Tutorials-of-metabolic-modeling

关于我

长期从事代谢网络模型相关工作，以一作身份在国际期刊如PNAS（4篇）、MSB、NAR等发文10+篇（见个人主页），并受邀审稿（见Web of Science）。

关于你

具有微生物学和生物化学的知识储备，对代谢网络模型感兴趣，打算在未来研究中使用模型。建议提前阅读模型相关的经典文献以掌握一定基础知识，例如模型构建（Nat Protoc 2010）、流量平衡分析（Nat Biotechnol 2010）等。

关于本教程

将介绍细胞代谢网络模型的构建和使用的实际操作。

教程内容

将涉及基础、应用和进阶三部分：

• 基础部分（Basic modeling）主要是模型基本信息介绍以及模型构建；
• 应用部分（Model applications）包括细胞代谢流计算，微生物细胞工厂分析和设计等；
• 进阶部分（Advanced modeling）涉及新型模型，特别是蛋白约束模型。

需要用的软件和工具

请自行下载并安装以下软件和工具包：

• MATLAB（本教程的所有操作都是在MATLAB中实现的）
• GitHub（非必须，但如果你将主要从事模型研究强烈建议下载安装并注册账号）
• COBRA（模型构建和分析的工具箱，点击链接有详细的安装说明，Solver最好选择Gurobi）

注意 安装完毕后，每次使用本教程的时候都需要运行startme文件以加载COBRA工具包，或者自行输入initCobraToolbox进行加载。

其它

如果在使用过程中有任何问题，可以在Issues提出。

如对教程内容有任何建议，请与我联系（[email protected]）。

• 本教程将长期但不定期更新，建议点击右上角Watch可订阅每次更新。
• 最后更新时间：2023-03-18