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#include "dfg.h"
//http://www.knowledgedoor.com/2/elements_handbook/bondi_van_der_waals_radius.html
/* name comparison uses uppercase
ElemDescr vdwTab[256] = {
{"NONE", 0, 1.20 },
{"H", 1, 1.20 },
{"He", 2, 1.20 },
{"Li", 3, 1.20 },
{"Be", 4, 1.20 },
{"B", 5, 1.20 },
{"C", 6, 1.70 }, //OK
{"N", 7, 1.55 }, //OK
{"O", 8, 1.52 }, //OK
{"", 9, 1.20 },
{"H", 10, 1.20 },
{"NA", 11, 2.27 },
{"H", 12, 1.20 },
{"H", 13, 1.20 },
{"H", 14, 1.20 },
{"H", 15, 1.20 },
{"H", 16, 1.20 },
{"H", 17, 1.20 },
{"H", 18, 1.20 },
{"P", 19, 1.80 }, //OK
};
*/
/* from cctbx/eltbx/van_der_waal_radii.py
# Van-der-Waals radii for known elements.
#
# Created: Pavel Afonine.
#
# Sources:
# 1) Bondi, J.Phys.Chem., 68, 441, 1964 for atoms:
# Ag,Ar,As,Au,Br,Cd,Cl,Cu,F,Ga,H,He,Hg,I,In,K,Kr,
# Li,Mg,Na,Ne,Ni,Pb,Pd,Pt,Se,Si,Sn,Te,Tl,Xe,Zn
# 2) Fokine et al, J. Appl. Cryst. (2003). 36, 352-355 for "protein" atoms:
# C, O, N, S, P
#
*/
ElemDescr vdwTab[] = {
{ "H", 1.20 },
{ "D", 1.20 },
{ "He", 1.40 },
{ "Li", 1.82 },
{ "Be", 0.63 },
{ "B", 1.75 },
{ "C", 1.775},
{ "N", 1.50 },
{ "O", 1.45 },
{ "F", 1.47 },
{ "Ne", 1.54 },
{ "Na", 2.27 },
{ "Mg", 1.73 },
{ "Al", 1.50 },
{ "Si", 2.10 },
{ "P", 1.90 },
{ "S", 1.80 },
{ "Cl", 1.75 },
{ "Ar", 1.88 },
{ "K", 2.75 },
{ "Ca", 1.95 },
{ "Sc", 1.32 },
{ "Ti", 1.95 },
{ "V", 1.06 },
{ "Cr", 1.13 },
{ "Mn", 1.19 },
{ "Fe", 1.26 },
{ "Co", 1.13 },
{ "Ni", 1.63 },
{ "Cu", 1.40 },
{ "Zn", 1.39 },
{ "Ga", 1.87 },
{ "Ge", 1.48 },
{ "As", 0.83 },
{ "Se", 1.90 },
{ "Br", 1.85 },
{ "Kr", 2.02 },
{ "Rb", 2.65 },
{ "Sr", 2.02 },
{ "Y", 1.61 },
{ "Zr", 1.42 },
{ "Nb", 1.33 },
{ "Mo", 1.75 },
{ "Tc", 2.00 },
{ "Ru", 1.20 },
{ "Rh", 1.22 },
{ "Pd", 1.63 },
{ "Ag", 1.72 },
{ "Cd", 1.58 },
{ "In", 1.93 },
{ "Sn", 2.17 },
{ "Sb", 1.12 },
{ "Te", 1.26 },
{ "I", 1.98 },
{ "Xe", 2.16 },
{ "Cs", 3.01 },
{ "Ba", 2.41 },
{ "La", 1.83 },
{ "Ce", 1.86 },
{ "Pr", 1.62 },
{ "Nd", 1.79 },
{ "Pm", 1.76 },
{ "Sm", 1.74 },
{ "Eu", 1.96 },
{ "Gd", 1.69 },
{ "Tb", 1.66 },
{ "Dy", 1.63 },
{ "Ho", 1.61 },
{ "Er", 1.59 },
{ "Tm", 1.57 },
{ "Yb", 1.54 },
{ "Lu", 1.53 },
{ "Hf", 1.40 },
{ "Ta", 1.22 },
{ "W", 1.26 },
{ "Re", 1.30 },
{ "Os", 1.58 },
{ "Ir", 1.22 },
{ "Pt", 1.72 },
{ "Au", 1.66 },
{ "Hg", 1.55 },
{ "Tl", 1.96 },
{ "Pb", 2.02 },
{ "Bi", 1.73 },
{ "Po", 1.21 },
{ "At", 1.12 },
{ "Rn", 2.30 },
{ "Fr", 3.24 },
{ "Ra", 2.57 },
{ "Ac", 2.12 },
{ "Th", 1.84 },
{ "Pa", 1.60 },
{ "U", 1.75 },
{ "Np", 1.71 },
{ "Pu", 1.67 },
{ "Am", 1.66 },
{ "Cm", 1.65 },
{ "Bk", 1.64 },
{ "Cf", 1.63 },
{ "Es", 1.62 },
{ "Fm", 1.61 },
{ "Md", 1.60 },
{ "No", 1.59 },
{ "Lr", 1.58 }
};
int vdwTabSz=sizeof(vdwTab)/sizeof(vdwTab[0]);