diff --git a/app/js/app-menu.js b/app/js/app-menu.js index 08937d9a..eac9c628 100644 --- a/app/js/app-menu.js +++ b/app/js/app-menu.js @@ -973,11 +973,10 @@ module.exports = function() { "#load-sample18" : 'signaling-downstream-of-AKT2-3.nwt', "#load-sample19" : 'pd_learners_card.nwt', "#load-sample20" : 'af_learners_card.nwt', - "#load-sample21" : 'interaction_topologies_of_MAPK_cascade.nwt', - "#load-sample22" : 'pharmacokinetics_of_PFOA_and_PFOS_in_the_monkey.nwt', - "#load-sample23" : 'apoptotic_reaction_model.nwt', - "#load-sample24" : 'insulin_induced_signalling.nwt', - + "#load-sample21" : 'RUNX1_regulates_transcription_of_genes_involved_in_WNT_signaling.nwt', + "#load-sample22" : 'PTK6_Activates_STAT3.nwt', + "#load-sample23" : 'pharmacokinetics_of_PFOA_and_PFOS_in_the_monkey.nwt', + "#load-sample24" : 'interaction_topologies_of_MAPK_cascade.nwt' }; for ( var selector in selectorToSampleFileName ) { diff --git a/app/samples/PTK6_Activates_STAT3.nwt b/app/samples/PTK6_Activates_STAT3.nwt new file mode 100644 index 00000000..58f4f4ad --- /dev/null +++ b/app/samples/PTK6_Activates_STAT3.nwt @@ -0,0 +1,547 @@ + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + 0 + 14 + 10 + 1.25 + true + regular + false + false + false + true + true + true + false + true + false + true + opposed_red_blue + solid + PTK6 Activates STAT3 + + #0B9BCD + 2 + false + + + + + + 340.90775759776295 + 181.31795863479397 + 0 + 0 + 0 + 0 + 0 + 0 + + + + + + + 73.25 + 43.25 + 0 + 0 + 0 + 0 + 0 + 0 + + + + + + + + + 73.25 + 96.5 + 0 + 0 + 0 + 0 + 0 + 0 + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + 758.2389330850008 + 383.95044206415537 + 0 + 0 + 0 + 0 + 0 + 0 + + + + + + + + + + + 156.5 + 96.5 + 0 + 0 + 0 + 0 + 0 + 0 + + + + + + + + + + + + + 73.25 + 43.25 + 0 + 0 + 0 + 0 + 0 + 0 + + + + + + + + + + + 73.25 + 96.5 + 0 + 0 + 0 + 0 + 0 + 0 + + + + + + + + + + + + + + + + + + + 73.25 + 96.5 + 0 + 0 + 0 + 0 + 0 + 0 + + + + + + + + + + + 73.25 + 96.5 + 0 + 0 + 0 + 0 + 0 + 0 + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + bezier + + + + + + + bezier + + + + + + + bezier + + + + + + + bezier + + + + + + + bezier + + + + + + + bezier + + + + + + + bezier + + + + + + + bezier + + + + + + + bezier + + + + + + + bezier + + + + + + + bezier + + + + + + + bezier + + + + + + + bezier + + + + + + + bezier + + + + + + + bezier + + + + + + + bezier + + + + + + + bezier + + + + + + + bezier + + + + + + + bezier + + + + + + + bezier + + + + + + + bezier + + + + + + + bezier + + + + + + + bezier + + + + + + + bezier + + + + + + + bezier + + + + + + + bezier + + + + + + + bezier + + + + + + + bezier + + + + + + \ No newline at end of file diff --git a/app/samples/RUNX1_regulates_transcription_of_genes_involved_in_WNT_signaling.nwt b/app/samples/RUNX1_regulates_transcription_of_genes_involved_in_WNT_signaling.nwt new file mode 100644 index 00000000..a40aea02 --- /dev/null +++ b/app/samples/RUNX1_regulates_transcription_of_genes_involved_in_WNT_signaling.nwt @@ -0,0 +1,415 @@ + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + 0 + 14 + 10 + 1.25 + true + regular + false + false + false + true + true + true + false + true + false + true + opposed_green_brown + gradient + RUNX1 regulates transcription of genes involved in WNT signaling + + #0B9BCD + 2 + false + + + + + + 695.70654296875 + 521.1416015625 + 695.70654296875 + 521.1416015625 + 0.004160667735511473 + 0.0058393322644885275 + 0.004999994550438418 + 0.005000005449561583 + + + + + + + 153.25 + 163.63040161132812 + 0 + 0 + 0 + 0 + 0 + 0 + + + + + + + + + + + + + + + + + 73.25 + 163.25 + 0 + 0 + 0 + 0 + 0 + 0 + + + + + + + + + + + + + 153.2500076293946 + 103.25 + 0 + 0 + 0 + 0 + 0 + 0 + + + + + + + + + + + + + + + + + 153.25 + 103.25 + 0 + 0 + 0 + 0 + 0 + 0 + + + + + + + + + + + + + + + + + 78.25 + 163.25 + 0 + 0 + 0 + 0 + 0 + 0 + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + 101.875 + 80.625 + 101.875 + 80.625 + 0.005109170305676856 + 0.004890829694323144 + 0.006254180602006689 + 0.0037458193979933107 + + + + + + + + + 101.875 + 80.625 + 101.875 + 80.625 + 0.005109170305676856 + 0.004890829694323144 + 0.006254180602006689 + 0.0037458193979933107 + + + + + + + + bezier + + + + + + + bezier + + + + + + + bezier + + + + + + + bezier + + + + + + + bezier + + + + + + + bezier + + + + + + + bezier + + + + + + + bezier + + + + + + + bezier + + + + + + + bezier + + + + + + + bezier + + + + + + + bezier + + + + + + + bezier + + + + + + \ No newline at end of file diff --git a/app/samples/apoptotic_reaction_model.nwt b/app/samples/apoptotic_reaction_model.nwt deleted file mode 100644 index 1582dc08..00000000 --- a/app/samples/apoptotic_reaction_model.nwt +++ /dev/null @@ -1,1799 +0,0 @@ - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0 - 14 - 10 - 1.25 - true - regular - false - false - false - true - true - true - false - true - false - true - blue_scale - gradient - Pathway #sbgn-network-container-0 - - #0B9BCD - 2 - false - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - \ No newline at end of file diff --git a/app/samples/insulin_induced_signalling.nwt b/app/samples/insulin_induced_signalling.nwt deleted file mode 100644 index 18724abc..00000000 --- a/app/samples/insulin_induced_signalling.nwt +++ /dev/null @@ -1,841 +0,0 @@ - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0 - 14 - 10 - 1.25 - true - regular - false - false - false - true - true - true - false - true - false - true - blue_scale - gradient - Pathway #sbgn-network-container-0 - - #0B9BCD - 2 - false - - - - - - 574.1738672665772 - 509.73980115702 - 0 - 0 - 0 - 0 - 0 - 0 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - - bezier - - - - - - \ No newline at end of file diff --git a/app/samples/pharmacokinetics_of_PFOA_and_PFOS_in_the_monkey.nwt b/app/samples/pharmacokinetics_of_PFOA_and_PFOS_in_the_monkey.nwt index 61abfa1c..3480b6db 100644 --- a/app/samples/pharmacokinetics_of_PFOA_and_PFOS_in_the_monkey.nwt +++ b/app/samples/pharmacokinetics_of_PFOA_and_PFOS_in_the_monkey.nwt @@ -5,33 +5,33 @@ - + - + - - - + + + - - - - - - + 0 14 10 @@ -48,9 +48,9 @@ true false true - blue_scale - gradient - Pathway #sbgn-network-container-0 + opposed_purple_brown + 3D + Pharmacokinetics of PFOA and PFOS in the monkey #0B9BCD 2 @@ -59,9 +59,10 @@ - - 208.5566328113686 - 209.72752781896463 + + 213.5566328113686 + 214.72752781896463 0 0 0 @@ -71,15 +72,15 @@ - - - + + + - - - + + + - - - + + + - - - + + + - - - + + + - - - + + + - - - + + + - - - + + + - - - + + + - - 183.83820536007585 - 142.87779370681346 + + 127.13713615179412 + 133.65407705708245 0 0 0 @@ -146,9 +148,9 @@ - - - + + + - - - + + + - - 155.0629319278874 - 77.55535716139892 + + 157.5629319278874 + 80.05535716139892 0 0 0 @@ -180,9 +183,9 @@ - - - + + + - - 64.62351280123875 - 81.21218927601043 + + 67.12351280123875 + 83.71218927601043 0 0 0 @@ -209,9 +213,9 @@ - - - + + + - - 72.95319030108405 - 101.94295184594326 + + 75.45319030108405 + 104.44295184594326 0 0 0 @@ -238,9 +243,9 @@ - - - + + + - - 81.02048748829759 - 82.87454157811527 + + 83.52048748829759 + 85.37454157811527 0 0 0 @@ -267,9 +273,9 @@ - - - + + + - - 83.77063901082221 - 70.4696022407131 + + 86.27063901082221 + 72.9696022407131 0 0 0 @@ -296,23 +303,24 @@ - - - + + + - - 104.87909226713666 + + 98.62743588044694 174.01024783623757 0 0 @@ -323,8 +331,8 @@ @@ -335,61 +343,61 @@ - - - + + + bezier - - + + bezier - - + + bezier - + bezier - - + + bezier - + bezier - + @@ -397,13 +405,13 @@ bezier - + bezier - + @@ -411,13 +419,13 @@ bezier - + bezier - + @@ -425,13 +433,13 @@ bezier - + bezier - + @@ -439,27 +447,27 @@ bezier - + bezier - + bezier - - + + bezier - + @@ -467,27 +475,27 @@ bezier - + bezier - + bezier - - + + bezier - + @@ -495,55 +503,55 @@ bezier - + bezier - - + + bezier - + bezier - - + + bezier - - + + bezier - + bezier - - + + bezier - + @@ -551,42 +559,42 @@ bezier - + bezier - - + + bezier - + bezier - - + + bezier - - + + bezier - - + + - + \ No newline at end of file diff --git a/index.html b/index.html index 0e7099ea..7c1e9824 100644 --- a/index.html +++ b/index.html @@ -127,20 +127,19 @@
  • - Interaction topologies of MAPK cascade - (M1_K2_PSEQ) + RUNX1 regulates transcription of genes in WNT signaling
  • - Pharmacokinetics of PFOA and PFOS in the monkey + PTK6 activates STAT3
  • - Apoptotic Reaction Model + Pharmacokinetics of PFOA and PFOS in the monkey
  • - Insulin induced signalling (PFKL phosphorylation) + Interaction topologies of MAPK cascade (M1_K2_PSEQ)