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#!/usr/bin/env nextflow
/*
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
nf-core/createpanelrefs
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
Github : https://github.com/nf-core/createpanelrefs
Website: https://nf-co.re/createpanelrefs
Slack : https://nfcore.slack.com/channels/createpanelrefs
----------------------------------------------------------------------------------------
*/
/*
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
GENOME PARAMETER VALUES
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
*/
// This is an example of how to use getGenomeAttribute() to fetch parameters
// from igenomes.config using `--genome`
params.fasta = getGenomeAttribute('fasta')
params.fai = getGenomeAttribute('fai')
params.dict = getGenomeAttribute('dict')
params.gcnv_exclude_bed = getGenomeAttribute('gcnv_exclude_bed')
params.gcnv_exclude_interval_list = getGenomeAttribute('gcnv_exclude_interval_list')
params.gcnv_mappable_regions = getGenomeAttribute('gcnv_mappable_regions')
params.gcnv_segmental_duplications = getGenomeAttribute('gcnv_segmental_duplications')
params.gcnv_target_bed = getGenomeAttribute('gcnv_target_bed')
params.gcnv_target_interval_list = getGenomeAttribute('gcnv_target_interval_list')
params.gcnv_ploidy_priors = getGenomeAttribute('gcnv_ploidy_priors')
params.mutect2_target_bed = getGenomeAttribute('mutect2_target_bed')
/*
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
IMPORT FUNCTIONS / MODULES / SUBWORKFLOWS / WORKFLOWS
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
*/
include { CREATEPANELREFS } from './workflows/createpanelrefs'
include { PIPELINE_INITIALISATION } from './subworkflows/local/utils_nfcore_createpanelrefs_pipeline'
include { PIPELINE_COMPLETION } from './subworkflows/local/utils_nfcore_createpanelrefs_pipeline'
/*
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
NAMED WORKFLOWS FOR PIPELINE
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
*/
//
// WORKFLOW: Run main analysis pipeline depending on type of input
//
workflow NFCORE_CREATEPANELREFS {
take:
samplesheet // channel: samplesheet read in from --input
main:
//
// WORKFLOW: Run pipeline
//
CREATEPANELREFS (
samplesheet
)
emit:
multiqc_report = CREATEPANELREFS.out.multiqc_report // channel: /path/to/multiqc_report.html
}
/*
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
RUN MAIN WORKFLOW
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
*/
workflow {
main:
//
// SUBWORKFLOW: Run initialisation tasks
//
PIPELINE_INITIALISATION (
params.version,
params.validate_params,
params.monochrome_logs,
args,
params.outdir,
params.input
)
//
// WORKFLOW: Run main workflow
//
NFCORE_CREATEPANELREFS (
PIPELINE_INITIALISATION.out.samplesheet
)
//
// SUBWORKFLOW: Run completion tasks
//
PIPELINE_COMPLETION (
params.email,
params.email_on_fail,
params.plaintext_email,
params.outdir,
params.monochrome_logs,
params.hook_url,
NFCORE_CREATEPANELREFS.out.multiqc_report
)
}
/*
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
DEFINE FUNCTIONS
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
*/
//
// Get attribute from genome config file e.g. fasta
//
def getGenomeAttribute(attribute) {
if (params.genomes && params.genome && params.genomes.containsKey(params.genome)) {
if (params.genomes[ params.genome ].containsKey(attribute)) {
return params.genomes[ params.genome ][ attribute ]
}
}
return null
}
/*
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
THE END
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
*/