05.Rmd

---
output: html_document
editor_options: 
  chunk_output_type: console
---

# R을 사용한 비구획분석 시각화 {#pkr}

## 이 장에서는 {#summary-pkr}

비구획분석에 대한 다양한 시각화는 여러 유용한 정보를 제공해 줍니다. 이를 가능하게 해 주는 `pkr` 패키지[@R-pkr]에 대해서  자세히 알아보겠습니다.

`pkr`의 `DESCRIPTION` 파일을 보면 다음과 같이 설명하고 있습니다.

> `r packageDescription('pkr')$Description`

```{r, message = FALSE}
library(tidyverse)
library(pkr)
```

## pkr 사용법 {#pkr-manual}

`pkr` 함수의 가장 핵심적인 기능은 `plotPK()` 함수에 있고 이 함수의 인자는 다음과 같습니다.

```{r}
args(pkr::plotPK)
```

`Theoph` 자료를 갖고 그림을 그리는 명령어를 실행해 보겠습니다.

```{r message = FALSE}
pkr::plotPK(concData = Theoph, id="Subject", Time = "Time", 
			conc = "conc", unitTime="hr", unitConc="mg/L", 
			dose=320, outdir = "Output-pkr")
```

조금 기다린 후 `Output` 폴더를 확인해 보면 세개의 그림 파일이 생성된 것을 알 수 있습니다.

- `r dir('./Output-pkr/', pattern = '\\.tiff$', full.names = TRUE) %>% grep(pattern = ' ', value = TRUE) %>% paste(collapse = '\n- ')` 

```{r include = FALSE}
files <- dir('Output', pattern = '\\.png$', full.names = TRUE)
files
```

```{r, echo = FALSE, fig.cap = '평균 약동학 파라메터와 그룹 농도-시간 그림 (선형)'}
knitr::include_graphics(files[1])
```

```{r, echo = FALSE, fig.cap = '평균 약동학 파라메터와 그룹 농도-시간 그림 (로그)'}
knitr::include_graphics(files[2])
```

```{r, echo = FALSE, fig.cap = '평균 약동학 파라메터와 그룹 평균 농도-시간 그림 (로그)'}
knitr::include_graphics(files[3])
```

또한 개개인 별로 여러개의 그림이 담긴 두개의 PDF 파일이 생성되었습니다.

- `r dir('./Output-pkr/', pattern = '\\.pdf$', full.names = TRUE) %>% grep(pattern = ' ', value = TRUE) %>% paste(collapse = '\n- ')` 


```{r, echo = FALSE, fig.cap = '약동학 파라메터와 함께 표시되는 농도-시간 그림 (선형)'}
knitr::include_graphics('Output-pkr/Individual PK Linear Scale for Theoph.png')
```

```{r, echo = FALSE, fig.cap = '약동학 파라메터와 함께 표시되는 농도-시간 그림 (로그)'}
knitr::include_graphics('Output-pkr/Individual PK Log 10 Scale for Theoph.png')
```