TODO

2021/21/09
* Implementar corrida local, es decir que no se requiera conexion para bajar genomas, GFFs y BEDs. Esta porción de codigo deberia sevir de guia:



#--------------------------------------------------------------------
# RUN IT
#--------------------------------------------------------------------
echo ""
saythis "STARTING VIRALRECON ${vReconRelease}" "msg"
echo ""

sudo ${nfBin} run nf-core/viralrecon -r ${vReconRelease} \
--input ${sampleSheet} \
--platform nanopore \
--fasta ${VIGILANTHOME}/viralrecon/GCA_009858895.3_ASM985889v3_genomic.200409.fna.gz \
--gff ${VIGILANTHOME}/viralrecon/GCA_009858895.3_ASM985889v3_genomic.200409.gff \
--primer_bed ${VIGILANTHOME}/viralrecon/primer.bed \
--artic_scheme 'nCoV-2019' \
--skip_nanoplot \
--primer_set_version 3 \
--fastq_dir ${fastqDir} \
--artic_minion_caller medaka \
--artic_minion_medaka_model ${medakaModel} \
-profile docker \
-c ${customConfig} \
--sequencing_summary ${sequencingSummary} \
--outdir ${outDir} \ 
-resume


Acá estan todos los genomas de referencia usados por viralrecon:
https://github.com/nf-core/configs/blob/master/conf/pipeline/viralrecon/genomes.config





*Chequear si el -resume por defecto funciona bien o no.
* Post-procesamiento: renombrar los archivos  multi_qc para que tengan como prefijo el ID  de la corrida.
* Capturar estadisticas de corrida. Ej, Librerias de entrada vs. librerias efectivamente analizadas.
* Copiar todos los resultados a un lugar para su descarga. Se debn copiar los TSVs y los HTMLs de multiqc.