From 58a62628ff56ecfdc7992cb43ea5599284511f44 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Kdreval Date: Wed, 17 Apr 2024 09:12:35 -0700 Subject: [PATCH 1/2] add more bl genes --- resources/curated/bl_genes.tsv | 52 ++++++++++++++++++++++++++++++++++ 1 file changed, 52 insertions(+) diff --git a/resources/curated/bl_genes.tsv b/resources/curated/bl_genes.tsv index 42509b62..043334c6 100644 --- a/resources/curated/bl_genes.tsv +++ b/resources/curated/bl_genes.tsv @@ -127,3 +127,55 @@ WNK1 36201743 TRUE FALSE Confirmed by multiple studies BL 6.8 11.9 NA NA TRUE WNK2 31558468 FALSE FALSE Low frequency of coding mutations in all cohorts including initial study after reanalysis of raw data. Mutations in this gene reported by Panea et al were not well supported by the data in that study. NA 0.8 10.9 4 4 FALSE ZFP36L1 NA FALSE TRUE DLBCL gene with extremely low mutation rate in BL DLBCL 2.1 3 3 3 FALSE ARHGEF1 25274307 FALSE FALSE Not recurrently mutated in other studies since initial report NA 2 NA NA NA FALSE +ACE 23143597 FALSE FALSE NA NA NA NA NA NA NA +ACAD9 23143597 FALSE FALSE NA NA NA NA NA NA NA +ATP2C2 23143597 FALSE FALSE NA NA NA NA NA NA NA +BRAF 23143597 FALSE FALSE NA NA NA NA NA NA NA +BRD4 23143597 FALSE FALSE NA NA NA NA NA NA NA +CARD4 23143597 FALSE FALSE NA NA NA NA NA NA NA +CAD 23143597 FALSE FALSE NA NA NA NA NA NA NA +C6orf27 23143597 FALSE FALSE NA NA NA NA NA NA NA +CCT6B 23143597 FALSE FALSE NA NA NA NA NA NA NA +CDC73 23143597 FALSE FALSE NA NA NA NA NA NA NA +CDH17 23143597 FALSE FALSE NA NA NA NA NA NA NA +COL4A2 23143597 FALSE FALSE NA NA NA NA NA NA NA +CYB5D1 23143597 FALSE FALSE NA NA NA NA NA NA NA +CYP4F22 23143597 FALSE FALSE NA NA NA NA NA NA NA +DLGAP1 23143597 FALSE FALSE NA NA NA NA NA NA NA +EML2 23143597 FALSE FALSE NA NA NA NA NA NA NA +EPHB2 23143597 FALSE FALSE NA NA NA NA NA NA NA +EIF2C4 23143597 FALSE FALSE NA NA NA NA NA NA NA +ENTPD3 23143597 FALSE FALSE NA NA NA NA NA NA NA +FAM129B 23143597 FALSE FALSE NA NA NA NA NA NA NA +FTCD 23143597 FALSE FALSE NA NA NA NA NA NA NA +FGFR3 23143597 FALSE FALSE NA NA NA NA NA NA NA +GGTLA4 23143597 FALSE FALSE NA NA NA NA NA NA NA +GRIK5 23143597 FALSE FALSE NA NA NA NA NA NA NA +ICK 23143597 FALSE FALSE NA NA NA NA NA NA NA +ITPR3 23143597 FALSE FALSE NA NA NA NA NA NA NA +KIFC3 23143597 FALSE FALSE NA NA NA NA NA NA NA +MAP3K6 23143597 FALSE FALSE NA NA NA NA NA NA NA +MYH10 23143597 FALSE FALSE NA NA NA NA NA NA NA +NBEAL1 23143597 FALSE FALSE NA NA NA NA NA NA NA +NOTCH1 23143597 FALSE FALSE NA NA NA NA NA NA NA +NRXN2 23143597 FALSE FALSE NA NA NA NA NA NA NA +PC 23143597 FALSE FALSE NA NA NA NA NA NA NA +P2RY2 23143597 FALSE FALSE NA NA NA NA NA NA NA +POLRMT 23143597 FALSE FALSE NA NA NA NA NA NA NA +POR 23143597 FALSE FALSE NA NA NA NA NA NA NA +PRSS22 23143597 FALSE FALSE NA NA NA NA NA NA NA +PTPRN 23143597 FALSE FALSE NA NA NA NA NA NA NA +RANBP6 23143597 FALSE FALSE NA NA NA NA NA NA NA +RBP3 23143597 FALSE FALSE NA NA NA NA NA NA NA +RET 23143597 FALSE FALSE NA NA NA NA NA NA NA +SALL3 23143597 FALSE FALSE NA NA NA NA NA NA NA +SAPS2 23143597 FALSE FALSE NA NA NA NA NA NA NA +SBF1 23143597 FALSE FALSE NA NA NA NA NA NA NA +SLC29A2 23143597 FALSE FALSE NA NA NA NA NA NA NA +SF3B1 23143597 FALSE FALSE NA NA NA NA NA NA NA +SHANK1 23143597 FALSE FALSE NA NA NA NA NA NA NA +SYNGAP1 23143597 FALSE FALSE NA NA NA NA NA NA NA +TBC1D9B 23143597 FALSE FALSE NA NA NA NA NA NA NA +TIGD6 23143597 FALSE FALSE NA NA NA NA NA NA NA +TPST2 23143597 FALSE FALSE NA NA NA NA NA NA NA +ZNF229 23143597 FALSE FALSE NA NA NA NA NA NA NA From 0b761d5a9186887f8acdaa8cf3dd6ef243e66c7e Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Kdreval Date: Wed, 17 Apr 2024 10:08:11 -0700 Subject: [PATCH 2/2] add bl from burkhard and zhou --- resources/curated/bl_genes.tsv | 36 ++++++++++++++++++++++++++++++++++ 1 file changed, 36 insertions(+) diff --git a/resources/curated/bl_genes.tsv b/resources/curated/bl_genes.tsv index 043334c6..a76b02f1 100644 --- a/resources/curated/bl_genes.tsv +++ b/resources/curated/bl_genes.tsv @@ -179,3 +179,39 @@ TBC1D9B 23143597 FALSE FALSE NA NA NA NA NA NA NA TIGD6 23143597 FALSE FALSE NA NA NA NA NA NA NA TPST2 23143597 FALSE FALSE NA NA NA NA NA NA NA ZNF229 23143597 FALSE FALSE NA NA NA NA NA NA NA +ADAMTS5 35794096 FALSE FALSE NA NA NA NA NA NA NA +ADNP 35794096 FALSE FALSE NA NA NA NA NA NA NA +AGO4 35794096 FALSE FALSE NA NA NA NA NA NA NA +BTG1 35794096 FALSE TRUE NA NA NA NA NA NA NA +CD79A 35794096 FALSE FALSE NA NA NA NA NA NA NA +CHD4 35794096 FALSE FALSE NA NA NA NA NA NA NA +CPXM2 35794096 FALSE FALSE NA NA NA NA NA NA NA +E2F2 35794096 FALSE FALSE NA NA NA NA NA NA NA +EDNRB 35794096 FALSE FALSE NA NA NA NA NA NA NA +ERAP1 35794096 FALSE FALSE NA NA NA NA NA NA NA +EXOSC6 35794096 FALSE FALSE NA NA NA NA NA NA NA +FLYWCH1 35794096 FALSE FALSE NA NA NA NA NA NA NA +GTSE1 35794096 FALSE FALSE NA NA NA NA NA NA NA +HLA-DQB1 35794096 FALSE FALSE NA NA NA NA NA NA NA +KLHL26 35794096 FALSE FALSE NA NA NA NA NA NA NA +MKI67 35794096 FALSE FALSE NA NA NA NA NA NA NA +MYO18A 35794096 FALSE FALSE NA NA NA NA NA NA NA +NCOR2 35794096 FALSE FALSE NA NA NA NA NA NA NA +NOA1 35794096 FALSE FALSE NA NA NA NA NA NA NA +PDCD11 35794096 FALSE FALSE NA NA NA NA NA NA NA +PIM1 35794096 FALSE TRUE NA NA NA NA NA NA NA +PPP6R2 35794096 FALSE FALSE NA NA NA NA NA NA NA +PREX1 35794096 FALSE FALSE NA NA NA NA NA NA NA +REV3L 35794096 FALSE FALSE NA NA NA NA NA NA NA +RPL10 35794096 FALSE FALSE NA NA NA NA NA NA NA +SAL3 35794096 FALSE FALSE NA NA NA NA NA NA NA +TOP2A 35794096 FALSE FALSE NA NA NA NA NA NA NA +TTN 35794096 FALSE FALSE NA NA NA NA NA NA NA +VWA7 35794096 FALSE FALSE NA NA NA NA NA NA NA +WDR90 35794096 FALSE FALSE NA NA NA NA NA NA NA +WHAMM 35794096 FALSE FALSE NA NA NA NA NA NA NA +YY1AP1 35794096 FALSE FALSE NA NA NA NA NA NA NA +ZAN 35794096 FALSE FALSE NA NA NA NA NA NA NA +ZBTB7A 35794096 FALSE FALSE NA NA NA NA NA NA NA +ZNF85 35794096 FALSE FALSE NA NA NA NA NA NA NA +KMT2C 31300419 FALSE FALSE NA NA NA NA NA NA NA