diff --git a/workshops/3Dstruct_analysis/index.md b/workshops/3Dstruct_analysis/index.md index e4c338a..6bd08a9 100644 --- a/workshops/3Dstruct_analysis/index.md +++ b/workshops/3Dstruct_analysis/index.md @@ -56,7 +56,7 @@ 1. С поомщью MDAnalysis опишите какие есть сегменты в структуре, сколько аминокислотных остатков или пар нуклеотидов в каждом из сегментов. 2. Отрисуйте структуру таким образом, чтобы были видны атомы и связи (например, licorice representation). 3. Добавьте водороды в структуру. Отрисуйте новую структуру так, чтобы были видны водороды. -4. Расчитайте длину ДНК. Для эттого для крайних пар нуклеотидов ДНК (внимательно смотрите на нумерацию остатков) найдите координаты центров масс и рассчитайте длину вектора между центрами масс. +4. Расчитайте длину ДНК. Для эттого для крайних пар нуклеотидов ДНК (внимательно смотрите на нумерацию остатков) найдите координаты центров масс и рассчитайте длину вектора между центрами масс. Ответ принимается с единицами измерения! (см. документацию MDAnalysis) 5. (сложное) Удлините фрагмент ДНК. Для этого - создайте новый объект universe - u2, в котором выберите только ДНК - С помощью функции [alignto](https://docs.mdanalysis.org/1.0.1/documentation_pages/analysis/align.html) сделайте выравнивание нижнего края ДНК нового universe объекта (u2) с верхним краем ДНК старого universe объекта (u1),