From 5c1a6eddcd7a6a37e1f65199afe583b5554a7ff8 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Nathanael Bosch Date: Tue, 14 Nov 2023 08:02:47 +0100 Subject: [PATCH] Re-run yet again and commit --- benchmarks/vanderpol.jmd | 10 +- .../benchmarks/figures/hodgkinhuxley_2_1.svg | 834 +++--- .../benchmarks/figures/hodgkinhuxley_3_1.svg | 404 ++- .../benchmarks/figures/hodgkinhuxley_4_1.svg | 398 ++- .../benchmarks/figures/hodgkinhuxley_6_1.svg | 316 ++- .../benchmarks/figures/hodgkinhuxley_7_1.svg | 312 ++- .../benchmarks/figures/hodgkinhuxley_8_1.svg | 166 ++ .../benchmarks/figures/lotkavolterra_10_1.svg | 738 +++--- .../benchmarks/figures/lotkavolterra_11_1.svg | 920 +++---- .../benchmarks/figures/lotkavolterra_12_1.svg | 850 +++---- .../benchmarks/figures/lotkavolterra_13_1.svg | 764 +++--- .../benchmarks/figures/lotkavolterra_14_1.svg | 698 ++--- .../benchmarks/figures/lotkavolterra_15_1.svg | 1086 ++++---- .../benchmarks/figures/lotkavolterra_16_1.svg | 612 ++--- .../benchmarks/figures/lotkavolterra_17_1.svg | 1070 ++++---- .../benchmarks/figures/lotkavolterra_18_1.svg | 2254 ++++++++--------- .../benchmarks/figures/lotkavolterra_2_1.svg | 266 +- .../benchmarks/figures/lotkavolterra_3_1.svg | 628 +++-- .../benchmarks/figures/lotkavolterra_4_1.svg | 600 ++--- .../benchmarks/figures/lotkavolterra_5_1.svg | 604 ++--- .../benchmarks/figures/lotkavolterra_6_1.svg | 620 +++-- .../benchmarks/figures/lotkavolterra_7_1.svg | 618 +++-- .../benchmarks/figures/lotkavolterra_8_1.svg | 616 +++-- .../benchmarks/figures/lotkavolterra_9_1.svg | 746 +++--- .../src/benchmarks/figures/vanderpol_10_1.svg | 292 +-- .../src/benchmarks/figures/vanderpol_11_1.svg | 250 +- .../src/benchmarks/figures/vanderpol_12_1.svg | 482 ++-- .../src/benchmarks/figures/vanderpol_13_1.svg | 670 +++-- .../src/benchmarks/figures/vanderpol_14_1.svg | 438 ++++ .../src/benchmarks/figures/vanderpol_15_1.svg | 537 ++++ docs/src/benchmarks/figures/vanderpol_2_1.svg | 250 +- docs/src/benchmarks/figures/vanderpol_3_1.svg | 428 ++-- docs/src/benchmarks/figures/vanderpol_4_1.svg | 648 +++-- docs/src/benchmarks/figures/vanderpol_5_1.svg | 819 +++--- docs/src/benchmarks/figures/vanderpol_6_1.svg | 529 +++- docs/src/benchmarks/figures/vanderpol_7_1.svg | 664 +++-- docs/src/benchmarks/figures/vanderpol_8_1.svg | 578 +++++ docs/src/benchmarks/figures/vanderpol_9_1.svg | 958 +++---- docs/src/benchmarks/hodgkinhuxley.md | 82 +- docs/src/benchmarks/lotkavolterra.md | 52 +- docs/src/benchmarks/vanderpol.md | 92 +- src/kronecker.jl | 34 +- 42 files changed, 13099 insertions(+), 10834 deletions(-) create mode 100644 docs/src/benchmarks/figures/hodgkinhuxley_8_1.svg create mode 100644 docs/src/benchmarks/figures/vanderpol_14_1.svg create mode 100644 docs/src/benchmarks/figures/vanderpol_15_1.svg create mode 100644 docs/src/benchmarks/figures/vanderpol_8_1.svg diff --git a/benchmarks/vanderpol.jmd b/benchmarks/vanderpol.jmd index 357e54ece..982db8385 100644 --- a/benchmarks/vanderpol.jmd +++ b/benchmarks/vanderpol.jmd @@ -107,17 +107,17 @@ plot(wp, x=:L2, palette=Plots.palette([:blue, :red], length(_setups))) ## Calibration ```julia -plot(wp, x=:final, y=:chi2_final, yguide="Chi-squared (final)" +plot(wp, x=:final, y=:chi2_final, yguide="Chi-squared (final)", palette=Plots.palette([:blue, :red], length(_setups))) ``` ```julia -plot(wp, x=:l2, y=:chi2_steps, yguide="Chi-squared (discrete steps)" +plot(wp, x=:l2, y=:chi2_steps, yguide="Chi-squared (discrete steps)", palette=Plots.palette([:blue, :red], length(_setups))) ``` ```julia -plot(wp, x=:L2, y=:chi2_interp, yguide="Chi-squared (dense)" +plot(wp, x=:L2, y=:chi2_interp, yguide="Chi-squared (dense)", palette=Plots.palette([:blue, :red], length(_setups))) ``` @@ -253,12 +253,12 @@ plot(wp, x=:L2, color=[1 1 1 1 2 2 2 2]) ### Calibration ```julia -plot(wp, x=:final, y=:chi2_final, yguide="Chi-squared (final)" +plot(wp, x=:final, y=:chi2_final, yguide="Chi-squared (final)", palette=Plots.palette([:blue, :red], length(_setups))) ``` ```julia -plot(wp, x=:L2, y=:chi2_interp, yguide="Chi-squared (dense)" +plot(wp, x=:L2, y=:chi2_interp, yguide="Chi-squared (dense)", palette=Plots.palette([:blue, :red], length(_setups))) ``` diff --git a/docs/src/benchmarks/figures/hodgkinhuxley_2_1.svg b/docs/src/benchmarks/figures/hodgkinhuxley_2_1.svg index e8687c815..232be5512 100644 --- a/docs/src/benchmarks/figures/hodgkinhuxley_2_1.svg +++ b/docs/src/benchmarks/figures/hodgkinhuxley_2_1.svg @@ -1,444 +1,444 @@ - 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+ - + - + - + - - + + - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + diff --git a/docs/src/benchmarks/figures/vanderpol_6_1.svg b/docs/src/benchmarks/figures/vanderpol_6_1.svg index 9cafdcd80..10cfbde20 100644 --- a/docs/src/benchmarks/figures/vanderpol_6_1.svg +++ b/docs/src/benchmarks/figures/vanderpol_6_1.svg @@ -1,140 +1,415 @@ - + - + - + - + - - + + - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + diff --git a/docs/src/benchmarks/figures/vanderpol_7_1.svg b/docs/src/benchmarks/figures/vanderpol_7_1.svg index a6d49930d..73e196595 100644 --- a/docs/src/benchmarks/figures/vanderpol_7_1.svg +++ b/docs/src/benchmarks/figures/vanderpol_7_1.svg @@ -1,256 +1,434 @@ - + - + - + - + - - + + - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + diff --git a/docs/src/benchmarks/figures/vanderpol_8_1.svg b/docs/src/benchmarks/figures/vanderpol_8_1.svg new file mode 100644 index 000000000..efae2c02e --- /dev/null +++ b/docs/src/benchmarks/figures/vanderpol_8_1.svg @@ -0,0 +1,578 @@ + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + diff --git a/docs/src/benchmarks/figures/vanderpol_9_1.svg b/docs/src/benchmarks/figures/vanderpol_9_1.svg index b02d356ba..90ceaad02 100644 --- a/docs/src/benchmarks/figures/vanderpol_9_1.svg +++ b/docs/src/benchmarks/figures/vanderpol_9_1.svg @@ -1,501 +1,501 @@ - + - + - + - + - + - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + - + - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + - + - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + diff --git a/docs/src/benchmarks/hodgkinhuxley.md b/docs/src/benchmarks/hodgkinhuxley.md index d4aa29e77..2e671b65f 100644 --- a/docs/src/benchmarks/hodgkinhuxley.md +++ b/docs/src/benchmarks/hodgkinhuxley.md @@ -119,11 +119,7 @@ wp = WorkPrecisionSet( plot(wp, title="Adaptive steps - no smoothing", color=colors) ``` -``` -Error: InterruptException: -``` - - +![](figures/hodgkinhuxley_3_1.svg) @@ -161,11 +157,7 @@ wp = WorkPrecisionSet( plot(wp, title="Adaptive steps - with smoothing", color=colors) ``` -``` -Error: InterruptException: -``` - - +![](figures/hodgkinhuxley_4_1.svg) @@ -215,11 +207,7 @@ wp = WorkPrecisionSet( plot(wp, title="Fixed steps - no smoothing", color=colors) ``` -``` -Error: InterruptException: -``` - - +![](figures/hodgkinhuxley_6_1.svg) @@ -258,11 +246,7 @@ wp = WorkPrecisionSet( plot(wp, title="Fixed steps - with smoothing", color=colors) ``` -``` -Error: InterruptException: -``` - - +![](figures/hodgkinhuxley_7_1.svg) @@ -271,11 +255,7 @@ Dense errors plot(wp, x=:L2, title="Adaptive steps - with smoothing", color=colors) ``` -``` -Error: UndefVarError: `wp` not defined -``` - - +![](figures/hodgkinhuxley_8_1.svg) @@ -294,11 +274,11 @@ Build Info: Official https://julialang.org/ release Platform Info: OS: Linux (x86_64-linux-gnu) - CPU: 6 × 13th Gen Intel(R) Core(TM) i9-13900K + CPU: 12 × Intel(R) Core(TM) i7-6800K CPU @ 3.40GHz WORD_SIZE: 64 LIBM: libopenlibm - LLVM: libLLVM-14.0.6 (ORCJIT, goldmont) - Threads: 6 on 6 virtual cores + LLVM: libLLVM-14.0.6 (ORCJIT, broadwell) + Threads: 12 on 12 virtual cores Environment: JULIA_NUM_THREADS = auto JULIA_STACKTRACE_MINIMAL = true @@ -321,6 +301,7 @@ Status `~/.julia/dev/ProbNumDiffEq/benchmarks/Project.toml` [7073ff75] IJulia v1.24.2 [7f56f5a3] LSODA v0.7.5 [e6f89c97] LoggingExtras v1.0.3 + [e2752cbe] MATLABDiffEq v1.2.0 [961ee093] ModelingToolkit v8.72.2 [54ca160b] ODEInterface v0.5.0 [09606e27] ODEInterfaceDiffEq v3.13.3 @@ -328,13 +309,15 @@ Status `~/.julia/dev/ProbNumDiffEq/benchmarks/Project.toml` [65888b18] ParameterizedFunctions v5.16.0 [91a5bcdd] Plots v1.39.0 [bf3e78b0] ProbNumDiffEq v0.13.0 `~/.julia/dev/ProbNumDiffEq` - [0bca4576] SciMLBase v2.8.0 +⌃ [0bca4576] SciMLBase v2.7.3 [505e40e9] SciPyDiffEq v0.2.1 [ce78b400] SimpleUnPack v1.1.0 [90137ffa] StaticArrays v1.6.5 [c3572dad] Sundials v4.20.1 [44d3d7a6] Weave v0.10.12 [0518478a] deSolveDiffEq v0.1.1 +Info Packages marked with ⌃ have new versions available and may be upgradab +le. ``` @@ -352,14 +335,13 @@ Status `~/.julia/dev/ProbNumDiffEq/benchmarks/Manifest.toml` ⌅ [c3fe647b] AbstractAlgebra v0.32.5 [621f4979] AbstractFFTs v1.5.0 [1520ce14] AbstractTrees v0.4.4 - [7d9f7c33] Accessors v0.1.33 [79e6a3ab] Adapt v3.7.1 [ec485272] ArnoldiMethod v0.2.0 [c9d4266f] ArrayAllocators v0.3.0 [4fba245c] ArrayInterface v7.5.1 [6e4b80f9] BenchmarkTools v1.3.2 [e2ed5e7c] Bijections v0.1.6 - [d1d4a3ce] BitFlags v0.1.8 +⌃ [d1d4a3ce] BitFlags v0.1.7 [62783981] BitTwiddlingConvenienceFunctions v0.1.5 [fa961155] CEnum v0.5.0 [2a0fbf3d] CPUSummary v0.2.4 @@ -379,7 +361,6 @@ Status `~/.julia/dev/ProbNumDiffEq/benchmarks/Manifest.toml` [bbf7d656] CommonSubexpressions v0.3.0 [34da2185] Compat v4.10.0 [b152e2b5] CompositeTypes v0.1.3 - [a33af91c] CompositionsBase v0.1.2 [2569d6c7] ConcreteStructs v0.2.3 [f0e56b4a] ConcurrentUtilities v2.3.0 [8f4d0f93] Conda v1.9.1 @@ -415,7 +396,7 @@ Status `~/.julia/dev/ProbNumDiffEq/benchmarks/Manifest.toml` [e2ba6199] ExprTools v0.1.10 [c87230d0] FFMPEG v0.4.1 [7a1cc6ca] FFTW v1.7.1 - [7034ab61] FastBroadcast v0.2.7 +⌃ [7034ab61] FastBroadcast v0.2.7 [9aa1b823] FastClosures v0.3.2 [442a2c76] FastGaussQuadrature v1.0.0 [29a986be] FastLapackInterface v2.0.0 @@ -446,7 +427,6 @@ Status `~/.julia/dev/ProbNumDiffEq/benchmarks/Manifest.toml` [842dd82b] InlineStrings v1.4.0 [18e54dd8] IntegerMathUtils v0.1.2 [8197267c] IntervalSets v0.7.8 - [3587e190] InverseFunctions v0.1.12 [41ab1584] InvertedIndices v1.3.0 [92d709cd] IrrationalConstants v0.2.2 [c8e1da08] IterTools v1.8.0 @@ -464,19 +444,21 @@ Status `~/.julia/dev/ProbNumDiffEq/benchmarks/Manifest.toml` [2ee39098] LabelledArrays v1.14.0 [984bce1d] LambertW v0.4.6 [23fbe1c1] Latexify v0.16.1 - [73f95e8e] LatticeRules v0.0.1 [10f19ff3] LayoutPointers v0.1.15 [50d2b5c4] Lazy v0.15.1 [1d6d02ad] LeftChildRightSiblingTrees v0.2.0 [d3d80556] LineSearches v7.2.0 - [7ed4a6bd] LinearSolve v2.20.0 +⌃ [7ed4a6bd] LinearSolve v2.17.1 [2ab3a3ac] LogExpFunctions v0.3.26 [e6f89c97] LoggingExtras v1.0.3 [bdcacae8] LoopVectorization v0.12.166 + [10e44e05] MATLAB v0.8.4 + [e2752cbe] MATLABDiffEq v1.2.0 + [33e6dc65] MKL v0.6.1 [d8e11817] MLStyle v0.4.17 [1914dd2f] MacroTools v0.5.11 [d125e4d3] ManualMemory v0.1.8 - [739be429] MbedTLS v1.1.8 +⌃ [739be429] MbedTLS v1.1.7 [442fdcdd] Measures v0.3.2 [e1d29d7a] Missings v1.1.0 [961ee093] ModelingToolkit v8.72.2 @@ -497,12 +479,12 @@ Status `~/.julia/dev/ProbNumDiffEq/benchmarks/Manifest.toml` [429524aa] Optim v1.7.8 [bac558e1] OrderedCollections v1.6.2 [1dea7af3] OrdinaryDiffEq v6.59.0 - [90014a1f] PDMats v0.11.29 +⌃ [90014a1f] PDMats v0.11.28 [fe68d972] PSDMatrices v0.4.6 [65ce6f38] PackageExtensionCompat v1.0.2 [65888b18] ParameterizedFunctions v5.16.0 [d96e819e] Parameters v0.12.3 - [69de0a69] Parsers v2.8.0 +⌃ [69de0a69] Parsers v2.7.2 [b98c9c47] Pipe v1.3.0 [32113eaa] PkgBenchmark v0.2.12 [ccf2f8ad] PlotThemes v3.1.0 @@ -518,12 +500,11 @@ Status `~/.julia/dev/ProbNumDiffEq/benchmarks/Manifest.toml` [aea7be01] PrecompileTools v1.2.0 [21216c6a] Preferences v1.4.1 [08abe8d2] PrettyTables v2.2.8 - [27ebfcd6] Primes v0.5.5 +⌃ [27ebfcd6] Primes v0.5.4 [bf3e78b0] ProbNumDiffEq v0.13.0 `~/.julia/dev/ProbNumDiffEq` [33c8b6b6] ProgressLogging v0.1.4 - [438e738f] PyCall v1.96.2 +⌃ [438e738f] PyCall v1.96.1 [1fd47b50] QuadGK v2.9.1 - [8a4e6c94] QuasiMonteCarlo v0.3.2 [6f49c342] RCall v0.13.18 [74087812] Random123 v1.6.1 [fb686558] RandomExtensions v0.4.4 @@ -531,7 +512,7 @@ Status `~/.julia/dev/ProbNumDiffEq/benchmarks/Manifest.toml` [3cdcf5f2] RecipesBase v1.3.4 [01d81517] RecipesPipeline v0.6.12 [731186ca] RecursiveArrayTools v2.38.10 - [f2c3362d] RecursiveFactorization v0.2.21 +⌃ [f2c3362d] RecursiveFactorization v0.2.20 [189a3867] Reexport v1.2.2 [05181044] RelocatableFolders v1.0.1 [ae029012] Requires v1.3.0 @@ -542,7 +523,7 @@ Status `~/.julia/dev/ProbNumDiffEq/benchmarks/Manifest.toml` [fdea26ae] SIMD v3.4.6 [94e857df] SIMDTypes v0.1.0 [476501e8] SLEEFPirates v0.6.42 - [0bca4576] SciMLBase v2.8.0 +⌃ [0bca4576] SciMLBase v2.7.3 [e9a6253c] SciMLNLSolve v0.1.9 [c0aeaf25] SciMLOperators v0.3.7 [505e40e9] SciPyDiffEq v0.2.1 @@ -556,7 +537,6 @@ Status `~/.julia/dev/ProbNumDiffEq/benchmarks/Manifest.toml` [699a6c99] SimpleTraits v0.9.4 [ce78b400] SimpleUnPack v1.1.0 [66db9d55] SnoopPrecompile v1.0.3 - [ed01d8cd] Sobol v1.5.0 [b85f4697] SoftGlobalScope v1.1.0 [a2af1166] SortingAlgorithms v1.2.0 [47a9eef4] SparseDiffTools v2.11.0 @@ -571,7 +551,7 @@ Status `~/.julia/dev/ProbNumDiffEq/benchmarks/Manifest.toml` [2913bbd2] StatsBase v0.34.2 [4c63d2b9] StatsFuns v1.3.0 [3eaba693] StatsModels v0.7.3 - [7792a7ef] StrideArraysCore v0.5.1 +⌅ [7792a7ef] StrideArraysCore v0.4.17 [69024149] StringEncodings v0.3.7 [892a3eda] StringManipulation v0.3.4 [09ab397b] StructArrays v0.6.16 @@ -581,7 +561,7 @@ Status `~/.julia/dev/ProbNumDiffEq/benchmarks/Manifest.toml` [0c5d862f] Symbolics v5.10.0 [3783bdb8] TableTraits v1.0.1 [bd369af6] Tables v1.11.1 - [92b13dbe] TaylorIntegration v0.14.3 +⌃ [92b13dbe] TaylorIntegration v0.14.3 [6aa5eb33] TaylorSeries v0.15.2 [62fd8b95] TensorCore v0.1.1 [5d786b92] TerminalLoggers v0.1.7 @@ -597,7 +577,7 @@ Status `~/.julia/dev/ProbNumDiffEq/benchmarks/Manifest.toml` [5c2747f8] URIs v1.5.1 [3a884ed6] UnPack v1.0.2 [1cfade01] UnicodeFun v0.4.1 - [1986cc42] Unitful v1.18.0 +⌃ [1986cc42] Unitful v1.17.0 [45397f5d] UnitfulLatexify v1.6.3 [a7c27f48] Unityper v0.1.5 [41fe7b60] Unzip v0.2.0 @@ -744,9 +724,9 @@ Status `~/.julia/dev/ProbNumDiffEq/benchmarks/Manifest.toml` [8e850b90] libblastrampoline_jll v5.8.0+0 [8e850ede] nghttp2_jll v1.48.0+0 [3f19e933] p7zip_jll v17.4.0+0 -Info Packages marked with ⌅ have new versions available but compatibility c -onstraints restrict them from upgrading. To see why use `status --outdated --m` +Info Packages marked with ⌃ and ⌅ have new versions available, but those wi +th ⌅ are restricted by compatibility constraints from upgrading. To see why + use `status --outdated -m` ``` diff --git a/docs/src/benchmarks/lotkavolterra.md b/docs/src/benchmarks/lotkavolterra.md index 2e70b5d05..7f0d3dc45 100644 --- a/docs/src/benchmarks/lotkavolterra.md +++ b/docs/src/benchmarks/lotkavolterra.md @@ -483,11 +483,11 @@ Build Info: Official https://julialang.org/ release Platform Info: OS: Linux (x86_64-linux-gnu) - CPU: 6 × 13th Gen Intel(R) Core(TM) i9-13900K + CPU: 12 × Intel(R) Core(TM) i7-6800K CPU @ 3.40GHz WORD_SIZE: 64 LIBM: libopenlibm - LLVM: libLLVM-14.0.6 (ORCJIT, goldmont) - Threads: 6 on 6 virtual cores + LLVM: libLLVM-14.0.6 (ORCJIT, broadwell) + Threads: 12 on 12 virtual cores Environment: JULIA_NUM_THREADS = auto JULIA_STACKTRACE_MINIMAL = true @@ -510,6 +510,7 @@ Status `~/.julia/dev/ProbNumDiffEq/benchmarks/Project.toml` [7073ff75] IJulia v1.24.2 [7f56f5a3] LSODA v0.7.5 [e6f89c97] LoggingExtras v1.0.3 + [e2752cbe] MATLABDiffEq v1.2.0 [961ee093] ModelingToolkit v8.72.2 [54ca160b] ODEInterface v0.5.0 [09606e27] ODEInterfaceDiffEq v3.13.3 @@ -517,13 +518,15 @@ Status `~/.julia/dev/ProbNumDiffEq/benchmarks/Project.toml` [65888b18] ParameterizedFunctions v5.16.0 [91a5bcdd] Plots v1.39.0 [bf3e78b0] ProbNumDiffEq v0.13.0 `~/.julia/dev/ProbNumDiffEq` - [0bca4576] SciMLBase v2.8.0 +⌃ [0bca4576] SciMLBase v2.7.3 [505e40e9] SciPyDiffEq v0.2.1 [ce78b400] SimpleUnPack v1.1.0 [90137ffa] StaticArrays v1.6.5 [c3572dad] Sundials v4.20.1 [44d3d7a6] Weave v0.10.12 [0518478a] deSolveDiffEq v0.1.1 +Info Packages marked with ⌃ have new versions available and may be upgradab +le. ``` @@ -541,14 +544,13 @@ Status `~/.julia/dev/ProbNumDiffEq/benchmarks/Manifest.toml` ⌅ [c3fe647b] AbstractAlgebra v0.32.5 [621f4979] AbstractFFTs v1.5.0 [1520ce14] AbstractTrees v0.4.4 - [7d9f7c33] Accessors v0.1.33 [79e6a3ab] Adapt v3.7.1 [ec485272] ArnoldiMethod v0.2.0 [c9d4266f] ArrayAllocators v0.3.0 [4fba245c] ArrayInterface v7.5.1 [6e4b80f9] BenchmarkTools v1.3.2 [e2ed5e7c] Bijections v0.1.6 - [d1d4a3ce] BitFlags v0.1.8 +⌃ [d1d4a3ce] BitFlags v0.1.7 [62783981] BitTwiddlingConvenienceFunctions v0.1.5 [fa961155] CEnum v0.5.0 [2a0fbf3d] CPUSummary v0.2.4 @@ -568,7 +570,6 @@ Status `~/.julia/dev/ProbNumDiffEq/benchmarks/Manifest.toml` [bbf7d656] CommonSubexpressions v0.3.0 [34da2185] Compat v4.10.0 [b152e2b5] CompositeTypes v0.1.3 - [a33af91c] CompositionsBase v0.1.2 [2569d6c7] ConcreteStructs v0.2.3 [f0e56b4a] ConcurrentUtilities v2.3.0 [8f4d0f93] Conda v1.9.1 @@ -604,7 +605,7 @@ Status `~/.julia/dev/ProbNumDiffEq/benchmarks/Manifest.toml` [e2ba6199] ExprTools v0.1.10 [c87230d0] FFMPEG v0.4.1 [7a1cc6ca] FFTW v1.7.1 - [7034ab61] FastBroadcast v0.2.7 +⌃ [7034ab61] FastBroadcast v0.2.7 [9aa1b823] FastClosures v0.3.2 [442a2c76] FastGaussQuadrature v1.0.0 [29a986be] FastLapackInterface v2.0.0 @@ -635,7 +636,6 @@ Status `~/.julia/dev/ProbNumDiffEq/benchmarks/Manifest.toml` [842dd82b] InlineStrings v1.4.0 [18e54dd8] IntegerMathUtils v0.1.2 [8197267c] IntervalSets v0.7.8 - [3587e190] InverseFunctions v0.1.12 [41ab1584] InvertedIndices v1.3.0 [92d709cd] IrrationalConstants v0.2.2 [c8e1da08] IterTools v1.8.0 @@ -653,19 +653,21 @@ Status `~/.julia/dev/ProbNumDiffEq/benchmarks/Manifest.toml` [2ee39098] LabelledArrays v1.14.0 [984bce1d] LambertW v0.4.6 [23fbe1c1] Latexify v0.16.1 - [73f95e8e] LatticeRules v0.0.1 [10f19ff3] LayoutPointers v0.1.15 [50d2b5c4] Lazy v0.15.1 [1d6d02ad] LeftChildRightSiblingTrees v0.2.0 [d3d80556] LineSearches v7.2.0 - [7ed4a6bd] LinearSolve v2.20.0 +⌃ [7ed4a6bd] LinearSolve v2.17.1 [2ab3a3ac] LogExpFunctions v0.3.26 [e6f89c97] LoggingExtras v1.0.3 [bdcacae8] LoopVectorization v0.12.166 + [10e44e05] MATLAB v0.8.4 + [e2752cbe] MATLABDiffEq v1.2.0 + [33e6dc65] MKL v0.6.1 [d8e11817] MLStyle v0.4.17 [1914dd2f] MacroTools v0.5.11 [d125e4d3] ManualMemory v0.1.8 - [739be429] MbedTLS v1.1.8 +⌃ [739be429] MbedTLS v1.1.7 [442fdcdd] Measures v0.3.2 [e1d29d7a] Missings v1.1.0 [961ee093] ModelingToolkit v8.72.2 @@ -686,12 +688,12 @@ Status `~/.julia/dev/ProbNumDiffEq/benchmarks/Manifest.toml` [429524aa] Optim v1.7.8 [bac558e1] OrderedCollections v1.6.2 [1dea7af3] OrdinaryDiffEq v6.59.0 - [90014a1f] PDMats v0.11.29 +⌃ [90014a1f] PDMats v0.11.28 [fe68d972] PSDMatrices v0.4.6 [65ce6f38] PackageExtensionCompat v1.0.2 [65888b18] ParameterizedFunctions v5.16.0 [d96e819e] Parameters v0.12.3 - [69de0a69] Parsers v2.8.0 +⌃ [69de0a69] Parsers v2.7.2 [b98c9c47] Pipe v1.3.0 [32113eaa] PkgBenchmark v0.2.12 [ccf2f8ad] PlotThemes v3.1.0 @@ -707,12 +709,11 @@ Status `~/.julia/dev/ProbNumDiffEq/benchmarks/Manifest.toml` [aea7be01] PrecompileTools v1.2.0 [21216c6a] Preferences v1.4.1 [08abe8d2] PrettyTables v2.2.8 - [27ebfcd6] Primes v0.5.5 +⌃ [27ebfcd6] Primes v0.5.4 [bf3e78b0] ProbNumDiffEq v0.13.0 `~/.julia/dev/ProbNumDiffEq` [33c8b6b6] ProgressLogging v0.1.4 - [438e738f] PyCall v1.96.2 +⌃ [438e738f] PyCall v1.96.1 [1fd47b50] QuadGK v2.9.1 - [8a4e6c94] QuasiMonteCarlo v0.3.2 [6f49c342] RCall v0.13.18 [74087812] Random123 v1.6.1 [fb686558] RandomExtensions v0.4.4 @@ -720,7 +721,7 @@ Status `~/.julia/dev/ProbNumDiffEq/benchmarks/Manifest.toml` [3cdcf5f2] RecipesBase v1.3.4 [01d81517] RecipesPipeline v0.6.12 [731186ca] RecursiveArrayTools v2.38.10 - [f2c3362d] RecursiveFactorization v0.2.21 +⌃ [f2c3362d] RecursiveFactorization v0.2.20 [189a3867] Reexport v1.2.2 [05181044] RelocatableFolders v1.0.1 [ae029012] Requires v1.3.0 @@ -731,7 +732,7 @@ Status `~/.julia/dev/ProbNumDiffEq/benchmarks/Manifest.toml` [fdea26ae] SIMD v3.4.6 [94e857df] SIMDTypes v0.1.0 [476501e8] SLEEFPirates v0.6.42 - [0bca4576] SciMLBase v2.8.0 +⌃ [0bca4576] SciMLBase v2.7.3 [e9a6253c] SciMLNLSolve v0.1.9 [c0aeaf25] SciMLOperators v0.3.7 [505e40e9] SciPyDiffEq v0.2.1 @@ -745,7 +746,6 @@ Status `~/.julia/dev/ProbNumDiffEq/benchmarks/Manifest.toml` [699a6c99] SimpleTraits v0.9.4 [ce78b400] SimpleUnPack v1.1.0 [66db9d55] SnoopPrecompile v1.0.3 - [ed01d8cd] Sobol v1.5.0 [b85f4697] SoftGlobalScope v1.1.0 [a2af1166] SortingAlgorithms v1.2.0 [47a9eef4] SparseDiffTools v2.11.0 @@ -760,7 +760,7 @@ Status `~/.julia/dev/ProbNumDiffEq/benchmarks/Manifest.toml` [2913bbd2] StatsBase v0.34.2 [4c63d2b9] StatsFuns v1.3.0 [3eaba693] StatsModels v0.7.3 - [7792a7ef] StrideArraysCore v0.5.1 +⌅ [7792a7ef] StrideArraysCore v0.4.17 [69024149] StringEncodings v0.3.7 [892a3eda] StringManipulation v0.3.4 [09ab397b] StructArrays v0.6.16 @@ -770,7 +770,7 @@ Status `~/.julia/dev/ProbNumDiffEq/benchmarks/Manifest.toml` [0c5d862f] Symbolics v5.10.0 [3783bdb8] TableTraits v1.0.1 [bd369af6] Tables v1.11.1 - [92b13dbe] TaylorIntegration v0.14.3 +⌃ [92b13dbe] TaylorIntegration v0.14.3 [6aa5eb33] TaylorSeries v0.15.2 [62fd8b95] TensorCore v0.1.1 [5d786b92] TerminalLoggers v0.1.7 @@ -786,7 +786,7 @@ Status `~/.julia/dev/ProbNumDiffEq/benchmarks/Manifest.toml` [5c2747f8] URIs v1.5.1 [3a884ed6] UnPack v1.0.2 [1cfade01] UnicodeFun v0.4.1 - [1986cc42] Unitful v1.18.0 +⌃ [1986cc42] Unitful v1.17.0 [45397f5d] UnitfulLatexify v1.6.3 [a7c27f48] Unityper v0.1.5 [41fe7b60] Unzip v0.2.0 @@ -933,9 +933,9 @@ Status `~/.julia/dev/ProbNumDiffEq/benchmarks/Manifest.toml` [8e850b90] libblastrampoline_jll v5.8.0+0 [8e850ede] nghttp2_jll v1.48.0+0 [3f19e933] p7zip_jll v17.4.0+0 -Info Packages marked with ⌅ have new versions available but compatibility c -onstraints restrict them from upgrading. To see why use `status --outdated --m` +Info Packages marked with ⌃ and ⌅ have new versions available, but those wi +th ⌅ are restricted by compatibility constraints from upgrading. To see why + use `status --outdated -m` ``` diff --git a/docs/src/benchmarks/vanderpol.md b/docs/src/benchmarks/vanderpol.md index 9b52b0035..a618b840f 100644 --- a/docs/src/benchmarks/vanderpol.md +++ b/docs/src/benchmarks/vanderpol.md @@ -126,37 +126,25 @@ plot(wp, x=:L2, palette=Plots.palette([:blue, :red], length(_setups))) ## Calibration ```julia -plot(wp, x=:final, y=:chi2_final, yguide="Chi-squared (final)" +plot(wp, x=:final, y=:chi2_final, yguide="Chi-squared (final)", palette=Plots.palette([:blue, :red], length(_setups))) ``` -``` -Error: syntax: missing comma or ) in argument list -``` - - +![](figures/vanderpol_6_1.svg) ```julia -plot(wp, x=:l2, y=:chi2_steps, yguide="Chi-squared (discrete steps)" +plot(wp, x=:l2, y=:chi2_steps, yguide="Chi-squared (discrete steps)", palette=Plots.palette([:blue, :red], length(_setups))) ``` -``` -Error: syntax: missing comma or ) in argument list -``` - - +![](figures/vanderpol_7_1.svg) ```julia -plot(wp, x=:L2, y=:chi2_interp, yguide="Chi-squared (dense)" +plot(wp, x=:L2, y=:chi2_interp, yguide="Chi-squared (dense)", palette=Plots.palette([:blue, :red], length(_setups))) ``` -``` -Error: syntax: missing comma or ) in argument list -``` - - +![](figures/vanderpol_8_1.svg) @@ -306,26 +294,18 @@ plot(wp, x=:L2, color=[1 1 1 1 2 2 2 2]) ### Calibration ```julia -plot(wp, x=:final, y=:chi2_final, yguide="Chi-squared (final)" +plot(wp, x=:final, y=:chi2_final, yguide="Chi-squared (final)", palette=Plots.palette([:blue, :red], length(_setups))) ``` -``` -Error: syntax: missing comma or ) in argument list -``` - - +![](figures/vanderpol_14_1.svg) ```julia -plot(wp, x=:L2, y=:chi2_interp, yguide="Chi-squared (dense)" +plot(wp, x=:L2, y=:chi2_interp, yguide="Chi-squared (dense)", palette=Plots.palette([:blue, :red], length(_setups))) ``` -``` -Error: syntax: missing comma or ) in argument list -``` - - +![](figures/vanderpol_15_1.svg) @@ -345,11 +325,11 @@ Build Info: Official https://julialang.org/ release Platform Info: OS: Linux (x86_64-linux-gnu) - CPU: 6 × 13th Gen Intel(R) Core(TM) i9-13900K + CPU: 12 × Intel(R) Core(TM) i7-6800K CPU @ 3.40GHz WORD_SIZE: 64 LIBM: libopenlibm - LLVM: libLLVM-14.0.6 (ORCJIT, goldmont) - Threads: 6 on 6 virtual cores + LLVM: libLLVM-14.0.6 (ORCJIT, broadwell) + Threads: 12 on 12 virtual cores Environment: JULIA_NUM_THREADS = auto JULIA_STACKTRACE_MINIMAL = true @@ -372,6 +352,7 @@ Status `~/.julia/dev/ProbNumDiffEq/benchmarks/Project.toml` [7073ff75] IJulia v1.24.2 [7f56f5a3] LSODA v0.7.5 [e6f89c97] LoggingExtras v1.0.3 + [e2752cbe] MATLABDiffEq v1.2.0 [961ee093] ModelingToolkit v8.72.2 [54ca160b] ODEInterface v0.5.0 [09606e27] ODEInterfaceDiffEq v3.13.3 @@ -379,13 +360,15 @@ Status `~/.julia/dev/ProbNumDiffEq/benchmarks/Project.toml` [65888b18] ParameterizedFunctions v5.16.0 [91a5bcdd] Plots v1.39.0 [bf3e78b0] ProbNumDiffEq v0.13.0 `~/.julia/dev/ProbNumDiffEq` - [0bca4576] SciMLBase v2.8.0 +⌃ [0bca4576] SciMLBase v2.7.3 [505e40e9] SciPyDiffEq v0.2.1 [ce78b400] SimpleUnPack v1.1.0 [90137ffa] StaticArrays v1.6.5 [c3572dad] Sundials v4.20.1 [44d3d7a6] Weave v0.10.12 [0518478a] deSolveDiffEq v0.1.1 +Info Packages marked with ⌃ have new versions available and may be upgradab +le. ``` @@ -403,14 +386,13 @@ Status `~/.julia/dev/ProbNumDiffEq/benchmarks/Manifest.toml` ⌅ [c3fe647b] AbstractAlgebra v0.32.5 [621f4979] AbstractFFTs v1.5.0 [1520ce14] AbstractTrees v0.4.4 - [7d9f7c33] Accessors v0.1.33 [79e6a3ab] Adapt v3.7.1 [ec485272] ArnoldiMethod v0.2.0 [c9d4266f] ArrayAllocators v0.3.0 [4fba245c] ArrayInterface v7.5.1 [6e4b80f9] BenchmarkTools v1.3.2 [e2ed5e7c] Bijections v0.1.6 - [d1d4a3ce] BitFlags v0.1.8 +⌃ [d1d4a3ce] BitFlags v0.1.7 [62783981] BitTwiddlingConvenienceFunctions v0.1.5 [fa961155] CEnum v0.5.0 [2a0fbf3d] CPUSummary v0.2.4 @@ -430,7 +412,6 @@ Status `~/.julia/dev/ProbNumDiffEq/benchmarks/Manifest.toml` [bbf7d656] CommonSubexpressions v0.3.0 [34da2185] Compat v4.10.0 [b152e2b5] CompositeTypes v0.1.3 - [a33af91c] CompositionsBase v0.1.2 [2569d6c7] ConcreteStructs v0.2.3 [f0e56b4a] ConcurrentUtilities v2.3.0 [8f4d0f93] Conda v1.9.1 @@ -466,7 +447,7 @@ Status `~/.julia/dev/ProbNumDiffEq/benchmarks/Manifest.toml` [e2ba6199] ExprTools v0.1.10 [c87230d0] FFMPEG v0.4.1 [7a1cc6ca] FFTW v1.7.1 - [7034ab61] FastBroadcast v0.2.7 +⌃ [7034ab61] FastBroadcast v0.2.7 [9aa1b823] FastClosures v0.3.2 [442a2c76] FastGaussQuadrature v1.0.0 [29a986be] FastLapackInterface v2.0.0 @@ -497,7 +478,6 @@ Status `~/.julia/dev/ProbNumDiffEq/benchmarks/Manifest.toml` [842dd82b] InlineStrings v1.4.0 [18e54dd8] IntegerMathUtils v0.1.2 [8197267c] IntervalSets v0.7.8 - [3587e190] InverseFunctions v0.1.12 [41ab1584] InvertedIndices v1.3.0 [92d709cd] IrrationalConstants v0.2.2 [c8e1da08] IterTools v1.8.0 @@ -515,19 +495,21 @@ Status `~/.julia/dev/ProbNumDiffEq/benchmarks/Manifest.toml` [2ee39098] LabelledArrays v1.14.0 [984bce1d] LambertW v0.4.6 [23fbe1c1] Latexify v0.16.1 - [73f95e8e] LatticeRules v0.0.1 [10f19ff3] LayoutPointers v0.1.15 [50d2b5c4] Lazy v0.15.1 [1d6d02ad] LeftChildRightSiblingTrees v0.2.0 [d3d80556] LineSearches v7.2.0 - [7ed4a6bd] LinearSolve v2.20.0 +⌃ [7ed4a6bd] LinearSolve v2.17.1 [2ab3a3ac] LogExpFunctions v0.3.26 [e6f89c97] LoggingExtras v1.0.3 [bdcacae8] LoopVectorization v0.12.166 + [10e44e05] MATLAB v0.8.4 + [e2752cbe] MATLABDiffEq v1.2.0 + [33e6dc65] MKL v0.6.1 [d8e11817] MLStyle v0.4.17 [1914dd2f] MacroTools v0.5.11 [d125e4d3] ManualMemory v0.1.8 - [739be429] MbedTLS v1.1.8 +⌃ [739be429] MbedTLS v1.1.7 [442fdcdd] Measures v0.3.2 [e1d29d7a] Missings v1.1.0 [961ee093] ModelingToolkit v8.72.2 @@ -548,12 +530,12 @@ Status `~/.julia/dev/ProbNumDiffEq/benchmarks/Manifest.toml` [429524aa] Optim v1.7.8 [bac558e1] OrderedCollections v1.6.2 [1dea7af3] OrdinaryDiffEq v6.59.0 - [90014a1f] PDMats v0.11.29 +⌃ [90014a1f] PDMats v0.11.28 [fe68d972] PSDMatrices v0.4.6 [65ce6f38] PackageExtensionCompat v1.0.2 [65888b18] ParameterizedFunctions v5.16.0 [d96e819e] Parameters v0.12.3 - [69de0a69] Parsers v2.8.0 +⌃ [69de0a69] Parsers v2.7.2 [b98c9c47] Pipe v1.3.0 [32113eaa] PkgBenchmark v0.2.12 [ccf2f8ad] PlotThemes v3.1.0 @@ -569,12 +551,11 @@ Status `~/.julia/dev/ProbNumDiffEq/benchmarks/Manifest.toml` [aea7be01] PrecompileTools v1.2.0 [21216c6a] Preferences v1.4.1 [08abe8d2] PrettyTables v2.2.8 - [27ebfcd6] Primes v0.5.5 +⌃ [27ebfcd6] Primes v0.5.4 [bf3e78b0] ProbNumDiffEq v0.13.0 `~/.julia/dev/ProbNumDiffEq` [33c8b6b6] ProgressLogging v0.1.4 - [438e738f] PyCall v1.96.2 +⌃ [438e738f] PyCall v1.96.1 [1fd47b50] QuadGK v2.9.1 - [8a4e6c94] QuasiMonteCarlo v0.3.2 [6f49c342] RCall v0.13.18 [74087812] Random123 v1.6.1 [fb686558] RandomExtensions v0.4.4 @@ -582,7 +563,7 @@ Status `~/.julia/dev/ProbNumDiffEq/benchmarks/Manifest.toml` [3cdcf5f2] RecipesBase v1.3.4 [01d81517] RecipesPipeline v0.6.12 [731186ca] RecursiveArrayTools v2.38.10 - [f2c3362d] RecursiveFactorization v0.2.21 +⌃ [f2c3362d] RecursiveFactorization v0.2.20 [189a3867] Reexport v1.2.2 [05181044] RelocatableFolders v1.0.1 [ae029012] Requires v1.3.0 @@ -593,7 +574,7 @@ Status `~/.julia/dev/ProbNumDiffEq/benchmarks/Manifest.toml` [fdea26ae] SIMD v3.4.6 [94e857df] SIMDTypes v0.1.0 [476501e8] SLEEFPirates v0.6.42 - [0bca4576] SciMLBase v2.8.0 +⌃ [0bca4576] SciMLBase v2.7.3 [e9a6253c] SciMLNLSolve v0.1.9 [c0aeaf25] SciMLOperators v0.3.7 [505e40e9] SciPyDiffEq v0.2.1 @@ -607,7 +588,6 @@ Status `~/.julia/dev/ProbNumDiffEq/benchmarks/Manifest.toml` [699a6c99] SimpleTraits v0.9.4 [ce78b400] SimpleUnPack v1.1.0 [66db9d55] SnoopPrecompile v1.0.3 - [ed01d8cd] Sobol v1.5.0 [b85f4697] SoftGlobalScope v1.1.0 [a2af1166] SortingAlgorithms v1.2.0 [47a9eef4] SparseDiffTools v2.11.0 @@ -622,7 +602,7 @@ Status `~/.julia/dev/ProbNumDiffEq/benchmarks/Manifest.toml` [2913bbd2] StatsBase v0.34.2 [4c63d2b9] StatsFuns v1.3.0 [3eaba693] StatsModels v0.7.3 - [7792a7ef] StrideArraysCore v0.5.1 +⌅ [7792a7ef] StrideArraysCore v0.4.17 [69024149] StringEncodings v0.3.7 [892a3eda] StringManipulation v0.3.4 [09ab397b] StructArrays v0.6.16 @@ -632,7 +612,7 @@ Status `~/.julia/dev/ProbNumDiffEq/benchmarks/Manifest.toml` [0c5d862f] Symbolics v5.10.0 [3783bdb8] TableTraits v1.0.1 [bd369af6] Tables v1.11.1 - [92b13dbe] TaylorIntegration v0.14.3 +⌃ [92b13dbe] TaylorIntegration v0.14.3 [6aa5eb33] TaylorSeries v0.15.2 [62fd8b95] TensorCore v0.1.1 [5d786b92] TerminalLoggers v0.1.7 @@ -648,7 +628,7 @@ Status `~/.julia/dev/ProbNumDiffEq/benchmarks/Manifest.toml` [5c2747f8] URIs v1.5.1 [3a884ed6] UnPack v1.0.2 [1cfade01] UnicodeFun v0.4.1 - [1986cc42] Unitful v1.18.0 +⌃ [1986cc42] Unitful v1.17.0 [45397f5d] UnitfulLatexify v1.6.3 [a7c27f48] Unityper v0.1.5 [41fe7b60] Unzip v0.2.0 @@ -795,9 +775,9 @@ Status `~/.julia/dev/ProbNumDiffEq/benchmarks/Manifest.toml` [8e850b90] libblastrampoline_jll v5.8.0+0 [8e850ede] nghttp2_jll v1.48.0+0 [3f19e933] p7zip_jll v17.4.0+0 -Info Packages marked with ⌅ have new versions available but compatibility c -onstraints restrict them from upgrading. To see why use `status --outdated --m` +Info Packages marked with ⌃ and ⌅ have new versions available, but those wi +th ⌅ are restricted by compatibility constraints from upgrading. To see why + use `status --outdated -m` ``` diff --git a/src/kronecker.jl b/src/kronecker.jl index 165ce502a..c04d88cb5 100644 --- a/src/kronecker.jl +++ b/src/kronecker.jl @@ -162,7 +162,7 @@ function mul_vectrick!(x::AbstractVecOrMat, A::IKP, v::AbstractVecOrMat) V = reshape_no_alloc(v, (d, length(v) ÷ d)) X = reshape_no_alloc(x, (c, length(x) ÷ c)) - _matmul!(X, N, V) + mul!(X, N, V) return x end function mul_vectrick!( @@ -170,6 +170,26 @@ function mul_vectrick!( N = A.B c, d = size(N) + V = reshape_no_alloc(v, (d, length(v) ÷ d)) + X = reshape_no_alloc(x, (c, length(x) ÷ c)) + mul!(X, N, V, alpha, beta) + return x +end + +function _matmul_vectrick!(x::AbstractVecOrMat, A::IKP, v::AbstractVecOrMat) + N = A.B + c, d = size(N) + + V = reshape_no_alloc(v, (d, length(v) ÷ d)) + X = reshape_no_alloc(x, (c, length(x) ÷ c)) + _matmul!(X, N, V) + return x +end +function _matmul_vectrick!( + x::AbstractVecOrMat, A::IKP, v::AbstractVecOrMat, alpha::Number, beta::Number) + N = A.B + c, d = size(N) + V = reshape_no_alloc(v, (d, length(v) ÷ d)) X = reshape_no_alloc(x, (c, length(x) ÷ c)) _matmul!(X, N, V, alpha, beta) @@ -186,12 +206,12 @@ end # fast_linalg.jl for TC in [:AbstractVector, :AbstractMatrix] - @eval _matmul!(C::$TC, A::IKP, B::$TC) = mul_vectrick!(C, A, B) + @eval _matmul!(C::$TC, A::IKP, B::$TC) = _matmul_vectrick!(C, A, B) @eval _matmul!( C::$TC{T}, A::IKP{T}, B::$TC{T}, - ) where {T<:LinearAlgebra.BlasFloat} = mul_vectrick!(C, A, B) + ) where {T<:LinearAlgebra.BlasFloat} = _matmul_vectrick!(C, A, B) @eval _matmul!(C::$TC, A::$TC, B::IKP) = _matmul!(C', B', A')' @eval _matmul!( C::$TC{T}, @@ -200,21 +220,21 @@ for TC in [:AbstractVector, :AbstractMatrix] ) where {T<:LinearAlgebra.BlasFloat} = _matmul!(C', B', A')' @eval _matmul!(C::$TC, A::IKP, B::$TC, alpha::Number, beta::Number) = - mul_vectrick!(C, A, B, alpha, beta) + _matmul_vectrick!(C, A, B, alpha, beta) @eval _matmul!( C::$TC{T}, A::IKP{T}, B::$TC{T}, alpha::Number, beta::Number, - ) where {T<:LinearAlgebra.BlasFloat} = mul_vectrick!(C, A, B, alpha, beta) + ) where {T<:LinearAlgebra.BlasFloat} = _matmul_vectrick!(C, A, B, alpha, beta) @eval _matmul!(C::$TC, A::$TC, B::IKP, alpha::Number, beta::Number) = - mul_vectrick!(C', B', A', alpha, beta)' + _matmul_vectrick!(C', B', A', alpha, beta)' @eval _matmul!( C::$TC{T}, A::$TC{T}, B::IKP{T}, alpha::Number, beta::Number, - ) where {T<:LinearAlgebra.BlasFloat} = mul_vectrick!(C', B', A', alpha, beta)' + ) where {T<:LinearAlgebra.BlasFloat} = _matmul_vectrick!(C', B', A', alpha, beta)' end