owlready-test.ipynb

{
 "cells": [
  {
   "cell_type": "code",
   "execution_count": null,
   "id": "62d1293c-388d-42f6-ac26-43c79e906b49",
   "metadata": {},
   "outputs": [],
   "source": [
    "pip install owlready2"
   ]
  },
  {
   "cell_type": "code",
   "execution_count": 3,
   "id": "1a945a14-efe0-4782-93f1-08c385a9440a",
   "metadata": {},
   "outputs": [],
   "source": [
    "from owlready2 import *"
   ]
  },
  {
   "cell_type": "code",
   "execution_count": 5,
   "id": "2482a8fd-f660-454b-ac5a-8b1a56b39cd4",
   "metadata": {},
   "outputs": [],
   "source": [
    "onto = get_ontology(\"file://EDAM_geo_dev.owl\").load()"
   ]
  },
  {
   "cell_type": "code",
   "execution_count": 6,
   "id": "b326ba95-c4dc-40bd-93fa-875c5a5a4f41",
   "metadata": {},
   "outputs": [
    {
     "name": "stdout",
     "output_type": "stream",
     "text": [
      "<bound method _GraphManager.classes of get_ontology(\"http://edamontology.org/\")>\n"
     ]
    }
   ],
   "source": [
    "print(onto.classes)"
   ]
  },
  {
   "cell_type": "code",
   "execution_count": 25,
   "id": "5db52ef2-6140-499b-a6e3-43161d1cd70f",
   "metadata": {},
   "outputs": [
    {
     "data": {
      "text/plain": [
       "[EDAM_geo_dev.data_0006,\n",
       " EDAM_geo_dev.format_1915,\n",
       " EDAM_geo_dev.operation_0004,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_0842,\n",
       " EDAM_geo_dev.topic_0003,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_0005,\n",
       " owl.DeprecatedClass,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_2337,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_0007,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_0958,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_0581,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_0957,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_0582,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_2353,\n",
       " EDAM_geo_dev.topic_0089,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_0583,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_3106,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_0831,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_0832,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_0835,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_2048,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_0843,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_0844,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_2050,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_0845,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_0846,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_0847,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_0848,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_2044,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_0849,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_0850,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_0851,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_2534,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_0852,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_0853,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_0854,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1249,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_0855,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_2955,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_0856,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_2914,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_0857,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_2080,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_0858,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_0860,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1916,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_0859,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_0950,\n",
       " EDAM_geo_dev.topic_0160,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_0861,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_0863,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_0862,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_0867,\n",
       " EDAM_geo_dev.topic_0080,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_0864,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_0865,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1772,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_0866,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_0868,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_0869,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_0870,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_2855,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_0871,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_2523,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_0872,\n",
       " EDAM_geo_dev.topic_0084,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_0874,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_2082,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_0875,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1277,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_0876,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_0877,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_0878,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_2366,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_0879,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_0880,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1465,\n",
       " EDAM_geo_dev.topic_0097,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_0881,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_0882,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_0883,\n",
       " EDAM_geo_dev.topic_0081,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_0884,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_0885,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_0886,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_0887,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_0888,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_0889,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_0890,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_0891,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_0893,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_0892,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_0894,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_0962,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_0895,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_0896,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_0897,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_2087,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_0899,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_0900,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_0907,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_0901,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_0902,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1537,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_0903,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_0904,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_0905,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_3108,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_0906,\n",
       " EDAM_geo_dev.topic_0128,\n",
       " EDAM_geo_dev.topic_0623,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_0909,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_2024,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_0910,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_0911,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_0912,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_0914,\n",
       " EDAM_geo_dev.topic_0203,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_0916,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_2084,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_0917,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_0918,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1276,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_0919,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_0920,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_0923,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_2531,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_0924,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1234,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_0925,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_0926,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_0927,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_0928,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_2603,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_0931,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_0932,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_2717,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_0933,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_2535,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_0934,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_0935,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_0936,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_0937,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_2537,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_0938,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_0939,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_0940,\n",
       " EDAM_geo_dev.topic_1317,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_0941,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_3806,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_0942,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_3424,\n",
       " EDAM_geo_dev.topic_0121,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_0943,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_2536,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_0944,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_2979,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_0945,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_0946,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_2984,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_0947,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_2600,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_0948,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1883,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_0949,\n",
       " EDAM_geo_dev.topic_3307,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_0951,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_0952,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_0953,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_0954,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_2093,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_0955,\n",
       " EDAM_geo_dev.topic_3489,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_0956,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_0959,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_0960,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_2085,\n",
       " EDAM_geo_dev.topic_0154,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_0963,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_2530,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_0964,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_0966,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_0967,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_0968,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_0970,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_2526,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_0971,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_3671,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_0972,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_0974,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_0975,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_0976,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_0977,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_0978,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_0979,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_0980,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_0981,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_0982,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_0983,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_0984,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_2099,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_0985,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_0986,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1086,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_0987,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_2119,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_0988,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_0989,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_0990,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_0991,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_2894,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_0992,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_0993,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_2851,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_0994,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_2016,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_0995,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_0996,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_0997,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_0998,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_0999,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1000,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1001,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1002,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_2091,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_2895,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1003,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1004,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1005,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1006,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1007,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1008,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1467,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1009,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1010,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1011,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_2321,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1012,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1013,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1014,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1016,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1015,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_3034,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1017,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1018,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1019,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1020,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1021,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1022,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1023,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1024,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1025,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1026,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_2299,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1027,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1098,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_2295,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1028,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1029,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1104,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1030,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1031,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1032,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1033,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_2610,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1034,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_2632,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1035,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1036,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_2109,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1037,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_2387,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1038,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1468,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1039,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1040,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_2700,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1041,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1042,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1043,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1044,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1868,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1045,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1046,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_2379,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_2909,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1047,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1048,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1049,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1050,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1051,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_2338,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1052,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1053,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1055,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1056,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1057,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1058,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1059,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1060,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1061,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_2110,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1062,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1063,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1064,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1065,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1114,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1115,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1066,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1067,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1068,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1069,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_3036,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1070,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_3035,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1071,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1072,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1073,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1501,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1074,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1075,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1076,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_2111,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1597,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1598,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1077,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1078,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1079,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_3805,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1080,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_3111,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1081,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1082,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1083,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1084,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1085,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1087,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_3025,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1088,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1089,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1091,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_2113,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1092,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1093,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1094,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1095,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1096,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_2976,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1097,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_2977,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_2362,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1099,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_3021,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1100,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1101,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1102,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_2915,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1103,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1112,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1105,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_2292,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_2728,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1106,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_2294,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1110,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1111,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_2872,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1235,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1113,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1353,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1354,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1116,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1117,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1118,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1364,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1119,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1120,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1121,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1122,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1123,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1124,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1125,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1126,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1127,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1128,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1129,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1130,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1131,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1132,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1355,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1133,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_2910,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1134,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1135,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1136,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1137,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1138,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1139,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1140,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1141,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1142,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1143,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_2911,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1144,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1145,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1146,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1147,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1148,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1149,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1150,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_3667,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1151,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1152,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1153,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1154,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1155,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_2365,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1156,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1157,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_2104,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1158,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1159,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1160,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1161,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1162,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_2902,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1163,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_2253,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1164,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1165,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1166,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1167,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1170,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1171,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_2891,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1172,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_2639,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1173,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1174,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1175,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1176,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1177,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1178,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1179,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_2908,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1180,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1181,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1182,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1183,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1184,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1185,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1186,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1187,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1188,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1189,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1190,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1191,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1192,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1193,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1194,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1195,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1201,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1202,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1203,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1204,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1205,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1233,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1236,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1237,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1238,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1239,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1240,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1241,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1242,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1243,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1244,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1245,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1246,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1250,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1251,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1252,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1253,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1254,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1255,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1256,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1257,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1258,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1259,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1260,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1261,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1262,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1263,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1264,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1265,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1266,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1267,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1268,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1269,\n",
       " EDAM_geo_dev.format_1978,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1270,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1274,\n",
       " EDAM_geo_dev.topic_0102,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1278,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1279,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1280,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1281,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_2969,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1283,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1284,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1285,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1286,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1288,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1289,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1290,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1291,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1292,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1293,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1294,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1298,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1299,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1300,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1301,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1303,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_3128,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1306,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1309,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1310,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1313,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1314,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1315,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1321,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1322,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1323,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1324,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1325,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1326,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1327,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1328,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1329,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1330,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1331,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1338,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1339,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1340,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1344,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1345,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1346,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1347,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1348,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_3354,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_3355,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1352,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_2762,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1358,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1359,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1361,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_2854,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1362,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1363,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1365,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1368,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1371,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1372,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1373,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1374,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1375,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1376,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1377,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_2071,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1378,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1379,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1380,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1381,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1382,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1383,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1384,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1385,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1386,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1387,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1388,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1389,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1390,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1394,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1395,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1396,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1397,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_2137,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1398,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1399,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1400,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1410,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1411,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1401,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1402,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1403,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1404,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1405,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1406,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1407,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1408,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1409,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1412,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1413,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1414,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1415,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_2161,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1416,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1417,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1418,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1420,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1426,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1427,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1428,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1429,\n",
       " EDAM_geo_dev.topic_0199,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1438,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1439,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1440,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1441,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1442,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1443,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1444,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1446,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1447,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1448,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1449,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1450,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1451,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1452,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1453,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1459,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1460,\n",
       " EDAM_geo_dev.topic_2814,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1461,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1462,\n",
       " EDAM_geo_dev.topic_0152,\n",
       " EDAM_geo_dev.topic_0153,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1463,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1464,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1466,\n",
       " EDAM_geo_dev.topic_0736,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1469,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1470,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1471,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1472,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1473,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1474,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1479,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1480,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1481,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1482,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1483,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1484,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1485,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1486,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1487,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1488,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1489,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1490,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1491,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1492,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1493,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1494,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1495,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1496,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1497,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1498,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1499,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1502,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1503,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1505,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1506,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1507,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1508,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1509,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1517,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1519,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1520,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_2970,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1521,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1522,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1523,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1524,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1525,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1526,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1527,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_2884,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1528,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1529,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1530,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1531,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1532,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1533,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1534,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1536,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1539,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1540,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1541,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1542,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1543,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1544,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_2991,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1545,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1546,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1547,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1548,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1549,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1550,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1553,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1554,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1555,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1556,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1557,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1558,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1559,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1560,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1561,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1564,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1565,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1566,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1567,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1583,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_2985,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1584,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1585,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1586,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_2139,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1587,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1588,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_2088,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1589,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1590,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1591,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1592,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1593,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1594,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1595,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1596,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1599,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_2865,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1600,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1601,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1602,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1621,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1622,\n",
       " EDAM_geo_dev.topic_0634,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1634,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1636,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_2968,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_3768,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1642,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1643,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1646,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1656,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1657,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1658,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1659,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1660,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1661,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1662,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1696,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1663,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1664,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1667,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1668,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1669,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1670,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1671,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1672,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1673,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1674,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1675,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1676,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1677,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1678,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1679,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1680,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1681,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1682,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1683,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1684,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1685,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1686,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1687,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1688,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1689,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_2101,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1690,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1691,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1692,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_2118,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1693,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1694,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1695,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1707,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1708,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1709,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_3153,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1710,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1711,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1712,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1713,\n",
       " EDAM_geo_dev.topic_3065,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1714,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1715,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1716,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1717,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1718,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1719,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1720,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1721,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1722,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1723,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1724,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1725,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1726,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1727,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_2858,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1728,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1729,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1730,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1731,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1732,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1733,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1738,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1742,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1743,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1917,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1744,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1745,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1746,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1748,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1757,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1755,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1756,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1758,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_2564,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1759,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1762,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1764,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1765,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1766,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1767,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1771,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1776,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1783,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1784,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1785,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1786,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1787,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1788,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1789,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1790,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1791,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1792,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1793,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1794,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1795,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1796,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1797,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1798,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1799,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1800,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1801,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1802,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1803,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1804,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1805,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1806,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1807,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_2795,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1852,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1853,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1855,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_2769,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1856,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1857,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1858,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1859,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1860,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1863,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1864,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_2019,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1865,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1866,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1867,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1869,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1870,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1872,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1873,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1874,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1875,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1877,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1878,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1879,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1880,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1881,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1882,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1884,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1885,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1886,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1887,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_2285,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1888,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1889,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1890,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1891,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_2907,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1892,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1893,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_2012,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1895,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1896,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1897,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1898,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1899,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1900,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1901,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1902,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1903,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1904,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1905,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1906,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1907,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_1908,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_2007,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_2009,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_2018,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_2022,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_2023,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_2978,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_2025,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_2026,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_2028,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_2041,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_2711,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_2042,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_2043,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_2046,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_2047,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_2053,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_2070,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_2079,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_2081,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_2083,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_2086,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_2090,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_2092,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_2098,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_2100,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_2102,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_2103,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_2105,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_2106,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_2108,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_2107,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_2112,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_2114,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_2116,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_2117,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_2126,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_2127,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_2128,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_2129,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_3358,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_2130,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_2131,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_2132,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_2538,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_2133,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_2134,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_2135,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_2136,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_2140,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_2141,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_2142,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_2143,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_2145,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_2146,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_2147,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_2149,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_2150,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_2151,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_2152,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_2154,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_2156,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_2157,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_2160,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_2162,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_2163,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_2164,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_2165,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_2166,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_2167,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_2168,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_2169,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_2173,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_2174,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_2176,\n",
       " EDAM_geo_dev.data_2177,\n",
       " ...]"
      ]
     },
     "execution_count": 25,
     "metadata": {},
     "output_type": "execute_result"
    }
   ],
   "source": [
    "list(onto.classes())\n",
    "#THIS IS THE SAME ORDER OF CLASSES AS FROM RDFLIB AllClasses(g)"
   ]
  },
  {
   "cell_type": "code",
   "execution_count": 14,
   "id": "6de69fee-e791-4ff9-9bbc-9b4c8d8bd048",
   "metadata": {},
   "outputs": [
    {
     "data": {
      "text/plain": [
       "[EDAM_geo_dev.next_id,\n",
       " obo.date,\n",
       " obo.idspace,\n",
       " obo.remark,\n",
       " 1.1.contributor,\n",
       " 1.1.creator,\n",
       " 1.1.format,\n",
       " 1.1.title,\n",
       " doap.Version,\n",
       " oboInOwl.hasSubset,\n",
       " oboInOwl.savedBy,\n",
       " 0.1.page,\n",
       " EDAM_geo_dev.citation,\n",
       " EDAM_geo_dev.created_in,\n",
       " obo.is_metadata_tag,\n",
       " oboInOwl.hasBroadSynonym,\n",
       " oboInOwl.hasDefinition,\n",
       " oboInOwl.hasRelatedSynonym,\n",
       " oboInOwl.inSubset,\n",
       " EDAM_geo_dev.comment_handle,\n",
       " EDAM_geo_dev.deprecation_comment,\n",
       " EDAM_geo_dev.documentation,\n",
       " EDAM_geo_dev.example,\n",
       " EDAM_geo_dev.file_extension,\n",
       " EDAM_geo_dev.hasHumanReadableId,\n",
       " oboInOwl.hasAlternativeId,\n",
       " EDAM_geo_dev.information_standard,\n",
       " oboInOwl.hasNarrowSynonym,\n",
       " EDAM_geo_dev.is_deprecation_candidate,\n",
       " EDAM_geo_dev.is_refactor_candidate,\n",
       " EDAM_geo_dev.isdebtag,\n",
       " EDAM_geo_dev.media_type,\n",
       " EDAM_geo_dev.notRecommendedForAnnotation,\n",
       " EDAM_geo_dev.obsolete_since,\n",
       " EDAM_geo_dev.oldParent,\n",
       " EDAM_geo_dev.oldRelated,\n",
       " EDAM_geo_dev.ontology_used,\n",
       " EDAM_geo_dev.organisation,\n",
       " oboInOwl.hasExactSynonym,\n",
       " EDAM_geo_dev.refactor_comment,\n",
       " EDAM_geo_dev.regex,\n",
       " EDAM_geo_dev.related_term,\n",
       " EDAM_geo_dev.repository,\n",
       " EDAM_geo_dev.thematic_editor,\n",
       " obo.is_anti_symmetric,\n",
       " obo.is_reflexive,\n",
       " obo.is_symmetric,\n",
       " obo.namespace,\n",
       " obo.transitive_over,\n",
       " edam.data,\n",
       " oboInOwl.SubsetProperty,\n",
       " edam.edam,\n",
       " edam.events,\n",
       " edam.formats,\n",
       " edam.identifiers,\n",
       " edam.obsolete,\n",
       " edam.operations,\n",
       " edam.placeholder,\n",
       " edam.topics,\n",
       " oboInOwl.comment,\n",
       " oboInOwl.consider,\n",
       " oboInOwl.hasDbXRef,\n",
       " oboInOwl.hasDbXref,\n",
       " oboInOwl.hasHumanReadableId,\n",
       " oboInOwl.isCyclic,\n",
       " oboInOwl.replacedBy]"
      ]
     },
     "execution_count": 14,
     "metadata": {},
     "output_type": "execute_result"
    }
   ],
   "source": [
    "list(onto.annotation_properties())"
   ]
  },
  {
   "cell_type": "code",
   "execution_count": 15,
   "id": "cf8ceb1c-32a1-4811-91d0-bc01e3cb1a45",
   "metadata": {},
   "outputs": [
    {
     "data": {
      "text/plain": [
       "[EDAM_geo_dev.has_format,\n",
       " EDAM_geo_dev.is_format_of,\n",
       " EDAM_geo_dev.has_function,\n",
       " EDAM_geo_dev.is_function_of,\n",
       " EDAM_geo_dev.has_identifier,\n",
       " EDAM_geo_dev.is_identifier_of,\n",
       " EDAM_geo_dev.has_input,\n",
       " EDAM_geo_dev.is_input_of,\n",
       " EDAM_geo_dev.has_output,\n",
       " EDAM_geo_dev.is_output_of,\n",
       " EDAM_geo_dev.has_topic,\n",
       " EDAM_geo_dev.is_topic_of,\n",
       " EDAM_geo_dev.next_id,\n",
       " obo.date,\n",
       " obo.idspace,\n",
       " obo.remark,\n",
       " 1.1.contributor,\n",
       " 1.1.creator,\n",
       " 1.1.format,\n",
       " 1.1.title,\n",
       " doap.Version,\n",
       " oboInOwl.hasSubset,\n",
       " oboInOwl.savedBy,\n",
       " 0.1.page,\n",
       " EDAM_geo_dev.citation,\n",
       " EDAM_geo_dev.created_in,\n",
       " obo.is_metadata_tag,\n",
       " oboInOwl.hasBroadSynonym,\n",
       " oboInOwl.hasDefinition,\n",
       " oboInOwl.hasRelatedSynonym,\n",
       " oboInOwl.inSubset,\n",
       " EDAM_geo_dev.comment_handle,\n",
       " EDAM_geo_dev.deprecation_comment,\n",
       " EDAM_geo_dev.documentation,\n",
       " EDAM_geo_dev.example,\n",
       " EDAM_geo_dev.file_extension,\n",
       " EDAM_geo_dev.hasHumanReadableId,\n",
       " oboInOwl.hasAlternativeId,\n",
       " EDAM_geo_dev.information_standard,\n",
       " oboInOwl.hasNarrowSynonym,\n",
       " EDAM_geo_dev.is_deprecation_candidate,\n",
       " EDAM_geo_dev.is_refactor_candidate,\n",
       " EDAM_geo_dev.isdebtag,\n",
       " EDAM_geo_dev.media_type,\n",
       " EDAM_geo_dev.notRecommendedForAnnotation,\n",
       " EDAM_geo_dev.obsolete_since,\n",
       " EDAM_geo_dev.oldParent,\n",
       " EDAM_geo_dev.oldRelated,\n",
       " EDAM_geo_dev.ontology_used,\n",
       " EDAM_geo_dev.organisation,\n",
       " oboInOwl.hasExactSynonym,\n",
       " EDAM_geo_dev.refactor_comment,\n",
       " EDAM_geo_dev.regex,\n",
       " EDAM_geo_dev.related_term,\n",
       " EDAM_geo_dev.repository,\n",
       " EDAM_geo_dev.thematic_editor,\n",
       " obo.is_anti_symmetric,\n",
       " obo.is_reflexive,\n",
       " obo.is_symmetric,\n",
       " obo.namespace,\n",
       " obo.transitive_over,\n",
       " edam.data,\n",
       " oboInOwl.SubsetProperty,\n",
       " edam.edam,\n",
       " edam.events,\n",
       " edam.formats,\n",
       " edam.identifiers,\n",
       " edam.obsolete,\n",
       " edam.operations,\n",
       " edam.placeholder,\n",
       " edam.topics,\n",
       " oboInOwl.comment,\n",
       " oboInOwl.consider,\n",
       " oboInOwl.hasDbXRef,\n",
       " oboInOwl.hasDbXref,\n",
       " oboInOwl.hasHumanReadableId,\n",
       " oboInOwl.isCyclic,\n",
       " oboInOwl.replacedBy]"
      ]
     },
     "execution_count": 15,
     "metadata": {},
     "output_type": "execute_result"
    }
   ],
   "source": [
    "list(onto.properties())"
   ]
  },
  {
   "cell_type": "code",
   "execution_count": 19,
   "id": "0df1bdf5-0174-48c1-9efb-4ef3752f70ef",
   "metadata": {},
   "outputs": [
    {
     "data": {
      "text/plain": [
       "[EDAM_geo_dev.data_2080]"
      ]
     },
     "execution_count": 19,
     "metadata": {},
     "output_type": "execute_result"
    }
   ],
   "source": [
    "onto.search(iri = \"*data_2080\")"
   ]
  },
  {
   "cell_type": "code",
   "execution_count": null,
   "id": "fe3ea3d7-825b-41d1-bf11-6d70b8dc267f",
   "metadata": {},
   "outputs": [],
   "source": []
  },
  {
   "cell_type": "code",
   "execution_count": 9,
   "id": "56b79172-abdd-45fa-a9eb-203a360486b3",
   "metadata": {},
   "outputs": [],
   "source": [
    "onto.save(file = \"EDAM_geo_dev.owl\", format = \"rdfxml\")"
   ]
  }
 ],
 "metadata": {
  "kernelspec": {
   "display_name": "Python 3",
   "language": "python",
   "name": "python3"
  },
  "language_info": {
   "codemirror_mode": {
    "name": "ipython",
    "version": 3
   },
   "file_extension": ".py",
   "mimetype": "text/x-python",
   "name": "python",
   "nbconvert_exporter": "python",
   "pygments_lexer": "ipython3",
   "version": "3.8.8"
  }
 },
 "nbformat": 4,
 "nbformat_minor": 5
}