From 0f9e11499cc0f03805628fb53401f4ded00bec02 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Anthony Bretaudeau Date: Mon, 28 Oct 2019 16:48:05 +0100 Subject: [PATCH] add minimal testing --- .gitignore | 2 + .travis.yml | 50 +- README.rst | 3 +- arrow/__init__.py | 2 +- bootstrap_apollo.sh | 54 + setup.py | 7 +- test-data/arrow.yml | 5 + test-data/dataset_1.dat | 44 + test-data/dataset_1_files/data/.htaccess | 10 + .../dataset_1_files/data/names/02b/9.json | 1 + .../dataset_1_files/data/names/0e9/3.json | 1 + .../dataset_1_files/data/names/83f/8.json | 1 + .../dataset_1_files/data/names/92c/2.json | 1 + .../dataset_1_files/data/names/cf0/e.json | 1 + .../dataset_1_files/data/names/f26/8.json | 1 + .../dataset_1_files/data/names/meta.json | 1 + .../4ced49b280a72a29f1b922ae1a9664c8_0.gff.gz | Bin 0 -> 13595 bytes ...d49b280a72a29f1b922ae1a9664c8_0.gff.gz.tbi | Bin 0 -> 150 bytes .../dataset_1_files/data/seq/genome.fasta | 2881 +++++++++++++++++ .../dataset_1_files/data/seq/genome.fasta.fai | 1 + .../dataset_1_files/data/seq/refSeqs.json | 1 + test-data/dataset_1_files/data/trackList.json | 170 + test-data/dataset_1_files/data/tracks.conf | 0 test-data/dataset_1_files/galaxy.xml | 106 + test-data/dataset_1_files/jbrowse.conf | 110 + test-data/dataset_1_files/jbrowse_conf.json | 9 + test-data/merlin.gff | 28 + test/__init__.py | 12 + test/organism_test.py | 10 + 29 files changed, 3492 insertions(+), 20 deletions(-) create mode 100755 bootstrap_apollo.sh create mode 100644 test-data/arrow.yml create mode 100644 test-data/dataset_1.dat create mode 100644 test-data/dataset_1_files/data/.htaccess create mode 100644 test-data/dataset_1_files/data/names/02b/9.json create mode 100644 test-data/dataset_1_files/data/names/0e9/3.json create mode 100644 test-data/dataset_1_files/data/names/83f/8.json create mode 100644 test-data/dataset_1_files/data/names/92c/2.json create mode 100644 test-data/dataset_1_files/data/names/cf0/e.json create mode 100644 test-data/dataset_1_files/data/names/f26/8.json create mode 100644 test-data/dataset_1_files/data/names/meta.json create mode 100644 test-data/dataset_1_files/data/raw/4ced49b280a72a29f1b922ae1a9664c8_0.gff.gz create mode 100644 test-data/dataset_1_files/data/raw/4ced49b280a72a29f1b922ae1a9664c8_0.gff.gz.tbi create mode 100644 test-data/dataset_1_files/data/seq/genome.fasta create mode 100644 test-data/dataset_1_files/data/seq/genome.fasta.fai create mode 100644 test-data/dataset_1_files/data/seq/refSeqs.json create mode 100644 test-data/dataset_1_files/data/trackList.json create mode 100644 test-data/dataset_1_files/data/tracks.conf create mode 100644 test-data/dataset_1_files/galaxy.xml create mode 100644 test-data/dataset_1_files/jbrowse.conf create mode 100644 test-data/dataset_1_files/jbrowse_conf.json create mode 100644 test-data/merlin.gff create mode 100644 test/__init__.py create mode 100644 test/organism_test.py diff --git a/.gitignore b/.gitignore index 04f3d18c..81bd444a 100644 --- a/.gitignore +++ b/.gitignore @@ -45,3 +45,5 @@ docs/_build # test harness test_harness.py + +apollo_shared_dir diff --git a/.travis.yml b/.travis.yml index 1e3f480c..42fabc14 100644 --- a/.travis.yml +++ b/.travis.yml @@ -1,21 +1,39 @@ language: python +os: linux + python: -- '2.7' -- '3.5' -script: -- pip install -U pip setuptools -- pip install -U flake8 -- flake8 apollo --ignore=E501,W503 --exclude=arrow/commands/,scripts/ -- python setup.py install -deploy: - 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stage: test + install: + - pip install -U pip nose + script: + - python setup.py install + - export ARROW_GLOBAL_CONFIG_PATH=`pwd`/test-data/arrow.yml + - ./bootstrap_apollo.sh + - python setup.py nosetests + + - stage: deploy + deploy: + provider: pypi + username: erasche + password: + secure: 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 + on: + tags: true + distributions: "sdist bdist_wheel" + repo: galaxy-genome-annotation/python-apollo + notifications: webhooks: urls: diff --git a/README.rst b/README.rst index c96c8abd..31783527 100644 --- a/README.rst +++ b/README.rst @@ -81,9 +81,10 @@ Or with the Arrow client: History ------- -- 3.2 +- 4.0 - Added support for remote creation/update/deletion of organisms/tracks - Added support for adding GFF3 in the annotation track + - Added tests - 3.1 - Added user activate/inactivate - Added get_creator for user, group and organisms diff --git a/arrow/__init__.py b/arrow/__init__.py index 27d4bb66..a93f0518 100644 --- a/arrow/__init__.py +++ b/arrow/__init__.py @@ -1 +1 @@ -__version__ = '3.1' +__version__ = '4.0' diff --git a/bootstrap_apollo.sh b/bootstrap_apollo.sh new file mode 100755 index 00000000..71644536 --- /dev/null +++ b/bootstrap_apollo.sh @@ -0,0 +1,54 @@ +#!/bin/bash + +export GALAXY_SHARED_DIR=`pwd`/apollo_shared_dir +mkdir -p "$GALAXY_SHARED_DIR" + +docker run -d -it -p 8888:8080 -v `pwd`/apollo_shared_dir/:`pwd`/apollo_shared_dir/ quay.io/gmod/apollo:2.4.1 + +echo "[BOOTSTRAP] Waiting while Apollo starts up..." +# Wait for apollo to be online +for ((i=0;i<30;i++)) +do + APOLLO_UP=$(arrow users get_users 2> /dev/null | head -1 | grep '^\[$' -q; echo "$?") + if [[ $APOLLO_UP -eq 0 ]]; then + break + fi + sleep 10 +done + +if ! [[ $APOLLO_UP -eq 0 ]]; then + echo "Cannot connect to apollo for bootstrapping" + arrow users get_users + exit "${APOLLO_UP}" +fi + +echo "[BOOTSTRAP] Apollo is up, bootstrapping for tests" + +# Create some groups +arrow groups create_group one_group +arrow groups create_group another_group + +# Create a user +arrow users create_user "test@bx.psu.edu" Junior Galaxy password + +# Add some organisms +cp -r test-data/dataset_1_files/data/ "${GALAXY_SHARED_DIR}/org1" +cp -r test-data/dataset_1_files/data/ "${GALAXY_SHARED_DIR}/org2" +cp -r test-data/dataset_1_files/data/ "${GALAXY_SHARED_DIR}/org3" +cp -r test-data/dataset_1_files/data/ "${GALAXY_SHARED_DIR}/org4" +arrow organisms add_organism --genus Testus --species organus test_organism $GALAXY_SHARED_DIR/org1 +arrow organisms add_organism --genus Foo --species barus alt_org $GALAXY_SHARED_DIR/org2 +arrow organisms add_organism --genus Foo3 --species barus org3 $GALAXY_SHARED_DIR/org3 +arrow organisms add_organism --genus Foo4 --species barus org4 $GALAXY_SHARED_DIR/org4 + +# Give access to organisms for test user +arrow users update_organism_permissions --write --read --export "test@bx.psu.edu" test_organism +arrow users update_organism_permissions --write --read --export "test@bx.psu.edu" alt_org +arrow users update_organism_permissions --write --read --export "test@bx.psu.edu" org3 +arrow users update_organism_permissions --write --read --export "test@bx.psu.edu" org4 + +# Load some annotations +arrow annotations load_gff3 test_organism test-data/merlin.gff +arrow annotations load_gff3 alt_org test-data/merlin.gff +arrow annotations load_gff3 org3 test-data/merlin.gff +arrow annotations load_gff3 org4 test-data/merlin.gff diff --git a/setup.py b/setup.py index 0b32b828..f0909de9 100644 --- a/setup.py +++ b/setup.py @@ -7,13 +7,16 @@ except ImportError: from distutils.core import setup +with open('requirements.txt') as f: + requires = f.read().splitlines() + readme = open('README.rst').read() subpackages = [x.replace('/', '.') for x in glob.glob('arrow/commands/*') if not x.endswith('.py') and not x.endswith('.pyc')] + \ [x.replace('/', '.') for x in glob.glob('apollo/*') if not x.endswith('.py') and not x.endswith('.pyc')] + ['arrow.commands'] setup( name="apollo", - version='3.1', + version='4.0', description="Apollo API library", long_description=readme, author="Helena Rasche;Anthony Bretaudeau", @@ -24,7 +27,7 @@ [console_scripts] arrow=arrow.cli:arrow ''', - install_requires=['requests', 'biopython', 'cachetools', 'click>=6.7', 'wrapt', 'pyyaml', 'decorator', 'bcbio-gff'], + install_requires=requires, license="MIT", classifiers=[ "Development Status :: 4 - Beta", diff --git a/test-data/arrow.yml b/test-data/arrow.yml new file mode 100644 index 00000000..50f0d298 --- /dev/null +++ b/test-data/arrow.yml @@ -0,0 +1,5 @@ +__default: local +local: + url: "http://localhost:8888" + username: "admin@local.host" + password: "password" diff --git a/test-data/dataset_1.dat b/test-data/dataset_1.dat new file mode 100644 index 00000000..28cd86b1 --- /dev/null +++ b/test-data/dataset_1.dat @@ -0,0 +1,44 @@ + + + + + JBrowse + + + + + + + + + + + + + + + +
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JBrowseDefaultMainPage
+ + diff --git a/test-data/dataset_1_files/data/.htaccess b/test-data/dataset_1_files/data/.htaccess new file mode 100644 index 00000000..19e183ca --- /dev/null +++ b/test-data/dataset_1_files/data/.htaccess @@ -0,0 +1,10 @@ +# This Apache .htaccess file is generated by JBrowse (GenomeDB) for +# allowing cross-origin requests as defined by the Cross-Origin +# Resource Sharing working draft from the W3C +# (http://www.w3.org/TR/cors/). In order for Apache to pay attention +# to this, it must have mod_headers enabled, and its AllowOverride +# configuration directive must allow FileInfo overrides. + + Header onsuccess set Access-Control-Allow-Origin * + Header onsuccess set Access-Control-Allow-Headers X-Requested-With,Range + diff --git a/test-data/dataset_1_files/data/names/02b/9.json b/test-data/dataset_1_files/data/names/02b/9.json new file mode 100644 index 00000000..44bed4af --- /dev/null +++ b/test-data/dataset_1_files/data/names/02b/9.json @@ -0,0 +1 @@ +{"merli":{"exact":[],"prefix":["Merlin"]}} \ No newline at end of file diff --git a/test-data/dataset_1_files/data/names/0e9/3.json b/test-data/dataset_1_files/data/names/0e9/3.json new file mode 100644 index 00000000..2e0493bd --- /dev/null +++ b/test-data/dataset_1_files/data/names/0e9/3.json @@ -0,0 +1 @@ +{"mer":{"prefix":["Merlin"],"exact":[]}} \ No newline at end of file diff --git a/test-data/dataset_1_files/data/names/83f/8.json 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+CCGCACACTGACAAGACTCATCGAGTAGAGTCTTTCGCTACTAAGCAAGAGTTGTTTGAA +AAGCGAATTACTTCAAAAGCTAATCAGGAACAGCGTGAAATGCAAGATGCGGTATTCAAT +GGAGCTTTGTACATCACTACTCTTCCAAACGGTGGAGATATCTATCACCGAACTCTGGCA +GAATTGATTCGCGAATATAAGTCAAAGATCTAGCTTATCGAGGGGTGTGATATAATAGTC +ATATCCCTAAACACAAAGAGAAAATTATGATTCTTGAAATTATCAATGAAATCGCGTCTA +TTGGTTCAACAAAAGAAAAAGAAGCAATCATTCGTCGTCATAAAGATAATGAACTTCTGA +AACGTGTTTTCAAATTAACGTATGATGGTAAGTTCCAATACTACATCAAGAAATGGAATA +ATCCAGATTGTTATTTACCTAATGCAACACAATTTTCATTGAACTCTGCCTTAGATGTTT +TAGAGAATTTGTTTGCTACTCGTAAAATAACTGGCAATGCTGCTTTAGATAAACTTTCTG +CTACGCTTCAACGAATGCATGAGTCTGATCGTGAAGTACTTAAGAAAGTATTGCTTCGTG +ATCTTCGTTGTGGTGCATCTCGTTCTATTGCAAATAAAGTATGGAAGGGATTAATCCCAG +AACAGCCACAGATGCTTGCTTCATCGTATGATGAAAAGGGTATTGAAAAGAACATTAAGT +TCCCTGCATTTGCTCAGCTCAAAGCCGATGGTGCAAGGGCATTTGCCGAAGTTCGCGGTG +ATGAATTAGATGATGTAAAAATTCTATCTCGTGCCGGGAATGAGTATCTTGGTTTAGATT +TGCTGAAGCAGCAGCTAATCGATATGACTAAAGAAGCTCGTAAACGACACCCTGGTGGTG +TAATGATCGACGGCGAATTAGTTTATCATACTGTTGTTGCTTCGTCTGGTCCATTAGATG +ATATGTTCGGCGATTTGCCTGAACTTAGTAAAGCTAAAGAATTAAAAGAAGAATCTCGTA +CAATGTCCAACGGATTGGCAAATAAATCTCTGAAAGGCACTATCTCTAAGAAAGAAGCTG +ATGGTATGAAATTCCAAGTTTGGGATTATGTTCCATTGGATGTGGTTTATTCTGAAGGTA +AAGAATCTGGATTTGCGTATGATGTTCGGTTCCGTGCTCTAGAGTTAATGGTTCAAGGCT +TCTCTCAGATGATTCTAATCGAGAACCATGTTGTCCATAACCTCGAAGAAGCTAAGGTAA +TTTATCGCAAATACGTTGATCAAGGCCTTGAAGGTATTATTCTGAAGAACATCGGGGCTT +TCTGGGAAAACACCCGTTCTAAGAATCTTTATAAGTTCAAAGAAGTTATCACTATCGATA +TGCGTATTGTAGGGATTTATCCTCATAGTAAACACCCTGGTAAAGCAGGTGGATTCTATC +TAGAATCAGAATGCGGATTAATCAAAACTAAATCAGGTTCTGGATTAAAAGATAAACCGG +GTCCAGATTCGCATGAGTTAGACCGTACTCGTATTTGGGAAAACCAAAATGATTATATTG +GCGGAATTCTTGAATCAGAATGTAATGGTTGGTCAGCAGCTGAAGGTCGTACAGAATATG +TTAAGCTGTTCCTTCCTATTGCTGTTCGTATGCGTCGTGATAAAAATGTAGCAAATACAT +TCGCTGATATCTGGGGCGATTTCCATGAGGTTACTGGGTTATGAGTTATAAAATTCTTTT +AGAAGTTACCGTGATGTCTTCGACTGGACATGTGGCGGTTAGTACTGAACAGCTGGATTT +TTATAGCTGGGATAATGCTAATATGTATTATGAAGCAGTAGAAGTTTATGAAGAAACGCC +AGATATTAAAGTATGGCGTCAAGTAACAAAACTTTATTAAAGCCCTTCGGGGCTTTTGTT 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b/test-data/dataset_1_files/data/seq/genome.fasta.fai @@ -0,0 +1 @@ +Merlin 172788 8 60 61 diff --git a/test-data/dataset_1_files/data/seq/refSeqs.json b/test-data/dataset_1_files/data/seq/refSeqs.json new file mode 100644 index 00000000..c9c6cf34 --- /dev/null +++ b/test-data/dataset_1_files/data/seq/refSeqs.json @@ -0,0 +1 @@ +[{"end":172788,"length":172788,"line_byte_length":"61","line_length":"60","name":"Merlin","offset":"8","start":0}] \ No newline at end of file diff --git a/test-data/dataset_1_files/data/trackList.json b/test-data/dataset_1_files/data/trackList.json new file mode 100644 index 00000000..26e185df --- /dev/null +++ b/test-data/dataset_1_files/data/trackList.json @@ -0,0 +1,170 @@ +{ + "formatVersion" : 1, + "hideGenomeOptions" : false, + "names" : { + "type" : "Hash", + "url" : "names/" + }, + "plugins" : [ + { + "location" : "https://cdn.jsdelivr.net/gh/TAMU-CPT/blastview@97572a21b7f011c2b4d9a0b5af40e292d694cbef/", + "name" : "BlastView" + } + ], + "refSeqs" : "seq/genome.fasta.fai", + "shareLink" : true, + "show_menu" : true, + "show_nav" : true, + "show_overview" : true, + "show_tracklist" : true, + "tracks" : [ + { + "category" : "Reference sequence", + "codonStarts" : [ + "TTG", + "CTG", + "ATG" + ], + "codonStops" : [ + "TAA", + "TAG", + "TGA" + ], + "codonTable" : { + "AAA" : "K", + "AAC" : "N", + "AAG" : "K", + "AAT" : "N", + "ACA" : "T", + "ACC" : "T", + "ACG" : "T", + "ACT" : "T", + "AGA" : "R", + "AGC" : "S", + "AGG" : "R", + "AGT" : "S", + "ATA" : "I", + "ATC" : "I", + "ATG" : "M", + "ATT" : "I", + "CAA" : "Q", + "CAC" : "H", + "CAG" : "Q", + "CAT" : "H", + "CCA" : "P", + "CCC" : "P", + "CCG" : "P", + "CCT" : "P", + "CGA" : "R", + "CGC" : "R", + "CGG" : "R", + "CGT" : "R", + "CTA" : "L", + "CTC" : "L", + "CTG" : "L", + "CTT" : "L", + "GAA" : "E", + "GAC" : "D", + "GAG" : "E", + "GAT" : "D", + "GCA" : "A", + "GCC" : "A", + "GCG" : "A", + "GCT" : "A", + "GGA" : "G", + "GGC" : "G", + "GGG" : "G", + "GGT" : "G", + "GTA" : "V", + "GTC" : "V", + "GTG" : "V", + "GTT" : "V", + "TAC" : "Y", + "TAT" : "Y", + "TCA" : "S", + "TCC" : "S", + "TCG" : "S", + "TCT" : "S", + "TGC" : "C", + "TGG" : "W", + "TGT" : "C", + "TTA" : "L", + "TTC" : "F", + "TTG" : "L", + "TTT" : "F" + }, + "faiUrlTemplate" : "seq/genome.fasta.fai", + "key" : "Reference sequence", + "label" : "DNA", + "metadata" : { + "dataset_edam_format" : "fasta", + "dataset_file_ext" : "fasta", + "dataset_hid" : "1", + "dataset_id" : "7495a4247e72f5f1", + "dataset_size" : "171.6 KB", + "history_display_name" : "Unnamed history", + "history_id" : "d29e465b351a50c9", + "history_user_email" : "anthony.bretaudeau@irisa.fr", + "history_user_id" : "17", + "metadata_data_lines" : "2881", + "metadata_dbkey" : "?", + "metadata_sequences" : "1", + "tool_tool" : "upload1", + "tool_tool_id" : "upload1", + "tool_tool_version" : "1.1.6" + }, + "seqType" : "dna", + "storeClass" : "JBrowse/Store/SeqFeature/IndexedFasta", + "type" : "SequenceTrack", + "urlTemplate" : 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b/test-data/dataset_1_files/jbrowse.conf new file mode 100644 index 00000000..5b87c5eb --- /dev/null +++ b/test-data/dataset_1_files/jbrowse.conf @@ -0,0 +1,110 @@ +#### JBrowse main configuration file + +## uncomment the section below to customize this browser's title and description +# [aboutThisBrowser] +# title = Oryza sativa +# description = Browser for O. sativa transcripts and RNA-seq data, +# produced by the Smith laboratory at Example State University. + +## uncomment and edit the example below to configure a faceted track selector +# [trackSelector] +# type = Faceted +# displayColumns = +# + label +# + key +# + organism +# + technique +## optionally sort the faceted track selector by column (use the names from displayColumns) +# initialSortColumn=label +## optionally give different names to some of the data facets using renameFacets +# [trackSelector.renameFacets] +# submission = Submission ID +# developmental-stage = Conditions +# cell-line = Cell Line +# key = Dataset +# label = Track + +## uncomment this section to get hierarchical trackselector options +# [trackSelector] +## optionally turn off sorting for the hierarchical track selector +# sortHierarchical = false +## set collapsed categories for the hierarchical track selector +# collapsedCategories = Reference sequence,Quantitative / XY Plot +## set category ordering in the hierarchical track selector +# categoryOrder = BAM, Transcripts, Quantitative/Density, VCF + +## configure where to get metadata about tracks. always indexes the +## `metadata` part of each track config, but this can be used to load +## additional metadata from CSV or JSON urls +# [trackMetadata] +# sources = data/trackMetadata.csv + + +[GENERAL] + + +## add a document.domain to set the same-origin policy +# documentDomain=foobar.com + +## use classic jbrowse menu with file instead of track and genome +#classicMenu = true + +## hide open genome option +#hideGenomeOptions = true + +## enable or disable high resolution rendering for canvas features. set to auto, disabled, or numerical scaling factor. default: 2 +# highResolutionMode=auto + +## uncomment to change the default sort order of the reference +## sequence dropdown +# refSeqOrder = length descending + +## Uncomment to prevent HTML tracks from displaying gene subfeatures (enabled by default) +# inferHTMLSubfeatures = false + +## to set a default data directory other than 'data', uncomment and +## edit the line below +# dataRoot = data + +## optionally add more include statements to load and merge in more +## configuration files +include = {dataRoot}/trackList.json +include += {dataRoot}/tracks.conf +# include += ../url/of/my/other/config.json +# include += another_config.conf + +## uncomment and edit the example below to enable one or more +## JBrowse plugins +# [ plugins.MyPlugin ] +# location = plugins/MyPlugin +# [ plugins.AnotherPlugin ] +# location = ../plugin/dir/someplace/else + +## edit the datasets list below to add datasets to the jbrowse dataset +## selector + +# [datasets.volvox] +# url = ?data=sample_data/json/volvox +# name = Volvox Example + +# [datasets.modencode] +# url = ?data=sample_data/json/modencode +# name = MODEncode Example + +# [datasets.yeast] +# url = ?data=sample_data/json/yeast +# name = Yeast Example +[ plugins.BlastView ] +location = ../plugin/BlastView/ +[ plugins.GCContent ] +location = ../plugin/GCContent/ +[ plugins.ComboTrackSelector ] +location = ../plugin/ComboTrackSelector/ +[ plugins.MultiBigWig ] +location = ../plugin/MultiBigWig/ +[ plugins.bookmarks ] +location = ../plugin/bookmarks/ +[ plugins.NeatCanvasFeatures ] +location = ../plugin/NeatCanvasFeatures/ +[ plugins.NeatHTMLFeatures ] +location = ../plugin/NeatHTMLFeatures/ diff --git a/test-data/dataset_1_files/jbrowse_conf.json b/test-data/dataset_1_files/jbrowse_conf.json new file mode 100644 index 00000000..d434e3b5 --- /dev/null +++ b/test-data/dataset_1_files/jbrowse_conf.json @@ -0,0 +1,9 @@ +// top-level JBrowse configuration file. Treated the same as +// jbrowse.conf, but this one is in JSON format. +// +// Unless generating configuration from scripts, most users will +// prefer to add variables to jbrowse.conf instead of this file, since +// jbrowse.conf is much easier to hand-edit. +{ + +} \ No newline at end of file diff --git a/test-data/merlin.gff b/test-data/merlin.gff new file mode 100644 index 00000000..2a35dfb8 --- /dev/null +++ b/test-data/merlin.gff @@ -0,0 +1,28 @@ +##gff-version 3 +##sequence-region Merlin 1 172788 +Merlin GeneMark.hmm gene 2 691 -856.563659 + . ID=Merlin_1;seqid=Merlin +Merlin GeneMark.hmm mRNA 2 691 . + . ID=Merlin_1_mRNA;Parent=Merlin_1;seqid=Merlin;color=#00ff00 +Merlin GeneMark.hmm exon 2 691 . + . ID=Merlin_1_exon;Parent=Merlin_1_mRNA;seqid=Merlin +Merlin GeneMark.hmm CDS 2 691 . + 0 ID=Merlin_1_CDS;Parent=Merlin_1_exon;seqid=Merlin +Merlin GeneMark.hmm gene 752 1039 -339.046618 + . ID=Merlin_2;seqid=Merlin +Merlin GeneMark.hmm mRNA 752 1039 . + . ID=Merlin_2_mRNA;Parent=Merlin_2;seqid=Merlin;Name=mrna-name +Merlin GeneMark.hmm exon 752 1039 . + . ID=Merlin_2_exon;Parent=Merlin_2_mRNA;seqid=Merlin +Merlin GeneMark.hmm CDS 852 939 . + 0 ID=Merlin_2_CDS;Parent=Merlin_2_exon;seqid=Merlin +Merlin GeneMark.hmm gene 1067 2011 -1229.683915 - . ID=Merlin_3;seqid=Merlin +Merlin GeneMark.hmm mRNA 1067 2011 . - . ID=Merlin_3_mRNA;Parent=Merlin_3;seqid=Merlin +Merlin GeneMark.hmm exon 1067 2011 . - . ID=Merlin_3_exon;Parent=Merlin_3_mRNA;seqid=Merlin +Merlin GeneMark.hmm CDS 1367 1811 . - 0 ID=Merlin_3_CDS;Parent=Merlin_3_exon;seqid=Merlin +Merlin GeneMark.hmm gene 2011 3066 -1335.034872 - . ID=Merlin_4;seqid=Merlin +Merlin GeneMark.hmm mRNA 2011 3066 . - . ID=Merlin_4_mRNA;Parent=Merlin_4;seqid=Merlin +Merlin GeneMark.hmm exon 2011 3066 . - . ID=Merlin_4_exon;Parent=Merlin_4_mRNA;seqid=Merlin +Merlin GeneMark.hmm CDS 2011 3066 . - 0 ID=Merlin_4_CDS;Parent=Merlin_4_exon;seqid=Merlin +Merlin GeneMark.hmm gene 3066 4796 -2177.374893 - . ID=Merlin_5;seqid=Merlin;Name=multiexongene +Merlin GeneMark.hmm mRNA 3066 4796 . - . ID=Merlin_5_mRNA;Parent=Merlin_5;seqid=Merlin +Merlin GeneMark.hmm exon 3066 4296 . - . ID=Merlin_5_exon;Parent=Merlin_5_mRNA;seqid=Merlin +Merlin GeneMark.hmm CDS 3066 4296 . - 0 ID=Merlin_5_CDS;Parent=Merlin_5_exon;seqid=Merlin +Merlin GeneMark.hmm exon 4366 4796 . - . ID=Merlin_5_exon2;Parent=Merlin_5_mRNA;seqid=Merlin +Merlin GeneMark.hmm CDS 4366 4796 . - 0 ID=Merlin_5_CDS2;Parent=Merlin_5_exon2;seqid=Merlin +Merlin GeneMark.hmm gene 5011 6066 -1335.034872 - . ID=Merlin_42;seqid=Merlin;Name=cds-not-under-exon +Merlin GeneMark.hmm mRNA 5011 6066 . - . ID=Merlin_42_mRNA;Parent=Merlin_42;seqid=Merlin +Merlin GeneMark.hmm exon 5011 6066 . - . ID=Merlin_42_exon;Parent=Merlin_42_mRNA;seqid=Merlin +Merlin GeneMark.hmm CDS 5011 6066 . - 0 ID=Merlin_42_CDS;Parent=Merlin_42_mRNA;seqid=Merlin diff --git a/test/__init__.py b/test/__init__.py new file mode 100644 index 00000000..5e2e3a44 --- /dev/null +++ b/test/__init__.py @@ -0,0 +1,12 @@ +import unittest + +from arrow.apollo import get_apollo_instance +wa = get_apollo_instance() + + +def setup_package(): + global wa + + +class ApolloTestCase(unittest.TestCase): + pass diff --git a/test/organism_test.py b/test/organism_test.py new file mode 100644 index 00000000..f3f1491d --- /dev/null +++ b/test/organism_test.py @@ -0,0 +1,10 @@ +from . import ApolloTestCase, wa + + +class OrganismTest(ApolloTestCase): + + def test_get_organisms(self): + + orgs = wa.organisms.get_organisms() + + assert len(orgs) == 4