Merge pull request #295 from IDEMSInternational/master

update
Vitalis95 · Oct 30, 2024 · 9659fff · 9659fff
2 parents 42ac1aa + 96c805d
commit 9659fff
Show file tree

Hide file tree

Showing 3 changed files with 262 additions and 390 deletions.
diff --git a/instat/static/InstatObject/R/InstallPackages.R b/instat/static/InstatObject/R/InstallPackages.R
@@ -14,145 +14,103 @@ install.packages("XML", dependencies = FALSE, repos='http://cran.us.r-project.or
 # Packages including dependencies
 # Generated from install_packages.R, do not edit manually!
 # Above packages taken out
-packs <- c("abind", "agricolae", "agridat", 
-           "agriTutorial", "AlgDesign", "animation", "anytime", 
-           "apsimx", "arm", "arrangements", "ash", 
-           "askpass", "assertthat", "automap", "backports", 
-           "base64enc", "BayesFactor", "bayesplot", "bayestestR", 
-           "BH", "bigD", "bit", "bit64", "bitops", 
-           "blob", "boot", "brew", "brio", "broom", 
-           "bslib", "ca", "cachem", "callr", "candisc", 
-           "car", "carData", "caret", "cellranger", 
-           "CGPfunctions", "changepoint", "checkmate", 
-           "chillR", "chron", "circlize", "CircStats", 
-           "circular", "class", "classInt", "cli", 
-           "clifro", "climdex.pcic", "clipr", "clock", 
-           "clue", "cluster", "cmsaf", "cmsafops", 
-           "cmsafvis", "coda", "codetools", "coin", 
-           "collapse", "colorRamps", "colorspace", "colourpicker", 
-           "combinat", "commonmark", "conf.design", "confintr", 
-           "contfrac", "corrplot", "corrr", "countrycode", 
-           "cowplot", "cpp11", "crayon", "credentials", 
-           "crosstalk", "cubature", "curl", "DAAG", 
-           "dae", "data.table", "datasauRus", "datawizard", 
-           "date", "DBI", "deldir", "dendextend", 
-           "DEoptimR", "desc", "DescTools", "deSolve", 
-           "desplot", "devtools", "diagram", "diffobj", 
-           "digest", "distillery", "distributional", "dotCall64", 
-           "downlit", "dplyr", "dslabs", "DT", "dtw", 
-           "dygraphs", "e1071", "ecmwfr", "effectsize", 
-           "ellipse", "ellipsis", "elliptic", "emmeans", 
-           "EnvStats", "estimability", "evaluate", "Evapotranspiration", 
-           "Exact", "exactRankTests", "expm", "extraDistr", 
-           "extrafont", "extrafontdb", "extRemes", "factoextra", 
-           "FactoMineR", "fansi", "faraway", "farver", 
-           "fastDummies", "fastmap", "fields", "filelock", 
-           "fitdistrplus", "fivethirtyeight", "flashClust", 
-           "FNN", "fontawesome", "forcats", "foreach", 
-           "forecast", "foreign", "formattable", "formula.tools", 
-           "Formula", "fracdiff", "fs", "future.apply", 
-           "future", "gapminder", "gclus", "gcookbook", 
-           "generics", "GenSA", "geomtextpath", "geosphere", 
-           "gert", "getPass", "GGally", "ggalt", 
-           "ggeffects", "ggfittext", "ggforce", "ggformula", 
-           "ggfortify", "ggmosaic", "ggplot2", "ggplotify", 
-           "ggpmisc", "ggpp", "ggpubr", "ggrepel", 
-           "ggridges", "ggsci", "ggside", "ggsignif", 
-           "ggstance", "ggtext", "ggthemes", "ggwordcloud", 
-           "gh", "gitcreds", "gld", "GlobalOptions", 
-           "globals", "glue", "gmp", "gnm", "goftest", 
-           "gower", "gridExtra", "gridGraphics", "gridtext", 
-           "gstat", "gt", "gtable", "gtExtras", 
-           "gtools", "hardhat", "haven", "heplots", 
-           "here", "hexbin", "HH", "highr", "HistData", 
-           "Hmisc", "hms", "htmlTable", "htmltools", 
-           "htmlwidgets", "httpuv", "httr", "httr2", 
-           "hydroGOF", "hydroTSM", "hypergeo", "igraph", 
-           "imputeTS", "infer", "ini", "inline", 
-           "insight", "interp", "intervals", "inum", 
-           "ipred", "ISLR", "isoband", "iterators", 
-           "janeaustenr", "janitor", "jpeg", "jquerylib", 
-           "jsonlite", "juicyjuice", "Kendall", "KernSmooth", 
-           "keyring", "klaR", "knitr", "labeling", 
-           "labelled", "Lahman", "later", "lattice", 
-           "latticeExtra", "lava", "lazyeval", "leaps", 
-           "lemon", "libcoin", "lifecycle", "listenv", 
-           "lme4", "lmerTest", "lmodel2", "lmom", 
-           "lmomco", "Lmoments", "lmtest", "loo", 
-           "lubridate", "lwgeom", "magick", "magrittr", 
-           "mapdata", "mapproj", "maps", "maptools", 
-           "markdown", "MASS", "Matrix", "MatrixModels", 
-           "matrixStats", "mc2d", "memoise", "metR", 
-           "mgcv", "mice", "miceadds", "mime", "miniUI", 
-           "minqa", "mitools", "MKdescr", "MKinfer", 
-           "mlbench", "modeldata", "ModelMetrics", "modelr", 
-           "modeltools", "moderndive", "mosaic", "mosaicCore", 
-           "mosaicData", "multcomp", "multcompView", "munsell", 
-           "mvtnorm", "ncdf4.helpers", "ncdf4", "nlme", 
-           "nloptr", "nnet", "nortest", "numDeriv", 
-           "nycflights13", "openair", "openssl", "openxlsx", 
-           "operator.tools", "paletteer", "parallelly", 
-           "parameters", "partykit", "patchwork", "pbapply", 
-           "pbkrtest", "pbs", "PCICt", "performance", 
-           "pillar", "pingr", "pkgbuild", "pkgconfig", 
-           "pkgdown", "pkgload", "plogr", "plotly", 
-           "plotrix", "pls", "plyr", "png", "polyclip", 
-           "polynom", "posterior", "praise", "prediction", 
-           "prettyunits", "primes", "prismatic", "pROC", 
-           "processx", "prodlim", "productplots", "profvis", 
-           "progress", "progressr", "proj4", "promises", 
-           "proxy", "ps", "purrr", "qap", "quadprog", 
-           "quantmod", "quantreg", "questionr", "qvcalc", 
-           "R.cache", "R.methodsS3", "R.oo", "R.utils", 
-           "R6", "ragg", "rainfarmr", "rappdirs", 
-           "raster", "rasterVis", "rbibutils", "rcmdcheck", 
-           "RColorBrewer", "rcorpora", "Rcpp", "RcppArmadillo", 
-           "RcppEigen", "RcppParallel", "RcppRoll", "RCurl", 
-           "Rdpack", "readODS", "readr", "readxl", 
-           "recipes", "registry", "relimp", "rematch", 
-           "rematch2", "remotes", "repr", "reshape", 
-           "reshape2", "rio", "rje", "rlang", "rmarkdown", 
-           "RMAWGEN", "Rmpfr", 
-           #"RMySQL", 
-           "robustbase", 
-           "rootSolve", "roxygen2", "rpart", "rpivotTable", 
-           "rprojroot", "rrefine", "RSQLite", "rstan", 
-           "rstanarm", "rstantools", "rstatix", "rstudioapi", 
-           "rtf", "Rttf2pt1", "rversions", "rvest", 
-           "rworldmap", "rworldxtra", "s2", "sandwich", 
-           "sass", "scales", "scatterplot3d", "SearchTrees", 
-           "segmented", "selectr", "seriation", "sessioninfo", 
-           "sf", "sftime", "shades", "shape", "shiny", 
-           "shinyFiles", "shinyjs", "shinystan", "shinythemes", 
-           "shinyWidgets", "sjlabelled", "sjmisc", "sjPlot", 
-           "sjstats", "skimr", "snakecase", "SnowballC", 
-           "sodium", "sourcetools", "sp", "spacetime", 
-           "spam", "SparseM", "SPEI", "splines2", 
-           "splus2R", "SQUAREM", "StanHeaders", "stars", 
-           "statip", "statquotes", "statsr", "stinepack", 
-           "stringdist", 
-           #"stringi",
+packs <- c("abind", "agricolae", "agridat", "agriTutorial", 
+           "AlgDesign", "apsimx", "arm", "arrangements", "ash", "askpass", 
+           "assertthat", "backports", "base64enc", "BayesFactor", "bayesplot", 
+           "bayestestR", "BH", "bigD", "bit", "bit64", "bitops", "blob", 
+           "boot", "brew", "brio", "broom", "bslib", "ca", "cachem", "callr", 
+           "candisc", "car", "carData", "caret", "cellranger", "CGPfunctions", 
+           "changepoint", "checkmate", "chillR", "chron", "circlize", "CircStats", 
+           "circular", "class", "classInt", "cli", "clifro", "clipr", "clock", 
+           "clue", "cluster", "cmsaf", "cmsafops", "cmsafvis", "coda", "codetools", 
+           "coin", "collapse", "colorRamps", "colorspace", "colourpicker", 
+           "commonmark", "conf.design", "confintr", "contfrac", "corrplot", 
+           "corrr", "countrycode", "cowplot", "cpp11", "crayon", "credentials", 
+           "crosstalk", "cubature", "curl", "DAAG", "dae", "data.table", 
+           "datasauRus", "datawizard", "date", "DBI", "deldir", "dendextend", 
+           "DEoptimR", "Deriv", "desc", "DescTools", "deSolve", "desplot", 
+           "devtools", "diagram", "diffobj", "digest", "distillery", "distributional", 
+           "doBy", "dotCall64", "downlit", "dplyr", "dslabs", "DT", "dtw", 
+           "dygraphs", "e1071", "ecmwfr", "effectsize", "ellipse", "ellipsis", 
+           "elliptic", "emmeans", "EnvStats", "estimability", "evaluate", 
+           "Evapotranspiration", "Exact", "exactRankTests", "expm", "extraDistr", 
+           "extrafont", "extrafontdb", "extRemes", "factoextra", "FactoMineR", 
+           "fansi", "faraway", "farver", "fastDummies", "fastmap", "fields", 
+           "filelock", "fitdistrplus", "fivethirtyeight", "flashClust", 
+           "FNN", "fontawesome", "forcats", "foreach", "forecast", "foreign", 
+           "formattable", "formula.tools", "Formula", "fracdiff", "fs", 
+           "future.apply", "future", "gapminder", "gclus", "gcookbook", 
+           "generics", "GenSA", "geomtextpath", "geosphere", "gert", "getPass", 
+           "GGally", "ggalt", "ggeffects", "ggfittext", "ggformula", "ggfortify", 
+           "ggmosaic", "ggplot2", "ggplotify", "ggpmisc", "ggpp", "ggpubr", 
+           "ggrepel", "ggridges", "ggsci", "ggside", "ggsignif", "ggstats", 
+           "ggtext", "ggthemes", "ggwordcloud", "gh", "gitcreds", "gld", 
+           "glmnet", "GlobalOptions", "globals", "glue", "gmp", "gnm", "goftest", 
+           "gower", "gridExtra", "gridGraphics", "gridtext", "gt", "gtable", 
+           "gtExtras", "gtools", "hardhat", "haven", "heplots", "here", 
+           "hexbin", "HH", "highr", "HistData", "Hmisc", "hms", "htmlTable", 
+           "htmltools", "htmlwidgets", "httpuv", "httr", "httr2", "hydroGOF", 
+           "hydroTSM", "hypergeo", "igraph", "imputeTS", "infer", "ini", 
+           "inline", "insight", "interp", "inum", "ipred", "ISLR", "isoband", 
+           "iterators", "janeaustenr", "janitor", "jomo", "jpeg", "jquerylib", 
+           "jsonlite", "juicyjuice", "Kendall", "KernSmooth", "keyring", 
+           "knitr", "labeling", "labelled", "Lahman", "later", "lattice", 
+           "latticeExtra", "lava", "lazyeval", "leaps", "lemon", "libcoin", 
+           "lifecycle", "listenv", "lme4", "lmerTest", "lmodel2", "lmom", 
+           "lmomco", "Lmoments", "lmtest", "loo", "lubridate", "magrittr", 
+           "mapdata", "mapproj", "maps", "markdown", "MASS", "Matrix", "MatrixModels", 
+           "matrixStats", "mc2d", "memoise", "metR", "mgcv", "mice", "miceadds", 
+           "microbenchmark", "mime", "miniUI", "minqa", "minty", "mitml", 
+           "mitools", "MKdescr", "MKinfer", "mlbench", "modeldata", "ModelMetrics", 
+           "modelr", "modeltools", "moderndive", "mosaic", "mosaicCore", 
+           "mosaicData", "multcomp", "multcompView", "munsell", "mvtnorm", 
+           "ncdf4.helpers", "ncdf4", "nlme", "nloptr", "nnet", "nortest", 
+           "numDeriv", "nycflights13", "openair", "openssl", "openxlsx", 
+           "operator.tools", "ordinal", "paletteer", "pan", "parallelly", 
+           "parameters", "partykit", "patchwork", "pbapply", "pbkrtest", 
+           "pbs", "PCICt", "performance", "permute", "pillar", "pingr", 
+           "pkgbuild", "pkgconfig", "pkgdown", "pkgload", "plogr", "plotly", 
+           "plotrix", "pls", "plyr", "png", "polynom", "posterior", "praise", 
+           "prediction", "prettyunits", "primes", "prismatic", "pROC", "processx", 
+           "prodlim", "productplots", "profvis", "progress", "progressr", 
+           "proj4", "promises", "proxy", "ps", "purrr", "qap", "quadprog", 
+           "quantmod", "quantreg", "questionr", "QuickJSR", "qvcalc", "R.cache", 
+           "R.methodsS3", "R.oo", "R.utils", "R6", "ragg", "rainfarmr", 
+           "rappdirs", "raster", "rasterVis", "rbibutils", "rcmdcheck", 
+           "RColorBrewer", "rcorpora", "Rcpp", "RcppArmadillo", "RcppEigen", 
+           "RcppParallel", "RcppRoll", "RCurl", "Rdpack", "reactable", "reactR", 
+           "readODS", "readr", "readxl", "recipes", "registry", "relimp", 
+           "rematch", "rematch2", "remotes", "repr", "reshape", "reshape2", 
+           "rgl", "rio", "rje", "rlang", "rmarkdown", "RMAWGEN", "Rmpfr", 
+           #"RMySQL",
+           "robustbase", "rootSolve", "roxygen2", "rpart", "rpivotTable", 
+           "rprojroot", "rrefine", "RSQLite", "rstan", "rstanarm", "rstantools", 
+           "rstatix", "rstudioapi", "rtf", "Rttf2pt1", "rversions", "rvest", 
+           "rworldmap", "rworldxtra", "s2", "sandwich", "sass", "scales", 
+           "scatterplot3d", "SearchTrees", "segmented", "selectr", "seriation", 
+           "sessioninfo", "sf", "shades", "shape", "shiny", "shinyFiles", 
+           "shinyjs", "shinystan", "shinythemes", "shinyWidgets", "sjlabelled", 
+           "sjmisc", "sjPlot", "sjstats", "skimr", "snakecase", "SnowballC", 
+           "sodium", "sourcetools", "sp", "spam", "SparseM", "SPEI", "splines2", 
+           "splus2R", "SQUAREM", "StanHeaders", "statip", "statquotes", 
+           "statsr", "stinepack", "stringdist", 
+           #"stringi", 
            #"stringr", 
            "strucchange", 
-           "styler", "survival", "svglite", "sys", 
-           "systemfonts", "tensorA", 
-           #"terra", 
-           "testthat", 
-           "texmex", "textshaping", "TH.data", "threejs", 
-           "tibble", "tidyr", "tidyselect", "tidytext", 
-           "timechange", "timeDate", "tinytex", "TLMoments", 
-           "tokenizers", "treemapify", "trend", "tseries", 
-           "TSP", "TTR", "tweenr", "tzdb", "units", 
-           "urca", "urlchecker", "usethis", "utf8", 
-           "uuid", "V8", "vars", "vcd", "vcdExtra", 
-           "vctrs", "verification", "viridis", "viridisLite", 
-           "visdat", "visreg", "vroom", "waffle", 
-           "wakefield", "waldo", "weathermetrics", "whisker", 
-           "withr", "wk", "wordcloud", "xfun", 
+           "styler", "survival", "svglite", "sys", "systemfonts", "tensorA", 
+           #"terra",
+           "testthat", "texmex", "textshaping", "TH.data", "threejs", 
+           "tibble", "tidyr", "tidyselect", "tidytext", "timechange", "timeDate", 
+           "tinytex", "TLMoments", "tokenizers", "treemapify", "trend", 
+           "tryCatchLog", "tseries", "TSP", "TTR", "tzdb", "ucminf", "units", 
+           "urca", "urlchecker", "usethis", "utf8", "V8", "vars", "vcd", 
+           "vcdExtra", "vctrs", "vegan", "verification", "viridis", "viridisLite", 
+           "visdat", "visreg", "vroom", "waffle", "wakefield", "waldo", 
+           "weathermetrics", "whisker", "withr", "wk", "wordcloud", "writexl", 
+           "xfun", 
            #"XML", 
-           "xml2", "xopen", "xtable", "xts", "yaml", 
-           "yulab.utils", "zip", "zoo", "Zseq", 
-           "zyp")
+           "xml2", "xopen", "xtable", "xts", "yaml", "yulab.utils", 
+           "zip", "zoo", "Zseq", "zyp")
 
 install.packages(packs, dependencies = FALSE, repos='https://cloud.r-project.org', type="win.binary")