diff --git a/CHANGELOG.md b/CHANGELOG.md index f3e19fda..41005bcb 100644 --- a/CHANGELOG.md +++ b/CHANGELOG.md @@ -1,12 +1,235 @@ # CHANGELOG +## 2023-10-26 + +### New SARS-CoV-2 dataset version (tag `2023-10-26T12:00:00Z`) + +- Fixed a bug in consensus sequence algorithm that treated ambiguous nucleotides as reference as opposed to unknowns. This only affected a few lineages with few designated sequences where the consensus was wrongly reference when it should have been mutated. +- Pango lineages designated between 2023-09-20 and 2023-10-25 are now included, unfold below to see a list with designation dates: + +
+ Newly included lineages, with designation date in parentheses + +- XCN (2023-09-21) +- FL.31 (2023-09-21) +- FL.31.1 (2023-09-21) +- FL.20.2 (2023-09-21) +- FL.32 (2023-09-21) +- FL.32.1 (2023-09-21) +- FL.10.3 (2023-09-21) +- FL.33 (2023-09-21) +- FL.33.1 (2023-09-21) +- FL.34 (2023-09-21) +- FL.35 (2023-09-21) +- JM.1 (2023-09-22) +- JM.2 (2023-09-22) +- GS.5 (2023-09-22) +- GK.2.1.1 (2023-09-24) +- EG.4.5 (2023-09-24) +- CH.1.1.31 (2023-09-24) +- JP.1 (2023-09-24) +- CH.1.1.32 (2023-09-24) +- JD.1.1.1 (2023-09-26) +- JD.1.1.2 (2023-09-26) +- XCP (2023-09-26) +- EG.5.1.10 (2023-09-26) +- GA.4.1.1 (2023-09-26) +- FR.1.5 (2023-09-26) +- EP.1.1 (2023-09-26) +- EP.1.1.1 (2023-09-26) +- HC.3 (2023-09-26) +- FL.36 (2023-09-26) +- HC.4 (2023-09-26) +- FL.15.1 (2023-09-27) +- FL.15.1.1 (2023-09-27) +- FL.15.2 (2023-09-27) +- FL.15.3 (2023-09-27) +- JN.1 (2023-09-29) +- JD.1.1.3 (2023-10-04) +- JD.2 (2023-10-04) +- GJ.1.2.6 (2023-10-04) +- GJ.1.2.7 (2023-10-04) +- JE.1.1 (2023-10-04) +- GJ.1.2.8 (2023-10-04) +- GJ.5 (2023-10-04) +- GJ.5.1 (2023-10-04) +- BA.2.86.2 (2023-10-12) +- BA.2.86.3 (2023-10-12) +- JQ.1 (2023-10-12) +- JN.2 (2023-10-12) +- JN.3 (2023-10-12) +- GK.2.4 (2023-10-12) +- HK.12 (2023-10-12) +- EG.6.1.2 (2023-10-12) +- HV.1.1 (2023-10-13) +- HV.1.2 (2023-10-13) +- HV.1.3 (2023-10-13) +- HV.1.4 (2023-10-13) +- HK.13 (2023-10-13) +- HK.13.1 (2023-10-13) +- HK.13.2 (2023-10-13) +- HK.1.1 (2023-10-13) +- HK.1.2 (2023-10-13) +- HK.14 (2023-10-13) +- HK.15 (2023-10-13) +- EG.5.1.11 (2023-10-13) +- JR.1 (2023-10-13) +- JR.1.1 (2023-10-13) +- GA.2.1 (2023-10-13) +- GA.2.1.1 (2023-10-13) +- GA.4.2 (2023-10-13) +- GA.4.3 (2023-10-13) +- GA.4.1.2 (2023-10-13) +- HK.16 (2023-10-13) +- HK.17 (2023-10-13) +- HK.18 (2023-10-13) +- HK.19 (2023-10-13) +- XBB.2.3.15 (2023-10-13) +- JS.1 (2023-10-13) +- JS.2 (2023-10-13) +- XCQ (2023-10-13) +- XBB.2.3.16 (2023-10-13) +- XBB.2.3.17 (2023-10-13) +- JD.2.1 (2023-10-13) +- GW.5.2 (2023-10-13) +- GW.5.3 (2023-10-13) +- GW.5.3.1 (2023-10-13) +- HW.1.2 (2023-10-13) +- HW.1.3 (2023-10-13) +- XBC.1.6.5 (2023-10-13) +- JT.1 (2023-10-13) +- XBC.1.6.6 (2023-10-13) +- GL.2 (2023-10-13) +- GL.3 (2023-10-13) +- XCR (2023-10-13) +- GK.5 (2023-10-15) +- GK.5.1 (2023-10-15) +- GK.6 (2023-10-15) +- GK.7 (2023-10-15) +- GK.8 (2023-10-15) +- GK.8.1 (2023-10-15) +- GK.9 (2023-10-15) +- GK.10 (2023-10-15) +- GK.11 (2023-10-15) +- GK.1.5 (2023-10-15) +- GK.1.6 (2023-10-15) +- GK.1.6.1 (2023-10-15) +- GK.1.2.1 (2023-10-15) +- GK.1.7 (2023-10-15) +- GK.1.8 (2023-10-15) +- GK.12 (2023-10-15) +- GK.1.9 (2023-10-15) +- XBB.1.16.25 (2023-10-15) +- XCS (2023-10-15) +- GK.1.1.1 (2023-10-15) +- FU.1.1 (2023-10-15) +- FU.1.1.1 (2023-10-15) +- HG.3 (2023-10-15) +- HG.1.1 (2023-10-15) +- XBB.2.3.18 (2023-10-15) +- GS.6 (2023-10-15) +- GS.4.1.1 (2023-10-15) +- GS.7 (2023-10-15) +- GS.7.1 (2023-10-15) +- GS.8 (2023-10-15) +- GJ.6 (2023-10-15) +- GJ.7 (2023-10-15) +- JU.1 (2023-10-15) +- JV.1 (2023-10-15) +- JV.2 (2023-10-15) +- JC.2 (2023-10-15) +- JC.3 (2023-10-15) +- JC.4 (2023-10-15) +- JC.5 (2023-10-15) +- JC.6 (2023-10-15) +- XBB.1.41.3 (2023-10-15) +- JW.1 (2023-10-15) +- FL.30.1 (2023-10-15) +- FL.13.2.1 (2023-10-15) +- FL.13.4 (2023-10-15) +- FL.13.4.1 (2023-10-15) +- FL.13.5 (2023-10-15) +- JG.4 (2023-10-15) +- DV.7.1.3 (2023-10-15) +- DV.7.1.4 (2023-10-15) +- DV.7.1.5 (2023-10-15) +- XCT (2023-10-15) +- XBC.1.7.2 (2023-10-15) +- XBC.1.7.1 (2023-10-15) +- FL.23.2.1 (2023-10-15) +- FL.23.2 (2023-10-15) +- XCU (2023-10-15) +- HH.2.1 (2023-10-15) +- HH.3 (2023-10-15) +- HH.4 (2023-10-15) +- HH.5 (2023-10-15) +- HH.6 (2023-10-15) +- HH.7 (2023-10-15) +- HH.8 (2023-10-15) +- HH.8.1 (2023-10-15) +- GE.1.4 (2023-10-15) +- GE.1.5 (2023-10-15) +- GE.1.6 (2023-10-15) +- XBB.2.3.19 (2023-10-15) +- JY.1 (2023-10-15) +- JY.1.1 (2023-10-15) +- JG.3.1 (2023-10-15) +- HK.2.1 (2023-10-15) +- HK.3.4 (2023-10-15) +- HK.3.5 (2023-10-15) +- HK.3.6 (2023-10-15) +- HK.3.7 (2023-10-15) +- HK.11.1 (2023-10-15) +- FL.35.1 (2023-10-15) +- GA.7 (2023-10-15) +- GA.7.1 (2023-10-15) +- GA.7.2 (2023-10-15) +- GA.8 (2023-10-15) +- GA.8.1 (2023-10-15) +- GA.9 (2023-10-15) +- GA.10 (2023-10-15) +- XCV (2023-10-15) +- XBB.2.3.20 (2023-10-15) +- XCW (2023-10-15) +- XBB.1.5.107 (2023-10-16) +- JZ.1 (2023-10-16) +- FD.5 (2023-10-16) +- FD.5.1 (2023-10-16) +- HE.2 (2023-10-16) +- FE.1.1.5 (2023-10-16) +- KA.1 (2023-10-16) +- GN.1.2 (2023-10-16) +- GN.1.3 (2023-10-16) +- XCY (2023-10-16) +- XCZ (2023-10-16) +- FY.8 (2023-10-16) +- FY.6.2 (2023-10-16) +- FY.6.1 (2023-10-16) +- FY.9 (2023-10-16) +- FY.1.4 (2023-10-16) +- FY.1.4.1 (2023-10-16) +- FY.5.1 (2023-10-16) +- FY.5.1.1 (2023-10-16) +- HN.2 (2023-10-17) +- HN.2.1 (2023-10-17) +- HN.3 (2023-10-17) +- HN.3.1 (2023-10-17) +- HN.4 (2023-10-17) +- HN.5 (2023-10-17) +- HN.6 (2023-10-17) +- GA.4.1.3 (2023-10-17) +- XDA (2023-10-18) +- XDB (2023-10-18) +- XDC (2023-10-18) + +
+ ## 2023-10-03 ### New RSV datasets with consortium nomenclature (tag `2023-10-02T12:00:00Z`) - - this adds a new developed nomenclature for RSV-A and RSV-B by the international RSV nomenclature consortium - - the old `G_clade` nomenclature is kept for backwards compatibility - +- this adds a new developed nomenclature for RSV-A and RSV-B by the international RSV nomenclature consortium +- the old `G_clade` nomenclature is kept for backwards compatibility ## 2023-09-21 @@ -122,12 +345,14 @@ ## 2023-08-22 ### New influenza dataset version (tag `2023-08-10T12:00:00Z`) + All seasonal influenza datasets were updated to include an additional subclade designation the provides a more fine-grained breakdown of the currently circulating diversity. These subclades are suggested using a [computational pipeline](https://github.com/neherlab/flu_clades) and follow a Pango-style nomenclature, albeit without hard automatic aliasing. ## 2023-08-17 ### New SARS-CoV-2 dataset version (tag `2023-08-17T12:00:00Z`) + Ad-hoc update to include the [saltation variant BA.2.86](https://github.com/cov-lineages/pango-designation/issues/2183). Note that this is not a regular data set update, but an update outside of the usual cycle specifically to enable detection of the BA.2.86. @@ -377,7 +602,7 @@ Note that this is not a regular data set update, but an update outside of the us - B.1.18 - B.1.19 - B.1.20 - See for details + See for details - Datasets have been updated to include sequences uploaded since the last release in January 2023 ## 2023-06-16 @@ -858,7 +1083,6 @@ Starting with this update, the `SARS-CoV-2-no-recomb` dataset - an auxiliary dat All Influenza virus datasets were updated with more recent sequences. The trees now include more older reference viruses for more robust designation of older clades. The B/Vic annotation of the HA segment was fixed -- it was previously off by 3 nucleotides resulting in amino acid numbering being off by one. - ## 2023-03-28 ### Internal @@ -1107,8 +1331,8 @@ Add robots.txt to prevent data endpoints from indexing by search engines. #### RSV A and B data sets - - fix definition of some older clades - - include older sequences to make sure older clades are included. +- fix definition of some older clades +- include older sequences to make sure older clades are included. ## 2023-02-01 @@ -1209,7 +1433,7 @@ Add robots.txt to prevent data endpoints from indexing by search engines. #### New clade definitions for default influenza datasets (tag `2023-01-19T12:00:00Z`) The default influenza datasets were updated to include recent consensus on clade definitions and more recent sequences in their reference tree to better reflect current circulation. -In addition, these data sets contain a `short_clade` column which omits the long prefix and definition of glycosylation motifs for a future software release. +In addition, these data sets contain a `short_clade` column which omits the long prefix and definition of glycosylation motifs for a future software release. ## 2023-01-09 @@ -1307,7 +1531,6 @@ With permission of the authors, these datasets use the reference sequences hRSV/ The datasets implement two clade designation each. One is primarily based on the G gene and was proposed by [Goya et al](https://onlinelibrary.wiley.com/doi/abs/10.1111/irv.12715), the other is based on the entire genome and was proposed by [Ramaekers et al](https://doi.org/10.1093/ve/veaa052). - ## 2022-12-14 ### All SARS-CoV-2 datasets @@ -1542,7 +1765,7 @@ The existing dataset with reference sequence B/Brisbane/60/2008 (KX058884) was u #### New dataset version (tag `2022-10-19T12:00:00Z`) -- New clade `22E (Omicron)` (BQ.1*) added, see for details +- New clade `22E (Omicron)` (BQ.1\*) added, see for details - The SARS-CoV-2 trees are now purely based on Pango consensus sequences, and no longer contain any actual sequences. This makes builds more stable and helps mitigate issues with sequence artefacts. For the Omicron part of the tree, no actual sequences were ever included, so this change only affects the pre-Omicron part of the reference tree. - This release contains the first recombinant sublineages. These work in the same way as the other sublineages. - Data update: New Pango lineages, with designation date between 2022-09-25 and 2022-10-19 are now included, unfold below to see all the lineages: @@ -1711,7 +1934,7 @@ The existing dataset with reference sequence B/Brisbane/60/2008 (KX058884) was u #### All SARS-CoV-2 datasets - Data update: New Pango lineages are included, see for new designations that are included -- Identical sequences have been removed from B.1* lineages to reduce size of that part of the tree from ~1.6k to ~800. +- Identical sequences have been removed from B.1\* lineages to reduce size of that part of the tree from ~1.6k to ~800. ##### BA.2 dataset (experimental) @@ -1807,7 +2030,7 @@ The reference.fasta ID has been renamed to `MPXV_USA_2022_MA001_in_NC_063383_coo #### All Monkeypox datasets -The datasets now include hMPXV-1 lineages B.1.1 to B.1.5. See details in +The datasets now include hMPXV-1 lineages B.1.1 to B.1.5. See details in Sequences released to Genbank up to 2022-08-08 have been included in the new trees. @@ -2122,10 +2345,10 @@ Quality control parameters are subject to change, especially since "known" frame #### New dataset version (tag `2021-10-11T19:00:32Z`) - Clades: Two Delta subclades have been designated by Nextstrain and are now included in Nextclade, see [Twitter announcement](https://twitter.com/nextstrain/status/1446903892864737280): - > We've just updated Nextstrain clade designations to partition clade 21A (corresponding to the Delta WHO variant) into subclades 21I and 21J following our previously defined rules for defining clades when mutational and frequency thresholds are met. - > Clade 21I is still a Delta variant virus, but possesses additional spike mutation A222V and ORF1a mutations P1640L, A3209V, V3718A and T3750I. - > Clade 21J is still a Delta variant virus, but possesses additional ORF1a mutations A1306S, P2046L, P2287S, V2930L, T3255I and T3646A, ORF7b mutation T40I, as well as N mutation G215C. Clade 21J is now the predominate form of Delta with an estimated ~79% global frequency. - > Clade defining mutations for clades 21I and 21J can be found in our public GitHub repo at: . + > We've just updated Nextstrain clade designations to partition clade 21A (corresponding to the Delta WHO variant) into subclades 21I and 21J following our previously defined rules for defining clades when mutational and frequency thresholds are met. + > Clade 21I is still a Delta variant virus, but possesses additional spike mutation A222V and ORF1a mutations P1640L, A3209V, V3718A and T3750I. + > Clade 21J is still a Delta variant virus, but possesses additional ORF1a mutations A1306S, P2046L, P2287S, V2930L, T3255I and T3646A, ORF7b mutation T40I, as well as N mutation G215C. Clade 21J is now the predominate form of Delta with an estimated ~79% global frequency. + > Clade defining mutations for clades 21I and 21J can be found in our public GitHub repo at: . - Reference tree: Data has been updated to sequences submitted to Genbank by the first week of October. - Reference tree: Pango lineages designated until 2021-10-10 have been sampled into the tree, including among others: AY.4.1-3, AY.34-39 [see pango release changes](https://github.com/cov-lineages/pango-designation/compare/v1.2.77...v1.2.84) diff --git a/data/datasets/sars-cov-2-21L/references/BA.2/versions/2023-10-26T12:00:00Z/files/genemap.gff b/data/datasets/sars-cov-2-21L/references/BA.2/versions/2023-10-26T12:00:00Z/files/genemap.gff new file mode 100644 index 00000000..bfd93938 --- /dev/null +++ b/data/datasets/sars-cov-2-21L/references/BA.2/versions/2023-10-26T12:00:00Z/files/genemap.gff @@ -0,0 +1,18 @@ +##gff-version 3 +##sequence-region MN908947 1 29903 +# Gene map (genome annotation) of SARS-CoV-2 in GFF format. +# For gene map purpses we only need some of the columns. We substitute unused values with "." as per GFF spec. +# See GFF format reference at https://www.ensembl.org/info/website/upload/gff.html +# seqname source feature start end score strand frame attribute +MN908947 GenBank gene 266 13468 . + . gene_name=ORF1a +MN908947 GenBank gene 13468 21555 . + . gene_name=ORF1b +MN908947 GenBank gene 25393 26220 . + . gene_name=ORF3a +MN908947 GenBank gene 21563 25384 . + . gene_name=S +MN908947 GenBank gene 26245 26472 . + . gene_name=E +MN908947 GenBank gene 26523 27191 . + . gene_name=M +MN908947 GenBank gene 27202 27387 . + . gene_name=ORF6 +MN908947 GenBank gene 27394 27759 . + . gene_name=ORF7a +MN908947 GenBank gene 27756 27887 . + . gene_name=ORF7b +MN908947 GenBank gene 27894 28259 . + . gene_name=ORF8 +MN908947 GenBank gene 28274 29533 . + . gene_name=N +MN908947 GenBank gene 28284 28577 . + . gene_name=ORF9b diff --git a/data/datasets/sars-cov-2-21L/references/BA.2/versions/2023-10-26T12:00:00Z/files/primers.csv b/data/datasets/sars-cov-2-21L/references/BA.2/versions/2023-10-26T12:00:00Z/files/primers.csv new file mode 100644 index 00000000..a3d2810a --- /dev/null +++ b/data/datasets/sars-cov-2-21L/references/BA.2/versions/2023-10-26T12:00:00Z/files/primers.csv @@ -0,0 +1 @@ +Country (Institute),Target,Oligonucleotide,Sequence diff --git a/data/datasets/sars-cov-2-21L/references/BA.2/versions/2023-10-26T12:00:00Z/files/qc.json b/data/datasets/sars-cov-2-21L/references/BA.2/versions/2023-10-26T12:00:00Z/files/qc.json new file mode 100644 index 00000000..64215e48 --- /dev/null +++ b/data/datasets/sars-cov-2-21L/references/BA.2/versions/2023-10-26T12:00:00Z/files/qc.json @@ -0,0 +1,446 @@ +{ + "schemaVersion": "1.2.0", + "privateMutations": { + "enabled": true, + "typical": 8, + "cutoff": 24, + "weightLabeledSubstitutions": 4, + "weightReversionSubstitutions": 6, + "weightUnlabeledSubstitutions": 1 + }, + "missingData": { + "enabled": true, + "missingDataThreshold": 2700, + "scoreBias": 300 + }, 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+>USA/MS-MSPHL-0434/2023 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phylogeny shows evolutionary relationships of SARS-CoV-2 viruses from the ongoing novel coronavirus COVID-19 pandemic.\n\nAll data we use were deposited in GISAID by scientists around the world.\nWe gratefully acknowledge the authors, originating and submitting laboratories of the genetic sequence and metadata made available through [GISAID](https://gisaid.org) on which this research is based. 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The underlying data looked at the impact of each mutation independently.\nThe score is calculated using the same logic as Bloom lab's antibody escape calculator (see https://doi.org/10.1093/ve/veac021) using data generated by Yunlong Cao's group (see https://doi.org/10.1101/2022.09.15.507787).", "gene": "S", "aaRange": {"begin": 330, "end": 531}, "ignore": {"clades": ["outgroup"]}, "data": [{"name": "BD-218", "weight": 0.00129, "locations": {"345": {"default": 1.31228, "R": 0}, "360": {"default": 0.33647, "C": 0}, "389": {"default": 0.25278, "L": 0}, "419": {"default": 0.8232, "D": 0}, "452": {"default": 0.37907, "Y": 0}, "454": {"default": 1.10156, "L": 0}, "455": {"default": 2.43797, "F": 0}, "472": {"default": 1.04682, "Y": 0}, "474": {"default": 3.51153, "A": 0}, "486": {"default": 9.21034, "N": 0}, "499": {"default": 0.32631, "T": 0}}}, {"name": "BD-320", "weight": 0.00021, "locations": {"355": {"default": 0.03121, "K": 0}, "368": {"default": 1.04234, "Y": 0}, "371": {"default": 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Hence a score of +1 should be interpreted as 10x higher affinity.\nThe score assumes that mutations do not interact. The underlying data looked at the impact of each mutation independently.\nThe score is calculated using the same data and logic as Bloom lab's ACE2 binding calculator (see https://doi.org/10.1101/2022.09.20.508745).", "gene": "S", "aaRange": {"begin": 330, "end": 531}, "ignore": {"clades": ["outgroup"]}, "data": [{"name": "binding", "weight": 1.0, "locations": {"330": {"A": -0.08339, "C": -0.61624, "D": -0.1467, "E": -0.14146, "F": -0.53604, "G": -0.14484, "H": -0.19436, "I": -0.46421, "K": -0.09607, "L": -0.55369, "M": -0.25741, "N": 0.0, "P": -0.06521, "Q": -0.13873, "R": -0.18489, "S": -0.16987, "T": -0.10898, "V": -0.32157, "W": -0.6072, "Y": -0.44272}, "331": {"A": 0.03723, "C": -0.1646, "D": -0.09454, "E": -0.00955, "F": -0.02361, "G": -0.00814, "H": -0.01101, "I": 0.0, "K": -0.07209, "L": -0.02199, "M": -0.01516, "N": 0.02926, "P": -0.06293, "Q": 0.01714, "R": 0.0064, "S": 0.0205, "T": 0.01065, "V": 0.0018, "W": -0.1405, "Y": -0.07203}, "332": {"A": -0.2175, "C": -0.51502, "D": -0.21308, "E": -0.18687, "F": -0.49592, "G": -0.20532, "H": -0.20389, "I": -0.42507, "K": -0.23397, "L": -0.40154, "M": -0.31041, "N": -0.18362, "P": -0.17295, "Q": -0.22336, "R": -0.21457, "S": -0.04613, "T": 0.0, "V": -0.29518, "W": -0.47201, "Y": -0.3974}, "333": {"A": -0.09013, "C": -0.44868, "D": -0.0576, "E": 0.02585, "F": -0.51715, "G": -0.10246, "H": -0.10042, "I": -0.58908, "K": 0.02457, "L": -0.51049, "M": -0.3047, "N": 0.0, "P": -0.2513, "Q": -0.00543, "R": 0.03989, "S": -0.03017, "T": 0.05743, "V": -0.29943, "W": -0.5553, "Y": -0.43137}, "334": {"A": -0.02993, "C": -0.38026, "D": -0.092, "E": -0.0485, "F": -0.13744, "G": -0.25263, "H": -0.08903, "I": -0.06898, "K": 0.02653, "L": 0.0, "M": -0.14279, "N": -0.01831, "P": 0.06855, "Q": -0.0014, "R": 0.00481, "S": -0.08327, "T": -0.04527, "V": -0.00661, "W": -0.11379, "Y": -0.11917}, "335": {"A": -0.89269, "C": 0.0, "D": -0.68736, "E": -0.9959, "F": -0.78086, "G": -1.02591, "H": -0.70291, "I": -1.32182, "K": -1.05794, "L": -1.26645, "M": -1.15926, "N": -0.62528, "P": -1.26784, "Q": -1.00287, "R": -1.18928, "S": -0.66859, "T": -0.7873, "V": -1.10881, "W": -1.17309, "Y": -0.88445}, "336": {"A": -0.08566, "C": -0.3254, "D": -1e-05, "E": -0.07561, "F": -0.56725, "G": -0.25244, "H": -0.26266, "I": -0.52345, "K": -0.07651, "L": -0.55503, "M": -0.54688, "N": 0.07919, "P": 0.0, "Q": -0.11927, "R": -0.02397, "S": -0.07993, "T": -0.21713, "V": -0.37882, "W": -0.72039, "Y": -0.57162}, "337": {"A": -1.63629, "C": -1.80981, "D": -1.9329, "E": -2.05251, "F": 0.0, "G": -1.62107, "H": -1.44867, "I": -0.601, "K": -1.45901, "L": -0.13852, "M": -0.56316, "N": -1.59717, "P": -1.44914, "Q": -1.54551, "R": -1.80161, "S": -1.64422, "T": -1.51278, "V": -1.13315, "W": -0.2531, "Y": -0.58482}, "338": {"A": -0.01129, "C": -0.64133, "D": 0.0, "E": 0.02348, "F": -0.03069, "G": -0.09735, "H": -0.02718, "I": 0.00583, "K": -0.02886, "L": 0.03561, "M": 0.05696, "N": -0.03172, "P": -0.54214, "Q": -0.08484, "R": -0.10423, "S": -0.05218, "T": -0.01881, "V": -0.06251, "W": -0.23101, "Y": -0.05615}, "339": {"A": -0.23553, "C": -0.56606, "D": -0.26595, "E": 0.0, "F": -0.81069, "G": -0.56443, "H": -0.55099, "I": -0.58538, "K": -0.10226, "L": -0.54341, "M": -0.5239, "N": -0.58251, "P": -1.01938, "Q": -0.11237, "R": -0.39293, "S": -0.2338, "T": -0.30019, "V": -0.50701, "W": -0.87044, "Y": -0.70568}, "340": {"A": -1.36535, "C": -1.28784, "D": -1.6572, "E": -1.57593, "F": -0.72406, "G": -1.78898, "H": -1.57307, "I": 0.01744, "K": -1.75463, "L": -0.55916, "M": -0.64715, "N": -1.65273, "P": -1.68146, "Q": -1.43563, "R": -1.67072, "S": -1.51669, "T": -1.01098, "V": 0.0, "W": -0.6146, "Y": -0.91649}, "341": {"A": -0.99117, "C": -0.94378, "D": -2.24597, "E": -2.12246, "F": 0.0, "G": -1.58959, "H": -1.8015, "I": -0.53652, "K": -1.66158, "L": -0.37796, "M": -0.10848, "N": -1.74301, "P": -1.8154, "Q": -1.58486, "R": -1.66467, "S": -1.72949, "T": -1.38165, "V": -0.59534, "W": -1.17222, "Y": -1.43699}, "342": {"A": -0.54892, "C": 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"K": 0.05231, "L": -0.44387, "M": -0.28338, "N": 0.04814, "P": -0.51536, "Q": -0.0552, "R": 0.0, "S": -0.00693, "T": 0.11142, "V": -0.06784, "W": -0.36121, "Y": -0.14616}, "346": {"A": -1.1911, "C": -1.35768, "D": -2.17672, "E": -1.90847, "F": 0.0, "G": -1.3683, "H": -1.47161, "I": -1.00372, "K": -1.89235, "L": -1.22856, "M": -0.64906, "N": -2.08049, "P": -1.15162, "Q": -1.34862, "R": -1.57564, "S": -1.37362, "T": -1.40475, "V": -0.65471, "W": 0.11771, "Y": -0.52109}, "347": {"A": 0.0, "C": -0.5379, "D": -0.50573, "E": -0.37639, "F": -0.59935, "G": -0.33452, "H": -0.27281, "I": -1.37006, "K": -0.64056, "L": -1.21393, "M": -0.67675, "N": -0.00762, "P": 0.14749, "Q": -0.42944, "R": -0.61536, "S": -0.11941, "T": -0.60117, "V": -0.59835, "W": -0.88229, "Y": -0.58385}, "348": {"A": -0.79008, "C": -0.63003, "D": -0.70296, "E": -1.91329, "F": -1.956, "G": -0.92607, "H": -0.80619, "I": -2.23752, "K": -1.55464, "L": -2.05841, "M": -1.52309, "N": -0.51505, "P": -0.52899, "Q": -1.18534, "R": 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{"A": -1.94038, "C": -2.41934, "D": -2.84518, "E": -2.84548, "F": -0.18804, "G": -2.38105, "H": -1.38672, "I": -2.17087, "K": -2.19706, "L": -2.43873, "M": -2.1701, "N": -2.30421, "P": -1.39182, "Q": -2.4141, "R": -2.33401, "S": -2.16284, "T": -2.51767, "V": -2.01533, "W": 0.0, "Y": -0.44707}, "353": {"A": -0.22404, "C": -0.59133, "D": 0.00101, "E": 0.06848, "F": -1.11765, "G": -0.54456, "H": -0.09456, "I": -0.7004, "K": 0.04498, "L": -1.01291, "M": -0.57313, "N": 0.0, "P": -1.6264, "Q": 0.01438, "R": 0.06084, "S": -0.04042, "T": -0.02107, "V": -0.53881, "W": -1.38174, "Y": -0.60185}, "354": {"A": -2.07346, "C": -2.85029, "D": -3.1634, "E": -2.56022, "F": -2.07754, "G": -2.67195, "H": -0.72806, "I": -2.13854, "K": -1.70915, "L": -2.15997, "M": -2.11838, "N": -2.04497, "P": -2.83235, "Q": -1.6823, "R": 0.0, "S": -1.35672, "T": -1.29167, "V": -2.13766, "W": -2.13884, "Y": -2.16858}, "355": {"A": -0.53425, "C": -0.59279, "D": -0.7079, "E": -0.60154, "F": -0.57117, "G": -1.72519, "H": 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We substitute unused values with "." as per GFF spec. +# See GFF format reference at https://www.ensembl.org/info/website/upload/gff.html +# seqname source feature start end score strand frame attribute +MN908947 GenBank gene 266 13468 . + . gene_name=ORF1a +MN908947 GenBank gene 13468 21555 . + . gene_name=ORF1b +MN908947 GenBank gene 25393 26220 . + . gene_name=ORF3a +MN908947 GenBank gene 21563 25384 . + . gene_name=S +MN908947 GenBank gene 26245 26472 . + . gene_name=E +MN908947 GenBank gene 26523 27191 . + . gene_name=M +MN908947 GenBank gene 27202 27387 . + . gene_name=ORF6 +MN908947 GenBank gene 27394 27759 . + . gene_name=ORF7a +MN908947 GenBank gene 27756 27887 . + . gene_name=ORF7b +MN908947 GenBank gene 27894 28259 . + . gene_name=ORF8 +MN908947 GenBank gene 28274 29533 . + . gene_name=N +MN908947 GenBank gene 28284 28577 . + . gene_name=ORF9b diff --git a/data/datasets/sars-cov-2/references/MN908947/versions/2023-10-26T12:00:00Z/files/primers.csv 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+US CDC (United States),N3,USCDC_N3_P,AYCACATTGGCACCCGCAATCCTG +US CDC (United States),N3,USCDC_N3_R,TGTAGCACGATTGCAGCATTG +"Institut Pasteur, Paris (France)",RdRp,Pasteur_IP2_F,ATGAGCTTAGTCCTGTTG +"Institut Pasteur, Paris (France)",RdRp,Pasteur_IP2_P,AGATGTCTTGTGCTGCCGGTA +"Institut Pasteur, Paris (France)",RdRp,Pasteur_IP2_R,CTCCCTTTGTTGTGTTGT +"Institut Pasteur, Paris (France)",RdRp,Pasteur_IP4_F,GGTAACTGGTATGATTTCG +"Institut Pasteur, Paris (France)",RdRp,Pasteur_IP4_P,TCATACAAACCACGCCAGG +"Institut Pasteur, Paris (France)",RdRp,Pasteur_IP4_R,CTGGTCAAGGTTAATATAGG diff --git a/data/datasets/sars-cov-2/references/MN908947/versions/2023-10-26T12:00:00Z/files/qc.json b/data/datasets/sars-cov-2/references/MN908947/versions/2023-10-26T12:00:00Z/files/qc.json new file mode 100644 index 00000000..64215e48 --- /dev/null +++ b/data/datasets/sars-cov-2/references/MN908947/versions/2023-10-26T12:00:00Z/files/qc.json @@ -0,0 +1,446 @@ +{ + "schemaVersion": "1.2.0", + "privateMutations": { + 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+>USA/MS-MSPHL-0434/2023 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+NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCA +CTTCTGCTGCTCTTCAACCTGAAGAAGAGCAAGAAGAAGATTGGTTAGATGATGATAGTC +AACAAACTGTTGGTCAACAAGACGGCAGTGAGGACAATCAGACAACTACTATTCAAACAA +TTGTTGAGGTTCAACCTCAATTAGAGATGGAACTTACACCAGTTGTTCAGACTATTGAAG +TGAATAGTTTTAGTGGTTATTTAAAACTTACTGACAATGTATACATTAAAAATGCAGACA +TTGTGGAAGAAGCTAAAAAGGTAAAACCAACAGTGGTTGTTAATGCAGCCAATGTTTACC +TTAAACATGGAGGAGGTGTTGCAGGAGCCTTAAATAAGGCTACTAACAATGCCATGCAAG +TTGAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNCTGCCACTCTTGTTAGTGACATTGACATCACTTTCTTAAAGAAAGATGCTCCAT +ATATAGTGGGTGATGTTGTTCAAGAGGGTGTTTTAACTGTTGTGGTTATACCTACTAAAA +AGGCTGGTGGCACTACTGAAATGCTAGCGAAAGCTTTGAGAAAAGTGCCAACAGACAATT +ATATAACCACTTACCCGGGTCAGGGTTTAAATGGTTACACTGTAGAGGAGGCAAAGACAG +TGCTTAAAAAGTGTAAAAGTGCCTTTTACATTCTACCATCTATTATCTCTAATGAGAAGC +AAGAAATTCTTGGAACTGTTTCTTGGAATTTGCGAGAAATGCTTGCACATGCAGAAGANN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTANNCAACATTAACCTCCACACGCAAGTTGTGG +ACATGTCAATGACATATGGACAACAGTTTGGTCCAACTTATTTGGATGGAGCTGATGTTA +CTAAAATAAAACCTCATAATTCACATGAAGGTAAAACATTTTATGTTTTACCTAATGATG +ACACTCTACGTGTTGAGGCTTTTGAGTACTACCACACAACTGATCCTAGTTTTCTGGGTA +GGTACATGTCAGCATTAAATCACACTAAAAAGTGGAAATACCCACAAGTTAATGGTTTAA +CTTCTATTAAATGGGCAGATAACAACTGTTATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNAAGTTGTAGGAGACATTATACTTAAACCAGCAAATAATAGTTTTA +AAATTACAGAAGAGGTTGGCCACACAGATCTAATGGCTGCTTATGTAGACAATTCTAGTC +TTACTATTAAGAAACCTAATGAATTATCTAGAGTATTAGGTTTGAAAACCCTTGCTACTC +ATGGTTTAGCTGCTGTTAATAGTGTCCCTTGGGATACTATAGCTAATTATGCTAAGCCTT +TTCTTAACAAAGTTGTTAGTACAACTACTAACATAGTTACACGGTGTTTAAACCGTGTTT +GTACTAATTATATGCCTTATTTCTTTACTTTATTGCTACAATTGTGTACTTTTACTAGAA +GTACAAATTCTAGAATTAAAGCATCTATGCCGACTACTATAGCAAAGANNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGTGATACATTCTGTGCTGGTAGTACATTTA +TTAGTGATGAAGTTGCGAGAGACTTGTCACTACAGTTTAAAAGACCAATAAATCCTACTG +ACCAGTCTTCTTACATCGTTGATAGTGTTACAGTGAAGAATGGTTCCATCCATCTTTACT +TTGATAAAGCTGGTCAAAAGACTTATGAAAGACATTCTCTCTCTCATTTTGTTAACTTAG +ACAACCTGAGAGCTAATAACACTAAAGGTTCATTGCCTATTAATGTTATAGTTTTTGATG +GTAAATCAAAATGTGAAGAATCATCTGCAAAATCAGCGTCTGTTTACTACAGTCAGCTTA +TGTGTCAACCTATACTGTTACTAGATCAGGCATTAGTGTCTGATGTTGGTGATAGNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTTGTTAC +TCACAATTTTGACTTCACTTTTAGTTTTAGTCCAGAGTACTCAATGGTCTTTGTTCTTTT +TTTTGTATGAAAATGCCTTTTTACCTTTTGCTATGGGTATTATTGCTATGTCTGCTTTTG +CAATGATGTTTGTCAAACATAAGCATGCATTTCTCTGTTTGTTTTTGTTACCTTCTCTTG +CCACTGTAGCTTATTTTAATATGGTCTATATGCCTGCTAGTTGGGTGATGCGTATTATGA +CATGGTTGGATATGGTTGATACTAGTTTGTCTGGTTTTAAGCTAAAAGACTGTGTTATGT +ATGCATCAGCTGTAGTGTTACTAATCCTTATGACAGCAAGAACTGTGTATGATGATGGTG +CTAGGAGAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNCTTCATAACTGGTAATACACTTCAGTGTATAATGCTAGTTTATTGTT +TCTTAGGCTATTTTTGTACTTGTTACTTTGGCCTCNTTTGTTTACTCAACCGCTACTTTA +GACTGACTCTTGGTGTTTATGATTAYTTAGTTTCTACACAGGAGTTTAGATATATGAATT +CACAGGGACTACTCCCACCCAAGAATAGCATAGATGCCTTCAAACTCAACATTAAATTGT +TGGGTGTTGGTGGCAAACCTTGTATCAAAGTAGCCACTGTACAGTCTAAAATGTCAGATG +TAAAGTGCACATCAGTAGTCTTACTCTCAGTTTTGCAACAACTCAGAGTAGAATCATCAT +CTAAATTGTGGGCTCAATGTGTCCAGTTAYACAATGACATTCTCTTAGCTAAAGATACTA +CTGAAGCCTTTGAAAAAATGGTTTCACTACTTTCTGTTTTGCTTTCCATGCAGGGTGCTG +TAGACATAAACAAGCTTTGTGAAGAAATGCTGGACAACAGGGCAACCTTACAAGCTATAG +CCTCAGAGTTTAGTTCCCTTCCATCATATGCAGCTTTTGCTACTGCTCAAGAAGCTTATG +AGCAGGCTGTTGCTAATGGTGATTCTGAAGTTGTTCTTAAAAAGTTGAAGAAGTCTTTGA +ATGTGGCTAAATCTGAATTTGACCGTGATGCAGCCATGCAACGTAAGTTGGAAAAGATGG +CTGATCAAGCTATGACCCAAATGTATAAACAGGCTAGATCTGAGGACAAGAGGGCAAAAG +TTACTAGTGCTATGCAGACAATGCTTTTCACTATGCTTAGAAAGTTGGATAATGATGCAC +TCAACAACATTATCAACAATGCAAGAGATGGTTGTGTTCCCTTGAACATAATACCTCTTA +CAACAGCAGCCAAACTAATGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGT +GTATGCTGCTGACCCTGCTATGCACGCTGCTTCTGGTAATCTATTACTAGATAAACGCAC +TACGTGCTTTTCAGTAGCTGCACTTACTAACAATGTTGCTTTTCAAACTGTCAAACCCGG +TAATTTTAACAAAGACTTCTATGACTTTGCTGTGTCTAAGGGTTTCTTTAAGGAAGGAAG +TTCTGTTGAATTAAAACACTTCTTCTTTGCTCAGGATGGTAATGCTTCTATCAGCGATTA +TGACTACTATCGTTATAATCTACCAACAATGTGTGATATCAGACAACTACTATTTGTAGT +TGAAGTTGTTGATAAGTACTTTGATTGTTACGATGGTGGCTGTATTAATGCTAACCAAGN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGATGCCACAACTGCTTATGCTAATAGTGT +TTTTAACATTTGTCAAGCTGTCACGGCCAATGTTAATGCACTTTTATCTACTGATGGTAA +CAAAATTGCCGATAAGTATGTCCGCAATTTACAACACAGACTTTATGAGTGTCTCTATAG +AAATAGAGATGTTGACACAGACTTTGTGAATGAGTTTTACGCATATTTGCGTAAACATTT +CTCAATGATGATACTCTCTGACGATGCTGTTGTGTGTTTCAATAGCACTTATGCATCTCA +AGGTCTAGTGGCTAGCATAAAGAACTTTAAGTCAGTTCTTTATTATCAAAACAATGTTTT +TATGTCTGAAGCAAAATGTTGGACTGAGACTGACCTTACTAAAGGACCTCATGAATTTTG +CTCTCAACATACAATGCTAGTTAAACAGGGTGATGATTATGTGTACCTTCCTTACCCAGA +TCCATCAAGAATCCTAGGGGCCGGCTGTTTTGTAGATGATATCGTAAAAACAGATGGTAC +ACTTATGATTGAACGGTTCGTGTCTTTAGCTATAGATGCTTACCCACTTACTAAACATCC +TAATCAGGAGTATGCTGATGTCTTTCATTTGTACTTACAATACATAAGAAAGCTACATGA +TGAGTTAACAGGACACATGTTAGACATGTATTCTGTTATGCTTACTAATGATAACACTTC +AAGGTATTGGGAACCTGAGTTTTATGAGGCTATGTACACACCGCATACAGTCTTACAGGC +TGTTGGGGCTTGTGTTCTTTGCAATTCACAGACTTCATTAAGATGTGGTGCTTGCATACG +TAGACCATTCTTATGTTGTAAATGCTGTTACGACCATGTCATATCAACATCACATAAATT +AGTCTTGTCTGTTAATCCGTATGTTTGCAATGCTCCAGGTTGTGATGTCACAGATGTGAC +TCAACTTTACTTAGGAGGTATGAGCTATTATTGTAAATCACATAAACCACCCATTAGTTT +TCCATTGTGTGCTAATGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTCCA +GGGACCACCTGGTACTGGTAAGAGTCATTTTGCTATTGGCCTAGCTCTCTACTACCCTTC +TGCTCGCATAGTGTATACAGCTTGCTCTCATGCCGCTGTTGATGCACTATGTGAGAAGGC +ATTAAAATATTTGCCTATAGATAAATGTAGTAGAATTATACCTGCACGTGCTCGTGTAGA +GTGTTTTGATAAATTCAAAGTGAATTCAACATTAGAACAGTATGTCTTTTGTACTGTAAA +TGCATTGCCTGAGACGACAGCAGATATAGTTGTCTTTGATGAAATTTCAATGGCCACAAA +TTATGATTTGAGTGTTGTCAATGCCAGATTACGTGCTAAGCACTATGTGTACATTGGCGA +CCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTAT +AAGACATGTACGTGCATGGATTGGCTTCGATGTCGAGGGGTGTCATGCTACTAGAGAAGC +TGTTGGTACCAATTTACCTTTACAGCTAGGTTTTTCTACAGGTGTTAACCTAGTTGCTGT +ACCTACAGGTTATGTTGATACACCTAATAATACAGATTTTTCCAGAGTTAGTGCTAAACC +ACCGCCTGGAGATCAATTTAAACACCTCATACCACTTATGTACAAAGGACTTCCTTGGAA +TGTAGTGCGTATAAAGATTGTACAAATGTTAAGTGACACACTTAAAAATCTCTCTGACAG +AGTCGTATTTGTCTTATGGGCACATGGCTTTGAGTTGACATCTATGAAGTATTTTGTGAA +AATAGGACCTGAGCGCACCTGTTGTCTATGTGATAGACGTGCCACATGCTTTTCCACTGC +TTCAGACACTTATGCCTGTTGGCATCATTCTATTGGATTTGATTACGTCTATAATCCGTT +TATGATTGATGTTCAACAATGGGGTTTTACAGGTAACCTACAAAGCAACCATGATCTGTA +TTGTCAAGTCCATGGTAATGCACATGTAGCTAGTTGTGATGCAATCATGACTAGGTGTCT +AGCTGTCCACGAGTGCTTTGTTAAGCGTGTTGACTGGACTATTGAATATCCTATAATTGG +TGATGAACTGAAGATTAATGCGGCTTGTAGAAAGGTTCAACACATGGTTGTTAAAGCTGC +ATTATTAGCAGACAAATTCCCAGTTCTTCACGACATTGGTAACCCTAAAGCTATTAAGTG +TGTACCTCAAGCTGATGTAGAATGGAAGTTCTATGATGCACAGCCTTGTAGTGACAAAGC +TTATAAAATAGAAGAATTATTCTATTCTTATGCCACACATTCTGACAAATTCACAGATGG +TGTATGCCTATTTTGGAATTGCAATGTCGATAGATATCCTGCTAATTCCATTGTTTGTAG +ATTTGACACTAGAGTGCTATCTAACCTTAACTTGCCTGGTTGTGATGGTGGCAGTTTGTA 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+NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNCTTTTGAATATGTCTCTCAGCCTTTTCTTATGGACCTTGAAGGAAAACAGGGTAATT +TCAAAAATCTTAGGGAATTTGTGTTTAAGAATATTGATGGTTATTTTAAAATATATTCTA +AGCACACGCCTATTAATTTAGTGCGTGATCTCCCTCAGGGTTTTTCGGCTTTAGAACCAT +TGGTAGATTTGCCAATAGGTATTAACATCACTAGGTTTCAAACTTTACTTGCTTTACATN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCTATGCAGATTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNATCTTATGTCCTTCCCTCAGTCAGCACCTCATGGTGTAGTCTTCTTGCATGTGA +CTTATGTCCCTGCACAAGAAAAGAACTTCACAACTGCTCCTGCCATTTGTCATGATGGAA +AAGCACACTTTCCTCGTGAAGGTGTCTTTGTTTCAAATGGCACACACTGGTTTGTAACAC +AAAGGAATTTTTATGAACCACAAATCATTACTACAGACAACACATTTGTGTCTGGTAACT +GTGATGTTGTAATAGGAATTGTCAACAACACAGTTTATGATCCTTTGCAACCTGAATTAG +ACTCATTCAAGGAGGAGTTAGATAAATATTTTAAGAATCATACATCACCAGATGTTGATT 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phylogeny shows evolutionary relationships of SARS-CoV-2 viruses from the ongoing novel coronavirus COVID-19 pandemic.\n\nAll data we use were deposited in GISAID by scientists around the world.\nWe gratefully acknowledge the authors, originating and submitting laboratories of the genetic sequence and metadata made available through [GISAID](https://gisaid.org) on which this research is based. A full listing of all originating and submitting laboratories is available below. An attribution table is available by clicking on \"Download Data\" at the bottom of the page and then clicking on \"Strain Metadata\" in the resulting dialog box.\n","colorings":[{"key":"clade_membership","title":"Clade","type":"categorical","scale":[["20H","#5E1D9D"],["20I","#4C24AF"],["20J","#4433BE"],["21A","#3F45C8"],["21I","#3E58CF"],["21J","#416BCF"],["21B","#447DCC"],["21C","#4A8BC3"],["21D","#5098B9"],["21E","#58A2AC"],["21F","#61AA9D"],["21G","#6BB18E"],["21H","#76B680"],["21K","#82BA71"],["21L","#8FBC65"],["21M","#9DBE5A"],["22A","#ABBD52"],["22B","#B9BC4A"],["22C","#C5B945"],["22D","#D1B440"],["22E","#DAAC3D"],["22F","#E1A13A"],["23A","#E69437"],["23B","#E68134"],["23C","#E56E30"],["23D","#E2562B"],["23E","#DE3F27"],["23F","#DB2823"]]},{"key":"gt","title":"Genotype","type":"categorical"},{"key":"designation_date","title":"Designation 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