Merge pull request IDEMSInternational#8563 from N-thony/release

updated packages
Vitalis95 · Oct 3, 2023 · cceeb12 · cceeb12
2 parents ba90216 + 57426d9
commit cceeb12
Show file tree

Hide file tree

Showing 3 changed files with 383 additions and 260 deletions.
diff --git a/instat/static/InstatObject/R/InstallPackages.R b/instat/static/InstatObject/R/InstallPackages.R
@@ -14,101 +14,142 @@ install.packages("XML", dependencies = FALSE, repos='http://cran.us.r-project.or
 # Packages including dependencies
 # Generated from install_packages.R, do not edit manually!
 # Above packages taken out
-packs <- c("abind", "agricolae", "agridat", "agriTutorial", 
-		"AlgDesign", "animation", "anytime", "apsimx", "arm", "arrangements", 
-		"ash", "askpass", "assertthat", "automap", "backports", "base64enc", 
-		"BayesFactor", "bayesplot", "bayestestR", "BH", "bigD", "bit", 
-		"bit64", "bitops", "blob", "boot", "brew", "brio", "broom", "bslib", 
-		"ca", "cachem", "callr", "candisc", "car", "carData", "caret", 
-		"cellranger", "changepoint", "checkmate", "chillR", "chron", 
-		"circlize", "CircStats", "circular", "class", "classInt", "cli", 
-		"clifro", "climdex.pcic", "clipr", "clock", "clue", "cluster", 
-		"cmsaf", "cmsafops", "cmsafvis", "coda", "codetools", "coin", 
-		"colorRamps", "colorspace", "colourpicker", "combinat", "commonmark", 
-		"conf.design", "confintr", "contfrac", "corrplot", "corrr", "countrycode", 
-		"cowplot", "cpp11", "crayon", "credentials", "crosstalk", "cubature", 
-		"curl", "DAAG", "dae", "data.table", "datawizard", "date", "DBI", 
-		"deldir", "dendextend", "DEoptimR", "desc", "DescTools", "deSolve", 
-		"desplot", "devtools", "diagram", "diffobj", "digest", "distillery", 
-		"distributional", "dotCall64", "downlit", "dplyr", "dslabs", 
-		"DT", "dtw", "dygraphs", "e1071", "ecmwfr", "effectsize", "ellipse", 
-		"ellipsis", "elliptic", "emmeans", "EnvStats", "estimability", 
-		"evaluate", "Evapotranspiration", "Exact", "exactRankTests", 
-		"expm", "extraDistr", "extrafont", "extrafontdb", "extRemes", 
-		"factoextra", "FactoMineR", "fansi", "faraway", "farver", "fastDummies", 
-		"fastmap", "fields", "filelock", "fitdistrplus", "flashClust", 
-		"FNN", "fontawesome", "forcats", "foreach", "forecast", "foreign", 
-		"formattable", "formula.tools", "Formula", "fracdiff", "fs", 
-		"future.apply", "future", "gapminder", "gclus", "gcookbook", 
-		"generics", "GenSA", "geosphere", "gert", "getPass", "GGally", 
-		"ggalt", "ggeffects", "ggfittext", "ggforce", "ggformula", "ggfortify", 
-		"ggmosaic", "ggplot2", "ggplotify", "ggpmisc", "ggpp", "ggpubr", 
-		"ggrepel", "ggridges", "ggsci", "ggsignif", "ggstance", "ggtext", 
-		"ggthemes", "ggwordcloud", "gh", "gitcreds", "gld", "GlobalOptions", 
-		"globals", "glue", "gmp", "gnm", "goftest", "gower", "gridExtra", 
-		"gridGraphics", "gridtext", "gstat", "gt", "gtable", "gtExtras", 
-		"gtools", "hardhat", "haven", "heplots", "here", "hexbin", "highr", 
-		"HistData", "Hmisc", "hms", "htmlTable", "htmltools", "htmlwidgets", 
-		"httpuv", "httr", "httr2", "hydroGOF", "hydroTSM", "hypergeo", 
-		"igraph", "imputeTS", "ini", "inline", "insight", "interp", "intervals", 
-		"ipred", "isoband", "iterators", "janeaustenr", "janitor", "jpeg", 
-		"jquerylib", "jsonlite", "juicyjuice", "Kendall", "KernSmooth", 
-		"keyring", "klaR", "knitr", "labeling", "labelled", "Lahman", 
-		"later", "lattice", "latticeExtra", "lava", "lazyeval", "leaps", 
-		"lemon", "libcoin", "lifecycle", "listenv", "lme4", "lmerTest", 
-		"lmodel2", "lmom", "lmomco", "Lmoments", "lmtest", "loo", "lubridate", 
-		"lwgeom", "magick", "magrittr", "mapdata", "mapproj", "maps", 
-		"maptools", "markdown", "MASS", "Matrix", "MatrixModels", "matrixStats", 
-		"mc2d", "memoise", "metR", "mgcv", "mice", "miceadds", "mime", 
-		"miniUI", "minqa", "mitools", "MKdescr", "MKinfer", "mlbench", 
-		"ModelMetrics", "modelr", "modeltools", "mosaic", "mosaicCore", 
-		"mosaicData", "multcomp", "multcompView", "munsell", "mvtnorm", 
-		"ncdf4.helpers", "ncdf4", "nlme", "nloptr", "nnet", "nortest", 
-		"numDeriv", "nycflights13", "openair", "openssl", "openxlsx", 
-		"operator.tools", "paletteer", "parallelly", "parameters", "patchwork", 
-		"pbapply", "pbkrtest", "pbs", "PCICt", "performance", "pillar", 
-		"pingr", "pkgbuild", "pkgconfig", "pkgdown", "pkgload", "plogr", 
-		"plotly", "plotrix", "pls", "plyr", "png", "polyclip", "polynom", 
-		"posterior", "praise", "prediction", "prettyunits", "primes", 
-		"prismatic", "pROC", "processx", "prodlim", "productplots", "profvis", 
-		"progress", "progressr", "proj4", "promises", "proxy", "ps", 
-		"purrr", "qap", "quadprog", "quantmod", "quantreg", "questionr", 
-		"qvcalc", "R.cache", "R.methodsS3", "R.oo", "R.utils", "R6", 
-		"ragg", "rainfarmr", "rappdirs", "raster", "rasterVis", "rbibutils", 
-		"rcmdcheck", "RColorBrewer", "rcorpora", "Rcpp", "RcppArmadillo", 
-		"RcppEigen", "RcppParallel", "RcppRoll", "RCurl", "Rdpack", "readODS", 
-		"readr", "readxl", "recipes", "registry", "relimp", "rematch", 
-		"rematch2", "remotes", "repr", "reshape", "reshape2", "rio", 
-		"rje", "rlang", "rmarkdown", "RMAWGEN", 
-		#"RMySQL", 
-		"robustbase", 
-		"rootSolve", "roxygen2", "rpart", "rpivotTable", "rprojroot", 
-		"rrefine", "RSQLite", "rstan", "rstanarm", "rstantools", "rstatix", 
-		"rstudioapi", "rtf", "Rttf2pt1", "rversions", "rvest", "rworldmap", 
-		"rworldxtra", "s2", "sandwich", "sass", "scales", "scatterplot3d", 
-		"SearchTrees", "segmented", "selectr", "seriation", "sessioninfo", 
-		"sf", "sftime", "shades", "shape", "shiny", "shinyFiles", "shinyjs", 
-		"shinystan", "shinythemes", "shinyWidgets", "sjlabelled", "sjmisc", 
-		"sjPlot", "sjstats", "skimr", "snakecase", "SnowballC", "sodium", 
-		"sourcetools", "sp", "spacetime", "spam", "SparseM", "SPEI", 
-		"splines2", "splus2R", "SQUAREM", "StanHeaders", "stars", "statip", 
-		"statquotes", "statsr", "stinepack", "stringdist", 
-		#"stringi", 
-		#"stringr", 
-		"strucchange", "styler", "survival", "svglite", "sys", 
-		"systemfonts", "tensorA", 
-		#"terra",
-		"testthat", "texmex", "textshaping", 
-		"TH.data", "threejs", "tibble", "tidyr", "tidyselect", "tidytext", 
-		"timechange", "timeDate", "tinytex", "TLMoments", "tokenizers", 
-		"treemapify", "trend", "tseries", "TSP", "TTR", "tweenr", "tzdb", 
-		"units", "urca", "urlchecker", "usethis", "utf8", "uuid", "V8", 
-		"vars", "vcd", "vcdExtra", "vctrs", "verification", "viridis", 
-		"viridisLite", "visdat", "visreg", "vroom", "wakefield", "waldo", 
-		"weathermetrics", "whisker", "withr", "wk", "wordcloud", "xfun", 
-		#"XML", 
-		"xml2", "xopen", "xtable", "xts", "yaml", "yulab.utils", 
-		"zip", "zoo", "Zseq", "zyp")
+packs <- c("abind", "agricolae", "agridat", 
+           "agriTutorial", "AlgDesign", "animation", "anytime", 
+           "apsimx", "arm", "arrangements", "ash", 
+           "askpass", "assertthat", "automap", "backports", 
+           "base64enc", "BayesFactor", "bayesplot", "bayestestR", 
+           "BH", "bigD", "bit", "bit64", "bitops", 
+           "blob", "boot", "brew", "brio", "broom", 
+           "bslib", "ca", "cachem", "callr", "candisc", 
+           "car", "carData", "caret", "cellranger", 
+           "changepoint", "checkmate", "chillR", "chron", 
+           "circlize", "CircStats", "circular", "class", 
+           "classInt", "cli", "clifro", "climdex.pcic", 
+           "clipr", "clock", "clue", "cluster", 
+           "cmsaf", "cmsafops", "cmsafvis", "coda", 
+           "codetools", "coin", "collapse", "colorRamps", 
+           "colorspace", "colourpicker", "combinat", "commonmark", 
+           "conf.design", "confintr", "contfrac", "corrplot", 
+           "corrr", "countrycode", "cowplot", "cpp11", 
+           "crayon", "credentials", "crosstalk", "cubature", 
+           "curl", "DAAG", "dae", "data.table", 
+           "datawizard", "date", "DBI", "deldir", 
+           "dendextend", "DEoptimR", "desc", "DescTools", 
+           "deSolve", "desplot", "devtools", "diagram", 
+           "diffobj", "digest", "distillery", "distributional", 
+           "dotCall64", "downlit", "dplyr", "dslabs", 
+           "DT", "dtw", "dygraphs", "e1071", "ecmwfr", 
+           "effectsize", "ellipse", "ellipsis", "elliptic", 
+           "emmeans", "EnvStats", "estimability", "evaluate", 
+           "Evapotranspiration", "Exact", "exactRankTests", 
+           "expm", "extraDistr", "extrafont", "extrafontdb", 
+           "extRemes", "factoextra", "FactoMineR", "fansi", 
+           "faraway", "farver", "fastDummies", "fastmap", 
+           "fields", "filelock", "fitdistrplus", "flashClust", 
+           "FNN", "fontawesome", "forcats", "foreach", 
+           "forecast", "foreign", "formattable", "formula.tools", 
+           "Formula", "fracdiff", "fs", "future.apply", 
+           "future", "gapminder", "gclus", "gcookbook", 
+           "generics", "GenSA", "geomtextpath", "geosphere", 
+           "gert", "getPass", "GGally", "ggalt", 
+           "ggeffects", "ggfittext", "ggforce", "ggformula", 
+           "ggfortify", "ggmosaic", "ggplot2", "ggplotify", 
+           "ggpmisc", "ggpp", "ggpubr", "ggrepel", 
+           "ggridges", "ggsci", "ggsignif", "ggstance", 
+           "ggtext", "ggthemes", "ggwordcloud", "gh", 
+           "gitcreds", "gld", "GlobalOptions", "globals", 
+           "glue", "gmp", "gnm", "goftest", "gower", 
+           "gridExtra", "gridGraphics", "gridtext", "gstat", 
+           "gt", "gtable", "gtExtras", "gtools", 
+           "hardhat", "haven", "heplots", "here", 
+           "hexbin", "highr", "HistData", "Hmisc", 
+           "hms", "htmlTable", "htmltools", "htmlwidgets", 
+           "httpuv", "httr", "httr2", "hydroGOF", 
+           "hydroTSM", "hypergeo", "igraph", "imputeTS", 
+           "ini", "inline", "insight", "interp", 
+           "intervals", "ipred", "isoband", "iterators", 
+           "janeaustenr", "janitor", "jpeg", "jquerylib", 
+           "jsonlite", "juicyjuice", "Kendall", "KernSmooth", 
+           "keyring", "klaR", "knitr", "labeling", 
+           "labelled", "Lahman", "later", "lattice", 
+           "latticeExtra", "lava", "lazyeval", "leaps", 
+           "lemon", "libcoin", "lifecycle", "listenv", 
+           "lme4", "lmerTest", "lmodel2", "lmom", 
+           "lmomco", "Lmoments", "lmtest", "loo", 
+           "lubridate", "lwgeom", "magick", "magrittr", 
+           "mapdata", "mapproj", "maps", "maptools", 
+           "markdown", "MASS", "Matrix", "MatrixModels", 
+           "matrixStats", "mc2d", "memoise", "metR", 
+           "mgcv", "mice", "miceadds", "mime", "miniUI", 
+           "minqa", "mitools", "MKdescr", "MKinfer", 
+           "mlbench", "ModelMetrics", "modelr", "modeltools", 
+           "mosaic", "mosaicCore", "mosaicData", "multcomp", 
+           "multcompView", "munsell", "mvtnorm", "ncdf4.helpers", 
+           "ncdf4", "nlme", "nloptr", "nnet", "nortest", 
+           "numDeriv", "nycflights13", "openair", "openssl", 
+           "openxlsx", "operator.tools", "paletteer", 
+           "parallelly", "parameters", "patchwork", "pbapply", 
+           "pbkrtest", "pbs", "PCICt", "performance", 
+           "pillar", "pingr", "pkgbuild", "pkgconfig", 
+           "pkgdown", "pkgload", "plogr", "plotly", 
+           "plotrix", "pls", "plyr", "png", "polyclip", 
+           "polynom", "posterior", "praise", "prediction", 
+           "prettyunits", "primes", "prismatic", "pROC", 
+           "processx", "prodlim", "productplots", "profvis", 
+           "progress", "progressr", "proj4", "promises", 
+           "proxy", "ps", "purrr", "qap", "quadprog", 
+           "quantmod", "quantreg", "questionr", "qvcalc", 
+           "R.cache", "R.methodsS3", "R.oo", "R.utils", 
+           "R6", "ragg", "rainfarmr", "rappdirs", 
+           "raster", "rasterVis", "rbibutils", "rcmdcheck", 
+           "RColorBrewer", "rcorpora", "Rcpp", "RcppArmadillo", 
+           "RcppEigen", "RcppParallel", "RcppRoll", "RCurl", 
+           "Rdpack", "readODS", "readr", "readxl", 
+           "recipes", "registry", "relimp", "rematch", 
+           "rematch2", "remotes", "repr", "reshape", 
+           "reshape2", "rio", "rje", "rlang", "rmarkdown", 
+           "RMAWGEN", 
+           #"RMySQL",
+           "robustbase", "rootSolve", 
+           "roxygen2", "rpart", "rpivotTable", "rprojroot", 
+           "rrefine", "RSQLite", "rstan", "rstanarm", 
+           "rstantools", "rstatix", "rstudioapi", "rtf", 
+           "Rttf2pt1", "rversions", "rvest", "rworldmap", 
+           "rworldxtra", "s2", "sandwich", "sass", 
+           "scales", "scatterplot3d", "SearchTrees", "segmented", 
+           "selectr", "seriation", "sessioninfo", "sf", 
+           "sftime", "shades", "shape", "shiny", 
+           "shinyFiles", "shinyjs", "shinystan", "shinythemes", 
+           "shinyWidgets", "sjlabelled", "sjmisc", "sjPlot", 
+           "sjstats", "skimr", "snakecase", "SnowballC", 
+           "sodium", "sourcetools", "sp", "spacetime", 
+           "spam", "SparseM", "SPEI", "splines2", 
+           "splus2R", "SQUAREM", "StanHeaders", "stars", 
+           "statip", "statquotes", "statsr", "stinepack", 
+           "stringdist", 
+           #"stringi", 
+           #"stringr", 
+           "strucchange", 
+           "styler", "survival", "svglite", "sys", 
+           "systemfonts", "tensorA", 
+           #"terra",
+           "testthat", 
+           "texmex", "textshaping", "TH.data", "threejs", 
+           "tibble", "tidyr", "tidyselect", "tidytext", 
+           "timechange", "timeDate", "tinytex", "TLMoments", 
+           "tokenizers", "treemapify", "trend", "tseries", 
+           "TSP", "TTR", "tweenr", "tzdb", "units", 
+           "urca", "urlchecker", "usethis", "utf8", 
+           "uuid", "V8", "vars", "vcd", "vcdExtra", 
+           "vctrs", "verification", "viridis", "viridisLite", 
+           "visdat", "visreg", "vroom", "wakefield", 
+           "waldo", "weathermetrics", "whisker", "withr", 
+           "wk", "wordcloud", "xfun", 
+           #"XML",
+           "xml2", 
+           "xopen", "xtable", "xts", "yaml", "yulab.utils", 
+           "zip", "zoo", "Zseq", "zyp")
 
 install.packages(packs, dependencies = FALSE, repos='https://cloud.r-project.org', type="win.binary")