diff --git a/benchmarks/lotkavolterra.jmd b/benchmarks/lotkavolterra.jmd index 0f9984a29..845ffc261 100644 --- a/benchmarks/lotkavolterra.jmd +++ b/benchmarks/lotkavolterra.jmd @@ -251,7 +251,7 @@ plot(wp, x=:L2, color=[1 1 1 1 2 2 2 2]) ## EK0 vs. EK1: Calibration Final time-point: ```julia -plot(wp, x=:final, y=:chi2_final, color=[1 1 1 1 2 2 2 2]) +plot(wp, x=:final, y=:chi2_final, color=[1 1 1 1 2 2 2 2], yguide="Chi-squared (final)") # Should be distributed according to a Chi-squared distribution: low, high, mid = quantile(Chisq(2), [0.01, 0.99])..., mean(Chisq(2)) @@ -262,7 +262,7 @@ hline!([mid], linestyle=:solid, color=:black, label="") Discrete time-series: ```julia -plot(wp, x=:l2, y=:chi2_steps, color=[1 1 1 1 2 2 2 2]) +plot(wp, x=:l2, y=:chi2_steps, color=[1 1 1 1 2 2 2 2], yguide="Chi-squared (discrete steps)") hline!([low, high], linestyle=:dash, color=:black, label="", fill_between=true, fillcolor=:green, fillalpha=0.15) hline!([mid], linestyle=:solid, color=:black, label="") @@ -270,7 +270,7 @@ hline!([mid], linestyle=:solid, color=:black, label="") Interpolation: ```julia -plot(wp, x=:L2, y=:chi2_interp, color=[1 1 1 1 2 2 2 2]) +plot(wp, x=:L2, y=:chi2_interp, color=[1 1 1 1 2 2 2 2], yguide="Chi-squared (dense)") hline!([low, high], linestyle=:dash, color=:black, label="", fill_between=true, fillcolor=:green, fillalpha=0.15) hline!([mid], linestyle=:solid, color=:black, label="") @@ -316,7 +316,10 @@ plot(wp, color=[2 2 3 3 4 4 5 5]) Calibration: ```julia -plot(wp, x=:final, y=:chi2_final, color=[2 2 3 3 4 4 5 5]) +plot(wp, x=:final, y=:chi2_final, color=[2 2 3 3 4 4 5 5], yguide="Chi-squared (final)") +hline!([low, high], linestyle=:dash, color=:black, label="", + fill_between=true, fillcolor=:green, fillalpha=0.15) +hline!([mid], linestyle=:solid, color=:black, label="") ``` ### EK1 @@ -353,7 +356,10 @@ plot(wp, color=[2 2 3 3]) Calibration: ```julia -plot(wp, x=:final, y=:chi2_final, color=[2 2 3 3]) +plot(wp, x=:final, y=:chi2_final, color=[2 2 3 3], yguide="Chi-squared (final)") +hline!([low, high], linestyle=:dash, color=:black, label="", + fill_between=true, fillcolor=:green, fillalpha=0.15) +hline!([mid], linestyle=:solid, color=:black, label="") ``` ## Comparison of the different initialization schemes diff --git a/docs/src/benchmarks/figures/lotkavolterra_10_1.svg b/docs/src/benchmarks/figures/lotkavolterra_10_1.svg index 9f4b5c1af..0cd0e3a92 100644 --- a/docs/src/benchmarks/figures/lotkavolterra_10_1.svg +++ b/docs/src/benchmarks/figures/lotkavolterra_10_1.svg @@ -1,378 +1,382 @@ - + - + - + - + - - + + - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + diff --git a/docs/src/benchmarks/figures/lotkavolterra_11_1.svg b/docs/src/benchmarks/figures/lotkavolterra_11_1.svg index 8bbb4d67e..0e62c455c 100644 --- a/docs/src/benchmarks/figures/lotkavolterra_11_1.svg +++ b/docs/src/benchmarks/figures/lotkavolterra_11_1.svg @@ -1,471 +1,471 @@ - + - + - + - + - + - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + diff --git a/docs/src/benchmarks/figures/lotkavolterra_12_1.svg b/docs/src/benchmarks/figures/lotkavolterra_12_1.svg index 0bb4e6fcb..e88d198bb 100644 --- a/docs/src/benchmarks/figures/lotkavolterra_12_1.svg +++ b/docs/src/benchmarks/figures/lotkavolterra_12_1.svg @@ -1,437 +1,437 @@ - + - + - + - + - + - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + diff --git a/docs/src/benchmarks/figures/lotkavolterra_13_1.svg b/docs/src/benchmarks/figures/lotkavolterra_13_1.svg index 118f5ee0d..8072505f4 100644 --- a/docs/src/benchmarks/figures/lotkavolterra_13_1.svg +++ b/docs/src/benchmarks/figures/lotkavolterra_13_1.svg @@ -1,395 +1,395 @@ - + - + - + - + - + - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + diff --git a/docs/src/benchmarks/figures/lotkavolterra_14_1.svg b/docs/src/benchmarks/figures/lotkavolterra_14_1.svg index e158f7696..4c360a4a9 100644 --- a/docs/src/benchmarks/figures/lotkavolterra_14_1.svg +++ b/docs/src/benchmarks/figures/lotkavolterra_14_1.svg @@ -1,362 +1,362 @@ - + - + - + - + - + - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + diff --git a/docs/src/benchmarks/figures/lotkavolterra_15_1.svg b/docs/src/benchmarks/figures/lotkavolterra_15_1.svg index 4e352efea..8b01f23a4 100644 --- a/docs/src/benchmarks/figures/lotkavolterra_15_1.svg +++ b/docs/src/benchmarks/figures/lotkavolterra_15_1.svg @@ -1,552 +1,557 @@ - + - + - + - + - + - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + diff --git a/docs/src/benchmarks/figures/lotkavolterra_16_1.svg b/docs/src/benchmarks/figures/lotkavolterra_16_1.svg index bcb8713b6..24d9c29dd 100644 --- a/docs/src/benchmarks/figures/lotkavolterra_16_1.svg +++ b/docs/src/benchmarks/figures/lotkavolterra_16_1.svg @@ -1,320 +1,318 @@ - 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+ - + - + - + - + - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + diff --git a/docs/src/benchmarks/figures/lotkavolterra_7_1.svg b/docs/src/benchmarks/figures/lotkavolterra_7_1.svg index 3d89ce7ec..4086238a9 100644 --- a/docs/src/benchmarks/figures/lotkavolterra_7_1.svg +++ b/docs/src/benchmarks/figures/lotkavolterra_7_1.svg @@ -1,324 +1,320 @@ - + - + - + - + - + - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + diff --git a/docs/src/benchmarks/figures/lotkavolterra_8_1.svg b/docs/src/benchmarks/figures/lotkavolterra_8_1.svg index 25341bc32..5eb38c9f6 100644 --- a/docs/src/benchmarks/figures/lotkavolterra_8_1.svg +++ b/docs/src/benchmarks/figures/lotkavolterra_8_1.svg @@ -1,324 +1,320 @@ - + - + - + - + - + - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + diff --git a/docs/src/benchmarks/figures/lotkavolterra_9_1.svg b/docs/src/benchmarks/figures/lotkavolterra_9_1.svg index 4e92df492..d9ce1e963 100644 --- a/docs/src/benchmarks/figures/lotkavolterra_9_1.svg +++ b/docs/src/benchmarks/figures/lotkavolterra_9_1.svg @@ -1,392 +1,394 @@ - + - + - + - + - + - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + diff --git a/docs/src/benchmarks/lotkavolterra.md b/docs/src/benchmarks/lotkavolterra.md index 7d892e0c8..34c0deaae 100644 --- a/docs/src/benchmarks/lotkavolterra.md +++ b/docs/src/benchmarks/lotkavolterra.md @@ -290,7 +290,7 @@ plot(wp, x=:L2, color=[1 1 1 1 2 2 2 2]) ## EK0 vs. EK1: Calibration Final time-point: ```julia -plot(wp, x=:final, y=:chi2_final, color=[1 1 1 1 2 2 2 2]) +plot(wp, x=:final, y=:chi2_final, color=[1 1 1 1 2 2 2 2], yguide="Chi-squared (final)") # Should be distributed according to a Chi-squared distribution: low, high, mid = quantile(Chisq(2), [0.01, 0.99])..., mean(Chisq(2)) @@ -305,7 +305,7 @@ hline!([mid], linestyle=:solid, color=:black, label="") Discrete time-series: ```julia -plot(wp, x=:l2, y=:chi2_steps, color=[1 1 1 1 2 2 2 2]) +plot(wp, x=:l2, y=:chi2_steps, color=[1 1 1 1 2 2 2 2], yguide="Chi-squared (discrete steps)") hline!([low, high], linestyle=:dash, color=:black, label="", fill_between=true, fillcolor=:green, fillalpha=0.15) hline!([mid], linestyle=:solid, color=:black, label="") @@ -317,7 +317,7 @@ hline!([mid], linestyle=:solid, color=:black, label="") Interpolation: ```julia -plot(wp, x=:L2, y=:chi2_interp, color=[1 1 1 1 2 2 2 2]) +plot(wp, x=:L2, y=:chi2_interp, color=[1 1 1 1 2 2 2 2], yguide="Chi-squared (dense)") hline!([low, high], linestyle=:dash, color=:black, label="", fill_between=true, fillcolor=:green, fillalpha=0.15) hline!([mid], linestyle=:solid, color=:black, label="") @@ -371,7 +371,10 @@ plot(wp, color=[2 2 3 3 4 4 5 5]) Calibration: ```julia -plot(wp, x=:final, y=:chi2_final, color=[2 2 3 3 4 4 5 5]) +plot(wp, x=:final, y=:chi2_final, color=[2 2 3 3 4 4 5 5], yguide="Chi-squared (final)") +hline!([low, high], linestyle=:dash, color=:black, label="", + fill_between=true, fillcolor=:green, fillalpha=0.15) +hline!([mid], linestyle=:solid, color=:black, label="") ``` ![](figures/lotkavolterra_15_1.svg) @@ -416,7 +419,10 @@ plot(wp, color=[2 2 3 3]) Calibration: ```julia -plot(wp, x=:final, y=:chi2_final, color=[2 2 3 3]) +plot(wp, x=:final, y=:chi2_final, color=[2 2 3 3], yguide="Chi-squared (final)") +hline!([low, high], linestyle=:dash, color=:black, label="", + fill_between=true, fillcolor=:green, fillalpha=0.15) +hline!([mid], linestyle=:solid, color=:black, label="") ``` ![](figures/lotkavolterra_17_1.svg)