Ideas para futuras notas #1
Comments
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@Pakillo @ibartomeus Gracias por la lista de ideas. Yo me ofrezco a preparar algo (o a colaborar para preparar algo) de Publicación de Datos (data papers), Repositorios (con sus metadatos), etc. Quizá para el siguiente número sea precipitado, pero para el próximo quizá si. |
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Genial, gracias @ajpelu. Quizás antes que los data papers con metadatos podriamos hablar de como compartir codigo y datos de papers empiricos (algo cada vez más solicitado por las revistas). Hablamos |
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Hola! |
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No, yo creo que hay que ser diversos y específicos en los temas, o sea que estadística circular me parece un ejemplo de nota super relevante. Poca gente lo conoce y se puede hacer un resumen fácilmente. Cuando lo tengas, mandalo, que será guapo! Recuerda que la estructura habría de ser "el problema: analizar datos circulares + la solución: estadística circular + enlace o citas a recursos más relevantes". |
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Estupendo que te parezca interesante el tema, @ibartomeus ! Irene |
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Pues si quieres un plazo, lo pongo rápido: para antes de verano? :D |
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Finales de julio cuenta como antes del verano, jeje? |
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Compro finales de julio! Gracias. |
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Adjudicado!! :D |
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Hola a todos, Quizás sea demasiado básico pero un tema que me parece relevante es el (mal) uso que a menudo se realiza del análisis de la varianza y el ajuste de los parámetros del modelo en los modelos lineales. Especialmente los estudiantes de doctorado cuando están comenzado a aprender estadística tienen problemas para distinguir la diferencia entre al función anova de R y la función summary. Es además muy común ver artículos publicados en los que simplemente se muestra el ajuste de los parámetros del modelo sin reportar varianzas explicadas o R^2. Creo que podría ser un tema a tratar y con un deadline amplio me ofrezco a liderar aunque la colaboración es bienvenida. No sé si daría también para entrar a hablar sobre el abuso (en mi opinión) de los términos ANOVA, MANOVA etc. que hace que muchos investigadores no entiendan bien el procedimiento de ajuste y reporte de resultados basados en modelos lineales. Es común que los estudiantes pregunten en clase por qué aplicamos la función anova de R si estamos ajustando un GLM sólo por poneros un ejemplo. Un saludo!! |
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Y por animar un poco a más gente también quería comentaros que los temas sobre modelos mixtos y AIC también me interesan y me parecen super relevantes. Me ofrezco a colaborar aunque no sé si me animaría a liderarlos. Creo que para modelos mixtos y/o AIC sería una idea genial tantear a Luis Cayuela que tiene un curso estupendo sobre el tema. No sé si Luis es miembro del grupo pero si la sección en Ecosistemas sigue pa'lante y no surgen voluntarios puede escribirle si os parece buena idea. Saludos again!! |
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Hola @CarlosLaraR ! Muchas gracias por la aportación. Totalmente de acuerdo en que todos esos temas serían super-útiles y muy bien recibidos. Adelante! Abro issues para cada uno. Cuál es tu "deadline amplio"?? 😄 Si te ofreces a liderarlo, lo bueno de esto es que será muy fácil que la gente colabore y haga aportaciones o comentarios. Así que ánimo. Y gracias otra vez! |
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Me parece un tema super importante, Fichado! Una opción para orientarlo de forma simple (pero muy importante, y que no se hace siempre bien) sería ¿como presentar los resultados de modelos lineales? Totalmente de acuerdo que se ven muchos papers que dan p-valores y F's si dar nada más! Esperamos tu primer borrador :) |
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@Pakillo que rapido eres contestando, me ganaste 🗡 |
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es que andaba por aqui :) |
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¡¡Me subo al carro pues y me ofrezoc a liderar la nota "Ajuste, interpretación y presentación de modelso lineales". Saludos, Carlos |
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Mayo, va perfecto. |
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que guay! :-) |
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Hola! Esta iniciativa me parece muy necesaria! más aún sabiendo que Ecosistemas tiene un gran público en América Latina y allí en muchos casos l@s estudiantes están todavía más perdidos. Yo estoy particularmente interesada y soy usuaria habitual de la selección de modelos con índices de Akaike, usualmente, utilizando modelos mixtos. Podría colaborar en ambas notas, aunque creo que me sentiría más cómoda en la de selección de modelos. Creo que Luis cayuela es un gran fichaje para este tema como decía CarlosLaraR. Podemos tantearla a ver qué opina. Como hay muchas iniciativas "adelantadas" yo ofrezco un deadline a largo plazo.... antes de la próxima vuelta al cole (septiembre 2017). |
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Genial, gracias @gemaescribano ! Te apuntamos :) |
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Buenas a todos, todos sabemos que la estadística mola y es necesario su buen uso para una ciencia de calidad. Sin embargo, y siguiendo la sugerencia del hilo, es necesario tocar otros temas. Siguiendo la idea de ciencia reproducible, tal vez no es mala idea hablar algo de programas de edición de textos tipo Latex, que permiten ciencia reproducible a un nivel más profundo que los editores de texto tradicionales. Además, va muy bien para escribir ecuaciones y hay revistas que ya tienen sus templates para que no tengas que preocuparte de formatos etc. Yo lo he usado en algunos grupos de trabajo y va genial (aunque como todo, hay que aprender a usarlo y escribir un comando para poner cursiva es algo poco amistoso). Aunque sea para dar a conocer su existencia creo que podría estar bien. Nos vemos |
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Hola, escribiendo la nota sobre modelos lineales se me ocurrió que otra nota interesante podría ser sobre representaciones gráficas basadas en boxplot y barplot. Podría estar bien comentar los pros y contras de ambas opciones y dar código de R para hacer ambos tipos de gráficos. |
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Muy buena idea @CarlosLaraR! Lo abro como nuevo issue y a ver si alguien se anima. O quieres repetir ya? :) |
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@saizhugo Gracias por la sugerencia! Te animas a escribir algo sobre esto? Te refieres a LaTeX únicamente? O estabas pensando incluir Rmarkdown y similares? |
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@Pakillo buen intento. Jaja. No me lo he pasado nada mal con esta nota...PERO vamos a esperar un tiempo a ver si algún otro miembro del grupo se anima...que seguro hay algún experto por ahí!! ;) |
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A mí no me importa escribir algo sobre el tema (no sé cómo va el tema fechas y demás pero si avisáis con tiempo lo puedo hacer). Controlo más de LaTeX que de los otros pero me puedo informar. También tendría que pensar un poco cómo enfocarla (ventajas/inconvenientes, tutorial etc). Cualquier consejo es bienvenido. |
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Buenas. Yo antes de empezar a trabajar en esto preguntaría primero en la lista de correo de R hispano https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es. Si hay algo hecho ya, es muy probable que ahí lo conozcan |
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Perdón por no contestar hasta ahora. Sí, me comprometo a preparar una nota sobre Latex para finales de este año. Que vaya bien. |
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Buenos días, acabo de terminar la primera versión de la nota para la revista Ecosistemas. Al final no me he centrado sólo en Latex sino que he escrito sobre los procesadores de texto basados en comandos. Me ha quedado un poco larga (1200 palabras, aunque no tiene ninguna figura ni tabla) y está escrita como si fuera un post de un blog (no sé si esto es bueno o malo). Cualquier comentario es bienvenido. No he podido crear una carpeta donde subir los archivos (creo que solo pueden los administradores) así que subo los archivos por aquí y si alguien puede agruparlos en una carpeta, sería genial. Está escrito en RMarkdown y mi idea sería poner el archivo .rmd como apéndice para quien quiera puede ver cómo funcionan este tipo de programas. ¡Espero vuestros comentarios! p.d. También he incluido el archivo .doc por si a algún perezoso no le apetece aprender RMarkdown |
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Gracias Hugo, en cuanto pille un hueco subo el texto y pido feedback! |
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Hola a todos, Espero que os parezca bien. Y si aceptáis la idea, me gustaría saber si tenéis algún deadline que os venga bien, o puedo columpiarme, jeje. Por cierto he visto las notas de @saizhugo y de @CarlosLaraR y me han encantado. Me he hecho superfan de las notas de ecosistemas!!! Salud |
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Fichado para las "10 reglas" y como deadline si lo tienes para finales de Junio seria ideal. Que te parece? |
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jaja @galeanojav gracias por el cumplido me viene bien para subir el ánimo y aumentar mi ego.. suena genial la nota de las 10 reglas!!! |
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@ibartomeus junio me parece perfecto. De todas formas si lo tengo antes te aviso. Gracias |
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Hola compañer@s! Resulta que estos meses he estado limpiado una base de datos descargada de GBIF (un error by the way) y creo que podría ser fácil escribir una nota en la que se describan algunos filtros básicos utilizando principalmente el paquete CoordinateCleaner (añadiría alguno caso adicoinal). Se podría añadir además el proceso de automatización de descarga de datos desde GBIF con el paquete rgbif. La nota puede partir de una descarga de datos de un conjunto de especies de GBIF y luego se limpian y se hace un mapita con el aspecto de los datos antes y después del filtrado y limpieza. El nombre de la nota podría ser algo así como: "Descarga y limpieza de datos procedentes de bases de datos de biodiversidad". un saludos!! |
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Estupendo, pero ojo no te pises con esta: https://www.revistaecosistemas.net/index.php/ecosistemas/article/view/1416 Quizás basandote en cómo automatizar la limpieza de datos? coordenadas, pero también nombres científicos. Taxize hace eso con nombres científicos y un poco de regexp hace maravillas. |
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Cierto Nacho. Lo centramos entonces en la limpieza de datos. Yo siempre he limpiado los nombres científico a pelo con mi propio código. Pero creo que es mejor usar una herramienta como Taxise. La puedo incluir yo sin problemas pero si alguien se anima con una co-autoria metiendo la parte de especies por mi genial. |
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Pues ya puedes abrir un nuevo issue del tema con etiquetas "en preparation" y "help wanted". Si realmente quieres ayuda, envía un email a la lista para que la gente lo vea. Gracias! |
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issue abierto pero no he podido añadir las etiquetas "en preparation" y "help wanted". |
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Hola! |
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Hola @gretacv , yo uso bastante Jupyter. La gente que programamos en python , casi lo usamos por defecto. Y como dices, está muy bien para dar clases de programación. Se puede usar markdown, para escribir parte de las notas y luego la parte de programación. Me parece interesante, la verdad. |
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Si y ahora también se puede usar R, he encontrado algunas dificultades usando rgdal, pero si la nota no entra en análisis espaciales podría ser sencillo. |
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No he usado Jupiter, pero he usado otras interfaces tipo Rstudio. Crees que da para una nota? Que ideas cubririas? |
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Hola Ignasi,
No sé si esto es suficiente para una nota. La idea me ha venido porque hace un año desconocía esta posibilidad y personalmente me ha resultado útil. |
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Vale, me parece bien. Quizás estaría bien incluir algo de python como dice @galeanojav y ser general en cuanto a qué recursos hay disponibles para crear documentos interactivos en general. Mira la nota de @saizhugo para no solaparse. https://github.com/ecoinfAEET/Notas_Ecosistemas/tree/master/markup Por mi adelante, añade un issue y yo le pongo las etiquetas "en preparation" y "help wanted" (si quieres help). |
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@gretacv si al final decides meter el Python y necesitas ayuda, no dudes en decírmelo. |
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Hola a tod@s, muy buenas. |
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Que bien, será muy bienvenida. Tened en cuenta que hay paquetes de R para interaccionar con ebird y Gbif (y una nota sobre como usar el de Gbif ya publicada). Nos vais informando! |
Genial! y precisamente me refería a eso cuando decía "..otras platafromas con menos cobertura mediática.." La idea es darle visibilidad a los proyectos más pequeños y que no tienen paquetes ni manuales de uso, mencioné esos dos que son uno de los más cubiertos....no sé sime explico. |
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Genial Antonio, gracias. He abierto un issue específico #50 |
Súper...allá vamos! |
Vamos haciendo una lista de posibles temas a tratar en esas notas? Se pueden proponer temas que nos gustaría ver o, aún mejor, apuntarse para escribir alguno.
Cómo publicar datos y código (repositorios etc)
p-values
AIC
Modelos mixtos
SEM
Estadística Circular (Estadística Circular #2)
Manejo de metadatos (EML, etc)
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