From 30bdeab1b384fb48c106092c3d5494347be9d426 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: n-kosarim <76738346+n-kosarim@users.noreply.github.com> Date: Fri, 1 Mar 2024 11:46:22 +0300 Subject: [PATCH] Update index.md --- workshops/3Dstruct_analysis/index.md | 2 ++ 1 file changed, 2 insertions(+) diff --git a/workshops/3Dstruct_analysis/index.md b/workshops/3Dstruct_analysis/index.md index 2225b1b..33a0eb2 100644 --- a/workshops/3Dstruct_analysis/index.md +++ b/workshops/3Dstruct_analysis/index.md @@ -66,12 +66,14 @@ Семинар 3.2. Выберите одноцепочечную белковую структуру на ваше усмотрение. + Для неё: 1. Постройте карту Рамачандрана 2. Постройте карту контактов остатков белка 3. Определите состояния протонирования ионизируемых остатков (сравните модельную и реальную pKa) 4. Визуализируйте электростатический потенциал на поверхности с помощью PDB2PQR и APBS 5. Найдите структуру, родственную Вашей (можно найти в базах SCOPe, PFAM и т.п.) + Для двух гомологичных структур: 1. Сделайте структурное выравнивание, определите RMSD 2. Сделайте выравнивание последовательностей