From bcdfeca3b6ee470301bc93835e3b4a9ac298bf0e Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Cornelius Roemer Date: Mon, 8 May 2023 16:58:39 +0200 Subject: [PATCH 1/2] Add placementMaskRanges and new labeled muts (23B) fix: correct range syntax Add sc2 main dataset --- .../2023-05-10T12:00:00Z/files/genemap.gff | 18 + .../2023-05-10T12:00:00Z/files/primers.csv | 1 + .../2023-05-10T12:00:00Z/files/qc.json | 431 + .../files/reference.fasta | 500 + .../files/sequences.fasta | 60 + .../2023-05-10T12:00:00Z/files/tag.json | 25 + .../2023-05-10T12:00:00Z/files/tree.json | 1 + .../files/virus_properties.json | 43339 +++++++++++++++ .../2023-05-10T12:00:00Z/files/genemap.gff | 18 + .../2023-05-10T12:00:00Z/files/primers.csv | 37 + .../2023-05-10T12:00:00Z/files/qc.json | 431 + .../files/reference.fasta | 500 + .../files/sequences.fasta | 44818 ++++++++++++++++ .../2023-05-10T12:00:00Z/files/tag.json | 25 + .../2023-05-10T12:00:00Z/files/tree.json | 1 + .../files/virus_properties.json | 2573 + 16 files changed, 92778 insertions(+) create mode 100644 data/datasets/sars-cov-2-21L/references/BA.2/versions/2023-05-10T12:00:00Z/files/genemap.gff create mode 100644 data/datasets/sars-cov-2-21L/references/BA.2/versions/2023-05-10T12:00:00Z/files/primers.csv create mode 100644 data/datasets/sars-cov-2-21L/references/BA.2/versions/2023-05-10T12:00:00Z/files/qc.json create mode 100644 data/datasets/sars-cov-2-21L/references/BA.2/versions/2023-05-10T12:00:00Z/files/reference.fasta create mode 100644 data/datasets/sars-cov-2-21L/references/BA.2/versions/2023-05-10T12:00:00Z/files/sequences.fasta create mode 100644 data/datasets/sars-cov-2-21L/references/BA.2/versions/2023-05-10T12:00:00Z/files/tag.json create mode 100644 data/datasets/sars-cov-2-21L/references/BA.2/versions/2023-05-10T12:00:00Z/files/tree.json create mode 100644 data/datasets/sars-cov-2-21L/references/BA.2/versions/2023-05-10T12:00:00Z/files/virus_properties.json create mode 100644 data/datasets/sars-cov-2/references/MN908947/versions/2023-05-10T12:00:00Z/files/genemap.gff create mode 100644 data/datasets/sars-cov-2/references/MN908947/versions/2023-05-10T12:00:00Z/files/primers.csv create mode 100644 data/datasets/sars-cov-2/references/MN908947/versions/2023-05-10T12:00:00Z/files/qc.json create mode 100644 data/datasets/sars-cov-2/references/MN908947/versions/2023-05-10T12:00:00Z/files/reference.fasta create mode 100644 data/datasets/sars-cov-2/references/MN908947/versions/2023-05-10T12:00:00Z/files/sequences.fasta create mode 100644 data/datasets/sars-cov-2/references/MN908947/versions/2023-05-10T12:00:00Z/files/tag.json create mode 100644 data/datasets/sars-cov-2/references/MN908947/versions/2023-05-10T12:00:00Z/files/tree.json create mode 100644 data/datasets/sars-cov-2/references/MN908947/versions/2023-05-10T12:00:00Z/files/virus_properties.json diff --git a/data/datasets/sars-cov-2-21L/references/BA.2/versions/2023-05-10T12:00:00Z/files/genemap.gff b/data/datasets/sars-cov-2-21L/references/BA.2/versions/2023-05-10T12:00:00Z/files/genemap.gff new file mode 100644 index 00000000..bfd93938 --- /dev/null +++ b/data/datasets/sars-cov-2-21L/references/BA.2/versions/2023-05-10T12:00:00Z/files/genemap.gff @@ -0,0 +1,18 @@ +##gff-version 3 +##sequence-region MN908947 1 29903 +# Gene map (genome annotation) of SARS-CoV-2 in GFF format. +# For gene map purpses we only need some of the columns. We substitute unused values with "." as per GFF spec. +# See GFF format reference at https://www.ensembl.org/info/website/upload/gff.html +# seqname source feature start end score strand frame attribute +MN908947 GenBank gene 266 13468 . + . gene_name=ORF1a +MN908947 GenBank gene 13468 21555 . + . gene_name=ORF1b +MN908947 GenBank gene 25393 26220 . + . gene_name=ORF3a +MN908947 GenBank gene 21563 25384 . + . gene_name=S +MN908947 GenBank gene 26245 26472 . + . gene_name=E +MN908947 GenBank gene 26523 27191 . + . gene_name=M +MN908947 GenBank gene 27202 27387 . + . gene_name=ORF6 +MN908947 GenBank gene 27394 27759 . + . gene_name=ORF7a +MN908947 GenBank gene 27756 27887 . + . gene_name=ORF7b +MN908947 GenBank gene 27894 28259 . + . gene_name=ORF8 +MN908947 GenBank gene 28274 29533 . + . gene_name=N +MN908947 GenBank gene 28284 28577 . + . gene_name=ORF9b diff --git a/data/datasets/sars-cov-2-21L/references/BA.2/versions/2023-05-10T12:00:00Z/files/primers.csv 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A full listing of all originating and submitting laboratories is available below. 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escape", + "description": "This column displays predicted neutralizing antibody escape relative to BA.2.\nThe remaining antibody fraction can be calculated as exp(-escape_score). An escape value of 0 means all binding is retained. A value of 1 means e^(-1)=0.4 of binding is retained. A value of 2 means ~17% of binding is retained etc.\nNote that the score does not distinguish between amino acids that are subsituted, so S:346T has the same score as S:346I.\nNote that only RBD mutations are considered, defined as mutations between S:330 and S:531. Mutations outside this range are ignored.\nAll reversions to reference apart from S:493 are ignored as they are assumed to be artefacts.\nThe score assumes that mutations do not interact. The underlying data looked at the impact of each mutation independently.\nThe score is calculated using the same logic as Bloom lab's antibody escape calculator (see https://doi.org/10.1093/ve/veac021) using data generated by Yunlong Cao's group (see https://doi.org/10.1101/2022.09.15.507787).", + "gene": "S", + "aaRange": { "begin": 330, "end": 531 }, + "ignore": { "clades": ["outgroup"] }, + "data": [ + { + "name": "BD-218", + "weight": 0.00129, + "locations": { + "345": { "default": 1.31228, "R": 0 }, + "360": { "default": 0.33647, "C": 0 }, + "389": { "default": 0.25278, "L": 0 }, + "419": { "default": 0.8232, "D": 0 }, + "452": { "default": 0.37907, "Y": 0 }, + "454": { "default": 1.10156, "L": 0 }, + "455": { "default": 2.43797, "F": 0 }, + "472": { "default": 1.04682, "Y": 0 }, + "474": { "default": 3.51153, "A": 0 }, + "486": { "default": 9.21034, "N": 0 }, + "499": { "default": 0.32631, "T": 0 } + } + }, + { + "name": "BD-320", + "weight": 0.00021, + "locations": { + "355": { 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"name": "COV2-2381", + "weight": 0.00041, + "locations": { + "345": { "default": 0.12496, "R": 0 }, + "356": { "default": 0.05568, "R": 0 }, + "382": { "default": 0.0458, "S": 0 }, + "446": { "default": 0.0396, "G": 0 }, + "454": { "default": 0.04796, "L": 0 }, + "467": { "default": 0.04914, "I": 0 }, + "471": { "default": 0.04669, "I": 0 }, + "472": { "default": 0.05989, "Y": 0 }, + "474": { "default": 0.05349, "A": 0 }, + "475": { "default": 0.3326, "G": 0 }, + "480": { "default": 0.04152, "N": 0 }, + "485": { "default": 9.21034, "F": 0 }, + "486": { "default": 0.77193, "N": 0 }, + "500": { "default": 0.05473, "N": 0 } + } + }, + { + "name": "COV2-2485", + "weight": 0.00087, + "locations": { + "345": { "default": 1.63645, "R": 0 }, + "351": { "default": 0.27651, "A": 0 }, + "355": { "default": 9.21034, "K": 0 }, + "391": { "default": 0.44764, "F": 0 }, + "454": { "default": 0.4019, "L": 0 }, + "467": { "default": 2.10718, "I": 0 } + } + }, + { + "name": "COV2-3025", + "weight": 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0.03608, "P": 0 } + } + }, + { + "name": "XGv-422", + "weight": 0.00059, + "locations": { + "346": { "default": 0.19249, "F": 0 }, + "355": { "default": 0.25045, "K": 0 }, + "356": { "default": 0.45052, "R": 0 }, + "368": { "default": 0.11777, "Y": 0 }, + "395": { "default": 0.16861, "Y": 0 }, + "457": { "default": 0.18558, "K": 0 }, + "461": { "default": 9.21034, "K": 0 }, + "462": { "default": 0.28754, "P": 0 }, + "464": { "default": 0.52205, "E": 0 }, + "465": { "default": 0.61479, "R": 0 }, + "467": { "default": 0.19652, "I": 0 }, + "483": { "default": 0.10112, "E": 0 }, + "513": { "default": 0.13876, "S": 0 } + } + } + ] + }, + { + "name": "ace2_binding", + "nameFriendly": "ACE2 binding", + "description": "This column displays the predicted impact of RBD mutations on ACE2 binding, relative to a BA.2 baseline.\nA score is in log10 space. Hence a score of +1 should be interpreted as 10x higher affinity.\nThe score assumes that mutations do not interact. The underlying data looked at the impact of each mutation independently.\nThe score is calculated using the same data and logic as Bloom lab's ACE2 binding calculator (see https://doi.org/10.1101/2022.09.20.508745).", + "gene": "S", + "aaRange": { "begin": 330, "end": 531 }, + "ignore": { "clades": ["outgroup"] }, + "data": [ + { + "name": "binding", + "weight": 1.0, + "locations": { + "330": { + "A": -0.08339, + "C": -0.61624, + "D": -0.1467, + "E": -0.14146, + "F": -0.53604, + "G": -0.14484, + "H": -0.19436, + "I": -0.46421, + "K": -0.09607, + "L": -0.55369, + "M": -0.25741, + "N": 0.0, + "P": -0.06521, + "Q": -0.13873, + "R": -0.18489, + "S": -0.16987, + "T": -0.10898, + "V": -0.32157, + "W": -0.6072, + "Y": -0.44272 + }, + "331": { + "A": 0.03723, + "C": -0.1646, + "D": -0.09454, + "E": -0.00955, + "F": -0.02361, + "G": -0.00814, + "H": -0.01101, + "I": 0.0, + "K": -0.07209, + "L": -0.02199, + "M": -0.01516, + "N": 0.02926, + "P": -0.06293, + "Q": 0.01714, + "R": 0.0064, + "S": 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"R": -1.71833, + "S": -2.562, + "T": -1.14262, + "V": 0.0, + "W": -2.24141, + "Y": -2.35554 + }, + "433": { + "A": -0.53002, + "C": -0.45543, + "D": -3.32505, + "E": -3.32669, + "F": 0.09626, + "G": -1.31554, + "H": -1.17621, + "I": 0.0, + "K": -1.90889, + "L": -0.17925, + "M": -0.13809, + "N": -2.62986, + "P": -2.84557, + "Q": -2.68621, + "R": -2.38107, + "S": -1.5127, + "T": -1.02002, + "V": -0.30194, + "W": -0.05069, + "Y": -0.03633 + }, + "434": { + "A": 0.0, + "C": -0.5109, + "D": -2.85275, + "E": -2.4915, + "F": -0.53228, + "G": -1.10623, + "H": -0.48322, + "I": -0.48392, + "K": -0.77861, + "L": -1.15369, + "M": -0.51848, + "N": -0.59079, + "P": -2.18131, + "Q": -1.06347, + "R": -0.85817, + "S": 0.00111, + "T": -0.21232, + "V": -0.14344, + "W": -0.16444, + "Y": -0.25843 + }, + "435": { + "A": -1.30416, + "C": -1.26283, + "D": -3.09954, + "E": -2.58976, + "F": -0.18736, + "G": -1.95777, + "H": -1.41722, + "I": -0.49904, + "K": -0.81995, + "L": -0.55863, + "M": -0.2654, + "N": 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"I": -1.48449, + "K": -1.93892, + "L": -1.69461, + "M": -1.79027, + "N": -2.0973, + "P": -2.60759, + "Q": -2.13315, + "R": -1.7268, + "S": -1.84394, + "T": -1.93709, + "V": -1.84641, + "W": -1.65587, + "Y": -1.69128 + }, + "442": { + "A": -0.02161, + "C": -1.85438, + "D": -2.95444, + "E": -3.18162, + "F": -2.04269, + "G": -0.57715, + "H": -2.2871, + "I": -2.50171, + "K": -2.18965, + "L": -2.44429, + "M": -2.27331, + "N": -2.16601, + "P": -2.47314, + "Q": -1.9752, + "R": -2.19331, + "S": 0.0, + "T": -1.59109, + "V": -2.26786, + "W": -2.03292, + "Y": -2.24347 + }, + "443": { + "A": -0.06596, + "C": -0.39581, + "D": -0.37581, + "E": -0.21726, + "F": -0.32164, + "G": -0.7616, + "H": -0.21908, + "I": -0.39235, + "K": 0.0, + "L": -0.32805, + "M": -0.18956, + "N": -0.15538, + "P": -1.52828, + "Q": -0.04514, + "R": -0.10046, + "S": -0.12325, + "T": -0.09878, + "V": -0.28583, + "W": -0.28742, + "Y": -0.22779 + }, + "444": { + "A": -0.1671, + "C": -1.27499, + "D": -0.30077, + "E": -0.20468, + 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"S": -1.6213, + "T": -1.44815, + "V": -0.76275, + "W": -0.51051, + "Y": -1.90056 + }, + "456": { + "A": -0.61549, + "C": -2.08861, + "D": -2.86589, + "E": -3.07057, + "F": -2.24237, + "G": -0.68427, + "H": -1.09903, + "I": -2.27995, + "K": -0.52718, + "L": -2.13436, + "M": -1.76589, + "N": -1.39736, + "P": -3.1556, + "Q": -1.74334, + "R": 0.0, + "S": -0.7317, + "T": -2.09264, + "V": -2.49908, + "W": -2.09761, + "Y": -1.84875 + }, + "457": { + "A": -0.11646, + "C": -0.63223, + "D": -0.08745, + "E": -0.07323, + "F": -0.62357, + "G": -0.16202, + "H": 0.07029, + "I": -0.53617, + "K": 0.0, + "L": -0.45787, + "M": -0.38176, + "N": -0.17706, + "P": 0.04426, + "Q": -0.1168, + "R": -0.07018, + "S": 0.02573, + "T": -0.12038, + "V": -0.41728, + "W": -0.62232, + "Y": -0.27597 + }, + "458": { + "A": -0.08701, + "C": -0.40833, + "D": 0.01096, + "E": 0.03542, + "F": -0.43393, + "G": 0.02008, + "H": -0.05093, + "I": -0.32432, + "K": 0.02153, + "L": -0.53488, + "M": -0.36507, + "N": -0.037, + "P": 0.05503, + "Q": -0.00513, + "R": -0.03971, + "S": 0.0, + "T": 0.04317, + "V": -0.13981, + "W": -0.51547, + "Y": -0.28524 + }, + "459": { + "A": 0.09426, + "C": -0.13006, + "D": -0.24673, + "E": -0.17796, + "F": -0.39049, + "G": -0.22714, + "H": -0.00083, + "I": 0.02235, + "K": 0.20448, + "L": -0.12031, + "M": -0.14717, + "N": 0.0, + "P": 0.13569, + "Q": 0.02591, + "R": 0.09767, + "S": -0.00879, + "T": -0.00304, + "V": 0.0552, + "W": -0.62053, + "Y": -0.28312 + }, + "460": { + "A": -1.70512, + "C": -1.4465, + "D": -3.26238, + "E": -3.12478, + "F": -1.38176, + "G": -2.42943, + "H": -1.9298, + "I": -0.06, + "K": -1.94275, + "L": 0.0, + "M": -0.52597, + "N": -1.60745, + "P": -2.32839, + "Q": -2.13389, + "R": -2.04638, + "S": -2.03642, + "T": -1.4325, + "V": -0.33591, + "W": -2.19563, + "Y": -1.7646 + }, + "461": { + "A": -0.0648, + "C": -0.61623, + "D": -0.26649, + "E": -0.14912, + "F": -0.45629, + "G": -0.28122, + "H": -0.16157, + "I": -0.35001, + "K": 0.0, + "L": -0.14915, + "M": 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-2.34324, + "W": -1.03257, + "Y": -1.84117 + }, + "476": { + "A": -0.71041, + "C": -0.71317, + "D": -0.62595, + "E": -0.69077, + "F": -0.94473, + "G": -0.68808, + "H": -0.6195, + "I": -0.83939, + "K": -0.90092, + "L": -0.83823, + "M": -0.74428, + "N": 0.0, + "P": -0.20312, + "Q": -0.68468, + "R": -0.78507, + "S": -0.73548, + "T": -0.72763, + "V": -0.77844, + "W": -0.76235, + "Y": -0.7784 + }, + "477": { + "A": -0.09307, + "C": -0.49468, + "D": -0.20273, + "E": -0.09871, + "F": -0.1581, + "G": -0.4136, + "H": -0.04354, + "I": -0.05863, + "K": 0.0, + "L": -0.08512, + "M": -0.16034, + "N": -0.10894, + "P": -1.01917, + "Q": -0.03653, + "R": -0.14661, + "S": -0.05386, + "T": -0.07731, + "V": -0.00231, + "W": -0.34277, + "Y": -0.11029 + }, + "478": { + "A": -0.06279, + "C": -0.59483, + "D": -0.00893, + "E": -0.0876, + "F": -0.37773, + "G": -0.08269, + "H": -0.1689, + "I": -0.53322, + "K": -0.23924, + "L": -0.21282, + "M": -0.3337, + "N": -0.12525, + "P": 0.0, + "Q": -0.17943, + "R": -0.28863, + "S": -0.69618, + "T": -0.81918, + "V": -0.39741, + "W": -0.54271, + "Y": -0.35402 + }, + "479": { + "A": -2.68193, + "C": 0.0, + "D": -3.21954, + "E": -2.95046, + "F": -2.47736, + "G": -2.71714, + "H": -2.45839, + "I": -2.47157, + "K": -2.08845, + "L": -2.70445, + "M": -2.62381, + "N": -2.45394, + "P": -2.45367, + "Q": -2.73777, + "R": -1.77771, + "S": -2.54628, + "T": -2.42059, + "V": -2.35391, + "W": -2.07319, + "Y": -2.1655 + }, + "480": { + "A": -0.14295, + "C": -0.42543, + "D": -0.02769, + "E": -0.03128, + "F": -0.25768, + "G": -0.00229, + "H": -0.07248, + "I": -0.48123, + "K": -0.12029, + "L": -0.12279, + "M": -0.15757, + "N": 0.0, + "P": -0.43619, + "Q": -0.08982, + "R": -0.20672, + "S": -0.10317, + "T": -0.28723, + "V": -0.37217, + "W": -0.28328, + "Y": -0.24285 + }, + "481": { + "A": -0.22009, + "C": -0.79781, + "D": -0.10426, + "E": -0.17638, + "F": -0.59094, + "G": 0.0, + "H": -0.23734, + "I": -1.14759, + "K": -0.20934, + "L": -0.64143, + "M": -0.38612, + "N": -0.04804, + "P": -0.91165, + "Q": -0.16009, + "R": -0.24209, + "S": -0.13181, + "T": -0.52426, + "V": -0.90408, + "W": -0.75291, + "Y": -0.65394 + }, + "482": { + "A": 0.05118, + "C": -0.45651, + "D": -0.13622, + "E": 0.03516, + "F": -0.13628, + "G": -0.13455, + "H": -0.03426, + "I": -0.08512, + "K": 0.1122, + "L": -0.04199, + "M": 0.04105, + "N": -0.00538, + "P": -0.88891, + "Q": 0.08577, + "R": 0.00518, + "S": 0.07715, + "T": 0.00621, + "V": 0.0, + "W": -0.43832, + "Y": -0.10361 + }, + "483": { + "A": 0.0, + "C": -0.68139, + "D": -0.16932, + "E": 0.26886, + "F": -1.47471, + "G": -0.255, + "H": -0.74179, + "I": -0.49097, + "K": -0.11194, + "L": -0.62929, + "M": -0.40545, + "N": -0.15617, + "P": -0.17953, + "Q": 0.00717, + "R": -0.15514, + "S": 0.04825, + "T": 0.08877, + "V": -0.60259, + "W": -0.89493, + "Y": -1.56828 + }, + "484": { + "A": -0.57785, + "C": -1.4463, + "D": -0.76511, + "E": -0.78271, + "F": -1.45795, + "G": 0.0, + "H": -0.78203, + "I": -1.62306, + "K": -0.56839, + "L": -1.49708, + "M": -0.80976, + "N": -0.85157, + "P": -1.77631, + "Q": -0.20976, + "R": -0.89205, + "S": -0.79095, + "T": -0.74587, + "V": -1.71702, + "W": -1.2609, + "Y": -1.45721 + }, + "485": { + "A": -0.35877, + "C": -1.57906, + "D": -1.76233, + "E": -1.58597, + "F": 0.0, + "G": -1.24749, + "H": -0.50794, + "I": -0.49872, + "K": -0.86827, + "L": -0.83555, + "M": -0.76305, + "N": -0.94195, + "P": -0.21366, + "Q": -0.84959, + "R": -0.81758, + "S": -0.81919, + "T": -0.8691, + "V": -0.46831, + "W": -0.73108, + "Y": -0.84753 + }, + "486": { + "A": -2.17134, + "C": -1.998, + "D": -1.43224, + "E": -3.08393, + "F": -2.07006, + "G": -1.60182, + "H": -1.98898, + "I": -1.85521, + "K": -2.16005, + "L": -2.09114, + "M": -2.19018, + "N": 0.0, + "P": -2.38634, + "Q": -2.17167, + "R": -1.70405, + "S": -1.9288, + "T": -2.29629, + "V": -2.10186, + "W": -1.80879, + "Y": -2.08847 + }, + "487": { + "A": -2.12932, + "C": 0.0, + "D": -3.0283, + "E": -2.68282, + "F": -2.02407, + "G": -2.04986, + "H": -2.1016, + "I": -2.07152, + "K": -1.78779, + "L": -2.1763, + "M": -2.01464, + "N": -1.92879, + "P": -2.13103, + "Q": -1.97855, + "R": -1.70312, + "S": -2.01211, + "T": -1.90039, + "V": -2.07184, + "W": -1.73495, + "Y": -1.83058 + }, + "488": { + "A": -2.80235, + "C": -2.95772, + "D": -3.3726, + "E": -3.62598, + "F": -1.88676, + "G": -3.49699, + "H": -1.62177, + "I": -2.42389, + "K": -2.65165, + "L": -2.48818, + "M": -2.50172, + "N": -2.87349, + "P": -2.36027, + "Q": -2.73729, + "R": -1.95959, + "S": -3.78242, + "T": -3.83523, + "V": -2.76959, + "W": -1.44986, + "Y": 0.0 + }, + "489": { + "A": 0.03277, + "C": -0.54359, + "D": -0.08919, + "E": 0.10272, + "F": 0.0, + "G": -0.29785, + "H": 0.11461, + "I": -0.098, + "K": 0.11481, + "L": -0.09496, + "M": -0.01317, + "N": 0.0188, + "P": -0.2524, + "Q": -0.03947, + "R": 0.03532, + "S": -0.03046, + "T": 0.01508, + "V": 0.05955, + "W": -0.2199, + "Y": -0.00291 + }, + "490": { + "A": -0.68131, + "C": -1.73373, + "D": -2.20886, + "E": -1.8254, + "F": -1.74739, + "G": -1.45193, + "H": -1.70507, + "I": -1.71608, + "K": -1.59678, + "L": -1.74135, + "M": -1.69973, + "N": -1.61898, + "P": 0.0, + "Q": -1.55187, + "R": -1.5618, + "S": -1.1468, + "T": -1.43281, + "V": -1.48025, + "W": -1.55281, + "Y": -1.697 + }, + "491": { + "A": -1.94454, + "C": -1.42542, + "D": -3.16375, + "E": -3.16795, + "F": -0.93072, + "G": -2.29099, + "H": -1.68455, + "I": 0.28026, + "K": -1.69291, + "L": 0.0, + "M": -0.65566, + "N": -1.44518, + "P": -2.90953, + "Q": -1.99192, + "R": -1.47398, + "S": -1.97752, + "T": -0.86591, + "V": 0.15053, + "W": -2.01379, + "Y": -1.4174 + }, + "492": { + "A": 1.58911, + "C": 1.01794, + "D": -0.67761, + "E": -0.29267, + "F": 1.64369, + "G": 1.37734, + "H": 1.152, + "I": 0.80196, + "K": 0.68739, + "L": 1.13998, + "M": 1.44248, + "N": 0.25132, + "P": -0.63112, + "Q": 1.06758, + "R": 0.0, + "S": 0.63452, + "T": 0.85469, + "V": 1.8231, + "W": 0.85511, + "Y": 1.34108 + }, + "493": { + "A": -0.12806, + "C": -1.24378, + "D": 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We substitute unused values with "." as per GFF spec. +# See GFF format reference at https://www.ensembl.org/info/website/upload/gff.html +# seqname source feature start end score strand frame attribute +MN908947 GenBank gene 266 13468 . + . gene_name=ORF1a +MN908947 GenBank gene 13468 21555 . + . gene_name=ORF1b +MN908947 GenBank gene 25393 26220 . + . gene_name=ORF3a +MN908947 GenBank gene 21563 25384 . + . gene_name=S +MN908947 GenBank gene 26245 26472 . + . gene_name=E +MN908947 GenBank gene 26523 27191 . + . gene_name=M +MN908947 GenBank gene 27202 27387 . + . gene_name=ORF6 +MN908947 GenBank gene 27394 27759 . + . gene_name=ORF7a +MN908947 GenBank gene 27756 27887 . + . gene_name=ORF7b +MN908947 GenBank gene 27894 28259 . + . gene_name=ORF8 +MN908947 GenBank gene 28274 29533 . + . gene_name=N +MN908947 GenBank gene 28284 28577 . + . gene_name=ORF9b diff --git a/data/datasets/sars-cov-2/references/MN908947/versions/2023-05-10T12:00:00Z/files/primers.csv 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+US CDC (United States),N3,USCDC_N3_P,AYCACATTGGCACCCGCAATCCTG +US CDC (United States),N3,USCDC_N3_R,TGTAGCACGATTGCAGCATTG +"Institut Pasteur, Paris (France)",RdRp,Pasteur_IP2_F,ATGAGCTTAGTCCTGTTG +"Institut Pasteur, Paris (France)",RdRp,Pasteur_IP2_P,AGATGTCTTGTGCTGCCGGTA +"Institut Pasteur, Paris (France)",RdRp,Pasteur_IP2_R,CTCCCTTTGTTGTGTTGT +"Institut Pasteur, Paris (France)",RdRp,Pasteur_IP4_F,GGTAACTGGTATGATTTCG +"Institut Pasteur, Paris (France)",RdRp,Pasteur_IP4_P,TCATACAAACCACGCCAGG +"Institut Pasteur, Paris (France)",RdRp,Pasteur_IP4_R,CTGGTCAAGGTTAATATAGG diff --git a/data/datasets/sars-cov-2/references/MN908947/versions/2023-05-10T12:00:00Z/files/qc.json b/data/datasets/sars-cov-2/references/MN908947/versions/2023-05-10T12:00:00Z/files/qc.json new file mode 100644 index 00000000..0a6e3469 --- /dev/null +++ b/data/datasets/sars-cov-2/references/MN908947/versions/2023-05-10T12:00:00Z/files/qc.json @@ -0,0 +1,431 @@ +{ + "schemaVersion": "1.2.0", + "privateMutations": { + 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+NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCA +CTTCTGCTGCTCTTCAACCTGAAGAAGAGCAAGAAGAAGATTGGTTAGATGATGATAGTC +AACAAACTGTTGGTCAACAAGACGGCAGTGAGGACAATCAGACAACTACTATTCAAACAA +TTGTTGAGGTTCAACCTCAATTAGAGATGGAACTTACACCAGTTGTTCAGACTATTGAAG +TGAATAGTTTTAGTGGTTATTTAAAACTTACTGACAATGTATACATTAAAAATGCAGACA +TTGTGGAAGAAGCTAAAAAGGTAAAACCAACAGTGGTTGTTAATGCAGCCAATGTTTACC +TTAAACATGGAGGAGGTGTTGCAGGAGCCTTAAATAAGGCTACTAACAATGCCATGCAAG +TTGAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNCTGCCACTCTTGTTAGTGACATTGACATCACTTTCTTAAAGAAAGATGCTCCAT +ATATAGTGGGTGATGTTGTTCAAGAGGGTGTTTTAACTGTTGTGGTTATACCTACTAAAA +AGGCTGGTGGCACTACTGAAATGCTAGCGAAAGCTTTGAGAAAAGTGCCAACAGACAATT +ATATAACCACTTACCCGGGTCAGGGTTTAAATGGTTACACTGTAGAGGAGGCAAAGACAG +TGCTTAAAAAGTGTAAAAGTGCCTTTTACATTCTACCATCTATTATCTCTAATGAGAAGC +AAGAAATTCTTGGAACTGTTTCTTGGAATTTGCGAGAAATGCTTGCACATGCAGAAGANN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTANNCAACATTAACCTCCACACGCAAGTTGTGG +ACATGTCAATGACATATGGACAACAGTTTGGTCCAACTTATTTGGATGGAGCTGATGTTA +CTAAAATAAAACCTCATAATTCACATGAAGGTAAAACATTTTATGTTTTACCTAATGATG +ACACTCTACGTGTTGAGGCTTTTGAGTACTACCACACAACTGATCCTAGTTTTCTGGGTA +GGTACATGTCAGCATTAAATCACACTAAAAAGTGGAAATACCCACAAGTTAATGGTTTAA +CTTCTATTAAATGGGCAGATAACAACTGTTATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNAAGTTGTAGGAGACATTATACTTAAACCAGCAAATAATAGTTTTA +AAATTACAGAAGAGGTTGGCCACACAGATCTAATGGCTGCTTATGTAGACAATTCTAGTC +TTACTATTAAGAAACCTAATGAATTATCTAGAGTATTAGGTTTGAAAACCCTTGCTACTC +ATGGTTTAGCTGCTGTTAATAGTGTCCCTTGGGATACTATAGCTAATTATGCTAAGCCTT +TTCTTAACAAAGTTGTTAGTACAACTACTAACATAGTTACACGGTGTTTAAACCGTGTTT +GTACTAATTATATGCCTTATTTCTTTACTTTATTGCTACAATTGTGTACTTTTACTAGAA +GTACAAATTCTAGAATTAAAGCATCTATGCCGACTACTATAGCAAAGANNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGTGATACATTCTGTGCTGGTAGTACATTTA +TTAGTGATGAAGTTGCGAGAGACTTGTCACTACAGTTTAAAAGACCAATAAATCCTACTG +ACCAGTCTTCTTACATCGTTGATAGTGTTACAGTGAAGAATGGTTCCATCCATCTTTACT +TTGATAAAGCTGGTCAAAAGACTTATGAAAGACATTCTCTCTCTCATTTTGTTAACTTAG +ACAACCTGAGAGCTAATAACACTAAAGGTTCATTGCCTATTAATGTTATAGTTTTTGATG +GTAAATCAAAATGTGAAGAATCATCTGCAAAATCAGCGTCTGTTTACTACAGTCAGCTTA +TGTGTCAACCTATACTGTTACTAGATCAGGCATTAGTGTCTGATGTTGGTGATAGNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTTGTTAC +TCACAATTTTGACTTCACTTTTAGTTTTAGTCCAGAGTACTCAATGGTCTTTGTTCTTTT +TTTTGTATGAAAATGCCTTTTTACCTTTTGCTATGGGTATTATTGCTATGTCTGCTTTTG +CAATGATGTTTGTCAAACATAAGCATGCATTTCTCTGTTTGTTTTTGTTACCTTCTCTTG +CCACTGTAGCTTATTTTAATATGGTCTATATGCCTGCTAGTTGGGTGATGCGTATTATGA +CATGGTTGGATATGGTTGATACTAGTTTGTCTGGTTTTAAGCTAAAAGACTGTGTTATGT +ATGCATCAGCTGTAGTGTTACTAATCCTTATGACAGCAAGAACTGTGTATGATGATGGTG +CTAGGAGAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNCTTCATAACTGGTAATACACTTCAGTGTATAATGCTAGTTTATTGTT +TCTTAGGCTATTTTTGTACTTGTTACTTTGGCCTCNTTTGTTTACTCAACCGCTACTTTA +GACTGACTCTTGGTGTTTATGATTAYTTAGTTTCTACACAGGAGTTTAGATATATGAATT +CACAGGGACTACTCCCACCCAAGAATAGCATAGATGCCTTCAAACTCAACATTAAATTGT +TGGGTGTTGGTGGCAAACCTTGTATCAAAGTAGCCACTGTACAGTCTAAAATGTCAGATG +TAAAGTGCACATCAGTAGTCTTACTCTCAGTTTTGCAACAACTCAGAGTAGAATCATCAT +CTAAATTGTGGGCTCAATGTGTCCAGTTAYACAATGACATTCTCTTAGCTAAAGATACTA +CTGAAGCCTTTGAAAAAATGGTTTCACTACTTTCTGTTTTGCTTTCCATGCAGGGTGCTG +TAGACATAAACAAGCTTTGTGAAGAAATGCTGGACAACAGGGCAACCTTACAAGCTATAG +CCTCAGAGTTTAGTTCCCTTCCATCATATGCAGCTTTTGCTACTGCTCAAGAAGCTTATG +AGCAGGCTGTTGCTAATGGTGATTCTGAAGTTGTTCTTAAAAAGTTGAAGAAGTCTTTGA +ATGTGGCTAAATCTGAATTTGACCGTGATGCAGCCATGCAACGTAAGTTGGAAAAGATGG +CTGATCAAGCTATGACCCAAATGTATAAACAGGCTAGATCTGAGGACAAGAGGGCAAAAG +TTACTAGTGCTATGCAGACAATGCTTTTCACTATGCTTAGAAAGTTGGATAATGATGCAC +TCAACAACATTATCAACAATGCAAGAGATGGTTGTGTTCCCTTGAACATAATACCTCTTA +CAACAGCAGCCAAACTAATGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGT +GTATGCTGCTGACCCTGCTATGCACGCTGCTTCTGGTAATCTATTACTAGATAAACGCAC +TACGTGCTTTTCAGTAGCTGCACTTACTAACAATGTTGCTTTTCAAACTGTCAAACCCGG +TAATTTTAACAAAGACTTCTATGACTTTGCTGTGTCTAAGGGTTTCTTTAAGGAAGGAAG +TTCTGTTGAATTAAAACACTTCTTCTTTGCTCAGGATGGTAATGCTTCTATCAGCGATTA +TGACTACTATCGTTATAATCTACCAACAATGTGTGATATCAGACAACTACTATTTGTAGT +TGAAGTTGTTGATAAGTACTTTGATTGTTACGATGGTGGCTGTATTAATGCTAACCAAGN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGATGCCACAACTGCTTATGCTAATAGTGT +TTTTAACATTTGTCAAGCTGTCACGGCCAATGTTAATGCACTTTTATCTACTGATGGTAA +CAAAATTGCCGATAAGTATGTCCGCAATTTACAACACAGACTTTATGAGTGTCTCTATAG +AAATAGAGATGTTGACACAGACTTTGTGAATGAGTTTTACGCATATTTGCGTAAACATTT +CTCAATGATGATACTCTCTGACGATGCTGTTGTGTGTTTCAATAGCACTTATGCATCTCA +AGGTCTAGTGGCTAGCATAAAGAACTTTAAGTCAGTTCTTTATTATCAAAACAATGTTTT +TATGTCTGAAGCAAAATGTTGGACTGAGACTGACCTTACTAAAGGACCTCATGAATTTTG +CTCTCAACATACAATGCTAGTTAAACAGGGTGATGATTATGTGTACCTTCCTTACCCAGA +TCCATCAAGAATCCTAGGGGCCGGCTGTTTTGTAGATGATATCGTAAAAACAGATGGTAC +ACTTATGATTGAACGGTTCGTGTCTTTAGCTATAGATGCTTACCCACTTACTAAACATCC +TAATCAGGAGTATGCTGATGTCTTTCATTTGTACTTACAATACATAAGAAAGCTACATGA +TGAGTTAACAGGACACATGTTAGACATGTATTCTGTTATGCTTACTAATGATAACACTTC +AAGGTATTGGGAACCTGAGTTTTATGAGGCTATGTACACACCGCATACAGTCTTACAGGC +TGTTGGGGCTTGTGTTCTTTGCAATTCACAGACTTCATTAAGATGTGGTGCTTGCATACG +TAGACCATTCTTATGTTGTAAATGCTGTTACGACCATGTCATATCAACATCACATAAATT +AGTCTTGTCTGTTAATCCGTATGTTTGCAATGCTCCAGGTTGTGATGTCACAGATGTGAC +TCAACTTTACTTAGGAGGTATGAGCTATTATTGTAAATCACATAAACCACCCATTAGTTT +TCCATTGTGTGCTAATGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTCCA +GGGACCACCTGGTACTGGTAAGAGTCATTTTGCTATTGGCCTAGCTCTCTACTACCCTTC +TGCTCGCATAGTGTATACAGCTTGCTCTCATGCCGCTGTTGATGCACTATGTGAGAAGGC +ATTAAAATATTTGCCTATAGATAAATGTAGTAGAATTATACCTGCACGTGCTCGTGTAGA +GTGTTTTGATAAATTCAAAGTGAATTCAACATTAGAACAGTATGTCTTTTGTACTGTAAA +TGCATTGCCTGAGACGACAGCAGATATAGTTGTCTTTGATGAAATTTCAATGGCCACAAA +TTATGATTTGAGTGTTGTCAATGCCAGATTACGTGCTAAGCACTATGTGTACATTGGCGA +CCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTAT +AAGACATGTACGTGCATGGATTGGCTTCGATGTCGAGGGGTGTCATGCTACTAGAGAAGC +TGTTGGTACCAATTTACCTTTACAGCTAGGTTTTTCTACAGGTGTTAACCTAGTTGCTGT +ACCTACAGGTTATGTTGATACACCTAATAATACAGATTTTTCCAGAGTTAGTGCTAAACC +ACCGCCTGGAGATCAATTTAAACACCTCATACCACTTATGTACAAAGGACTTCCTTGGAA +TGTAGTGCGTATAAAGATTGTACAAATGTTAAGTGACACACTTAAAAATCTCTCTGACAG +AGTCGTATTTGTCTTATGGGCACATGGCTTTGAGTTGACATCTATGAAGTATTTTGTGAA +AATAGGACCTGAGCGCACCTGTTGTCTATGTGATAGACGTGCCACATGCTTTTCCACTGC +TTCAGACACTTATGCCTGTTGGCATCATTCTATTGGATTTGATTACGTCTATAATCCGTT +TATGATTGATGTTCAACAATGGGGTTTTACAGGTAACCTACAAAGCAACCATGATCTGTA +TTGTCAAGTCCATGGTAATGCACATGTAGCTAGTTGTGATGCAATCATGACTAGGTGTCT +AGCTGTCCACGAGTGCTTTGTTAAGCGTGTTGACTGGACTATTGAATATCCTATAATTGG +TGATGAACTGAAGATTAATGCGGCTTGTAGAAAGGTTCAACACATGGTTGTTAAAGCTGC +ATTATTAGCAGACAAATTCCCAGTTCTTCACGACATTGGTAACCCTAAAGCTATTAAGTG +TGTACCTCAAGCTGATGTAGAATGGAAGTTCTATGATGCACAGCCTTGTAGTGACAAAGC +TTATAAAATAGAAGAATTATTCTATTCTTATGCCACACATTCTGACAAATTCACAGATGG +TGTATGCCTATTTTGGAATTGCAATGTCGATAGATATCCTGCTAATTCCATTGTTTGTAG +ATTTGACACTAGAGTGCTATCTAACCTTAACTTGCCTGGTTGTGATGGTGGCAGTTTGTA 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+NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNCTTTTGAATATGTCTCTCAGCCTTTTCTTATGGACCTTGAAGGAAAACAGGGTAATT +TCAAAAATCTTAGGGAATTTGTGTTTAAGAATATTGATGGTTATTTTAAAATATATTCTA +AGCACACGCCTATTAATTTAGTGCGTGATCTCCCTCAGGGTTTTTCGGCTTTAGAACCAT +TGGTAGATTTGCCAATAGGTATTAACATCACTAGGTTTCAAACTTTACTTGCTTTACATN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCTATGCAGATTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNATCTTATGTCCTTCCCTCAGTCAGCACCTCATGGTGTAGTCTTCTTGCATGTGA +CTTATGTCCCTGCACAAGAAAAGAACTTCACAACTGCTCCTGCCATTTGTCATGATGGAA +AAGCACACTTTCCTCGTGAAGGTGTCTTTGTTTCAAATGGCACACACTGGTTTGTAACAC +AAAGGAATTTTTATGAACCACAAATCATTACTACAGACAACACATTTGTGTCTGGTAACT +GTGATGTTGTAATAGGAATTGTCAACAACACAGTTTATGATCCTTTGCAACCTGAATTAG +ACTCATTCAAGGAGGAGTTAGATAAATATTTTAAGAATCATACATCACCAGATGTTGATT 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phylogeny shows evolutionary relationships of SARS-CoV-2 viruses from the ongoing novel coronavirus COVID-19 pandemic.\n\nAll data we use were deposited in GISAID by scientists around the world.\nWe gratefully acknowledge the authors, originating and submitting laboratories of the genetic sequence and metadata made available through [GISAID](https://gisaid.org) on which this research is based. A full listing of all originating and submitting laboratories is available below. An attribution table is available by clicking on \"Download Data\" at the bottom of the page and then clicking on \"Strain Metadata\" in the resulting dialog box.\n","colorings":[{"key":"clade_membership","title":"Clade","type":"categorical","scale":[["20H","#5E1D9D"],["20I","#4B26B1"],["20J","#4138C3"],["21A","#3F4FCC"],["21I","#4065CF"],["21J","#447ACD"],["21B","#4A8BC3"],["21C","#529AB6"],["21D","#5BA6A6"],["21E","#66AE95"],["21F","#73B583"],["21G","#81B973"],["21H","#91BC64"],["21K","#A1BE58"],["21L","#B1BD4E"],["21M","#C0BA47"],["22A","#CEB541"],["22B","#DAAD3D"],["22C","#E19F3A"],["22D","#E68E36"],["22E","#E67832"],["22F","#E35F2D"],["23A","#DF4328"],["23B","#DB2823"]]},{"key":"gt","title":"Genotype","type":"categorical"},{"key":"designation_date","title":"Designation 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-1,5 +1,163 @@ # CHANGELOG +## 2023-05-10 + +### New SARS-CoV-2 dataset version (tag `2023-05-10T12:00:00Z`) + +- The most terminal 50bp are now ignored/masked for reference tree placement purposes, see the [Nextclade changelog](https://github.com/nextstrain/nextclade/blob/master/CHANGELOG.md#algorithm--datasets-enable-masked-sites-for-distance-calculation) for details. This feature requires Nextclade v2.14.0 or later. Most sequences will be unaffected. As the only mutation appearing in this range in the reference tree is C44T in some BA.2/4/5 and XBB sequences. +- Labeled mutations have been updated. Criteria for inclusion have been relaxed to show slightly more non-clade defining mutations that commonly occurred within a clade, e.g. BN.1 and CH.1.1 defining mutations are now included under clade 22D (BA.2.75). This potentially worsens quality score for some sequences with such mutations. +- Pango lineages designated between 2023-04-18 and 2023-05-09 are now included, unfold below to see a list with designation dates: + +
+ Newly included lineages, with designation date in parentheses + +- XBL.1 (2023-04-19) +- XBL.2 (2023-04-19) +- XBL.3 (2023-04-19) +- XBB.2.3.6 (2023-04-19) +- XBB.2.3.7 (2023-04-19) +- XBB.1.34 (2023-04-20) +- FR.1 (2023-04-21) +- FS.1 (2023-04-21) +- XCC (2023-04-22) +- EG.3 (2023-04-22) +- EG.1.2 (2023-04-22) +- EG.1.3 (2023-04-22) +- EG.1.4 (2023-04-22) +- EG.4 (2023-04-22) +- EG.5 (2023-04-22) +- FL.3 (2023-04-22) +- FL.4 (2023-04-22) +- FL.5 (2023-04-22) +- FK.1.2 (2023-04-22) +- FT.1 (2023-04-22) +- XAY.2.3 (2023-04-22) +- XAY.1.1.2 (2023-04-22) +- XAY.1.1.3 (2023-04-22) +- XBB.1.16.2 (2023-04-22) +- XBB.1.16.3 (2023-04-22) +- FU.1 (2023-04-22) +- FU.2 (2023-04-22) +- XBB.1.5.41 (2023-04-22) +- XBB.1.5.42 (2023-04-22) +- FL.2.1 (2023-04-22) +- FL.2.2 (2023-04-22) +- XBC.1.6.1 (2023-04-23) +- XBC.1.6.2 (2023-04-23) +- XBC.1.6.3 (2023-04-23) +- XBC.1.5.43 (2023-04-23) +- XBB.1.35 (2023-04-23) +- XBB.1.5.44 (2023-04-23) +- XBB.1.5.45 (2023-04-23) +- XBB.1.5.46 (2023-04-23) +- XBB.1.6.1 (2023-04-23) +- XBB.1.5.43 (2023-04-24) +- XBB.1.36 (2023-04-24) +- XBB.8.1 (2023-04-24) +- XBB.9 (2023-04-24) +- XBB.3.4 (2023-04-24) +- XBB.1.5.47 (2023-04-25) +- XBB.1.5.48 (2023-04-25) +- XBB.1.5.49 (2023-04-25) +- EU.1.1.1 (2023-04-26) +- XBB.1.5.50 (2023-04-26) +- XBB.1.5.51 (2023-04-26) +- XBB.1.5.52 (2023-04-26) +- FV.1 (2023-04-26) +- XBB.1.5.53 (2023-04-26) +- XBB.1.9.6 (2023-04-26) +- BQ.1.2.2 (2023-04-28) +- FW.1 (2023-05-01) +- FW.2 (2023-05-01) +- XBB.1.5.54 (2023-05-01) +- EK.4 (2023-05-01) +- XBB.2.3.8 (2023-05-01) +- FD.3 (2023-05-03) +- XBB.1.5.55 (2023-05-03) +- FL.6 (2023-05-03) +- XBB.2.3.9 (2023-05-04) +- XBB.2.3.10 (2023-05-04) +- FY.1 (2023-05-04) +- FY.2 (2023-05-04) +- FY.3 (2023-05-04) +- FY.4 (2023-05-04) +- FZ.1 (2023-05-05) +- FZ.1.1 (2023-05-05) +- FZ.2 (2023-05-05) +- XBB.1.5.56 (2023-05-05) +- XBB.1.16.4 (2023-05-05) +- XBB.1.5.57 (2023-05-05) +- FE.1.1 (2023-05-05) +- FE.1.2 (2023-05-05) +- GA.1 (2023-05-06) +- GA.2 (2023-05-06) +- GA.3 (2023-05-06) +- CH.1.1.24 (2023-05-06) +- CH.1.1.25 (2023-05-06) +- CH.1.1.26 (2023-05-06) +- DV.6 (2023-05-06) +- CH.1.1.27 (2023-05-06) +- XBB.1.5.58 (2023-05-06) +- XBB.1.5.59 (2023-05-06) +- XBB.1.5.60 (2023-05-06) +- XBB.1.5.61 (2023-05-06) +- XBB.1.5.62 (2023-05-06) +- XBB.1.5.63 (2023-05-06) +- XBB.1.5.64 (2023-05-06) +- XBB.1.5.65 (2023-05-06) +- XBB.1.5.66 (2023-05-06) +- XBB.1.5.67 (2023-05-06) +- GB.1 (2023-05-06) +- XBB.1.16.5 (2023-05-06) +- FD.4 (2023-05-06) +- FL.7 (2023-05-06) +- XBB.1.5.68 (2023-05-06) +- XBB.1.37 (2023-05-06) +- XBB.1.37.1 (2023-05-06) +- XBB.1.5.69 (2023-05-07) +- XBB.1.16.6 (2023-05-07) +- EG.5.1 (2023-05-07) +- GC.1 (2023-05-07) +- GC.2 (2023-05-07) +- FL.8 (2023-05-07) +- FL.9 (2023-05-07) +- FL.10 (2023-05-07) +- FL.11 (2023-05-07) +- CH.1.1.28 (2023-05-07) +- FL.3.1 (2023-05-07) +- FL.3.2 (2023-05-07) +- FL.3.3 (2023-05-07) +- FL.3.4 (2023-05-07) +- XBB.1.24.1 (2023-05-07) +- XBB.1.24.2 (2023-05-07) +- XBB.1.24.3 (2023-05-07) +- XBB.1.38 (2023-05-07) +- GD.1 (2023-05-07) +- XBB.1.39 (2023-05-07) +- XBB.1.40 (2023-05-07) +- GE.1 (2023-05-07) +- XBB.2.3.11 (2023-05-07) +- FL.1.1 (2023-05-07) +- FL.1.2 (2023-05-07) +- FL.1.3 (2023-05-07) +- XBB.3.5 (2023-05-07) +- BN.1.2.5 (2023-05-07) +- FR.2 (2023-05-07) +- BN.1.2.6 (2023-05-07) +- EJ.3 (2023-05-07) +- BN.1.3.11 (2023-05-07) +- BQ.1.2.3 (2023-05-07) +- BQ.1.3.1 (2023-05-07) +- BQ.1.3.2 (2023-05-07) +- BQ.1.33 (2023-05-07) +- DN.2 (2023-05-07) +- DN.3 (2023-05-07) +- DN.3.1 (2023-05-07) +- XBB.1.32.1 (2023-05-08) +- FL.12 (2023-05-08) + +
+ ## 2023-04-18 ### New SARS-CoV-2 dataset version (tag `2023-04-18T12:00:00Z`)