From e3f3a1af59e561c921914a97cdce5f7b3ed0407f Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: rdmorin Date: Thu, 18 Apr 2024 09:53:50 -0700 Subject: [PATCH] add current GAMBL frequencies from genome and capture --- resources/curated/fl_genes.tsv | 198 ++++++++++++++++----------------- 1 file changed, 99 insertions(+), 99 deletions(-) diff --git a/resources/curated/fl_genes.tsv b/resources/curated/fl_genes.tsv index ea80a073..15b13d72 100644 --- a/resources/curated/fl_genes.tsv +++ b/resources/curated/fl_genes.tsv @@ -1,99 +1,99 @@ -gene curated Dreval Crouch de_Leval Kalmbach Russler-Germain First_description Comment -ABL2 FALSE FALSE FALSE FALSE TRUE FALSE 37563306 -ACTB FALSE TRUE FALSE FALSE FALSE FALSE aSHM -ARID1A TRUE FALSE TRUE TRUE FALSE FALSE -ATP6AP1 TRUE TRUE FALSE TRUE FALSE FALSE -ATP6V1B2 TRUE TRUE FALSE TRUE FALSE FALSE -B2M TRUE TRUE FALSE TRUE FALSE TRUE 21796119 -BCL10 FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE TRUE 37493986 -BCL2 TRUE TRUE TRUE TRUE FALSE TRUE 21796119 -BCL6 TRUE FALSE FALSE FALSE FALSE TRUE 37084389 aSHM -BCL7A TRUE FALSE TRUE TRUE TRUE TRUE aSHM -BIRC6 TRUE TRUE FALSE FALSE FALSE FALSE -BTG1 TRUE TRUE TRUE TRUE FALSE FALSE aSHM -BTG2 TRUE TRUE TRUE FALSE FALSE TRUE 21796119 aSHM -BTK TRUE FALSE FALSE TRUE FALSE FALSE -CILP FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE TRUE 37493986 -CYP2A6 FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE TRUE 37493986 -CARD11 TRUE FALSE FALSE TRUE FALSE TRUE 21796119 -CCND3 TRUE TRUE FALSE FALSE FALSE TRUE 21796119 -CD70 FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE TRUE 37493986 -CD79B FALSE TRUE FALSE FALSE FALSE TRUE -CD83 TRUE TRUE TRUE FALSE FALSE FALSE 37493986 aSHM -CREBBP TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE 21796119 -CTSS TRUE FALSE FALSE TRUE FALSE FALSE -DDX3X FALSE TRUE FALSE FALSE FALSE FALSE 37084389 -DTX1 TRUE TRUE TRUE FALSE FALSE FALSE -DUSP2 FALSE TRUE FALSE FALSE FALSE FALSE -EBF1 TRUE FALSE FALSE TRUE FALSE FALSE -EP300 TRUE FALSE FALSE TRUE TRUE FALSE 21796119 -EZH2 TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE 20081860 -FAS TRUE TRUE FALSE FALSE FALSE TRUE 21796119 -FOXO1 TRUE FALSE TRUE TRUE FALSE TRUE 21796119 -GRM6 FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE TRUE 37493986 -GBP7 FALSE FALSE FALSE FALSE TRUE FALSE 37563306 -GNA13 TRUE TRUE FALSE TRUE FALSE TRUE 21796119 -GNAI2 TRUE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE -HIST1H1B TRUE TRUE TRUE FALSE FALSE FALSE aSHM -HIST1H1C TRUE TRUE TRUE TRUE FALSE FALSE 21796119 aSHM -HIST1H1D TRUE FALSE TRUE FALSE FALSE TRUE aSHM -HIST1H1E TRUE TRUE TRUE TRUE FALSE TRUE aSHM -HIST1H2AC TRUE FALSE TRUE FALSE FALSE TRUE aSHM -HIST1H2AG TRUE FALSE TRUE FALSE FALSE FALSE aSHM -HIST1H2AM TRUE FALSE TRUE FALSE FALSE TRUE aSHM -HIST1H2BC TRUE FALSE TRUE FALSE FALSE FALSE aSHM -HIST1H2BD TRUE FALSE TRUE FALSE FALSE FALSE aSHM -HIST1H2BG TRUE FALSE TRUE FALSE FALSE FALSE aSHM -HIST1H2BM FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE TRUE 37493986 aSHM -HIST1H3B TRUE FALSE TRUE FALSE FALSE FALSE aSHM -HIST1H3I FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE TRUE 37493986 aSHM -HIST1H3G TRUE FALSE TRUE FALSE FALSE TRUE aSHM -HLA-B FALSE TRUE FALSE FALSE FALSE FALSE -HVCN1 TRUE FALSE FALSE TRUE FALSE FALSE -HNRNPD FALSE TRUE FALSE FALSE FALSE FALSE -ID3 FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE TRUE 37493986 -IGLL5 FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE TRUE 37493986 aSHM/SHM. Unclear if this should be considered a gene -IRF4 TRUE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE LBCL-IRF4 -IRF8 TRUE FALSE TRUE TRUE TRUE FALSE 21796119 aSHM -ITPKB TRUE TRUE FALSE FALSE FALSE FALSE -KIR3DL1 FALSE FALSE FALSE FALSE TRUE FALSE 37563306 -KLF2 TRUE TRUE FALSE FALSE FALSE FALSE -KLHL6 TRUE FALSE FALSE TRUE FALSE TRUE 21796119 -KMT2D TRUE TRUE TRUE TRUE FALSE TRUE 21796119 -LTB TRUE FALSE FALSE TRUE FALSE FALSE -MAGEC1 FALSE FALSE FALSE FALSE TRUE FALSE 37563306 -MAP2K1 TRUE FALSE FALSE TRUE FALSE FALSE 27325104 PTNFL -MAP7D1 FALSE FALSE FALSE FALSE TRUE FALSE 37563306 -MEF2B TRUE TRUE TRUE TRUE FALSE TRUE 21796119 -MEF2C TRUE FALSE FALSE TRUE FALSE FALSE -MKI67 FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE TRUE 37493986 -MYC FALSE FALSE TRUE FALSE FALSE FALSE -MYD88 FALSE TRUE FALSE FALSE FALSE TRUE -NFKBIA FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE TRUE 37493986 -OR8H2 FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE TRUE 37493986 -P2RY8 FALSE TRUE FALSE FALSE FALSE FALSE -PCLO TRUE TRUE FALSE FALSE FALSE FALSE -PIM1 TRUE TRUE TRUE TRUE FALSE TRUE -POU2AF1 TRUE TRUE FALSE TRUE TRUE TRUE -POU2F2 TRUE FALSE FALSE TRUE TRUE FALSE -PTPRD TRUE TRUE FALSE FALSE FALSE FALSE -PZP FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE TRUE 37493986 -RRAGC TRUE TRUE FALSE TRUE FALSE FALSE -S1PR2 TRUE FALSE FALSE TRUE FALSE FALSE -SESN1 FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE 28659443 -STAB2 FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE TRUE 37493986 -SGK1 TRUE TRUE TRUE TRUE FALSE TRUE 21796119 -SOCS1 TRUE TRUE TRUE TRUE FALSE TRUE -SHROOM3 FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE TRUE 37493986 -SMARCA4 FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE TRUE 37493986 -SRRM2 FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE TRUE 37493986 -STAT6 TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE FALSE -TBL1XR1 TRUE TRUE FALSE FALSE FALSE TRUE -TMSB4X TRUE TRUE FALSE FALSE FALSE FALSE -TMEM30A FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE TRUE 21796119 -TNFAIP3 TRUE FALSE FALSE FALSE FALSE TRUE 21796119 -TNFRSF14 TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE 21796119 -TP53 TRUE TRUE FALSE TRUE FALSE TRUE 21796119 -VMA21 TRUE TRUE FALSE FALSE FALSE FALSE -ZC3H12A FALSE TRUE FALSE FALSE FALSE FALSE -XIRP2 FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE TRUE 37493986 +gene curated Dreval Crouch de_Leval Kalmbach Russler-Germain First_description frequency_GAMBL Comment +ABL2 FALSE FALSE FALSE FALSE TRUE FALSE 37563306 0.6928406466512702 NA +ACTB TRUE TRUE FALSE FALSE FALSE FALSE NA 5.311778290993072 aSHM +ARID1A TRUE FALSE TRUE TRUE FALSE FALSE NA 12.471131639722863 NA +ATP6AP1 TRUE TRUE FALSE TRUE FALSE FALSE NA 4.849884526558891 NA +ATP6V1B2 TRUE TRUE FALSE TRUE FALSE FALSE NA 7.390300230946882 NA +B2M TRUE TRUE FALSE TRUE FALSE TRUE 21796119 8.545034642032332 NA +BCL10 FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE TRUE 37493986 2.3094688221709005 NA +BCL2 TRUE TRUE TRUE TRUE FALSE TRUE 21796119 50.34642032332564 NA +BCL6 TRUE FALSE FALSE FALSE FALSE TRUE 37084389 5.773672055427252 aSHM +BCL7A TRUE FALSE TRUE TRUE TRUE TRUE NA 13.856812933025404 aSHM +BIRC6 TRUE TRUE FALSE FALSE FALSE FALSE NA 3.695150115473441 NA +BTG1 TRUE TRUE TRUE TRUE FALSE FALSE NA 6.466512702078522 aSHM +BTG2 TRUE TRUE TRUE FALSE FALSE TRUE 21796119 4.387990762124711 aSHM +BTK TRUE FALSE FALSE TRUE FALSE FALSE NA 6.928406466512702 NA +CARD11 TRUE FALSE FALSE TRUE FALSE TRUE 21796119 14.780600461893764 NA +CCND3 TRUE TRUE FALSE FALSE FALSE TRUE 21796119 3.233256351039261 NA +CD70 FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE TRUE 37493986 1.1547344110854503 NA +CD79B FALSE TRUE FALSE FALSE FALSE TRUE NA 2.771362586605081 NA +CD83 TRUE TRUE TRUE FALSE FALSE FALSE 37493986 1.8475750577367205 aSHM +CILP FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE TRUE 37493986 0.4618937644341801 NA +CREBBP TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE 21796119 65.1270207852194 NA +CTSS TRUE FALSE FALSE TRUE FALSE FALSE NA 3.9260969976905313 NA +CYP2A6 FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE TRUE 37493986 0.23094688221709006 NA +DDX3X FALSE TRUE FALSE FALSE FALSE FALSE 37084389 2.540415704387991 NA +DTX1 TRUE TRUE TRUE FALSE FALSE FALSE NA 5.542725173210162 NA +DUSP2 FALSE TRUE FALSE FALSE FALSE FALSE NA 2.3094688221709005 NA +EBF1 TRUE FALSE FALSE TRUE FALSE FALSE NA 8.545034642032332 NA +EP300 TRUE FALSE FALSE TRUE TRUE FALSE 21796119 12.471131639722863 NA +EZH2 TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE 20081860 24.942263279445726 NA +FAS TRUE TRUE FALSE FALSE FALSE TRUE 21796119 5.080831408775982 NA +FOXO1 TRUE FALSE TRUE TRUE FALSE TRUE 21796119 12.933025404157044 NA +GBP7 FALSE FALSE FALSE FALSE TRUE FALSE 37563306 0.23094688221709006 NA +GNA13 TRUE TRUE FALSE TRUE FALSE TRUE 21796119 10.161662817551964 NA +GNAI2 TRUE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE NA 4.157043879907621 NA +GRM6 FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE TRUE 37493986 0.9237875288683602 NA +HIST1H1B TRUE TRUE TRUE FALSE FALSE FALSE NA 5.542725173210162 aSHM +HIST1H1C TRUE TRUE TRUE TRUE FALSE FALSE 21796119 5.080831408775982 aSHM +HIST1H1D TRUE FALSE TRUE FALSE FALSE TRUE NA 3.233256351039261 aSHM +HIST1H1E TRUE TRUE TRUE TRUE FALSE TRUE NA 12.933025404157044 aSHM +HIST1H2AC TRUE FALSE TRUE FALSE FALSE TRUE NA 2.0785219399538106 aSHM +HIST1H2AG TRUE FALSE TRUE FALSE FALSE FALSE NA 2.0785219399538106 aSHM +HIST1H2AM TRUE FALSE TRUE FALSE FALSE TRUE NA 3.695150115473441 aSHM +HIST1H2BC TRUE FALSE TRUE FALSE FALSE FALSE NA 3.464203233256351 aSHM +HIST1H2BD TRUE FALSE TRUE FALSE FALSE FALSE NA 1.1547344110854503 aSHM +HIST1H2BG TRUE FALSE TRUE FALSE FALSE FALSE NA 2.0785219399538106 aSHM +HIST1H2BM FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE TRUE 37493986 0.6928406466512702 aSHM +HIST1H3B TRUE FALSE TRUE FALSE FALSE FALSE NA 1.6166281755196306 aSHM +HIST1H3G TRUE FALSE TRUE FALSE FALSE TRUE NA 1.6166281755196306 aSHM +HIST1H3I FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE TRUE 37493986 1.1547344110854503 aSHM +HLA-B FALSE TRUE FALSE FALSE FALSE FALSE NA 3.464203233256351 NA +HNRNPD FALSE TRUE FALSE FALSE FALSE FALSE NA 0 NA +HVCN1 TRUE FALSE FALSE TRUE FALSE FALSE NA 6.466512702078522 NA +ID3 FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE TRUE 37493986 0.9237875288683602 NA +IGLL5 FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE TRUE 37493986 35.33487297921478 aSHM/SHM. Unclear if this should be considered a gene +IRF4 TRUE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE NA 1.1547344110854503 LBCL-IRF4 +IRF8 TRUE FALSE TRUE TRUE TRUE FALSE 21796119 12.009237875288683 aSHM +ITPKB TRUE TRUE FALSE FALSE FALSE FALSE NA 3.233256351039261 NA +KIR3DL1 FALSE FALSE FALSE FALSE TRUE FALSE 37563306 1.1547344110854503 NA +KLF2 TRUE TRUE FALSE FALSE FALSE FALSE NA 2.3094688221709005 NA +KLHL6 TRUE FALSE FALSE TRUE FALSE TRUE 21796119 7.159353348729792 NA +KMT2D TRUE TRUE TRUE TRUE FALSE TRUE 21796119 67.6674364896074 NA +LTB TRUE FALSE FALSE TRUE FALSE FALSE NA 8.775981524249422 NA +MAGEC1 FALSE FALSE FALSE FALSE TRUE FALSE 37563306 1.8475750577367205 NA +MAP2K1 TRUE FALSE FALSE TRUE FALSE FALSE 27325104 1.3856812933025404 PTNFL +MAP7D1 FALSE FALSE FALSE FALSE TRUE FALSE 37563306 0 NA +MEF2B TRUE TRUE TRUE TRUE FALSE TRUE 21796119 12.933025404157044 NA +MEF2C TRUE FALSE FALSE TRUE FALSE FALSE NA 6.235565819861431 NA +MKI67 FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE TRUE 37493986 1.1547344110854503 NA +MYC FALSE FALSE TRUE FALSE FALSE FALSE NA 0.9237875288683602 NA +MYD88 FALSE TRUE FALSE FALSE FALSE TRUE NA 1.8475750577367205 NA +NFKBIA FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE TRUE 37493986 0.6928406466512702 NA +OR8H2 FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE TRUE 37493986 1.1547344110854503 NA +P2RY8 FALSE TRUE FALSE FALSE FALSE FALSE NA 2.3094688221709005 NA +PCLO TRUE TRUE FALSE FALSE FALSE FALSE NA 9.237875288683602 NA +PIM1 TRUE TRUE TRUE TRUE FALSE TRUE NA 9.237875288683602 NA +POU2AF1 TRUE TRUE FALSE TRUE TRUE TRUE NA 12.240184757505773 NA +POU2F2 TRUE FALSE FALSE TRUE TRUE FALSE NA 6.235565819861431 NA +PTPRD TRUE TRUE FALSE FALSE FALSE FALSE NA 3.695150115473441 NA +PZP FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE TRUE 37493986 0.9237875288683602 NA +RRAGC TRUE TRUE FALSE TRUE FALSE FALSE NA 10.854503464203233 NA +S1PR2 TRUE FALSE FALSE TRUE FALSE FALSE NA 6.235565819861431 NA +SESN1 FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE 28659443 0.23094688221709006 NA +SGK1 TRUE TRUE TRUE TRUE FALSE TRUE 21796119 6.0046189376443415 NA +SHROOM3 FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE TRUE 37493986 1.1547344110854503 NA +SMARCA4 TRUE FALSE FALSE FALSE FALSE TRUE 37493986 4.157043879907621 NA +SOCS1 TRUE TRUE TRUE TRUE FALSE TRUE NA 9.699769053117782 NA +SRRM2 FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE TRUE 37493986 1.3856812933025404 NA +STAB2 FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE TRUE 37493986 2.540415704387991 NA +STAT6 TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE FALSE NA 15.935334872979215 NA +TBL1XR1 TRUE TRUE FALSE FALSE FALSE TRUE NA 3.9260969976905313 NA +TMEM30A FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE TRUE 21796119 0.9237875288683602 NA +TMSB4X TRUE TRUE FALSE FALSE FALSE FALSE NA 4.387990762124711 NA +TNFAIP3 TRUE FALSE FALSE FALSE FALSE TRUE 21796119 4.849884526558891 NA +TNFRSF14 TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE 21796119 40.415704387990765 NA +TP53 TRUE TRUE FALSE TRUE FALSE TRUE 21796119 6.928406466512702 NA +VMA21 TRUE TRUE FALSE FALSE FALSE FALSE NA 5.080831408775982 NA +XIRP2 FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE TRUE 37493986 3.9260969976905313 NA +ZC3H12A FALSE TRUE FALSE FALSE FALSE FALSE NA 0.4618937644341801 NA