From d63ba230086f09c47f7148b530586ae3aea3bfb9 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Nathanael Bosch Date: Tue, 14 Nov 2023 15:31:52 +0100 Subject: [PATCH] re-run LV, HH, VdP --- benchmarks/hodgkinhuxley.jmd | 5 - benchmarks/lotkavolterra.jmd | 6 - benchmarks/vanderpol.jmd | 11 - .../benchmarks/figures/hodgkinhuxley_2_1.svg | 834 +++++----- .../benchmarks/figures/hodgkinhuxley_3_1.svg | 392 ++--- .../benchmarks/figures/hodgkinhuxley_4_1.svg | 380 ++--- .../benchmarks/figures/hodgkinhuxley_5_1.svg | 752 ++++----- .../benchmarks/figures/hodgkinhuxley_6_1.svg | 502 +++--- .../benchmarks/figures/hodgkinhuxley_7_1.svg | 571 ++----- .../benchmarks/figures/hodgkinhuxley_8_1.svg | 308 ++-- .../benchmarks/figures/lotkavolterra_10_1.svg | 632 +++---- .../benchmarks/figures/lotkavolterra_11_1.svg | 834 +++++----- .../benchmarks/figures/lotkavolterra_12_1.svg | 637 ++++--- .../benchmarks/figures/lotkavolterra_13_1.svg | 791 +++++---- .../benchmarks/figures/lotkavolterra_14_1.svg | 763 +++------ .../benchmarks/figures/lotkavolterra_15_1.svg | 769 ++++++--- .../benchmarks/figures/lotkavolterra_16_1.svg | 1475 +++++++++++------ .../benchmarks/figures/lotkavolterra_2_1.svg | 266 +-- .../benchmarks/figures/lotkavolterra_3_1.svg | 556 +++---- .../benchmarks/figures/lotkavolterra_4_1.svg | 552 +++--- .../benchmarks/figures/lotkavolterra_5_1.svg | 556 +++---- .../benchmarks/figures/lotkavolterra_6_1.svg | 568 +++---- .../benchmarks/figures/lotkavolterra_7_1.svg | 560 +++---- .../benchmarks/figures/lotkavolterra_8_1.svg | 556 +++---- .../benchmarks/figures/lotkavolterra_9_1.svg | 632 +++---- .../src/benchmarks/figures/vanderpol_10_1.svg | 320 ++-- .../src/benchmarks/figures/vanderpol_11_1.svg | 428 +++-- .../src/benchmarks/figures/vanderpol_12_1.svg | 541 +++--- docs/src/benchmarks/figures/vanderpol_2_1.svg | 190 +-- docs/src/benchmarks/figures/vanderpol_3_1.svg | 354 ++-- docs/src/benchmarks/figures/vanderpol_4_1.svg | 292 ++-- docs/src/benchmarks/figures/vanderpol_5_1.svg | 316 ++-- docs/src/benchmarks/figures/vanderpol_6_1.svg | 586 +++---- docs/src/benchmarks/figures/vanderpol_7_1.svg | 758 +++++---- docs/src/benchmarks/figures/vanderpol_8_1.svg | 638 ++----- docs/src/benchmarks/figures/vanderpol_9_1.svg | 251 ++- docs/src/benchmarks/hodgkinhuxley.md | 11 +- docs/src/benchmarks/lotkavolterra.md | 20 +- docs/src/benchmarks/vanderpol.md | 27 +- 39 files changed, 9504 insertions(+), 9136 deletions(-) diff --git a/benchmarks/hodgkinhuxley.jmd b/benchmarks/hodgkinhuxley.jmd index ff475c917..137731960 100644 --- a/benchmarks/hodgkinhuxley.jmd +++ b/benchmarks/hodgkinhuxley.jmd @@ -168,11 +168,6 @@ end plot_chisq_interval!(4) ``` -```julia -plot(wp, x=:L2, y=:chi2_interp, yguide="Chi-squared (dense)", color=colors) -plot_chisq_interval!(4*100) -``` - ## Fixed steps - no smoothing diff --git a/benchmarks/lotkavolterra.jmd b/benchmarks/lotkavolterra.jmd index fd2ee5eea..e4567f87c 100644 --- a/benchmarks/lotkavolterra.jmd +++ b/benchmarks/lotkavolterra.jmd @@ -258,12 +258,6 @@ end plot_chisq_interval!(2) ``` -Interpolation: -```julia -plot(wp, x=:L2, y=:chi2_interp, color=[1 1 1 1 2 2 2 2], yguide="Chi-squared (dense)") -plot_chisq_interval!(2*100) -``` - ## Comparison of the different diffusion models ### EK0 diff --git a/benchmarks/vanderpol.jmd b/benchmarks/vanderpol.jmd index 236de2e02..314afc8fc 100644 --- a/benchmarks/vanderpol.jmd +++ b/benchmarks/vanderpol.jmd @@ -123,12 +123,6 @@ end plot_chisq_interval!(2) ``` -```julia -plot(wp, x=:L2, y=:chi2_interp, yguide="Chi-squared (dense)", - palette=Plots.palette([:blue, :red], length(_setups))) -plot_chisq_interval!(2*100) -``` - ## Comparison of the different initialization schemes ```julia @@ -269,11 +263,6 @@ plot(wp; x=:final, y=:chi2_final, yguide="Chi-squared (final)", color) plot_chisq_interval!(2) ``` -```julia -plot(wp; x=:L2, y=:chi2_interp, yguide="Chi-squared (dense)", color) -plot_chisq_interval!(2*100) -``` - ## Appendix diff --git a/docs/src/benchmarks/figures/hodgkinhuxley_2_1.svg b/docs/src/benchmarks/figures/hodgkinhuxley_2_1.svg index 2ba349d53..5cc4d6ae4 100644 --- a/docs/src/benchmarks/figures/hodgkinhuxley_2_1.svg +++ b/docs/src/benchmarks/figures/hodgkinhuxley_2_1.svg @@ -1,444 +1,444 @@ - + - + - + - + - + - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + - + - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + - + - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + - + - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + diff --git a/docs/src/benchmarks/figures/hodgkinhuxley_3_1.svg b/docs/src/benchmarks/figures/hodgkinhuxley_3_1.svg index 89305f4b3..4f8c41ccc 100644 --- a/docs/src/benchmarks/figures/hodgkinhuxley_3_1.svg +++ b/docs/src/benchmarks/figures/hodgkinhuxley_3_1.svg @@ -1,210 +1,210 @@ - + - + - + - + - + - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + diff --git a/docs/src/benchmarks/figures/hodgkinhuxley_4_1.svg b/docs/src/benchmarks/figures/hodgkinhuxley_4_1.svg index 749c7fbcc..155498d13 100644 --- a/docs/src/benchmarks/figures/hodgkinhuxley_4_1.svg +++ b/docs/src/benchmarks/figures/hodgkinhuxley_4_1.svg @@ -1,204 +1,204 @@ - + - + - + - + - + - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + diff --git a/docs/src/benchmarks/figures/hodgkinhuxley_5_1.svg b/docs/src/benchmarks/figures/hodgkinhuxley_5_1.svg index 82e7fbe90..dfc8a8b9a 100644 --- a/docs/src/benchmarks/figures/hodgkinhuxley_5_1.svg +++ b/docs/src/benchmarks/figures/hodgkinhuxley_5_1.svg @@ -1,390 +1,390 @@ - + - + - + - + - + - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + diff --git a/docs/src/benchmarks/figures/hodgkinhuxley_6_1.svg b/docs/src/benchmarks/figures/hodgkinhuxley_6_1.svg index 342c4ef2e..b43299928 100644 --- a/docs/src/benchmarks/figures/hodgkinhuxley_6_1.svg +++ b/docs/src/benchmarks/figures/hodgkinhuxley_6_1.svg @@ -1,265 +1,265 @@ - + - + - + - + - + - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + diff --git a/docs/src/benchmarks/figures/hodgkinhuxley_7_1.svg b/docs/src/benchmarks/figures/hodgkinhuxley_7_1.svg index 526b9d1a7..483760400 100644 --- a/docs/src/benchmarks/figures/hodgkinhuxley_7_1.svg +++ b/docs/src/benchmarks/figures/hodgkinhuxley_7_1.svg @@ -1,427 +1,170 @@ - + - + - + - + - - + + - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + diff --git a/docs/src/benchmarks/figures/hodgkinhuxley_8_1.svg b/docs/src/benchmarks/figures/hodgkinhuxley_8_1.svg index 402855818..d3843b920 100644 --- a/docs/src/benchmarks/figures/hodgkinhuxley_8_1.svg +++ b/docs/src/benchmarks/figures/hodgkinhuxley_8_1.svg @@ -1,170 +1,164 @@ - 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- - - + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + diff --git a/docs/src/benchmarks/figures/vanderpol_4_1.svg b/docs/src/benchmarks/figures/vanderpol_4_1.svg index 6841c359f..940206fac 100644 --- a/docs/src/benchmarks/figures/vanderpol_4_1.svg +++ b/docs/src/benchmarks/figures/vanderpol_4_1.svg @@ -1,160 +1,160 @@ - + - + - + - + - + - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + diff --git a/docs/src/benchmarks/figures/vanderpol_5_1.svg b/docs/src/benchmarks/figures/vanderpol_5_1.svg index c895e731c..508baa863 100644 --- a/docs/src/benchmarks/figures/vanderpol_5_1.svg +++ b/docs/src/benchmarks/figures/vanderpol_5_1.svg @@ -1,172 +1,172 @@ - + - + - + - + - + - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + diff --git a/docs/src/benchmarks/figures/vanderpol_6_1.svg b/docs/src/benchmarks/figures/vanderpol_6_1.svg index f6953a690..bdc6400e9 100644 --- a/docs/src/benchmarks/figures/vanderpol_6_1.svg +++ b/docs/src/benchmarks/figures/vanderpol_6_1.svg @@ -1,307 +1,307 @@ - + - + - + - + - + - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + diff --git a/docs/src/benchmarks/figures/vanderpol_7_1.svg b/docs/src/benchmarks/figures/vanderpol_7_1.svg index dcf42ffaa..1453f222d 100644 --- a/docs/src/benchmarks/figures/vanderpol_7_1.svg +++ b/docs/src/benchmarks/figures/vanderpol_7_1.svg @@ -1,287 +1,491 @@ - + - - + + - + - - + + - + - - + + - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + diff --git a/docs/src/benchmarks/figures/vanderpol_8_1.svg b/docs/src/benchmarks/figures/vanderpol_8_1.svg index b443410dd..4d0aacd84 100644 --- a/docs/src/benchmarks/figures/vanderpol_8_1.svg +++ b/docs/src/benchmarks/figures/vanderpol_8_1.svg @@ -1,491 +1,167 @@ - + - - + + - + - - + + - + - - + + - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + diff --git a/docs/src/benchmarks/figures/vanderpol_9_1.svg b/docs/src/benchmarks/figures/vanderpol_9_1.svg index d8188f0c0..0a456b922 100644 --- a/docs/src/benchmarks/figures/vanderpol_9_1.svg +++ b/docs/src/benchmarks/figures/vanderpol_9_1.svg @@ -1,167 +1,110 @@ - + - + - + - + - - + + - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + diff --git a/docs/src/benchmarks/hodgkinhuxley.md b/docs/src/benchmarks/hodgkinhuxley.md index d738787bf..02129dfde 100644 --- a/docs/src/benchmarks/hodgkinhuxley.md +++ b/docs/src/benchmarks/hodgkinhuxley.md @@ -189,13 +189,6 @@ plot_chisq_interval!(4) ![](figures/hodgkinhuxley_6_1.svg) -```julia -plot(wp, x=:L2, y=:chi2_interp, yguide="Chi-squared (dense)", color=colors) -plot_chisq_interval!(4*100) -``` - -![](figures/hodgkinhuxley_7_1.svg) - @@ -232,7 +225,7 @@ wp = WorkPrecisionSet( plot(wp, title="Fixed steps - no smoothing", color=colors) ``` -![](figures/hodgkinhuxley_8_1.svg) +![](figures/hodgkinhuxley_7_1.svg) @@ -270,7 +263,7 @@ wp = WorkPrecisionSet( plot(wp, title="Fixed steps - with smoothing", color=colors) ``` -![](figures/hodgkinhuxley_9_1.svg) +![](figures/hodgkinhuxley_8_1.svg) diff --git a/docs/src/benchmarks/lotkavolterra.md b/docs/src/benchmarks/lotkavolterra.md index f3fc5c857..d82fa047e 100644 --- a/docs/src/benchmarks/lotkavolterra.md +++ b/docs/src/benchmarks/lotkavolterra.md @@ -301,16 +301,6 @@ plot_chisq_interval!(2) -Interpolation: -```julia -plot(wp, x=:L2, y=:chi2_interp, color=[1 1 1 1 2 2 2 2], yguide="Chi-squared (dense)") -plot_chisq_interval!(2*100) -``` - -![](figures/lotkavolterra_12_1.svg) - - - ## Comparison of the different diffusion models ### EK0 @@ -348,7 +338,7 @@ wp = WorkPrecisionSet( plot(wp, color=[2 2 3 3 4 4 5 5]) ``` -![](figures/lotkavolterra_13_1.svg) +![](figures/lotkavolterra_12_1.svg) @@ -358,7 +348,7 @@ plot(wp, x=:final, y=:chi2_final, color=[2 2 3 3 4 4 5 5], yguide="Chi-squared ( plot_chisq_interval!(2) ``` -![](figures/lotkavolterra_14_1.svg) +![](figures/lotkavolterra_13_1.svg) @@ -393,7 +383,7 @@ wp = WorkPrecisionSet( plot(wp, color=[2 2 3 3]) ``` -![](figures/lotkavolterra_15_1.svg) +![](figures/lotkavolterra_14_1.svg) @@ -403,7 +393,7 @@ plot(wp, x=:final, y=:chi2_final, color=[2 2 3 3], yguide="Chi-squared (final)") plot_chisq_interval!(2) ``` -![](figures/lotkavolterra_16_1.svg) +![](figures/lotkavolterra_15_1.svg) @@ -449,7 +439,7 @@ plot( ) ``` -![](figures/lotkavolterra_17_1.svg) +![](figures/lotkavolterra_16_1.svg) diff --git a/docs/src/benchmarks/vanderpol.md b/docs/src/benchmarks/vanderpol.md index a57d16bb4..9fbd9b0ce 100644 --- a/docs/src/benchmarks/vanderpol.md +++ b/docs/src/benchmarks/vanderpol.md @@ -144,14 +144,6 @@ plot_chisq_interval!(2) ![](figures/vanderpol_6_1.svg) -```julia -plot(wp, x=:L2, y=:chi2_interp, yguide="Chi-squared (dense)", - palette=Plots.palette([:blue, :red], length(_setups))) -plot_chisq_interval!(2*100) -``` - -![](figures/vanderpol_7_1.svg) - ## Comparison of the different initialization schemes @@ -197,7 +189,7 @@ plot( ) ``` -![](figures/vanderpol_8_1.svg) +![](figures/vanderpol_7_1.svg) ```julia DENSE = false; @@ -233,7 +225,7 @@ wp = WorkPrecisionSet( plot(wp, palette=Plots.palette([:blue, :red], length(_setups)), xticks = 10.0 .^ (-16:1:5)) ``` -![](figures/vanderpol_9_1.svg) +![](figures/vanderpol_8_1.svg) @@ -254,7 +246,7 @@ test_sol2 = solve(prob2, RadauIIA5(), abstol=1/10^14, reltol=1/10^14) plot(test_sol2, title="Van der Pol Solution (2nd order)", legend=false, ylims=(-5, 5), xticks=:auto) ``` -![](figures/vanderpol_10_1.svg) +![](figures/vanderpol_9_1.svg) ```julia DENSE = true; @@ -291,13 +283,13 @@ color = [1 1 1 1 2 2 2 2] plot(wp; x=:final, color) ``` -![](figures/vanderpol_11_1.svg) +![](figures/vanderpol_10_1.svg) ```julia plot(wp; x=:L2, color) ``` -![](figures/vanderpol_12_1.svg) +![](figures/vanderpol_11_1.svg) @@ -308,14 +300,7 @@ plot(wp; x=:final, y=:chi2_final, yguide="Chi-squared (final)", color) plot_chisq_interval!(2) ``` -![](figures/vanderpol_13_1.svg) - -```julia -plot(wp; x=:L2, y=:chi2_interp, yguide="Chi-squared (dense)", color) -plot_chisq_interval!(2*100) -``` - -![](figures/vanderpol_14_1.svg) +![](figures/vanderpol_12_1.svg)