diff --git a/CHANGELOG.md b/CHANGELOG.md index 4bc4449f..101e942d 100644 --- a/CHANGELOG.md +++ b/CHANGELOG.md @@ -1,5 +1,116 @@ # CHANGELOG +## 2023-09-21 + +### New SARS-CoV-2 dataset version (tag `2023-09-21T12:00:00Z`) + +- Add extra example sequences (GL.1, FL.1.5.1, EG.5.1, HV.1, DV.7.1, GK.2, BA.2.86) +- Add new frame shifts and stop codons to be ignored by QC +- Pango lineages designated between 2023-08-09 and 2023-09-20 are now included, unfold below to see a list with designation dates: + +
+ Newly included lineages, with designation date in parentheses + +- JA.1 (2023-08-10) +- JB.1 (2023-08-10) +- JB.2 (2023-08-10) +- FW.1.1 (2023-08-22) +- JC.1 (2023-08-22) +- XBB.1.41.2 (2023-08-22) +- GA.4.1 (2023-08-22) +- GE.1.1 (2023-08-22) +- GE.1.2 (2023-08-22) +- XBB.1.5.102 (2023-08-22) +- JD.1 (2023-08-22) +- FL.1.5.2 (2023-08-23) +- JB.2.1 (2023-08-24) +- HK.6 (2023-08-24) +- GS.2 (2023-08-24) +- GS.3 (2023-08-24) +- GS.4 (2023-08-24) +- GS.4.1 (2023-08-24) +- GE.1.3 (2023-08-24) +- JE.1 (2023-08-24) +- HG.2 (2023-08-24) +- JF.1 (2023-08-24) +- JF.2 (2023-08-24) +- GK.1.4 (2023-08-24) +- GK.2.1 (2023-08-24) +- HK.3.1 (2023-08-24) +- XCH (2023-08-24) +- XCJ (2023-08-24) +- GM.3 (2023-08-24) +- GM.3.1 (2023-08-24) +- HC.2 (2023-08-25) +- EG.5.1.7 (2023-08-25) +- JD.1.1 (2023-08-25) +- JD.1.2 (2023-08-25) +- XBB.1.5.103 (2023-08-30) +- XCH.1 (2023-08-30) +- JG.1 (2023-08-30) +- HK.7 (2023-08-30) +- EG.2.2 (2023-08-30) +- EG.2.3 (2023-08-30) +- EG.2.4 (2023-08-30) +- EG.2.5 (2023-08-30) +- EG.13 (2023-08-31) +- FL.4.8 (2023-08-31) +- FL.4.9 (2023-08-31) +- FL.4.10 (2023-08-31) +- FY.3.2 (2023-08-31) +- FY.3.3 (2023-08-31) +- JH.1 (2023-08-31) +- JH.2 (2023-08-31) +- FL.2.6 (2023-08-31) +- XCK (2023-08-31) +- FL.10.2 (2023-08-31) +- XCL (2023-09-01) +- FL.30 (2023-09-01) +- GW.1.1 (2023-09-01) +- GK.2.2 (2023-09-01) +- HF.1.1 (2023-09-01) +- HF.1.2 (2023-09-01) +- XBB.1.5.104 (2023-09-01) +- XBB.1.16.23 (2023-09-01) +- XBB.1.5.105 (2023-09-01) +- HK.8 (2023-09-01) +- HK.9 (2023-09-01) +- JJ.1 (2023-09-01) +- HK.10 (2023-09-01) +- JK.1 (2023-09-01) +- HS.1.1 (2023-09-01) +- HK.11 (2023-09-04) +- JG.2 (2023-09-04) +- XBB.1.16.24 (2023-09-04) +- JL.1 (2023-09-04) +- BA.2.86.1 (2023-09-05) +- XCM (2023-09-05) +- FY.4.1.2 (2023-09-06) +- EG.6.1.1 (2023-09-07) +- GJ.1.2.2 (2023-09-10) +- GJ.1.2.3 (2023-09-10) +- GJ.1.2.4 (2023-09-10) +- GJ.1.2.5 (2023-09-10) +- FL.4.11 (2023-09-10) +- HK.3.2 (2023-09-10) +- HK.3.3 (2023-09-10) +- EG.14 (2023-09-10) +- GK.3.2 (2023-09-10) +- CK.1.1.2 (2023-09-10) +- EF.3 (2023-09-10) +- GW.5.1 (2023-09-11) +- GW.5.1.1 (2023-09-11) +- DV.7.1.1 (2023-09-11) +- DV.7.1.2 (2023-09-11) +- EG.5.1.8 (2023-09-11) +- GK.2.3 (2023-09-17) +- GK.4 (2023-09-17) +- EG.5.1.9 (2023-09-17) +- JG.3 (2023-09-17) +- XBB.1.5.106 (2023-09-17) + +
+ ## 2023-08-22 ### New influenza dataset version (tag `2023-08-10T12:00:00Z`) diff --git a/data/datasets/sars-cov-2-21L/references/BA.2/versions/2023-09-21T12:00:00Z/files/genemap.gff b/data/datasets/sars-cov-2-21L/references/BA.2/versions/2023-09-21T12:00:00Z/files/genemap.gff new file mode 100644 index 00000000..bfd93938 --- /dev/null +++ b/data/datasets/sars-cov-2-21L/references/BA.2/versions/2023-09-21T12:00:00Z/files/genemap.gff @@ -0,0 +1,18 @@ +##gff-version 3 +##sequence-region MN908947 1 29903 +# Gene map (genome annotation) of SARS-CoV-2 in GFF format. +# For gene map purpses we only need some of the columns. We substitute unused values with "." as per GFF spec. +# See GFF format reference at https://www.ensembl.org/info/website/upload/gff.html +# seqname source feature start end score strand frame attribute +MN908947 GenBank gene 266 13468 . + . gene_name=ORF1a +MN908947 GenBank gene 13468 21555 . + . gene_name=ORF1b +MN908947 GenBank gene 25393 26220 . + . gene_name=ORF3a +MN908947 GenBank gene 21563 25384 . + . gene_name=S +MN908947 GenBank gene 26245 26472 . + . gene_name=E +MN908947 GenBank gene 26523 27191 . + . gene_name=M +MN908947 GenBank gene 27202 27387 . + . gene_name=ORF6 +MN908947 GenBank gene 27394 27759 . + . gene_name=ORF7a +MN908947 GenBank gene 27756 27887 . + . gene_name=ORF7b +MN908947 GenBank gene 27894 28259 . + . gene_name=ORF8 +MN908947 GenBank gene 28274 29533 . + . gene_name=N +MN908947 GenBank gene 28284 28577 . + . gene_name=ORF9b diff --git a/data/datasets/sars-cov-2-21L/references/BA.2/versions/2023-09-21T12:00:00Z/files/primers.csv b/data/datasets/sars-cov-2-21L/references/BA.2/versions/2023-09-21T12:00:00Z/files/primers.csv new file mode 100644 index 00000000..a3d2810a --- /dev/null +++ b/data/datasets/sars-cov-2-21L/references/BA.2/versions/2023-09-21T12:00:00Z/files/primers.csv @@ -0,0 +1 @@ +Country (Institute),Target,Oligonucleotide,Sequence diff --git a/data/datasets/sars-cov-2-21L/references/BA.2/versions/2023-09-21T12:00:00Z/files/qc.json b/data/datasets/sars-cov-2-21L/references/BA.2/versions/2023-09-21T12:00:00Z/files/qc.json new file mode 100644 index 00000000..64215e48 --- /dev/null +++ b/data/datasets/sars-cov-2-21L/references/BA.2/versions/2023-09-21T12:00:00Z/files/qc.json @@ -0,0 +1,446 @@ +{ + "schemaVersion": "1.2.0", + "privateMutations": { + "enabled": true, + "typical": 8, + "cutoff": 24, + "weightLabeledSubstitutions": 4, + "weightReversionSubstitutions": 6, + "weightUnlabeledSubstitutions": 1 + }, + "missingData": { + "enabled": true, + "missingDataThreshold": 2700, + "scoreBias": 300 + }, 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+>USA/MS-MSPHL-0434/2023 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The underlying data looked at the impact of each mutation independently.\nThe score is calculated using the same logic as Bloom lab's antibody escape calculator (see https://doi.org/10.1093/ve/veac021) using data generated by Yunlong Cao's group (see https://doi.org/10.1101/2022.09.15.507787).", "gene": "S", "aaRange": {"begin": 330, "end": 531}, "ignore": {"clades": ["outgroup"]}, "data": [{"name": "BD-218", "weight": 0.00129, "locations": {"345": {"default": 1.31228, "R": 0}, "360": {"default": 0.33647, "C": 0}, "389": {"default": 0.25278, "L": 0}, "419": {"default": 0.8232, "D": 0}, "452": {"default": 0.37907, "Y": 0}, "454": {"default": 1.10156, "L": 0}, "455": {"default": 2.43797, "F": 0}, "472": {"default": 1.04682, "Y": 0}, "474": {"default": 3.51153, "A": 0}, "486": {"default": 9.21034, "N": 0}, "499": {"default": 0.32631, "T": 0}}}, {"name": "BD-320", "weight": 0.00021, "locations": {"355": {"default": 0.03121, "K": 0}, "368": {"default": 1.04234, "Y": 0}, "371": {"default": 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Hence a score of +1 should be interpreted as 10x higher affinity.\nThe score assumes that mutations do not interact. The underlying data looked at the impact of each mutation independently.\nThe score is calculated using the same data and logic as Bloom lab's ACE2 binding calculator (see https://doi.org/10.1101/2022.09.20.508745).", "gene": "S", "aaRange": {"begin": 330, "end": 531}, "ignore": {"clades": ["outgroup"]}, "data": [{"name": "binding", "weight": 1.0, "locations": {"330": {"A": -0.08339, "C": -0.61624, "D": -0.1467, "E": -0.14146, "F": -0.53604, "G": -0.14484, "H": -0.19436, "I": -0.46421, "K": -0.09607, "L": -0.55369, "M": -0.25741, "N": 0.0, "P": -0.06521, "Q": -0.13873, "R": -0.18489, "S": -0.16987, "T": -0.10898, "V": -0.32157, "W": -0.6072, "Y": -0.44272}, "331": {"A": 0.03723, "C": -0.1646, "D": -0.09454, "E": -0.00955, "F": -0.02361, "G": -0.00814, "H": -0.01101, "I": 0.0, "K": -0.07209, "L": -0.02199, "M": -0.01516, "N": 0.02926, "P": -0.06293, "Q": 0.01714, "R": 0.0064, "S": 0.0205, "T": 0.01065, "V": 0.0018, "W": -0.1405, "Y": -0.07203}, "332": {"A": -0.2175, "C": -0.51502, "D": -0.21308, "E": -0.18687, "F": -0.49592, "G": -0.20532, "H": -0.20389, "I": -0.42507, "K": -0.23397, "L": -0.40154, "M": -0.31041, "N": -0.18362, "P": -0.17295, "Q": -0.22336, "R": -0.21457, "S": -0.04613, "T": 0.0, "V": -0.29518, "W": -0.47201, "Y": -0.3974}, "333": {"A": -0.09013, "C": -0.44868, "D": -0.0576, "E": 0.02585, "F": -0.51715, "G": -0.10246, "H": -0.10042, "I": -0.58908, "K": 0.02457, "L": -0.51049, "M": -0.3047, "N": 0.0, "P": -0.2513, "Q": -0.00543, "R": 0.03989, "S": -0.03017, "T": 0.05743, "V": -0.29943, "W": -0.5553, "Y": -0.43137}, "334": {"A": -0.02993, "C": -0.38026, "D": -0.092, "E": -0.0485, "F": -0.13744, "G": -0.25263, "H": -0.08903, "I": -0.06898, "K": 0.02653, "L": 0.0, "M": -0.14279, "N": -0.01831, "P": 0.06855, "Q": -0.0014, "R": 0.00481, "S": -0.08327, "T": -0.04527, "V": -0.00661, "W": -0.11379, "Y": -0.11917}, "335": {"A": -0.89269, "C": 0.0, "D": -0.68736, "E": -0.9959, "F": -0.78086, "G": -1.02591, "H": -0.70291, "I": -1.32182, "K": -1.05794, "L": -1.26645, "M": -1.15926, "N": -0.62528, "P": -1.26784, "Q": -1.00287, "R": -1.18928, "S": -0.66859, "T": -0.7873, "V": -1.10881, "W": -1.17309, "Y": -0.88445}, "336": {"A": -0.08566, "C": -0.3254, "D": -1e-05, "E": -0.07561, "F": -0.56725, "G": -0.25244, "H": -0.26266, "I": -0.52345, "K": -0.07651, "L": -0.55503, "M": -0.54688, "N": 0.07919, "P": 0.0, "Q": -0.11927, "R": -0.02397, "S": -0.07993, "T": -0.21713, "V": -0.37882, "W": -0.72039, "Y": -0.57162}, "337": {"A": -1.63629, "C": -1.80981, "D": -1.9329, "E": -2.05251, "F": 0.0, "G": -1.62107, "H": -1.44867, "I": -0.601, "K": -1.45901, "L": -0.13852, "M": -0.56316, "N": -1.59717, "P": -1.44914, "Q": -1.54551, "R": -1.80161, "S": -1.64422, "T": -1.51278, "V": -1.13315, "W": -0.2531, "Y": -0.58482}, "338": {"A": -0.01129, "C": -0.64133, "D": 0.0, "E": 0.02348, "F": -0.03069, "G": -0.09735, "H": -0.02718, "I": 0.00583, "K": -0.02886, "L": 0.03561, "M": 0.05696, "N": -0.03172, "P": -0.54214, "Q": -0.08484, "R": -0.10423, "S": -0.05218, "T": -0.01881, "V": -0.06251, "W": -0.23101, "Y": -0.05615}, "339": {"A": -0.23553, "C": -0.56606, "D": -0.26595, "E": 0.0, "F": -0.81069, "G": -0.56443, "H": -0.55099, "I": -0.58538, "K": -0.10226, "L": -0.54341, "M": -0.5239, "N": -0.58251, "P": -1.01938, "Q": -0.11237, "R": -0.39293, "S": -0.2338, "T": -0.30019, "V": -0.50701, "W": -0.87044, "Y": -0.70568}, "340": {"A": -1.36535, "C": -1.28784, "D": -1.6572, "E": -1.57593, "F": -0.72406, "G": -1.78898, "H": -1.57307, "I": 0.01744, "K": -1.75463, "L": -0.55916, "M": -0.64715, "N": -1.65273, "P": -1.68146, "Q": -1.43563, "R": -1.67072, "S": -1.51669, "T": -1.01098, "V": 0.0, "W": -0.6146, "Y": -0.91649}, "341": {"A": -0.99117, "C": -0.94378, "D": -2.24597, "E": -2.12246, "F": 0.0, "G": -1.58959, "H": -1.8015, "I": -0.53652, "K": -1.66158, "L": -0.37796, "M": -0.10848, "N": -1.74301, "P": -1.8154, "Q": -1.58486, "R": -1.66467, "S": -1.72949, "T": -1.38165, "V": -0.59534, "W": -1.17222, "Y": -1.43699}, "342": {"A": -0.54892, "C": 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"K": 0.05231, "L": -0.44387, "M": -0.28338, "N": 0.04814, "P": -0.51536, "Q": -0.0552, "R": 0.0, "S": -0.00693, "T": 0.11142, "V": -0.06784, "W": -0.36121, "Y": -0.14616}, "346": {"A": -1.1911, "C": -1.35768, "D": -2.17672, "E": -1.90847, "F": 0.0, "G": -1.3683, "H": -1.47161, "I": -1.00372, "K": -1.89235, "L": -1.22856, "M": -0.64906, "N": -2.08049, "P": -1.15162, "Q": -1.34862, "R": -1.57564, "S": -1.37362, "T": -1.40475, "V": -0.65471, "W": 0.11771, "Y": -0.52109}, "347": {"A": 0.0, "C": -0.5379, "D": -0.50573, "E": -0.37639, "F": -0.59935, "G": -0.33452, "H": -0.27281, "I": -1.37006, "K": -0.64056, "L": -1.21393, "M": -0.67675, "N": -0.00762, "P": 0.14749, "Q": -0.42944, "R": -0.61536, "S": -0.11941, "T": -0.60117, "V": -0.59835, "W": -0.88229, "Y": -0.58385}, "348": {"A": -0.79008, "C": -0.63003, "D": -0.70296, "E": -1.91329, "F": -1.956, "G": -0.92607, "H": -0.80619, "I": -2.23752, "K": -1.55464, "L": -2.05841, "M": -1.52309, "N": -0.51505, "P": -0.52899, "Q": -1.18534, "R": 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{"A": -1.94038, "C": -2.41934, "D": -2.84518, "E": -2.84548, "F": -0.18804, "G": -2.38105, "H": -1.38672, "I": -2.17087, "K": -2.19706, "L": -2.43873, "M": -2.1701, "N": -2.30421, "P": -1.39182, "Q": -2.4141, "R": -2.33401, "S": -2.16284, "T": -2.51767, "V": -2.01533, "W": 0.0, "Y": -0.44707}, "353": {"A": -0.22404, "C": -0.59133, "D": 0.00101, "E": 0.06848, "F": -1.11765, "G": -0.54456, "H": -0.09456, "I": -0.7004, "K": 0.04498, "L": -1.01291, "M": -0.57313, "N": 0.0, "P": -1.6264, "Q": 0.01438, "R": 0.06084, "S": -0.04042, "T": -0.02107, "V": -0.53881, "W": -1.38174, "Y": -0.60185}, "354": {"A": -2.07346, "C": -2.85029, "D": -3.1634, "E": -2.56022, "F": -2.07754, "G": -2.67195, "H": -0.72806, "I": -2.13854, "K": -1.70915, "L": -2.15997, "M": -2.11838, "N": -2.04497, "P": -2.83235, "Q": -1.6823, "R": 0.0, "S": -1.35672, "T": -1.29167, "V": -2.13766, "W": -2.13884, "Y": -2.16858}, "355": {"A": -0.53425, "C": -0.59279, "D": -0.7079, "E": -0.60154, "F": -0.57117, "G": -1.72519, "H": 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We substitute unused values with "." as per GFF spec. +# See GFF format reference at https://www.ensembl.org/info/website/upload/gff.html +# seqname source feature start end score strand frame attribute +MN908947 GenBank gene 266 13468 . + . gene_name=ORF1a +MN908947 GenBank gene 13468 21555 . + . gene_name=ORF1b +MN908947 GenBank gene 25393 26220 . + . gene_name=ORF3a +MN908947 GenBank gene 21563 25384 . + . gene_name=S +MN908947 GenBank gene 26245 26472 . + . gene_name=E +MN908947 GenBank gene 26523 27191 . + . gene_name=M +MN908947 GenBank gene 27202 27387 . + . gene_name=ORF6 +MN908947 GenBank gene 27394 27759 . + . gene_name=ORF7a +MN908947 GenBank gene 27756 27887 . + . gene_name=ORF7b +MN908947 GenBank gene 27894 28259 . + . gene_name=ORF8 +MN908947 GenBank gene 28274 29533 . + . gene_name=N +MN908947 GenBank gene 28284 28577 . + . gene_name=ORF9b diff --git a/data/datasets/sars-cov-2/references/MN908947/versions/2023-09-21T12:00:00Z/files/primers.csv 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+US CDC (United States),N3,USCDC_N3_P,AYCACATTGGCACCCGCAATCCTG +US CDC (United States),N3,USCDC_N3_R,TGTAGCACGATTGCAGCATTG +"Institut Pasteur, Paris (France)",RdRp,Pasteur_IP2_F,ATGAGCTTAGTCCTGTTG +"Institut Pasteur, Paris (France)",RdRp,Pasteur_IP2_P,AGATGTCTTGTGCTGCCGGTA +"Institut Pasteur, Paris (France)",RdRp,Pasteur_IP2_R,CTCCCTTTGTTGTGTTGT +"Institut Pasteur, Paris (France)",RdRp,Pasteur_IP4_F,GGTAACTGGTATGATTTCG +"Institut Pasteur, Paris (France)",RdRp,Pasteur_IP4_P,TCATACAAACCACGCCAGG +"Institut Pasteur, Paris (France)",RdRp,Pasteur_IP4_R,CTGGTCAAGGTTAATATAGG diff --git a/data/datasets/sars-cov-2/references/MN908947/versions/2023-09-21T12:00:00Z/files/qc.json b/data/datasets/sars-cov-2/references/MN908947/versions/2023-09-21T12:00:00Z/files/qc.json new file mode 100644 index 00000000..64215e48 --- /dev/null +++ b/data/datasets/sars-cov-2/references/MN908947/versions/2023-09-21T12:00:00Z/files/qc.json @@ -0,0 +1,446 @@ +{ + "schemaVersion": "1.2.0", + "privateMutations": { + 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+>USA/MS-MSPHL-0434/2023 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+NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCA +CTTCTGCTGCTCTTCAACCTGAAGAAGAGCAAGAAGAAGATTGGTTAGATGATGATAGTC +AACAAACTGTTGGTCAACAAGACGGCAGTGAGGACAATCAGACAACTACTATTCAAACAA +TTGTTGAGGTTCAACCTCAATTAGAGATGGAACTTACACCAGTTGTTCAGACTATTGAAG +TGAATAGTTTTAGTGGTTATTTAAAACTTACTGACAATGTATACATTAAAAATGCAGACA +TTGTGGAAGAAGCTAAAAAGGTAAAACCAACAGTGGTTGTTAATGCAGCCAATGTTTACC +TTAAACATGGAGGAGGTGTTGCAGGAGCCTTAAATAAGGCTACTAACAATGCCATGCAAG +TTGAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNCTGCCACTCTTGTTAGTGACATTGACATCACTTTCTTAAAGAAAGATGCTCCAT +ATATAGTGGGTGATGTTGTTCAAGAGGGTGTTTTAACTGTTGTGGTTATACCTACTAAAA +AGGCTGGTGGCACTACTGAAATGCTAGCGAAAGCTTTGAGAAAAGTGCCAACAGACAATT +ATATAACCACTTACCCGGGTCAGGGTTTAAATGGTTACACTGTAGAGGAGGCAAAGACAG +TGCTTAAAAAGTGTAAAAGTGCCTTTTACATTCTACCATCTATTATCTCTAATGAGAAGC +AAGAAATTCTTGGAACTGTTTCTTGGAATTTGCGAGAAATGCTTGCACATGCAGAAGANN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTANNCAACATTAACCTCCACACGCAAGTTGTGG +ACATGTCAATGACATATGGACAACAGTTTGGTCCAACTTATTTGGATGGAGCTGATGTTA +CTAAAATAAAACCTCATAATTCACATGAAGGTAAAACATTTTATGTTTTACCTAATGATG +ACACTCTACGTGTTGAGGCTTTTGAGTACTACCACACAACTGATCCTAGTTTTCTGGGTA +GGTACATGTCAGCATTAAATCACACTAAAAAGTGGAAATACCCACAAGTTAATGGTTTAA +CTTCTATTAAATGGGCAGATAACAACTGTTATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNAAGTTGTAGGAGACATTATACTTAAACCAGCAAATAATAGTTTTA +AAATTACAGAAGAGGTTGGCCACACAGATCTAATGGCTGCTTATGTAGACAATTCTAGTC +TTACTATTAAGAAACCTAATGAATTATCTAGAGTATTAGGTTTGAAAACCCTTGCTACTC +ATGGTTTAGCTGCTGTTAATAGTGTCCCTTGGGATACTATAGCTAATTATGCTAAGCCTT +TTCTTAACAAAGTTGTTAGTACAACTACTAACATAGTTACACGGTGTTTAAACCGTGTTT +GTACTAATTATATGCCTTATTTCTTTACTTTATTGCTACAATTGTGTACTTTTACTAGAA +GTACAAATTCTAGAATTAAAGCATCTATGCCGACTACTATAGCAAAGANNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGTGATACATTCTGTGCTGGTAGTACATTTA +TTAGTGATGAAGTTGCGAGAGACTTGTCACTACAGTTTAAAAGACCAATAAATCCTACTG +ACCAGTCTTCTTACATCGTTGATAGTGTTACAGTGAAGAATGGTTCCATCCATCTTTACT +TTGATAAAGCTGGTCAAAAGACTTATGAAAGACATTCTCTCTCTCATTTTGTTAACTTAG +ACAACCTGAGAGCTAATAACACTAAAGGTTCATTGCCTATTAATGTTATAGTTTTTGATG +GTAAATCAAAATGTGAAGAATCATCTGCAAAATCAGCGTCTGTTTACTACAGTCAGCTTA +TGTGTCAACCTATACTGTTACTAGATCAGGCATTAGTGTCTGATGTTGGTGATAGNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTTGTTAC +TCACAATTTTGACTTCACTTTTAGTTTTAGTCCAGAGTACTCAATGGTCTTTGTTCTTTT +TTTTGTATGAAAATGCCTTTTTACCTTTTGCTATGGGTATTATTGCTATGTCTGCTTTTG +CAATGATGTTTGTCAAACATAAGCATGCATTTCTCTGTTTGTTTTTGTTACCTTCTCTTG +CCACTGTAGCTTATTTTAATATGGTCTATATGCCTGCTAGTTGGGTGATGCGTATTATGA +CATGGTTGGATATGGTTGATACTAGTTTGTCTGGTTTTAAGCTAAAAGACTGTGTTATGT +ATGCATCAGCTGTAGTGTTACTAATCCTTATGACAGCAAGAACTGTGTATGATGATGGTG +CTAGGAGAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNCTTCATAACTGGTAATACACTTCAGTGTATAATGCTAGTTTATTGTT +TCTTAGGCTATTTTTGTACTTGTTACTTTGGCCTCNTTTGTTTACTCAACCGCTACTTTA +GACTGACTCTTGGTGTTTATGATTAYTTAGTTTCTACACAGGAGTTTAGATATATGAATT +CACAGGGACTACTCCCACCCAAGAATAGCATAGATGCCTTCAAACTCAACATTAAATTGT +TGGGTGTTGGTGGCAAACCTTGTATCAAAGTAGCCACTGTACAGTCTAAAATGTCAGATG +TAAAGTGCACATCAGTAGTCTTACTCTCAGTTTTGCAACAACTCAGAGTAGAATCATCAT +CTAAATTGTGGGCTCAATGTGTCCAGTTAYACAATGACATTCTCTTAGCTAAAGATACTA +CTGAAGCCTTTGAAAAAATGGTTTCACTACTTTCTGTTTTGCTTTCCATGCAGGGTGCTG +TAGACATAAACAAGCTTTGTGAAGAAATGCTGGACAACAGGGCAACCTTACAAGCTATAG +CCTCAGAGTTTAGTTCCCTTCCATCATATGCAGCTTTTGCTACTGCTCAAGAAGCTTATG +AGCAGGCTGTTGCTAATGGTGATTCTGAAGTTGTTCTTAAAAAGTTGAAGAAGTCTTTGA +ATGTGGCTAAATCTGAATTTGACCGTGATGCAGCCATGCAACGTAAGTTGGAAAAGATGG +CTGATCAAGCTATGACCCAAATGTATAAACAGGCTAGATCTGAGGACAAGAGGGCAAAAG +TTACTAGTGCTATGCAGACAATGCTTTTCACTATGCTTAGAAAGTTGGATAATGATGCAC +TCAACAACATTATCAACAATGCAAGAGATGGTTGTGTTCCCTTGAACATAATACCTCTTA +CAACAGCAGCCAAACTAATGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGT +GTATGCTGCTGACCCTGCTATGCACGCTGCTTCTGGTAATCTATTACTAGATAAACGCAC +TACGTGCTTTTCAGTAGCTGCACTTACTAACAATGTTGCTTTTCAAACTGTCAAACCCGG +TAATTTTAACAAAGACTTCTATGACTTTGCTGTGTCTAAGGGTTTCTTTAAGGAAGGAAG +TTCTGTTGAATTAAAACACTTCTTCTTTGCTCAGGATGGTAATGCTTCTATCAGCGATTA +TGACTACTATCGTTATAATCTACCAACAATGTGTGATATCAGACAACTACTATTTGTAGT +TGAAGTTGTTGATAAGTACTTTGATTGTTACGATGGTGGCTGTATTAATGCTAACCAAGN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGATGCCACAACTGCTTATGCTAATAGTGT +TTTTAACATTTGTCAAGCTGTCACGGCCAATGTTAATGCACTTTTATCTACTGATGGTAA +CAAAATTGCCGATAAGTATGTCCGCAATTTACAACACAGACTTTATGAGTGTCTCTATAG +AAATAGAGATGTTGACACAGACTTTGTGAATGAGTTTTACGCATATTTGCGTAAACATTT +CTCAATGATGATACTCTCTGACGATGCTGTTGTGTGTTTCAATAGCACTTATGCATCTCA +AGGTCTAGTGGCTAGCATAAAGAACTTTAAGTCAGTTCTTTATTATCAAAACAATGTTTT +TATGTCTGAAGCAAAATGTTGGACTGAGACTGACCTTACTAAAGGACCTCATGAATTTTG +CTCTCAACATACAATGCTAGTTAAACAGGGTGATGATTATGTGTACCTTCCTTACCCAGA +TCCATCAAGAATCCTAGGGGCCGGCTGTTTTGTAGATGATATCGTAAAAACAGATGGTAC +ACTTATGATTGAACGGTTCGTGTCTTTAGCTATAGATGCTTACCCACTTACTAAACATCC +TAATCAGGAGTATGCTGATGTCTTTCATTTGTACTTACAATACATAAGAAAGCTACATGA +TGAGTTAACAGGACACATGTTAGACATGTATTCTGTTATGCTTACTAATGATAACACTTC +AAGGTATTGGGAACCTGAGTTTTATGAGGCTATGTACACACCGCATACAGTCTTACAGGC +TGTTGGGGCTTGTGTTCTTTGCAATTCACAGACTTCATTAAGATGTGGTGCTTGCATACG +TAGACCATTCTTATGTTGTAAATGCTGTTACGACCATGTCATATCAACATCACATAAATT +AGTCTTGTCTGTTAATCCGTATGTTTGCAATGCTCCAGGTTGTGATGTCACAGATGTGAC +TCAACTTTACTTAGGAGGTATGAGCTATTATTGTAAATCACATAAACCACCCATTAGTTT +TCCATTGTGTGCTAATGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTCCA +GGGACCACCTGGTACTGGTAAGAGTCATTTTGCTATTGGCCTAGCTCTCTACTACCCTTC +TGCTCGCATAGTGTATACAGCTTGCTCTCATGCCGCTGTTGATGCACTATGTGAGAAGGC +ATTAAAATATTTGCCTATAGATAAATGTAGTAGAATTATACCTGCACGTGCTCGTGTAGA +GTGTTTTGATAAATTCAAAGTGAATTCAACATTAGAACAGTATGTCTTTTGTACTGTAAA +TGCATTGCCTGAGACGACAGCAGATATAGTTGTCTTTGATGAAATTTCAATGGCCACAAA +TTATGATTTGAGTGTTGTCAATGCCAGATTACGTGCTAAGCACTATGTGTACATTGGCGA +CCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTAT +AAGACATGTACGTGCATGGATTGGCTTCGATGTCGAGGGGTGTCATGCTACTAGAGAAGC +TGTTGGTACCAATTTACCTTTACAGCTAGGTTTTTCTACAGGTGTTAACCTAGTTGCTGT +ACCTACAGGTTATGTTGATACACCTAATAATACAGATTTTTCCAGAGTTAGTGCTAAACC +ACCGCCTGGAGATCAATTTAAACACCTCATACCACTTATGTACAAAGGACTTCCTTGGAA +TGTAGTGCGTATAAAGATTGTACAAATGTTAAGTGACACACTTAAAAATCTCTCTGACAG +AGTCGTATTTGTCTTATGGGCACATGGCTTTGAGTTGACATCTATGAAGTATTTTGTGAA +AATAGGACCTGAGCGCACCTGTTGTCTATGTGATAGACGTGCCACATGCTTTTCCACTGC +TTCAGACACTTATGCCTGTTGGCATCATTCTATTGGATTTGATTACGTCTATAATCCGTT +TATGATTGATGTTCAACAATGGGGTTTTACAGGTAACCTACAAAGCAACCATGATCTGTA +TTGTCAAGTCCATGGTAATGCACATGTAGCTAGTTGTGATGCAATCATGACTAGGTGTCT +AGCTGTCCACGAGTGCTTTGTTAAGCGTGTTGACTGGACTATTGAATATCCTATAATTGG +TGATGAACTGAAGATTAATGCGGCTTGTAGAAAGGTTCAACACATGGTTGTTAAAGCTGC +ATTATTAGCAGACAAATTCCCAGTTCTTCACGACATTGGTAACCCTAAAGCTATTAAGTG +TGTACCTCAAGCTGATGTAGAATGGAAGTTCTATGATGCACAGCCTTGTAGTGACAAAGC +TTATAAAATAGAAGAATTATTCTATTCTTATGCCACACATTCTGACAAATTCACAGATGG +TGTATGCCTATTTTGGAATTGCAATGTCGATAGATATCCTGCTAATTCCATTGTTTGTAG +ATTTGACACTAGAGTGCTATCTAACCTTAACTTGCCTGGTTGTGATGGTGGCAGTTTGTA 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+NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNCTTTTGAATATGTCTCTCAGCCTTTTCTTATGGACCTTGAAGGAAAACAGGGTAATT +TCAAAAATCTTAGGGAATTTGTGTTTAAGAATATTGATGGTTATTTTAAAATATATTCTA +AGCACACGCCTATTAATTTAGTGCGTGATCTCCCTCAGGGTTTTTCGGCTTTAGAACCAT +TGGTAGATTTGCCAATAGGTATTAACATCACTAGGTTTCAAACTTTACTTGCTTTACATN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCTATGCAGATTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNATCTTATGTCCTTCCCTCAGTCAGCACCTCATGGTGTAGTCTTCTTGCATGTGA +CTTATGTCCCTGCACAAGAAAAGAACTTCACAACTGCTCCTGCCATTTGTCATGATGGAA +AAGCACACTTTCCTCGTGAAGGTGTCTTTGTTTCAAATGGCACACACTGGTTTGTAACAC +AAAGGAATTTTTATGAACCACAAATCATTACTACAGACAACACATTTGTGTCTGGTAACT +GTGATGTTGTAATAGGAATTGTCAACAACACAGTTTATGATCCTTTGCAACCTGAATTAG +ACTCATTCAAGGAGGAGTTAGATAAATATTTTAAGAATCATACATCACCAGATGTTGATT 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phylogeny shows evolutionary relationships of SARS-CoV-2 viruses from the ongoing novel coronavirus COVID-19 pandemic.\n\nAll data we use were deposited in GISAID by scientists around the world.\nWe gratefully acknowledge the authors, originating and submitting laboratories of the genetic sequence and metadata made available through [GISAID](https://gisaid.org) on which this research is based. A full listing of all originating and submitting laboratories is available below. An attribution table is available by clicking on \"Download Data\" at the bottom of the page and then clicking on \"Strain Metadata\" in the resulting dialog box.\n","colorings":[{"key":"clade_membership","title":"Clade","type":"categorical","scale":[["20H","#5E1D9D"],["20I","#4C24AF"],["20J","#4433BE"],["21A","#3F45C8"],["21I","#3E58CF"],["21J","#416BCF"],["21B","#447DCC"],["21C","#4A8BC3"],["21D","#5098B9"],["21E","#58A2AC"],["21F","#61AA9D"],["21G","#6BB18E"],["21H","#76B680"],["21K","#82BA71"],["21L","#8FBC65"],["21M","#9DBE5A"],["22A","#ABBD52"],["22B","#B9BC4A"],["22C","#C5B945"],["22D","#D1B440"],["22E","#DAAC3D"],["22F","#E1A13A"],["23A","#E69437"],["23B","#E68134"],["23C","#E56E30"],["23D","#E2562B"],["23E","#DE3F27"],["23F","#DB2823"]]},{"key":"gt","title":"Genotype","type":"categorical"},{"key":"designation_date","title":"Designation 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