.gitignore

#############
# vim files #
#############
*\.swp
*~
\#*\#

#################
# pycharm files #
#################
\.idea

##########################
# Python complied source #
##########################
*\.pyc
*\.pyo
*\__pycache__/

##################
# Coverage files #
##################
.coverage
!/.github/workflows/.coverage
coverage_html/

#########################
# distribution packages #
#########################
dist/
build/

########################
# setup generated file #
########################
MANIFEST

#############################
# files generated by sphinx #
#############################
doc/build/

###########################
# integron_finder results #
###########################
Results_Integron_Finder*/
!tests/data/Results_Integron_Finder*/
/data/

######################
# Singularity images #
######################
Singularity/*.simg

####################
# nextflow outputs #
####################
.nextflow.log*
.nextflow
work/

#####################
# MacOS hidden file #
#####################
.DS_Store

############
# egg-info #
############
*.egg-info
\.eggs/

#######################
# jupyter checkpoints #
#######################
\.ipynb_checkpoints/