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Overview

Desde que pasó un asteroide multicolor extraño cerca de la tierra se están dando casos de una enfermedad extraña y letal llamada Fatal Idiopathic Clownitis, o FIC. Los síntomas clínicos del FIC son:

• al auscultar el tórax se escucha Killer Klowns from Outer Space
• el paciente sufre lesiones cutáneas que recuerdan a un payaso
• el paciente experimenta compulsiones cada vez más fuertes de hacer el payaso y cometer asesinatos en serie

Existe un fármaco experimental llamado E114 que consigue curar la enfermedad si se administra pronto: por desgracia, cuando hay síntomas clínicos ya es demasiado tarde y el fármaco ya no puede curar la enfermedad.

Hay 2 compañías que han desarrollado tests para diagnóstico precoz y han llevado a cabo trials randomizados administrando el test y haciendo seguimiento clínico en muestras aleatorias de población:

• La megapharma GSKPAZ ha desarrollado un test llamado ultradetect con una accuracy (o exactitud) de 99.3%, con datos del trial en ultradetect_trial.csv
• Un equipo universitario infrafinanciado ha desarrollado un test llamado test_b con una accuracy de 92.1%, con datos del trial en test_b_trial.csv

Vistos los datos de accuracy en el "viaje de trabajo" a Hawaii financiado por GSKPAZ, el Ministerio de Sanidad está a punto de aprobar una campaña de screening masivo usando el test ultradetect pero a un funcionario de bajo nivel le huele a chamusquina y te ha encargado que verifiques los cálculos y las conclusiones.

Los datos de los trials vienen en csv, con las siguientes columnas:

• test_positive: si el test de detección precoz ha dado un resultado positivo 1 o negativo 0
• sick: si el seguimiento clínico del paciente ha determinado que estaba enfermo de FIC 1 o no enfermo 0

ejercicio 0

Como los trials han usado muestras poblacionales aleatorias podemos estimar la prevalencia del FIC haciendo pooling de los datos de enfermos reales de ambos trials.

Calcula la prevalencia del FIC como porcentaje de la población.

ejercicio 1

Verifica que las accuracies que se han calculado en base a los datos crudos de los ensayos clínicos son correctas.

ejercicio 2

Calcula matrices de confusión para ultradetect y para test_b.

¿Hay algo que salte a la vista?

ejercicio 3

¿Estás de acuerdo con el Ministerio de Sanidad en que hay que escoger el test ultradetect, que es más exacto que test_b?

ejercicio 4

El fármaco experimental E114 tiene estas características:

• tiene efectos secundarios letales en un 0.5% de la población
• en el caso de que el paciente padezca de FIC, el tratamiento lo curará con una probabilidad de 98.2% si no sufre efectos secundarios

Hemos calculado la prevalencia del FIC en el ejercicio 0. Suponiendo que en España hay 47,000,000 de habitantes y que el FIC no es contagioso ni habrá casos nuevos ya que el asteroide ya pasó, estima:

1. ¿Cuánta gente morirá de FIC si el Ministerio de Sanidad no hace nada?
2. ¿Cuánta gente morirá de FIC o de efectos secundarios de E114 si se medica con E114 a toda la población?
3. ¿Cuánta gente morirá de FIC o de efectos secundarios de E114 si se aplica el test ultradetect a toda la población y se medica con E114 a los positivos?
4. ¿Cuánta gente morirá de FIC o de efectos secundarios de E114 si se aplica el test test_b a toda la población y se medica con E114 a los positivos?

¿Qué le recomendarías hacer al Ministerio de Sanidad?