8 +1213,6 @@ - - @@ -1314,8 +1260,6 @@ - - @@ -1363,8 +1307,6 @@ - - @@ -1412,8 +1354,6 @@ - - @@ -1461,8 +1401,6 @@ - - @@ -1495,8 +1433,6 @@ - - @@ -1544,8 +1480,6 @@ - - @@ -1593,8 +1527,6 @@ - - @@ -1642,8 +1574,6 @@ - - @@ -1691,8 +1621,6 @@ - - @@ -1740,8 +1668,6 @@ - - @@ -1774,8 +1700,6 @@ - - @@ -1823,8 +1747,6 @@ - - @@ -1872,8 +1794,6 @@ - - @@ -1921,8 +1841,6 @@ - - @@ -1970,8 +1888,6 @@ - - @@ -2019,8 +1935,6 @@ - - @@ -2053,8 +1967,6 @@ - - @@ -2102,8 +2014,6 @@ - - @@ -2151,8 +2061,6 @@ - - @@ -2200,8 +2108,6 @@ - - @@ -2249,8 +2155,6 @@ - - @@ -2298,8 +2202,6 @@ - - @@ -2332,8 +2234,6 @@ - - @@ -2381,8 +2281,6 @@ - - @@ -2430,8 +2328,6 @@ - - @@ -2479,8 +2375,6 @@ - - @@ -2528,8 +2422,6 @@ - - @@ -2577,8 +2469,6 @@ - - @@ -2611,8 +2501,6 @@ - - @@ -2660,8 +2548,6 @@ - - @@ -2709,8 +2595,6 @@ - - @@ -2758,8 +2642,6 @@ - - @@ -2807,8 +2689,6 @@ - - @@ -2856,8 +2736,6 @@ - - @@ -2890,8 +2768,6 @@ - - diff --git a/pwiz/data/vendor_readers/Bruker/Reader_Bruker_Test.data/ThyroglobMRM000003-combineIMS-centroid.mzML b/pwiz/data/vendor_readers/Bruker/Reader_Bruker_Test.data/ThyroglobMRM000003-combineIMS-centroid.mzML index dc16826d22..e3130782a1 100644 --- a/pwiz/data/vendor_readers/Bruker/Reader_Bruker_Test.data/ThyroglobMRM000003-combineIMS-centroid.mzML +++ b/pwiz/data/vendor_readers/Bruker/Reader_Bruker_Test.data/ThyroglobMRM000003-combineIMS-centroid.mzML @@ -83,8 +83,6 @@ - - @@ -145,8 +143,6 @@ - - diff --git a/pwiz/data/vendor_readers/Bruker/Reader_Bruker_Test.data/ThyroglobMRM000003-combineIMS-ms2-centroid.mzML b/pwiz/data/vendor_readers/Bruker/Reader_Bruker_Test.data/ThyroglobMRM000003-combineIMS-ms2-centroid.mzML index dc16826d22..e3130782a1 100644 --- a/pwiz/data/vendor_readers/Bruker/Reader_Bruker_Test.data/ThyroglobMRM000003-combineIMS-ms2-centroid.mzML +++ b/pwiz/data/vendor_readers/Bruker/Reader_Bruker_Test.data/ThyroglobMRM000003-combineIMS-ms2-centroid.mzML @@ -83,8 +83,6 @@ - - @@ -145,8 +143,6 @@ - - diff --git a/pwiz/data/vendor_readers/Bruker/Reader_Bruker_Test.data/ThyroglobMRM000003-ms2-centroid.mzML b/pwiz/data/vendor_readers/Bruker/Reader_Bruker_Test.data/ThyroglobMRM000003-ms2-centroid.mzML index 49e8ad6612..83a9380884 100644 --- a/pwiz/data/vendor_readers/Bruker/Reader_Bruker_Test.data/ThyroglobMRM000003-ms2-centroid.mzML +++ b/pwiz/data/vendor_readers/Bruker/Reader_Bruker_Test.data/ThyroglobMRM000003-ms2-centroid.mzML @@ -343,8 +343,6 @@ - - @@ -813,8 +811,6 @@ - - @@ -1075,8 +1071,6 @@ - - @@ -1181,8 +1175,6 @@ - - @@ -1547,8 +1539,6 @@ - - @@ -1601,8 +1591,6 @@ - - @@ -1655,8 +1643,6 @@ - - @@ -1969,8 +1955,6 @@ - - @@ -2075,8 +2059,6 @@ - - @@ -2181,8 +2163,6 @@ - - @@ -2599,8 +2579,6 @@ - - @@ -3069,8 +3047,6 @@ - - @@ -3383,8 +3359,6 @@ - - @@ -3437,8 +3411,6 @@ - - @@ -3491,8 +3463,6 @@ - - @@ -3701,8 +3671,6 @@ - - @@ -3911,8 +3879,6 @@ - - @@ -4537,8 +4503,6 @@ - - @@ -5579,8 +5543,6 @@ - - @@ -5685,8 +5647,6 @@ - - @@ -5791,8 +5751,6 @@ - - @@ -5949,8 +5907,6 @@ - - @@ -6159,8 +6115,6 @@ - - @@ -6213,8 +6167,6 @@ - - @@ -6319,8 +6271,6 @@ - - @@ -6477,8 +6427,6 @@ - - @@ -6895,8 +6843,6 @@ - - @@ -7729,8 +7675,6 @@ - - @@ -7783,8 +7727,6 @@ - - @@ -7837,8 +7779,6 @@ - - @@ -7995,8 +7935,6 @@ - - @@ -8621,8 +8559,6 @@ - - @@ -8779,8 +8715,6 @@ - - @@ -8833,8 +8767,6 @@ - - @@ -9407,8 +9339,6 @@ - - @@ -9565,8 +9495,6 @@ - - @@ -9931,8 +9859,6 @@ - - @@ -10037,8 +9963,6 @@ - - @@ -10611,8 +10535,6 @@ - - @@ -10821,8 +10743,6 @@ - - @@ -10875,8 +10795,6 @@ - - @@ -10929,8 +10847,6 @@ - - @@ -11243,8 +11159,6 @@ - - @@ -11401,8 +11315,6 @@ - - @@ -11507,8 +11419,6 @@ - - @@ -11613,8 +11523,6 @@ - - @@ -11719,8 +11627,6 @@ - - @@ -11929,8 +11835,6 @@ - - @@ -12503,8 +12407,6 @@ - - @@ -13025,8 +12927,6 @@ - - @@ -13183,8 +13083,6 @@ - - @@ -13341,8 +13239,6 @@ - - @@ -14279,8 +14175,6 @@ - - @@ -14385,8 +14279,6 @@ - - @@ -14439,8 +14331,6 @@ - - @@ -14545,8 +14435,6 @@ - - @@ -14911,8 +14799,6 @@ - - @@ -15017,8 +14903,6 @@ - - @@ -15175,8 +15059,6 @@ - - @@ -15281,8 +15163,6 @@ - - @@ -15335,8 +15215,6 @@ - - @@ -15389,8 +15267,6 @@ - - @@ -15443,8 +15319,6 @@ - - @@ -15497,8 +15371,6 @@ - - @@ -15551,8 +15423,6 @@ - - @@ -15605,8 +15475,6 @@ - - @@ -15659,8 +15527,6 @@ - - @@ -15713,8 +15579,6 @@ - - @@ -15767,8 +15631,6 @@ - - @@ -15821,8 +15683,6 @@ - - @@ -15875,8 +15735,6 @@ - - @@ -15929,8 +15787,6 @@ - - @@ -15983,8 +15839,6 @@ - - @@ -16037,8 +15891,6 @@ - - @@ -16091,8 +15943,6 @@ - - @@ -16145,8 +15995,6 @@ - - @@ -16199,8 +16047,6 @@ - - @@ -16253,8 +16099,6 @@ - - @@ -16307,8 +16151,6 @@ - - @@ -16361,8 +16203,6 @@ - - @@ -16415,8 +16255,6 @@ - - @@ -16469,8 +16307,6 @@ - - @@ -16523,8 +16359,6 @@ - - @@ -16577,8 +16411,6 @@ - - @@ -16631,8 +16463,6 @@ - - @@ -16685,8 +16515,6 @@ - - @@ -16739,8 +16567,6 @@ - - @@ -16793,8 +16619,6 @@ - - @@ -16847,8 +16671,6 @@ - - @@ -16901,8 +16723,6 @@ - - @@ -16955,8 +16775,6 @@ - - @@ -17009,8 +16827,6 @@ - - @@ -17063,8 +16879,6 @@ - - @@ -17117,8 +16931,6 @@ - - @@ -17171,8 +16983,6 @@ - - @@ -17225,8 +17035,6 @@ - - @@ -17279,8 +17087,6 @@ - - @@ -17333,8 +17139,6 @@ - - @@ -17387,8 +17191,6 @@ - - @@ -17441,8 +17243,6 @@ - - @@ -17495,8 +17295,6 @@ - - @@ -17549,8 +17347,6 @@ - - @@ -17603,8 +17399,6 @@ - - @@ -17657,8 +17451,6 @@ - - @@ -17711,8 +17503,6 @@ - - @@ -17765,8 +17555,6 @@ - - @@ -17819,8 +17607,6 @@ - - @@ -17873,8 +17659,6 @@ - - @@ -17927,8 +17711,6 @@ - - @@ -17981,8 +17763,6 @@ - - @@ -18035,8 +17815,6 @@ - - @@ -18089,8 +17867,6 @@ - - @@ -18143,8 +17919,6 @@ - - @@ -18197,8 +17971,6 @@ - - @@ -18251,8 +18023,6 @@ - - @@ -18305,8 +18075,6 @@ - - @@ -18359,8 +18127,6 @@ - - @@ -18413,8 +18179,6 @@ - - @@ -18467,8 +18231,6 @@ - - @@ -18521,8 +18283,6 @@ - - @@ -18575,8 +18335,6 @@ - - @@ -18629,8 +18387,6 @@ - - @@ -18683,8 +18439,6 @@ - - @@ -18737,8 +18491,6 @@ - - @@ -18791,8 +18543,6 @@ - - @@ -18845,8 +18595,6 @@ - - @@ -18899,8 +18647,6 @@ - - @@ -18953,8 +18699,6 @@ - - @@ -19007,8 +18751,6 @@ - - @@ -19061,8 +18803,6 @@ - - @@ -19115,8 +18855,6 @@ - - @@ -19169,8 +18907,6 @@ - - @@ -19223,8 +18959,6 @@ - - @@ -19277,8 +19011,6 @@ - - @@ -19331,8 +19063,6 @@ - - @@ -19385,8 +19115,6 @@ - - @@ -19439,8 +19167,6 @@ - - @@ -19493,8 +19219,6 @@ - - @@ -19547,8 +19271,6 @@ - - @@ -19601,8 +19323,6 @@ - - @@ -19655,8 +19375,6 @@ - - @@ -19709,8 +19427,6 @@ - - @@ -19763,8 +19479,6 @@ - - @@ -19817,8 +19531,6 @@ - - @@ -19871,8 +19583,6 @@ - - @@ -19925,8 +19635,6 @@ - - @@ -19979,8 +19687,6 @@ - - @@ -20033,8 +19739,6 @@ - - @@ -20087,8 +19791,6 @@ - - @@ -20141,8 +19843,6 @@ - - @@ -20195,8 +19895,6 @@ - - @@ -20249,8 +19947,6 @@ - - @@ -20303,8 +19999,6 @@ - - @@ -20357,8 +20051,6 @@ - - @@ -20411,8 +20103,6 @@ - - @@ -20465,8 +20155,6 @@ - - @@ -20519,8 +20207,6 @@ - - @@ -20573,8 +20259,6 @@ - - @@ -20627,8 +20311,6 @@ - - @@ -20681,8 +20363,6 @@ - - @@ -20735,8 +20415,6 @@ - - @@ -20789,8 +20467,6 @@ - - @@ -20843,8 +20519,6 @@ - - @@ -20897,8 +20571,6 @@ - - @@ -20951,8 +20623,6 @@ - - @@ -21005,8 +20675,6 @@ - - @@ -21059,8 +20727,6 @@ - - @@ -21113,8 +20779,6 @@ - - @@ -21167,8 +20831,6 @@ - - @@ -21221,8 +20883,6 @@ - - @@ -21275,8 +20935,6 @@ - - @@ -21329,8 +20987,6 @@ - - @@ -21383,8 +21039,6 @@ - - @@ -21437,8 +21091,6 @@ - - @@ -21491,8 +21143,6 @@ - - @@ -21545,8 +21195,6 @@ - - @@ -21599,8 +21247,6 @@ - - @@ -21653,8 +21299,6 @@ - - @@ -21707,8 +21351,6 @@ - - @@ -21761,8 +21403,6 @@ - - @@ -21815,8 +21455,6 @@ - - @@ -21869,8 +21507,6 @@ - - @@ -21923,8 +21559,6 @@ - - @@ -21977,8 +21611,6 @@ - - @@ -22031,8 +21663,6 @@ - - @@ -22085,8 +21715,6 @@ - - @@ -22139,8 +21767,6 @@ - - @@ -22193,8 +21819,6 @@ - - @@ -22247,8 +21871,6 @@ - - @@ -22301,8 +21923,6 @@ - - @@ -22355,8 +21975,6 @@ - - @@ -22409,8 +22027,6 @@ - - @@ -22463,8 +22079,6 @@ - - @@ -22517,8 +22131,6 @@ - - @@ -22571,8 +22183,6 @@ - - @@ -22625,8 +22235,6 @@ - - @@ -22679,8 +22287,6 @@ - - @@ -22733,8 +22339,6 @@ - - @@ -22787,8 +22391,6 @@ - - @@ -22841,8 +22443,6 @@ - - @@ -22895,8 +22495,6 @@ - - @@ -22949,8 +22547,6 @@ - - @@ -23003,8 +22599,6 @@ - - @@ -23057,8 +22651,6 @@ - - @@ -23111,8 +22703,6 @@ - - @@ -23165,8 +22755,6 @@ - - @@ -23219,8 +22807,6 @@ - - @@ -23273,8 +22859,6 @@ - - @@ -23327,8 +22911,6 @@ - - @@ -23381,8 +22963,6 @@ - - @@ -23435,8 +23015,6 @@ - - @@ -23489,8 +23067,6 @@ - - @@ -23543,8 +23119,6 @@ - - @@ -23597,8 +23171,6 @@ - - @@ -23651,8 +23223,6 @@ - - @@ -23705,8 +23275,6 @@ - - @@ -23759,8 +23327,6 @@ - - @@ -23813,8 +23379,6 @@ - - @@ -23867,8 +23431,6 @@ - - @@ -23921,8 +23483,6 @@ - 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- @@ -25919,8 +25407,6 @@ - - @@ -25973,8 +25459,6 @@ - - @@ -26027,8 +25511,6 @@ - - @@ -26081,8 +25563,6 @@ - - @@ -26135,8 +25615,6 @@ - - @@ -26189,8 +25667,6 @@ - - @@ -26243,8 +25719,6 @@ - - @@ -26297,8 +25771,6 @@ - - @@ -26351,8 +25823,6 @@ - - @@ -26405,8 +25875,6 @@ - - @@ -26459,8 +25927,6 @@ - - @@ -26513,8 +25979,6 @@ - - @@ -26567,8 +26031,6 @@ - - @@ -26621,8 +26083,6 @@ - - @@ -26675,8 +26135,6 @@ - - @@ -26729,8 +26187,6 @@ - - @@ -26783,8 +26239,6 @@ - - @@ -26837,8 +26291,6 @@ - - @@ -26891,8 +26343,6 @@ - - @@ -26945,8 +26395,6 @@ - - @@ -26999,8 +26447,6 @@ - - @@ -27053,8 +26499,6 @@ - - @@ -27107,8 +26551,6 @@ - - @@ -27161,8 +26603,6 @@ - - @@ -27215,8 +26655,6 @@ - - @@ -27269,8 +26707,6 @@ - - @@ -27323,8 +26759,6 @@ - - @@ -27377,8 +26811,6 @@ - - @@ -27431,8 +26863,6 @@ - - @@ -27485,8 +26915,6 @@ - - @@ -27539,8 +26967,6 @@ - - @@ -27593,8 +27019,6 @@ - - @@ -27647,8 +27071,6 @@ - - @@ -27701,8 +27123,6 @@ - - @@ -27755,8 +27175,6 @@ - - @@ -27809,8 +27227,6 @@ - - @@ -27863,8 +27279,6 @@ - - @@ -27917,8 +27331,6 @@ - - @@ -27971,8 +27383,6 @@ - - @@ -28025,8 +27435,6 @@ - - @@ -28079,8 +27487,6 @@ - - @@ -28133,8 +27539,6 @@ - - @@ -28187,8 +27591,6 @@ - - @@ -28241,8 +27643,6 @@ - - @@ -28295,8 +27695,6 @@ - - @@ -28349,8 +27747,6 @@ - - @@ -28403,8 +27799,6 @@ - - @@ -28457,8 +27851,6 @@ - - @@ -28511,8 +27903,6 @@ - - @@ -28565,8 +27955,6 @@ - - @@ -28619,8 +28007,6 @@ - - @@ -28673,8 +28059,6 @@ - - @@ -28727,8 +28111,6 @@ - - @@ -28781,8 +28163,6 @@ - - @@ -28835,8 +28215,6 @@ - - @@ -28889,8 +28267,6 @@ - - @@ -28943,8 +28319,6 @@ - - @@ -28997,8 +28371,6 @@ - - @@ -29051,8 +28423,6 @@ - - @@ -29105,8 +28475,6 @@ - - @@ -29159,8 +28527,6 @@ - - diff --git a/pwiz/data/vendor_readers/Bruker/Reader_Bruker_Test.data/ThyroglobMRM000003.mzML b/pwiz/data/vendor_readers/Bruker/Reader_Bruker_Test.data/ThyroglobMRM000003.mzML index 7f97e0fda5..30b76bde18 100644 --- a/pwiz/data/vendor_readers/Bruker/Reader_Bruker_Test.data/ThyroglobMRM000003.mzML +++ b/pwiz/data/vendor_readers/Bruker/Reader_Bruker_Test.data/ThyroglobMRM000003.mzML @@ -339,8 +339,6 @@ - - @@ -809,8 +807,6 @@ - - @@ -1071,8 +1067,6 @@ - - @@ -1177,8 +1171,6 @@ - - @@ -1543,8 +1535,6 @@ - - @@ -1597,8 +1587,6 @@ - - @@ -1651,8 +1639,6 @@ - - @@ -1965,8 +1951,6 @@ - - @@ -2071,8 +2055,6 @@ - - @@ -2177,8 +2159,6 @@ - - @@ -2595,8 +2575,6 @@ - - @@ -3065,8 +3043,6 @@ - - @@ -3379,8 +3355,6 @@ - - @@ -3433,8 +3407,6 @@ - - @@ -3487,8 +3459,6 @@ - - @@ -3697,8 +3667,6 @@ - - @@ -3907,8 +3875,6 @@ - - @@ -4533,8 +4499,6 @@ - - @@ -5575,8 +5539,6 @@ - - @@ -5681,8 +5643,6 @@ - - @@ -5787,8 +5747,6 @@ - - @@ -5945,8 +5903,6 @@ - - @@ -6155,8 +6111,6 @@ - - @@ -6209,8 +6163,6 @@ - - @@ -6315,8 +6267,6 @@ - - @@ -6473,8 +6423,6 @@ - - @@ -6891,8 +6839,6 @@ - - @@ -7725,8 +7671,6 @@ - - @@ -7779,8 +7723,6 @@ - - @@ -7833,8 +7775,6 @@ - - @@ -7991,8 +7931,6 @@ - - @@ -8617,8 +8555,6 @@ - - @@ -8775,8 +8711,6 @@ - - @@ -8829,8 +8763,6 @@ - - @@ -9403,8 +9335,6 @@ - - @@ -9561,8 +9491,6 @@ - - @@ -9927,8 +9855,6 @@ - - @@ -10033,8 +9959,6 @@ - - @@ -10607,8 +10531,6 @@ - - @@ -10817,8 +10739,6 @@ - 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- @@ -18139,8 +17915,6 @@ - - @@ -18193,8 +17967,6 @@ - - @@ -18247,8 +18019,6 @@ - - @@ -18301,8 +18071,6 @@ - - @@ -18355,8 +18123,6 @@ - - @@ -18409,8 +18175,6 @@ - - @@ -18463,8 +18227,6 @@ - - @@ -18517,8 +18279,6 @@ - - @@ -18571,8 +18331,6 @@ - - @@ -18625,8 +18383,6 @@ - - @@ -18679,8 +18435,6 @@ - - @@ -18733,8 +18487,6 @@ - - @@ -18787,8 +18539,6 @@ - - @@ -18841,8 +18591,6 @@ - - @@ -18895,8 +18643,6 @@ - - @@ -18949,8 +18695,6 @@ - - @@ -19003,8 +18747,6 @@ - - @@ -19057,8 +18799,6 @@ - - @@ -19111,8 +18851,6 @@ - - @@ -19165,8 +18903,6 @@ - - @@ -19219,8 +18955,6 @@ - - @@ -19273,8 +19007,6 @@ - - @@ -19327,8 +19059,6 @@ - - @@ -19381,8 +19111,6 @@ - - @@ -19435,8 +19163,6 @@ - - @@ -19489,8 +19215,6 @@ - - @@ -19543,8 +19267,6 @@ - - @@ -19597,8 +19319,6 @@ - - @@ -19651,8 +19371,6 @@ - - @@ -19705,8 +19423,6 @@ - - @@ -19759,8 +19475,6 @@ - - @@ -19813,8 +19527,6 @@ - - @@ -19867,8 +19579,6 @@ - - @@ -19921,8 +19631,6 @@ - - @@ -19975,8 +19683,6 @@ - - @@ -20029,8 +19735,6 @@ - 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- @@ -2379,8 +2297,6 @@ - - @@ -2435,8 +2351,6 @@ - - @@ -2491,8 +2405,6 @@ - - @@ -2547,8 +2459,6 @@ - - @@ -2603,8 +2513,6 @@ - - @@ -2659,8 +2567,6 @@ - - @@ -2715,8 +2621,6 @@ - - @@ -2771,8 +2675,6 @@ - - @@ -2827,8 +2729,6 @@ - - @@ -2883,8 +2783,6 @@ - - @@ -2939,8 +2837,6 @@ - - @@ -2995,8 +2891,6 @@ - - @@ -3051,8 +2945,6 @@ - - @@ -3107,8 +2999,6 @@ - - @@ -3163,8 +3053,6 @@ - - @@ -3219,8 +3107,6 @@ - - @@ -3275,8 +3161,6 @@ - - @@ -3331,8 +3215,6 @@ - - @@ -3387,8 +3269,6 @@ - - @@ -3443,8 +3323,6 @@ - - @@ -3499,8 +3377,6 @@ - - @@ -3555,8 +3431,6 @@ - - @@ -3611,8 +3485,6 @@ - - @@ -3667,8 +3539,6 @@ - - @@ -3723,8 +3593,6 @@ - - @@ -3779,8 +3647,6 @@ - - @@ -3835,8 +3701,6 @@ - - @@ -3891,8 +3755,6 @@ - - @@ -3947,8 +3809,6 @@ - - @@ -4003,8 +3863,6 @@ - - @@ -4059,8 +3917,6 @@ - - @@ -4115,8 +3971,6 @@ - - @@ -4171,8 +4025,6 @@ - - @@ -4227,8 +4079,6 @@ - - @@ -4283,8 +4133,6 @@ - - @@ -4339,8 +4187,6 @@ - - @@ -4395,8 +4241,6 @@ - - @@ -4451,8 +4295,6 @@ - - @@ -4507,8 +4349,6 @@ - - @@ -4563,8 +4403,6 @@ - - @@ -4619,8 +4457,6 @@ - - @@ -4675,8 +4511,6 @@ - - @@ -4731,8 +4565,6 @@ - - @@ -4787,8 +4619,6 @@ - - @@ -4843,8 +4673,6 @@ - - @@ -4899,8 +4727,6 @@ - - @@ -4955,8 +4781,6 @@ - - @@ -5011,8 +4835,6 @@ - - @@ -5067,8 +4889,6 @@ - - @@ -5123,8 +4943,6 @@ - - @@ -5179,8 +4997,6 @@ - - @@ -5235,8 +5051,6 @@ - - @@ -5291,8 +5105,6 @@ - - @@ -5347,8 +5159,6 @@ - - @@ -5403,8 +5213,6 @@ - - @@ -5459,8 +5267,6 @@ - - @@ -5515,8 +5321,6 @@ - - @@ -5571,8 +5375,6 @@ - - diff --git a/pwiz/data/vendor_readers/Bruker/Reader_Bruker_Test.data/timsTOF_autoMSMS_Urine_50s_neg-ms1-centroid.mzML b/pwiz/data/vendor_readers/Bruker/Reader_Bruker_Test.data/timsTOF_autoMSMS_Urine_50s_neg-ms1-centroid.mzML index 07d505537e..fe741ebc29 100644 --- a/pwiz/data/vendor_readers/Bruker/Reader_Bruker_Test.data/timsTOF_autoMSMS_Urine_50s_neg-ms1-centroid.mzML +++ b/pwiz/data/vendor_readers/Bruker/Reader_Bruker_Test.data/timsTOF_autoMSMS_Urine_50s_neg-ms1-centroid.mzML @@ -83,8 +83,6 @@ - - @@ -119,8 +117,6 @@ - - @@ -155,8 +151,6 @@ - - @@ -191,8 +185,6 @@ - - @@ -227,8 +219,6 @@ - - @@ -263,8 +253,6 @@ - - @@ -299,8 +287,6 @@ - - @@ -335,8 +321,6 @@ - - @@ -371,8 +355,6 @@ - - @@ -407,8 +389,6 @@ - - @@ -443,8 +423,6 @@ - - @@ -479,8 +457,6 @@ - - @@ -515,8 +491,6 @@ - - @@ -551,8 +525,6 @@ - - @@ -587,8 +559,6 @@ - - @@ -623,8 +593,6 @@ - - @@ -659,8 +627,6 @@ - - @@ -695,8 +661,6 @@ - - @@ -731,8 +695,6 @@ - - @@ -767,8 +729,6 @@ - - diff --git a/pwiz/data/vendor_readers/Bruker/Reader_Bruker_Test.data/timsTOF_autoMSMS_Urine_50s_neg-ms2-centroid.mzML b/pwiz/data/vendor_readers/Bruker/Reader_Bruker_Test.data/timsTOF_autoMSMS_Urine_50s_neg-ms2-centroid.mzML index dbb253a30c..ed9aaae189 100644 --- a/pwiz/data/vendor_readers/Bruker/Reader_Bruker_Test.data/timsTOF_autoMSMS_Urine_50s_neg-ms2-centroid.mzML +++ b/pwiz/data/vendor_readers/Bruker/Reader_Bruker_Test.data/timsTOF_autoMSMS_Urine_50s_neg-ms2-centroid.mzML @@ -83,8 +83,6 @@ - - @@ -136,8 +134,6 @@ - - @@ -189,8 +185,6 @@ - - @@ -242,8 +236,6 @@ - - @@ -295,8 +287,6 @@ - - @@ -348,8 +338,6 @@ - - @@ -401,8 +389,6 @@ - - @@ -454,8 +440,6 @@ - - @@ -507,8 +491,6 @@ - - @@ -560,8 +542,6 @@ - - @@ -613,8 +593,6 @@ - - @@ -666,8 +644,6 @@ - - @@ -719,8 +695,6 @@ - - @@ -772,8 +746,6 @@ - - @@ -825,8 +797,6 @@ - - @@ -878,8 +848,6 @@ - - @@ -931,8 +899,6 @@ - - @@ -984,8 +950,6 @@ - - @@ -1037,8 +1001,6 @@ - - @@ -1090,8 +1052,6 @@ - - @@ -1143,8 +1103,6 @@ - - @@ -1197,8 +1155,6 @@ - - @@ -1250,8 +1206,6 @@ - - @@ -1303,8 +1257,6 @@ - - @@ -1356,8 +1308,6 @@ - - @@ -1409,8 +1359,6 @@ - - @@ -1462,8 +1410,6 @@ - - @@ -1515,8 +1461,6 @@ - - @@ -1568,8 +1512,6 @@ - - @@ -1621,8 +1563,6 @@ - - diff --git a/pwiz/data/vendor_readers/Bruker/Reader_Bruker_Test.data/timsTOF_autoMSMS_Urine_50s_neg.mzML b/pwiz/data/vendor_readers/Bruker/Reader_Bruker_Test.data/timsTOF_autoMSMS_Urine_50s_neg.mzML index 26ca657b52..1e781b7034 100644 --- a/pwiz/data/vendor_readers/Bruker/Reader_Bruker_Test.data/timsTOF_autoMSMS_Urine_50s_neg.mzML +++ b/pwiz/data/vendor_readers/Bruker/Reader_Bruker_Test.data/timsTOF_autoMSMS_Urine_50s_neg.mzML @@ -80,8 +80,6 @@ - - @@ -116,8 +114,6 @@ - - @@ -152,8 +148,6 @@ - - @@ -188,8 +182,6 @@ - - @@ -224,8 +216,6 @@ - - @@ -260,8 +250,6 @@ - - @@ -296,8 +284,6 @@ - - @@ -332,8 +318,6 @@ - - @@ -368,8 +352,6 @@ - - @@ -404,8 +386,6 @@ - - @@ -440,8 +420,6 @@ - - @@ -493,8 +471,6 @@ - - @@ -546,8 +522,6 @@ - - @@ -599,8 +573,6 @@ - - @@ -635,8 +607,6 @@ - - @@ -688,8 +658,6 @@ - - @@ -741,8 +709,6 @@ - - @@ -794,8 +760,6 @@ - - @@ -830,8 +794,6 @@ - - @@ -883,8 +845,6 @@ - - @@ -936,8 +896,6 @@ - - @@ -989,8 +947,6 @@ - - @@ -1025,8 +981,6 @@ - - @@ -1078,8 +1032,6 @@ - - @@ -1131,8 +1083,6 @@ - - @@ -1184,8 +1134,6 @@ - - @@ -1220,8 +1168,6 @@ - - @@ -1273,8 +1219,6 @@ - - @@ -1326,8 +1270,6 @@ - - @@ -1379,8 +1321,6 @@ - - @@ -1415,8 +1355,6 @@ - - @@ -1468,8 +1406,6 @@ - - @@ -1521,8 +1457,6 @@ - - @@ -1574,8 +1508,6 @@ - - @@ -1610,8 +1542,6 @@ - - @@ -1663,8 +1593,6 @@ - - @@ -1716,8 +1644,6 @@ - - @@ -1770,8 +1696,6 @@ - - @@ -1806,8 +1730,6 @@ - - @@ -1859,8 +1781,6 @@ - - @@ -1912,8 +1832,6 @@ - - @@ -1965,8 +1883,6 @@ - - @@ -2001,8 +1917,6 @@ - - @@ -2054,8 +1968,6 @@ - - @@ -2107,8 +2019,6 @@ - - @@ -2160,8 +2070,6 @@ - - @@ -2196,8 +2104,6 @@ - - @@ -2249,8 +2155,6 @@ - - @@ -2302,8 +2206,6 @@ - - @@ -2355,8 +2257,6 @@ - - From bb1a8ee6b09fae32ada6183769fe2a4143e11bf4 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Andre Schoengraf Date: Thu, 31 Oct 2024 19:56:46 +0100 Subject: [PATCH 18/26] Partially revert last changes ( add intensity population again ) --- pwiz_aux/msrc/utility/vendor_api/Bruker/TimsData.cpp | 4 ++-- 1 file changed, 2 insertions(+), 2 deletions(-) diff --git a/pwiz_aux/msrc/utility/vendor_api/Bruker/TimsData.cpp b/pwiz_aux/msrc/utility/vendor_api/Bruker/TimsData.cpp index f88175eb6f..4f4eab4006 100644 --- a/pwiz_aux/msrc/utility/vendor_api/Bruker/TimsData.cpp +++ b/pwiz_aux/msrc/utility/vendor_api/Bruker/TimsData.cpp @@ -854,12 +854,12 @@ void TimsSpectrum::getIsolationData(std::vector& isolationInfo) c if (HasPasefPrecursorInfo()) { const auto& info = GetPasefPrecursorInfo(); - isolationInfo.resize(1, IsolationInfo{ info.isolationMz, IsolationMode_On, info.collisionEnergy }); + isolationInfo.resize(1, IsolationInfo{ info.isolationMz, IsolationMode_On, info.collisionEnergy, info.intensity }); } else if (!frame_.diaPasefIsolationInfoByScanNumber_.empty()) { const auto& info = getDiaPasefIsolationInfo(); - isolationInfo.resize(1, IsolationInfo{ info.isolationMz, IsolationMode_On, info.collisionEnergy }); + isolationInfo.resize(1, IsolationInfo{ info.isolationMz, IsolationMode_On, info.collisionEnergy, 0 }); } else if (frame_.precursorMz_.is_initialized()) { From 853d20756b24f73bc4b138f73279df8ca23aa955 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Andre Schoengraf Date: Fri, 1 Nov 2024 01:48:24 +0100 Subject: [PATCH 19/26] Whitespace issues --- pwiz/data/msdata/Serializer_MGF.cpp | 60 ++++++++++++++--------------- 1 file changed, 30 insertions(+), 30 deletions(-) diff --git a/pwiz/data/msdata/Serializer_MGF.cpp b/pwiz/data/msdata/Serializer_MGF.cpp index 90dfdb67c9..fe06378b39 100644 --- a/pwiz/data/msdata/Serializer_MGF.cpp +++ b/pwiz/data/msdata/Serializer_MGF.cpp @@ -52,13 +52,13 @@ class Serializer_MGF::Impl void read(shared_ptr is, MSData& msd) const; }; -template -struct nosci10_policy : boost::spirit::karma::real_policies -{ - // we want to generate up to 10 fractional digits - static unsigned int precision(T) { return 10; } - // we want the numbers always to be in fixed format - static int floatfield(T) { return boost::spirit::karma::real_policies::fmtflags::fixed; } +template +struct nosci10_policy : boost::spirit::karma::real_policies +{ + // we want to generate up to 10 fractional digits + static unsigned int precision(T) { return 10; } + // we want the numbers always to be in fixed format + static int floatfield(T) { return boost::spirit::karma::real_policies::fmtflags::fixed; } }; @@ -78,25 +78,25 @@ void Serializer_MGF::Impl::write(ostream& os, const MSData& msd, SpectrumList& sl = *msd.run.spectrumListPtr; SpectrumWorkerThreads spectrumWorkers(sl, useWorkerThreads, continueOnError); for (size_t i=0, end=sl.size(); i < end; ++i) - { - SpectrumPtr s; - try - { - // s = sl->spectrum(i, true); - s = spectrumWorkers.processBatch(i); - } - catch (std::exception& e) - { - if (continueOnError) - { + { + SpectrumPtr s; + try + { + // s = sl->spectrum(i, true); + s = spectrumWorkers.processBatch(i); + } + catch (std::exception& e) + { + if (continueOnError) + { cerr << "Skipping spectrum " << i << " \"" << (s ? s->id : sl.spectrumIdentity(i).id) << "\": " << e.what() << endl; continue; - } - else - throw; + } + else + throw; } - const Scan& scan = !s->scanList.empty() ? s->scanList.scans[0] : Scan(); + Scan* scan = !s->scanList.empty() ? &s->scanList.scans[0] : 0; if (s->cvParam(MS_ms_level).valueAs() > 1 && !s->precursors.empty() && @@ -105,7 +105,7 @@ void Serializer_MGF::Impl::write(ostream& os, const MSData& msd, os << "BEGIN IONS\n"; const SelectedIon& si = s->precursors[0].selectedIons[0]; - CVParam scanTimeParam = scan.cvParam(MS_scan_start_time); + CVParam scanTimeParam = scan ? scan->cvParam(MS_scan_start_time) : CVParam(); CVParam chargeParam = si.cvParam(MS_charge_state); CVParam spectrumTitle = s->cvParam(MS_spectrum_title); @@ -113,8 +113,8 @@ void Serializer_MGF::Impl::write(ostream& os, const MSData& msd, os << "TITLE=" << spectrumTitle.value << '\n'; else if (titleIsThermoDTA) { - string scan_string = id::value(s->id, "scan"); - os << "TITLE=" << thermoBasename << '.' << scan_string << '.' << scan_string << '.' << chargeParam.value << '\n'; + string scan = id::value(s->id, "scan"); + os << "TITLE=" << thermoBasename << '.' << scan << '.' << scan << '.' << chargeParam.value << '\n'; } else os << "TITLE=" << s->id << '\n'; @@ -132,12 +132,12 @@ void Serializer_MGF::Impl::write(ostream& os, const MSData& msd, os << " " << intensityParam.valueFixedNotation(); os << '\n'; - CVParam inverseReduceIonMobility = scan.cvParam(MS_inverse_reduced_ion_mobility); + CVParam inverseReduceIonMobility = si.cvParam(MS_inverse_reduced_ion_mobility); if (!inverseReduceIonMobility.empty()) os << "INVREION=" << inverseReduceIonMobility.valueFixedNotation(); os << '\n'; - CVParam collisionalCrossSectionalArea = scan.cvParam(MS_collisional_cross_sectional_area); + CVParam collisionalCrossSectionalArea = si.cvParam(MS_collisional_cross_sectional_area); if (!collisionalCrossSectionalArea.empty()) os << "COLLCROSSSA=" << collisionalCrossSectionalArea.valueFixedNotation(); os << '\n'; @@ -158,9 +158,9 @@ void Serializer_MGF::Impl::write(ostream& os, const MSData& msd, const BinaryDataArray& mzArray = *s->getMZArray(); const BinaryDataArray& intensityArray = *s->getIntensityArray(); - using namespace boost::spirit::karma; - typedef real_generator > nosci10_type; - static const nosci10_type nosci10 = nosci10_type(); + using namespace boost::spirit::karma; + typedef real_generator > nosci10_type; + static const nosci10_type nosci10 = nosci10_type(); char buffer[256]; for (size_t p=0; p < s->defaultArrayLength; ++p) { From 701ac75fb413e76ce9ba5f68904a1e93f0a23e4d Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Andre Schoengraf Date: Fri, 1 Nov 2024 01:55:38 +0100 Subject: [PATCH 20/26] merge latest version --- pwiz/data/msdata/Serializer_MGF.cpp | 12 ++++++------ 1 file changed, 6 insertions(+), 6 deletions(-) diff --git a/pwiz/data/msdata/Serializer_MGF.cpp b/pwiz/data/msdata/Serializer_MGF.cpp index fe06378b39..be132d4827 100644 --- a/pwiz/data/msdata/Serializer_MGF.cpp +++ b/pwiz/data/msdata/Serializer_MGF.cpp @@ -96,7 +96,7 @@ void Serializer_MGF::Impl::write(ostream& os, const MSData& msd, throw; } - Scan* scan = !s->scanList.empty() ? &s->scanList.scans[0] : 0; + const Scan& scan = !s->scanList.empty() ? s->scanList.scans[0] : Scan(); if (s->cvParam(MS_ms_level).valueAs() > 1 && !s->precursors.empty() && @@ -105,7 +105,7 @@ void Serializer_MGF::Impl::write(ostream& os, const MSData& msd, os << "BEGIN IONS\n"; const SelectedIon& si = s->precursors[0].selectedIons[0]; - CVParam scanTimeParam = scan ? scan->cvParam(MS_scan_start_time) : CVParam(); + CVParam scanTimeParam = scan.cvParam(MS_scan_start_time); CVParam chargeParam = si.cvParam(MS_charge_state); CVParam spectrumTitle = s->cvParam(MS_spectrum_title); @@ -113,8 +113,8 @@ void Serializer_MGF::Impl::write(ostream& os, const MSData& msd, os << "TITLE=" << spectrumTitle.value << '\n'; else if (titleIsThermoDTA) { - string scan = id::value(s->id, "scan"); - os << "TITLE=" << thermoBasename << '.' << scan << '.' << scan << '.' << chargeParam.value << '\n'; + string scan_string = id::value(s->id, "scan"); + os << "TITLE=" << thermoBasename << '.' << scan_string << '.' << scan_string << '.' << chargeParam.value << '\n'; } else os << "TITLE=" << s->id << '\n'; @@ -132,12 +132,12 @@ void Serializer_MGF::Impl::write(ostream& os, const MSData& msd, os << " " << intensityParam.valueFixedNotation(); os << '\n'; - CVParam inverseReduceIonMobility = si.cvParam(MS_inverse_reduced_ion_mobility); + CVParam inverseReduceIonMobility = scan.cvParam(MS_inverse_reduced_ion_mobility); if (!inverseReduceIonMobility.empty()) os << "INVREION=" << inverseReduceIonMobility.valueFixedNotation(); os << '\n'; - CVParam collisionalCrossSectionalArea = si.cvParam(MS_collisional_cross_sectional_area); + CVParam collisionalCrossSectionalArea = scan.cvParam(MS_collisional_cross_sectional_area); if (!collisionalCrossSectionalArea.empty()) os << "COLLCROSSSA=" << collisionalCrossSectionalArea.valueFixedNotation(); os << '\n'; From a80d3331c1af58c443bf07bb5dad248e8c9931b9 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Andre Schoengraf Date: Fri, 1 Nov 2024 02:14:50 +0100 Subject: [PATCH 21/26] Whitespace issue --- pwiz/data/msdata/Serializer_mzXML.cpp | 2 +- 1 file changed, 1 insertion(+), 1 deletion(-) diff --git a/pwiz/data/msdata/Serializer_mzXML.cpp b/pwiz/data/msdata/Serializer_mzXML.cpp index 32682d88b1..5c4b525eb5 100644 --- a/pwiz/data/msdata/Serializer_mzXML.cpp +++ b/pwiz/data/msdata/Serializer_mzXML.cpp @@ -535,7 +535,7 @@ void write_precursors(XMLWriter& xmlWriter, const vector& precurs attributes.add("activationMethod", it->activation); if (it->windowWideness != 0) attributes.add("windowWideness", it->windowWideness); - + xmlWriter.startElement("precursorMz", attributes); xmlWriter.characters(it->mz, false); xmlWriter.endElement(); From f4213a0bab7165a1d56a35845b7515901aff6fbd Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Andre Schoengraf Date: Wed, 6 Nov 2024 01:09:54 +0100 Subject: [PATCH 22/26] MGF Serializer + Spectrum list changes (Revwiew findings) --- pwiz/data/msdata/Serializer_MGF.cpp | 23 ++++++---- pwiz/data/msdata/SpectrumList_MGF.cpp | 65 +++++++++++++++++++++++---- 2 files changed, 71 insertions(+), 17 deletions(-) diff --git a/pwiz/data/msdata/Serializer_MGF.cpp b/pwiz/data/msdata/Serializer_MGF.cpp index be132d4827..fc5d7316d2 100644 --- a/pwiz/data/msdata/Serializer_MGF.cpp +++ b/pwiz/data/msdata/Serializer_MGF.cpp @@ -110,14 +110,24 @@ void Serializer_MGF::Impl::write(ostream& os, const MSData& msd, CVParam spectrumTitle = s->cvParam(MS_spectrum_title); if (!spectrumTitle.empty()) - os << "TITLE=" << spectrumTitle.value << '\n'; + os << "TITLE=" << spectrumTitle.value; else if (titleIsThermoDTA) { string scan_string = id::value(s->id, "scan"); - os << "TITLE=" << thermoBasename << '.' << scan_string << '.' << scan_string << '.' << chargeParam.value << '\n'; + os << "TITLE=" << thermoBasename << '.' << scan_string << '.' << scan_string << '.' << chargeParam.value; } else - os << "TITLE=" << s->id << '\n'; + os << "TITLE=" << s->id; + + CVParam collisionalCrossSectionalArea = scan.cvParam(MS_collisional_cross_sectional_area); + if (!collisionalCrossSectionalArea.empty()) + { + os << "," << "ccs=" << collisionalCrossSectionalArea.valueFixedNotation() << '\n'; + } + else + { + os << '\n'; + } if (!scanTimeParam.empty()) os << "RTINSECONDS=" << scanTimeParam.timeInSeconds() << '\n'; @@ -134,12 +144,7 @@ void Serializer_MGF::Impl::write(ostream& os, const MSData& msd, CVParam inverseReduceIonMobility = scan.cvParam(MS_inverse_reduced_ion_mobility); if (!inverseReduceIonMobility.empty()) - os << "INVREION=" << inverseReduceIonMobility.valueFixedNotation(); - os << '\n'; - - CVParam collisionalCrossSectionalArea = scan.cvParam(MS_collisional_cross_sectional_area); - if (!collisionalCrossSectionalArea.empty()) - os << "COLLCROSSSA=" << collisionalCrossSectionalArea.valueFixedNotation(); + os << "ION_MOBILITY=" << si.cvParam(MS_selected_ion_m_z).valueFixedNotation() << " " << inverseReduceIonMobility.valueFixedNotation(); os << '\n'; if (chargeParam.empty()) diff --git a/pwiz/data/msdata/SpectrumList_MGF.cpp b/pwiz/data/msdata/SpectrumList_MGF.cpp index d939ae975a..859b19a8be 100644 --- a/pwiz/data/msdata/SpectrumList_MGF.cpp +++ b/pwiz/data/msdata/SpectrumList_MGF.cpp @@ -221,6 +221,13 @@ class SpectrumList_MGFImpl : public SpectrumList_MGF if (scanTimeMin > 0) scan.set(MS_scan_start_time, scanTimeMin * 60, UO_second); + double ccs = getCCSFromTitle(value); + + if (ccs >= 0) + { + scan.cvParams.push_back(CVParam(MS_collisional_cross_sectional_area, ccs, UO_square_angstrom)); + } + spectrum.set(MS_spectrum_title, value); } else if (name == "PEPMASS") @@ -235,15 +242,12 @@ class SpectrumList_MGFImpl : public SpectrumList_MGF else selectedIon.set(MS_selected_ion_m_z, value, MS_m_z); } - else if (name == "INVREION") - { - bal::trim(value); - scan.cvParams.push_back(CVParam(MS_inverse_reduced_ion_mobility, value, MS_volt_second_per_square_centimeter)); - } - else if (name == "COLLCROSSSA") + else if (name == "ION_MOBILITY") { bal::trim(value); - scan.cvParams.push_back(CVParam(MS_collisional_cross_sectional_area, value, UO_square_angstrom)); + size_t delim = value.find_last_of(' '); + + scan.cvParams.push_back(CVParam(MS_inverse_reduced_ion_mobility, value.substr(delim + 1, value.size() - delim - 1), MS_volt_second_per_square_centimeter)); } else if (name == "CHARGE") { @@ -340,6 +344,51 @@ class SpectrumList_MGFImpl : public SpectrumList_MGF spectrum.set(MS_base_peak_intensity, basePeakIntensity); } + /** + * Parse the spectrum title to look for CCS. + */ + static double getCCSFromTitle(const string& title) + { + // text to search for preceeding and following ccs + return getCCS(title, "ccs="); + } + + /** + * Helper function to parse a double from the given string + * found between the two tags. Search for number after position + * Update position to the end of the parsed double. + */ + static double getCCS(const string& title, const char* startTag) + { + size_t start = title.find(startTag, 0); + if (start == string::npos) + return -1; // not found + + start += strlen(startTag); + const string endTags[] = { "", " ", ",",";","\n","\r","\t" }; + string ccsStr; + + for(int i=0; i< std::size(endTags); i++) + { + const size_t end = title.find(endTags[i], start); + + if(end != string::npos) + { + ccsStr = title.substr(start, end - start); + break; + } + } + + try + { + return boost::lexical_cast(ccsStr); + } + catch (...) + { + return 0; + } + } + /** * Parse the spectrum title to look for retention times. If there are * two times, return the center of the range. Possible formats to look @@ -386,7 +435,7 @@ class SpectrumList_MGFImpl : public SpectrumList_MGF * Update position to the end of the parsed double. */ double getTime(const string& title, const char* startTag, - const char* endTag, size_t position) const + const char* endTag, size_t& position) const { size_t start = title.find(startTag, position); if( start == string::npos ) From e48776960705ec61dd92675f0ab2850357761bd2 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Andre Schoengraf Date: Wed, 6 Nov 2024 11:50:14 +0100 Subject: [PATCH 23/26] Bugfix Build error --- pwiz/data/msdata/SpectrumList_MGF.cpp | 2 +- 1 file changed, 1 insertion(+), 1 deletion(-) diff --git a/pwiz/data/msdata/SpectrumList_MGF.cpp b/pwiz/data/msdata/SpectrumList_MGF.cpp index 859b19a8be..8f41b0155e 100644 --- a/pwiz/data/msdata/SpectrumList_MGF.cpp +++ b/pwiz/data/msdata/SpectrumList_MGF.cpp @@ -368,7 +368,7 @@ class SpectrumList_MGFImpl : public SpectrumList_MGF const string endTags[] = { "", " ", ",",";","\n","\r","\t" }; string ccsStr; - for(int i=0; i< std::size(endTags); i++) + for(int i=0; i< sizeof(endTags)/sizeof(endTags[0]); i++) { const size_t end = title.find(endTags[i], start); From 73aca3980e4d85239c352fa27c2b69cf6937a83e Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Andre Schoengraf Date: Fri, 8 Nov 2024 23:58:48 +0100 Subject: [PATCH 24/26] Extend MGF test with new parameters --- pwiz/data/msdata/Diff.cpp | 19 +++++++++++++++++++ pwiz/data/msdata/Diff.hpp | 5 ++++- pwiz/data/msdata/Serializer_MGF_Test.cpp | 3 +++ pwiz/data/msdata/SpectrumList_MGF.cpp | 7 +++++-- 4 files changed, 31 insertions(+), 3 deletions(-) diff --git a/pwiz/data/msdata/Diff.cpp b/pwiz/data/msdata/Diff.cpp index 9b28f2f212..4fe1a8a748 100644 --- a/pwiz/data/msdata/Diff.cpp +++ b/pwiz/data/msdata/Diff.cpp @@ -547,6 +547,25 @@ void diff(const Spectrum& a, } } + if (config.ignoreSpectrumTitle) + { + vector::const_iterator it = + find_if(a_b.cvParams.begin(), a_b.cvParams.end(), CVParamIs(MS_spectrum_title)); + + if (it != a_b.cvParams.end()) + { + a_b.cvParams.erase(it); + } + + it = + find_if(b_a.cvParams.begin(), b_a.cvParams.end(), CVParamIs(MS_spectrum_title)); + + if (it != b_a.cvParams.end()) + { + b_a.cvParams.erase(it); + } + } + // provide context if (!a_b.empty() || !b_a.empty()) { diff --git a/pwiz/data/msdata/Diff.hpp b/pwiz/data/msdata/Diff.hpp index 0b86883b38..3ea5dcfd31 100644 --- a/pwiz/data/msdata/Diff.hpp +++ b/pwiz/data/msdata/Diff.hpp @@ -228,6 +228,8 @@ struct PWIZ_API_DECL DiffConfig : public pwiz::data::BaseDiffConfig bool ignoreDataProcessing; + bool ignoreSpectrumTitle; + DiffConfig() : pwiz::data::BaseDiffConfig(), ignoreIdentity(false), @@ -235,7 +237,8 @@ struct PWIZ_API_DECL DiffConfig : public pwiz::data::BaseDiffConfig ignoreExtraBinaryDataArrays(false), ignoreSpectra(false), ignoreChromatograms(false), - ignoreDataProcessing(false) + ignoreDataProcessing(false), + ignoreSpectrumTitle(false) {} }; diff --git a/pwiz/data/msdata/Serializer_MGF_Test.cpp b/pwiz/data/msdata/Serializer_MGF_Test.cpp index 382e9640a7..03f92d9227 100644 --- a/pwiz/data/msdata/Serializer_MGF_Test.cpp +++ b/pwiz/data/msdata/Serializer_MGF_Test.cpp @@ -122,6 +122,8 @@ void initializeTinyMGF(MSData& msd) s21.scanList.scans.push_back(Scan()); Scan& s21scan = s21.scanList.scans.back(); s21scan.set(MS_scan_start_time, 42.0, UO_second); + s21scan.set(MS_inverse_reduced_ion_mobility, 421.0, MS_volt_second_per_square_centimeter); + s21scan.set(MS_collisional_cross_sectional_area, 1.376, UO_square_angstrom); s21.setMZIntensityArrays(vector(), vector(), MS_number_of_detector_counts); BinaryData& s21_mz = s21.getMZArray()->data; @@ -154,6 +156,7 @@ void testWriteRead(const MSData& msd) DiffConfig diffConfig; diffConfig.ignoreIdentity = true; diffConfig.ignoreChromatograms = true; + diffConfig.ignoreSpectrumTitle = true; Diff diff(msd, msd2, diffConfig); if (os_ && diff) *os_ << diff << endl; diff --git a/pwiz/data/msdata/SpectrumList_MGF.cpp b/pwiz/data/msdata/SpectrumList_MGF.cpp index 8f41b0155e..89dcf487c9 100644 --- a/pwiz/data/msdata/SpectrumList_MGF.cpp +++ b/pwiz/data/msdata/SpectrumList_MGF.cpp @@ -365,9 +365,9 @@ class SpectrumList_MGFImpl : public SpectrumList_MGF return -1; // not found start += strlen(startTag); - const string endTags[] = { "", " ", ",",";","\n","\r","\t" }; + const string endTags[] = { " ", ",",";","\t" }; string ccsStr; - + for(int i=0; i< sizeof(endTags)/sizeof(endTags[0]); i++) { const size_t end = title.find(endTags[i], start); @@ -379,6 +379,9 @@ class SpectrumList_MGFImpl : public SpectrumList_MGF } } + if(ccsStr.empty()) + ccsStr = title.substr(start, title.length() - start); + try { return boost::lexical_cast(ccsStr); From c18d4142c32cabda90c8d0e93aa7937a3966e76d Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Andre Schoengraf Date: Tue, 12 Nov 2024 20:39:22 +0100 Subject: [PATCH 25/26] Cleanup --- pwiz/data/msdata/SpectrumList_MGF.cpp | 16 +++++++--------- 1 file changed, 7 insertions(+), 9 deletions(-) diff --git a/pwiz/data/msdata/SpectrumList_MGF.cpp b/pwiz/data/msdata/SpectrumList_MGF.cpp index 89dcf487c9..50a71366ca 100644 --- a/pwiz/data/msdata/SpectrumList_MGF.cpp +++ b/pwiz/data/msdata/SpectrumList_MGF.cpp @@ -366,21 +366,19 @@ class SpectrumList_MGFImpl : public SpectrumList_MGF start += strlen(startTag); const string endTags[] = { " ", ",",";","\t" }; - string ccsStr; - - for(int i=0; i< sizeof(endTags)/sizeof(endTags[0]); i++) - { - const size_t end = title.find(endTags[i], start); - if(end != string::npos) + size_t end = title.length(); + for (int i = 0; i < sizeof(endTags) / sizeof(endTags[0]); i++) + { + const size_t tmpEnd = title.find(endTags[i], start); + if (tmpEnd != string::npos) { - ccsStr = title.substr(start, end - start); + end = tmpEnd; break; } } - if(ccsStr.empty()) - ccsStr = title.substr(start, title.length() - start); + const string ccsStr = title.substr(start, end - start); try { From 3cb5ae3d8cd9fe435951c7e965271c141e7fea00 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Andre Schoengraf Date: Fri, 27 Dec 2024 22:01:28 +0100 Subject: [PATCH 26/26] Bugfix remove ccs Parameter from title after mgf file was read --- pwiz/data/msdata/Diff.cpp | 19 ------- pwiz/data/msdata/Diff.hpp | 5 +- pwiz/data/msdata/Serializer_MGF.cpp | 2 +- pwiz/data/msdata/Serializer_MGF_Test.cpp | 6 +- pwiz/data/msdata/SpectrumList_MGF.cpp | 70 ++++++++++++++---------- 5 files changed, 45 insertions(+), 57 deletions(-) diff --git a/pwiz/data/msdata/Diff.cpp b/pwiz/data/msdata/Diff.cpp index 4fe1a8a748..9b28f2f212 100644 --- a/pwiz/data/msdata/Diff.cpp +++ b/pwiz/data/msdata/Diff.cpp @@ -547,25 +547,6 @@ void diff(const Spectrum& a, } } - if (config.ignoreSpectrumTitle) - { - vector::const_iterator it = - find_if(a_b.cvParams.begin(), a_b.cvParams.end(), CVParamIs(MS_spectrum_title)); - - if (it != a_b.cvParams.end()) - { - a_b.cvParams.erase(it); - } - - it = - find_if(b_a.cvParams.begin(), b_a.cvParams.end(), CVParamIs(MS_spectrum_title)); - - if (it != b_a.cvParams.end()) - { - b_a.cvParams.erase(it); - } - } - // provide context if (!a_b.empty() || !b_a.empty()) { diff --git a/pwiz/data/msdata/Diff.hpp b/pwiz/data/msdata/Diff.hpp index 3ea5dcfd31..0b86883b38 100644 --- a/pwiz/data/msdata/Diff.hpp +++ b/pwiz/data/msdata/Diff.hpp @@ -228,8 +228,6 @@ struct PWIZ_API_DECL DiffConfig : public pwiz::data::BaseDiffConfig bool ignoreDataProcessing; - bool ignoreSpectrumTitle; - DiffConfig() : pwiz::data::BaseDiffConfig(), ignoreIdentity(false), @@ -237,8 +235,7 @@ struct PWIZ_API_DECL DiffConfig : public pwiz::data::BaseDiffConfig ignoreExtraBinaryDataArrays(false), ignoreSpectra(false), ignoreChromatograms(false), - ignoreDataProcessing(false), - ignoreSpectrumTitle(false) + ignoreDataProcessing(false) {} }; diff --git a/pwiz/data/msdata/Serializer_MGF.cpp b/pwiz/data/msdata/Serializer_MGF.cpp index fc5d7316d2..ff499a6af3 100644 --- a/pwiz/data/msdata/Serializer_MGF.cpp +++ b/pwiz/data/msdata/Serializer_MGF.cpp @@ -122,7 +122,7 @@ void Serializer_MGF::Impl::write(ostream& os, const MSData& msd, CVParam collisionalCrossSectionalArea = scan.cvParam(MS_collisional_cross_sectional_area); if (!collisionalCrossSectionalArea.empty()) { - os << "," << "ccs=" << collisionalCrossSectionalArea.valueFixedNotation() << '\n'; + os << ", " << "ccs=" << collisionalCrossSectionalArea.valueFixedNotation() << '\n'; } else { diff --git a/pwiz/data/msdata/Serializer_MGF_Test.cpp b/pwiz/data/msdata/Serializer_MGF_Test.cpp index 03f92d9227..c9a3b49f96 100644 --- a/pwiz/data/msdata/Serializer_MGF_Test.cpp +++ b/pwiz/data/msdata/Serializer_MGF_Test.cpp @@ -156,8 +156,7 @@ void testWriteRead(const MSData& msd) DiffConfig diffConfig; diffConfig.ignoreIdentity = true; diffConfig.ignoreChromatograms = true; - diffConfig.ignoreSpectrumTitle = true; - + Diff diff(msd, msd2, diffConfig); if (os_ && diff) *os_ << diff << endl; unit_assert(!diff); @@ -206,5 +205,4 @@ int main(int argc, char* argv[]) } TEST_EPILOG -} - +} \ No newline at end of file diff --git a/pwiz/data/msdata/SpectrumList_MGF.cpp b/pwiz/data/msdata/SpectrumList_MGF.cpp index 50a71366ca..3a158bfa04 100644 --- a/pwiz/data/msdata/SpectrumList_MGF.cpp +++ b/pwiz/data/msdata/SpectrumList_MGF.cpp @@ -40,6 +40,9 @@ using namespace pwiz::util; namespace { +const char* startTagCCSInTitle = "ccs="; +const char* endTagsCCSInTitle[] = { " ", ",",";","\t" }; + class SpectrumList_MGFImpl : public SpectrumList_MGF { public: @@ -218,6 +221,7 @@ class SpectrumList_MGFImpl : public SpectrumList_MGF // Some formats omit RTINSECONDS and store the retention time // in the title field instead. double scanTimeMin = getRetentionTimeFromTitle(value); + if (scanTimeMin > 0) scan.set(MS_scan_start_time, scanTimeMin * 60, UO_second); @@ -228,7 +232,7 @@ class SpectrumList_MGFImpl : public SpectrumList_MGF scan.cvParams.push_back(CVParam(MS_collisional_cross_sectional_area, ccs, UO_square_angstrom)); } - spectrum.set(MS_spectrum_title, value); + spectrum.set(MS_spectrum_title, removeCCSFromTitle(value)); } else if (name == "PEPMASS") { @@ -344,49 +348,59 @@ class SpectrumList_MGFImpl : public SpectrumList_MGF spectrum.set(MS_base_peak_intensity, basePeakIntensity); } - /** - * Parse the spectrum title to look for CCS. - */ - static double getCCSFromTitle(const string& title) + static size_t FindEndTag(const string& title, size_t start) { - // text to search for preceeding and following ccs - return getCCS(title, "ccs="); + for (int i = 0; i < sizeof(endTagsCCSInTitle) / sizeof(endTagsCCSInTitle[0]); i++) + { + const size_t tmpEnd = title.find(endTagsCCSInTitle[i], start); + if (tmpEnd != string::npos) + { + return tmpEnd; + } + } + + return title.length(); } /** - * Helper function to parse a double from the given string - * found between the two tags. Search for number after position - * Update position to the end of the parsed double. - */ - static double getCCS(const string& title, const char* startTag) + * Parse the spectrum title to look for CCS. + */ + static double getCCSFromTitle(const string& title) { - size_t start = title.find(startTag, 0); + size_t start = title.find(startTagCCSInTitle, 0); + if (start == string::npos) return -1; // not found - start += strlen(startTag); - const string endTags[] = { " ", ",",";","\t" }; + start += strlen(startTagCCSInTitle); - size_t end = title.length(); - for (int i = 0; i < sizeof(endTags) / sizeof(endTags[0]); i++) + try { - const size_t tmpEnd = title.find(endTags[i], start); - if (tmpEnd != string::npos) - { - end = tmpEnd; - break; - } + return boost::lexical_cast(title.substr(start, FindEndTag(title, start + strlen(startTagCCSInTitle)) - start)); + } + catch (...) + { + return -1; } + } + + /** + * Parse the spectrum title to look for CCS. + */ + static string removeCCSFromTitle(const string& title) + { + size_t start = title.find(startTagCCSInTitle, 0); - const string ccsStr = title.substr(start, end - start); + if (start == string::npos) + return title; // not found try { - return boost::lexical_cast(ccsStr); + return title.substr(0, start - 2) + title.substr(FindEndTag(title, start)); } catch (...) { - return 0; + return title; } } @@ -406,7 +420,6 @@ class SpectrumList_MGFImpl : public SpectrumList_MGF double secondTime = 0; for(int format_idx = 0; format_idx < 2; format_idx++) { - size_t position = 0; firstTime = getTime(title, startTags[format_idx], endTags[format_idx], position); @@ -463,7 +476,6 @@ class SpectrumList_MGFImpl : public SpectrumList_MGF size_t lineCount = 0; bool inBeginIons = false; vector::iterator curIdentityItr; - map::iterator curIdToIndexItr; while (std::getline(*is_, lineStr)) // need accurate line length, so do not use pwiz::util convenience wrapper { @@ -481,7 +493,7 @@ class SpectrumList_MGFImpl : public SpectrumList_MGF curIdentityItr->index = index_.size()-1; curIdentityItr->id = "index=" + lexical_cast(index_.size()-1); curIdentityItr->sourceFilePosition = size_t(is_->tellg())-lineStr.length()-1; - curIdToIndexItr = idToIndex_.insert(pair(curIdentityItr->id, index_.size()-1)).first; + idToIndex_.insert(pair(curIdentityItr->id, index_.size() - 1)).first; inBeginIons = true; } else if (lineStr.find("TITLE=") == 0)