diff --git a/inst/rmarkdown/templates/reports/skeleton/skeleton.Rmd b/inst/rmarkdown/templates/reports/skeleton/skeleton.Rmd index c266c879..a5211c8b 100644 --- a/inst/rmarkdown/templates/reports/skeleton/skeleton.Rmd +++ b/inst/rmarkdown/templates/reports/skeleton/skeleton.Rmd @@ -242,7 +242,7 @@ if (!params$cache) { data_event <- import_data_event(nombre_event = params$nombre_evento, years = params$year, cache = params$cache, - ruta_dir = tempdir()) + ruta_dir = ruta_dir) mostrar_sex <- stringr::str_detect(tolower(params$nombre_evento), stringr::fixed("materna")) etiqueta_geo <- "municipios" @@ -310,7 +310,7 @@ data_event_years <- years = seq(params$year - 4, params$year - 1), cache = params$cache, - ruta_dir = tempdir()) + ruta_dir = ruta_dir) data_event_years <- rbind(data_event, data_event_years) data_years_limpia <- limpiar_data_sivigila(data_event_years) data_years_filtrada <- data_years_limpia @@ -471,7 +471,7 @@ if (params$departamento == "" && params$municipio == "") { mapa <- plot_map(data_agrupada = dist_espacial_casos, col_distribucion = "casos", cache = params$cache, - ruta_dir = tempdir()) + ruta_dir = ruta_dir) ``` ```{r mapa-casos, echo = FALSE, error = FALSE, warning = FALSE, include = TRUE, message = FALSE, cache = FALSE, results = FALSE, comment = FALSE, fig.height = gr_mapa_al, fig.width = gr_mapa_an, fig.align = 'center', fig.cap = paste0("Distribución espacial de casos ", text_mapa_casos , " - ", text_ext_geo), include = params$spatial_distribution} @@ -517,7 +517,7 @@ plot_per_etn(data_agrupada = casos_per_etn) incidencia_total <- calcular_incidencia(data_agrupada = dist_espacial, cache = params$cache, - ruta_dir = tempdir()) + ruta_dir = ruta_dir) cond_incidencia <- obtener_cond_inciden_event(cod_eve = dist_espacial$cod_eve[1]) ``` @@ -542,7 +542,7 @@ incidencias_sex <- calcular_incidencia_sex(data_agrupada = casos_sex, dpto = nomb_dpto, cache = params$cache, - ruta_dir = tempdir()) + ruta_dir = ruta_dir) incidencia_mayor_sex <- obtener_fila_mas_casos(data_event = incidencias_sex$data_incidencia, nomb_col = "incidencia ") @@ -572,7 +572,7 @@ incidencias_geo <- calcular_incidencia_geo(data_agrupada = dist_espacial, cache = params$cache, - ruta_dir = tempdir()) + ruta_dir = ruta_dir) ``` ```{r text-pop-incidencia-geo} @@ -600,14 +600,16 @@ if (params$departamento == "" && params$municipio == "") { col_dpto = geo_ocurrencia[1:4]) incidencias_geo <- calcular_incidencia_geo(data_agrupada = - dist_espacial_mpios) + dist_espacial_mpios, + cache = params$cache, + ruta_dir = ruta_dir) } if (params$municipio != "") { text_mapa_inciden <- "" } mapa <- plot_map(data_agrupada = incidencias_geo$data_incidencia, cache = params$cache, - ruta_dir = tempdir()) + ruta_dir = ruta_dir) ``` ```{r mapa-incidencias, echo = FALSE, error = FALSE, warning = FALSE, include = TRUE, message = FALSE, cache = FALSE, results = FALSE, comment = FALSE, fig.height = gr_map_incid_al, fig.width = gr_map_incid_an, fig.align = 'center', fig.cap = paste0("Incidencia según distribución geográfica ", text_mapa_inciden, " - ", text_ext_geo), include = params$spatial_distribution}