From 97460454ebf31b72e8e87e01b5abb3c07f9094d9 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Houman Date: Thu, 25 Apr 2024 17:51:37 -0700 Subject: [PATCH] mcl earl_sup --- resources/curated/mcl_genes.tsv | 108 ++++++++++++++++---------------- 1 file changed, 54 insertions(+), 54 deletions(-) diff --git a/resources/curated/mcl_genes.tsv b/resources/curated/mcl_genes.tsv index b8e9c152..694fb183 100644 --- a/resources/curated/mcl_genes.tsv +++ b/resources/curated/mcl_genes.tsv @@ -1,54 +1,54 @@ -Gene curated Bea Zhang Pararajalingam Nadeu Other_support appx_overall_freq gambl_freq common_alias noncoding_driver_suspect aSHM CIViC -ATM TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE NA 45 45.02 NA NA NA TRUE -BCOR TRUE FALSE FALSE FALSE TRUE GAMBL 0 3.79 NA NA NA FALSE -BIRC3 TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE NA 10 7.11 NA NA NA TRUE -CARD11 TRUE FALSE FALSE TRUE TRUE NA 5 1.42 NA NA NA TRUE -CCND1 TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE NA 15 14.69 NA NA TRUE TRUE -DAZAP1 TRUE FALSE FALSE TRUE TRUE NA 5 4.27 NA NA NA TRUE -EWSR1 TRUE FALSE FALSE TRUE FALSE 35963941 0 3.32 NA NA NA TRUE -HNRNPH1 TRUE FALSE FALSE TRUE TRUE NA 5 3.79 NA TRUE NA TRUE -KMT2D TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE NA 20 16.59 MLL2 NA NA TRUE -MEF2B TRUE TRUE FALSE TRUE TRUE NA 5 5.69 NA NA NA TRUE -NOTCH1 TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE NA 5 5.21 NA NA NA TRUE -NOTCH2 TRUE TRUE FALSE TRUE TRUE NA 5 2.84 NA NA NA TRUE -NSD2 TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE NA 15 7.11 WHSC1 NA NA TRUE -RB1 TRUE FALSE TRUE FALSE FALSE 35963941 0 0.47 NA NA NA FALSE -S1PR1 TRUE FALSE FALSE TRUE TRUE NA 5 5.69 NA NA NA TRUE -SMARCA4 TRUE FALSE TRUE FALSE TRUE NA 5 4.74 NA NA NA FALSE -SP140 TRUE FALSE FALSE TRUE FALSE NA 10 5.21 NA NA NA TRUE -SYNE1 TRUE FALSE FALSE FALSE TRUE NA 5 4.74 NA NA NA FALSE -TERT TRUE FALSE FALSE FALSE TRUE NA 0 0 NA NA NA FALSE -TLR2 TRUE TRUE FALSE FALSE TRUE NA 0 0 NA NA NA FALSE -TP53 TRUE FALSE TRUE TRUE TRUE NA 10 9 NA NA NA TRUE -UBR5 TRUE FALSE TRUE TRUE TRUE NA 10 9 NA NA NA TRUE -NFKBIE TRUE FALSE FALSE TRUE FALSE GAMBL 5 2.84 NA NA NA TRUE -POT1 TRUE FALSE TRUE FALSE FALSE GAMBL 0 3.32 NA NA NA FALSE -ANK2 FALSE FALSE TRUE FALSE FALSE NA 0 1.9 NA NA NA FALSE -ARID1B FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE 35963941 0 1.9 NA NA NA FALSE -ATP11C FALSE FALSE TRUE FALSE FALSE NA 0 0 NA NA NA FALSE -B2M FALSE FALSE FALSE TRUE FALSE NA 0 1.42 NA NA NA TRUE -CDH8 FALSE FALSE TRUE FALSE FALSE NA 0 0.47 NA NA NA FALSE -COL11A1 FALSE FALSE TRUE FALSE FALSE NA 0 0.47 NA NA NA FALSE -COL16A1 FALSE FALSE TRUE FALSE FALSE NA 0 0.95 NA NA NA FALSE -CTNNA2 FALSE FALSE TRUE FALSE FALSE NA 0 0 NA NA NA FALSE -DHDH FALSE FALSE TRUE FALSE FALSE NA 0 0 NA NA NA FALSE -DLC1 FALSE FALSE TRUE FALSE FALSE NA 0 1.42 NA NA NA FALSE -EIF2AK4 FALSE FALSE TRUE FALSE FALSE NA 0 0.47 NA NA NA FALSE -ESX1 FALSE FALSE TRUE FALSE FALSE NA 0 0.47 NA NA NA FALSE -FAT4 FALSE FALSE TRUE FALSE FALSE NA 0 3.79 NA NA NA FALSE -GRIN2A FALSE FALSE TRUE FALSE FALSE NA 0 0.47 NA NA NA FALSE -HEPH FALSE FALSE TRUE FALSE FALSE NA 0 0.95 NA NA NA FALSE -KMT2C FALSE FALSE TRUE FALSE FALSE NA 5 0.47 MLL3 NA NA FALSE -MRGPRF FALSE FALSE TRUE FALSE FALSE NA 0 0 NA NA NA FALSE -NIN FALSE FALSE TRUE FALSE FALSE NA 0 0 NA NA NA FALSE -OGDHL FALSE FALSE TRUE FALSE FALSE NA 0 1.42 NA NA NA FALSE -PCDHB2 FALSE FALSE TRUE FALSE FALSE NA 0 0.47 NA NA NA FALSE -PLXNB3 FALSE FALSE TRUE FALSE FALSE NA 0 0 NA NA NA FALSE -ROBO2 FALSE FALSE TRUE FALSE FALSE NA 0 1.9 NA NA NA FALSE -SALL3 FALSE FALSE TRUE FALSE FALSE NA 0 0.95 NA NA NA FALSE -SI FALSE FALSE TRUE FALSE FALSE NA 0 1.42 NA NA NA FALSE -SMARCB1 FALSE FALSE FALSE FALSE TRUE GAMBL 0 1.9 NA NA NA FALSE -SMC1A FALSE FALSE TRUE FALSE FALSE NA 0 0 NA NA NA FALSE -TBC1D26 FALSE FALSE TRUE FALSE FALSE NA 0 0 NA NA NA FALSE -ZNF117 FALSE FALSE TRUE FALSE FALSE NA 0 0 NA NA NA FALSE -ZNF296 FALSE FALSE TRUE FALSE FALSE NA 0 0 NA NA NA FALSE +Gene curated Bea Zhang Pararajalingam Nadeu Other_support appx_overall_freq gambl_freq common_alias noncoding_driver_suspect aSHM CIViC earliest_support +ATM TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE NA 45 45.02 NA NA NA TRUE 24145436 +BCOR TRUE FALSE FALSE FALSE TRUE GAMBL 0 3.79 NA NA NA FALSE 32584970 +BIRC3 TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE NA 10 7.11 NA NA NA TRUE 24145436 +CARD11 TRUE FALSE FALSE TRUE TRUE NA 5 1.42 NA NA NA TRUE 32160292 +CCND1 TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE NA 15 14.69 NA NA TRUE TRUE 24145436 +DAZAP1 TRUE FALSE FALSE TRUE TRUE NA 5 4.27 NA NA NA TRUE 32160292 +EWSR1 TRUE FALSE FALSE TRUE FALSE 35963941 0 3.32 NA NA NA TRUE 32160292 +HNRNPH1 TRUE FALSE FALSE TRUE TRUE NA 5 3.79 NA TRUE NA TRUE 32160292 +KMT2D TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE NA 20 16.59 MLL2 NA NA TRUE 24145436 +MEF2B TRUE TRUE FALSE TRUE TRUE NA 5 5.69 NA NA NA TRUE 24145436 +NOTCH1 TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE NA 5 5.21 NA NA NA TRUE 24145436 +NOTCH2 TRUE TRUE FALSE TRUE TRUE NA 5 2.84 NA NA NA TRUE 24145436 +NSD2 TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE NA 15 7.11 WHSC1 NA NA TRUE 24145436 +RB1 TRUE FALSE TRUE FALSE FALSE 35963941 0 0.47 NA NA NA FALSE 34001881 +S1PR1 TRUE FALSE FALSE TRUE TRUE NA 5 5.69 NA NA NA TRUE 32160292 +SMARCA4 TRUE FALSE TRUE FALSE TRUE NA 5 4.74 NA NA NA FALSE 32584970 +SP140 TRUE FALSE FALSE TRUE FALSE NA 10 5.21 NA NA NA TRUE 32160292 +SYNE1 TRUE FALSE FALSE FALSE TRUE NA 5 4.74 NA NA NA FALSE 32584970 +TERT TRUE FALSE FALSE FALSE TRUE NA 0 0 NA NA NA FALSE 32584970 +TLR2 TRUE TRUE FALSE FALSE TRUE NA 0 0 NA NA NA FALSE 24145436 +TP53 TRUE FALSE TRUE TRUE TRUE NA 10 9 NA NA NA TRUE 32160292 +UBR5 TRUE FALSE TRUE TRUE TRUE NA 10 9 NA NA NA TRUE 32160292 +NFKBIE TRUE FALSE FALSE TRUE FALSE GAMBL 5 2.84 NA NA NA TRUE 32160292 +POT1 TRUE FALSE TRUE FALSE FALSE GAMBL 0 3.32 NA NA NA FALSE 34001881 +ANK2 FALSE FALSE TRUE FALSE FALSE NA 0 1.9 NA NA NA FALSE 34001881 +ARID1B FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE 35963941 0 1.9 NA NA NA FALSE +ATP11C FALSE FALSE TRUE FALSE FALSE NA 0 0 NA NA NA FALSE 34001881 +B2M FALSE FALSE FALSE TRUE FALSE NA 0 1.42 NA NA NA TRUE 32160292 +CDH8 FALSE FALSE TRUE FALSE FALSE NA 0 0.47 NA NA NA FALSE 34001881 +COL11A1 FALSE FALSE TRUE FALSE FALSE NA 0 0.47 NA NA NA FALSE 34001881 +COL16A1 FALSE FALSE TRUE FALSE FALSE NA 0 0.95 NA NA NA FALSE 34001881 +CTNNA2 FALSE FALSE TRUE FALSE FALSE NA 0 0 NA NA NA FALSE 34001881 +DHDH FALSE FALSE TRUE FALSE FALSE NA 0 0 NA NA NA FALSE 34001881 +DLC1 FALSE FALSE TRUE FALSE FALSE NA 0 1.42 NA NA NA FALSE 34001881 +EIF2AK4 FALSE FALSE TRUE FALSE FALSE NA 0 0.47 NA NA NA FALSE 34001881 +ESX1 FALSE FALSE TRUE FALSE FALSE NA 0 0.47 NA NA NA FALSE 34001881 +FAT4 FALSE FALSE TRUE FALSE FALSE NA 0 3.79 NA NA NA FALSE 34001881 +GRIN2A FALSE FALSE TRUE FALSE FALSE NA 0 0.47 NA NA NA FALSE 34001881 +HEPH FALSE FALSE TRUE FALSE FALSE NA 0 0.95 NA NA NA FALSE 34001881 +KMT2C FALSE FALSE TRUE FALSE FALSE NA 5 0.47 MLL3 NA NA FALSE 34001881 +MRGPRF FALSE FALSE TRUE FALSE FALSE NA 0 0 NA NA NA FALSE 34001881 +NIN FALSE FALSE TRUE FALSE FALSE NA 0 0 NA NA NA FALSE 34001881 +OGDHL FALSE FALSE TRUE FALSE FALSE NA 0 1.42 NA NA NA FALSE 34001881 +PCDHB2 FALSE FALSE TRUE FALSE FALSE NA 0 0.47 NA NA NA FALSE 34001881 +PLXNB3 FALSE FALSE TRUE FALSE FALSE NA 0 0 NA NA NA FALSE 34001881 +ROBO2 FALSE FALSE TRUE FALSE FALSE NA 0 1.9 NA NA NA FALSE 34001881 +SALL3 FALSE FALSE TRUE FALSE FALSE NA 0 0.95 NA NA NA FALSE 34001881 +SI FALSE FALSE TRUE FALSE FALSE NA 0 1.42 NA NA NA FALSE 34001881 +SMARCB1 FALSE FALSE FALSE FALSE TRUE GAMBL 0 1.9 NA NA NA FALSE 32584970 +SMC1A FALSE FALSE TRUE FALSE FALSE NA 0 0 NA NA NA FALSE 34001881 +TBC1D26 FALSE FALSE TRUE FALSE FALSE NA 0 0 NA NA NA FALSE 34001881 +ZNF117 FALSE FALSE TRUE FALSE FALSE NA 0 0 NA NA NA FALSE 34001881 +ZNF296 FALSE FALSE TRUE FALSE FALSE NA 0 0 NA NA NA FALSE 34001881 \ No newline at end of file