Skip to content

Commit

Permalink
Tests: Updated H atomtype in common tests to H0
Browse files Browse the repository at this point in the history
  • Loading branch information
@alongd
alongd committed Dec 28, 2024
1 parent 374e6f1 commit 64a7b7e
Showing 1 changed file with 21 additions and 22 deletions.
43 changes: 21 additions & 22 deletions arc/common_test.py
View file
Original file line number Diff line number Diff line change
Expand Up @@ -1083,27 +1083,26 @@ def test_rmg_mol_to_dict_repr(self):
{'element': {'number': 6, 'isotope': -1}, 'atomtype': 'Cs',
'radical_electrons': 0, 'charge': 0, 'label': '', 'lone_pairs': 0, 'id': 1,
'props': {'inRing': False}, 'edges': {0: 1.0, 5: 1.0, 6: 1.0, 7: 1.0}},
{'element': {'number': 1, 'isotope': -1}, 'atomtype': 'H',
{'element': {'number': 1, 'isotope': -1}, 'atomtype': 'H0',
'radical_electrons': 0, 'charge': 0, 'label': '', 'lone_pairs': 0, 'id': 2,
'props': {'inRing': False}, 'edges': {0: 1.0}},
{'element': {'number': 1, 'isotope': -1}, 'atomtype': 'H',
{'element': {'number': 1, 'isotope': -1}, 'atomtype': 'H0',
'radical_electrons': 0, 'charge': 0, 'label': '', 'lone_pairs': 0, 'id': 3,
'props': {'inRing': False}, 'edges': {0: 1.0}},
{'element': {'number': 1, 'isotope': -1}, 'atomtype': 'H',
{'element': {'number': 1, 'isotope': -1}, 'atomtype': 'H0',
'radical_electrons': 0, 'charge': 0, 'label': '', 'lone_pairs': 0, 'id': 4,
'props': {'inRing': False}, 'edges': {0: 1.0}},
{'element': {'number': 1, 'isotope': -1}, 'atomtype': 'H',
{'element': {'number': 1, 'isotope': -1}, 'atomtype': 'H0',
'radical_electrons': 0, 'charge': 0, 'label': '', 'lone_pairs': 0, 'id': 5,
'props': {'inRing': False}, 'edges': {1: 1.0}},
{'element': {'number': 1, 'isotope': -1}, 'atomtype': 'H',
{'element': {'number': 1, 'isotope': -1}, 'atomtype': 'H0',
'radical_electrons': 0, 'charge': 0, 'label': '', 'lone_pairs': 0, 'id': 6,
'props': {'inRing': False}, 'edges': {1: 1.0}},
{'element': {'number': 1, 'isotope': -1}, 'atomtype': 'H',
{'element': {'number': 1, 'isotope': -1}, 'atomtype': 'H0',
'radical_electrons': 0, 'charge': 0, 'label': '', 'lone_pairs': 0, 'id': 7,
'props': {'inRing': False}, 'edges': {1: 1.0}}],
'multiplicity': 1, 'props': {},
'atom_order': [0, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7],
}
'atom_order': [0, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7]}
self.assertEqual(representation, expected_repr)

mol = Molecule(smiles='NCC')
Expand All @@ -1117,25 +1116,25 @@ def test_rmg_mol_to_dict_repr(self):
{'element': {'number': 6, 'isotope': -1}, 'atomtype': 'Cs',
'radical_electrons': 0, 'charge': 0, 'label': '', 'lone_pairs': 0, 'id': 2,
'props': {'inRing': False}, 'edges': {1: 1.0, 7: 1.0, 8: 1.0, 9: 1.0}},
{'element': {'number': 1, 'isotope': -1}, 'atomtype': 'H',
{'element': {'number': 1, 'isotope': -1}, 'atomtype': 'H0',
'radical_electrons': 0, 'charge': 0, 'label': '', 'lone_pairs': 0, 'id': 3,
'props': {'inRing': False}, 'edges': {0: 1.0}},
{'element': {'number': 1, 'isotope': -1}, 'atomtype': 'H',
{'element': {'number': 1, 'isotope': -1}, 'atomtype': 'H0',
'radical_electrons': 0, 'charge': 0, 'label': '', 'lone_pairs': 0, 'id': 4,
'props': {'inRing': False}, 'edges': {0: 1.0}},
{'element': {'number': 1, 'isotope': -1}, 'atomtype': 'H',
{'element': {'number': 1, 'isotope': -1}, 'atomtype': 'H0',
'radical_electrons': 0, 'charge': 0, 'label': '', 'lone_pairs': 0, 'id': 5,
'props': {'inRing': False}, 'edges': {1: 1.0}},
{'element': {'number': 1, 'isotope': -1}, 'atomtype': 'H',
{'element': {'number': 1, 'isotope': -1}, 'atomtype': 'H0',
'radical_electrons': 0, 'charge': 0, 'label': '', 'lone_pairs': 0, 'id': 6,
'props': {'inRing': False}, 'edges': {1: 1.0}},
{'element': {'number': 1, 'isotope': -1}, 'atomtype': 'H',
{'element': {'number': 1, 'isotope': -1}, 'atomtype': 'H0',
'radical_electrons': 0, 'charge': 0, 'label': '', 'lone_pairs': 0, 'id': 7,
'props': {'inRing': False}, 'edges': {2: 1.0}},
{'element': {'number': 1, 'isotope': -1}, 'atomtype': 'H',
{'element': {'number': 1, 'isotope': -1}, 'atomtype': 'H0',
'radical_electrons': 0, 'charge': 0, 'label': '', 'lone_pairs': 0, 'id': 8,
'props': {'inRing': False}, 'edges': {2: 1.0}},
{'element': {'number': 1, 'isotope': -1}, 'atomtype': 'H',
{'element': {'number': 1, 'isotope': -1}, 'atomtype': 'H0',
'radical_electrons': 0, 'charge': 0, 'label': '', 'lone_pairs': 0, 'id': 9,
'props': {'inRing': False}, 'edges': {2: 1.0}}],
'multiplicity': 1, 'props': {},
Expand All @@ -1155,25 +1154,25 @@ def test_rmg_mol_from_dict_repr(self):
{'element': {'number': 6, 'isotope': -1}, 'atomtype': 'Cs',
'radical_electrons': 0, 'charge': 0, 'label': '', 'lone_pairs': 0, 'id': -32766,
'props': {'inRing': False}, 'edges': {-32767: 1.0, -32761: 1.0, -32760: 1.0, -32759: 1.0}},
{'element': {'number': 1, 'isotope': -1}, 'atomtype': 'H',
{'element': {'number': 1, 'isotope': -1}, 'atomtype': 'H0',
'radical_electrons': 0, 'charge': 0, 'label': '', 'lone_pairs': 0, 'id': -32765,
'props': {'inRing': False}, 'edges': {-32768: 1.0}},
{'element': {'number': 1, 'isotope': -1}, 'atomtype': 'H',
{'element': {'number': 1, 'isotope': -1}, 'atomtype': 'H0',
'radical_electrons': 0, 'charge': 0, 'label': '', 'lone_pairs': 0, 'id': -32764,
'props': {'inRing': False}, 'edges': {-32768: 1.0}},
{'element': {'number': 1, 'isotope': -1}, 'atomtype': 'H',
{'element': {'number': 1, 'isotope': -1}, 'atomtype': 'H0',
'radical_electrons': 0, 'charge': 0, 'label': '', 'lone_pairs': 0, 'id': -32763,
'props': {'inRing': False}, 'edges': {-32767: 1.0}},
{'element': {'number': 1, 'isotope': -1}, 'atomtype': 'H',
{'element': {'number': 1, 'isotope': -1}, 'atomtype': 'H0',
'radical_electrons': 0, 'charge': 0, 'label': '', 'lone_pairs': 0, 'id': -32762,
'props': {'inRing': False}, 'edges': {-32767: 1.0}},
{'element': {'number': 1, 'isotope': -1}, 'atomtype': 'H',
{'element': {'number': 1, 'isotope': -1}, 'atomtype': 'H0',
'radical_electrons': 0, 'charge': 0, 'label': '', 'lone_pairs': 0, 'id': -32761,
'props': {'inRing': False}, 'edges': {-32766: 1.0}},
{'element': {'number': 1, 'isotope': -1}, 'atomtype': 'H',
{'element': {'number': 1, 'isotope': -1}, 'atomtype': 'H0',
'radical_electrons': 0, 'charge': 0, 'label': '', 'lone_pairs': 0, 'id': -32760,
'props': {'inRing': False}, 'edges': {-32766: 1.0}},
{'element': {'number': 1, 'isotope': -1}, 'atomtype': 'H',
{'element': {'number': 1, 'isotope': -1}, 'atomtype': 'H0',
'radical_electrons': 0, 'charge': 0, 'label': '', 'lone_pairs': 0, 'id': -32759,
'props': {'inRing': False}, 'edges': {-32766: 1.0}}],
'multiplicity': 1, 'props': {},
Expand Down

0 comments on commit 64a7b7e

Please sign in to comment.