Skip to content

Commit

Permalink
Update index.md
Browse files Browse the repository at this point in the history
  • Loading branch information
albinoknyaz authored Feb 26, 2024
1 parent cd9ecbc commit 5d8e8ad
Showing 1 changed file with 1 addition and 1 deletion.
2 changes: 1 addition & 1 deletion workshops/3Dstruct_analysis/index.md
Original file line number Diff line number Diff line change
Expand Up @@ -56,7 +56,7 @@
1. С поомщью MDAnalysis опишите какие есть сегменты в структуре, сколько аминокислотных остатков или пар нуклеотидов в каждом из сегментов.
2. Отрисуйте структуру таким образом, чтобы были видны атомы и связи (например, licorice representation).
3. Добавьте водороды в структуру. Отрисуйте новую структуру так, чтобы были видны водороды.
4. Расчитайте длину ДНК. Для эттого для крайних пар нуклеотидов ДНК (внимательно смотрите на нумерацию остатков) найдите координаты центров масс и рассчитайте длину вектора между центрами масс.
4. Расчитайте длину ДНК. Для эттого для крайних пар нуклеотидов ДНК (внимательно смотрите на нумерацию остатков) найдите координаты центров масс и рассчитайте длину вектора между центрами масс. Ответ принимается с единицами измерения! (см. документацию MDAnalysis)
5. (сложное) Удлините фрагмент ДНК. Для этого
- создайте новый объект universe - u2, в котором выберите только ДНК
- С помощью функции [alignto](https://docs.mdanalysis.org/1.0.1/documentation_pages/analysis/align.html) сделайте выравнивание нижнего края ДНК нового universe объекта (u2) с верхним краем ДНК старого universe объекта (u1),
Expand Down

0 comments on commit 5d8e8ad

Please sign in to comment.