Skip to content

Commit

Permalink
Update index.md
Browse files Browse the repository at this point in the history
  • Loading branch information
molsim authored Feb 27, 2024
1 parent bbb8c24 commit 92976d7
Showing 1 changed file with 1 addition and 1 deletion.
2 changes: 1 addition & 1 deletion index.md
Original file line number Diff line number Diff line change
Expand Up @@ -150,7 +150,7 @@ The course provides an overview of molecular modeling and simulations methods in

<details><summary><ins>Лекция 4</ins> Теоретические основы методов молекулярной механики и динамики. Задание моделей молекул. </summary> Молекулярно-механические модели, границы применимости. Основы классической механики: материальные точки, законы Ньютона, силы, энергия, Гамильтониан, обобщенные переменные, координаты реакции. Методы минимизации энергии. Уравнения движения. Траектории движения частиц, фазовое пространство. Численные подходы к решению уравнений движения. Алгоритмы Эйлера, Верле, Лип-Фрог. Неустойчивость траектроий и хаос. Обратимость по времени уравнений движения. Типы взаимодействий в молекулярных системах. Понятие силового поля и топологии молекулы. Единицы длины, времени, энергии. Основные типы взаимодействий: валентные, невалентные взаимодействия, связи, валентные, торсионные, ложноторсионные углы, потенциал Леннард-Джонса, заряды. Проблема учета электростатических взаимодействий. Силовые поля класса II. Поляризуемые силовые поля. Модели воды. Неявный растворитель. Основы статистической физики: распределение Больцмана-Гиббса, понятие энтропии, второй закон термодинамики. Парадокс обратимости. Гипотеза эргодичности. Понятие термодинамического ансамбля. Понятие свободной энергии, работы. Профили свободной энергии, потенциал средней силы. Неравновесные процессы. Равенство Джарзинского.

<a href="https://www.dropbox.com/s/xl9scwmnn0hd6gy/Lecture4.ppt?dl=0">Слайды лекции.</a>
<a href="https://www.dropbox.com/scl/fi/t91l9w92zsuowshn7ql7v/Lecture4.ppt?rlkey=gvfkl5ukl5hczo7wks0ory8ef&dl=0">Слайды лекции.</a>
</details>
<details><summary><ins>Семинар 4</ins> Подготовка и запуск МД расчетов в Gromacs</summary>
Expand Down

0 comments on commit 92976d7

Please sign in to comment.