Merge branch 'main' of github.com:morinlab/LLMPP

morinlab · Apr 17, 2024 · 26fd121 · 26fd121
2 parents dbf1a8c + 0b761d5
commit 26fd121
Showing 1 changed file with 88 additions and 0 deletions.
diff --git a/resources/curated/bl_genes.tsv b/resources/curated/bl_genes.tsv
@@ -127,3 +127,91 @@ WNK1	36201743	TRUE	FALSE	Confirmed by multiple studies	BL	6.8	11.9	NA	NA	TRUE
 WNK2	31558468	FALSE	FALSE	Low frequency of coding mutations in all cohorts including initial study after reanalysis of raw data. Mutations in this gene reported by Panea et al were not well supported by the data in that study.	NA	0.8	10.9	4	4	FALSE
 ZFP36L1	NA	FALSE	TRUE	DLBCL gene with extremely low mutation rate in BL	DLBCL	2.1	3	3	3	FALSE
 ARHGEF1	25274307	FALSE	FALSE	Not recurrently mutated in other studies since initial report	NA	2	NA	NA	NA	FALSE
+ACE	23143597	FALSE	FALSE	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+ACAD9	23143597	FALSE	FALSE	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+ATP2C2	23143597	FALSE	FALSE	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+BRAF	23143597	FALSE	FALSE	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+BRD4	23143597	FALSE	FALSE	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+CARD4	23143597	FALSE	FALSE	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+CAD	23143597	FALSE	FALSE	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+C6orf27	23143597	FALSE	FALSE	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+CCT6B	23143597	FALSE	FALSE	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+CDC73	23143597	FALSE	FALSE	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+CDH17	23143597	FALSE	FALSE	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+COL4A2	23143597	FALSE	FALSE	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+CYB5D1	23143597	FALSE	FALSE	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+CYP4F22	23143597	FALSE	FALSE	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+DLGAP1	23143597	FALSE	FALSE	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+EML2	23143597	FALSE	FALSE	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+EPHB2	23143597	FALSE	FALSE	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+EIF2C4	23143597	FALSE	FALSE	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+ENTPD3	23143597	FALSE	FALSE	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+FAM129B	23143597	FALSE	FALSE	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+FTCD	23143597	FALSE	FALSE	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+FGFR3	23143597	FALSE	FALSE	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+GGTLA4	23143597	FALSE	FALSE	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+GRIK5	23143597	FALSE	FALSE	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+ICK	23143597	FALSE	FALSE	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+ITPR3	23143597	FALSE	FALSE	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+KIFC3	23143597	FALSE	FALSE	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+MAP3K6	23143597	FALSE	FALSE	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+MYH10	23143597	FALSE	FALSE	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+NBEAL1	23143597	FALSE	FALSE	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+NOTCH1	23143597	FALSE	FALSE	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+NRXN2	23143597	FALSE	FALSE	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+PC	23143597	FALSE	FALSE	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+P2RY2	23143597	FALSE	FALSE	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+POLRMT	23143597	FALSE	FALSE	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+POR	23143597	FALSE	FALSE	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+PRSS22	23143597	FALSE	FALSE	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+PTPRN	23143597	FALSE	FALSE	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+RANBP6	23143597	FALSE	FALSE	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+RBP3	23143597	FALSE	FALSE	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+RET	23143597	FALSE	FALSE	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+SALL3	23143597	FALSE	FALSE	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+SAPS2	23143597	FALSE	FALSE	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+SBF1	23143597	FALSE	FALSE	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+SLC29A2	23143597	FALSE	FALSE	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+SF3B1	23143597	FALSE	FALSE	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+SHANK1	23143597	FALSE	FALSE	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+SYNGAP1	23143597	FALSE	FALSE	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+TBC1D9B	23143597	FALSE	FALSE	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+TIGD6	23143597	FALSE	FALSE	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+TPST2	23143597	FALSE	FALSE	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+ZNF229	23143597	FALSE	FALSE	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+ADAMTS5	35794096	FALSE	FALSE	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+ADNP	35794096	FALSE	FALSE	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+AGO4	35794096	FALSE	FALSE	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+BTG1	35794096	FALSE	TRUE	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+CD79A	35794096	FALSE	FALSE	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+CHD4	35794096	FALSE	FALSE	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+CPXM2	35794096	FALSE	FALSE	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+E2F2	35794096	FALSE	FALSE	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+EDNRB	35794096	FALSE	FALSE	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+ERAP1	35794096	FALSE	FALSE	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+EXOSC6	35794096	FALSE	FALSE	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+FLYWCH1	35794096	FALSE	FALSE	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+GTSE1	35794096	FALSE	FALSE	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+HLA-DQB1	35794096	FALSE	FALSE	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+KLHL26	35794096	FALSE	FALSE	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+MKI67	35794096	FALSE	FALSE	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+MYO18A	35794096	FALSE	FALSE	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+NCOR2	35794096	FALSE	FALSE	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+NOA1	35794096	FALSE	FALSE	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+PDCD11	35794096	FALSE	FALSE	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+PIM1	35794096	FALSE	TRUE	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+PPP6R2	35794096	FALSE	FALSE	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+PREX1	35794096	FALSE	FALSE	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+REV3L	35794096	FALSE	FALSE	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+RPL10	35794096	FALSE	FALSE	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+SAL3	35794096	FALSE	FALSE	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+TOP2A	35794096	FALSE	FALSE	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+TTN	35794096	FALSE	FALSE	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+VWA7	35794096	FALSE	FALSE	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+WDR90	35794096	FALSE	FALSE	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+WHAMM	35794096	FALSE	FALSE	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+YY1AP1	35794096	FALSE	FALSE	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+ZAN	35794096	FALSE	FALSE	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+ZBTB7A	35794096	FALSE	FALSE	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+ZNF85	35794096	FALSE	FALSE	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+KMT2C	31300419	FALSE	FALSE	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA