Skip to content

Commit

Permalink
Merge pull request IDEMSInternational#8560 from ChrisMarsh82/new_pack…
Browse files Browse the repository at this point in the history 
…ages

Added R packages
  • Loading branch information
@ChrisMarsh82
ChrisMarsh82 authored Oct 2, 2023
2 parents f8b8462 + ecd70df commit 7233297
Show file tree
Hide file tree
Showing 3 changed files with 258 additions and 357 deletions.
221 changes: 95 additions & 126 deletions instat/static/InstatObject/R/InstallPackages.R
View file
Original file line number Diff line number Diff line change
Expand Up @@ -14,132 +14,101 @@ install.packages("XML", dependencies = FALSE, repos='http://cran.us.r-project.or
# Packages including dependencies
# Generated from install_packages.R, do not edit manually!
# Above packages taken out
packs <- c("abind", "agricolae", "agridat",
"AlgDesign", "animation", "anytime", "apsimx",
"arrangements", "ash", "askpass", "assertthat",
"automap", "backports", "base64enc", "bayestestR",
"BH", "bigD", "bit", "bit64", "bitops",
"blob", "boot", "brew", "brio", "broom",
"bslib", "ca", "cachem", "callr", "candisc",
"car", "carData", "caret", "cellranger",
"changepoint", "checkmate", "chillR", "chron",
"circlize", "CircStats", "circular", "class",
"classInt", "cli", "clifro", "climdex.pcic",
"clipr", "clock", "clue", "cluster",
"cmsaf", "cmsafops", "cmsafvis", "codetools",
"coin", "colorRamps", "colorspace", "colourpicker",
"combinat", "commonmark", "conf.design", "confintr",
"contfrac", "corrplot", "corrr", "countrycode",
"cowplot", "cpp11", "crayon", "credentials",
"crosstalk", "curl", "DAAG", "dae", "data.table",
"datawizard", "date", "DBI", "deldir",
"dendextend", "DEoptimR", "desc", "DescTools",
"deSolve", "devtools", "diffobj", "digest",
"distillery", "dotCall64", "downlit", "dplyr",
"dslabs", "DT", "dtw", "e1071", "ecmwfr",
"effectsize", "ellipse", "ellipsis", "elliptic",
"emmeans", "EnvStats", "estimability", "evaluate",
"Evapotranspiration", "Exact", "exactRankTests",
"expm", "extraDistr", "extrafont", "extrafontdb",
"extRemes", "factoextra", "FactoMineR", "fansi",
"faraway", "farver", "fastDummies", "fastmap",
"fields", "filelock", "fitdistrplus", "flashClust",
"FNN", "fontawesome", "forcats", "foreach",
"forecast", "foreign", "formula.tools", "Formula",
"fracdiff", "fs", "future.apply", "future",
"gapminder", "gclus", "gcookbook", "generics",
"GenSA", "geosphere", "gert", "getPass",
"GGally", "ggalt", "ggdendro", "ggeffects",
"ggfittext", "ggforce", "ggformula", "ggfortify",
"ggmosaic", "ggplot2", "ggplotify", "ggpmisc",
"ggpp", "ggpubr", "ggrepel", "ggridges",
"ggsci", "ggsignif", "ggstance", "ggtext",
"ggthemes", "ggwordcloud", "gh", "gitcreds",
"gld", "GlobalOptions", "globals", "glue",
"gmp", "gnm", "goftest", "gower", "gridExtra",
"gridGraphics", "gridtext", "gstat", "gt",
"gtable", "gtExtras", "hardhat", "haven",
"heplots", "hexbin", "highr", "HistData",
"Hmisc", "hms", "htmlTable", "htmltools",
"htmlwidgets", "httpuv", "httr", "httr2",
"hunspell", "hydroGOF", "hydroTSM", "hypergeo",
"imputeTS", "ini", "insight", "interp",
"intervals", "ipred", "isoband", "iterators",
"janeaustenr", "janitor", "jpeg", "jquerylib",
"jsonlite", "juicyjuice", "Kendall", "KernSmooth",
"keyring", "klaR", "knitr", "labeling",
"labelled", "Lahman", "later", "lattice",
"latticeExtra", "lava", "lazyeval", "leaflet.providers",
"leaflet", "leaps", "lemon", "libcoin",
"lifecycle", "listenv", "lme4", "lmodel2",
"lmom", "lmomco", "Lmoments", "lmtest",
"lubridate", "lwgeom", "magick", "magrittr",
"mapdata", "mapproj", "maps", "maptools",
"markdown", "MASS", "Matrix", "MatrixModels",
"matrixStats", "mc2d", "memoise", "metR",
"mgcv", "mime", "miniUI", "minqa", "MKdescr",
"MKinfer", "mlbench", "ModelMetrics", "modelr",
"modeltools", "mosaic", "mosaicCore", "mosaicData",
"multcomp", "multcompView", "munsell", "mvtnorm",
"ncdf4.helpers", "ncdf4", "nlme", "nloptr",
"nnet", "nortest", "numDeriv", "nycflights13",
"openair", "openssl", "openxlsx", "operator.tools",
"paletteer", "parallelly", "parameters", "patchwork",
"pbkrtest", "pbs", "PCICt", "performance",
"pillar", "pingr", "pkgbuild", "pkgconfig",
"pkgdown", "pkgload", "plogr", "plotly",
"plotrix", "pls", "plyr", "png", "polyclip",
"polynom", "praise", "prediction", "prettyunits",
"primes", "prismatic", "pROC", "processx",
"prodlim", "productplots", "profvis", "progress",
"progressr", "proj4", "promises", "proxy",
"ps", "purrr", "qap", "quadprog", "quantmod",
"quantreg", "questionr", "qvcalc", "R.cache",
"R.methodsS3", "R.oo", "R.utils", "R6",
"ragg", "rainfarmr", "rappdirs", "raster",
"rasterVis", "rbibutils", "rcmdcheck", "RColorBrewer",
"rcorpora", "Rcpp", "RcppArmadillo", "RcppEigen",
"RcppRoll", "RCurl", "Rdpack", "readODS",
"readr", "readxl", "recipes", "registry",
"relimp", "rematch", "rematch2", "remotes",
"repr", "reshape", "reshape2", "rgdal",
"rio", "rje", "rlang", "rmarkdown", "RMAWGEN",
#"RMySQL",
"robustbase", "rootSolve", "roxygen2",
"rpart", "rpivotTable", "rprojroot", "rrefine",
"RSQLite", "rstatix", "rstudioapi", "rtf",
"Rttf2pt1", "rversions", "rvest", "rworldmap",
"rworldxtra", "s2", "sandwich", "sass",
"scales", "scatterplot3d", "SearchTrees", "segmented",
"selectr", "seriation", "sessioninfo", "sf",
"sftime", "shades", "shape", "shiny",
"shinyFiles", "shinyjs", "shinythemes", "shinyWidgets",
"signmedian.test", "sjlabelled", "sjmisc",
"sjPlot", "sjstats", "skimr", "snakecase",
"SnowballC", "sodium", "sourcetools", "sp",
"spacetime", "spam", "SparseM", "SPEI",
"splines2", "splus2R", "SQUAREM", "stars",
"statip", "stinepack", "stringdist",
#"stringi",
#"stringr",
"strucchange", "styler", "survival",
"svglite", "sys", "systemfonts",
#"terra",
"testthat", "texmex", "textshaping", "TH.data",
"tibble", "tidyr", "tidyselect", "tidytext",
"timechange", "timeDate", "tinytex", "TLMoments",
"tokenizers", "treemapify", "trend", "tseries",
"TSP", "TTR", "tweenr", "tzdb", "units",
"urca", "urlchecker", "usethis", "utf8",
"uuid", "V8", "vars", "vcd", "vcdExtra",
"vctrs", "verification", "viridis", "viridisLite",
"visdat", "visreg", "vroom", "wakefield",
"waldo", "weathermetrics", "whisker", "withr",
"wk", "xfun",
#"XML",
"xml2", "xopen",
"xtable", "xts", "yaml", "yulab.utils",
"zip", "zoo", "Zseq", "zyp")
packs <- c("abind", "agricolae", "agridat", "agriTutorial",
"AlgDesign", "animation", "anytime", "apsimx", "arm", "arrangements",
"ash", "askpass", "assertthat", "automap", "backports", "base64enc",
"BayesFactor", "bayesplot", "bayestestR", "BH", "bigD", "bit",
"bit64", "bitops", "blob", "boot", "brew", "brio", "broom", "bslib",
"ca", "cachem", "callr", "candisc", "car", "carData", "caret",
"cellranger", "changepoint", "checkmate", "chillR", "chron",
"circlize", "CircStats", "circular", "class", "classInt", "cli",
"clifro", "climdex.pcic", "clipr", "clock", "clue", "cluster",
"cmsaf", "cmsafops", "cmsafvis", "coda", "codetools", "coin",
"colorRamps", "colorspace", "colourpicker", "combinat", "commonmark",
"conf.design", "confintr", "contfrac", "corrplot", "corrr", "countrycode",
"cowplot", "cpp11", "crayon", "credentials", "crosstalk", "cubature",
"curl", "DAAG", "dae", "data.table", "datawizard", "date", "DBI",
"deldir", "dendextend", "DEoptimR", "desc", "DescTools", "deSolve",
"desplot", "devtools", "diagram", "diffobj", "digest", "distillery",
"distributional", "dotCall64", "downlit", "dplyr", "dslabs",
"DT", "dtw", "dygraphs", "e1071", "ecmwfr", "effectsize", "ellipse",
"ellipsis", "elliptic", "emmeans", "EnvStats", "estimability",
"evaluate", "Evapotranspiration", "Exact", "exactRankTests",
"expm", "extraDistr", "extrafont", "extrafontdb", "extRemes",
"factoextra", "FactoMineR", "fansi", "faraway", "farver", "fastDummies",
"fastmap", "fields", "filelock", "fitdistrplus", "flashClust",
"FNN", "fontawesome", "forcats", "foreach", "forecast", "foreign",
"formattable", "formula.tools", "Formula", "fracdiff", "fs",
"future.apply", "future", "gapminder", "gclus", "gcookbook",
"generics", "GenSA", "geosphere", "gert", "getPass", "GGally",
"ggalt", "ggeffects", "ggfittext", "ggforce", "ggformula", "ggfortify",
"ggmosaic", "ggplot2", "ggplotify", "ggpmisc", "ggpp", "ggpubr",
"ggrepel", "ggridges", "ggsci", "ggsignif", "ggstance", "ggtext",
"ggthemes", "ggwordcloud", "gh", "gitcreds", "gld", "GlobalOptions",
"globals", "glue", "gmp", "gnm", "goftest", "gower", "gridExtra",
"gridGraphics", "gridtext", "gstat", "gt", "gtable", "gtExtras",
"gtools", "hardhat", "haven", "heplots", "here", "hexbin", "highr",
"HistData", "Hmisc", "hms", "htmlTable", "htmltools", "htmlwidgets",
"httpuv", "httr", "httr2", "hydroGOF", "hydroTSM", "hypergeo",
"igraph", "imputeTS", "ini", "inline", "insight", "interp", "intervals",
"ipred", "isoband", "iterators", "janeaustenr", "janitor", "jpeg",
"jquerylib", "jsonlite", "juicyjuice", "Kendall", "KernSmooth",
"keyring", "klaR", "knitr", "labeling", "labelled", "Lahman",
"later", "lattice", "latticeExtra", "lava", "lazyeval", "leaps",
"lemon", "libcoin", "lifecycle", "listenv", "lme4", "lmerTest",
"lmodel2", "lmom", "lmomco", "Lmoments", "lmtest", "loo", "lubridate",
"lwgeom", "magick", "magrittr", "mapdata", "mapproj", "maps",
"maptools", "markdown", "MASS", "Matrix", "MatrixModels", "matrixStats",
"mc2d", "memoise", "metR", "mgcv", "mice", "miceadds", "mime",
"miniUI", "minqa", "mitools", "MKdescr", "MKinfer", "mlbench",
"ModelMetrics", "modelr", "modeltools", "mosaic", "mosaicCore",
"mosaicData", "multcomp", "multcompView", "munsell", "mvtnorm",
"ncdf4.helpers", "ncdf4", "nlme", "nloptr", "nnet", "nortest",
"numDeriv", "nycflights13", "openair", "openssl", "openxlsx",
"operator.tools", "paletteer", "parallelly", "parameters", "patchwork",
"pbapply", "pbkrtest", "pbs", "PCICt", "performance", "pillar",
"pingr", "pkgbuild", "pkgconfig", "pkgdown", "pkgload", "plogr",
"plotly", "plotrix", "pls", "plyr", "png", "polyclip", "polynom",
"posterior", "praise", "prediction", "prettyunits", "primes",
"prismatic", "pROC", "processx", "prodlim", "productplots", "profvis",
"progress", "progressr", "proj4", "promises", "proxy", "ps",
"purrr", "qap", "quadprog", "quantmod", "quantreg", "questionr",
"qvcalc", "R.cache", "R.methodsS3", "R.oo", "R.utils", "R6",
"ragg", "rainfarmr", "rappdirs", "raster", "rasterVis", "rbibutils",
"rcmdcheck", "RColorBrewer", "rcorpora", "Rcpp", "RcppArmadillo",
"RcppEigen", "RcppParallel", "RcppRoll", "RCurl", "Rdpack", "readODS",
"readr", "readxl", "recipes", "registry", "relimp", "rematch",
"rematch2", "remotes", "repr", "reshape", "reshape2", "rio",
"rje", "rlang", "rmarkdown", "RMAWGEN",
#"RMySQL",
"robustbase",
"rootSolve", "roxygen2", "rpart", "rpivotTable", "rprojroot",
"rrefine", "RSQLite", "rstan", "rstanarm", "rstantools", "rstatix",
"rstudioapi", "rtf", "Rttf2pt1", "rversions", "rvest", "rworldmap",
"rworldxtra", "s2", "sandwich", "sass", "scales", "scatterplot3d",
"SearchTrees", "segmented", "selectr", "seriation", "sessioninfo",
"sf", "sftime", "shades", "shape", "shiny", "shinyFiles", "shinyjs",
"shinystan", "shinythemes", "shinyWidgets", "sjlabelled", "sjmisc",
"sjPlot", "sjstats", "skimr", "snakecase", "SnowballC", "sodium",
"sourcetools", "sp", "spacetime", "spam", "SparseM", "SPEI",
"splines2", "splus2R", "SQUAREM", "StanHeaders", "stars", "statip",
"statquotes", "statsr", "stinepack", "stringdist",
#"stringi",
#"stringr",
"strucchange", "styler", "survival", "svglite", "sys",
"systemfonts", "tensorA",
#"terra",
"testthat", "texmex", "textshaping",
"TH.data", "threejs", "tibble", "tidyr", "tidyselect", "tidytext",
"timechange", "timeDate", "tinytex", "TLMoments", "tokenizers",
"treemapify", "trend", "tseries", "TSP", "TTR", "tweenr", "tzdb",
"units", "urca", "urlchecker", "usethis", "utf8", "uuid", "V8",
"vars", "vcd", "vcdExtra", "vctrs", "verification", "viridis",
"viridisLite", "visdat", "visreg", "vroom", "wakefield", "waldo",
"weathermetrics", "whisker", "withr", "wk", "wordcloud", "xfun",
#"XML",
"xml2", "xopen", "xtable", "xts", "yaml", "yulab.utils",
"zip", "zoo", "Zseq", "zyp")

install.packages(packs, dependencies = FALSE, repos='https://cloud.r-project.org', type="win.binary")

Expand Down
Loading

0 comments on commit 7233297

Please sign in to comment.