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Exemplo prático da utilização de técnicas de Web Scraping para a adição de informação a bases de dados MYSQL

Neste repositório apresenta-se a proposta de solução para as fichas-exemplo disponibilizadas pelo Professor Jorge Gustavo Rocha para a aplicação de téncicas de web scrapping com vista a capturar dados da base de dados GenBank com vista à população de tabelas de uma base de dados MySQL com informação básica sobre genes.

Estas fichas utilizam como base os exemplos disponibilizados pelo Professor Jorge Gustavo Rocha no seu repositório.

Esta implementação visa replicar o código e acrescentar um conjunto de automatismos com vista a criar uma ferramenta de web scrapping mais autónoma. O objetivo passa por ir buscar uma ou mais sequências biológicas online e que depois essas sequências sejam guardadas em base de dados. O resultado será um programa que saca dados do Genbank e guarda os mesmos na base de dados.

Explicação do raciocínio e desafios:

• ir buscar dados de sequências biológicas online ao Genbank. Depois de se sacar os dados do Genbank, onde é que os mesmos são guardados? Em lado nenhum. Os dados são mostrados (com print), mas não são guardados. Podem ser facilmente guardados num documento, mas não estão a ser guardados em base de dados.

• Portanto, pega-se num documento e insere-se os dados do mesmo na base de dados. Os dados são lidos de um documento local. Não são lidos do site Genbank.

A implementação das funções foi desenvolvida por Duarte Velho (PG53481).