Skip to content

Commit

Permalink
Update index.md
Browse files Browse the repository at this point in the history
  • Loading branch information
n-kosarim authored Mar 1, 2024
1 parent 4b0ec98 commit 30bdeab
Showing 1 changed file with 2 additions and 0 deletions.
2 changes: 2 additions & 0 deletions workshops/3Dstruct_analysis/index.md
Original file line number Diff line number Diff line change
Expand Up @@ -66,12 +66,14 @@

Семинар 3.2.
Выберите одноцепочечную белковую структуру на ваше усмотрение.

Для неё:
1. Постройте карту Рамачандрана
2. Постройте карту контактов остатков белка
3. Определите состояния протонирования ионизируемых остатков (сравните модельную и реальную pKa)
4. Визуализируйте электростатический потенциал на поверхности с помощью PDB2PQR и APBS
5. Найдите структуру, родственную Вашей (можно найти в базах SCOPe, PFAM и т.п.)

Для двух гомологичных структур:
1. Сделайте структурное выравнивание, определите RMSD
2. Сделайте выравнивание последовательностей
Expand Down

0 comments on commit 30bdeab

Please sign in to comment.