diff --git a/resources/curated/PMBL_HL_MGZL.tsv b/resources/curated/PMBL_HL_MGZL.tsv index 1753ab56..ca5b7925 100644 --- a/resources/curated/PMBL_HL_MGZL.tsv +++ b/resources/curated/PMBL_HL_MGZL.tsv @@ -1,108 +1,108 @@ -Gene Curated PMBL_De_Leval MGZL_De_Leval CHL_De_Leval CHL_Wienand CHL_Gomez CHL_Alig CHL_Desch CHL_earliest_description -ACTB TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE FALSE FALSE NA -ACTG1 FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE TRUE 31431735 -ADGRG6 FALSE FALSE FALSE FALSE TRUE FALSE FALSE FALSE NA -AXDND1 FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE TRUE TRUE FALSE 37910143 -ARID1A TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE FALSE TRUE TRUE NA -ARID5B TRUE TRUE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE NA -B2M TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE NA -BIRC6 TRUE TRUE TRUE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE NA -BTG1 TRUE TRUE TRUE TRUE FALSE TRUE FALSE TRUE NA -BCL7A FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE TRUE TRUE FALSE NA -CARD11 TRUE TRUE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE NA -CCND3 FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE TRUE TRUE NA -CD58 TRUE TRUE TRUE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE NA -CD83 TRUE TRUE FALSE FALSE FALSE TRUE FALSE FALSE NA -CDKN2A TRUE FALSE FALSE TRUE FALSE FALSE FALSE FALSE NA -CDH5 FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE TRUE FALSE FALSE 37910143 -CHD8 TRUE FALSE FALSE TRUE FALSE FALSE FALSE FALSE NA -CHD2 FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE TRUE FALSE NA -CIITA FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE TRUE 31431735 -CISH FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE TRUE FALSE NA -CREBBP TRUE FALSE FALSE TRUE FALSE FALSE FALSE FALSE NA -CSF2RB TRUE FALSE FALSE FALSE TRUE FALSE TRUE FALSE NA -DDX3X TRUE TRUE FALSE TRUE FALSE FALSE TRUE TRUE NA -DNAH12 FALSE FALSE FALSE FALSE TRUE FALSE FALSE FALSE NA -DTX1 TRUE TRUE FALSE TRUE FALSE FALSE FALSE FALSE NA -DUSP2 TRUE TRUE FALSE TRUE FALSE FALSE FALSE FALSE NA -EBF1 TRUE FALSE FALSE TRUE FALSE FALSE FALSE FALSE NA -EEF1A1 FALSE FALSE FALSE FALSE TRUE FALSE FALSE FALSE NA -EP300 TRUE TRUE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE NA -EGR1 FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE TRUE FALSE FALSE NA -ETS1 TRUE TRUE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE NA -EWSR1 TRUE FALSE FALSE TRUE FALSE FALSE FALSE FALSE NA -EZH2 TRUE TRUE FALSE FALSE FALSE FALSE TRUE FALSE NA -FAS TRUE FALSE FALSE TRUE FALSE FALSE FALSE FALSE NA -FAT1 TRUE FALSE FALSE TRUE FALSE FALSE FALSE FALSE NA -FAT4 TRUE TRUE FALSE TRUE FALSE FALSE FALSE FALSE NA -GNA13 TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE NA -H1-2 TRUE TRUE FALSE TRUE FALSE FALSE FALSE FALSE NA -H1-3 TRUE TRUE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE NA -H1-4 TRUE TRUE TRUE TRUE FALSE FALSE FALSE FALSE NA -H1-5 TRUE TRUE TRUE FALSE FALSE FALSE TRUE FALSE NA -HLA-A FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE TRUE 31431735 -HLA-B TRUE FALSE FALSE TRUE TRUE FALSE FALSE FALSE NA -HLA-C FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE TRUE FALSE FALSE NA -IL4R TRUE TRUE FALSE FALSE FALSE TRUE TRUE FALSE NA -IGLL5 FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE TRUE FALSE TRUE NA -IRF8 TRUE TRUE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE NA -IRF4 FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE TRUE FALSE NA -IKBKB FALSE FALSE FALSE FALSE TRUE TRUE FALSE FALSE NA -ITPKB TRUE TRUE TRUE TRUE FALSE FALSE TRUE TRUE NA -ITGB2 FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE TRUE FALSE NA -JAK1 TRUE TRUE FALSE TRUE FALSE FALSE FALSE FALSE NA -KLF2 FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE TRUE 31431735 -KMT2C TRUE FALSE TRUE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE NA -KMT2D FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE TRUE TRUE NA -LTB TRUE TRUE FALSE TRUE FALSE FALSE TRUE FALSE NA -LIMD2 FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE TRUE FALSE FALSE 37910143 -MS4A1 TRUE TRUE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE NA -MYB FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE TRUE 31431735 -NFKBIA TRUE TRUE TRUE TRUE FALSE FALSE TRUE TRUE NA -NFKBIE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE FALSE TRUE TRUE NA -NFKB2 FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE TRUE FALSE NA -NSD2 FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE TRUE FALSE NA -OR13C2 FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE TRUE FALSE FALSE 37910143 -OSBPL10 TRUE FALSE FALSE TRUE FALSE FALSE FALSE FALSE NA -P2RY8 TRUE FALSE FALSE TRUE FALSE TRUE FALSE FALSE NA -PCDH7 FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE TRUE FALSE FALSE 37910143 -PCBP1 FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE TRUE FALSE NA -PCLO TRUE TRUE FALSE TRUE FALSE FALSE FALSE FALSE NA -PHIP TRUE TRUE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE NA -PIM1 TRUE FALSE FALSE TRUE FALSE FALSE FALSE FALSE NA -PIM2 TRUE FALSE FALSE TRUE FALSE FALSE FALSE FALSE NA -PRKDC TRUE TRUE FALSE TRUE FALSE FALSE FALSE FALSE NA -PTPN1 TRUE TRUE FALSE TRUE FALSE FALSE TRUE TRUE NA -PTPRD TRUE TRUE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE NA -RDH12 FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE TRUE FALSE FALSE 37910143 -RHOA TRUE FALSE FALSE TRUE FALSE FALSE FALSE FALSE NA -RBM38 FALSE FALSE FALSE FALSE TRUE FALSE FALSE FALSE NA -S1PR2 TRUE FALSE FALSE TRUE FALSE FALSE FALSE FALSE NA -SCN9A FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE TRUE FALSE FALSE 37910143 -SGK1 TRUE TRUE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE NA -SIN3A TRUE FALSE FALSE TRUE FALSE FALSE FALSE FALSE NA -SMAD3 FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE TRUE FALSE FALSE NA -SMARCA2 TRUE FALSE FALSE TRUE FALSE FALSE FALSE FALSE NA -SMARCA4 TRUE TRUE FALSE FALSE FALSE FALSE TRUE FALSE NA -SOCS1 TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE NA -SPEN TRUE TRUE TRUE TRUE FALSE FALSE FALSE FALSE NA -STAT3 TRUE FALSE FALSE TRUE FALSE FALSE FALSE FALSE NA -STAT6 TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE FALSE TRUE NA -STRAP FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE TRUE FALSE FALSE 37910143 -TAP1 TRUE FALSE FALSE TRUE FALSE FALSE FALSE FALSE NA -TBL1XR1 TRUE FALSE FALSE TRUE FALSE FALSE FALSE FALSE NA -TCF3 TRUE FALSE FALSE TRUE FALSE FALSE FALSE FALSE NA -TET3 TRUE FALSE FALSE TRUE FALSE FALSE FALSE FALSE NA -TMSB4X TRUE TRUE FALSE TRUE FALSE FALSE FALSE FALSE NA -TNFAIP3 TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE NA -TNFRSF1B TRUE FALSE FALSE TRUE FALSE FALSE FALSE FALSE NA -TP53 TRUE TRUE TRUE TRUE FALSE TRUE TRUE TRUE NA -TRAF3 TRUE TRUE FALSE FALSE FALSE FALSE TRUE FALSE NA -UBE2A TRUE FALSE FALSE TRUE FALSE TRUE TRUE FALSE NA -UBR5 TRUE TRUE FALSE TRUE FALSE FALSE FALSE FALSE NA -UNC5C TRUE FALSE FALSE TRUE FALSE FALSE FALSE FALSE NA -VPS13B TRUE FALSE FALSE TRUE FALSE FALSE FALSE FALSE NA -WEE1 TRUE TRUE FALSE TRUE FALSE FALSE FALSE FALSE NA -XPO1 TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE NA -ZFP36L1 TRUE TRUE FALSE TRUE FALSE FALSE FALSE FALSE NA -ZNF217 FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE NA \ No newline at end of file +Gene Curated PMBL_De_Leval MGZL_De_Leval CHL_De_Leval CHL_Wienand CHL_Gomez CHL_Alig CHL_Desch CHL_earliest_description freq_PMBCL_Mottok +ACTB TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE FALSE FALSE NA 27.08 +ACTG1 FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE TRUE 31431735 16.67 +GPR126 FALSE FALSE FALSE FALSE TRUE FALSE FALSE FALSE NA 3.12 +AXDND1 FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE TRUE TRUE FALSE 37910143 2.08 +ARID1A TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE FALSE TRUE TRUE NA 14.58 +ARID5B TRUE TRUE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE NA 15.62 +B2M TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE NA 48.96 +BIRC6 TRUE TRUE TRUE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE NA 20.83 +BTG1 TRUE TRUE TRUE TRUE FALSE TRUE FALSE TRUE NA 25 +BCL7A FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE TRUE TRUE FALSE NA 15.62 +CARD11 TRUE TRUE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE NA NA +CCND3 FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE TRUE TRUE NA 8.33 +CD58 TRUE TRUE TRUE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE NA 28.12 +CD83 TRUE TRUE FALSE FALSE FALSE TRUE FALSE FALSE NA 10.42 +CDKN2A TRUE FALSE FALSE TRUE FALSE FALSE FALSE FALSE NA 1.04 +CDH5 FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE TRUE FALSE FALSE 37910143 3.12 +CHD8 TRUE FALSE FALSE TRUE FALSE FALSE FALSE FALSE NA 5.21 +CHD2 FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE TRUE FALSE NA 4.17 +CIITA FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE TRUE 31431735 26.04 +CISH FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE TRUE FALSE NA 7.29 +CREBBP TRUE FALSE FALSE TRUE FALSE FALSE FALSE FALSE NA 8.33 +CSF2RB TRUE FALSE FALSE FALSE TRUE FALSE TRUE FALSE NA 20.83 +DDX3X TRUE TRUE FALSE TRUE FALSE FALSE TRUE TRUE NA 11.46 +DNAH12 FALSE FALSE FALSE FALSE TRUE FALSE FALSE FALSE NA 7.29 +DTX1 TRUE TRUE FALSE TRUE FALSE FALSE FALSE FALSE NA 5.21 +DUSP2 TRUE TRUE FALSE TRUE FALSE FALSE FALSE FALSE NA 13.54 +EBF1 TRUE FALSE FALSE TRUE FALSE FALSE FALSE FALSE NA 6.25 +EEF1A1 FALSE FALSE FALSE FALSE TRUE FALSE FALSE FALSE NA 8.33 +EP300 TRUE TRUE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE NA 11.46 +EGR1 FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE TRUE FALSE FALSE NA 9.38 +ETS1 TRUE TRUE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE NA 3.12 +EWSR1 TRUE FALSE FALSE TRUE FALSE FALSE FALSE FALSE NA NA +EZH2 TRUE TRUE FALSE FALSE FALSE FALSE TRUE FALSE NA 7.29 +FAS TRUE FALSE FALSE TRUE FALSE FALSE FALSE FALSE NA 6.25 +FAT1 TRUE FALSE FALSE TRUE FALSE FALSE FALSE FALSE NA 11.46 +FAT4 TRUE TRUE FALSE TRUE FALSE FALSE FALSE FALSE NA 22.92 +GNA13 TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE NA 41.67 +HIST1H1C TRUE TRUE FALSE TRUE FALSE FALSE FALSE FALSE NA 18.75 +HIST1H1D TRUE TRUE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE NA 10.42 +HIST1H1D TRUE TRUE TRUE TRUE FALSE FALSE FALSE FALSE NA 10.42 +HIST1H1B TRUE TRUE TRUE FALSE FALSE FALSE TRUE FALSE NA 11.46 +HLA-A NA FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE TRUE 31431735 10.42 +HLA-B TRUE FALSE FALSE TRUE TRUE FALSE FALSE FALSE NA 7.29 +HLA-C FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE TRUE FALSE FALSE NA 8.33 +IL4R TRUE TRUE FALSE FALSE FALSE TRUE TRUE FALSE NA 32.29 +IGLL5 FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE TRUE FALSE TRUE NA 31.25 +IRF8 TRUE TRUE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE NA 8.33 +IRF4 FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE TRUE FALSE NA 9.38 +IKBKB FALSE FALSE FALSE FALSE TRUE TRUE FALSE FALSE NA 11.46 +ITPKB TRUE TRUE TRUE TRUE FALSE FALSE TRUE TRUE NA 41.67 +ITGB2 FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE TRUE FALSE NA 2.08 +JAK1 TRUE TRUE FALSE TRUE FALSE FALSE FALSE FALSE NA 11.46 +KLF2 FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE TRUE 31431735 3.12 +KMT2C TRUE FALSE TRUE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE NA 9.38 +KMT2D FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE TRUE TRUE NA 17.71 +LTB TRUE TRUE FALSE TRUE FALSE FALSE TRUE FALSE NA 17.71 +LIMD2 FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE TRUE FALSE FALSE 37910143 4.17 +MS4A1 TRUE TRUE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE NA 4.17 +MYB FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE TRUE 31431735 1.04 +NFKBIA TRUE TRUE TRUE TRUE FALSE FALSE TRUE TRUE NA 7.29 +NFKBIE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE FALSE TRUE TRUE NA 41.67 +NFKB2 FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE TRUE FALSE NA 11.46 +WHSC1 FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE TRUE FALSE NA 3.12 +OR13C2 FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE TRUE FALSE FALSE 37910143 NA +OSBPL10 TRUE FALSE FALSE TRUE FALSE FALSE FALSE FALSE NA 11.46 +P2RY8 TRUE FALSE FALSE TRUE FALSE TRUE FALSE FALSE NA NA +PCDH7 FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE TRUE FALSE FALSE 37910143 5.21 +PCBP1 FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE TRUE FALSE NA 8.33 +PCLO TRUE TRUE FALSE TRUE FALSE FALSE FALSE FALSE NA 29.17 +PHIP TRUE TRUE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE NA 8.33 +PIM1 TRUE FALSE FALSE TRUE FALSE FALSE FALSE FALSE NA 10.42 +PIM2 TRUE FALSE FALSE TRUE FALSE FALSE FALSE FALSE NA 1.04 +PRKDC TRUE TRUE FALSE TRUE FALSE FALSE FALSE FALSE NA 4.17 +PTPN1 TRUE TRUE FALSE TRUE FALSE FALSE TRUE TRUE NA 16.67 +PTPRD TRUE TRUE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE NA 11.46 +RDH12 FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE TRUE FALSE FALSE 37910143 NA +RHOA TRUE FALSE FALSE TRUE FALSE FALSE FALSE FALSE NA 2.08 +RBM38 FALSE FALSE FALSE FALSE TRUE FALSE FALSE FALSE NA 5.21 +S1PR2 TRUE FALSE FALSE TRUE FALSE FALSE FALSE FALSE NA NA +SCN9A FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE TRUE FALSE FALSE 37910143 9.38 +SGK1 TRUE TRUE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE NA 10.42 +SIN3A TRUE FALSE FALSE TRUE FALSE FALSE FALSE FALSE NA 2.08 +SMAD3 FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE TRUE FALSE FALSE NA 1.04 +SMARCA2 TRUE FALSE FALSE TRUE FALSE FALSE FALSE FALSE NA 5.21 +SMARCA4 TRUE TRUE FALSE FALSE FALSE FALSE TRUE FALSE NA 4.17 +SOCS1 TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE NA 62.5 +SPEN TRUE TRUE TRUE TRUE FALSE FALSE FALSE FALSE NA 7.29 +STAT3 TRUE FALSE FALSE TRUE FALSE FALSE FALSE FALSE NA NA +STAT6 TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE FALSE TRUE NA 42.71 +STRAP FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE TRUE FALSE FALSE 37910143 NA +TAP1 TRUE FALSE FALSE TRUE FALSE FALSE FALSE FALSE NA 6.25 +TBL1XR1 TRUE FALSE FALSE TRUE FALSE FALSE FALSE FALSE NA 5.21 +TCF3 TRUE FALSE FALSE TRUE FALSE FALSE FALSE FALSE NA 7.29 +TET3 TRUE FALSE FALSE TRUE FALSE FALSE FALSE FALSE NA 2.08 +TMSB4X TRUE TRUE FALSE TRUE FALSE FALSE FALSE FALSE NA 27.08 +TNFAIP3 TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE NA 42.71 +TNFRSF1B TRUE FALSE FALSE TRUE FALSE FALSE FALSE FALSE NA 1.04 +TP53 TRUE TRUE TRUE TRUE FALSE TRUE TRUE TRUE NA 10.42 +TRAF3 TRUE TRUE FALSE FALSE FALSE FALSE TRUE FALSE NA 8.33 +UBE2A TRUE FALSE FALSE TRUE FALSE TRUE TRUE FALSE NA 4.17 +UBR5 TRUE TRUE FALSE TRUE FALSE FALSE FALSE FALSE NA 5.21 +UNC5C TRUE FALSE FALSE TRUE FALSE FALSE FALSE FALSE NA NA +VPS13B TRUE FALSE FALSE TRUE FALSE FALSE FALSE FALSE NA 11.46 +WEE1 TRUE TRUE FALSE TRUE FALSE FALSE FALSE FALSE NA 11.46 +XPO1 TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE NA 27.08 +ZFP36L1 TRUE TRUE FALSE TRUE FALSE FALSE FALSE FALSE NA 13.54 +ZNF217 FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE NA 29.17