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INSTALL.md

File metadata and controls

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Installation Guide

Advisory/Hinweis

CoMapR is neither safe nor secure and basically makes a shell available through a website. We strongly advise anyone not to use this project! This project was created during a course at WWU Münster and should only be used in the context of this course!

This project MUST NOT be run as root! Please use only in a highly secured environment and DO NOT make a machine, on which this project runs, available to the internet! Seriously, NEVER run this as root!

CoMapR ist nicht sicher und stellt im Prinzip eine Shell als Website bereit. Von einer Nutzung dieses Projekts wird deshalb dringend abgeraten! Das Projekt wurde im Rahmen eines Kurses an der WWU Münster erstellt und sollte nur in dessen Rahmen verwendet werden.

Dieses Projekt DARF UNTER KEINEN UMSTÄNDEN als root ausgeführt werden! Dieses Projekt sollte nur in einer hochgradig abgesicherten Umgebung installiert werden und KEINESFALLS im öffentlichen Internet erreichbar sein!

German version below/Deutsche Version unten

Requirements

  • Ubuntu 16.04 or comparable debian based Linux
  • SciDB instance with data to do calculations on

Installing the Neccessary Packages

  1. Cloning the repository

    git clone https://github.com/niemalsnever/geosoft2-comapr
cd geosoft2-comapr # Change to the freshly cloned directory

  2. Updating installed packages

    sudo apt-get autoremove && sudo apt-get update && sudo apt-get upgrade

  3. Adding neccessary package sources

    sudo apt-key adv --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-keys E084DAB9
sudo echo "deb https://cran.rstudio.com/bin/linux/ubuntu xenial/" >> /etc/apt/sources.list
curl -sL https://deb.nodesource.com/setup_7.x | sudo -E bash -

sudo apt-get autoremove && sudo apt-get update && sudo apt-get upgrade

  4. Installing neccessary packages

    sudo apt-get install r-base-dev r-base openssl libssl libssl-dev libcurl4-openssl-dev nodejs sqlite3

chmod +x install_gdal.sh
sudo install_gdal.sh # This script takes about half an hour

sudo apt-get autoremove && sudo apt-get update && sudo apt-get upgrade

  5. Installing the neccessary R packages
    We'll be installing the R packages as root, so they are available to the whole system

    sudo R
> install.packages("devtools")
> devtools::install_github("Paradigm4/SciDBR")
> devtools::install_github("appelmar/scidbst", ref="dev")
> q()

  6. Optional - screen so that CoMapR may run in the background

    sudo apt-get install screen

Creating the Configuration File for the connection to SciDB

  1. Make a copy of scidb_connect.r.dist

    cp data/system_files/scidb_connect.r.dist data/system_files/scidb_connect.r

  2. Adjust scidb_connect.r

    nano data/system_files/scidb_connect.r
# Fill in the credentials to connect to your SciDB instance, save the file and exit nano

Adjusting the Port CoMapR will listen on (optional)

The default port for CoMapR is 3000, however you can change that by adjusting the environment variable PORT like so:

export PORT=YOUR_PORT

First Start

# In the cloned directory
npm start

In your webbrowser navigate to http://YOURHOST.TLD:PORT, CoMapR should now be listening.

Installationsanleitung für CoMapR

Voraussetzungen

  • Ubuntu 16.04 oder vergleichbar
  • Eine SciDB Instanz mit Daten auf denen gerechnet werden soll

Installation der benötigten Pakete

  1. Clonen des Repositories

    git clone https://github.com/niemalsnever/geosoft2-comapr
cd geosoft2-comapr # Wechseln in das frisch ge-clone-te Verzeichnis

  2. Installierte Pakete aktualisieren

    sudo apt-get autoremove && sudo apt-get update && sudo apt-get upgrade

  3. Benötigte Paketquellen hinzufügen

    sudo apt-key adv --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-keys E084DAB9
sudo echo "deb https://cran.rstudio.com/bin/linux/ubuntu xenial/" >> /etc/apt/sources.list
curl -sL https://deb.nodesource.com/setup_7.x | sudo -E bash -

sudo apt-get autoremove && sudo apt-get update && sudo apt-get upgrade

  4. Benötigte Pakete installieren

    sudo apt-get install r-base-dev r-base openssl libssl libssl-dev libcurl4-openssl-dev nodejs sqlite3

chmod +x install_gdal.sh
sudo install_gdal.sh # Dieses Script braucht in etwa eine halbe Stunde

sudo apt-get autoremove && sudo apt-get update && sudo apt-get upgrade

  5. Benötigte R Pakete installieren
    Wir installieren die R Pakete als Root, damit sie dem gesamten System zur Verfügung stehen.

    sudo R
> install.packages("devtools")
> devtools::install_github("Paradigm4/SciDBR")
> devtools::install_github("appelmar/scidbst", ref="dev")
> q()

  6. Optional - screen damit wir CoMapR im Hintergrund laufen lassen können

    sudo apt-get install screen

Installation der NodeJS Dependencies

# Im gecloneten Verzeichnis
npm install

Anlegen der Konfiguration für die Verbindung zur SciDB

  1. Kopieren der Datei scidb_connect.r.dist 
    cp data/system_files/scidb_connect.r.dist data/system_files/scidb_connect.r
  2. Anpassen der Datei scidb_connect.r 
    nano data/system_files/scidb_connect.r
# Daten für die Verbindung zur SciDB eintragen und die Datei speichern

Anpassen des Ports auf dem CoMapR erreichbar sein soll (optional)

Standardmäßig läuft CoMapR auf Port 3000, das kann allerdings durch anlegen der Umgebungsvariablen PORT angepasst werden

export PORT=YOUR_PORT

Erster Start

# Im ge-clone-ten Verzeichnis
npm start

Im Browser http://YOURHOST.TLD:PORT aufrufen, CoMapR sollte nun funktionieren.