From 92976d7c367828e269683a6a737079c5272e5a86 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Alexey Shaytan Date: Wed, 28 Feb 2024 01:04:05 +0300 Subject: [PATCH] Update index.md --- index.md | 2 +- 1 file changed, 1 insertion(+), 1 deletion(-) diff --git a/index.md b/index.md index 83c3307..1a24a16 100644 --- a/index.md +++ b/index.md @@ -150,7 +150,7 @@ The course provides an overview of molecular modeling and simulations methods in
Лекция 4 Теоретические основы методов молекулярной механики и динамики. Задание моделей молекул. Молекулярно-механические модели, границы применимости. Основы классической механики: материальные точки, законы Ньютона, силы, энергия, Гамильтониан, обобщенные переменные, координаты реакции. Методы минимизации энергии. Уравнения движения. Траектории движения частиц, фазовое пространство. Численные подходы к решению уравнений движения. Алгоритмы Эйлера, Верле, Лип-Фрог. Неустойчивость траектроий и хаос. Обратимость по времени уравнений движения. Типы взаимодействий в молекулярных системах. Понятие силового поля и топологии молекулы. Единицы длины, времени, энергии. Основные типы взаимодействий: валентные, невалентные взаимодействия, связи, валентные, торсионные, ложноторсионные углы, потенциал Леннард-Джонса, заряды. Проблема учета электростатических взаимодействий. Силовые поля класса II. Поляризуемые силовые поля. Модели воды. Неявный растворитель. Основы статистической физики: распределение Больцмана-Гиббса, понятие энтропии, второй закон термодинамики. Парадокс обратимости. Гипотеза эргодичности. Понятие термодинамического ансамбля. Понятие свободной энергии, работы. Профили свободной энергии, потенциал средней силы. Неравновесные процессы. Равенство Джарзинского. -Слайды лекции. +Слайды лекции.
Семинар 4 Подготовка и запуск МД расчетов в Gromacs