From ef8cfb0ab52156d345c44426b744108e44d25ee2 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: LianeHughes <68756672+LianeHughes@users.noreply.github.com> Date: Fri, 1 Dec 2023 06:58:08 +0100 Subject: [PATCH 01/11] First draft GU update --- .../covid_quantification/covid_quant_GU.md | 63 +++++------- .../covid_quantification/historic_covid_gu.md | 53 ++++++++++ .../enteric_quantification/_index.md | 47 ++++++--- .../historic_enteric_gu.md | 97 +++++++++++++++++++ 4 files changed, 209 insertions(+), 51 deletions(-) create mode 100644 content/english/dashboards/wastewater/covid_quantification/historic_covid_gu.md create mode 100644 content/english/dashboards/wastewater/enteric_quantification/historic_enteric_gu.md diff --git a/content/english/dashboards/wastewater/covid_quantification/covid_quant_GU.md b/content/english/dashboards/wastewater/covid_quantification/covid_quant_GU.md index 3a5a1b8b2..459ac6e72 100644 --- a/content/english/dashboards/wastewater/covid_quantification/covid_quant_GU.md +++ b/content/english/dashboards/wastewater/covid_quantification/covid_quant_GU.md @@ -14,73 +14,50 @@ aliases: This project is led by Professor Helene Norder (University of Gothenburg, GU), and supported by co-workers from the University of Gothenburg and Sahlgrenska University Hospital (Hao Wang, Marianela Patzi Churqui, Timur Tunovic, Fredy Saguti, and Kristina Nyström). The wastewater sample collections were performed by Lucica Enache at Ryaverket, Gryaab AB, Gothenburg. -The data and visualisation on this page are usually updated weekly. +The group began collecting samples on 10th February (week 7) 2020. They updated the methods related to analysing the samples during 2023, and began to use this updated method on 15th May (week 20) 2023. This page concerns only the data collected using their updated method. The associated data and visualisation are **updated approximately weekly**. Corresponding information about data collected using an earlier method is available in the ['Historic SARS-CoV-2 data from Gothenburg' page](/dashboards/wastewater/covid_quantification/historic_covid_gu/). + +The SARS-CoV-2 virus monitoring by the Norder group was done alongside their ongoing monitoring of enteric viruses in wastewater, the data for which are [also shared on this portal](/dashboards/wastewater/enteric_quantification/). ## Wastewater collection sites -Influent wastewater samples were collected from Ryaverket wastewater treatment plant (WWTP) in Gothenburg. Wastewater sample collection began on February 10th (week 7) of 2020. Ryaverket WWTP receives wastewater from the households of more than 790,000 residents of Gothenburg, as well as from industry in the area. Wastewater is also received from residents and industry in surrounding municipalities, including Ale, Härryda, Kungälv, Lerum, Mölndal, and Partille, as well as storm and snow-melt water from older parts of Gothenburg. The amount of wastewater from households remains relatively consistent throughout the year. However, the amount of wastewater overall can be affected by the weather (with higher precipitation resulting in greater amounts). More information about the sample location, sample week, volume, and influent wastewater flow, is available in [Wang _et al._ (2022)](https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/36035197/). +Influent wastewater samples were collected from Ryaverket wastewater treatment plant (WWTP) in Gothenburg. Whilst this page includes data collected since 15th May 2023, the group initially began to collect wastewaster samples on 10th February (week 7) 2020. Ryaverket WWTP receives wastewater from the households of more than 790,000 residents of Gothenburg, as well as from industry in the area. Wastewater is also received from residents and industry in surrounding municipalities, including Ale, Härryda, Kungälv, Lerum, Mölndal, and Partille, as well as storm and snow-melt water from older parts of Gothenburg. The amount of wastewater from households remains relatively consistent throughout the year. However, the amount of wastewater overall can be affected by the weather (with higher precipitation resulting in greater amounts). More information about the sample location, sample week, volume, and influent wastewater flow, is available in [Wang _et al._ (2022)](https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/36035197/). -## Visualisations +## Visualisation
Last updated:
-_The blue block on the graph indicates the period where sample collection was not completed (week 45 2022 - week 2 2023)._ - - -
Rotating your phone may improve graph layout
-
{{< plotly json="https://blobserver.dc.scilifelab.se/blob/wastewater_gothenburg.json" height="550px" >}}
+
{{< plotly json="https://blobserver.dc.scilifelab.se/blob/wastewater_gothenburg_new.json" height="550px" >}}
**Code used to produce plot:** [Script to produce plot](https://github.com/ScilifelabDataCentre/covid-portal-visualisations/blob/main/wastewater/gothenburg_covid.py). ## Commentary from the research group -
-
+
Date:2023-11-24
Commentary:From week 20 we have implemented a new concentration method for virus detection. The new technology is based on ultrafiltration and has been compared with the standard method. The new method is more sensitive and has a shorter processing time than the standard technique. Based on this the data will be presented as total number of viral genome copies per day instead of the relative amount compared to week 11-2020. As a result, the baseline for the detection is elevated. + +There has been a slight increase in the amount of SARS-CoV-2 in Gothenburg's wastewater from weeks 41 to 44, but the levels still remain low. + +
+ {{< ww_dynamic_content >}} ## Dataset -**Download the data:** [Quantification of SARS-CoV-2 and enteric viruses in wastewater](https://blobserver.dc.scilifelab.se/blob/wastewater_data_gu_allviruses.xlsx). Results are available for SARS-CoV-2 from week 7 of 2020 (with a small gap over winter 2022-2023), and for enteric viruses from week 2 of 2023. Updated weekly.\ +**Download the data:** [Quantification of SARS-CoV-2 and enteric viruses in wastewater](https://blobserver.dc.scilifelab.se/blob/wastewater_data_gu_allviruses.xlsx). Results are available for SARS-CoV-2 and enteric viruses from week 20 of 2023. Updated weekly. **Contact:** -**How to cite the dataset:** Norder, H., Nyström, K. Patzi Churqui, M., Tunovic, T., Wang, H. (2023). Detection of SARS-CoV-2 and other human enteric viruses in wastewater from Gothenburg. [https://doi.org/10.17044/scilifelab.22510501](https://doi.org/10.17044/scilifelab.22510501). +**How to cite the dataset:** Norder, H., Nyström, K. Patzi Churqui, M., Tunovic, T., Wang, H. (2023). Detection of SARS-CoV-2 and other human enteric viruses in wastewater from Gothenburg. [https://doi.org/10.17044/scilifelab.22510501](https://doi.org/10.17044/scilifelab.22510501). **Ideally need a new one** **How to cite method:** + +**Need to understand which have methods** Saguti, F., Magnil, E., Enache, L., Churqui, M.P., Johansson, A., Lumley, D., Davidsson, F., Dotevall, L., Mattsson, A., Trybala, E., Lagging, M., Lindh, M., Gisslen, M., Brezicka, T., Nystrom, K. and Norder, H. (2021). Surveillance of wastewater revealed peaks of SARS-CoV-2 preceding those of hospitalized patients with COVID-19. [https://doi.org/10.1016/j.watres.2020.116620](https://doi.org/10.1016/j.watres.2020.116620). Wang, H., Churqui, M.P., Tunovic, T., Enache, L., Johansson, A., Karmander, A., Nilsson, S., Lagging, M., Andersson, M., Dotevall, L., Brezicka, T., Nystrom, K. and Norder, H. (2022). The amount of SARS-CoV-2 RNA in wastewater relates to the development of the pandemic and its burden on the health system. [https://doi.org/10.1016/j.isci.2022.105000](https://doi.org/10.1016/j.isci.2022.105000). @@ -89,7 +66,13 @@ Wang, H., Churqui, M.P., Tunovic, T., Enache, L., Johansson, A., Karmander, A., Samples of wastewater were collected using a fixed-site sampler that collected 30ml per 10,000m3 of the incoming wastewater. For the purposes of analysis, seven samples (each representing a 24 hour period) were pooled to create a weekly sample. The weekly sample, which consisted of 1.5-15l of wastewater (depending on the flow) was sent to the Clinical Microbiology Laboratory at Sahlgrenska University Hospital for analysis. Analyses were conducted on the Monday after the sample was collected. -At the Clinical Microbiology Laboratory, viruses were concentrated to a final volume of 2.5ml, using a method that was developed in-house. This method uses the NanoCeram electropositive filter (Argonide, Florida, USA) as the primary means of concentration, and then ultracentrifugation as secondary concentration method ([Saguti _et al._, 2021](https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/33212338/)). Nucleic acids were extracted from 1ml of the concentrated sample using the QIAamp Circulating Nucleic Acid Kit (Qiagen, Hilden, Germany). Real-time quantitative PCR (RT-qPCR) was performed to detect the RNA-dependent RNA polymerase (RdRP) region of SARS-CoV-2. In all runs, a 10-fold serial diluted plasmid (Eurofins Genomics, Ebersberg, Germany) that contained the target SARS-CoV-2 region was used as a positive control. Nuclease-free water was used as a negative control. The Ct values from the qPCR were used to quantify the amount of SARS-CoV-2 genome in the sample. Details about the method of calculation are provided in [Saguti _et al._ (2021)](https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/33212338/). The relative amount of viral genome in the wastewater was calculated by dividing the amount of viral genome in the sample by the amount of SARS-CoV-2 genome in the incoming wastewater during week 11 (mid-March) of 2020. Samples from all subsequent weeks contained detectable SARS-CoV-2 genome. +At the Clinical Microbiology Laboratory, two methods developed in-house were used to concentrate viruses. The current method uses ultrafiltration as the primary method of concentration. Our previous method instead used an electropositive filter ([Saguti _et al._, 2021](https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/33212338/)). The two techniques were used in parallel between weeks 20 and 43 in 2023. All information related to the data collected using the previous method can be found on the page related to [historic SARS-CoV-2 data from Gothenburg](/dashboards/wastewater/covid_quantification/historic_covid_gu/). + +Nucleic acids were extracted from 1ml of the concentrated sample using the QIAamp Circulating Nucleic Acid Kit (Qiagen, Hilden, Germany). Real-time quantitative PCR (RT-qPCR) was performed to detect the RNA-dependent RNA polymerase (RdRP) region of SARS-CoV-2. In all runs, a 10-fold serial diluted plasmid (Eurofins Genomics, Ebersberg, Germany) that contained the target SARS-CoV-2 region was used as a positive control. Nuclease-free water was used as a negative control. Details about the method of calculation are provided in [Hellmér _et al._ (2014)](https://doi.org/10.1128/AEM.01981-14), [Saguti _et al._ (2021)](https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/33212338/), [Wang _et al._ (2022)](https://doi.org/10.1016/j.isci.2022.105000), and [Wang _et al._ (2023)](https://doi.org/10.1016/j.scitotenv.2023.165012). For the previous method, which was used until week 43 in 2023, the relative amount of viral genome in the wastewater was calculated by dividing the amount of viral genome in the sample by the amount of SARS-CoV-2 genome in the incoming wastewater during week 11 (mid-March) of 2020. Samples from all subsequent weeks contained detectable SARS-CoV-2 genome (see the [historic SARS-CoV-2 data from Gothenburg page to view this data](/dashboards/wastewater/covid_quantification/historic_covid_gu/)). With the new technique, the data for which is shown above, the amount of virus genomes is given as daily average amounts, as is based on one week of wastewater sampling. + +## Archived data + +- [Historic SARS-CoV-2 data from Gothenburg collected between week 7 of 2020 and week 43 of 2023](/dashboards/wastewater/covid_quantification/historic_covid_gu/).
diff --git a/content/english/dashboards/wastewater/covid_quantification/historic_covid_gu.md b/content/english/dashboards/wastewater/covid_quantification/historic_covid_gu.md new file mode 100644 index 000000000..8d86a4152 --- /dev/null +++ b/content/english/dashboards/wastewater/covid_quantification/historic_covid_gu.md @@ -0,0 +1,53 @@ +--- +title: Historic SARS-CoV-2 data from Gothenburg +plotly: true +aliases: + - /dashboards/wastewater/historic_covid_gu/ +--- + +This page shows historic wastewater epidemiology data related to SARS-CoV-2 that was collected in Gothenburg, Sweden. The data was collected by the group led by Professor Helene Norder (University of Gothenburg, GU), supported by co-workers from the University of Gothenburg and Sahlgrenska University Hospital (Hao Wang, Marianela Patzi Churqui, Timur Tunovic, Fredy Saguti, and Kristina Nyström). The data shown on this page was collected between week 7 of 2020, and week 43 of 2023 (i.e. between 10th February 2020 and 23rd October 2023). The group started to use a new method from week 20 of 2023. Data produced using this new method continues to be updated approximately weekly, and is available on the ['Amount of SARS-CoV-2 in wastewater (GU)' page](/dashboards/wastewater/covid_quantification/covid_quant_gu/). + +## Wastewater collection sites + +Influent wastewater samples were collected from Ryaverket wastewater treatment plant (WWTP) in Gothenburg by Lucica Enache at Ryaverket, Gryaab AB, Gothenburg. Wastewater sample collection began on February 10th (week 7) of 2020. Ryaverket WWTP receives wastewater from the households of more than 790,000 residents of Gothenburg, as well as from industry in the area. Wastewater is also received from residents and industry in surrounding municipalities, including Ale, Härryda, Kungälv, Lerum, Mölndal, and Partille, as well as storm and snow-melt water from older parts of Gothenburg. The amount of wastewater from households remains relatively consistent throughout the year. However, the amount of wastewater overall can be affected by the weather (with higher precipitation resulting in greater amounts). More information about the sample location, sample week, volume, and influent wastewater flow, is available in [Wang _et al._ (2022)](https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/36035197/). + +### Visualisation + +
Last updated: 2023-11-17
+ +_The blue block on the graph indicates the period where sample collection was not completed (week 45 2022 - week 2 2023)._ + +
+ Rotating your phone may improve graph layout +
+ +
+
{{< plotly json="https://blobserver.dc.scilifelab.se/blob/historic_wastewater_gothenburg.json" height="550px" >}}
+
+ +**Code used to produce plot:** [Script to produce plot](https://github.com/ScilifelabDataCentre/covid-portal-visualisations/blob/main/wastewater/gothenburg_covid.py). + +## Commentary from the research group + +
Date: 2023-11-07
Commentary:There are still low amounts of SARS-CoV-2 in Gothenburg's wastewater. However, there was a small increase in weeks 41, 42, and 43 but there are still low levels.
+ +{{< ww_dynamic_content >}} + +### Dataset + +**Download the data:** [Quantification of SARS-CoV-2 and enteric viruses in wastewater](https://blobserver.dc.scilifelab.se/blob/wastewater_data_gu_allviruses.xlsx). Results are available for SARS-CoV-2 from week 7 of 2020 (with a small gap over winter 2022-2023), and for enteric viruses from week 2 of 2023. The last data entry is week 43 of 2023 for both types of data. + +**Contact:** + +**How to cite the dataset:** Norder, H., Nyström, K. Patzi Churqui, M., Tunovic, T., Wang, H. (2023). Detection of SARS-CoV-2 and other human enteric viruses in wastewater from Gothenburg. [https://doi.org/10.17044/scilifelab.22510501](https://doi.org/10.17044/scilifelab.22510501). + +**How to cite method:** +Saguti, F., Magnil, E., Enache, L., Churqui, M.P., Johansson, A., Lumley, D., Davidsson, F., Dotevall, L., Mattsson, A., Trybala, E., Lagging, M., Lindh, M., Gisslen, M., Brezicka, T., Nystrom, K. and Norder, H. (2021). Surveillance of wastewater revealed peaks of SARS-CoV-2 preceding those of hospitalized patients with COVID-19. [https://doi.org/10.1016/j.watres.2020.116620](https://doi.org/10.1016/j.watres.2020.116620). + +Wang, H., Churqui, M.P., Tunovic, T., Enache, L., Johansson, A., Karmander, A., Nilsson, S., Lagging, M., Andersson, M., Dotevall, L., Brezicka, T., Nystrom, K. and Norder, H. (2022). The amount of SARS-CoV-2 RNA in wastewater relates to the development of the pandemic and its burden on the health system. [https://doi.org/10.1016/j.isci.2022.105000](https://doi.org/10.1016/j.isci.2022.105000). + +## Methods + +Samples of wastewater were collected using a fixed-site sampler that collected 30ml per 10,000m3 of the incoming wastewater. For the purposes of analysis, seven samples (each representing a 24 hour period) were pooled to create a weekly sample. The weekly sample, which consisted of 1.5-15l of wastewater (depending on the flow) was sent to the Clinical Microbiology Laboratory at Sahlgrenska University Hospital for analysis. Analyses were conducted on the Monday after the sample was collected. + +At the Clinical Microbiology Laboratory, viruses were concentrated to a final volume of 2.5ml, using a method that was developed in-house. This method uses the NanoCeram electropositive filter (Argonide, Florida, USA) as the primary means of concentration, and then ultracentrifugation as secondary concentration method ([Saguti _et al._, 2021](https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/33212338/)). Nucleic acids were extracted from 1ml of the concentrated sample using the QIAamp Circulating Nucleic Acid Kit (Qiagen, Hilden, Germany). Real-time quantitative PCR (RT-qPCR) was performed to detect the RNA-dependent RNA polymerase (RdRP) region of SARS-CoV-2. In all runs, a 10-fold serial diluted plasmid (Eurofins Genomics, Ebersberg, Germany) that contained the target SARS-CoV-2 region was used as a positive control. Nuclease-free water was used as a negative control. The Ct values from the qPCR were used to quantify the amount of SARS-CoV-2 genome in the sample. Details about the method of calculation are provided in [Saguti _et al._ (2021)](https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/33212338/). The relative amount of viral genome in the wastewater was calculated by dividing the amount of viral genome in the sample by the amount of SARS-CoV-2 genome in the incoming wastewater during week 11 (mid-March) of 2020. Samples from all subsequent weeks contained detectable SARS-CoV-2 genome. diff --git a/content/english/dashboards/wastewater/enteric_quantification/_index.md b/content/english/dashboards/wastewater/enteric_quantification/_index.md index 3228ddb62..2218bc051 100644 --- a/content/english/dashboards/wastewater/enteric_quantification/_index.md +++ b/content/english/dashboards/wastewater/enteric_quantification/_index.md @@ -16,17 +16,17 @@ Enteric viruses are a large group of viruses including, for example, calicivirus Wastewater contains many different types of viruses that infect humans because viruses are shed in the faeces and urine of infected individuals. The Norder group at the University of Gothenburg showed that the relative levels of some enteric viruses in wastewater could be used to predict upcoming outbreaks ([Hellmér _et al._, 2014](https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/25172863/)). Indeed, previous studies by the Norder group have shown that the levels of noroviruses in wastewater increase 1-2 weeks before larger outbreaks in nursing homes and hospital wards. -In 2017, and since 2020, the Norder group at the University of Gothenburg (GU) conducted weekly monitoring of the levels of some enteric viruses in wastewater. They quantify the levels of enteroviruses (including poliovirus), adenoviruses, GG2 (a norovirus causing winter vomiting disease), astroviruses, sapoviruses and also pepper molt mild virus (PMMoV). This page details the [methods used in monitoring](#methods), as well as [brief summary information about the viruses](#basic-virus-information), and [information about the data collected](#dataset). Only the data collected since 2023 are included on this page. +In 2017, and since 2020, the Norder group at the University of Gothenburg (GU) conducted weekly monitoring of the levels of some enteric viruses in wastewater. They quantify the levels of enteroviruses (including poliovirus), adenoviruses, GG2 (a norovirus causing winter vomiting disease), astroviruses, sapoviruses and also pepper molt mild virus (PMMoV). This page focuses on data produced using an updated method for quantification that was used from week 20 (15th May) of 2023. This method was used in parallel with a previous method until week 43 of 2023. Data produced using that previous method between week 2 and week 43 of 2023 (i.e. 9th January and 23rd October 2023) are available on the page related to [historic enteric virus data from Gothenburg](/dashboards/wastewater/enteric_quantification/historic_enteric_gu/). -The enteric virus monitoring by the Norder group was done alongside their ongoing monitoring of SARS-CoV-2 in wastewater, the data for which is [also shared on this portal](/dashboards/wastewater/covid_quantification/covid_quant_gu/). +This page details the [latest method used in monitoring](#methods), as well as [a brief summary information about the viruses](#basic-virus-information), and [information about the data collected](#dataset). -The project is led by Professor Heléne Norder (University of Gothenburg, GU), and supported by co-workers from the University of Gothenburg and Sahlgrenska University Hospital (Marianela Patzi Churqui, Timur Tunovic, Hao Wang, Fredy Saguti, and Kristina Nyström). The wastewater sample collections are performed by Lucica Enache at Ryaverket, Gryaab AB, Gothenburg. +The enteric virus monitoring by the Norder group was done alongside their ongoing monitoring of SARS-CoV-2 in wastewater, the data for which are [also shared on this portal](/dashboards/wastewater/covid_quantification/covid_quant_gu/). -The data and visualisations on this page will be updated approximately weekly. +The data and visualisations on this page will be updated **approximately weekly**. ## Wastewater collection sites -The wastewater samples for virus analysis are collected at Ryaverket's wastewater treatment plant in Gothenburg (see the methods section below for details). The Ryaverket treatment plant receives wastewater from all of the households in Gothenburg, which includes 790,000 inhabitants, as well as from industry in the area. Wastewater is also received from industry and residents in surrounding municipalities, including Ale, Härryda, Kungälv, Lerum, Mölndal, and Partille, and also from storm and snowmelt water from older parts of Gothenburg. +Influent wastewater samples were collected from Ryaverket wastewater treatment plant (WWTP) in Gothenburg by Lucica Enache at Ryaverket, Gryaab AB, Gothenburg (see the methods section below for details). The Ryaverket treatment plant receives wastewater from all of the households in Gothenburg, which includes 790,000 inhabitants, as well as from industry in the area. Wastewater is also received from industry and residents in surrounding municipalities, including Ale, Härryda, Kungälv, Lerum, Mölndal, and Partille, and also from storm and snowmelt water from older parts of Gothenburg. ## Visualisations @@ -39,14 +39,29 @@ Please see [the section with summary information about the viruses](#basic-virus
-
{{< plotly json="https://blobserver.dc.scilifelab.se/blob/enteric_graph_gu.json" height="550px" >}}
+
{{< plotly json="https://blobserver.dc.scilifelab.se/blob/enteric_graph_gu_new.json" height="550px" >}}
-**Code used to produce plot:** [Script to produce plot](https://github.com/ScilifelabDataCentre/covid-portal-visualisations/blob/main/wastewater/enteric_viruses_gu.py). +**Code used to produce plot:** [Script to produce plot](https://github.com/ScilifelabDataCentre/covid-portal-visualisations/blob/main/wastewater/historic_enteric_viruses_gu.py). ## Commentary from the research group -
Date:
Commentary:
+ +
Date: 2023-11-23
Commentary: From week 20 we have implemented a new concentration method for virus detection. The new technology is ultrafiltration and has been used in parallel with our standard method until now. The new technique has higher sensitivity for the detection and recovery of viruses and has a shorter processing time. The new figure displays the total number of viral genome copies per day instead of the relative amount of viral genomes previously used for SARS-CoV-2. As a result, the baseline for the detection is elevated. + +Three weeks after the schools started in Gothenburg, the levels of enterovirus increased in the wastewater and is now decreasing again. Enterovirus often peaks in late summer and early autumn. This virus may cause outbreaks usually among children and adolescents. Rhinoviruses cause common cold and often peaks during early autumn and colder seasons. There were many rhinovirus infections in Gothenburg during late August/early September which may explain some of the increase during weeks 40-43. + +No major outbreak caused by the other investigated viruses has been identified until now. + +In February we had a minor increase in norovirus GG2 (winter vomiting disease virus) a little earlier than usual and it decreased by week 11. Some minor increases also occurred in late May, but no major outbreak was observed. + +For astrovirus, there was a small outbreak in weeks 9 and 10 (end of February and start of March). A slight increase is now observed as expected. + +Sapovirus peaked slightly in week 14 (early April). + +Adenovirus peaked slightly in week 10, no additional increase has been observed. From week 22 we have improved the technology's sensitivity for adenovirus detection, which means that the baseline for adenovirus detection is elevated. During summer (from June to the beginning of August), Adenovirus showed an increase during weeks 26 to 32. + +The amount of pepper mild mottle virus (PMMoV) has varied more than 10-fold during the year. This virus is often used as an indicator of fecal contamination of water. In commercial assays for SARS-CoV-2 detection, quantification of PMMoV is used as an indicator of the number of people contributing to the wastewater, assuming we consume the same amount of peppers and chilies every week. It increased in early June and around midsummer, indicating an increase in our pepper consumption during those weeks rather than an increase in the number of people contributing to the wastewater during those weeks.
{{< ww_dynamic_content >}}
@@ -55,16 +70,20 @@ Please see [the section with summary information about the viruses](#basic-virus ###### **Download the data:** -[Quantification of SARS-CoV-2 and enteric viruses in wastewater](https://blobserver.dckube.scilifelab.se/blob/wastewater_data_gu_allviruses.xlsx). Results are available for SARS-CoV-2 from week 7 of 2020 (with a small gap over winter 2022-2023), and for enteric viruses from week 2 of 2023. Updated weekly. +[Quantification of SARS-CoV-2 and enteric viruses in wastewater](https://blobserver.dckube.scilifelab.se/blob/wastewater_data_gu_allviruses.xlsx). Results are available for SARS-CoV-2 and enteric viruses from week 20 of 2023. Updated weekly. **Contact:** ###### **How to cite the dataset:** +**Need to confirm all citations are approproate- need updated figshare entry** + Norder, H., Nyström, K. Patzi Churqui, M., Tunovic, T., Wang, H. (2023). Detection of SARS-CoV-2 and other human enteric viruses in wastewater from Gothenburg. [https://doi.org/10.17044/scilifelab.22510501](https://doi.org/10.17044/scilifelab.22510501). ###### **How to cite method:** +**Need to confirm that this is an appropriate citation** + Hellmér, M., Paxéus, N., Magnius, L., Enache, L., Arnholm, B., Johansson, A., Bergström, T., and Norder, H. (2014). Detection of pathogenic viruses in sewage provided early warnings of hepatitis A virus and norovirus outbreaks. [https://doi.org/10.1128/AEM.01981-14](https://doi.org/10.1128/AEM.01981-14). Saguti, F., Magnil, E., Enache, L., Churqui, M.P., Johansson, A., Lumley, D., Davidsson, F., Dotevall, L., Mattsson, A., Trybala, E., Lagging, M., Lindh, M., Gisslen, M., Brezicka, T., Nystrom, K. and Norder, H. (2021). Surveillance of wastewater revealed peaks of SARS-CoV-2 preceding those of hospitalized patients with COVID-19. [https://doi.org/10.1016/j.watres.2020.116620](https://doi.org/10.1016/j.watres.2020.116620). @@ -73,9 +92,15 @@ Wang, H., Churqui, M.P., Tunovic, T., Enache, L., Johansson, A., Karmander, A., ## Methods -Samples of wastewater are collected using a fixed-site sampler that collects 30ml per 10,000m3 of the incoming wastewater. For the purposes of analysis, seven samples (each representing a 24 hour period) were pooled to create a weekly sample. Part of this weekly sample was sent to the Clinical Microbiology Laboratory at Sahlgrenska University Hospital for analysis. The amount of sample sent varies between 1.5-15l of wastewater depending on the flow, which is determined in large part by the weather. Whilst the amount of wastewater from households and industry is generally reasonably constant over time, the overall levels of wastewater are affected by weather conditions. For example, the levels are higher when the levels of rainfall are high. In order to account for this during analysis, the samples to be analysed for viruses are flow-weighted. This means that the amount of wastewater collected and analysed relates to the flow of incoming wastewater. More information on this can be found in [Hellmér _et al._ (2014)](https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/25172863/) and [Wang _et al._ (2022)](https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/36035197/). +Samples of wastewater are collected using a fixed-site sampler that collects 30ml per 10,000m3 of the incoming wastewater. For the purposes of analysis, seven samples (each representing a 24 hour period) were pooled to create a weekly sample. Part of this weekly sample was sent to the Clinical Microbiology Laboratory at Sahlgrenska University Hospital for analysis. The amount of sample sent varies between 1.5-15l of wastewater, depending on the flow. Whilst the amount of wastewater from households and industry is generally reasonably constant over time, the overall levels of wastewater are affected by weather conditions. For example, the levels are higher when the levels of rainfall are high. In order to account for this during analysis, the samples to be analysed for viruses are flow-weighted. This means that the amount of wastewater collected and analysed relates to the flow of incoming wastewater. More information on this can be found in [Hellmér _et al._ (2014)](https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/25172863/) and [Wang _et al._ (2022)](https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/36035197/). + +At the Clinical Microbiology Laboratory, two methods developed in-house were used to concentrate viruses. The current method used involves ultrafiltration as the main concentration method. Our previous method used an electropositive filter (Argonide, Florida, USA) as the primary means of concentration ([Saguti _et al._, 2021](https://doi.org/10.1016/j.watres.2020.116620)). + +Nucleic acids are extracted from 1ml of the concentrated sample using the QIAamp Circulating Nucleic Acid Kit (Qiagen, Hilden, Germany). Real-time quantitative PCR (RT-qPCR) is performed to detect and quantify the viral genomes. Details about the method of calculation are provided in [Hellmér et al. (2014)](https://doi.org/10.1128/AEM.01981-14), [Saguti _et al._ (2021)](https://doi.org/10.1016/j.watres.2020.116620), [Wang _et al._ (2022)](https://doi.org/10.1016/j.isci.2022.105000), and [Wang _et al._ (2023)](https://doi.org/10.1016/j.scitotenv.2023.165012). With both techniques, the amounts of the different virus genomes are given as daily average amounts, as they are based on one week of wastewater sampling. + +## Archived data -At the Clinical Microbiology Laboratory, viruses are concentrated to a final volume of 2.5ml using a method that was developed in-house. This method uses the NanoCeram electropositive filter (Argonide, Florida, USA) as the primary means of concentration, and then ultracentrifugation as secondary concentration method ([Saguti et al., 2021](https://doi.org/10.1016/j.watres.2020.116620)). Nucleic acids are extracted from 1ml of the concentrated sample using the QIAamp Circulating Nucleic Acid Kit (Qiagen, Hilden, Germany). Real-time quantitative PCR (RT-qPCR) is performed to detect and quantify the viral genomes Details about the method of calculation are provided in [Hellmér et al. (2014)](https://doi.org/10.1128/AEM.01981-14), [Saguti et al. (2021)](https://doi.org/10.1016/j.watres.2020.116620), and [Wang et al. (2022)](https://doi.org/10.1016/j.isci.2022.105000). +[Historic enteric virus data from Gothenburg collected between week 2 and week 43 of 2023](/dashboards/wastewater/enteric_quantification/historic_enteric_gu/). ### Basic virus information diff --git a/content/english/dashboards/wastewater/enteric_quantification/historic_enteric_gu.md b/content/english/dashboards/wastewater/enteric_quantification/historic_enteric_gu.md new file mode 100644 index 000000000..3bef61fb9 --- /dev/null +++ b/content/english/dashboards/wastewater/enteric_quantification/historic_enteric_gu.md @@ -0,0 +1,97 @@ +--- +title: Historic enteric virus data from Gothenburg +plotly: true +aliases: + - /dashboards/wastewater/historic_enteric_GU/ +--- + +This page shows historic wastewater epidemiology data for enteric viruses. The data was collected in Gothenburg, Sweden by the group led by Professor Helene Norder (University of Gothenburg, GU). The work was supported by co-workers from the University of Gothenburg and Sahlgrenska University Hospital (Hao Wang, Marianela Patzi Churqui, Timur Tunovic, Fredy Saguti, and Kristina Nyström), and Lucica Enache at Ryaverket, Gryaab AB, Gothenburg. The data shown on this page was collected between week 2 and week 43 of 2023 (i.e. between 9th January and 23rd October 2023). The group started to use a new method from week 20 of 2023 (15th May). Data produced using this new method continues to be updated approximately weekly, and is available on the ['Amount of enteric virus in wastewater (GU)' page](../). + +## Introduction + +Enteric viruses are a large group of viruses including, for example, calicivirus (including norovirus and sapovirus), adenoviruses, and astroviruses. They are transmitted via faecal-oral route, and cause enteric disease (i.e. diseases with symptoms such as nausea, diarrhea, and vomiting). + +Wastewater contains many different types of viruses that infect humans because viruses are shed in the faeces and urine of infected individuals. The Norder group at the University of Gothenburg showed that the relative levels of some enteric viruses in wastewater could be used to predict upcoming outbreaks ([Hellmér _et al._, 2014](https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/25172863/)). Indeed, previous studies by the Norder group have shown that the levels of noroviruses in wastewater increase 1-2 weeks before larger outbreaks in nursing homes and hospital wards. + +In 2017, and since 2020, the Norder group at the University of Gothenburg (GU) conducted weekly monitoring of the levels of some enteric viruses in wastewater. They quantify the levels of enteroviruses (including poliovirus), adenoviruses, GG2 (a norovirus causing winter vomiting disease), astroviruses, sapoviruses and also pepper molt mild virus (PMMoV). This page details the [historic methods used in monitoring](#methods), as well as [a brief summary information about the viruses](#basic-virus-information), and [information about citing the historic data](#dataset). Data collected using the updated method is available on the page ['Amount of enteric virus in wastewater (GU)'](../). + +The enteric virus monitoring by the Norder group was done alongside their ongoing monitoring of SARS-CoV-2 in wastewater, the data for which is [also shared on this portal](/dashboards/wastewater/covid_quantification/covid_quant_gu/). + +## Wastewater collection sites + +Influent wastewater samples were collected from Ryaverket wastewater treatment plant (WWTP) in Gothenburg by Lucica Enache at Ryaverket, Gryaab AB, Gothenburg (see the methods section below for details). The Ryaverket treatment plant receives wastewater from all of the households in Gothenburg, which includes 790,000 inhabitants, as well as from industry in the area. Wastewater is also received from industry and residents in surrounding municipalities, including Ale, Härryda, Kungälv, Lerum, Mölndal, and Partille, and also from storm and snowmelt water from older parts of Gothenburg. + +## Visualisations + +
Last updated: 2023-11-17
+ +Please see [the section with summary information about the viruses](#basic-virus-information) for more information on each of the viruses for which data was collected. + +
+ Rotating your phone may improve graph layout +
+ +
+
{{< plotly json="https://blobserver.dc.scilifelab.se/blob/historic_enteric_graph_gu.json" height="550px" >}}
+
+ +**Code used to produce plot:** [Script to produce plot](https://github.com/ScilifelabDataCentre/covid-portal-visualisations/blob/main/wastewater/enteric_viruses_gu.py). + +## Commentary from the research group + +
Date: 2023-11-07
Commentary: Three weeks after the schools started in Gothenburg, the levels of enterovirus increased in the wastewater. Enterovirus often peaks in late summer and early autumn, and outbreaks of rhinovirus and enterovirus especially infect young people. + +None of the other investigated viruses have caused major outbreaks until now. + +In February we had a minor increase in norovirus GG2 (winter vomiting disease virus) a little earlier than usual and it decreased by week 11. Some minor increases also occurred in late May, but no major outbreak was observed. + +For astrovirus there was a small outbreak in weeks 9 and 10 (end of February and start of March). A slightly increase is now observed as expected. + +Sapovirus peaked slightly in week 14 (early April). + +Adenovirus peaked slightly in week 10, no additional increase has been observed. From week 22 we have improved the technology's sensitivity for adenovirus detection, which means that the baseline for adenovirus detection is elevated. During summer (from June to the beginning of August), Adenovirus showed an increase during weeks 26 to 32. + +The amount of pepper mild mottle virus (PMMoV) has varied more than 10-fold during the year. This virus is often used as an indicator of fecal contamination of water. In commercial assays for SARS-CoV-2 detection, quantification of PMMoV is used as an indicator of the number of people contributing to the wastewater, assuming we consume the same amount of peppers and chilies every week. It increased in early June and around midsummer, indicating an increase in our pepper consumption during those weeks rather than an increase in the number of people contributing to the wastewater during those weeks. + +
+ +{{< ww_dynamic_content >}} +
+ +## Dataset + +**Download the data:** [Quantification of SARS-CoV-2 and enteric viruses in wastewater](https://blobserver.dc.scilifelab.se/blob/wastewater_data_gu_allviruses.xlsx). Results are available for SARS-CoV-2 from week 7 of 2020 (with a small gap over winter 2022-2023), and for enteric viruses from week 2 of 2023. The last data entry is week 43 of 2023 for both types of data. + +**Contact:** + +###### **How to cite the dataset:** + +Norder, H., Nyström, K. Patzi Churqui, M., Tunovic, T., Wang, H. (2023). Detection of SARS-CoV-2 and other human enteric viruses in wastewater from Gothenburg. [https://doi.org/10.17044/scilifelab.22510501](https://doi.org/10.17044/scilifelab.22510501). + +###### **How to cite method:** + +Hellmér, M., Paxéus, N., Magnius, L., Enache, L., Arnholm, B., Johansson, A., Bergström, T., and Norder, H. (2014). Detection of pathogenic viruses in sewage provided early warnings of hepatitis A virus and norovirus outbreaks. [https://doi.org/10.1128/AEM.01981-14](https://doi.org/10.1128/AEM.01981-14). + +Saguti, F., Magnil, E., Enache, L., Churqui, M.P., Johansson, A., Lumley, D., Davidsson, F., Dotevall, L., Mattsson, A., Trybala, E., Lagging, M., Lindh, M., Gisslen, M., Brezicka, T., Nystrom, K. and Norder, H. (2021). Surveillance of wastewater revealed peaks of SARS-CoV-2 preceding those of hospitalized patients with COVID-19. [https://doi.org/10.1016/j.watres.2020.116620](https://doi.org/10.1016/j.watres.2020.116620). + +Wang, H., Churqui, M.P., Tunovic, T., Enache, L., Johansson, A., Karmander, A., Nilsson, S., Lagging, M., Andersson, M., Dotevall, L., Brezicka, T., Nystrom, K. and Norder, H. (2022). The amount of SARS-CoV-2 RNA in wastewater relates to the development of the pandemic and its burden on the health system. [https://doi.org/10.1016/j.isci.2022.105000](https://doi.org/10.1016/j.isci.2022.105000). + +## Methods + +Samples of wastewater were collected using a fixed-site sampler that collects 30ml per 10,000m3 of the incoming wastewater. For the purposes of analysis, seven samples (each representing a 24 hour period) were pooled to create a weekly sample. Part of this weekly sample was sent to the Clinical Microbiology Laboratory at Sahlgrenska University Hospital for analysis. The amount of sample sent varies between 1.5-15l of wastewater depending on the flow, which is determined in large part by the weather. Whilst the amount of wastewater from households and industry is generally reasonably constant over time, the overall levels of wastewater are affected by weather conditions. For example, the levels are higher when the levels of rainfall are high. In order to account for this during analysis, the samples to be analysed for viruses were flow-weighted. This means that the amount of wastewater collected and analysed related to the flow of incoming wastewater. More information on this can be found in [Hellmér _et al._ (2014)](https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/25172863/) and [Wang _et al._ (2022)](https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/36035197/). + +At the Clinical Microbiology Laboratory, viruses were concentrated to a final volume of 2.5ml using a method that was developed in-house. This method used the NanoCeram electropositive filter (Argonide, Florida, USA) as the primary means of concentration, and then ultracentrifugation as secondary concentration method ([Saguti et al., 2021](https://doi.org/10.1016/j.watres.2020.116620)). Nucleic acids were extracted from 1ml of the concentrated sample using the QIAamp Circulating Nucleic Acid Kit (Qiagen, Hilden, Germany). Real-time quantitative PCR (RT-qPCR) was performed to detect and quantify the viral genomes. Details about the method of calculation are provided in [Hellmér et al. (2014)](https://doi.org/10.1128/AEM.01981-14), [Saguti et al. (2021)](https://doi.org/10.1016/j.watres.2020.116620), and [Wang et al. (2022)](https://doi.org/10.1016/j.isci.2022.105000). + +### Basic virus information + +**Enterovirus** is the largest genus of enteric viruses infecting humans. It includes 15 species with several types classified within each species. In two of these species, enteroviruses (EV) and rhinoviruses (RV), there are around 300 types infecting humans (112 EV-A to -D types (including polioviruses) and 169 RV-A to -C types). Immunity to one type does not confer immunity to another (i.e. there is no cross-immunity). EV infections are usually seen in children and young adults. Infections can cause flu-like symptoms, conjunctivitis, myocarditis, meningitis, encephalitis, and flaccid paralysis. These viruses can cause larger outbreaks. About every 5 to 7 years, there is an outbreak of meningitis among young people in Europe caused by an EV type belonging to EV-A-C. RV infections are common in all ages, especially in winter. Infections are usually mild, but can also cause flu-like symptoms, diseases of the lower respiratory tract, and/or worsen chronic diseases (e.g. asthma). + +**Adenoviruses** belong to the _Adenoviridae_ family. There are 88 types of human adenoviruses, classified into 7 species (HAdV-A to -G). Different types infect different organs or organ systems (i.e. they have different tissue tropisms). In humans, adenoviruses often cause respiratory diseases. Symptoms can be flu-like (i.e. sore throat, acute bronchitis, and pneumonia (HAdV-B and C)) but can also include conjunctivitis (HAdV-B and D) and gastroenteritis (HAdV-F and G). Serious complications after an adenovirus infection are rare. Children under the age of 9 are at greatest risk of symptomatic infection, but adults may also be affected (mainly by eye inflammation and gastroenteritis). These viruses do not cause epidemics but can spread between adults in crowded environments such as hospitals and military installations, or in swimming pools. + +**Norovirus**, including GG2 (more commonly known as “winter vomiting disease virus”), belong to the _Caliciviridae_ family. The number of norovirus cases usually peaks in the winter (January/February). The infection can cause serious complications among the immunosuppressed and the elderly (see [Folkhälsomyndigheten](https://www.folkhalsomyndigheten.se/smittskydd-beredskap/smittsamma-sjukdomar/calicivirus-noro-och-sapovirus/) for more information). GG2 is highly contagious and spreads rapidly in environments where individuals are in close contact. The incubation period is short, between 12 and 48 hours. Although GG2-infected individuals recover quickly, they may be infectious for 2 days after recovery. Immunity is short-lived and because there are several GG2 genotypes, so an individual can get sick multiple times. + +**Astroviruses** belong to the _Astroviridae_ family and infect birds and mammals. Those infecting humans (HAst) are part of the _Mamastrovirus_ genus, they form 8 species (HAst1 to 8) and an additional 7 unclassified types. HAst mainly cause illness in children and the elderly. Most often they cause gastroenteritis, but can also cause headache, nausea, vomiting, low-grade fever, and (in rare cases) encephalitis. The incubation period is 1-4 days and infections usually resolve in 2-4 days. In temperate climates, astrovirus infections are most common in winter and spring. Most children have developed immunity by the age of 10, so infections are uncommon in immunocompetent adults. However, immunity tends to wane over time, so older people can be at risk of symptomatic infection. Outbreaks are often seen in daycare centers and nursing homes. + +**Sapovirus**, like norovirus, belongs to the _Calicivirdae_ family and infect both humans and animals. Sapporovirus (SaV) is the only species of sapovirus. There are five genogroups of SaV (GI to GV), with GI, GII, GIV, and GV infecting humans and being one of the most common causes of acute gastroenteritis (along with norovirus). Symptoms include diarrhea and vomiting, which are often accompanied by fever, nausea, and stomach cramps. The incubation period is similar to GG2 (12-48 hours), but symptoms are usually milder and last 2-6 days. In the past, SaV was thought to exclusively infect children, but there is increasing evidence that most age groups can be infected. Outbreaks of SaV have been reported from schools, childcare, adult long-term care, and hospitals, often due to contaminated food. + +**Pepper mild mottle virus (PMMoV)** is a plant virus infecting plants in the genus _Capsicum_, such as peppers, chili peppers, cayenne peppers, etc. When humans consume any of these plants, which are often infected with PMMoV, the virus is excreted in the faeces. This virus is often used as an indicator of faecal contamination of water (e.g. recreational waters and raw water). In commercial assays for SARS-CoV-2 detection, quantification of PMMoV is used as an indicator of the number of people contributing to the wastewater; inherently assuming that people consume the same amount of peppers and chilies every week. However, according to the experience of the Norder group at GU, the levels of PPMoV in the wastewater in Gothenburg are higher in the summer (indicating that the inhabitants consume more of these plants during this time of year). In their analyses, it is used as a control of the technique. From bc1a8768f44378534ac87df0d43dcdc150741b65 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: LianeHughes <68756672+LianeHughes@users.noreply.github.com> Date: Fri, 1 Dec 2023 07:00:43 +0100 Subject: [PATCH 02/11] fix md --- .../wastewater/enteric_quantification/_index.md | 8 ++------ 1 file changed, 2 insertions(+), 6 deletions(-) diff --git a/content/english/dashboards/wastewater/enteric_quantification/_index.md b/content/english/dashboards/wastewater/enteric_quantification/_index.md index 2218bc051..e70ff0270 100644 --- a/content/english/dashboards/wastewater/enteric_quantification/_index.md +++ b/content/english/dashboards/wastewater/enteric_quantification/_index.md @@ -74,15 +74,11 @@ The amount of pepper mild mottle virus (PMMoV) has varied more than 10-fold duri **Contact:** -###### **How to cite the dataset:** - -**Need to confirm all citations are approproate- need updated figshare entry** +###### **How to cite the dataset:\*\***Need to confirm all citations are approproate- need updated figshare entry\*\* Norder, H., Nyström, K. Patzi Churqui, M., Tunovic, T., Wang, H. (2023). Detection of SARS-CoV-2 and other human enteric viruses in wastewater from Gothenburg. [https://doi.org/10.17044/scilifelab.22510501](https://doi.org/10.17044/scilifelab.22510501). -###### **How to cite method:** - -**Need to confirm that this is an appropriate citation** +###### **How to cite method:** **Need to confirm that this is an appropriate citation** Hellmér, M., Paxéus, N., Magnius, L., Enache, L., Arnholm, B., Johansson, A., Bergström, T., and Norder, H. (2014). Detection of pathogenic viruses in sewage provided early warnings of hepatitis A virus and norovirus outbreaks. [https://doi.org/10.1128/AEM.01981-14](https://doi.org/10.1128/AEM.01981-14). From c9d8e01db8e8d15b6a8c1bb6d61d68bd53f3c10b Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: LianeHughes <68756672+LianeHughes@users.noreply.github.com> Date: Fri, 8 Dec 2023 19:14:06 +0100 Subject: [PATCH 03/11] remove notes --- .../wastewater/covid_quantification/covid_quant_GU.md | 3 +-- .../dashboards/wastewater/enteric_quantification/_index.md | 4 ++-- 2 files changed, 3 insertions(+), 4 deletions(-) diff --git a/content/english/dashboards/wastewater/covid_quantification/covid_quant_GU.md b/content/english/dashboards/wastewater/covid_quantification/covid_quant_GU.md index 459ac6e72..a6dce4241 100644 --- a/content/english/dashboards/wastewater/covid_quantification/covid_quant_GU.md +++ b/content/english/dashboards/wastewater/covid_quantification/covid_quant_GU.md @@ -53,11 +53,10 @@ There has been a slight increase in the amount of SARS-CoV-2 in Gothenburg's was **Contact:** -**How to cite the dataset:** Norder, H., Nyström, K. Patzi Churqui, M., Tunovic, T., Wang, H. (2023). Detection of SARS-CoV-2 and other human enteric viruses in wastewater from Gothenburg. [https://doi.org/10.17044/scilifelab.22510501](https://doi.org/10.17044/scilifelab.22510501). **Ideally need a new one** +**How to cite the dataset:** Norder, H., Nyström, K. Patzi Churqui, M., Tunovic, T., Wang, H. (2023). Detection of SARS-CoV-2 and other human enteric viruses in wastewater from Gothenburg. [https://doi.org/10.17044/scilifelab.22510501](https://doi.org/10.17044/scilifelab.22510501). **How to cite method:** -**Need to understand which have methods** Saguti, F., Magnil, E., Enache, L., Churqui, M.P., Johansson, A., Lumley, D., Davidsson, F., Dotevall, L., Mattsson, A., Trybala, E., Lagging, M., Lindh, M., Gisslen, M., Brezicka, T., Nystrom, K. and Norder, H. (2021). Surveillance of wastewater revealed peaks of SARS-CoV-2 preceding those of hospitalized patients with COVID-19. [https://doi.org/10.1016/j.watres.2020.116620](https://doi.org/10.1016/j.watres.2020.116620). Wang, H., Churqui, M.P., Tunovic, T., Enache, L., Johansson, A., Karmander, A., Nilsson, S., Lagging, M., Andersson, M., Dotevall, L., Brezicka, T., Nystrom, K. and Norder, H. (2022). The amount of SARS-CoV-2 RNA in wastewater relates to the development of the pandemic and its burden on the health system. [https://doi.org/10.1016/j.isci.2022.105000](https://doi.org/10.1016/j.isci.2022.105000). diff --git a/content/english/dashboards/wastewater/enteric_quantification/_index.md b/content/english/dashboards/wastewater/enteric_quantification/_index.md index e70ff0270..9e50e5ce6 100644 --- a/content/english/dashboards/wastewater/enteric_quantification/_index.md +++ b/content/english/dashboards/wastewater/enteric_quantification/_index.md @@ -74,11 +74,11 @@ The amount of pepper mild mottle virus (PMMoV) has varied more than 10-fold duri **Contact:** -###### **How to cite the dataset:\*\***Need to confirm all citations are approproate- need updated figshare entry\*\* +###### **How to cite the dataset:** Norder, H., Nyström, K. Patzi Churqui, M., Tunovic, T., Wang, H. (2023). Detection of SARS-CoV-2 and other human enteric viruses in wastewater from Gothenburg. [https://doi.org/10.17044/scilifelab.22510501](https://doi.org/10.17044/scilifelab.22510501). -###### **How to cite method:** **Need to confirm that this is an appropriate citation** +###### **How to cite method:** Hellmér, M., Paxéus, N., Magnius, L., Enache, L., Arnholm, B., Johansson, A., Bergström, T., and Norder, H. (2014). Detection of pathogenic viruses in sewage provided early warnings of hepatitis A virus and norovirus outbreaks. [https://doi.org/10.1128/AEM.01981-14](https://doi.org/10.1128/AEM.01981-14). From 4ca8aa810b75d7cc9a347da6ffd5f80adfb4cd68 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Kazi Jahurul Islam Date: Thu, 4 Jan 2024 14:12:35 +0100 Subject: [PATCH 04/11] added sv version file for historic entric virus Chores: - added sv version file for Historic enteric virus data from Gothenburg - Updated content before introduction. --- .../historic_enteric_gu.md | 97 +++++++++++++++++++ 1 file changed, 97 insertions(+) create mode 100644 content/svenska/dashboards/wastewater/enteric_quantification/historic_enteric_gu.md diff --git a/content/svenska/dashboards/wastewater/enteric_quantification/historic_enteric_gu.md b/content/svenska/dashboards/wastewater/enteric_quantification/historic_enteric_gu.md new file mode 100644 index 000000000..8796a49c0 --- /dev/null +++ b/content/svenska/dashboards/wastewater/enteric_quantification/historic_enteric_gu.md @@ -0,0 +1,97 @@ +--- +title: Historic enteric virus data from Gothenburg +plotly: true +aliases: + - /sv/dashboards/wastewater/historic_enteric_GU/ +--- + +Denna webbsida visar historiska enteriska virusdata relaterade till SARS-CoV-2 i Göteborg, Sverige. Data har insamlats av Helene Norders forskargrupp vid Göteborgs universitet, i samarbete med andra medarbetare från Göteborgs universitet och Sahlgrenska universitetssjukhuset (Hao Wang, Marianela Patzi Churqui, Timur Tunovic, Fredy Saguti, and Kristina Nyström), och Lucica Enache at Ryaverket, Gryaab AB, Gothenburg. Data som visas på denna sida samlades in mellan vecka 2 och vecka 42 2023 (dvs mellan 9 januari och 23 oktober 2023) vid Ryaverket. Forskargruppen började under vecka 20 2023 att använda en ny metod för att studera SARS-CoV-2. Alla forskningsdata som använder den nya metoden finns tillgängliga här ['Amount of enteric virus in wastewater (GU)' page](../) och data uppdateras ungefär en gång per vecka. + +## Introduction + +Enteric viruses are a large group of viruses including, for example, calicivirus (including norovirus and sapovirus), adenoviruses, and astroviruses. They are transmitted via faecal-oral route, and cause enteric disease (i.e. diseases with symptoms such as nausea, diarrhea, and vomiting). + +Wastewater contains many different types of viruses that infect humans because viruses are shed in the faeces and urine of infected individuals. The Norder group at the University of Gothenburg showed that the relative levels of some enteric viruses in wastewater could be used to predict upcoming outbreaks ([Hellmér _et al._, 2014](https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/25172863/)). Indeed, previous studies by the Norder group have shown that the levels of noroviruses in wastewater increase 1-2 weeks before larger outbreaks in nursing homes and hospital wards. + +In 2017, and since 2020, the Norder group at the University of Gothenburg (GU) conducted weekly monitoring of the levels of some enteric viruses in wastewater. They quantify the levels of enteroviruses (including poliovirus), adenoviruses, GG2 (a norovirus causing winter vomiting disease), astroviruses, sapoviruses and also pepper molt mild virus (PMMoV). This page details the [historic methods used in monitoring](#methods), as well as [a brief summary information about the viruses](#basic-virus-information), and [information about citing the historic data](#dataset). Data collected using the updated method is available on the page ['Amount of enteric virus in wastewater (GU)'](../). + +The enteric virus monitoring by the Norder group was done alongside their ongoing monitoring of SARS-CoV-2 in wastewater, the data for which is [also shared on this portal](/dashboards/wastewater/covid_quantification/covid_quant_gu/). + +## Insamlingsplatser för avloppsvattenprov + +Avloppsvattenprover för virusanalys samlas in vid Ryaverkets avloppsreningsverk i Göteborg (se metodavsnittet nedan för detaljer). Ryaverkets reningsverk tar emot avloppsvatten från samtliga hushåll i Göteborg, vilket omfattar 790 000 invånare, samt industrin i området. Avloppsvatten tas även emot från industri och boende i kringliggande kommuner, bland annat Ale, Härryda, Kungälv, Lerum, Mölndal och Partille, samt från storm- och snösmältvatten från äldre delar av Göteborg. + +## Visualiseringar + +
Last updated: 2023-11-17
+ +Vänligen se [avsnittet med sammanfattande information om virusen](#grundläggande-virusinformation) för mer information om vart och ett av de virus som data samlas in för. + +
+ Rotating your phone may improve graph layout +
+ +
+
{{< plotly json="https://blobserver.dc.scilifelab.se/blob/historic_enteric_graph_gu.json" height="550px" >}}
+
+ +**Code used to produce plot:** [Script to produce plot](https://github.com/ScilifelabDataCentre/covid-portal-visualisations/blob/main/wastewater/enteric_viruses_gu.py). + +## Commentary from the research group + +
Date: 2023-11-07
Commentary: Three weeks after the schools started in Gothenburg, the levels of enterovirus increased in the wastewater. Enterovirus often peaks in late summer and early autumn, and outbreaks of rhinovirus and enterovirus especially infect young people. + +None of the other investigated viruses have caused major outbreaks until now. + +In February we had a minor increase in norovirus GG2 (winter vomiting disease virus) a little earlier than usual and it decreased by week 11. Some minor increases also occurred in late May, but no major outbreak was observed. + +For astrovirus there was a small outbreak in weeks 9 and 10 (end of February and start of March). A slightly increase is now observed as expected. + +Sapovirus peaked slightly in week 14 (early April). + +Adenovirus peaked slightly in week 10, no additional increase has been observed. From week 22 we have improved the technology's sensitivity for adenovirus detection, which means that the baseline for adenovirus detection is elevated. During summer (from June to the beginning of August), Adenovirus showed an increase during weeks 26 to 32. + +The amount of pepper mild mottle virus (PMMoV) has varied more than 10-fold during the year. This virus is often used as an indicator of fecal contamination of water. In commercial assays for SARS-CoV-2 detection, quantification of PMMoV is used as an indicator of the number of people contributing to the wastewater, assuming we consume the same amount of peppers and chilies every week. It increased in early June and around midsummer, indicating an increase in our pepper consumption during those weeks rather than an increase in the number of people contributing to the wastewater during those weeks. + +
+ +{{< ww_dynamic_content >}} +
+ +## Dataset + +**Download the data:** [Quantification of SARS-CoV-2 and enteric viruses in wastewater](https://blobserver.dc.scilifelab.se/blob/wastewater_data_gu_allviruses.xlsx). Results are available for SARS-CoV-2 from week 7 of 2020 (with a small gap over winter 2022-2023), and for enteric viruses from week 2 of 2023. The last data entry is week 43 of 2023 for both types of data. + +**Contact:** + +###### **How to cite the dataset:** + +Norder, H., Nyström, K. Patzi Churqui, M., Tunovic, T., Wang, H. (2023). Detection of SARS-CoV-2 and other human enteric viruses in wastewater from Gothenburg. [https://doi.org/10.17044/scilifelab.22510501](https://doi.org/10.17044/scilifelab.22510501). + +###### **How to cite method:** + +Hellmér, M., Paxéus, N., Magnius, L., Enache, L., Arnholm, B., Johansson, A., Bergström, T., and Norder, H. (2014). Detection of pathogenic viruses in sewage provided early warnings of hepatitis A virus and norovirus outbreaks. [https://doi.org/10.1128/AEM.01981-14](https://doi.org/10.1128/AEM.01981-14). + +Saguti, F., Magnil, E., Enache, L., Churqui, M.P., Johansson, A., Lumley, D., Davidsson, F., Dotevall, L., Mattsson, A., Trybala, E., Lagging, M., Lindh, M., Gisslen, M., Brezicka, T., Nystrom, K. and Norder, H. (2021). Surveillance of wastewater revealed peaks of SARS-CoV-2 preceding those of hospitalized patients with COVID-19. [https://doi.org/10.1016/j.watres.2020.116620](https://doi.org/10.1016/j.watres.2020.116620). + +Wang, H., Churqui, M.P., Tunovic, T., Enache, L., Johansson, A., Karmander, A., Nilsson, S., Lagging, M., Andersson, M., Dotevall, L., Brezicka, T., Nystrom, K. and Norder, H. (2022). The amount of SARS-CoV-2 RNA in wastewater relates to the development of the pandemic and its burden on the health system. [https://doi.org/10.1016/j.isci.2022.105000](https://doi.org/10.1016/j.isci.2022.105000). + +## Methods + +Samples of wastewater were collected using a fixed-site sampler that collects 30ml per 10,000m3 of the incoming wastewater. For the purposes of analysis, seven samples (each representing a 24 hour period) were pooled to create a weekly sample. Part of this weekly sample was sent to the Clinical Microbiology Laboratory at Sahlgrenska University Hospital for analysis. The amount of sample sent varies between 1.5-15l of wastewater depending on the flow, which is determined in large part by the weather. Whilst the amount of wastewater from households and industry is generally reasonably constant over time, the overall levels of wastewater are affected by weather conditions. For example, the levels are higher when the levels of rainfall are high. In order to account for this during analysis, the samples to be analysed for viruses were flow-weighted. This means that the amount of wastewater collected and analysed related to the flow of incoming wastewater. More information on this can be found in [Hellmér _et al._ (2014)](https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/25172863/) and [Wang _et al._ (2022)](https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/36035197/). + +At the Clinical Microbiology Laboratory, viruses were concentrated to a final volume of 2.5ml using a method that was developed in-house. This method used the NanoCeram electropositive filter (Argonide, Florida, USA) as the primary means of concentration, and then ultracentrifugation as secondary concentration method ([Saguti et al., 2021](https://doi.org/10.1016/j.watres.2020.116620)). Nucleic acids were extracted from 1ml of the concentrated sample using the QIAamp Circulating Nucleic Acid Kit (Qiagen, Hilden, Germany). Real-time quantitative PCR (RT-qPCR) was performed to detect and quantify the viral genomes. Details about the method of calculation are provided in [Hellmér et al. (2014)](https://doi.org/10.1128/AEM.01981-14), [Saguti et al. (2021)](https://doi.org/10.1016/j.watres.2020.116620), and [Wang et al. (2022)](https://doi.org/10.1016/j.isci.2022.105000). + +### Basic virus information + +**Enterovirus** is the largest genus of enteric viruses infecting humans. It includes 15 species with several types classified within each species. In two of these species, enteroviruses (EV) and rhinoviruses (RV), there are around 300 types infecting humans (112 EV-A to -D types (including polioviruses) and 169 RV-A to -C types). Immunity to one type does not confer immunity to another (i.e. there is no cross-immunity). EV infections are usually seen in children and young adults. Infections can cause flu-like symptoms, conjunctivitis, myocarditis, meningitis, encephalitis, and flaccid paralysis. These viruses can cause larger outbreaks. About every 5 to 7 years, there is an outbreak of meningitis among young people in Europe caused by an EV type belonging to EV-A-C. RV infections are common in all ages, especially in winter. Infections are usually mild, but can also cause flu-like symptoms, diseases of the lower respiratory tract, and/or worsen chronic diseases (e.g. asthma). + +**Adenoviruses** belong to the _Adenoviridae_ family. There are 88 types of human adenoviruses, classified into 7 species (HAdV-A to -G). Different types infect different organs or organ systems (i.e. they have different tissue tropisms). In humans, adenoviruses often cause respiratory diseases. Symptoms can be flu-like (i.e. sore throat, acute bronchitis, and pneumonia (HAdV-B and C)) but can also include conjunctivitis (HAdV-B and D) and gastroenteritis (HAdV-F and G). Serious complications after an adenovirus infection are rare. Children under the age of 9 are at greatest risk of symptomatic infection, but adults may also be affected (mainly by eye inflammation and gastroenteritis). These viruses do not cause epidemics but can spread between adults in crowded environments such as hospitals and military installations, or in swimming pools. + +**Norovirus**, including GG2 (more commonly known as “winter vomiting disease virus”), belong to the _Caliciviridae_ family. The number of norovirus cases usually peaks in the winter (January/February). The infection can cause serious complications among the immunosuppressed and the elderly (see [Folkhälsomyndigheten](https://www.folkhalsomyndigheten.se/smittskydd-beredskap/smittsamma-sjukdomar/calicivirus-noro-och-sapovirus/) for more information). GG2 is highly contagious and spreads rapidly in environments where individuals are in close contact. The incubation period is short, between 12 and 48 hours. Although GG2-infected individuals recover quickly, they may be infectious for 2 days after recovery. Immunity is short-lived and because there are several GG2 genotypes, so an individual can get sick multiple times. + +**Astroviruses** belong to the _Astroviridae_ family and infect birds and mammals. Those infecting humans (HAst) are part of the _Mamastrovirus_ genus, they form 8 species (HAst1 to 8) and an additional 7 unclassified types. HAst mainly cause illness in children and the elderly. Most often they cause gastroenteritis, but can also cause headache, nausea, vomiting, low-grade fever, and (in rare cases) encephalitis. The incubation period is 1-4 days and infections usually resolve in 2-4 days. In temperate climates, astrovirus infections are most common in winter and spring. Most children have developed immunity by the age of 10, so infections are uncommon in immunocompetent adults. However, immunity tends to wane over time, so older people can be at risk of symptomatic infection. Outbreaks are often seen in daycare centers and nursing homes. + +**Sapovirus**, like norovirus, belongs to the _Calicivirdae_ family and infect both humans and animals. Sapporovirus (SaV) is the only species of sapovirus. There are five genogroups of SaV (GI to GV), with GI, GII, GIV, and GV infecting humans and being one of the most common causes of acute gastroenteritis (along with norovirus). Symptoms include diarrhea and vomiting, which are often accompanied by fever, nausea, and stomach cramps. The incubation period is similar to GG2 (12-48 hours), but symptoms are usually milder and last 2-6 days. In the past, SaV was thought to exclusively infect children, but there is increasing evidence that most age groups can be infected. Outbreaks of SaV have been reported from schools, childcare, adult long-term care, and hospitals, often due to contaminated food. + +**Pepper mild mottle virus (PMMoV)** is a plant virus infecting plants in the genus _Capsicum_, such as peppers, chili peppers, cayenne peppers, etc. When humans consume any of these plants, which are often infected with PMMoV, the virus is excreted in the faeces. This virus is often used as an indicator of faecal contamination of water (e.g. recreational waters and raw water). In commercial assays for SARS-CoV-2 detection, quantification of PMMoV is used as an indicator of the number of people contributing to the wastewater; inherently assuming that people consume the same amount of peppers and chilies every week. However, according to the experience of the Norder group at GU, the levels of PPMoV in the wastewater in Gothenburg are higher in the summer (indicating that the inhabitants consume more of these plants during this time of year). In their analyses, it is used as a control of the technique. From c17fb60e67a3d21f2c8888335805f2e77e9aef27 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Kazi Jahurul Islam Date: Mon, 8 Jan 2024 11:09:01 +0100 Subject: [PATCH 05/11] Updated SV version of enteric quantification GU Chores: - Updated Sv content version of enteric quantification GU - Updated Sv content version of historic enteric quantification GU --- .../enteric_quantification/_index.md | 22 +++++---- .../historic_enteric_gu.md | 48 +++++++++++-------- 2 files changed, 41 insertions(+), 29 deletions(-) diff --git a/content/svenska/dashboards/wastewater/enteric_quantification/_index.md b/content/svenska/dashboards/wastewater/enteric_quantification/_index.md index 2610b4235..3517858e7 100644 --- a/content/svenska/dashboards/wastewater/enteric_quantification/_index.md +++ b/content/svenska/dashboards/wastewater/enteric_quantification/_index.md @@ -12,22 +12,26 @@ menu: ## Introduktion -Enteriska virus tillhör en större grupp virus som inkluderar calicivirus (norovirus och sapovirus), adenoviruses, och astroviruses. Dessa virus sprids via fekal-orala smittvägar och orsakar gastroenterit (som känneteckas av symptom som illamående, diarré och kräkningar). +Enteriska virus tillhör en större grupp virus som inkluderar calicivirus (norovirus och sapovirus), adenoviruses, och astroviruses. Dessa virus sprids via fekal-orala smittvägar och orsakar gastroenterit (som kännetecknas av symptom som illamående, diarré och kräkningar). -Avloppsvatten innehåller många olika typer av virus som infekterar allt levande även människor eftersom infekterade individer utsöndrar viruspartiklar i avföring och urin. Nordergruppen vid Göteborgs universitet har genom sin forsknings påvisat att nivåer av vissa enteriska virus i avloppsvatten kan förutsäga kommande virusutbrott, som att nivåerna av norovirus i avloppsvatten ökar 1-2 veckor innan större utbrott sker på äldreboenden och sjukhusavdelningar ([Hellmér _et al._, 2014](https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/25172863/)). De visade även att olika hepatit A virusstammar som inte hade identifierats av smittskyddet cirkulerade, vilket visade att det finns personer med hepatit A som inte söker sjukvård. Dessa studier verifierades under 2017 då gruppen även kunde påvisa höga mängder av ett nytt hepatit E virus och av andra virus som orsakar magsjuka hos människa, men som inte undersöks för på mikrobiologiska laboratorierna. +Avloppsvatten innehåller många olika typer av virus som infekterar allt levande även människor eftersom infekterade individer utsöndrar viruspartiklar i avföring och urin. Nordergruppen vid Göteborgs universitet har genom sin forsknings påvisat att nivåer av vissa enteriska virus i avloppsvatten kan förutsäga kommande virusutbrott, som att nivåerna av norovirus i avloppsvatten ökar 1-2 veckor innan större utbrott sker på äldreboenden och sjukhusavdelningar ([Hellmér _et al._, 2014](https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/25172863/)). -Från starten av COVID-19 pandemin och alltjämt utför Nordergruppen vid Göteborgs universitet (GU) veckovis samtidig övervakning av SARS-CoV-2 och ett antal enteriska virus i avloppsvattnet. Gruppen kvantifierar nivåerna av virus arvsmassa av enterovirus (inklusive poliovirus), adenovirus, GG2 (ett norovirus), astrovirus, sapovirus och som kontroll ett växtvirus, Pepper Mild Mottle virus (PMMoV). Om andra virus misstänkts orsaka utbrott kommer även dessa att övervakas. Se nedan för mer om [metoderna som används vid övervakning](#metoder), [kort sammanfattande information om virusen](#grundläggande-virusinformation), och [information om insamlad data](#dataset). +Under 2017, och sedan 2020 och alltjämt utför Nordergruppen vid Göteborgs universitet (GU) veckovis samtidig övervakning av ett antal enteriska virus i avloppsvattnet. Gruppen kvantifierar nivåerna av virus arvsmassa av enterovirus (inklusive poliovirus), adenovirus, GG2 (ett norovirus som orsakar vinterkräksjuka), astrovirus, sapovirus och som kontroll ett växtvirus, Pepper Mild Mottle virus (PMMoV). Denna sida fokuserar på de data som producerats med hjälp av en metod för kvantifiering från vecka 20 (15t maj) 2023. Den nya metoden har använts parallellt med den tidigare använda metoden tom vecka 43. Data från den tidigare använda metoden från vecka 2 tom vecka 43 2023 (dvs. 9 januari till 23 oktober 2023) finns tillgängliga på den webbsida som visar [historiska nivåer av enteriska virusdata från Göteborg](/sv/dashboards/wastewater/enteric_quantification/historic_enteric_gu/). + +Se nedan för mer om [metoderna som används vid övervakning](#metoder), [kort sammanfattande information om virusen](#grundläggande-virusinformation), och [information om insamlad data](#dataset). Den enteriska virusövervakningen av Norder-gruppen sker parallellet med gruppens pågående övervakning av SARS-CoV-2 nivåer i avloppsvatten. SARS-CoV-2 data delas [på denna sida](/dashboards/wastewater/covid_quantification/covid_quant_gu/). -Projektet leds av professor Heléne Norder (Göteborgs universitet, GU), och stöds av medarbetare från Göteborgs universitet och Sahlgrenska Universitetssjukhuset (Marianela Patzi Churqui, Timur Tunovic, Hao Wang, Fredy Saguti, och Kristina Nyström). Provtagningarna av avloppsvatten utförs av Lucica Enache på Ryaverket, Gryaab AB, Göteborg. +Studierna av enteriska virus i avloppsvatten har inom Nordergruppen skett parallellt med arbetet att studera SARS-CoV-2 i avloppsvatten, dessa data delas också på portalen. -Data och visualiseringar på denna sida kommer att uppdateras ungefär en gång i veckan. +Data och visualisering på denna webbsida uppdateras oftast **en gång per vecka**. ## Insamlingsplatser för avloppsvattenprov Avloppsvattenprover för virusanalys samlas in vid Ryaverkets avloppsreningsverk i Göteborg (se metodavsnittet nedan för detaljer). Ryaverkets reningsverk tar emot avloppsvatten från samtliga hushåll i Göteborg, vilket omfattar 790 000 invånare, samt industrin i området. Avloppsvatten tas även emot från industri och boende i kringliggande kommuner, bland annat Ale, Härryda, Kungälv, Lerum, Mölndal och Partille, samt från storm- och snösmältvatten från äldre delar av Göteborg. +## Visualiseringar +
Last updated:
Vänligen se [avsnittet med sammanfattande information om virusen](#grundläggande-virusinformation) för mer information om vart och ett av de virus som data samlas in för. @@ -72,13 +76,15 @@ Wang, H., Churqui, M.P., Tunovic, T., Enache, L., Johansson, A., Karmander, A., ## Metoder -Insamling av avloppsvatten sker genom en fast insamlare som samlar in 30ml avloppsvatten per 10,000m3 av inkommande avloppsvatten. För analys veckovis poolas sju prover, varje avloppsvattenprov representerar insamling under ett dygn). En del av detta prov skickas till Klinisk Mikrobiologi på Sahlgrenska Universitetssjukhuset för analys. Mängd prov som skickas varje vecka varierar mellan 1.5-15l beroende på vattenflödet, vilket till stor del beror på väderleken. Mängd avloppsvatten från hushåll och industri är relativt konstant över tid, men mängd avloppsvatten beror även på väderleksförhållandena, exempelvis ökar mängd avloppsvatten vid regnväder. För att ta hänsyn till detta under analysen är proverna som ska analyseras för virus flödesviktade. Det betyder att mängd avloppsvatten som samlas in och analyseras relaterar till flödet av inkommande avloppsvatten. Mer information om detta finns i [Hellmér _et al._ (2014)](https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/25172863/) och [Wang _et al._ (2022)](https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/36035197/). +Insamling av avloppsvatten sker genom en fast insamlare som samlar in 30ml avloppsvatten per 10,000m3 av inkommande avloppsvatten. För analys veckovis poolas sju prover, varje avloppsvattenprov representerar insamling under ett dygn. En del av detta prov skickas till Klinisk Mikrobiologi på Sahlgrenska Universitetssjukhuset för analys. Mängd prov som skickas varje vecka varierar mellan 1.5-15l beroende på vattenflödet, vilket till stor del beror på väderleken. Mängd avloppsvatten från hushåll och industri är relativt konstant över tid, men mängd avloppsvatten beror även på väderleksförhållandena, exempelvis ökar mängd avloppsvatten vid regnväder. För att ta hänsyn till detta under analysen är proverna som ska analyseras för virus flödesviktade. Det betyder att mängd avloppsvatten som samlas in och analyseras relaterar till flödet av inkommande avloppsvatten. Mer information om detta finns i [Hellmér _et al._ (2014)](https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/25172863/) och [Wang _et al._ (2022)](https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/36035197/). + +På Klinisk Mikrobiologi på Sahlgrenska Universitetssjukhuset används två metoder utvecklade inom gruppen för att koncentrera virusmängderna. Den metod som nu används använder sig av ultrafiltrering som primär metod. Den metod som tidigare användes använde ett elektropositivt filter (Argonide, Florida, USA) för att koncentrera proverna ([Saguti et al., 2021](https://doi.org/10.1016/j.watres.2020.116620)). -På Klinisk Mikrobiologi på Sahlgrenska Universitetssjukhuset koncentreras proverna till en volym av 2.5ml med hjälp av en metod som utvecklas inom forskargruppen. Denna metod använder NanoCeram electropositive filter (Argonide, Florida, USA) för att koncentrera proverna, följt av ultracentrifugering som sekundär metod ([Saguti et al., 2021](https://doi.org/10.1016/j.watres.2020.116620)). Nukleinsyror extraheras från ett koncentrerat prov på 1 ml med hjälp av QIAamp Circulating Nucleic Acid Kit (Qiagen, Hilden, Germany). Realtids- PCR (RT-qPCR) användes för att detekter och kvantifiera mängd virusgenom. Mer information om metoden som används för att beräkna virusmängd finns i [Hellmér et al. (2014)](https://doi.org/10.1128/AEM.01981-14), [Saguti et al. (2021)](https://doi.org/10.1016/j.watres.2020.116620), and [Wang et al. (2022)](https://doi.org/10.1016/j.isci.2022.105000). +Nukleinsyror extraheras från ett koncentrerat prov på 1 ml med hjälp av QIAamp Circulating Nucleic Acid Kit (Qiagen, Hilden, Germany). Realtids- PCR (RT-qPCR) användes för att detektera och kvantifiera mängd virusgenom. Mer information om metoden som används för att beräkna virusmängd finns i [Hellmér et al. (2014)](https://doi.org/10.1128/AEM.01981-14), [Saguti _et al._ (2021)](https://doi.org/10.1016/j.watres.2020.116620), [Wang _et al._ (2022)](https://doi.org/10.1016/j.isci.2022.105000), och [Wang _et al._ (2023)](https://doi.org/10.1016/j.scitotenv.2023.165012). Båda metoderna anges virusmängd per dag som ett genomsnitt, eftersom virusmängden baseras på en veckas insamling av avloppsvatten. ### Grundläggande virusinformation -**Enterovirus** är det största släktet med flest olika virus som infekterar människor. Det omfattar 15 arter, med flertal typer inom varje art. Totalt är de drygt 300 olika virus typer som infekterar människa. I arterna enterovirus A-D (EV-A-EV-D) återfinns av 112 typer (inklusive poliovirus i EV-C)) och arterna rhinovirus A-C (RV-A-RV-C) återfinns 169 typer. Immunitet mot en typ ger inte immunitet mot en annan (dvs. det finns ingen korsimmunitet). Infektioner med enterovirus är ofta asymtomatiska, EV-infektioner är vanliga hos barn och unga vuxna. De kan ge influensaliknande symtom, konjunktivit (ögoninflammation), myokardit (hjärtmuskelinflammation), meningit (hjärnhinneinflammation), encefalit (hjärninflammation) och förlamning. Dessa virus kan orsaka större utbrott. Ungefär vart 5:e till 7:e år inträffar utbrott av hjärnhinneinflammation bland unga i Europa orsakade av en EV-typ som tillhör EV-A-C. RV-infektioner är mycket vanliga i alla åldrar, särskilt på vintern. De är oftast milda, men kan även ge influensaliknande symtom, sjukdomar i nedre luftvägarna och/eller förvärra kroniska sjukdomar t.ex. astma. +**Enterovirus** är det största släktet med flest olika virus som infekterar människor. Det omfattar 15 arter, med flertal typer inom varje art. Totalt är de drygt 300 olika virus typer som infekterar människa. I arterna enterovirus A-D (EV-A-EV-D) återfinns av 112 typer (inklusive poliovirus i EV-C) och arterna rhinovirus A-C (RV-A-RV-C) återfinns 169 typer. Immunitet mot en typ ger inte immunitet mot en annan (dvs. det finns ingen korsimmunitet). Infektioner med enterovirus är ofta asymtomatiska, EV-infektioner är vanliga hos barn och unga vuxna. De kan ge influensaliknande symtom, konjunktivit (ögoninflammation), myokardit (hjärtmuskelinflammation), meningit (hjärnhinneinflammation), encefalit (hjärninflammation) och förlamning. Dessa virus kan orsaka större utbrott. Ungefär vart 5:e till 7:e år inträffar utbrott av hjärnhinneinflammation bland unga i Europa orsakade av en EV-typ som tillhör EV-A-C. RV-infektioner är mycket vanliga i alla åldrar, särskilt på vintern. De är oftast milda, men kan även ge influensaliknande symtom, sjukdomar i nedre luftvägarna och/eller förvärra kroniska sjukdomar t.ex. astma. **Adenovirus** tillhör _adenoviridae-familjen_. Det finns 88 typer av humana adenovirus, klassificerade i 7 arter (HAdV-A till -G). Olika typer infekterar olika organ eller organsystem (dvs de har olika vävnadstropismer). Hos människa orsakar adenovirus ofta luftvägssjukdomar. Symtomen kan vara influensaliknande, halsont, akut bronkit och lunginflammation (HAdV-B och C), konjunktivit (ögoninflammation orsakad av HAdV-B och D) och gastroenterit (HAdV-F och G).Allvarliga komplikationer efter en adenovirus infektion är sällsynt. Barn under 9 år löper störst risk för symptomatisk infektion, men även vuxna drabbas främst av ögoninflammationer och magsjuka orsakat av adenovirus. Dessa virus orsakar inte epidemier men kan spridas mellan vuxna i trånga miljöer som på sjukhus och militäranläggningar eller i simbassänger. diff --git a/content/svenska/dashboards/wastewater/enteric_quantification/historic_enteric_gu.md b/content/svenska/dashboards/wastewater/enteric_quantification/historic_enteric_gu.md index 8796a49c0..aa55e0c92 100644 --- a/content/svenska/dashboards/wastewater/enteric_quantification/historic_enteric_gu.md +++ b/content/svenska/dashboards/wastewater/enteric_quantification/historic_enteric_gu.md @@ -9,13 +9,17 @@ Denna webbsida visar historiska enteriska virusdata relaterade till SARS-CoV-2 i ## Introduction -Enteric viruses are a large group of viruses including, for example, calicivirus (including norovirus and sapovirus), adenoviruses, and astroviruses. They are transmitted via faecal-oral route, and cause enteric disease (i.e. diseases with symptoms such as nausea, diarrhea, and vomiting). +Enteriska virus tillhör en större grupp virus som inkluderar calicivirus (norovirus och sapovirus), adenoviruses, och astroviruses. Dessa virus sprids via fekal-orala smittvägar och orsakar gastroenterit (som känneteckas av symptom som illamående, diarré och kräkningar). -Wastewater contains many different types of viruses that infect humans because viruses are shed in the faeces and urine of infected individuals. The Norder group at the University of Gothenburg showed that the relative levels of some enteric viruses in wastewater could be used to predict upcoming outbreaks ([Hellmér _et al._, 2014](https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/25172863/)). Indeed, previous studies by the Norder group have shown that the levels of noroviruses in wastewater increase 1-2 weeks before larger outbreaks in nursing homes and hospital wards. +Avloppsvatten innehåller många olika typer av virus som infekterar allt levande även människor eftersom infekterade individer utsöndrar viruspartiklar i avföring och urin. Nordergruppen vid Göteborgs universitet har genom sin forsknings påvisat att nivåer av vissa enteriska virus i avloppsvatten kan förutsäga kommande virusutbrott, som att nivåerna av norovirus i avloppsvatten ökar 1-2 veckor innan större utbrott sker på äldreboenden och sjukhusavdelningar ([Hellmér _et al._, 2014](https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/25172863/)). De visade även att olika hepatit A virusstammar som inte hade identifierats av smittskyddet cirkulerade, vilket visade att det finns personer med hepatit A som inte söker sjukvård. Dessa studier verifierades under 2017 då gruppen även kunde påvisa höga mängder av ett nytt hepatit E virus och av andra virus som orsakar magsjuka hos människa, men som inte undersöks för på mikrobiologiska laboratorierna. -In 2017, and since 2020, the Norder group at the University of Gothenburg (GU) conducted weekly monitoring of the levels of some enteric viruses in wastewater. They quantify the levels of enteroviruses (including poliovirus), adenoviruses, GG2 (a norovirus causing winter vomiting disease), astroviruses, sapoviruses and also pepper molt mild virus (PMMoV). This page details the [historic methods used in monitoring](#methods), as well as [a brief summary information about the viruses](#basic-virus-information), and [information about citing the historic data](#dataset). Data collected using the updated method is available on the page ['Amount of enteric virus in wastewater (GU)'](../). +Från starten av COVID-19 pandemin och alltjämt utför Nordergruppen vid Göteborgs universitet (GU) veckovis samtidig övervakning av SARS-CoV-2 och ett antal enteriska virus i avloppsvattnet. Gruppen kvantifierar nivåerna av virus arvsmassa av enterovirus (inklusive poliovirus), adenovirus, GG2 (ett norovirus), astrovirus, sapovirus och som kontroll ett växtvirus, Pepper Mild Mottle virus (PMMoV). Om andra virus misstänkts orsaka utbrott kommer även dessa att övervakas. Se nedan för mer om [metoderna som används vid övervakning](#metoder), [kort sammanfattande information om virusen](#grundläggande-virusinformation), och [information om insamlad data](#dataset). -The enteric virus monitoring by the Norder group was done alongside their ongoing monitoring of SARS-CoV-2 in wastewater, the data for which is [also shared on this portal](/dashboards/wastewater/covid_quantification/covid_quant_gu/). +Den enteriska virusövervakningen av Norder-gruppen sker parallellet med gruppens pågående övervakning av SARS-CoV-2 nivåer i avloppsvatten. SARS-CoV-2 data delas [på denna sida](/dashboards/wastewater/covid_quantification/covid_quant_gu/). + +Projektet leds av professor Heléne Norder (Göteborgs universitet, GU), och stöds av medarbetare från Göteborgs universitet och Sahlgrenska Universitetssjukhuset (Marianela Patzi Churqui, Timur Tunovic, Hao Wang, Fredy Saguti, och Kristina Nyström). Provtagningarna av avloppsvatten utförs av Lucica Enache på Ryaverket, Gryaab AB, Göteborg. + +Data och visualiseringar på denna sida kommer att uppdateras ungefär en gång i veckan. ## Insamlingsplatser för avloppsvattenprov @@ -28,16 +32,16 @@ Avloppsvattenprover för virusanalys samlas in vid Ryaverkets avloppsreningsverk Vänligen se [avsnittet med sammanfattande information om virusen](#grundläggande-virusinformation) för mer information om vart och ett av de virus som data samlas in för.
- Rotating your phone may improve graph layout + Att rotera mobiltelefonen kan förbättra grafens layout
{{< plotly json="https://blobserver.dc.scilifelab.se/blob/historic_enteric_graph_gu.json" height="550px" >}}
-**Code used to produce plot:** [Script to produce plot](https://github.com/ScilifelabDataCentre/covid-portal-visualisations/blob/main/wastewater/enteric_viruses_gu.py). +**Källkod som avvänts för att generera visualiseringar:** [Källskod](https://github.com/ScilifelabDataCentre/covid-portal-visualisations/blob/main/wastewater/enteric_viruses_gu.py). -## Commentary from the research group +## Kommentarer från forsksargruppen
Date: 2023-11-07
Commentary: Three weeks after the schools started in Gothenburg, the levels of enterovirus increased in the wastewater. Enterovirus often peaks in late summer and early autumn, and outbreaks of rhinovirus and enterovirus especially infect young people. @@ -60,15 +64,17 @@ The amount of pepper mild mottle virus (PMMoV) has varied more than 10-fold duri ## Dataset -**Download the data:** [Quantification of SARS-CoV-2 and enteric viruses in wastewater](https://blobserver.dc.scilifelab.se/blob/wastewater_data_gu_allviruses.xlsx). Results are available for SARS-CoV-2 from week 7 of 2020 (with a small gap over winter 2022-2023), and for enteric viruses from week 2 of 2023. The last data entry is week 43 of 2023 for both types of data. +###### **Nedladdning av data:** + +[Kvantifiering av mängd SARS-CoV-2 och enteriska virus i avloppsvatten](https://blobserver.dckube.scilifelab.se/blob/wastewater_data_gu_allviruses.xlsx). Results för SARS-CoV-2 mätningar är tillgängliga från vecka 7 2020 (med ett avbrott vintern 2022-2023), och för enteriska virus från vecka 2 2023. Uppdatering sker varje vecka. -**Contact:** +**Kontakt:** -###### **How to cite the dataset:** +###### **För att citera datasetet:** Norder, H., Nyström, K. Patzi Churqui, M., Tunovic, T., Wang, H. (2023). Detection of SARS-CoV-2 and other human enteric viruses in wastewater from Gothenburg. [https://doi.org/10.17044/scilifelab.22510501](https://doi.org/10.17044/scilifelab.22510501). -###### **How to cite method:** +###### **För att citera metoden som används:** Hellmér, M., Paxéus, N., Magnius, L., Enache, L., Arnholm, B., Johansson, A., Bergström, T., and Norder, H. (2014). Detection of pathogenic viruses in sewage provided early warnings of hepatitis A virus and norovirus outbreaks. [https://doi.org/10.1128/AEM.01981-14](https://doi.org/10.1128/AEM.01981-14). @@ -76,22 +82,22 @@ Saguti, F., Magnil, E., Enache, L., Churqui, M.P., Johansson, A., Lumley, D., Da Wang, H., Churqui, M.P., Tunovic, T., Enache, L., Johansson, A., Karmander, A., Nilsson, S., Lagging, M., Andersson, M., Dotevall, L., Brezicka, T., Nystrom, K. and Norder, H. (2022). The amount of SARS-CoV-2 RNA in wastewater relates to the development of the pandemic and its burden on the health system. [https://doi.org/10.1016/j.isci.2022.105000](https://doi.org/10.1016/j.isci.2022.105000). -## Methods +## Metoder -Samples of wastewater were collected using a fixed-site sampler that collects 30ml per 10,000m3 of the incoming wastewater. For the purposes of analysis, seven samples (each representing a 24 hour period) were pooled to create a weekly sample. Part of this weekly sample was sent to the Clinical Microbiology Laboratory at Sahlgrenska University Hospital for analysis. The amount of sample sent varies between 1.5-15l of wastewater depending on the flow, which is determined in large part by the weather. Whilst the amount of wastewater from households and industry is generally reasonably constant over time, the overall levels of wastewater are affected by weather conditions. For example, the levels are higher when the levels of rainfall are high. In order to account for this during analysis, the samples to be analysed for viruses were flow-weighted. This means that the amount of wastewater collected and analysed related to the flow of incoming wastewater. More information on this can be found in [Hellmér _et al._ (2014)](https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/25172863/) and [Wang _et al._ (2022)](https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/36035197/). +Insamling av avloppsvatten sker genom en fast insamlare som samlar in 30ml avloppsvatten per 10,000m3 av inkommande avloppsvatten. För analys veckovis poolas sju prover, varje avloppsvattenprov representerar insamling under ett dygn). En del av detta prov skickas till Klinisk Mikrobiologi på Sahlgrenska Universitetssjukhuset för analys. Mängd prov som skickas varje vecka varierar mellan 1.5-15l beroende på vattenflödet, vilket till stor del beror på väderleken. Mängd avloppsvatten från hushåll och industri är relativt konstant över tid, men mängd avloppsvatten beror även på väderleksförhållandena, exempelvis ökar mängd avloppsvatten vid regnväder. För att ta hänsyn till detta under analysen är proverna som ska analyseras för virus flödesviktade. Det betyder att mängd avloppsvatten som samlas in och analyseras relaterar till flödet av inkommande avloppsvatten. Mer information om detta finns i [Hellmér _et al._ (2014)](https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/25172863/) och [Wang _et al._ (2022)](https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/36035197/). -At the Clinical Microbiology Laboratory, viruses were concentrated to a final volume of 2.5ml using a method that was developed in-house. This method used the NanoCeram electropositive filter (Argonide, Florida, USA) as the primary means of concentration, and then ultracentrifugation as secondary concentration method ([Saguti et al., 2021](https://doi.org/10.1016/j.watres.2020.116620)). Nucleic acids were extracted from 1ml of the concentrated sample using the QIAamp Circulating Nucleic Acid Kit (Qiagen, Hilden, Germany). Real-time quantitative PCR (RT-qPCR) was performed to detect and quantify the viral genomes. Details about the method of calculation are provided in [Hellmér et al. (2014)](https://doi.org/10.1128/AEM.01981-14), [Saguti et al. (2021)](https://doi.org/10.1016/j.watres.2020.116620), and [Wang et al. (2022)](https://doi.org/10.1016/j.isci.2022.105000). +På Klinisk Mikrobiologi på Sahlgrenska Universitetssjukhuset koncentreras proverna till en volym av 2.5ml med hjälp av en metod som utvecklas inom forskargruppen. Denna metod använder NanoCeram electropositive filter (Argonide, Florida, USA) för att koncentrera proverna, följt av ultracentrifugering som sekundär metod ([Saguti et al., 2021](https://doi.org/10.1016/j.watres.2020.116620)). Nukleinsyror extraheras från ett koncentrerat prov på 1 ml med hjälp av QIAamp Circulating Nucleic Acid Kit (Qiagen, Hilden, Germany). Realtids- PCR (RT-qPCR) användes för att detektera och kvantifiera mängd virusgenom. Mer information om metoden som används för att beräkna virusmängd finns i [Hellmér et al. (2014)](https://doi.org/10.1128/AEM.01981-14), [Saguti et al. (2021)](https://doi.org/10.1016/j.watres.2020.116620), and [Wang et al. (2022)](https://doi.org/10.1016/j.isci.2022.105000). -### Basic virus information +### Grundläggande virusinformation -**Enterovirus** is the largest genus of enteric viruses infecting humans. It includes 15 species with several types classified within each species. In two of these species, enteroviruses (EV) and rhinoviruses (RV), there are around 300 types infecting humans (112 EV-A to -D types (including polioviruses) and 169 RV-A to -C types). Immunity to one type does not confer immunity to another (i.e. there is no cross-immunity). EV infections are usually seen in children and young adults. Infections can cause flu-like symptoms, conjunctivitis, myocarditis, meningitis, encephalitis, and flaccid paralysis. These viruses can cause larger outbreaks. About every 5 to 7 years, there is an outbreak of meningitis among young people in Europe caused by an EV type belonging to EV-A-C. RV infections are common in all ages, especially in winter. Infections are usually mild, but can also cause flu-like symptoms, diseases of the lower respiratory tract, and/or worsen chronic diseases (e.g. asthma). +**Enterovirus** är det största släktet med flest olika virus som infekterar människor. Det omfattar 15 arter, med flertal typer inom varje art. Totalt är de drygt 300 olika virus typer som infekterar människa. I arterna enterovirus A-D (EV-A-EV-D) återfinns av 112 typer (inklusive poliovirus i EV-C) och arterna rhinovirus A-C (RV-A-RV-C) återfinns 169 typer. Immunitet mot en typ ger inte immunitet mot en annan (dvs. det finns ingen korsimmunitet). Infektioner med enterovirus är ofta asymtomatiska, EV-infektioner är vanliga hos barn och unga vuxna. De kan ge influensaliknande symtom, konjunktivit (ögoninflammation), myokardit (hjärtmuskelinflammation), meningit (hjärnhinneinflammation), encefalit (hjärninflammation) och förlamning. Dessa virus kan orsaka större utbrott. Ungefär vart 5:e till 7:e år inträffar utbrott av hjärnhinneinflammation bland unga i Europa orsakade av en EV-typ som tillhör EV-A-C. RV-infektioner är mycket vanliga i alla åldrar, särskilt på vintern. De är oftast milda, men kan även ge influensaliknande symtom, sjukdomar i nedre luftvägarna och/eller förvärra kroniska sjukdomar t.ex. astma. -**Adenoviruses** belong to the _Adenoviridae_ family. There are 88 types of human adenoviruses, classified into 7 species (HAdV-A to -G). Different types infect different organs or organ systems (i.e. they have different tissue tropisms). In humans, adenoviruses often cause respiratory diseases. Symptoms can be flu-like (i.e. sore throat, acute bronchitis, and pneumonia (HAdV-B and C)) but can also include conjunctivitis (HAdV-B and D) and gastroenteritis (HAdV-F and G). Serious complications after an adenovirus infection are rare. Children under the age of 9 are at greatest risk of symptomatic infection, but adults may also be affected (mainly by eye inflammation and gastroenteritis). These viruses do not cause epidemics but can spread between adults in crowded environments such as hospitals and military installations, or in swimming pools. +**Adenovirus** tillhör _adenoviridae-familjen_. Det finns 88 typer av humana adenovirus, klassificerade i 7 arter (HAdV-A till -G). Olika typer infekterar olika organ eller organsystem (dvs de har olika vävnadstropismer). Hos människa orsakar adenovirus ofta luftvägssjukdomar. Symtomen kan vara influensaliknande, halsont, akut bronkit och lunginflammation (HAdV-B och C), konjunktivit (ögoninflammation orsakad av HAdV-B och D) och gastroenterit (HAdV-F och G).Allvarliga komplikationer efter en adenovirus infektion är sällsynt. Barn under 9 år löper störst risk för symptomatisk infektion, men även vuxna drabbas främst av ögoninflammationer och magsjuka orsakat av adenovirus. Dessa virus orsakar inte epidemier men kan spridas mellan vuxna i trånga miljöer som på sjukhus och militäranläggningar eller i simbassänger. -**Norovirus**, including GG2 (more commonly known as “winter vomiting disease virus”), belong to the _Caliciviridae_ family. The number of norovirus cases usually peaks in the winter (January/February). The infection can cause serious complications among the immunosuppressed and the elderly (see [Folkhälsomyndigheten](https://www.folkhalsomyndigheten.se/smittskydd-beredskap/smittsamma-sjukdomar/calicivirus-noro-och-sapovirus/) for more information). GG2 is highly contagious and spreads rapidly in environments where individuals are in close contact. The incubation period is short, between 12 and 48 hours. Although GG2-infected individuals recover quickly, they may be infectious for 2 days after recovery. Immunity is short-lived and because there are several GG2 genotypes, so an individual can get sick multiple times. +**Norovirus**, inklusive GG2 (mer allmänt känt som “vinterkräksjukevirus”), tillhör familjen _Calicivirus_. Antalet fall av norovirus når vanligtvis sin topp på vintern ( januari/februari). Infektionen kan orsaka allvarliga komplikationer bland immunosupprimerade och äldre (se [Folkhälsomyndigheten](https://www.folkhalsomyndigheten.se/smittskydd-beredskap/smittsamma-sjukdomar/calicivirus-noro-och-sapovirus/) för mer information). GG2 är mycket smittsamt och sprider sig snabbt i miljöer där individer är i nära kontakt som skolor. Inkubationstiden är kort, mellan 12 och 48 timmar. Trots att GG2-infekterade individer återhämtar sig snabbt, kan de vara smittsamma under 2 dagar efter tillfrisknandet. Immuniteten är kortlivad och eftersom det finns flera GG2-genotyper kan en individ bli sjuk flera gånger. -**Astroviruses** belong to the _Astroviridae_ family and infect birds and mammals. Those infecting humans (HAst) are part of the _Mamastrovirus_ genus, they form 8 species (HAst1 to 8) and an additional 7 unclassified types. HAst mainly cause illness in children and the elderly. Most often they cause gastroenteritis, but can also cause headache, nausea, vomiting, low-grade fever, and (in rare cases) encephalitis. The incubation period is 1-4 days and infections usually resolve in 2-4 days. In temperate climates, astrovirus infections are most common in winter and spring. Most children have developed immunity by the age of 10, so infections are uncommon in immunocompetent adults. However, immunity tends to wane over time, so older people can be at risk of symptomatic infection. Outbreaks are often seen in daycare centers and nursing homes. +**Astrovirus** som infekterar människor är en del av _Mamastrovirus_-släktet inom _Astroviridae-familjen_. Det finns 8 arter av humana astrovirus (HAst1 till 8) och ytterligare 7 oklassificerade typer. Virusen orsakar sjukdomar främst hos barn och äldre. Oftast orsakar de gastroenterit, men kan också huvudvärk, illamående, kräkningar, låggradig feber och (i sällsynta fall) hjärninflammation. Inkubationstiden är 1-4 dagar och infektioner brukar gå över på 2-4 dagar. I tempererade klimat är astrovirusinfektioner vanligast på vintern och våren. De flesta barn har blvit smittade tidigt och har utvecklar immunitet vid 10 års ålder, så infektioner är ovanliga hos immunkompetenta vuxna. Men immuniteten tenderar att avta med tiden, så äldre människor kan vara i riskzonen. Utbrott ses ofta på daghem och äldreboenden. -**Sapovirus**, like norovirus, belongs to the _Calicivirdae_ family and infect both humans and animals. Sapporovirus (SaV) is the only species of sapovirus. There are five genogroups of SaV (GI to GV), with GI, GII, GIV, and GV infecting humans and being one of the most common causes of acute gastroenteritis (along with norovirus). Symptoms include diarrhea and vomiting, which are often accompanied by fever, nausea, and stomach cramps. The incubation period is similar to GG2 (12-48 hours), but symptoms are usually milder and last 2-6 days. In the past, SaV was thought to exclusively infect children, but there is increasing evidence that most age groups can be infected. Outbreaks of SaV have been reported from schools, childcare, adult long-term care, and hospitals, often due to contaminated food. +**Sapovirus** är en av de vanligaste orsakerna till akut gastroenterit hos människor och djur (vid sidan av norovirus). Symtom inkluderar diarré och kräkningar, som ofta åtföljs av feber, illamående och magkramper. Sapporovirus (SaV) är den enda arten av sapovirus. Den i fem genogrupper av SaV (GI till GV), där GI, GII, GIV och GV infekterar människa. Inkubationstiden liknar GG2 (12-48 timmar), men symtomen är vanligtvis lindrigare och varar 2-6 dagar. Förr ansågs SaV uteslutande smitta barn, men det finns allt fler bevis för att alla åldersgrupper kan bli sjuka. Utbrott av SaV ses exempelvis på sjukhus, skolor, oftast via förorenat livsmedel pga dålig handhygien hos livsmedelsarbetare. -**Pepper mild mottle virus (PMMoV)** is a plant virus infecting plants in the genus _Capsicum_, such as peppers, chili peppers, cayenne peppers, etc. When humans consume any of these plants, which are often infected with PMMoV, the virus is excreted in the faeces. This virus is often used as an indicator of faecal contamination of water (e.g. recreational waters and raw water). In commercial assays for SARS-CoV-2 detection, quantification of PMMoV is used as an indicator of the number of people contributing to the wastewater; inherently assuming that people consume the same amount of peppers and chilies every week. However, according to the experience of the Norder group at GU, the levels of PPMoV in the wastewater in Gothenburg are higher in the summer (indicating that the inhabitants consume more of these plants during this time of year). In their analyses, it is used as a control of the technique. +**Pepper mild mottle virus (PMMoV)** är ett växtvirus som infekterar växter inom släktet _Capsicum_, som paprika, chilipeppar, cayennepeppar mfl. När människor konsumerar någon av dessa växter, som ofta är smittade med PMMoV, utsöndras viruset i avföringen. PMMoV används därför ofta som en känslig indikator på fekal kontaminering av vatten (t.ex. råvatten som ska bli dricksvatten). Nivåerna av PMMoV i avloppsvattenprov kan användas för att standardisera för antalet personer som bidrar till provet (detta används i kommersiella analyser för kvantifiering av SARS-CoV-2 i avloppsvatten). En sådan standardisering förutsätter att människor utsöndrar samma mängd PMMoV under hela året. Men enligt erfarenheten från Norder-gruppen vid GU är halterna av PPMoV i avloppsvattnet i Göteborg högre på sommaren (vilket tyder på att invånarna konsumerar mer av dessa växter under denna årstid). From 0adb03fdc6cae1c074f499758900220bf132ce55 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Kazi Jahurul Islam Date: Tue, 9 Jan 2024 13:54:19 +0100 Subject: [PATCH 06/11] SV version of entric visrus Chores: - updated sv translation for covid data method from GU - added sv translation for covid visrus data histroric page from GU - updated sv translation for entric visrus page method from GU --- .../covid_quantification/covid_quant_GU.md | 12 ++-- .../covid_quantification/historic_covid_gu.md | 61 +++++++++++++++++++ .../historic_enteric_gu.md | 2 +- 3 files changed, 69 insertions(+), 6 deletions(-) create mode 100644 content/svenska/dashboards/wastewater/covid_quantification/historic_covid_gu.md diff --git a/content/svenska/dashboards/wastewater/covid_quantification/covid_quant_GU.md b/content/svenska/dashboards/wastewater/covid_quantification/covid_quant_GU.md index a7a79a0c7..4cd8fc125 100644 --- a/content/svenska/dashboards/wastewater/covid_quantification/covid_quant_GU.md +++ b/content/svenska/dashboards/wastewater/covid_quantification/covid_quant_GU.md @@ -12,9 +12,7 @@ aliases: ## Introduktion -Detta projekt leds av professor Helene Norder (Göteborgs universitet, GU), i samarbete med anställda vid Göteborgs universitet och Sahlgrenska Universitetssjukhuset (Hao Wang, Marianela Patzi Churqui, Timur Tunovic, Fredy Saguti och Kristina Nyström). Avloppsvattenprover insamlas av Lucica Enache vid Ryaverkets avloppsreningsverk, Gryaab AB, Göteborg. - -Data och visualiseringar på denna sida uppdateras veckovis. +Denna webbsida visar historiska enteriska virusdata relaterade till SARS-CoV-2 i Göteborg, Sverige. Data har insamlats av Helene Norders forskargrupp vid Göteborgs universitet, i samarbete med andra medarbetare från Göteborgs universitet och Sahlgrenska universitetssjukhuset (Hao Wang, Marianela Patzi Churqui, Timur Tunovic, Fredy Saguti, and Kristina Nyström), och Lucica Enache at Ryaverket, Gryaab AB, Gothenburg. Data som visas på denna sida samlades in mellan vecka 2 och vecka 42 2023 (dvs mellan 9 januari och 23 oktober 2023) vid Ryaverket. Forskargruppen började under vecka 20 2023 att använda en ny metod för att studera SARS-CoV-2. Alla forskningsdata som använder den nya metoden finns tillgängliga här ['historiska mängd SARS-COV-2 i avloppsvatten (GU)' page](/sv/dashboards/wastewater/covid_quantification/historic_covid_gu/) och data uppdateras ungefär **en gång per vecka**. ## Insamlingsplatser för avloppsvatten @@ -55,9 +53,13 @@ Wang, H., Churqui, M.P., Tunovic, T., Enache, L., Johansson, A., Karmander, A., ## Metoder -Insamling av avloppsvatten sker genom en fast insamlare som samlar in 30ml avlopps vatten per 10,000m3  av inkommande avloppsvatten. För analys veckovis poolas sju prover (varje avloppsvatten prov representerar insamling under ett dygn). Veckoprovet består av 1.5-15l avloppsvatten (beroende av flödet) som skickas till Klinisk Mikrobiologi vid Sahlgrenska Universitetssjukhuset för analys. Analys sker på måndagen i veckan efter provinsamling. +Insamling av avloppsvatten sker genom en fast insamlare som samlar in 30ml avlopps vatten per 10,000m3 av inkommande avloppsvatten. För analys veckovis poolas sju prover (varje avloppsvatten prov representerar insamling under ett dygn). Veckoprovet består av 1.5-15l avloppsvatten (beroende av flödet) som skickas till Klinisk Mikrobiologi vid Sahlgrenska Universitetssjukhuset för analys. Analys sker på måndagen i veckan efter provinsamling. + +Nukleinsyror extraheras från ett koncentrerat prov på 1 ml med hjälp av QIAamp Circulating Nucleic Acid Kit (Qiagen, Hilden, Germany). Realtids- PCR (RT-qPCR) användes för att detektera och kvantifiera mängd virusgenom. Mer information om metoden som används för att beräkna virusmängd finns i [Hellmér et al. (2014)](https://doi.org/10.1128/AEM.01981-14), [Saguti _et al._ (2021)](https://doi.org/10.1016/j.watres.2020.116620), [Wang _et al._ (2022)](https://doi.org/10.1016/j.isci.2022.105000), och [Wang _et al._ (2023)](https://doi.org/10.1016/j.scitotenv.2023.165012). Båda metoderna anges virusmängd per dag som ett genomsnitt, eftersom virusmängden baseras på en veckas insamling av avloppsvatten. + +På Klinisk Mikrobiologi på Sahlgrenska Universitetssjukhuset används två metoder utvecklade inom gruppen för att koncentrera virusmängderna. Den metod som nu används använder sig av ultrafiltrering som primär metod. Den metod som tidigare användes använde ett elektropositivt filter (Argonide, Florida, USA) för att koncentrera proverna ([Saguti _et al._, 2021](https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/33212338/)). Båda metoderna användes parallellt mellan vecka 20 och vecka 42 2023. All information som relateras till data insamlat med den tidigare används metoden finns på webbsidan för ['Historic SARS-CoV-2 data from Gothenburg' page](../). -På Klinisk Mikrobiologi, koncentreras virusmängd genom en metod utvecklad på laboratoriet till en volym av 2.5ml. Denna metod använder NanoCeram electropositive filter (Argonide, Florida, USA) för att koncentrera prover, följt av ultracentrifugering som sekundär metod för att koncentrera prover ([Saguti _et al._, 2021](https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/33212338/)). Nukleinsyror extraherades därefter från ett 1ml koncentrerat prov med hjälp av QIAamp Circulating Nucleic Acid Kit (Qiagen, Hilden, Germany). Realtids-PCR (RT-qPCR) användes för att detektera den RNA-beroende RNA polymerase (RdRP) regionen på SARS-CoV-2. Alla körningar innehöll en positiv kontroll bestående av en seriellt utspädd plasmid (Eurofins Genomics, Ebersberg, Germany). Nukleasfritt vatten används som negativ kontroll. Ct-värden från qPCR användes för att kvantifiera mängd SARS-CoV-2 genom i provet. En detaljerad beskrivning av hur mängd SARS-CoV-2 beräknas finns i [Saguti _et al._ (2021)](https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/33212338/). Den relativa virusmängden i avloppsvatten beräknades genom att dela mängd viralt genom i prover med mängd SARS-CoV-2 genom i ingående mängd avloppsvatten vecka 11 (mitten av mars) 2020. Prover från alla följande veckor har innehållit detekterbara SARS-CoV-2 genom. +Realtids-PCR (RT-qPCR) användes för att detektera den RNA-beroende RNA polymerase (RdRP) regionen på SARS-CoV-2. Alla körningar innehöll en positiv kontroll bestående av en seriellt utspädd plasmid (Eurofins Genomics, Ebersberg, Germany). Nukleasfritt vatten används som negativ kontroll. Ct-värden från qPCR användes för att kvantifiera mängd SARS-CoV-2 genom i provet. En detaljerad beskrivning av hur mängd SARS-CoV-2 beräknas finns i [Hellmér et al. (2014)](https://doi.org/10.1128/AEM.01981-14), [Saguti _et al._ (2021)](https://doi.org/10.1016/j.watres.2020.116620), [Wang _et al._ (2022)](https://doi.org/10.1016/j.isci.2022.105000), och [Wang _et al._ (2023)](https://doi.org/10.1016/j.scitotenv.2023.165012). I den tidigare använda metoden, som används tom vecka 42 223, beräknades den relativa virusmängden i avloppsvatten genom att dela mängd viralt genom i prover med mängd SARS-CoV-2 genom i ingående mängd avloppsvatten som detekterades i vecka 11 (mitten av mars) 2020. Prover från alla följande veckor har innehållit detekterbara mängder SARS-CoV-2 virus. (Se webbsidan för “Historic SARS-CoV-2 data from Gothenburg” ).Med den nya metoden, som används för de data som visas på denna webbsida, visas mängd virusgenom som ett genomsnitt baserat på en veckas insamlad mängd avloppsvatten.
diff --git a/content/svenska/dashboards/wastewater/covid_quantification/historic_covid_gu.md b/content/svenska/dashboards/wastewater/covid_quantification/historic_covid_gu.md new file mode 100644 index 000000000..5df00e557 --- /dev/null +++ b/content/svenska/dashboards/wastewater/covid_quantification/historic_covid_gu.md @@ -0,0 +1,61 @@ +--- +title: Mängd SARS-COV-2 i avloppsvatten (GU) +plotly: true +aliases: + - /sv/dashboards/wastewater/covid_quant_gu/historic_covid_gu/ +--- + +
+ Gå tillbaka till SARS-CoV-2-kvantifiering inom avloppsvattenbaserad epidemiologi-dashboarden +
+
+ +Denna webbsida visar historiska epidemiologiska data relaterade till SARS-CoV-2 i Göteborg, Sverige. Data har insamlats av Helene Norders forskargrupp vid Göteborgs universitet, i samarbete med andra medarbetare från Göteborgs universitet och Sahlgrenska universitetssjukhuset.(Hao Wang, Marianela Patzi Churqui, Timur Tunovic, Fredy Saguti, and Kristina Nyström). Data som visas på denna sida samlades in mellan vecka 7 2020 och vecka 42 2023 (dvs mellan 10 februari 2020 och 23 oktober 2023). Forskargruppen började under vecka 20 2023 att använda en ny metod för att studera SARS-CoV-2. Alla forskningsdata finns tillgängliga här ['Amount of SARS-CoV-2 in wastewater (GU)' page](../) och data uppdateras ungefär en gång per vecka. + +## Insamlingsplatser för avloppsvatten + +Ingående avloppsvattenprover insamlas från Ryaverkets avloppsreningsverk (eng. waste water plant WWTP) i Göteborg. Insamling av avloppsvattenprov startade 10 februari 2020 (vecka 7). Ryaverkets avloppsreningsverk samlar in avloppsvatten från mer än 790,000 invånare samt även från närliggande industrier. Avloppsvatten samlas även in från invånare och industrier inom närliggande områden som exempelvis Ale, Härryda, Kungälv, Lerum, Mölndal och Partille, samt från smältvatten från äldre delar av Göteborg. Mängd avloppsvatten från hushåll ligger på samma nivå över året, men den totala mängden avloppsvatten kan variera över året beroende på väderlek (högre luftfuktighet ger större mängd avloppsvatten). För mer information om uppsamling av avloppsvatten, veckor, volym avloppsvatten och flöde se [Wang _et al._ (2022)](https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/36035197/). + +## Visualiseringar + +
Senast uppdaterad:
+ +
+ Att rotera mobiltelefonen kan förbättra grafens layout +
+ +
+
{{< plotly json="https://blobserver.dc.scilifelab.se/blob/historic_wastewater_gothenburg.json" height="550px" >}}
+
+ +**Källskod som används för att skapa grafen:** [Källskod](https://github.com/ScilifelabDataCentre/covid-portal-visualisations/blob/main/wastewater/gothenburg_covid.py). + +## Kommentarer från forskargruppen + +
Date:
Commentary:
+ +{{< ww_dynamic_content >}} + +## Dataset + +**Kontakt:** + +**Nedladdning av data:** [Quantification of SARS-CoV-2 and enteric viruses in wastewater](https://github.com/ScilifelabDataCentre/covid-portal/raw/develop/static/ww_data_temp/wastewater_data_gu_allviruses.xlsx). Resultat finns tillgängliga för mängd SARS-CoV-2 från vecka 7 2020 (ett mindre uppehåll under vintern 2022-2023) , och för enterovirus från vecka 2 2023. Data uppdateras veckovis.\ + +**För att citera datasetet:** Norder, H., Nyström, K. Patzi Churqui, M., Tunovic, T., Wang, H. (2023). Detection of SARS-CoV-2 and other human enteric viruses in wastewater from Gothenburg. [https://doi.org/10.17044/scilifelab.22510501](https://doi.org/10.17044/scilifelab.22510501). + +**För att citera metoden som används:** +Saguti, F., Magnil, E., Enache, L., Churqui, M.P., Johansson, A., Lumley, D., Davidsson, F., Dotevall, L., Mattsson, A., Trybala, E., Lagging, M., Lindh, M., Gisslen, M., Brezicka, T., Nystrom, K. and Norder, H. (2021). Surveillance of wastewater revealed peaks of SARS-CoV-2 preceding those of hospitalized patients with COVID-19. [https://doi.org/10.1016/j.watres.2020.116620](https://doi.org/10.1016/j.watres.2020.116620). + +Wang, H., Churqui, M.P., Tunovic, T., Enache, L., Johansson, A., Karmander, A., Nilsson, S., Lagging, M., Andersson, M., Dotevall, L., Brezicka, T., Nystrom, K. and Norder, H. (2022). The amount of SARS-CoV-2 RNA in wastewater relates to the development of the pandemic and its burden on the health system. [https://doi.org/10.1016/j.isci.2022.105000](https://doi.org/10.1016/j.isci.2022.105000). + +## Metoder + +Insamling av avloppsvatten sker genom en fast insamlare som samlar in 30ml avlopps vatten per 10,000m3  av inkommande avloppsvatten. För analys veckovis poolas sju prover (varje avloppsvatten prov representerar insamling under ett dygn). Veckoprovet består av 1.5-15l avloppsvatten (beroende av flödet) som skickas till Klinisk Mikrobiologi vid Sahlgrenska Universitetssjukhuset för analys. Analys sker på måndagen i veckan efter provinsamling. + +På Klinisk Mikrobiologi, koncentreras virusmängd genom en metod utvecklad på laboratoriet till en volym av 2.5ml. Denna metod använder NanoCeram electropositive filter (Argonide, Florida, USA) för att koncentrera prover, följt av ultracentrifugering som sekundär metod för att koncentrera prover ([Saguti _et al._, 2021](https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/33212338/)). Nukleinsyror extraherades därefter från ett 1ml koncentrerat prov med hjälp av QIAamp Circulating Nucleic Acid Kit (Qiagen, Hilden, Germany). Realtids-PCR (RT-qPCR) användes för att detektera den RNA-beroende RNA polymerase (RdRP) regionen på SARS-CoV-2. Alla körningar innehöll en positiv kontroll bestående av en seriellt utspädd plasmid (Eurofins Genomics, Ebersberg, Germany). Nukleasfritt vatten används som negativ kontroll. Ct-värden från qPCR användes för att kvantifiera mängd SARS-CoV-2 genom i provet. En detaljerad beskrivning av hur mängd SARS-CoV-2 beräknas finns i [Saguti _et al._ (2021)](https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/33212338/). Den relativa virusmängden i avloppsvatten beräknades genom att dela mängd viralt genom i prover med mängd SARS-CoV-2 genom i ingående mängd avloppsvatten vecka 11 (mitten av mars) 2020. Prover från alla följande veckor har innehållit detekterbara SARS-CoV-2 genom. + +
+
+ Gå tillbaka till SARS-CoV-2-kvantifiering inom avloppsvattenbaserad epidemiologi-dashboarden +
diff --git a/content/svenska/dashboards/wastewater/enteric_quantification/historic_enteric_gu.md b/content/svenska/dashboards/wastewater/enteric_quantification/historic_enteric_gu.md index aa55e0c92..895067158 100644 --- a/content/svenska/dashboards/wastewater/enteric_quantification/historic_enteric_gu.md +++ b/content/svenska/dashboards/wastewater/enteric_quantification/historic_enteric_gu.md @@ -5,7 +5,7 @@ aliases: - /sv/dashboards/wastewater/historic_enteric_GU/ --- -Denna webbsida visar historiska enteriska virusdata relaterade till SARS-CoV-2 i Göteborg, Sverige. Data har insamlats av Helene Norders forskargrupp vid Göteborgs universitet, i samarbete med andra medarbetare från Göteborgs universitet och Sahlgrenska universitetssjukhuset (Hao Wang, Marianela Patzi Churqui, Timur Tunovic, Fredy Saguti, and Kristina Nyström), och Lucica Enache at Ryaverket, Gryaab AB, Gothenburg. Data som visas på denna sida samlades in mellan vecka 2 och vecka 42 2023 (dvs mellan 9 januari och 23 oktober 2023) vid Ryaverket. Forskargruppen började under vecka 20 2023 att använda en ny metod för att studera SARS-CoV-2. Alla forskningsdata som använder den nya metoden finns tillgängliga här ['Amount of enteric virus in wastewater (GU)' page](../) och data uppdateras ungefär en gång per vecka. +Denna webbsida visar historiska enteriska virusdata relaterade till SARS-CoV-2 i Göteborg, Sverige. Data har insamlats av Helene Norders forskargrupp vid Göteborgs universitet, i samarbete med andra medarbetare från Göteborgs universitet och Sahlgrenska universitetssjukhuset (Hao Wang, Marianela Patzi Churqui, Timur Tunovic, Fredy Saguti, and Kristina Nyström), och Lucica Enache at Ryaverket, Gryaab AB, Gothenburg. Data som visas på denna sida samlades in mellan vecka 2 och vecka 42 2023 (dvs mellan 9 januari och 23 oktober 2023) vid Ryaverket. Forskargruppen började under vecka 20 2023 att använda en ny metod för att studera SARS-CoV-2. Alla forskningsdata som använder den nya metoden finns tillgängliga här ['Mängd enteriska virus i avloppsvatten (GU)' sida](../) och data uppdateras ungefär en gång per vecka. ## Introduction From 581b6fe89b311d169ae8e2dca7bf3611b8d12cb6 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Kazi Jahurul Islam Date: Tue, 9 Jan 2024 23:01:56 +0100 Subject: [PATCH 07/11] Updated historic entric virus sv version Chore: - Updated historic entric virus sv version before introduction section translation --- .../wastewater/enteric_quantification/historic_enteric_gu.md | 3 ++- 1 file changed, 2 insertions(+), 1 deletion(-) diff --git a/content/svenska/dashboards/wastewater/enteric_quantification/historic_enteric_gu.md b/content/svenska/dashboards/wastewater/enteric_quantification/historic_enteric_gu.md index 895067158..1c9ba3b0e 100644 --- a/content/svenska/dashboards/wastewater/enteric_quantification/historic_enteric_gu.md +++ b/content/svenska/dashboards/wastewater/enteric_quantification/historic_enteric_gu.md @@ -5,7 +5,8 @@ aliases: - /sv/dashboards/wastewater/historic_enteric_GU/ --- -Denna webbsida visar historiska enteriska virusdata relaterade till SARS-CoV-2 i Göteborg, Sverige. Data har insamlats av Helene Norders forskargrupp vid Göteborgs universitet, i samarbete med andra medarbetare från Göteborgs universitet och Sahlgrenska universitetssjukhuset (Hao Wang, Marianela Patzi Churqui, Timur Tunovic, Fredy Saguti, and Kristina Nyström), och Lucica Enache at Ryaverket, Gryaab AB, Gothenburg. Data som visas på denna sida samlades in mellan vecka 2 och vecka 42 2023 (dvs mellan 9 januari och 23 oktober 2023) vid Ryaverket. Forskargruppen började under vecka 20 2023 att använda en ny metod för att studera SARS-CoV-2. Alla forskningsdata som använder den nya metoden finns tillgängliga här ['Mängd enteriska virus i avloppsvatten (GU)' sida](../) och data uppdateras ungefär en gång per vecka. +Denna webbsida visar historiska avloppsvattendata för enteriska virus. Data samlades in i Göteborg, Sverige av prof. Heléne Norders forskargrupp vid Göteborgs universitet, (GU). Forskningen har utfört av personal verksam vid Göteborgs universitet och på Sahlgrenska Universitetssjukhuset (Hao Wang, Marianela Patzi Churqui, Timur Tunovic, Fredy Saguti och Kristina Nyström) och Lucica Enache från Ryaverket, Gryaab AB, Göteburg. Data som visas på denna webbsida samlades in mellan vecka 2 och vecka 43 2023 (dvs. mellan 9 januari och 23 oktober 2023). Forskargruppen började använda en ny metod från och med vecka 20 2023 (15 maj). +Data som bygger på den nya metoden uppdateras kontinuerligt ungefär **en gång per vecka** och visas på webbsidan ['Mängd enteriska virus i avloppsvatten (GU)'](../). ## Introduction From 1cc78625005971032f8e98b30e99c4a786945451 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: LianeHughes <68756672+LianeHughes@users.noreply.github.com> Date: Wed, 10 Jan 2024 13:25:22 +0100 Subject: [PATCH 08/11] Corrections for text and references --- .../covid_quantification/covid_quant_GU.md | 2 +- .../enteric_quantification/_index.md | 2 +- .../covid_quantification/covid_quant_GU.md | 36 +++++++++++----- .../covid_quantification/historic_covid_gu.md | 28 +++++-------- .../enteric_quantification/_index.md | 42 +++++++++++++------ .../historic_enteric_gu.md | 11 ++--- 6 files changed, 70 insertions(+), 51 deletions(-) diff --git a/content/english/dashboards/wastewater/covid_quantification/covid_quant_GU.md b/content/english/dashboards/wastewater/covid_quantification/covid_quant_GU.md index a6dce4241..dfc3e0e25 100644 --- a/content/english/dashboards/wastewater/covid_quantification/covid_quant_GU.md +++ b/content/english/dashboards/wastewater/covid_quantification/covid_quant_GU.md @@ -53,7 +53,7 @@ There has been a slight increase in the amount of SARS-CoV-2 in Gothenburg's was **Contact:** -**How to cite the dataset:** Norder, H., Nyström, K. Patzi Churqui, M., Tunovic, T., Wang, H. (2023). Detection of SARS-CoV-2 and other human enteric viruses in wastewater from Gothenburg. [https://doi.org/10.17044/scilifelab.22510501](https://doi.org/10.17044/scilifelab.22510501). +**How to cite the dataset:** Norder, H., Nyström, K. Patzi Churqui, M., Tunovic, T., Wang, H., Saguti, F. (2023). Detection of SARS-CoV-2 and other human enteric viruses in wastewater from Gothenburg. [https://doi.org/10.17044/scilifelab.24787353.v1](https://doi.org/10.17044/scilifelab.24787353.v1). **How to cite method:** diff --git a/content/english/dashboards/wastewater/enteric_quantification/_index.md b/content/english/dashboards/wastewater/enteric_quantification/_index.md index 9e50e5ce6..c102bc2f0 100644 --- a/content/english/dashboards/wastewater/enteric_quantification/_index.md +++ b/content/english/dashboards/wastewater/enteric_quantification/_index.md @@ -76,7 +76,7 @@ The amount of pepper mild mottle virus (PMMoV) has varied more than 10-fold duri ###### **How to cite the dataset:** -Norder, H., Nyström, K. Patzi Churqui, M., Tunovic, T., Wang, H. (2023). Detection of SARS-CoV-2 and other human enteric viruses in wastewater from Gothenburg. [https://doi.org/10.17044/scilifelab.22510501](https://doi.org/10.17044/scilifelab.22510501). +Norder, H., Nyström, K. Patzi Churqui, M., Tunovic, T., Wang, H., Saguti, F. (2023). Detection of SARS-CoV-2 and other human enteric viruses in wastewater from Gothenburg. [https://doi.org/10.17044/scilifelab.24787353.v1](https://doi.org/10.17044/scilifelab.24787353.v1). ###### **How to cite method:** diff --git a/content/svenska/dashboards/wastewater/covid_quantification/covid_quant_GU.md b/content/svenska/dashboards/wastewater/covid_quantification/covid_quant_GU.md index 4cd8fc125..46fc7e8f8 100644 --- a/content/svenska/dashboards/wastewater/covid_quantification/covid_quant_GU.md +++ b/content/svenska/dashboards/wastewater/covid_quantification/covid_quant_GU.md @@ -12,11 +12,17 @@ aliases: ## Introduktion -Denna webbsida visar historiska enteriska virusdata relaterade till SARS-CoV-2 i Göteborg, Sverige. Data har insamlats av Helene Norders forskargrupp vid Göteborgs universitet, i samarbete med andra medarbetare från Göteborgs universitet och Sahlgrenska universitetssjukhuset (Hao Wang, Marianela Patzi Churqui, Timur Tunovic, Fredy Saguti, and Kristina Nyström), och Lucica Enache at Ryaverket, Gryaab AB, Gothenburg. Data som visas på denna sida samlades in mellan vecka 2 och vecka 42 2023 (dvs mellan 9 januari och 23 oktober 2023) vid Ryaverket. Forskargruppen började under vecka 20 2023 att använda en ny metod för att studera SARS-CoV-2. Alla forskningsdata som använder den nya metoden finns tillgängliga här ['historiska mängd SARS-COV-2 i avloppsvatten (GU)' page](/sv/dashboards/wastewater/covid_quantification/historic_covid_gu/) och data uppdateras ungefär **en gång per vecka**. +Denna webbsida visar virusdata relaterade till SARS-CoV-2 i Göteborg, Sverige. Data har insamlats av Helene Norders forskargrupp vid Göteborgs universitet, i samarbete med andra medarbetare från Göteborgs universitet och Sahlgrenska universitetssjukhuset (Hao Wang, Marianela Patzi Churqui, Timur Tunovic, Fredy Saguti och Kristina Nyström) och Lucica Enache, Ryaverket, Gryaab AB, Göteborg. + +Gruppen började samla in prover den 10 februari (vecka 7) 2020. De uppdaterade metoderna relaterade till att analysera SARS-CoV-2 proverna under 2023 och började använda denna uppdaterade metod den 15 maj (vecka 20) 2023. Den här sidan berör endast data som samlats in med deras uppdaterade metod. Data och visualisering på denna webbsida uppdateras oftast **en gång per vecka**. + +Alla forskningsdata som använder den gamla metoden finns tillgängliga här ['Historisk mängd SARS-COV-2 i avloppsvatten (GU)'](/sv/dashboards/wastewater/covid_quantification/historic_covid_gu/). + +Studierna av SARS-CoV-2 i avloppsvatten har inom Nordergruppen skett parallellt med arbetet att studera enteriska virus i avloppsvatten, dessa data delas också [på portalen](/sv/dashboards/wastewater/covid_quantification/historic_covid_gu/). ## Insamlingsplatser för avloppsvatten -Ingående avloppsvattenprover insamlas från Ryaverkets avloppsreningsverk (eng. waste water plant WWTP) i Göteborg. Insamling av avloppsvattenprov startade 10 februari 2020 (vecka 7). Ryaverkets avloppsreningsverk samlar in avloppsvatten från mer än 790,000 invånare samt även från närliggande industrier. Avloppsvatten samlas även in från invånare och industrier inom närliggande områden som exempelvis Ale, Härryda, Kungälv, Lerum, Mölndal och Partille, samt från smältvatten från äldre delar av Göteborg. Mängd avloppsvatten från hushåll ligger på samma nivå över året, men den totala mängden avloppsvatten kan variera över året beroende på väderlek (högre luftfuktighet ger större mängd avloppsvatten). För mer information om uppsamling av avloppsvatten, veckor, volym avloppsvatten och flöde se [Wang _et al._ (2022)](https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/36035197/). +Ingående avloppsvattenprover insamlas från Ryaverkets avloppsreningsverk (eng. wastewater treatment plant WWTP) i Göteborg. Insamling av avloppsvattenprov startade 10 februari 2020 (vecka 7). Ryaverkets avloppsreningsverk samlar in avloppsvatten från mer än 790,000 invånare samt även från närliggande industrier. Avloppsvatten samlas även in från invånare och industrier inom närliggande områden som exempelvis Ale, Härryda, Kungälv, Lerum, Mölndal och Partille, samt från smältvatten från äldre delar av Göteborg. Mängd avloppsvatten från hushåll ligger på samma nivå över året, men den totala mängden avloppsvatten kan variera över året beroende på väderlek (högre luftfuktighet ger större mängd avloppsvatten). För mer information om uppsamling av avloppsvatten, veckor, volym avloppsvatten och flöde se [Wang _et al._ (2022)](https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/36035197/). ## Visualiseringar @@ -27,24 +33,30 @@ Ingående avloppsvattenprover insamlas från Ryaverkets avloppsreningsverk (eng.
-
{{< plotly json="https://blobserver.dc.scilifelab.se/blob/wastewater_gothenburg.json" height="550px" >}}
+
{{< plotly json="https://blobserver.dc.scilifelab.se/blob/wastewater_gothenburg_new.json" height="550px" >}}
**Källskod som används för att skapa grafen:** [Källskod](https://github.com/ScilifelabDataCentre/covid-portal-visualisations/blob/main/wastewater/gothenburg_covid.py). ## Kommentarer från forskargruppen -
Date:
Commentary:
+ + +
Date:2023-11-24
Commentary:From week 20 we have implemented a new concentration method for virus detection. The new technology is based on ultrafiltration and has been compared with the standard method. The new method is more sensitive and has a shorter processing time than the standard technique. Based on this the data will be presented as total number of viral genome copies per day instead of the relative amount compared to week 11-2020. As a result, the baseline for the detection is elevated. + +There has been a slight increase in the amount of SARS-CoV-2 in Gothenburg's wastewater from weeks 41 to 44, but the levels still remain low. + +
{{< ww_dynamic_content >}} ## Dataset -**Kontakt:** +**Nedladdning av data:** [Quantification of SARS-CoV-2 and enteric viruses in wastewater](https://github.com/ScilifelabDataCentre/covid-portal/raw/develop/static/ww_data_temp/wastewater_data_gu_allviruses.xlsx). Resultat finns tillgängliga för SARS-CoV-2 och för enteriska virus från vecka 20 2023. Data uppdateras veckovis. -**Nedladdning av data:** [Quantification of SARS-CoV-2 and enteric viruses in wastewater](https://github.com/ScilifelabDataCentre/covid-portal/raw/develop/static/ww_data_temp/wastewater_data_gu_allviruses.xlsx). Resultat finns tillgängliga för mängd SARS-CoV-2 från vecka 7 2020 (ett mindre uppehåll under vintern 2022-2023) , och för enterovirus från vecka 2 2023. Data uppdateras veckovis.\ +**Kontakt:** -**För att citera datasetet:** Norder, H., Nyström, K. Patzi Churqui, M., Tunovic, T., Wang, H. (2023). Detection of SARS-CoV-2 and other human enteric viruses in wastewater from Gothenburg. [https://doi.org/10.17044/scilifelab.22510501](https://doi.org/10.17044/scilifelab.22510501). +**För att citera datasetet:** Norder, H., Nyström, K. Patzi Churqui, M., Tunovic, T., Wang, H., Saguti, F. (2023). Detection of SARS-CoV-2 and other human enteric viruses in wastewater from Gothenburg. [https://doi.org/10.17044/scilifelab.24787353.v1](https://doi.org/10.17044/scilifelab.24787353.v1). **För att citera metoden som används:** Saguti, F., Magnil, E., Enache, L., Churqui, M.P., Johansson, A., Lumley, D., Davidsson, F., Dotevall, L., Mattsson, A., Trybala, E., Lagging, M., Lindh, M., Gisslen, M., Brezicka, T., Nystrom, K. and Norder, H. (2021). Surveillance of wastewater revealed peaks of SARS-CoV-2 preceding those of hospitalized patients with COVID-19. [https://doi.org/10.1016/j.watres.2020.116620](https://doi.org/10.1016/j.watres.2020.116620). @@ -53,13 +65,15 @@ Wang, H., Churqui, M.P., Tunovic, T., Enache, L., Johansson, A., Karmander, A., ## Metoder -Insamling av avloppsvatten sker genom en fast insamlare som samlar in 30ml avlopps vatten per 10,000m3 av inkommande avloppsvatten. För analys veckovis poolas sju prover (varje avloppsvatten prov representerar insamling under ett dygn). Veckoprovet består av 1.5-15l avloppsvatten (beroende av flödet) som skickas till Klinisk Mikrobiologi vid Sahlgrenska Universitetssjukhuset för analys. Analys sker på måndagen i veckan efter provinsamling. +Insamling av avloppsvatten sker genom en fast insamlare som samlar in 30ml avloppsvatten per 10,000m3 av inkommande avloppsvatten. För analys veckovis poolas sju prover (varje avloppsvattenprov representerar insamling under ett dygn). Veckoprovet består av 1.5-15l avloppsvatten (beroende av flödet) som skickas till Klinisk Mikrobiologi vid Sahlgrenska Universitetssjukhuset för analys. Analys sker på måndagen i veckan efter provinsamling. + +På Klinisk Mikrobiologi på Sahlgrenska Universitetssjukhuset används två metoder utvecklade inom gruppen för att koncentrera virusmängderna. Den metod som nu används använder sig av ultrafiltrering som primär metod. Den tidigare metoden använde ett elektropositivt filter (Argonide, Florida, USA) för att koncentrera proverna ([Saguti _et al._, 2021](https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/33212338/)). Båda metoderna användes parallellt mellan vecka 20 och vecka 42 2023. All information som relateras till data insamlat med den tidigare används metoden finns på webbsidan för ['Historiska data för SARS-COV-2 i avloppsvatten'](/sv/dashboards/wastewater/covid_quantification/historic_covid_gu/). -Nukleinsyror extraheras från ett koncentrerat prov på 1 ml med hjälp av QIAamp Circulating Nucleic Acid Kit (Qiagen, Hilden, Germany). Realtids- PCR (RT-qPCR) användes för att detektera och kvantifiera mängd virusgenom. Mer information om metoden som används för att beräkna virusmängd finns i [Hellmér et al. (2014)](https://doi.org/10.1128/AEM.01981-14), [Saguti _et al._ (2021)](https://doi.org/10.1016/j.watres.2020.116620), [Wang _et al._ (2022)](https://doi.org/10.1016/j.isci.2022.105000), och [Wang _et al._ (2023)](https://doi.org/10.1016/j.scitotenv.2023.165012). Båda metoderna anges virusmängd per dag som ett genomsnitt, eftersom virusmängden baseras på en veckas insamling av avloppsvatten. +Nukleinsyror extraheras från ett koncentrerat prov på 1 ml med hjälp av QIAamp Circulating Nucleic Acid Kit (Qiagen, Hilden, Germany). Realtids-PCR (RT-qPCR) användes för att detektera den RNA-beroende RNA polymerase (RdRP) regionen på SARS-CoV-2. Alla körningar innehöll en positiv kontroll bestående av en seriellt utspädd plasmid (Eurofins Genomics, Ebersberg, Germany). Nukleasfritt vatten används som negativ kontroll. Ct-värden från qPCR användes för att kvantifiera mängd SARS-CoV-2 genom i provet. En detaljerad beskrivning av hur mängd SARS-CoV-2 beräknas finns i [Hellmér et al. (2014)](https://doi.org/10.1128/AEM.01981-14), [Saguti _et al._ (2021)](https://doi.org/10.1016/j.watres.2020.116620), [Wang _et al._ (2022)](https://doi.org/10.1016/j.isci.2022.105000), och [Wang _et al._ (2023)](https://doi.org/10.1016/j.scitotenv.2023.165012). I den tidigare använda metoden, som används tom vecka 42 223, beräknades den relativa virusmängden i avloppsvatten genom att dela mängd viralt genom i prover med mängd SARS-CoV-2 genom i ingående mängd avloppsvatten som detekterades i vecka 11 (mitten av mars) 2020. Prover från alla följande veckor har innehållit detekterbara mängder SARS-CoV-2 virus (se webbsidan för [Historiska data för SARS-COV-2 i avloppsvatten](/sv/dashboards/wastewater/covid_quantification/historic_covid_gu/)). Med den nya metoden, som används för de data som visas på denna webbsida, visas istället mängd virusgenom som ett genomsnitt baserat på en veckas insamlad mängd avloppsvatten. -På Klinisk Mikrobiologi på Sahlgrenska Universitetssjukhuset används två metoder utvecklade inom gruppen för att koncentrera virusmängderna. Den metod som nu används använder sig av ultrafiltrering som primär metod. Den metod som tidigare användes använde ett elektropositivt filter (Argonide, Florida, USA) för att koncentrera proverna ([Saguti _et al._, 2021](https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/33212338/)). Båda metoderna användes parallellt mellan vecka 20 och vecka 42 2023. All information som relateras till data insamlat med den tidigare används metoden finns på webbsidan för ['Historic SARS-CoV-2 data from Gothenburg' page](../). +## Arkiverade data -Realtids-PCR (RT-qPCR) användes för att detektera den RNA-beroende RNA polymerase (RdRP) regionen på SARS-CoV-2. Alla körningar innehöll en positiv kontroll bestående av en seriellt utspädd plasmid (Eurofins Genomics, Ebersberg, Germany). Nukleasfritt vatten används som negativ kontroll. Ct-värden från qPCR användes för att kvantifiera mängd SARS-CoV-2 genom i provet. En detaljerad beskrivning av hur mängd SARS-CoV-2 beräknas finns i [Hellmér et al. (2014)](https://doi.org/10.1128/AEM.01981-14), [Saguti _et al._ (2021)](https://doi.org/10.1016/j.watres.2020.116620), [Wang _et al._ (2022)](https://doi.org/10.1016/j.isci.2022.105000), och [Wang _et al._ (2023)](https://doi.org/10.1016/j.scitotenv.2023.165012). I den tidigare använda metoden, som används tom vecka 42 223, beräknades den relativa virusmängden i avloppsvatten genom att dela mängd viralt genom i prover med mängd SARS-CoV-2 genom i ingående mängd avloppsvatten som detekterades i vecka 11 (mitten av mars) 2020. Prover från alla följande veckor har innehållit detekterbara mängder SARS-CoV-2 virus. (Se webbsidan för “Historic SARS-CoV-2 data from Gothenburg” ).Med den nya metoden, som används för de data som visas på denna webbsida, visas mängd virusgenom som ett genomsnitt baserat på en veckas insamlad mängd avloppsvatten. +- [Historiska SARS-CoV-2 data från Göteborg insamlade mellan vecka 7 2020 och vecka 43 2023](/sv/dashboards/wastewater/covid_quantification/historic_covid_gu/).
diff --git a/content/svenska/dashboards/wastewater/covid_quantification/historic_covid_gu.md b/content/svenska/dashboards/wastewater/covid_quantification/historic_covid_gu.md index 5df00e557..d718beb51 100644 --- a/content/svenska/dashboards/wastewater/covid_quantification/historic_covid_gu.md +++ b/content/svenska/dashboards/wastewater/covid_quantification/historic_covid_gu.md @@ -1,24 +1,21 @@ --- -title: Mängd SARS-COV-2 i avloppsvatten (GU) +title: Historiska data för SARS-COV-2 i avloppsvatten (GU) plotly: true aliases: - /sv/dashboards/wastewater/covid_quant_gu/historic_covid_gu/ --- -
- Gå tillbaka till SARS-CoV-2-kvantifiering inom avloppsvattenbaserad epidemiologi-dashboarden -
-
- -Denna webbsida visar historiska epidemiologiska data relaterade till SARS-CoV-2 i Göteborg, Sverige. Data har insamlats av Helene Norders forskargrupp vid Göteborgs universitet, i samarbete med andra medarbetare från Göteborgs universitet och Sahlgrenska universitetssjukhuset.(Hao Wang, Marianela Patzi Churqui, Timur Tunovic, Fredy Saguti, and Kristina Nyström). Data som visas på denna sida samlades in mellan vecka 7 2020 och vecka 42 2023 (dvs mellan 10 februari 2020 och 23 oktober 2023). Forskargruppen började under vecka 20 2023 att använda en ny metod för att studera SARS-CoV-2. Alla forskningsdata finns tillgängliga här ['Amount of SARS-CoV-2 in wastewater (GU)' page](../) och data uppdateras ungefär en gång per vecka. +Denna webbsida visar historiska epidemiologiska data relaterade till SARS-CoV-2 i Göteborg, Sverige. Data har insamlats av Helene Norders forskargrupp vid Göteborgs universitet, i samarbete med andra medarbetare från Göteborgs universitet och Sahlgrenska universitetssjukhuset (Hao Wang, Marianela Patzi Churqui, Timur Tunovic, Fredy Saguti, and Kristina Nyström). Data som visas på denna sida samlades in mellan vecka 7 2020 och vecka 42 2023 (dvs mellan 10 februari 2020 och 23 oktober 2023). Forskargruppen började under vecka 20 2023 att använda en ny metod för att studera SARS-CoV-2. Data som produceras med denna nya metod fortsätter att uppdateras ungefär en gång i veckan och är tillgängliga på webbsidan ['Mängd SARS-COV-2 i avloppsvatten (GU)'](/sv/dashboards/wastewater/covid_quantification/covid_quant_gu/). ## Insamlingsplatser för avloppsvatten -Ingående avloppsvattenprover insamlas från Ryaverkets avloppsreningsverk (eng. waste water plant WWTP) i Göteborg. Insamling av avloppsvattenprov startade 10 februari 2020 (vecka 7). Ryaverkets avloppsreningsverk samlar in avloppsvatten från mer än 790,000 invånare samt även från närliggande industrier. Avloppsvatten samlas även in från invånare och industrier inom närliggande områden som exempelvis Ale, Härryda, Kungälv, Lerum, Mölndal och Partille, samt från smältvatten från äldre delar av Göteborg. Mängd avloppsvatten från hushåll ligger på samma nivå över året, men den totala mängden avloppsvatten kan variera över året beroende på väderlek (högre luftfuktighet ger större mängd avloppsvatten). För mer information om uppsamling av avloppsvatten, veckor, volym avloppsvatten och flöde se [Wang _et al._ (2022)](https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/36035197/). +Ingående avloppsvattenprover insamlas från Ryaverkets avloppsreningsverk (eng. wastewater treatment plant WWTP) i Göteborg. Insamling av avloppsvattenprov startade 10 februari 2020 (vecka 7). Ryaverkets avloppsreningsverk samlar in avloppsvatten från mer än 790,000 invånare samt även från närliggande industrier. Avloppsvatten samlas även in från invånare och industrier inom närliggande områden som exempelvis Ale, Härryda, Kungälv, Lerum, Mölndal och Partille, samt från smältvatten från äldre delar av Göteborg. Mängd avloppsvatten från hushåll ligger på samma nivå över året, men den totala mängden avloppsvatten kan variera över året beroende på väderlek (högre luftfuktighet ger större mängd avloppsvatten). För mer information om uppsamling av avloppsvatten, veckor, volym avloppsvatten och flöde se [Wang _et al._ (2022)](https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/36035197/). ## Visualiseringar -
Senast uppdaterad:
+
Senast uppdaterad: 2023-11-17
+ +_Det blå blocket på grafen indikerar den period då provtagningen gjordes inte (vecka 45 2022 - vecka 2 2023)._
Att rotera mobiltelefonen kan förbättra grafens layout @@ -28,11 +25,11 @@ Ingående avloppsvattenprover insamlas från Ryaverkets avloppsreningsverk (eng.
{{< plotly json="https://blobserver.dc.scilifelab.se/blob/historic_wastewater_gothenburg.json" height="550px" >}}
-**Källskod som används för att skapa grafen:** [Källskod](https://github.com/ScilifelabDataCentre/covid-portal-visualisations/blob/main/wastewater/gothenburg_covid.py). +**Källskod som används för att skapa grafen:** [Källskod](https://github.com/ScilifelabDataCentre/covid-portal-visualisations/blob/main/wastewater/gothenburg_covid_historic.py). ## Kommentarer från forskargruppen -
Date:
Commentary:
+
Date: 2023-11-07
Commentary:There are still low amounts of SARS-CoV-2 in Gothenburg's wastewater. However, there was a small increase in weeks 41, 42, and 43 but there are still low levels.
{{< ww_dynamic_content >}} @@ -40,7 +37,7 @@ Ingående avloppsvattenprover insamlas från Ryaverkets avloppsreningsverk (eng. **Kontakt:** -**Nedladdning av data:** [Quantification of SARS-CoV-2 and enteric viruses in wastewater](https://github.com/ScilifelabDataCentre/covid-portal/raw/develop/static/ww_data_temp/wastewater_data_gu_allviruses.xlsx). Resultat finns tillgängliga för mängd SARS-CoV-2 från vecka 7 2020 (ett mindre uppehåll under vintern 2022-2023) , och för enterovirus från vecka 2 2023. Data uppdateras veckovis.\ +**Nedladdning av data:** [Quantification of SARS-CoV-2 and enteric viruses in wastewater](https://github.com/ScilifelabDataCentre/covid-portal/raw/develop/static/ww_data_temp/wastewater_data_gu_allviruses.xlsx). Resultat finns tillgängliga för mängd SARS-CoV-2 från vecka 7 2020 (ett mindre uppehåll under vintern 2022-2023) , och för enterovirus från vecka 2 2023. Data uppdateras veckovis. **För att citera datasetet:** Norder, H., Nyström, K. Patzi Churqui, M., Tunovic, T., Wang, H. (2023). Detection of SARS-CoV-2 and other human enteric viruses in wastewater from Gothenburg. [https://doi.org/10.17044/scilifelab.22510501](https://doi.org/10.17044/scilifelab.22510501). @@ -51,11 +48,6 @@ Wang, H., Churqui, M.P., Tunovic, T., Enache, L., Johansson, A., Karmander, A., ## Metoder -Insamling av avloppsvatten sker genom en fast insamlare som samlar in 30ml avlopps vatten per 10,000m3  av inkommande avloppsvatten. För analys veckovis poolas sju prover (varje avloppsvatten prov representerar insamling under ett dygn). Veckoprovet består av 1.5-15l avloppsvatten (beroende av flödet) som skickas till Klinisk Mikrobiologi vid Sahlgrenska Universitetssjukhuset för analys. Analys sker på måndagen i veckan efter provinsamling. +Insamling av avloppsvatten sker genom en fast insamlare som samlar in 30ml avloppsvatten per 10,000m3  av inkommande avloppsvatten. För analys veckovis poolas sju prover (varje avloppsvattenprov representerar insamling under ett dygn). Veckoprovet består av 1.5-15l avloppsvatten (beroende av flödet) som skickas till Klinisk Mikrobiologi vid Sahlgrenska Universitetssjukhuset för analys. Analys sker på måndagen i veckan efter provinsamling. På Klinisk Mikrobiologi, koncentreras virusmängd genom en metod utvecklad på laboratoriet till en volym av 2.5ml. Denna metod använder NanoCeram electropositive filter (Argonide, Florida, USA) för att koncentrera prover, följt av ultracentrifugering som sekundär metod för att koncentrera prover ([Saguti _et al._, 2021](https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/33212338/)). Nukleinsyror extraherades därefter från ett 1ml koncentrerat prov med hjälp av QIAamp Circulating Nucleic Acid Kit (Qiagen, Hilden, Germany). Realtids-PCR (RT-qPCR) användes för att detektera den RNA-beroende RNA polymerase (RdRP) regionen på SARS-CoV-2. Alla körningar innehöll en positiv kontroll bestående av en seriellt utspädd plasmid (Eurofins Genomics, Ebersberg, Germany). Nukleasfritt vatten används som negativ kontroll. Ct-värden från qPCR användes för att kvantifiera mängd SARS-CoV-2 genom i provet. En detaljerad beskrivning av hur mängd SARS-CoV-2 beräknas finns i [Saguti _et al._ (2021)](https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/33212338/). Den relativa virusmängden i avloppsvatten beräknades genom att dela mängd viralt genom i prover med mängd SARS-CoV-2 genom i ingående mängd avloppsvatten vecka 11 (mitten av mars) 2020. Prover från alla följande veckor har innehållit detekterbara SARS-CoV-2 genom. - -
-
- Gå tillbaka till SARS-CoV-2-kvantifiering inom avloppsvattenbaserad epidemiologi-dashboarden -
diff --git a/content/svenska/dashboards/wastewater/enteric_quantification/_index.md b/content/svenska/dashboards/wastewater/enteric_quantification/_index.md index 3517858e7..2b4319f2a 100644 --- a/content/svenska/dashboards/wastewater/enteric_quantification/_index.md +++ b/content/svenska/dashboards/wastewater/enteric_quantification/_index.md @@ -16,13 +16,11 @@ Enteriska virus tillhör en större grupp virus som inkluderar calicivirus (noro Avloppsvatten innehåller många olika typer av virus som infekterar allt levande även människor eftersom infekterade individer utsöndrar viruspartiklar i avföring och urin. Nordergruppen vid Göteborgs universitet har genom sin forsknings påvisat att nivåer av vissa enteriska virus i avloppsvatten kan förutsäga kommande virusutbrott, som att nivåerna av norovirus i avloppsvatten ökar 1-2 veckor innan större utbrott sker på äldreboenden och sjukhusavdelningar ([Hellmér _et al._, 2014](https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/25172863/)). -Under 2017, och sedan 2020 och alltjämt utför Nordergruppen vid Göteborgs universitet (GU) veckovis samtidig övervakning av ett antal enteriska virus i avloppsvattnet. Gruppen kvantifierar nivåerna av virus arvsmassa av enterovirus (inklusive poliovirus), adenovirus, GG2 (ett norovirus som orsakar vinterkräksjuka), astrovirus, sapovirus och som kontroll ett växtvirus, Pepper Mild Mottle virus (PMMoV). Denna sida fokuserar på de data som producerats med hjälp av en metod för kvantifiering från vecka 20 (15t maj) 2023. Den nya metoden har använts parallellt med den tidigare använda metoden tom vecka 43. Data från den tidigare använda metoden från vecka 2 tom vecka 43 2023 (dvs. 9 januari till 23 oktober 2023) finns tillgängliga på den webbsida som visar [historiska nivåer av enteriska virusdata från Göteborg](/sv/dashboards/wastewater/enteric_quantification/historic_enteric_gu/). +Under 2017, och sedan 2020 och alltjämt utför Nordergruppen vid Göteborgs universitet (GU) veckovis samtidig övervakning av ett antal enteriska virus i avloppsvattnet. Gruppen kvantifierar nivåerna av virusarvsmassa av enterovirus (inklusive poliovirus), adenovirus, GG2 (ett norovirus som orsakar vinterkräksjuka), astrovirus, sapovirus och som kontroll ett växtvirus, Pepper Mild Mottle virus (PMMoV). Denna sida fokuserar på de data som producerats med hjälp av en metod för kvantifiering från vecka 20 (15t maj) 2023. Den nya metoden har använts parallellt med den tidigare använda metoden tom vecka 43. Data från den tidigare använda metoden från vecka 2 tom vecka 43 2023 (dvs. 9 januari till 23 oktober 2023) finns tillgängliga på den webbsida som visar [historiska nivåer av enteriska virusdata från Göteborg](/sv/dashboards/wastewater/enteric_quantification/historic_enteric_gu/). Se nedan för mer om [metoderna som används vid övervakning](#metoder), [kort sammanfattande information om virusen](#grundläggande-virusinformation), och [information om insamlad data](#dataset). -Den enteriska virusövervakningen av Norder-gruppen sker parallellet med gruppens pågående övervakning av SARS-CoV-2 nivåer i avloppsvatten. SARS-CoV-2 data delas [på denna sida](/dashboards/wastewater/covid_quantification/covid_quant_gu/). - -Studierna av enteriska virus i avloppsvatten har inom Nordergruppen skett parallellt med arbetet att studera SARS-CoV-2 i avloppsvatten, dessa data delas också på portalen. +Studierna av enteriska virus i avloppsvatten har inom Nordergruppen skett parallellt med arbetet att studera SARS-CoV-2 i avloppsvatten, dessa data delas också [på portalen](/sv/dashboards/wastewater/covid_quantification/covid_quant_gu/). Data och visualisering på denna webbsida uppdateras oftast **en gång per vecka**. @@ -32,7 +30,7 @@ Avloppsvattenprover för virusanalys samlas in vid Ryaverkets avloppsreningsverk ## Visualiseringar -
Last updated:
+
Senast uppdaterad:
Vänligen se [avsnittet med sammanfattande information om virusen](#grundläggande-virusinformation) för mer information om vart och ett av de virus som data samlas in för. @@ -41,15 +39,31 @@ Vänligen se [avsnittet med sammanfattande information om virusen](#grundläggan
-
{{< plotly json="https://blobserver.dc.scilifelab.se/blob/enteric_graph_gu.json" height="550px" >}}
+
{{< plotly json="https://blobserver.dc.scilifelab.se/blob/enteric_graph_gu_new.json" height="550px" >}}
**Källkod som avvänts för att generera visualiseringar:** [Källskod](https://github.com/ScilifelabDataCentre/covid-portal-visualisations/blob/main/wastewater/enteric_viruses_gu.py). ## Kommentarer från forsksargruppen -
Date:
Commentary: -
+ + +
Date: 2023-11-23
Commentary: From week 20 we have implemented a new concentration method for virus detection. The new technology is ultrafiltration and has been used in parallel with our standard method until now. The new technique has higher sensitivity for the detection and recovery of viruses and has a shorter processing time. The new figure displays the total number of viral genome copies per day instead of the relative amount of viral genomes previously used for SARS-CoV-2. As a result, the baseline for the detection is elevated. + +Three weeks after the schools started in Gothenburg, the levels of enterovirus increased in the wastewater and is now decreasing again. Enterovirus often peaks in late summer and early autumn. This virus may cause outbreaks usually among children and adolescents. Rhinoviruses cause common cold and often peaks during early autumn and colder seasons. There were many rhinovirus infections in Gothenburg during late August/early September which may explain some of the increase during weeks 40-43. + +No major outbreak caused by the other investigated viruses has been identified until now. + +In February we had a minor increase in norovirus GG2 (winter vomiting disease virus) a little earlier than usual and it decreased by week 11. Some minor increases also occurred in late May, but no major outbreak was observed. + +For astrovirus, there was a small outbreak in weeks 9 and 10 (end of February and start of March). A slight increase is now observed as expected. + +Sapovirus peaked slightly in week 14 (early April). + +Adenovirus peaked slightly in week 10, no additional increase has been observed. From week 22 we have improved the technology's sensitivity for adenovirus detection, which means that the baseline for adenovirus detection is elevated. During summer (from June to the beginning of August), Adenovirus showed an increase during weeks 26 to 32. + +The amount of pepper mild mottle virus (PMMoV) has varied more than 10-fold during the year. This virus is often used as an indicator of fecal contamination of water. In commercial assays for SARS-CoV-2 detection, quantification of PMMoV is used as an indicator of the number of people contributing to the wastewater, assuming we consume the same amount of peppers and chilies every week. It increased in early June and around midsummer, indicating an increase in our pepper consumption during those weeks rather than an increase in the number of people contributing to the wastewater during those weeks.
{{< ww_dynamic_content >}}
@@ -58,13 +72,13 @@ Vänligen se [avsnittet med sammanfattande information om virusen](#grundläggan ###### **Nedladdning av data:** -[Kvantifiering av mängd SARS-CoV-2 och enteriska virus i avloppsvatten](https://blobserver.dckube.scilifelab.se/blob/wastewater_data_gu_allviruses.xlsx). Results för SARS-CoV-2 mätningar är tillgängliga från vecka 7 2020 (med ett avbrott vintern 2022-2023), och för enteriska virus från vecka 2 2023. Uppdatering sker varje vecka. +[Kvantifiering av mängd SARS-CoV-2 och enteriska virus i avloppsvatten](https://blobserver.dckube.scilifelab.se/blob/wastewater_data_gu_allviruses.xlsx). Results för SARS-CoV-2 mätningar är tillgängliga från vecka 20 2023. Uppdatering sker varje vecka. **Kontakt:** ###### **För att citera datasetet:** -Norder, H., Nyström, K. Patzi Churqui, M., Tunovic, T., Wang, H. (2023). Detection of SARS-CoV-2 and other human enteric viruses in wastewater from Gothenburg. [https://doi.org/10.17044/scilifelab.22510501](https://doi.org/10.17044/scilifelab.22510501). +Norder, H., Nyström, K. Patzi Churqui, M., Tunovic, T., Wang, H., Saguti, F. (2023). Detection of SARS-CoV-2 and other human enteric viruses in wastewater from Gothenburg. [https://doi.org/10.17044/scilifelab.24787353.v1](https://doi.org/10.17044/scilifelab.24787353.v1). ###### **För att citera metoden som används:** @@ -78,13 +92,17 @@ Wang, H., Churqui, M.P., Tunovic, T., Enache, L., Johansson, A., Karmander, A., Insamling av avloppsvatten sker genom en fast insamlare som samlar in 30ml avloppsvatten per 10,000m3 av inkommande avloppsvatten. För analys veckovis poolas sju prover, varje avloppsvattenprov representerar insamling under ett dygn. En del av detta prov skickas till Klinisk Mikrobiologi på Sahlgrenska Universitetssjukhuset för analys. Mängd prov som skickas varje vecka varierar mellan 1.5-15l beroende på vattenflödet, vilket till stor del beror på väderleken. Mängd avloppsvatten från hushåll och industri är relativt konstant över tid, men mängd avloppsvatten beror även på väderleksförhållandena, exempelvis ökar mängd avloppsvatten vid regnväder. För att ta hänsyn till detta under analysen är proverna som ska analyseras för virus flödesviktade. Det betyder att mängd avloppsvatten som samlas in och analyseras relaterar till flödet av inkommande avloppsvatten. Mer information om detta finns i [Hellmér _et al._ (2014)](https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/25172863/) och [Wang _et al._ (2022)](https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/36035197/). -På Klinisk Mikrobiologi på Sahlgrenska Universitetssjukhuset används två metoder utvecklade inom gruppen för att koncentrera virusmängderna. Den metod som nu används använder sig av ultrafiltrering som primär metod. Den metod som tidigare användes använde ett elektropositivt filter (Argonide, Florida, USA) för att koncentrera proverna ([Saguti et al., 2021](https://doi.org/10.1016/j.watres.2020.116620)). +På Klinisk Mikrobiologi på Sahlgrenska Universitetssjukhuset används två metoder utvecklade inom gruppen för att koncentrera virusmängderna. Den metod som nu används använder sig av ultrafiltrering som primär metod. Den tidigare metoden använde ett elektropositivt filter (Argonide, Florida, USA) för att koncentrera proverna ([Saguti et al., 2021](https://doi.org/10.1016/j.watres.2020.116620)). Nukleinsyror extraheras från ett koncentrerat prov på 1 ml med hjälp av QIAamp Circulating Nucleic Acid Kit (Qiagen, Hilden, Germany). Realtids- PCR (RT-qPCR) användes för att detektera och kvantifiera mängd virusgenom. Mer information om metoden som används för att beräkna virusmängd finns i [Hellmér et al. (2014)](https://doi.org/10.1128/AEM.01981-14), [Saguti _et al._ (2021)](https://doi.org/10.1016/j.watres.2020.116620), [Wang _et al._ (2022)](https://doi.org/10.1016/j.isci.2022.105000), och [Wang _et al._ (2023)](https://doi.org/10.1016/j.scitotenv.2023.165012). Båda metoderna anges virusmängd per dag som ett genomsnitt, eftersom virusmängden baseras på en veckas insamling av avloppsvatten. +## Arkiverade data + +[Historisk enteriska virus data från Gothenburg mellan veckorna 2 och 43 2023](/sv/dashboards/wastewater/enteric_quantification/historic_enteric_gu/). + ### Grundläggande virusinformation -**Enterovirus** är det största släktet med flest olika virus som infekterar människor. Det omfattar 15 arter, med flertal typer inom varje art. Totalt är de drygt 300 olika virus typer som infekterar människa. I arterna enterovirus A-D (EV-A-EV-D) återfinns av 112 typer (inklusive poliovirus i EV-C) och arterna rhinovirus A-C (RV-A-RV-C) återfinns 169 typer. Immunitet mot en typ ger inte immunitet mot en annan (dvs. det finns ingen korsimmunitet). Infektioner med enterovirus är ofta asymtomatiska, EV-infektioner är vanliga hos barn och unga vuxna. De kan ge influensaliknande symtom, konjunktivit (ögoninflammation), myokardit (hjärtmuskelinflammation), meningit (hjärnhinneinflammation), encefalit (hjärninflammation) och förlamning. Dessa virus kan orsaka större utbrott. Ungefär vart 5:e till 7:e år inträffar utbrott av hjärnhinneinflammation bland unga i Europa orsakade av en EV-typ som tillhör EV-A-C. RV-infektioner är mycket vanliga i alla åldrar, särskilt på vintern. De är oftast milda, men kan även ge influensaliknande symtom, sjukdomar i nedre luftvägarna och/eller förvärra kroniska sjukdomar t.ex. astma. +**Enterovirus** är det största släktet med flest olika virus som infekterar människor. Det omfattar 15 arter, med flertal typer inom varje art. Totalt är de drygt 300 olika virustyper som infekterar människa. I arterna enterovirus A-D (EV-A-EV-D) återfinns av 112 typer (inklusive poliovirus i EV-C) och arterna rhinovirus A-C (RV-A-RV-C) återfinns 169 typer. Immunitet mot en typ ger inte immunitet mot en annan (dvs. det finns ingen korsimmunitet). Infektioner med enterovirus är ofta asymtomatiska, EV-infektioner är vanliga hos barn och unga vuxna. De kan ge influensaliknande symtom, konjunktivit (ögoninflammation), myokardit (hjärtmuskelinflammation), meningit (hjärnhinneinflammation), encefalit (hjärninflammation) och förlamning. Dessa virus kan orsaka större utbrott. Ungefär vart 5:e till 7:e år inträffar utbrott av hjärnhinneinflammation bland unga i Europa orsakade av en EV-typ som tillhör EV-A-C. RV-infektioner är mycket vanliga i alla åldrar, särskilt på vintern. De är oftast milda, men kan även ge influensaliknande symtom, sjukdomar i nedre luftvägarna och/eller förvärra kroniska sjukdomar t.ex. astma. **Adenovirus** tillhör _adenoviridae-familjen_. Det finns 88 typer av humana adenovirus, klassificerade i 7 arter (HAdV-A till -G). Olika typer infekterar olika organ eller organsystem (dvs de har olika vävnadstropismer). Hos människa orsakar adenovirus ofta luftvägssjukdomar. Symtomen kan vara influensaliknande, halsont, akut bronkit och lunginflammation (HAdV-B och C), konjunktivit (ögoninflammation orsakad av HAdV-B och D) och gastroenterit (HAdV-F och G).Allvarliga komplikationer efter en adenovirus infektion är sällsynt. Barn under 9 år löper störst risk för symptomatisk infektion, men även vuxna drabbas främst av ögoninflammationer och magsjuka orsakat av adenovirus. Dessa virus orsakar inte epidemier men kan spridas mellan vuxna i trånga miljöer som på sjukhus och militäranläggningar eller i simbassänger. diff --git a/content/svenska/dashboards/wastewater/enteric_quantification/historic_enteric_gu.md b/content/svenska/dashboards/wastewater/enteric_quantification/historic_enteric_gu.md index 1c9ba3b0e..ed37a994f 100644 --- a/content/svenska/dashboards/wastewater/enteric_quantification/historic_enteric_gu.md +++ b/content/svenska/dashboards/wastewater/enteric_quantification/historic_enteric_gu.md @@ -1,12 +1,11 @@ --- -title: Historic enteric virus data from Gothenburg +title: Historiska data för enteriska virus från Göteborg plotly: true aliases: - /sv/dashboards/wastewater/historic_enteric_GU/ --- -Denna webbsida visar historiska avloppsvattendata för enteriska virus. Data samlades in i Göteborg, Sverige av prof. Heléne Norders forskargrupp vid Göteborgs universitet, (GU). Forskningen har utfört av personal verksam vid Göteborgs universitet och på Sahlgrenska Universitetssjukhuset (Hao Wang, Marianela Patzi Churqui, Timur Tunovic, Fredy Saguti och Kristina Nyström) och Lucica Enache från Ryaverket, Gryaab AB, Göteburg. Data som visas på denna webbsida samlades in mellan vecka 2 och vecka 43 2023 (dvs. mellan 9 januari och 23 oktober 2023). Forskargruppen började använda en ny metod från och med vecka 20 2023 (15 maj). -Data som bygger på den nya metoden uppdateras kontinuerligt ungefär **en gång per vecka** och visas på webbsidan ['Mängd enteriska virus i avloppsvatten (GU)'](../). +Denna webbsida visar historiska avloppsvattendata för enteriska virus. Data samlades in i Göteborg, Sverige av prof. Heléne Norders forskargrupp vid Göteborgs universitet, (GU). Forskningen har utfört av personal verksam vid Göteborgs universitet och på Sahlgrenska Universitetssjukhuset (Hao Wang, Marianela Patzi Churqui, Timur Tunovic, Fredy Saguti och Kristina Nyström) och Lucica Enache från Ryaverket, Gryaab AB, Göteburg. Data som visas på denna webbsida samlades in mellan vecka 2 och vecka 43 2023 (dvs. mellan 9 januari och 23 oktober 2023). Forskargruppen började använda en ny metod från och med vecka 20 2023 (15 maj). Data som bygger på den nya metoden uppdateras kontinuerligt ungefär **en gång per vecka** och visas på webbsidan ['Mängd enteriska virus i avloppsvatten (GU)'](../). ## Introduction @@ -18,10 +17,6 @@ Från starten av COVID-19 pandemin och alltjämt utför Nordergruppen vid Göteb Den enteriska virusövervakningen av Norder-gruppen sker parallellet med gruppens pågående övervakning av SARS-CoV-2 nivåer i avloppsvatten. SARS-CoV-2 data delas [på denna sida](/dashboards/wastewater/covid_quantification/covid_quant_gu/). -Projektet leds av professor Heléne Norder (Göteborgs universitet, GU), och stöds av medarbetare från Göteborgs universitet och Sahlgrenska Universitetssjukhuset (Marianela Patzi Churqui, Timur Tunovic, Hao Wang, Fredy Saguti, och Kristina Nyström). Provtagningarna av avloppsvatten utförs av Lucica Enache på Ryaverket, Gryaab AB, Göteborg. - -Data och visualiseringar på denna sida kommer att uppdateras ungefär en gång i veckan. - ## Insamlingsplatser för avloppsvattenprov Avloppsvattenprover för virusanalys samlas in vid Ryaverkets avloppsreningsverk i Göteborg (se metodavsnittet nedan för detaljer). Ryaverkets reningsverk tar emot avloppsvatten från samtliga hushåll i Göteborg, vilket omfattar 790 000 invånare, samt industrin i området. Avloppsvatten tas även emot från industri och boende i kringliggande kommuner, bland annat Ale, Härryda, Kungälv, Lerum, Mölndal och Partille, samt från storm- och snösmältvatten från äldre delar av Göteborg. @@ -40,7 +35,7 @@ Vänligen se [avsnittet med sammanfattande information om virusen](#grundläggan
{{< plotly json="https://blobserver.dc.scilifelab.se/blob/historic_enteric_graph_gu.json" height="550px" >}}
-**Källkod som avvänts för att generera visualiseringar:** [Källskod](https://github.com/ScilifelabDataCentre/covid-portal-visualisations/blob/main/wastewater/enteric_viruses_gu.py). +**Källkod som avvänts för att generera visualiseringar:** [Källskod](https://github.com/ScilifelabDataCentre/covid-portal-visualisations/blob/main/wastewater/enteric_viruses_gu_historic.py). ## Kommentarer från forsksargruppen From e8b9f534e5492c9d92ffd63a03849be0dd9b37e2 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: =?UTF-8?q?Rickard=20Hammar=C3=A9n?= Date: Fri, 12 Jan 2024 09:13:05 +0100 Subject: [PATCH 09/11] Small language updates for the Swedish version --- .../wastewater/covid_quantification/covid_quant_GU.md | 2 +- .../wastewater/covid_quantification/historic_covid_gu.md | 2 +- .../dashboards/wastewater/enteric_quantification/_index.md | 2 +- .../wastewater/enteric_quantification/historic_enteric_gu.md | 2 +- 4 files changed, 4 insertions(+), 4 deletions(-) diff --git a/content/svenska/dashboards/wastewater/covid_quantification/covid_quant_GU.md b/content/svenska/dashboards/wastewater/covid_quantification/covid_quant_GU.md index 46fc7e8f8..bc3282037 100644 --- a/content/svenska/dashboards/wastewater/covid_quantification/covid_quant_GU.md +++ b/content/svenska/dashboards/wastewater/covid_quantification/covid_quant_GU.md @@ -12,7 +12,7 @@ aliases: ## Introduktion -Denna webbsida visar virusdata relaterade till SARS-CoV-2 i Göteborg, Sverige. Data har insamlats av Helene Norders forskargrupp vid Göteborgs universitet, i samarbete med andra medarbetare från Göteborgs universitet och Sahlgrenska universitetssjukhuset (Hao Wang, Marianela Patzi Churqui, Timur Tunovic, Fredy Saguti och Kristina Nyström) och Lucica Enache, Ryaverket, Gryaab AB, Göteborg. +Denna webbsida visar virusdata relaterade till SARS-CoV-2 i Göteborg, Sverige. Data har insamlats av Professor Helene Norders forskargrupp vid Göteborgs universitet, i samarbete med andra medarbetare från Göteborgs universitet och Sahlgrenska universitetssjukhuset (Hao Wang, Marianela Patzi Churqui, Timur Tunovic, Fredy Saguti och Kristina Nyström) och Lucica Enache, Ryaverket, Gryaab AB, Göteborg. Gruppen började samla in prover den 10 februari (vecka 7) 2020. De uppdaterade metoderna relaterade till att analysera SARS-CoV-2 proverna under 2023 och började använda denna uppdaterade metod den 15 maj (vecka 20) 2023. Den här sidan berör endast data som samlats in med deras uppdaterade metod. Data och visualisering på denna webbsida uppdateras oftast **en gång per vecka**. diff --git a/content/svenska/dashboards/wastewater/covid_quantification/historic_covid_gu.md b/content/svenska/dashboards/wastewater/covid_quantification/historic_covid_gu.md index d718beb51..6e5ecd209 100644 --- a/content/svenska/dashboards/wastewater/covid_quantification/historic_covid_gu.md +++ b/content/svenska/dashboards/wastewater/covid_quantification/historic_covid_gu.md @@ -5,7 +5,7 @@ aliases: - /sv/dashboards/wastewater/covid_quant_gu/historic_covid_gu/ --- -Denna webbsida visar historiska epidemiologiska data relaterade till SARS-CoV-2 i Göteborg, Sverige. Data har insamlats av Helene Norders forskargrupp vid Göteborgs universitet, i samarbete med andra medarbetare från Göteborgs universitet och Sahlgrenska universitetssjukhuset (Hao Wang, Marianela Patzi Churqui, Timur Tunovic, Fredy Saguti, and Kristina Nyström). Data som visas på denna sida samlades in mellan vecka 7 2020 och vecka 42 2023 (dvs mellan 10 februari 2020 och 23 oktober 2023). Forskargruppen började under vecka 20 2023 att använda en ny metod för att studera SARS-CoV-2. Data som produceras med denna nya metod fortsätter att uppdateras ungefär en gång i veckan och är tillgängliga på webbsidan ['Mängd SARS-COV-2 i avloppsvatten (GU)'](/sv/dashboards/wastewater/covid_quantification/covid_quant_gu/). +Denna webbsida visar historiska epidemiologiska data relaterade till SARS-CoV-2 i Göteborg, Sverige. Data har insamlats av Professor Helene Norders forskargrupp vid Göteborgs universitet, i samarbete med andra medarbetare från Göteborgs universitet och Sahlgrenska universitetssjukhuset (Hao Wang, Marianela Patzi Churqui, Timur Tunovic, Fredy Saguti, and Kristina Nyström). Data som visas på denna sida samlades in mellan vecka 7 2020 och vecka 42 2023 (dvs mellan 10 februari 2020 och 23 oktober 2023). Forskargruppen började under vecka 20 2023 att använda en ny metod för att studera SARS-CoV-2. Data som produceras med denna nya metod fortsätter att uppdateras ungefär en gång i veckan och är tillgängliga på webbsidan ['Mängd SARS-COV-2 i avloppsvatten (GU)'](/sv/dashboards/wastewater/covid_quantification/covid_quant_gu/). ## Insamlingsplatser för avloppsvatten diff --git a/content/svenska/dashboards/wastewater/enteric_quantification/_index.md b/content/svenska/dashboards/wastewater/enteric_quantification/_index.md index 2b4319f2a..4d26bdc47 100644 --- a/content/svenska/dashboards/wastewater/enteric_quantification/_index.md +++ b/content/svenska/dashboards/wastewater/enteric_quantification/_index.md @@ -44,7 +44,7 @@ Vänligen se [avsnittet med sammanfattande information om virusen](#grundläggan **Källkod som avvänts för att generera visualiseringar:** [Källskod](https://github.com/ScilifelabDataCentre/covid-portal-visualisations/blob/main/wastewater/enteric_viruses_gu.py). -## Kommentarer från forsksargruppen +## Kommentarer från forskargruppen diff --git a/content/svenska/dashboards/wastewater/enteric_quantification/historic_enteric_gu.md b/content/svenska/dashboards/wastewater/enteric_quantification/historic_enteric_gu.md index ed37a994f..f14209c48 100644 --- a/content/svenska/dashboards/wastewater/enteric_quantification/historic_enteric_gu.md +++ b/content/svenska/dashboards/wastewater/enteric_quantification/historic_enteric_gu.md @@ -37,7 +37,7 @@ Vänligen se [avsnittet med sammanfattande information om virusen](#grundläggan **Källkod som avvänts för att generera visualiseringar:** [Källskod](https://github.com/ScilifelabDataCentre/covid-portal-visualisations/blob/main/wastewater/enteric_viruses_gu_historic.py). -## Kommentarer från forsksargruppen +## Kommentarer från forskargruppen
Date: 2023-11-07
Commentary: Three weeks after the schools started in Gothenburg, the levels of enterovirus increased in the wastewater. Enterovirus often peaks in late summer and early autumn, and outbreaks of rhinovirus and enterovirus especially infect young people. From d114ebd1821fea35ccda852cb0cb0a08617adfeb Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: LianeHughes <68756672+LianeHughes@users.noreply.github.com> Date: Fri, 12 Jan 2024 11:20:35 +0100 Subject: [PATCH 10/11] Create wastewater_update_gothenburg.md --- .../updates/wastewater_update_gothenburg.md | 15 +++++++++++++++ 1 file changed, 15 insertions(+) create mode 100644 content/english/updates/wastewater_update_gothenburg.md diff --git a/content/english/updates/wastewater_update_gothenburg.md b/content/english/updates/wastewater_update_gothenburg.md new file mode 100644 index 000000000..6e108e2db --- /dev/null +++ b/content/english/updates/wastewater_update_gothenburg.md @@ -0,0 +1,15 @@ +--- +title: Wastewater updates for Gothenburg +date: 2024-01-12 +summary: The Norder group at Gothenburg University have recently updated their methods related to quantifying SARS-CoV-2 and enteric viruses in wastewater. Data collected using this new method are now available, and older data collected using their previous data have been moved to a 'historic' page. +banner: /dashboard_thumbs/wastewater.jpg +banner_caption: Photo of a Swedish wastewater treatment plant, by Kari Kohvakka (Stockholm Vatten). +--- + +We have been working with the Norder group at Uppsala university to update the [wastewater dashboard](/dashboards/wastewater/). + +Over the last year, the group have worked to update the methods that they use to quantify the levels of SARS-CoV-2 and enteric viruses. The group have been providing testing the wastewater in Gothenburg for many years, including before the pandemic. Since 2023, they have collaborated directly with the Portal to share their data with the community in almost real time. + +The data and information related to the new methods have been placed on their existing pages for the quantification for [SARS-CoV-2]() and [enteric viruses]() in wastewater in Gothenburg. The data and information related to their previous methods has been moved to historic/archived pages ([historic data for SARS-CoV-2]() and [enteric viruses]()), to ensure that this valuable information remains available for future pandemic preparedness. All pages are available in both Swedish and English. + +We will continue to work with research groups to support data sharing, and therefore accelerate pandemic preparedness research. If you have a request for a given type of content, or would like a dashboard/highlight/other form of content for your own data, please [get in touch](/contact/) with the portal team to discuss it. From 1fdfdd18313c64250448d346079e32e9fbaa171b Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: LianeHughes <68756672+LianeHughes@users.noreply.github.com> Date: Wed, 17 Jan 2024 07:49:29 +0100 Subject: [PATCH 11/11] Finalise changes ahead of launch --- .../covid_quantification/covid_quant_GU.md | 9 ++------ .../covid_quantification/historic_covid_gu.md | 6 ++--- .../enteric_quantification/_index.md | 21 +++--------------- .../historic_enteric_gu.md | 5 ++--- .../updates/wastewater_update_gothenburg.md | 8 +++---- .../covid_quantification/covid_quant_GU.md | 10 ++------- .../covid_quantification/historic_covid_gu.md | 4 +--- .../enteric_quantification/_index.md | 22 +++---------------- .../historic_enteric_gu.md | 4 +--- 9 files changed, 20 insertions(+), 69 deletions(-) diff --git a/content/english/dashboards/wastewater/covid_quantification/covid_quant_GU.md b/content/english/dashboards/wastewater/covid_quantification/covid_quant_GU.md index 149821487..7ffbd9b47 100644 --- a/content/english/dashboards/wastewater/covid_quantification/covid_quant_GU.md +++ b/content/english/dashboards/wastewater/covid_quantification/covid_quant_GU.md @@ -31,19 +31,14 @@ Influent wastewater samples were collected from Ryaverket wastewater treatment p
-
{{< plotly json="https://blobserver.dc.scilifelab.se/blob/wastewater_gothenburg_new.json" height="550px" >}}
+
{{< plotly json="https://blobserver.dc.scilifelab.se/blob/wastewater_gothenburg.json" height="550px" >}}
**Code used to produce plot:** [Script to produce plot](https://github.com/ScilifelabDataCentre/pathogens-portal-visualisations/blob/main/wastewater/gothenburg_covid.py). ## Commentary from the research group -
Date:2023-11-24
Commentary:From week 20 we have implemented a new concentration method for virus detection. The new technology is based on ultrafiltration and has been compared with the standard method. The new method is more sensitive and has a shorter processing time than the standard technique. Based on this the data will be presented as total number of viral genome copies per day instead of the relative amount compared to week 11-2020. As a result, the baseline for the detection is elevated. - -There has been a slight increase in the amount of SARS-CoV-2 in Gothenburg's wastewater from weeks 41 to 44, but the levels still remain low. - -
- +
Date:
Commentary:
{{< ww_dynamic_content >}} diff --git a/content/english/dashboards/wastewater/covid_quantification/historic_covid_gu.md b/content/english/dashboards/wastewater/covid_quantification/historic_covid_gu.md index 3a8bff53f..00e5346b0 100644 --- a/content/english/dashboards/wastewater/covid_quantification/historic_covid_gu.md +++ b/content/english/dashboards/wastewater/covid_quantification/historic_covid_gu.md @@ -25,17 +25,15 @@ _The blue block on the graph indicates the period where sample collection was no
{{< plotly json="https://blobserver.dc.scilifelab.se/blob/historic_wastewater_gothenburg.json" height="550px" >}}
-**Code used to produce plot:** [Script to produce plot](https://github.com/ScilifelabDataCentre/pathogens-portal-visualisations/blob/main/wastewater/gothenburg_covid.py). +**Code used to produce plot:** [Script to produce plot](https://github.com/ScilifelabDataCentre/pathogens-portal-visualisations/blob/main/wastewater/gothenburg_covid_historic.py). ## Commentary from the research group
Date: 2023-11-07
Commentary:There are still low amounts of SARS-CoV-2 in Gothenburg's wastewater. However, there was a small increase in weeks 41, 42, and 43 but there are still low levels.
-{{< ww_dynamic_content >}} - ### Dataset -**Download the data:** [Quantification of SARS-CoV-2 and enteric viruses in wastewater](https://blobserver.dc.scilifelab.se/blob/wastewater_data_gu_allviruses.xlsx). Results are available for SARS-CoV-2 from week 7 of 2020 (with a small gap over winter 2022-2023), and for enteric viruses from week 2 of 2023. The last data entry is week 43 of 2023 for both types of data. +**Download the data:** [Quantification of SARS-CoV-2 and enteric viruses in wastewater](https://blobserver.dc.scilifelab.se/blob/wastewater_data_gu_allviruses_historic.xlsx). Results are available for SARS-CoV-2 from week 7 of 2020 (with a small gap over winter 2022-2023), and for enteric viruses from week 2 of 2023. The last data entry is week 43 of 2023 for both types of data. **Contact:** diff --git a/content/english/dashboards/wastewater/enteric_quantification/_index.md b/content/english/dashboards/wastewater/enteric_quantification/_index.md index 0e0f9bb2e..56983ac9d 100644 --- a/content/english/dashboards/wastewater/enteric_quantification/_index.md +++ b/content/english/dashboards/wastewater/enteric_quantification/_index.md @@ -39,29 +39,14 @@ Please see [the section with summary information about the viruses](#basic-virus
-
{{< plotly json="https://blobserver.dc.scilifelab.se/blob/enteric_graph_gu_new.json" height="550px" >}}
+
{{< plotly json="https://blobserver.dc.scilifelab.se/blob/enteric_graph_gu.json" height="550px" >}}
-**Code used to produce plot:** [Script to produce plot](https://github.com/ScilifelabDataCentre/pathogens-portal-visualisations/blob/main/wastewater/historic_enteric_viruses_gu.py). +**Code used to produce plot:** [Script to produce plot](https://github.com/ScilifelabDataCentre/pathogens-portal-visualisations/blob/main/wastewater/enteric_viruses_gu.py). ## Commentary from the research group - -
Date: 2023-11-23
Commentary: From week 20 we have implemented a new concentration method for virus detection. The new technology is ultrafiltration and has been used in parallel with our standard method until now. The new technique has higher sensitivity for the detection and recovery of viruses and has a shorter processing time. The new figure displays the total number of viral genome copies per day instead of the relative amount of viral genomes previously used for SARS-CoV-2. As a result, the baseline for the detection is elevated. - -Three weeks after the schools started in Gothenburg, the levels of enterovirus increased in the wastewater and is now decreasing again. Enterovirus often peaks in late summer and early autumn. This virus may cause outbreaks usually among children and adolescents. Rhinoviruses cause common cold and often peaks during early autumn and colder seasons. There were many rhinovirus infections in Gothenburg during late August/early September which may explain some of the increase during weeks 40-43. - -No major outbreak caused by the other investigated viruses has been identified until now. - -In February we had a minor increase in norovirus GG2 (winter vomiting disease virus) a little earlier than usual and it decreased by week 11. Some minor increases also occurred in late May, but no major outbreak was observed. - -For astrovirus, there was a small outbreak in weeks 9 and 10 (end of February and start of March). A slight increase is now observed as expected. - -Sapovirus peaked slightly in week 14 (early April). - -Adenovirus peaked slightly in week 10, no additional increase has been observed. From week 22 we have improved the technology's sensitivity for adenovirus detection, which means that the baseline for adenovirus detection is elevated. During summer (from June to the beginning of August), Adenovirus showed an increase during weeks 26 to 32. - -The amount of pepper mild mottle virus (PMMoV) has varied more than 10-fold during the year. This virus is often used as an indicator of fecal contamination of water. In commercial assays for SARS-CoV-2 detection, quantification of PMMoV is used as an indicator of the number of people contributing to the wastewater, assuming we consume the same amount of peppers and chilies every week. It increased in early June and around midsummer, indicating an increase in our pepper consumption during those weeks rather than an increase in the number of people contributing to the wastewater during those weeks.
+
Date:
Commentary:
{{< ww_dynamic_content >}}
diff --git a/content/english/dashboards/wastewater/enteric_quantification/historic_enteric_gu.md b/content/english/dashboards/wastewater/enteric_quantification/historic_enteric_gu.md index ff3b9a5af..429bfdf40 100644 --- a/content/english/dashboards/wastewater/enteric_quantification/historic_enteric_gu.md +++ b/content/english/dashboards/wastewater/enteric_quantification/historic_enteric_gu.md @@ -35,7 +35,7 @@ Please see [the section with summary information about the viruses](#basic-virus
{{< plotly json="https://blobserver.dc.scilifelab.se/blob/historic_enteric_graph_gu.json" height="550px" >}}
-**Code used to produce plot:** [Script to produce plot](https://github.com/ScilifelabDataCentre/pathogens-portal-visualisations/blob/main/wastewater/enteric_viruses_gu.py). +**Code used to produce plot:** [Script to produce plot](https://github.com/ScilifelabDataCentre/pathogens-portal-visualisations/blob/main/wastewater/enteric_viruses_gu_historic.py). ## Commentary from the research group @@ -55,12 +55,11 @@ The amount of pepper mild mottle virus (PMMoV) has varied more than 10-fold duri -{{< ww_dynamic_content >}}
## Dataset -**Download the data:** [Quantification of SARS-CoV-2 and enteric viruses in wastewater](https://blobserver.dc.scilifelab.se/blob/wastewater_data_gu_allviruses.xlsx). Results are available for SARS-CoV-2 from week 7 of 2020 (with a small gap over winter 2022-2023), and for enteric viruses from week 2 of 2023. The last data entry is week 43 of 2023 for both types of data. +**Download the data:** [Quantification of SARS-CoV-2 and enteric viruses in wastewater](https://blobserver.dc.scilifelab.se/blob/wastewater_data_gu_allviruses_historic.xlsx). Results are available for SARS-CoV-2 from week 7 of 2020 (with a small gap over winter 2022-2023), and for enteric viruses from week 2 of 2023. The last data entry is week 43 of 2023 for both types of data. **Contact:** diff --git a/content/english/updates/wastewater_update_gothenburg.md b/content/english/updates/wastewater_update_gothenburg.md index 6e108e2db..a922fb8be 100644 --- a/content/english/updates/wastewater_update_gothenburg.md +++ b/content/english/updates/wastewater_update_gothenburg.md @@ -1,6 +1,6 @@ --- title: Wastewater updates for Gothenburg -date: 2024-01-12 +date: 2024-01-17 summary: The Norder group at Gothenburg University have recently updated their methods related to quantifying SARS-CoV-2 and enteric viruses in wastewater. Data collected using this new method are now available, and older data collected using their previous data have been moved to a 'historic' page. banner: /dashboard_thumbs/wastewater.jpg banner_caption: Photo of a Swedish wastewater treatment plant, by Kari Kohvakka (Stockholm Vatten). @@ -8,8 +8,8 @@ banner_caption: Photo of a Swedish wastewater treatment plant, by Kari Kohvakka We have been working with the Norder group at Uppsala university to update the [wastewater dashboard](/dashboards/wastewater/). -Over the last year, the group have worked to update the methods that they use to quantify the levels of SARS-CoV-2 and enteric viruses. The group have been providing testing the wastewater in Gothenburg for many years, including before the pandemic. Since 2023, they have collaborated directly with the Portal to share their data with the community in almost real time. +The group have been working to test a new method for the quantification of SARS-CoV-2 and enteric viruses in wastewater. The group have been examining the levels of viruses in Gothenburg's wastewater for many years, including before the pandemic. In 2023, they began to collaborate directly with the portal in order to be able to share their data in near-real time. -The data and information related to the new methods have been placed on their existing pages for the quantification for [SARS-CoV-2]() and [enteric viruses]() in wastewater in Gothenburg. The data and information related to their previous methods has been moved to historic/archived pages ([historic data for SARS-CoV-2]() and [enteric viruses]()), to ensure that this valuable information remains available for future pandemic preparedness. All pages are available in both Swedish and English. +The data and information related to their latest method have been placed on their existing pages for the quantification of [SARS-CoV-2](/dashboards/wastewater/covid_quantification/covid_quant_gu/) and [enteric viruses](/dashboards/wastewater/enteric_quantification/) in wastewater in Gothenburg. The data and information related to their previous method have been moved to historic/archived pages ([historic data for SARS-CoV-2](/dashboards/wastewater/covid_quantification/historic_covid_gu/) and [enteric viruses](/dashboards/wastewater/enteric_quantification/historic_enteric_gu/)), to ensure that this valuable information remains available for future pandemic preparedness. All of these pages are available in both Swedish and English. -We will continue to work with research groups to support data sharing, and therefore accelerate pandemic preparedness research. If you have a request for a given type of content, or would like a dashboard/highlight/other form of content for your own data, please [get in touch](/contact/) with the portal team to discuss it. +We will continue to work with research groups to support data sharing, and therefore accelerate pandemic preparedness research. If you have a request for a given type of content, or would like a dashboard/highlight/other content for your own data, please [get in touch](/contact/) with the portal team to discuss it. diff --git a/content/svenska/dashboards/wastewater/covid_quantification/covid_quant_GU.md b/content/svenska/dashboards/wastewater/covid_quantification/covid_quant_GU.md index 9871a51d8..f98c00a2b 100644 --- a/content/svenska/dashboards/wastewater/covid_quantification/covid_quant_GU.md +++ b/content/svenska/dashboards/wastewater/covid_quantification/covid_quant_GU.md @@ -33,20 +33,14 @@ Ingående avloppsvattenprover insamlas från Ryaverkets avloppsreningsverk (eng.
-
{{< plotly json="https://blobserver.dc.scilifelab.se/blob/wastewater_gothenburg_new.json" height="550px" >}}
+
{{< plotly json="https://blobserver.dc.scilifelab.se/blob/wastewater_gothenburg.json" height="550px" >}}
**Källskod som används för att skapa grafen:** [Källskod](https://github.com/ScilifelabDataCentre/pathogens-portal-visualisations/blob/main/wastewater/gothenburg_covid.py). ## Kommentarer från forskargruppen - - -
Date:2023-11-24
Commentary:From week 20 we have implemented a new concentration method for virus detection. The new technology is based on ultrafiltration and has been compared with the standard method. The new method is more sensitive and has a shorter processing time than the standard technique. Based on this the data will be presented as total number of viral genome copies per day instead of the relative amount compared to week 11-2020. As a result, the baseline for the detection is elevated. - -There has been a slight increase in the amount of SARS-CoV-2 in Gothenburg's wastewater from weeks 41 to 44, but the levels still remain low. - -
+
Date:
Commentary:
{{< ww_dynamic_content >}} diff --git a/content/svenska/dashboards/wastewater/covid_quantification/historic_covid_gu.md b/content/svenska/dashboards/wastewater/covid_quantification/historic_covid_gu.md index aff492715..db59f8a5b 100644 --- a/content/svenska/dashboards/wastewater/covid_quantification/historic_covid_gu.md +++ b/content/svenska/dashboards/wastewater/covid_quantification/historic_covid_gu.md @@ -31,13 +31,11 @@ _Det blå blocket på grafen indikerar den period då provtagningen gjordes inte
Date: 2023-11-07
Commentary:There are still low amounts of SARS-CoV-2 in Gothenburg's wastewater. However, there was a small increase in weeks 41, 42, and 43 but there are still low levels.
-{{< ww_dynamic_content >}} - ## Dataset **Kontakt:** -**Nedladdning av data:** [Quantification of SARS-CoV-2 and enteric viruses in wastewater](https://github.com/ScilifelabDataCentre/pathogens-portal/raw/develop/static/ww_data_temp/wastewater_data_gu_allviruses.xlsx). Resultat finns tillgängliga för mängd SARS-CoV-2 från vecka 7 2020 (ett mindre uppehåll under vintern 2022-2023) , och för enterovirus från vecka 2 2023. Data uppdateras veckovis. +**Nedladdning av data:** [Quantification of SARS-CoV-2 and enteric viruses in wastewater](https://github.com/ScilifelabDataCentre/pathogens-portal/raw/develop/static/ww_data_temp/wastewater_data_gu_allviruses_historic.xlsx). Resultat finns tillgängliga för mängd SARS-CoV-2 från vecka 7 2020 (ett mindre uppehåll under vintern 2022-2023) , och för enterovirus från vecka 2 2023. Data uppdateras veckovis. **För att citera datasetet:** Norder, H., Nyström, K. Patzi Churqui, M., Tunovic, T., Wang, H. (2023). Detection of SARS-CoV-2 and other human enteric viruses in wastewater from Gothenburg. [https://doi.org/10.17044/scilifelab.22510501](https://doi.org/10.17044/scilifelab.22510501). diff --git a/content/svenska/dashboards/wastewater/enteric_quantification/_index.md b/content/svenska/dashboards/wastewater/enteric_quantification/_index.md index fbda26f9e..68b3e5c71 100644 --- a/content/svenska/dashboards/wastewater/enteric_quantification/_index.md +++ b/content/svenska/dashboards/wastewater/enteric_quantification/_index.md @@ -39,31 +39,15 @@ Vänligen se [avsnittet med sammanfattande information om virusen](#grundläggan
-
{{< plotly json="https://blobserver.dc.scilifelab.se/blob/enteric_graph_gu_new.json" height="550px" >}}
+
{{< plotly json="https://blobserver.dc.scilifelab.se/blob/enteric_graph_gu.json" height="550px" >}}
**Källkod som avvänts för att generera visualiseringar:** [Källskod](https://github.com/ScilifelabDataCentre/pathogens-portal-visualisations/blob/main/wastewater/enteric_viruses_gu.py). ## Kommentarer från forskargruppen - - -
Date: 2023-11-23
Commentary: From week 20 we have implemented a new concentration method for virus detection. The new technology is ultrafiltration and has been used in parallel with our standard method until now. The new technique has higher sensitivity for the detection and recovery of viruses and has a shorter processing time. The new figure displays the total number of viral genome copies per day instead of the relative amount of viral genomes previously used for SARS-CoV-2. As a result, the baseline for the detection is elevated. - -Three weeks after the schools started in Gothenburg, the levels of enterovirus increased in the wastewater and is now decreasing again. Enterovirus often peaks in late summer and early autumn. This virus may cause outbreaks usually among children and adolescents. Rhinoviruses cause common cold and often peaks during early autumn and colder seasons. There were many rhinovirus infections in Gothenburg during late August/early September which may explain some of the increase during weeks 40-43. - -No major outbreak caused by the other investigated viruses has been identified until now. - -In February we had a minor increase in norovirus GG2 (winter vomiting disease virus) a little earlier than usual and it decreased by week 11. Some minor increases also occurred in late May, but no major outbreak was observed. - -For astrovirus, there was a small outbreak in weeks 9 and 10 (end of February and start of March). A slight increase is now observed as expected. - -Sapovirus peaked slightly in week 14 (early April). - -Adenovirus peaked slightly in week 10, no additional increase has been observed. From week 22 we have improved the technology's sensitivity for adenovirus detection, which means that the baseline for adenovirus detection is elevated. During summer (from June to the beginning of August), Adenovirus showed an increase during weeks 26 to 32. - -The amount of pepper mild mottle virus (PMMoV) has varied more than 10-fold during the year. This virus is often used as an indicator of fecal contamination of water. In commercial assays for SARS-CoV-2 detection, quantification of PMMoV is used as an indicator of the number of people contributing to the wastewater, assuming we consume the same amount of peppers and chilies every week. It increased in early June and around midsummer, indicating an increase in our pepper consumption during those weeks rather than an increase in the number of people contributing to the wastewater during those weeks.
+
Date:
Commentary: +
{{< ww_dynamic_content >}}
diff --git a/content/svenska/dashboards/wastewater/enteric_quantification/historic_enteric_gu.md b/content/svenska/dashboards/wastewater/enteric_quantification/historic_enteric_gu.md index eb970c0cc..3a28e471f 100644 --- a/content/svenska/dashboards/wastewater/enteric_quantification/historic_enteric_gu.md +++ b/content/svenska/dashboards/wastewater/enteric_quantification/historic_enteric_gu.md @@ -54,15 +54,13 @@ Adenovirus peaked slightly in week 10, no additional increase has been observed. The amount of pepper mild mottle virus (PMMoV) has varied more than 10-fold during the year. This virus is often used as an indicator of fecal contamination of water. In commercial assays for SARS-CoV-2 detection, quantification of PMMoV is used as an indicator of the number of people contributing to the wastewater, assuming we consume the same amount of peppers and chilies every week. It increased in early June and around midsummer, indicating an increase in our pepper consumption during those weeks rather than an increase in the number of people contributing to the wastewater during those weeks. - -{{< ww_dynamic_content >}}
## Dataset ###### **Nedladdning av data:** -[Kvantifiering av mängd SARS-CoV-2 och enteriska virus i avloppsvatten](https://blobserver.dckube.scilifelab.se/blob/wastewater_data_gu_allviruses.xlsx). Results för SARS-CoV-2 mätningar är tillgängliga från vecka 7 2020 (med ett avbrott vintern 2022-2023), och för enteriska virus från vecka 2 2023. Uppdatering sker varje vecka. +[Kvantifiering av mängd SARS-CoV-2 och enteriska virus i avloppsvatten](https://blobserver.dckube.scilifelab.se/blob/wastewater_data_gu_allviruses_historic.xlsx). Results för SARS-CoV-2 mätningar är tillgängliga från vecka 7 2020 (med ett avbrott vintern 2022-2023), och för enteriska virus från vecka 2 2023. Uppdatering sker varje vecka. **Kontakt:**