From 231077e5c8842828d740f0ff49b72a7edf1be14d Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: eric Date: Fri, 1 Mar 2024 22:55:29 +0800 Subject: [PATCH] =?UTF-8?q?=E6=95=B4=E7=90=86=E5=86=85=E5=AE=B9?= MIME-Version: 1.0 Content-Type: text/plain; charset=UTF-8 Content-Transfer-Encoding: 8bit --- README.md | 29 ++++++++++------------------- 1 file changed, 10 insertions(+), 19 deletions(-) diff --git a/README.md b/README.md index 9a2eb1d..4627aea 100644 --- a/README.md +++ b/README.md @@ -14,10 +14,10 @@ Commands: help Print this message or the help of the given subcommand(s) Options: - -d, --database 构建数据库的目录 [default: lib] + -d, --db 构建数据库的目录 [default: lib] -n, --num-threads 下载时的并行大小 [default: 8] -h, --help Print help (see more with '--help') - -V, --version Print version + -V, --version Print versio ``` ``` @@ -27,24 +27,15 @@ $ ./ncbi gen -h Usage: ncbi genomes [OPTIONS] --group [COMMAND] Commands: - md5 仅检查文件的 md5 - fna 解析 genomic 文件，并且生成 library fna 文件 - help Print this message or the help of the given subcommand(s) + md5 仅检查文件的 md5 + fna 解析 genomic 文件，并且生成 library fna 文件 + assembly 仅下载和解析 assembly 文件 + url 单独下载 genomic 文件，指定 url 地址 + help Print this message or the help of the given subcommand(s) Options: - --site - 从 NCBI 哪个站点目录下载（RefSeq或GenBank） - - [default: refseq] - - Possible values: - - genbank: 下载 genbank 资源 - - refseq: 下载 refseq 资源 - - -g, --group - 从 NCBI 站点上下载某个种类的数据信息，可以是逗号分隔的多个, archaea,bacteria,viral,fungi,plant,human,protozoa - - -h, --help - Print help (see a summary with '-h') + --site 从 NCBI 哪个站点目录下载（RefSeq或GenBank） [default: refseq] [possible values: genbank, refseq] + -g, --group 从 NCBI 站点上下载某个种类的数据信息，可以是逗号分隔的多个, archaea,bacteria,viral,fungi,plant,human,protozoa + -h, --help Print help (see more with '--help') ```